Name: brain infarct segmentation and registration on mri or ct for lesion-symptom mapping
Uploaded: 2019-09-25T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Brain Infarct Segmentation and Registration on MRI or CT for Lesion-symptom Mapping at JoVE.com

Dr Biesbroek çalışmaları Beyin Merkezi Rudolf Magnus Üniversitesi Tıp Merkezi Utrecht bir Genç Yetenek Bursu tarafından desteklenir. Bu çalışma ve Meta VCI Harita konsorsiyumu, Hollanda'nın ZonMw, Sağlık Araştırma ve Geliştirme Örgütü'nden Geert Jan Biessels'e vici Grant 918.16.616 tarafından desteklenmiştir. Yazarlar, dr. Tanja C.W. Nijboer'a figürlerden birinde kullanılan taramaları paylaştığı için teşekkür etmek isterler.

Bu protokol, kurumlarımızın insan araştırma etik komitesinin yönergelerini takip eder.
1. Taramalar ve Klinik Verilerin Toplanması
<ol><li>İskemik inme hastalarının beyin BT veya MRG taramalarını toplayın. Çoğu tarayıcı, taramaları sabit diske veya sunucuya kopyalanabilen DICOM (Tıpta Dijital Görüntüleme ve İletişim) dosyaları olarak kaydeder. NOT: Her tarayıcı türünden taramalar, tarama protokolü ve MRG alan gücü kullanılabilir, 1) kullan...

LSM, insan beyninin fonksiyonel mimarisini incelemek için güçlü bir araçtır. Herhangi bir lezyon-semptom haritalama çalışmasında önemli bir adım görüntüleme verilerinin ön işlenmesi, lezyonun segmentasyonu ve beyin şablonuna kayıttır. Burada, lezyon-semptom haritalama amacıyla lezyon segmentasyonu ve kayıt için standart bir boru hattı rapor ediyoruz. Bu yöntem serbestçe kullanılabilir görüntü işleme araçları ile yapılabilir, hem BT hem de yapısal MRI taramaları işlemek için kullanıl...

