Name: high-throughput analysis of optical mapping data using electromap
Uploaded: 2019-06-04T15:00:00
Duration: 7 min 36 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-Throughput Analysis of Optical Mapping Data Using ElectroMap at JoVE.com

Dit werk werd gefinancierd door het EPSRC studentship (SCI-PHY-4-Health Centre for Doctoral training L016346) naar D.P., K.R. en L.F., Wellcome Trust Seed Award subsidie (109604/Z/15/Z) aan D.P., British Heart Foundation subsidies (PG/17/55/33087, RG/17/15/33106) aan D.P. , Europese Unie (subsidieovereenkomst nr. 633196 [CATCH ME] bij P.K. en L.F.), British Heart Foundation (FS/13/43/30324 tot P.K. en L.F.; PG/17/30/32961 naar P.K. en A.H.), en Leducq Foundation tot P.K.. J.W. wordt ondersteund door de British Heart Foundation (FS/16/35/31952).

<ol>
	<li>Efimov, I. R., Nikolski, V. P., Salama, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+Imaging+of+the+Heart.">Optical Imaging of the Heart.</a> Circulation Research. 94, 21-33 (2004).</li><li>Herron, T. J., Lee, P., Jalife, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+imaging+of+voltage+and+calcium+in+cardiac+cells+&amp;+tissues.">Optical imaging of voltage and calcium in cardiac cells &amp; tissues.</a> Circulation Research. 110, 609-623 (2012).</li><li>Boukens, B. J., Efimov, I. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+century+of+optocardiography.">A century of optocardiography.</a> IEEE Reviews in Biomedical Engineering. 7, 115-125 (2014).</li><li>Myles, R. C., Wang, L., Kang, C., Bers, D. M., Ripplinger, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Local+&#946;-adrenergic+stimulation+overcomes+source-sink+mismatch+to+generate+focal+arrhythmia.">Local &#946;-adrenergic stimulation overcomes source-sink mismatch to generate focal arrhythmia.</a> Circulation Research. 110, 1454-1464 (2012).</li><li>Syeda, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PITX2+Modulates+Atrial+Membrane+Potential+and+the+Antiarrhythmic+Effects+of+Sodium-Channel+Blockers.">PITX2 Modulates Atrial Membrane Potential and the Antiarrhythmic Effects of Sodium-Channel Blockers.</a> Journal of the American College of Cardiology. 68, 1881-1894 (2016).</li><li>Winter, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sympathetic+nervous+regulation+of+cardiac+alternans+in+the+intact+heart.">Sympathetic nervous regulation of cardiac alternans in the intact heart.</a> Frontiers in Physiology. 9, 1-12 (2018).</li><li>Faggioni, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Suppression+of+spontaneous+ca+elevations+prevents+atrial+fibrillation+in+calsequestrin+2-null+hearts.">Suppression of spontaneous ca elevations prevents atrial fibrillation in calsequestrin 2-null hearts.</a> Circulation: Arrhythmia and Electrophysiology. 7, 313-320 (2014).</li><li>Sato, P. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loss+of+Plakophilin-2+Expression+Leads+to+Decreased+Sodium+Current+and+Slower+Conduction+Velocity+in+Cultured+Cardiac+Myocytes.">Loss of Plakophilin-2 Expression Leads to Decreased Sodium Current and Slower Conduction Velocity in Cultured Cardiac Myocytes.</a> Circulation Research. 105, 523-526 (2009).</li><li>Yu, T. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+mapping+design+for+murine+atrial+electrophysiology.">Optical mapping design for murine atrial electrophysiology.</a> Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering: Imaging &amp; Visualization. 5, 368-378 (2017).</li><li>Laughner, J. I., Ng, F. S., Sulkin, M. S., Arthur, R. M., Efimov, I. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+and+analysis+of+cardiac+optical+mapping+data+obtained+with+potentiometric+dyes.">Processing and analysis of cardiac optical mapping data obtained with potentiometric dyes.</a> American Journal of Physiology. Heart and Circulatory Physiology. 303, H753-H765 (2012).</li><li>Crocini, C., Ferrantini, C., Pavone, F. S., Sacconi, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optogenetics+gets+to+the+heart:+A+guiding+light+beyond+defibrillation.">Optogenetics gets to the heart: A guiding light beyond defibrillation.</a> Progress in Biophysics and Molecular Biology. 130, 132-139 (2017).</li><li>Entcheva, E., Bub, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=All-optical+control+of+cardiac+excitation:+Combined+high-resolution+optogenetic+actuation+and+optical+mapping.">All-optical control of cardiac excitation: Combined high-resolution optogenetic actuation and optical mapping.