Lezyon-semptom haritalama (LSM), ayrıca lezyon-davranış haritalama denir, insan beyninin fonksiyonel mimarisi ni incelemek için önemli bir araçtır1. Lezyon çalışmalarında, beyin fonksiyonu çıkarılan ve edinsel beyin lezyonları olan hastalar incelenerek lokalize. On dokuzuncu yüzyılda gerçekleştirilen belirli beyin konumları nörolojik belirtiler bağlayan ilk vaka çalışmaları zaten dil ve diğer birçok bilişsel süreçlerin anatomik korelasyoniçine temel anlayışlar sağladı2. Ancak, biliş ve diğer beyin fonksiyonlarının birçok yönünü nöroanatomik korelasyonlar zor kaldı. Son yıllarda, gelişmiş yapısal beyin görüntüleme yöntemleri ve teknik gelişmeler yüksek mekansal çözünürlük (yani, bireysel voxels veya ilgi belirli kortikal / subkortikal bölgeler düzeyinde) ile vivo LSM çalışmalarda büyük ölçekli sağlamıştır1 ,2. Bu metodolojik gelişmeler ile, LSM bilişsel nörobilimde giderek daha popüler bir yöntem haline gelmiştir ve biliş ve nörolojikbelirtilerinnöroanatomi içine yeni anlayışlar sunmaya devam ediyor 3 . Herhangi bir LSM çalışmada önemli bir adım lezyonların doğru segmentasyonu ve bir beyin şablonu kayıt. Ancak, LSM amacıyla beyin görüntüleme verilerinin ön işlenmesi için kapsamlı bir öğretici eksiktir.
Burada standart lezyon segmentasyon ve kayıt yöntemi için tam bir öğretici sağlanan. Bu yöntem, araştırmacılara standart laştırılmış beyin görüntü işleme için bir boru hattı ve kaçınılması gereken potansiyel tuzaklara genel bir bakış sağlar. Sunulan görüntü işleme boru hattı uluslararası işbirlikleri4 ile geliştirilmiştir ve amacı çok merkezli lezyon-semptom haritalama çalışmaları gerçekleştiren yeni kurulan Meta VCI harita konsorsiyumu, çerçevesinin bir parçasıdır vasküler kognitif bozukluk <www.metavcimap.org>5. Bu yöntem, farklı kaynaklardan görüntüleme veri kümelerinin birlikte işlenmesine olanak sağlamak için birden çok satıcının bt ve MRG taramalarını ve heterojen tarama protokollerini işlemek için tasarlanmıştır. Gerekli RegLSM yazılımı ve bu protokol için gerekli diğer tüm yazılımlar, lisans gerektiren MATLAB dışında serbestçe kullanılabilir. Bu öğretici segmentasyon ve beyin enfarktüslerinin kayıt üzerinde duruluyor, ancak bu görüntü işleme boru hattı da diğer lezyonlar için kullanılabilir, beyaz madde hiperintensiteleri gibi6.
Bir LSM çalışması başlamadan önce, genel kavramlar ve tuzaklar temel bir anlayış gereklidir. Çeşitli ayrıntılı kurallar ve bir otostopçu kılavuzu mevcuttur1,3,6. Ancak, bu değerlendirmeleri toplama ve uygun bir biçime beyin taramaları dönüştürme dahil pratik adımlar için ayrıntılı bir uygulamalı öğretici sağlamaz, beyin enfarktüs segmente, ve bir beyin şablonuna taramaları kayıt. Mevcut kağıt böyle bir öğretici sağlar. LSM'nin genel kavramları, konuyla ilgili daha fazla okumak için referanslar ile girişte verilmiştir.
Lezyon-semptom haritalama çalışmalarının genel amacı
Bilişsel nöropsikoloji açısından bakıldığında, beyin hasarı daha iyi bazı bilişsel süreçlerin nöronal temellerini anlamak ve beynin bilişsel mimarisinin daha eksiksiz bir resim elde etmek için bir model durum olarak kullanılabilir1 . Bu ilk Broca ve Wernicke2gibi öncüler tarafından on dokuzuncu yüzyılda post-mortem çalışmalarda uygulanan nöropsikoloji klasik bir yaklaşımdır. Fonksiyonel beyin görüntüleme çağında, lezyon yaklaşımı nörolojide önemli bir araç olarak kalmıştır, çünkü belirli bir beyin bölgesindeki lezyonların görev performansını bozduğunu kanıtlatır, fonksiyonel görüntüleme çalışmaları ise beyin bölgelerini görev performansı sırasında etkinleştirilir. Bu nedenle, bu yaklaşımlar tamamlayıcı bilgisağlar 1.
Klinik nöroloji açısından, LSM çalışmaları akut semptomatik infarktları, beyaz madde hiperintensitleri, lakunlar veya diğer lezyon tipleri (örneğin, tümörler) olan hastalarda lezyon yeri ile bilişsel işleyişi arasındaki ilişkiyi açıklığa kavuşturabilir. ). Son çalışmalar stratejik beyin bölgelerinde bu tür lezyonlar küresel lezyon yükü2,5,7,8daha bilişsel performans açıklayan daha alakalı olduğunu göstermiştir . Bu yaklaşım, karmaşık bozuklukların patofizyolojisinin anlaşılmasını geliştirme potansiyeline sahiptir (bu örnekte, vasküler kognitif bozukluk) ve yeni tanısal ve prognostik araçlar geliştirmek veya tedaviyi desteklemek için fırsatlar sağlayabilir stratejileri2.
LSM'nin biliş alanının ötesinde uygulamaları da vardır. Aslında, herhangi bir değişken lezyon yeri ile ilgili olabilir, klinik belirtiler de dahil olmak üzere, biyobelirteçler, ve fonksiyonel sonuç. Örneğin, yakın zamanda yapılan bir çalışmada iskemik inme sonrası fonksiyonel sonucun tahmin edici olduğu enfarktüs yerleri saptandı10.
İlgi tabanlı lezyon-semptom haritalamanın voxel tabanlı ve bölgesi
Lezyon-semptom haritalama yapmak için lezyonların bölümlere ayrılması ve beyin şablonuna kaydedilmesi gerekir. Kayıt işlemi sırasında, her hastanın beyni uzamsal olarak hizalanır (yani, normalleştirilmiş veya ortak bir şablona kayıtlıdır) beyin büyüklüğü, şekli ve oryantasyon farklılıklarını düzeltmek için, böylece lezyon haritasındaki her voxel aynı anatomik anatomik temsil eder tüm hastalar için yapı7. Standart alanda, burada kısaca özetlenen çeşitli analiz türleri yapılabilir.
Açıkları olan hastalarda, eksikliği olmayan hastalara göre lezyon dağılımındaki farkı göstermek için ham lezyon-çıkarma analizi yapılabilir. Ortaya çıkan çıkarma haritası, açıkları olan hastalarda daha sık hasar gören ve açıkları olmayan hastalarda bağışlanan bölgeleri göstermektedir1. Lezyon-çıkarma analizi belirli bir fonksiyonun ilişkili olduğu bazı içgörüler sağlasa da, istatistiksel bir kanıt sağlamaz ve örneklem boyutu voksel bazlı lezyon-semptom için yeterli istatistiksel güç sağlamak için çok düşük olduğunda artık çoğunlukla kullanılır. Eşleme.