</a> The Journal of Physiology. 9, 2503-2510 (2016).</li><li>O&#8217;Shea, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ElectroMap:+High-throughput+open-source+software+for+analysis+and+mapping+of+cardiac+electrophysiology.">ElectroMap: High-throughput open-source software for analysis and mapping of cardiac electrophysiology.</a> Scientific Reports. 9, 1-13 (2019).</li><li>Yu, T. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+automated+system+using+spatial+oversampling+for+optical+mapping+in+murine+atria.+Development+and+validation+with+monophasic+and+transmembrane+action+potentials.">An automated system using spatial oversampling for optical mapping in murine atria. Development and validation with monophasic and transmembrane action potentials.</a> Progress in Biophysics and Molecular Biology. 115, 340-348 (2014).</li><li>Jaimes, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+response+of+the+isolated,+perfused+normoxic+heart+to+pyruvate+dehydrogenase+activation+by+dichloroacetate+and+pyruvate.">Functional response of the isolated, perfused normoxic heart to pyruvate dehydrogenase activation by dichloroacetate and pyruvate.</a> Pflugers Archiv. 468, 131-142 (2016).</li><li>Wang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cardiac+tissue+slices:+preparation,+handling,+and+successful+optical+mapping.">Cardiac tissue slices: preparation, handling, and successful optical mapping.</a> American Journal of Physiology. Heart and Circulatory Physiology. 308, H1112-H1125 (2015).</li><li>Parrish, D. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transient+denervation+of+viable+myocardium+after+myocardial+infarction+does+not+alter+arrhythmia+susceptibility.">Transient denervation of viable myocardium after myocardial infarction does not alter arrhythmia susceptibility.</a> American Journal of Physiology. Heart and Circulatory. , (2017).</li><li>Ihara, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrophysiological+Assessment+of+Murine+Atria+with+High-Resolution+Optical+Mapping.">Electrophysiological Assessment of Murine Atria with High-Resolution Optical Mapping.</a> Journal of Visualized Experiments. (132), e56478 (2018).</li><li>Holmes, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Regional+Reduction+in+Ito+and+IKACh+in+the+Murine+Posterior+Left+Atrial+Myocardium+Is+Associated+with+Action+Potential+Prolongation+and+Increased+Ectopic+Activity.">A Regional Reduction in Ito and IKACh in the Murine Posterior Left Atrial Myocardium Is Associated with Action Potential Prolongation and Increased Ectopic Activity.</a> Plos One. 11, e0154077 (2016).</li><li>Lang, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arrhythmogenic+remodeling+of+&#946;&lt;inf&gt;2&lt;/inf&gt;+versus+&#946;&lt;inf&gt;1&lt;/inf&gt;+adrenergic+signaling+in+the+human+failing+heart.">Arrhythmogenic remodeling of &#946;&lt;inf&gt;2&lt;/inf&gt; versus &#946;&lt;inf&gt;1&lt;/inf&gt; adrenergic signaling in the human failing heart.</a> Circulation: Arrhythmia and Electrophysiology. 8, 409-419 (2015).</li><li>Kang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+Organotypic+Cultured+Cardiac+Slices:+New+Platform+For+High+Throughput+Preclinical+Human+Trials.">Human Organotypic Cultured Cardiac Slices: New Platform For High Throughput Preclinical Human Trials.</a> Scientific Reports. 6, 1-13 (2016).</li><li>Wen, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transverse+cardiac+slicing+and+optical+imaging+for+analysis+of+transmural+gradients+in+membrane+potential+and+Ca2++transients+in+murine+heart.">Transverse cardiac slicing and optical imaging for analysis of transmural gradients in membrane potential and Ca2+ transients in murine heart.</a> The Journal of Physiology. 596, 3951-3965 (2018).</li><li>Houston, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterisation+of+re-entrant+circuit+(or+rotational+activity)+in+vitro+using+the+HL1-6+myocyte+cell+line.">Characterisation of re-entrant circuit (or rotational activity) in vitro using the HL1-6 myocyte cell line.</a> Journal of Molecular and Cellular Cardiology. 119, 155-164 (2018).</li><li>Yu, T. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+mapping+design+for+murine+atrial+electrophysiology.">Optical mapping design for murine atrial electrophysiology.</a> Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering: Imaging and Visualization. 5, 368-376 (2017).</li><li>Laughner, J. I., Ng, F. S., Sulkin, M. S., Arthur, R. M., Efimov, I. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+and+analysis+of+cardiac+optical+mapping+data+obtained+with+potentiometric+dyes.">Processing and analysis of cardiac optical mapping data obtained with potentiometric dyes.</a> AJP: Heart and Circulatory Physiology. 303, H753-H765 (2012).</li><li>Bayly, P. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimation+of+Conduction+Velocity+Vector+Fields+from+Epicardial+Mapping+Data.">Estimation of Conduction Velocity Vector Fields from Epicardial Mapping Data.</a> IEEE Transactions on Bio-Medical Engineering. 45, 563-571 (1998).</li><li>Jaimes, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+technical+review+of+optical+mapping+of+intracellular+calcium+within+myocardial+tissue.">A technical review of optical mapping of intracellular calcium within myocardial tissue.</a> American Journal of Physiology. Heart and Circulatory Physiology. 310, H1388-H1401 (2016).</li><li>Wang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+mapping+of+sarcoplasmic+reticulum+Ca2++in+the+intact+heart:+Ryanodine+receptor+refractoriness+during+alternans+and+fibrillation.">Optical mapping of sarcoplasmic reticulum Ca2+ in the intact heart: Ryanodine receptor refractoriness during alternans and fibrillation.</a> Circulation Research. 114, 1410-1421 (2014).</li><li>Winter, J., Shattock, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Geometrical+considerations+in+cardiac+electrophysiology+and+arrhythmogenesis.">Geometrical considerations in cardiac electrophysiology and arrhythmogenesis.</a> Europace. , (2016).</li><li>Mironov, S., Jalife, J., Tolkacheva, E. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+conduction+velocity+restitution+and+short-term+memory+in+the+development+of+action+potential+duration+alternans+in+isolated+rabbit+hearts.">Role of conduction velocity restitution and short-term memory in the development of action potential duration alternans in isolated rabbit hearts.</a> Circulation. 118, 17-25 (2008).</li><li>Khwaounjoo, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Image-Based+Motion+Correction+for+Optical+Mapping+of+Cardiac+Electrical+Activity.">Image-Based Motion Correction for Optical Mapping of Cardiac Electrical Activity.</a> Annals of Biomedical Engineering. 43, 1235-1246 (2014).</li><li>Christoph, J., Luther, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Marker-Free+Tracking+for+Motion+Artifact+Compensation+and+Deformation+Measurements+in+Optical+Mapping+Videos+of+Contracting+Hearts.">Marker-Free Tracking for Motion Artifact Compensation and Deformation Measurements in Optical Mapping Videos of Contracting Hearts.</a> Frontiers in Physiology. 9, (2018).</li><li>Umapathy, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phase+Mapping+of+Cardiac+Fibrillation.">Phase Mapping of Cardiac Fibrillation.</a> Circulation: Arrhythmia and Electrophysiology. 3, 105-114 (2010).</li><li>Tomii, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+Algorithm+of+Phase+Singularity+Using+Phase+Variance+Analysis+for+Epicardial+Optical+Mapping+Data.">Detection Algorithm of Phase Singularity Using Phase Variance Analysis for Epicardial Optical Mapping Data.</a> IEEE Transactions on Biomedical Engineering. 63, 1795-1803 (2016).</li><li>Cantwell, C. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Techniques+for+automated+local+activation+time+annotation+and+conduction+velocity+estimation+in+cardiac+mapping.">Techniques for automated local activation time annotation and conduction velocity estimation in cardiac mapping.</a> Computers in Biology and Medicine. 65, (2015).</li></ol>

P.K. ontvangt Onderzoeksondersteuning van verschillende drugs-en apparaatbedrijven die actief zijn in atriumfibrillatie en heeft honorarium van verschillende dergelijke bedrijven ontvangen. L.F. heeft institutionele onderzoekssubsidies ontvangen EU, BHF, MRC, DFG en Gilead. P.K. en L.F. worden vermeld als uitvinders op twee patenten van de Universiteit van Birmingham (atriumfibrillatie therapie WO 2015140571, markers voor atriumfibrillatie WO 2016012783).