Voksel tabanlı lezyon-semptom haritalamada, beyindeki her bir voksel düzeyinde bir lezyon varlığı ile bilişsel performans arasındaki ilişki belirlenir (Şekil 1). Bu yöntemin en büyük avantajı yüksek uzamsal çözünürlüktür. Geleneksel olarak, bu analizler birden fazla test için düzeltme yi garanti eden vedikkatealınmayan inter-voxel korelasyonların neden olduğu mekansal bir önyargıyı ortaya çıkaran toplu tek değişkenli bir yaklaşımlagerçekleştirilmiştir. , 11. Son zamanlarda geliştirilen yaklaşımlar inter-voxel korelasyonları dikkate alır (genellikle bayes analizi13gibi çok değişkenli lezyon-semptom haritalama yöntemleri olarak adlandırılır , destek vektör regresyonu4, 14, veya diğer makine öğrenme algoritmaları15) umut verici sonuçlar göstermek ve geleneksel yöntemlere göre voxel-bilge LSM analizleri bulguların duyarlılığı ve özgüllüğünü artırmak için görünür. Voxel-wise LSM için çok değişkenli yöntemlerin daha da geliştirilmesi ve doğrulanması devam eden bir süreçtir. Spesifik lezyon-semptom eşleme için en iyi yöntem seçimi, lezyonların dağılımı, sonuç değişkeni ve yöntemlerin altta yatan istatistiksel varsayımları da dahil olmak üzere birçok faktöre bağlıdır.
İlgi alanı (RoI)tabanlı lezyon-semptom haritalamada, belirli bir beyin bölgesindeki lezyon yükü ile bilişsel performans arasında bir ilişki belirlenir (bir illüstrasyon için Şekil 1 Biesbroek ve ark.2'ye bakınız). Bu yöntemin en büyük avantajı, anatomik yapı daki kümülatif lezyon yükünü dikkate almadır, bu da bazı durumlarda tek bir vokseldeki bir lezyondan daha bilgilendirici olabilir. Öte yandan, Yatırım Getirisi tabanlı analizler, yalnızca16. Geleneksel olarak, Roi tabanlı lezyon-semptom haritalama lojistik veya lineer regresyon kullanılarak yapılır. Son zamanlarda, collinearity ile daha iyi başa çok değişkenli yöntemler tanıtıldı (örneğin, Bayes ağ analizi17, destek vektör regresyon4,18, veya diğer makine öğrenme algoritmaları19), hangi olabilir lezyon-semptom haritalama çalışmalarından elde edilen bulguların özgüllüğünü artırmak.
Hasta seçimi
LSM çalışmalarında hastalar genellikle belirli bir lezyon tipine (örn. beyin enfarktları veya beyaz madde hiperintansitleri) ve tanı ile nöropsikolojik değerlendirme arasındaki zaman aralığına (örn. akut vs. kronik inme) göre seçilirler. En uygun çalışma tasarımı araştırma sorusuna bağlıdır. Örneğin, insan beyninin fonksiyonel mimarisi ni incelerken, akut inme hastaları ideal olarak bu aşamada fonksiyonel yeniden yapılanma gerçekleşmediği için dahil edilirken, kronik inme hastaları inmenin biliş üzerindeki uzun süreli etkileri. Hasta seçiminde dikkat edilmesi gereken hususların ve tuzakların ayrıntılı bir açıklaması başka bir yerde verilmiştir7.
Lezyon-semptom haritalama amacıyla beyin görüntüsü önişleme
Doğru lezyon segmentasyonu ve ortak bir beyin şablonuna kayıt lezyon-semptom haritalama da önemli adımlardır. Lezyonların manuel segmentasyonu, enfarktlar7dahil olmak üzere birçok lezyon tipi için altın standart olmaya devam etmektedir. Sağlanan BT taramaları manuel enfarktüs segmentasyon kriterleri hakkında ayrıntılı bir öğretici, difüzyon ağırlıklı görüntüleme (DWI), ve sıvı zayıflatılmış inversiyon kurtarma (FLAIR) MRI dizileri hem akut hem de kronik aşamalarında. Bölümlü enfarktüslerin (yani 3D ikili lezyon haritalarının) herhangi bir konu ötesi analiz ler yapılmadan önce kaydedilmesi gerekir. Bu protokol, çok merkezli bir ayar4geliştirilmiştir kayıt yöntemi RegLSM kullanır. RegLSM, hem BT hem de MRG için elastix20'ye dayalı doğrusal ve doğrusal olmayan kayıt algoritmaları uygular ve ct taramalarının kayıt kalitesini artırmak için özel olarak tasarlanmış ek bir CT işleme adımı21'dir. Ayrıca, RegLSM farklı hedef beyin şablonları ve yaşa özel CT / MRIşablon22bir (isteğe bağlı) ara kayıt adımı kullanarak sağlar. Hem BT hem de MRG taramalarını işleme imkanı ve orta ve hedef beyin şablonları ile ilgili özelleştirilebilirliği RegLSM'i LSM için son derece uygun bir görüntü işleme aracı haline getirir. CT/MRG taramalarının hazırlanması ve segmente edilmesi, beyin şablonuna kayıt ve gerekirse manuel düzeltmelerin (gerekirse) tüm süreci bir sonraki bölümde açıklanmıştır.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59653/59653fig1.jpg"> Şekil 1: Voksel bazlı lezyon-semptom haritalama kavramının şematik illüstrasyonu. Üst kısım, lezyonu segmente eden beyin görüntüsünü ön işleme adımlarını (bu durumda akut enfarktüs) ve ardından bir beyin şablonuna (bu durumda MNI-152 şablonu) kaydederek gösterir. Aşağıda, aynı hastanın kayıtlı ikili lezyon haritasının bir bölümü, her küpün bir voxel temsil ettiği 3B ızgara olarak gösterilmiştir. Diğer 99 hastanın lezyon haritaları ile birlikte bir lezyon kaplama haritası oluşturulur. Her voxel için, lezyon durumu ve bilişsel performans arasındaki ilişkiyi belirlemek için istatistiksel bir test yapılır. Burada gösterilen ki-kare testi sadece bir örnektir, herhangi bir istatistiksel test kullanılabilir. Tipik olarak, voxelyüz binlerce beyin boyunca test edilir, birden fazla karşılaştırmalar için bir düzeltme izledi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59653/59653fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:611px;" width="609">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:223px;">dcm2niix</td>
			<td style="width:94px;">N/A</td>
			<td style="width:123px;">N/A</td>
			<td style="width:172px;">free download https://github.com/rordenlab/dcm2niix</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:223px;">ITK-SNAP</td>
			<td style="width:94px;">N/A</td>
			<td style="width:123px;">N/A</td>
			<td>free download www.itksnap.org</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:22px;width:223px;">MATLAB</td>
			<td style="width:94px;">MathWorks</td>
			<td style="width:123px;">N/A</td>
			<td>Version 2015a or higher</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:223px;">MRIcron</td>
			<td style="width:94px;">N/A</td>
			<td style="width:123px;">N/A</td>
			<td>free download https://www.nitrc.org/projects/mricron</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:223px;">RegLSM</td>
			<td style="width:94px;">N/A</td>
			<td style="width:123px;">N/A</td>
			<td>free download www.metavcimap.org/support/software-tools</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:223px;">SPM12b</td>
			<td style="width:94px;">N/A</td>
			<td style="width:123px;">N/A</td>
			<td>free download https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

brain infarct segmentation and registration on mri or ct for lesion-symptom mapping

Lezyon-semptom haritalamada (LSM), beyin fonksiyonu bir grup hastada edinsel beyin lezyonlarının yerini davranışsal veya bilişsel semptomlarla ilişkilendirerek çıkarılır. Beyin görüntüleme ve görüntü işleme son gelişmeler ile, LSM bilişsel nörobilimde popüler bir araç haline gelmiştir. LSM bilişsel ve bilişsel olmayan işlevler çeşitli insan beyninin fonksiyonel mimarisi içine temel anlayışlar sağlayabilir. LSM çalışmalarının gerçekleştirilmesinde önemli bir adım, büyük bir hasta grubunun beyin taramalarındaki lezyonların segmentasyonu ve her tetkikin ortak bir stereotaksik alana kaydedilmesidir (standart alan veya standart beyin şablonu olarak da adlandırılır). Burada açıklanan açık erişimli, lsm amacıyla enfarktüs segmentasyonu ve kayıt için standart bir yöntem, hem de örnek durumlarda dayalı ayrıntılı ve eller üzerinde bir geçiş. Ct taramaları ve DWI veya FLAIR MRI dizileri beyin enfarktüslerinin manuel segmentasyonu için kapsamlı bir öğretici, farklı tarama türleri için enfarktüs tanımlama ve tuzaklar için kriterler de dahil olmak üzere sağlanmaktadır. Kayıt yazılımı heterojen edinme parametreleri ile CT ve MRI verilerinin işlenmesi için kullanılabilecek birden çok kayıt düzeni sağlar. Bu kayıt yazılımının kullanılması ve görsel kalite kontrolleri ve manuel düzeltmelerin (bazı durumlarda gerekli olan) yapılması konusunda bir öğretici sağlanır. Bu yaklaşım, araştırmacılara, verilerin toplanmasından sonuçların nihai kalite kontrollerine kadar bir LSM çalışması gerçekleştirmek için gereken beyin görüntü işleme sürecinin tamamı için bir çerçeve sağlar.