Alle andere auteurs verklaren geen potentieel belangenconflict.

Hier presenteren we een stapsgewijze handleiding voor het gebruik van open-source software ElectroMap voor flexibele en multi-variabele analyse van cardiale optische mapping datasets. Voor een succesvol gebruik van ElectroMap, moeten Imaging gegevens worden in. TIF of. MAT formaten. ElectroMap bevat verschillende aanpasbare gebruikersinstellingen. Zoals blijkt uit Figuur 2a, is dit noodzakelijk vanwege de grote heterogeniteit die bestaat tussen experimentele modellen en beeldbewerkings hardware. Dit betekent echter dat de standaardinstellingen binnen de software niet altijd optimaal zijn, dus een cruciale stap in het gebruik van de software is voor de gebruiker om instellingen voor hun specifieke experimentele Setup af te stemmen. Deze omvatten camera-instellingen en tijdschema's, zoals weergegeven in Figuur 2b. Zodra optimale instellingen zijn gevonden, kunnen deze op latere tijdstippen worden opgeslagen en opnieuw geladen door configuratiebestandte selecteren.
De integratie van geautomatiseerde CL-meting en signaal segmentatie zijn de belangrijkste voordelen van de software. Deze functies maken analyse van acute reacties in experimentele opnames mogelijk en verbreden de analyse van het focussen op geïsoleerde single beats. Zodra de gewenste segmentatie is bereikt, maakt de enkele bestandsanalyse module geautomatiseerde analyse van elk afzonderlijk segment (inclusief single beats), het realiseren van een high-throughput analyse van meerdere variabelen over de opname in een enkelvoudig CSV-bestand. In combinatie is ensemble middeling van gegroepeerde pieken een effectieve methode om de kwaliteit van lawaaierige signalen te verbeteren die automatisch wordt uitgevoerd in ElectroMap. Het gemiddelde van het ensemble is echter niet alomtegenwoordig, bijvoorbeeld in studies naar een beat-to-beat variabiliteit. Daarom integreert Electro map single beat segmentatie om te voorkomen dat ensemble middelaging, alternatieve verwerkingsopties om SNR (ruimtelijke en temporele filtering) te verbeteren en bevat de alternatieven analyse module om verder te onderzoeken en kaart Beat-to-beat variabiliteit.
Gegevenssets voor optische toewijzingen vertonen vaak artefacten zoals basislijn drift en bewegings artefacten. Evenzo kunnen de gegenereerde signalen een lage kwaliteit hebben door kleine pixel groottes, korte belichtingstijden en lage fractionele fluorescerende veranderingen2. Deze factoren voorkomen een effectieve en accurate analyse van het onderliggende EP-gedrag. Zoals geschetst, ElectroMap heeft verschillende verwerkings strategieën om deze problemen te overwinnen. Echter, toepassing van deze algoritmen om fundamenteel slechte kwaliteit/vervormde gegevens zal nog steeds voorkomen dat effectieve analyse. SNR is daarom een van de parameters die wordt gemeten en weergegeven in elektro kaart. Evenzo kan de gebruiker de signalen van specifieke regio's uit het voorbeeld selecteren en vergelijken met behulp van de pixel info -en vergelijkings modules, waardoor verschijnselen zoals bewegings artefacten in afbeelding 5kunnen worden geïdentificeerd en geschikte uitsluiting van gegevens.
Op dit moment biedt ElectroMap geen ondersteuning voor het verwijderen van bewegings artefacten uit onbewerkte gegevens op dezelfde manier als basislijn correctie. Daarom is een mogelijke toekomstige ontwikkeling van de software opname van bewegings artefact verwijdering door computationele methoden zoals gerapporteerd31,32. Bovendien is ElectroMap momenteel beperkt tot het bestuderen van één optisch signaal. Echter, voor ratiometrische kleurstoffen en gelijktijdig gebruik van spanning en calcium kleurstoffen27, gelijktijdige verwerking van twee golflengte kanalen is vereist. De integratie van dubbele signaalanalyse is daarom een belangrijke toekomstige aanvulling op de software. Uitbreiding van de analyse opties die van toepassing zijn op aritmische gegevenssets, zoals het volgen van fase singulariteit, zou de reikwijdte van de software33,34, even verruimen. Ten slotte kunnen verschillende van de beschreven analyse opties ook nuttig zijn bij het analyseren van de elektrode toewijzingsgegevens. Inderdaad, electromap is gebruikt voor het analyseren van elektrode Mapping gegevens ondanks de contrasterende electrogram golfvorm20,35, en verdere optimalisatie zal het gebruik ervan voor deze modaliteit uit te breiden.

Optische mapping maakt gebruik van fluorescerende verslaggevers van spanning en/of calciumconcentratie voor het ondervragen van cardiale elektrofysiologie (EP) en de behandeling van calcium in multicellulaire preparaten, met een grotere ruimtelijke resolutie dan haalbaar met traditionele technieken1,2,3. Daarom is optische mapping ontstaan als een belangrijke en steeds vaker gebruikte techniek, die belangrijke inzichten verschaft in fysiologisch en pathofysiologisch elektrisch gedrag in het hart3,4,5 ,6,7,8. Een effectieve verwerking en analyse van gegevens die zijn verkregen uit experimenten met optische toewijzingen, wordt bemoeilijkt door verschillende factoren. De hoge spatiotemporele resolutie aard van optische kaartgegevens sets resulteert in RAW-videobestanden die bestaan uit duizenden afbeeldingskaders, elk opgebouwd uit een aantal afzonderlijke pixels, waardoor grote gegevensbestanden ontstaan die een hoge doorvoer vereisen en geautomatiseerde verwerking9. Kleine pixel groottes, slecht en ongelijkmatig laden van de kleurstof en kleine fractionele veranderingen in fluorescentie resulteren in optische signalen met een lage signaal-ruis verhouding (SRV), die voor bewerking voorafgaand aan een effectieve analyse haalbaar is10. Verwerking en analyse kunnen verder worden bemoeilijkt door het gebruik van optogenetische pacing-protocollen die licht gebruiken om activering te initiëren, waardoor het opgenomen signaal van de fluorescentie sensoren11,12mogelijk wordt verstoord. Bovendien kunnen, zodra gegevens zijn verwerkt, verschillende niet-consistente technieken en definities worden toegepast om parameters van belang te meten, waarbij de meest toepasselijke technieken variëren, afhankelijk van de experimentele opzet, het model en de vraag2, 10,13. Deze beperkingen verhinderen verdere opname van de technologie en belemmeren een echte objectieve analyse.
Om deze beperkingen te overwinnen, hebben verschillende onderzoeksgroepen aangepaste verwerkings pijpleidingen ontworpen die zijn afgestemd op hun experimentele model, vraag en hardware7,14,15,16. Anderen maken gebruik van commerciële propriëtaire software waarbij de onderliggende algoritmen moeilijk toegang kunnen hebben tot4,17. Als gevolg hiervan is er een duidelijke behoefte aan een vrij beschikbaar open-source software platform voor de verwerking en analyse van optische toewijzingsgegevens. Het is belangrijk dat deze software open-source, makkelijk te gebruiken, flexibel tot parameter aanpassing is, toepasbaar op een reeks experimentele modellen met verschillende EP-eigenschappen en een cruciale mogelijkheid biedt om eenvoudige en instelbare kwantificering van het bereik van cardiale parameters die kunnen worden bestudeerd met behulp van optische toewijzing.
We hebben onlangs een uitgebreid software platform, ElectroMap, gepubliceerd en uitgebracht voor High-through, semi-geautomatiseerde verwerking, analyse en mapping van cardiale optische mapping datasets13. Hier presenteren we een video handleiding voor het gebruik van ElectroMap en demonstreren hoe het kan worden gebruikt voor het verwerken, analyseren en toewijzen van verschillende optische mapping datasets. We richten ons op het gebruik van ElectroMap om standaard EP-en calcium behandelings variabelen te kwantificeren en het gebruik van standalone geleidings snelheid, analyse van één bestand en alteren tie-modules aan te tonen.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>MATLAB and Simulink R2018a</td>
			<td>Mathworks, Inc, Natick, MA</td>
			<td></td>
			<td>MATLAB software</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-throughput analysis of optical mapping data using electromap

Optische mapping is een gevestigde techniek voor hoge spatio-temporele resolutie studie van cardiale elektrofysiologie in multi-cellulaire preparaten. Hier presenteren we, in een stapsgewijze handleiding, het gebruik van ElectroMap voor analyse, kwantificering en mapping van hoge-resolutie voltage en calcium datasets verkregen door optische mapping. ElectroMap-analyse opties beslaan een breed scala aan belangrijke elektrofysiologische parameters, en de grafische gebruikersinterface maakt eenvoudige wijziging van voor verwerking en parameterdefinities mogelijk, waardoor ElectroMap toepasbaar is op een breed scala van experimentele modellen. We laten zien hoe ingebouwde pacing frequentie detectie en signaal segmentatie een high-throughput analyse van volledige experimentele opnames, acute reacties en één Beat-to-beat variabiliteit mogelijk maakt. Daarnaast bevat ElectroMap geautomatiseerde multi-beat gemiddelden om de signaalkwaliteit van lawaaierige gegevenssets te verbeteren, en hier laten we zien hoe deze functie kan helpen om elektrofysiologische veranderingen te verhelderen die anders onopgemerkt zouden kunnen blijven bij het gebruik van single Beat-analyse. Aangepaste modules zijn opgenomen in de software voor gedetailleerd onderzoek van de geleiding, analyse van één bestand, en plaatsvervankers, zoals hier gedemonstreerd. Dit software platform kan worden gebruikt om de verwerking, analyse en mapping van complexe cardiale elektrofysiologie in te schakelen en te versnellen.