CT(Şekil 3),DWI (Şekil 5) ve FLAIR (Şekil 6) görüntüleri ve MNI-152 şablonuna sonraki kayıt beyin enfarktüs segmentasyonları örnek durumlarda burada sağlanır. Şekil 3B ve Şekil 5C'de gösterilen kayıt sonuçları, ventrikülün ön boynuzunun yakınında yanlış hizalama olduğu için tam olarak başarılı olamadı. Bu baş...

Watch this Scientific Journal Video about Brain Infarct Segmentation and Registration on MRI or CT for Lesion-symptom Mapping at JoVE.com

Brain Infarct Segmentation and Registration on MRI or CT for Lesion-symptom Mapping

Burada verilen lezyon-belirti haritalama amacıyla açık erişim, standart görüntü işleme boru hattı için pratik bir öğretici. CT/MRG'deki manuel enfarktüs segmentasyonundan sonraki kayıttan standart alana kadar her işlem adımı için, örnek durumlarda pratik öneriler ve resimlerle birlikte adım adım gözden geçirilir.

Lezyon-semptom Haritalama için MRG veya BT'de Beyin Enfarktüs Segmentasyonu ve Kaydı

In lesion-symptom mapping (LSM), brain function is inferred by relating the location of acquired brain lesions to behavioral or cognitive symptoms in a ...