Alle werkzaamheden die in het kader van deze studie zijn verricht, zijn uitgevoerd in overeenstemming met ethische richtsnoeren die zijn vastgesteld door de Britse dieren (wetenschappelijke procedures) Act 1986 en richtlijn 2010/63/EU van het EuropeesParlement inzake de bescherming van dieren die voor wetenschappelijke doeleinden worden gebruikt. Experimenten werden goedgekeurd door de Home Office (muis: PPL 30/2967 en PFDAAF77F, Guinea Pig: PPL PF75E5F7F) en de institutionele Review boards aan de Universiteit van Birmingham (Mouse) en King's College Londen (cavia). Gedetailleerde methoden voor het verzamelen van de onbewerkte gegevens die hier zijn geanalyseerd, u vinden in onze vorige publicaties5,6,14,19.
De hoofdinterface van waaruit ElectroMap wordt bestuurd, wordt weergegeven in Figuur 1a. De benodigde stappen voor het analyseren van een gegevensset worden voornamelijk beheerd door de knoppen afbeeldingen laden, proces afbeeldingenen kaarten produceren , en worden gemarkeerd in groen, blauw en rood, respectievelijk in Figuur 1a. Afbeelding 1B-D toont de bewerkingen die plaatsvinden op de selectie van elk van deze knoppen. Laden afbeeldingen past de afbeelding drempel opties zoals geselecteerd door de gebruiker (afbeelding 1B), terwijl de proces afbeeldingen (afbeelding 1c) van toepassing filtering en basislijn correctie. Tot slot, produceren Maps zal eerst gemiddelde gegevens volgens de tijdvenster en segmentatie-instellingen (tenzij single beat segmentatie is gekozen) en voer vervolgens analyses hierboven beschreven.
Een belangrijk aspect van Electro map is de flexibiliteit met betrekking tot het cameratype en het experimentele model. Dit is cruciaal voor het nut van een optische mapping software als gevolg van de verschillende cardiale EP en anatomische kenmerken die bestaan tussen veel gebruikte modellen. Figuur 2a toont bijvoorbeeld de actiepotentiaal morfologie van de muriene atria in vergelijking met het cavia ventrikel, opgenomen met behulp van spannings gevoelige kleurstoffen zoals eerder gemeld6,14. Ondanks de duidelijke vorm van het actiepotentiaal, en het gebruik van twee aparte optische mapping camera's met verschillende framerates en pixel groottes, kan Electro map worden gebruikt om beide datasets met succes te analyseren. Dit vereist echter een wijziging van bepaalde parameters binnen de gebruikersinterface (Figuur 2b). Merk op dat het langdurige cavia-actie potentieel een groter tijdvenster vereist. Bovendien, om te voorkomen dat de Top-Hat basislijn correctie de optisch vastgelegde signalen onfysiologisch aanpast, moet de tijdsduur ervan worden verhoogd zodat deze groter is dan het tijdsverloop van het actie potentieel.