Lezyon-semptom haritalama beyin lezyonları olan hastalarda inceleyerek beyin fonksiyonlarını lokalize etmek için güçlü bir araçtır. Önemli bir adım, lezyon segmentasyonu ve standart alana kayıt dahil olmak üzere görüntü işleme içerir. Bu protokol, tüm yapısal görüntüleme yöntemleri ile çalışan birleşik bir çerçeve yi tanımlar ve lezyon-semptom haritalama çalışmalarında kullanılmak üzere standart alanda lezyonların tutarlı bir çıkışını sağlar.Lezyonlar denekler arasında karşılaştırmalar için standart alana dönüştürülmelidir. Her hastanın beyni, beyin büyüklüğü ve şekli farklılıklarını düzeltmek için mekansal olarak hizalanmalıdır. Bu yöntemi kullanırken, tek başına yazılı yönergeleri takip etmek yerine her adımın nasıl gerçekleştirileceğini görmek için yardımcı olur.Aynı zamanda görsel bir gösteri yararlı kılan beyin görüntüleri, iyi bir anlayış gerektirir. Bu protokol, lezyon-belirti eşleme için gerekli işlem adımlarını nasıl gerçekleştireceklerini açıklar. Lezyon haritaları standart alana kaydedildikten sonra, lezyon-semptom haritalama büyük hasta gruplarında yapılabilir.Tüm lezyon haritaları standart uzaya dönüştürüldüğünde, her voxel denekler arasında aynı beyin bölgesini temsil eder. Bu istatistiksel analizler yapılması için izin verir, örneğin, belirli bir voksel bir lezyon varlığı bilişsel bir açık ile ilişkili olup olmadığını test etmek için. İskemik inme hastalarının beyin BT veya MRI taramalarını toplayarak başlayın.Çoğu tarayıcı, sabit diske veya sunucuya kopyalanabilen DICOM dosyaları olarak taramalara sahiptir. Her olgu için ayrı satırlar ve her klinik değişken için sütunlar oluşturarak bir veri dosyasındaki klinik değişkenleri toplayın. Enfarktüs segmentasyonu için, en az inme tarihini ve görüntüleme tarihini veya inme ile görüntüleme arasındaki zaman aralığını gösteren bir değişkeni içerir.DICOM görüntülerini sıkıştırılmamış NIfTI dosyalarına dönüştürmek için, DICOM-to-NIfTI aracını kullanarak, klasör yolunu DICOM dosyalarına kullanarak komut isteminde ekranda görülen komutu yazın. Eklenen klasör yolları ile komutbir örnek burada görülebilir. Bu komut yürütülebilir çalıştırın, seçili klasörde DICOM görüntüleri dönüştürmek ve bu klasörde NIfTI dosyaları kaydedin.Son olarak, enfarktüs segmentasyonuna başlamadan önce NIfTI dosyalarını her servis talebi için bir alt klasörle kullanışlı bir klasör yapısında düzenleyin. İlk olarak, tama inme semptomu başladıktan en az 24 saat sonra yapıldığından emin olun. Aksi takdirde, akut enfarktüs BT'de görünmez veya sadece kısmen görünür olur ve segmentasyon için taraya kullanılamaz.Dosya'yı seçerek ITK-SNAP yazılımını kullanarak yerel BT'yi açın, ardından açılan menüden Ana Görüntüyü Açın. Ardından Gözat'ı tıklatın ve taramayı açmak için dosyayı seçin. Şimdi enfarkt görüntüleme özelliklerine göre tanımlayın.İlk olarak, enfarktüslerin normal beyin dokusuna göre düşük sinyale sahip olduğunu unutmayın. Akut aşamada, büyük enfarktüsler kitle etkisine neden olabilir, çevre dokuların yer değiştirmesi ile sonuçlanan, ventriküllerin sıkıştırma, orta hat kayması, ve sulci obliterasyon. Enfarktüs içinde yüksek sinyale sahip bölgeler olarak görülebilen hemorajik dönüşüm olabilir.Kronik aşamada, enfarktüs bir hipodens oluşacak, kavite merkezi, beyin omurilik sıvısı benzer bir yoğunlukta, ve daha az hipodens jant, hasarlı beyin dokusu temsil eder. Büyük enfarktlarda, komşu sulci veya ventriküllerin ex vacuo genişlemesi olabilir. Ana araç çubuğundan Paintbrush Modunu kullanarak enfarktüs beyin dokusunu segmente edin, çizmek için sol tıklama yı ve silmek için sağ tıklatın.Alternatif olarak, lezyonun sınırlarına bağlantı noktaları yerleştirmek için Çokgen Modunu kullanın ve fareyi lezyonun sınırları üzerinde hareket ettirirken sol fare düğmesini basılı tutun. Tüm noktalar bağlandıktan sonra, verilen alanı doldurmak için kabul et'i tıklatın. Segmentasyonu tamamladıktan sonra, segmentasyon ve segmentasyon görüntüsünü açılır menüden kaydet'e tıklayarak sancakla aynı klasörde ikili NIfTI dosyası olarak kaydedin, ardından lezyonun uzantısı ile segmentasyon la aynı adı vererek segmentasyondan kaydedin.İlk olarak, DWI tonu inme başlangıcından itibaren yedi gün içinde gerçekleştirildiğini temin edin. İnfarktlar inme başlangıcından birkaç saat sonra DWI'da görünür ve DWI'daki görünürlükleri yaklaşık yedi gün sonra kademeli olarak azalır. Daha sonra, DWI'daki yüksek sinyale ve ADC haritasındaki düşük sinyale dayanarak enfarktüs beyin dokusunu tanımlayın ve açıklama gösterin.Hava ve doku veya kemik arasındaki arayüzlerin yakınında yüksek difüzyon sinyali yanlış yapmayın, Hangi DWI üzerinde yaygın olarak gözlenen bir artifon vardır. FLAIR görüntüleme için, ilk olarak inme semptomu başladıktan 48 saat sonra taramaya yapıldığını kontrol edin. Hiperakut aşamada, enfarktüs genellikle görünür değildir, ya da kesin sınırları belirsizdir.Ardından, ITK-SNAP'teki FLAIR görüntüsünü ve varsa başvuru için ayrı bir pencerede T1 ağırlıklı taramaya açın. Akut evrede, enfarktüs şişlik ve kitle etkisi ile ya da olmadan, biraz homojen hiperyoğun lezyon olarak görülebilir. Varsa, akut enfarktüs ve beyaz madde hiperintensitleri gibi kronik lezyonlar arasında ayrım yapmak için DWI kullanın.Görüntüleri kaydetmek için önce RegLSM'i indirin ve CT taramalarını veya herhangi bir MR Idizisini işlemek için bu aracı kullanın. Kayıt prosedürü burada gösterilen şekilde görülebilir. Ardından, MATLAB Sürüm 2015a veya üzeri açıklayın, geçerli klasörü RegLSM olarak ayarlayın, ardından addpath yazarak SPM'yi etkinleştirin ve ardından SPM klasör adı için klasör adı izleyin.Ardından, grafik arabirimini açmak için RegLSM yazın. Tek bir servis talebi için kayıt gerçekleştirmek için, Kayıt açılır menüsünde Test Modu'nu seçin. Ardından, parçalı teşlasyon, ek açıklama ve isteğe bağlı olarak T1'i seçmek ve istediğiniz kayıt düzenini seçmek için Resmi Aç düğmesini kullanın.Alternatif olarak, Toplu İşlem Modu seçili klasördeki tüm servis taleplerini kaydetmek için kullanılabilir. RegLSM'in otomatik olarak oluşturulan alt klasörlerde ortaya çıkan kayıt parametrelerini, kayıtlı taramaları ve kayıtlı lezyon haritasını kaydettiğinden emin olun. Şimdi, RegLSM arabiriminde Sonuçları Denetle'yi seçerek kayıt sonuçlarını gözden geçirin ve bu sonuçlarla birlikte ana klasöre göz atın.Kayıtlı tarama da ilerleyin ve fark edilebilir anatomik işaretlere dikkat ederek MNI152 şablonuna hizalamayı kontrol etmek için artı işaretini kullanın. Sonraki el ile düzeltme için önceden oluşturulmuş veri dosyasında ayrı bir sütunda tüm başarısız kayıtları işaretlemek için emin olun. Düzeltilmesi gereken tüm lezyon haritaları için ITK-SNAP'te MNI152 T1 şablonunu açın, ardından Segmentasyon menüsünden Segmentasyon Aç'ı seçin ve şablona yerlebir olacak kayıtlı lezyon haritasını seçin.Ayrıca, başvuru için ayrı bir pencerede kayıt sonuçlarını açın. Sol tıklatma ile voxels eklemek veya sağ tıklama ile voxels kaldırmak için fırça işlevini kullanarak, her türlü yanlış hizalama için ITK-SNAP kayıtlı lezyon haritası düzeltin. Son olarak, düzeltilmiş lezyon haritasını düzeltilmemiş lezyon haritasıyla aynı klasöre NIfTI dosyası olarak kaydedin, ardından düzeltilmemiş lezyon haritasıyla aynı adı vererek segmentasyonkaydedin.Burada, tek bir hastanın TOMografitaramalarını görüyoruz. Bt perfüzyon haritaları iskemi gösterse bile, enfarktüs henüz görülemediği için ilk tarama segmentasyon için kullanılamaz. Altıncı gün ct hafif orta hat kayması ve hemorajik dönüşüm ile enfarkted beyin dokusunun şişmesi gösterir.Dört ay sonra yapılan tbmm, ventriküllerin ve yakındaki sulci'nin eski vacuo genişlemesi ile beyin dokusu kaybını gösteriyor. MNI152 şablonuna altıncı günde CT kaydının sonucu burada görülmektedir. Kayıt algoritması, manuel düzeltme gerektiren sol ventrikülün orta hat kayması ve sıkıştırmasını yetersiz bir şekilde telafi etti.Düzeltiminden sonra, kayıtlı lezyon haritası infarktın doğal alanda doğru bir temsilidir ve lezyon-semptom haritalaması için kullanılabilir. Burada, kayıtlı DWI dizisinin ve ilgili kayıtlı enfarktın MNI152 şablonuyla karşılaştırılmasını görüyoruz. Sağ kaudat çekirdeğinin başındaki hafif hataya dikkat edin.Bu, standart alandaki segmentasyonun el ile düzeltilmesini gerektiriyor. Son olarak, bu rakam yeterli ve hiçbir manuel düzeltme gerektiren üçüncü gün MRI FLAIR dizisinin kayıt sonuçlarını gösterir. Bu protokol, doğru enfarktüs segmentasyonunun nasıl gerçekleştirilebildiğine ve beyin şablonuna nasıl kaydoluncaya ilişkin pratik yönergeler de dahil olmak üzere, lezyon-semptom eşlemesi için görüntüleme verilerini hazırlama işlemini kapsar.Lezyon haritaları, belirli bir bilişsel fonksiyonu lokalize etmek veya inme hastalarında bilişsel sonucu tahmin etmek için lezyon konumunu kullanmak için lezyon-semptom haritalama çalışmalarında kullanılabilir. Bu protokol, lezyon-semptom haritalama çalışmaları için iş akışını hızlandırır ve uyumlu hale getirerek araştırmacıların yüzlerce ila binlerce denek de dahil olmak üzere çok merkezli büyük çalışmalar yapmalarını sağlar.

Research

JoVE Journal

Behavior

Flat-floored Air-lifted Platform: A New Method for Combining Behavior with Microscopy or Electrophysiology on Awake Freely Moving Rodents

Düz zeminli Hava kaldırdı Platform: Yeni Bir Yöntem Awake üzerinde Mikroskopi veya Elektrofizyoloji ile davranışı birleştiren için serbestçe Kemirgenler Hareketli

It is widely acknowledged that the use of general anesthetics can undermine the relevance of electrophysiological or microscopical data obtained from a ...

Combined Shuttle-Box Training with Electrophysiological Cortex Recording and Stimulation as a Tool to Study Perception and Learning

Algı ve Öğrenme Eğitim bir aracı olarak Elektrofizyolojik Cortex Kayıt ve Stimülasyon ile Servisi-Box Eğitim Kombine

Shuttle-box avoidance learning is a well-established method in behavioral neuroscience and experimental setups were traditionally custom-made; the ...

A General Method for Evaluating Deep Brain Stimulation Effects on Intravenous Methamphetamine Self-Administration

İntravenöz Metamfetamin Self-İdaresi Derin Beyin Stimülasyonu Etkileri değerlendirilmesi için Genel Bir Yöntem

Substance use disorders, particularly to methamphetamine, are devastating, relapsing diseases that disproportionally affect young people.  There is a need ...

A Method for Evaluating the Reinforcing Properties of Ethanol in Rats without Water Deprivation, Saccharin Fading or Extended Access Training

Su Yoksunluk, Sakarin Fading veya Genişletilmiş Erişim Eğitim olmadan Sıçanlarda Etanol Güçlendirme Özelliklerinin Değerlendirilmesi Bir Yöntem

Operant oral self-administration methods are commonly used to study the reinforcing properties of ethanol in animals. However, the standard methods ...

Visualization Method for Proprioceptive Drift on a 2D Plane Using Support Vector Machine

Destek Vektör Makinesi Kullanarak 2B Düzlemde proprioseptif Drift için görselleştirme yöntemi

Proprioceptive drift, which is a perceptual shift in body-part position from the unseen real body to a visible body-like image, has been measured as the ...

fMRI Mapping of Brain Activity Associated with the Vocal Production of Consonant and Dissonant Intervals

Konuşma ve Dinsiz Aralıkların Vokal Prodüksiyonuyla İlişkili Beyin Aktivitesinin fMRI Haritalaması

The neural correlates of consonance and dissonance perception have been widely studied, but not the neural correlates of consonance and dissonance ...

Key Elements of Photo Attraction Bioassay for Insect Studies or Monitoring Programs

Fotoğraf çekim Bioassay böcek çalışmalar veya izleme programları için temel unsurları

Optimized visual attractants will increase insect trapping efficiency by using the target insect&#39;s innate behaviors (positive photo-taxis) as a means ...

The Unpredictable Chronic Mild Stress Protocol for Inducing Anhedonia in Mice

Anhedonia farelerde Inducing için öngörülemeyen kronik hafif stres Protokolü

Depression is a highly prevalent and debilitating condition, only partially addressed by current pharmacotherapies. The lack of response to treatment by ...

A Conditioned Place Preference Protocol for Measuring Incubation of Craving in Rats

Kuluçka özlem sıçanlarda ölçmek için bir şartına yer tercih Protokolü

A major cause of repeated relapses is a craving for the drug. Drug craving increases progressively during the abstinence period, a phenomenon termed ...