ElectroMap biedt een veelheid aan verwerkingsopties om de SNR te helpen verbeteren van optisch geregistreerde signalen die nodig kunnen zijn om de EP-parameters effectief te herstellen. Een voorbeeld is geautomatiseerde ensemble middeling van pieken na gegevens segmentatie. Figuur 3a-C demonstreert hoe de toepassing van het ensemble middeling, in plaats van andere methoden, SNR kan verbeteren van geïsoleerde Murine die atria verliet (n = 13). Dit vermindert de meet heterogeniteit en de waarschijnlijkheid van analyse fouten (figuur 3D). Een wijziging van de tempo frequentie van 3 Hz tot 10 Hz heeft bijvoorbeeld geen invloed op APD50, wanneer geen ensemble gemiddelden worden genomen, maar er werd een verwachte29 afname in apd50 bij 10 Hz pacing waargenomen wanneer gemeten uit de gemiddelde gegevens van het ensemble ( Figuur 3E).
Figuur 4 demonstreert de werkzaamheid en het nut van geautomatiseerde pacing frequentie detectie en segmentatie aangeboden door electromap. Hier, muis links atria (n = 5) waren tempo op een 120 MS cyclus lengte en cyclus lengte werd stapsgewijs verkort door 10 MS totdat 50 MS. ElectroMap identificeerde automatisch de lengte van de pacing cyclus en gegroepeerde weefsel gemiddelden (figuur 4a ). Dit werd bereikt met een hoge nauwkeurigheid in alle datasets (figuur 4b). Geautomatiseerde segmentatie van de gegevens toegestaan eenvoudige en hoge doorvoer analyse van de vertraging van de geleidings snelheid met verhoogde pacing frequentie/verkorte cyclus lengte (figuur 4c, D). Gelijktijdig, APD50 (figuur 4e) en diastolische interval (figuur 4F) verkort. De amplitude van de optisch gemeten pieken daalde, terwijl de tijd tot piek steeg (figuur 4G, H). Deze zijn opnieuw de verwachte restitutie reacties in hartweefsel29,30 en gebruik van electromap kan helpen daarom verhelde veranderingen in reactie op pacing frequentie in aanwezigheid van farmacologische agentia, genetische modificatie, of ziektetoestanden.
Een belangrijke overweging bij het gebruik van een software zoals ElectroMap is de aanwezigheid van artefacten in de onderliggende gegevens. Figuur 5toont bijvoorbeeld aan dat bewegings artefacten (de vervorming van het optisch opgenomen signaal door weefsel beweging) nauwkeurige metingen van activering en vooral repolarisatie binnen electromap kunnen uitsluiten. Zie discussie voor verdere overwegingen.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59663/59663fig1.jpg"> Figuur 1: ElectroMap belangrijkste verwerkingsstappen. (A) grafische gebruikersinterface van electromap, met de Load images (groen), process images (blauw) en Produceer Maps (rood) knoppen gemarkeerd. (B) afbeelding drempel opties die kunnen worden toegepast op het selecteren van afbeeldingen laden. (C) beschikbare signaal verwerkingsopties voor de gebruiker zijn ruimtelijke en temporele filtering en basislijn correctie en kunnen worden toegepast op de afbeeldingsstapel door op proces afbeeldingente drukken. D) de Middelings-en parameter kwantificering van het ensemble (Zie apd-meting) die wordt geactiveerd door kaarten makente selecteren. Figuur aangepast van O'Shea et al., 201913. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59663/59663fig1large.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van dit cijfer te bekijken.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59663/59663fig2.jpg"> Figuur 2: analyse van gegevens van de muis en het cavia met behulp van ElectroMap. A) optisch opgenomen actie potentieel van muizen atria en cavia ventrikels, samen met zowel de eerste (DF/DT) en tweede (d2f/DT2) afgeleide van deze signalen. De verschillende definities voor activatie en repolarisatie tijden inzetbaar binnen elektro kaart zijn gemarkeerd. (B) screenshots van beeld-en signaal Verwerkingsinstellingen gebruikt in de electromaps-interface. Rode dozen accentueren instellingen die vereiste wijziging tussen de analyses van de gegevens van de muis en cavia. Figuur aangepast van O'Shea et al., 201913. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59663/59663fig2large.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van dit cijfer te bekijken.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59663/59663fig3.jpg"> Figuur 3: Ensemble middeling om APD-veranderingen op te lossen. (A) apd50 kaart en voorbeeld single pixel signaal van single beat optische actie potentials. (B) apd50 kaart en voorbeeld enkele pixel signaal van optische actie potentialen gegenereerd door Ensemble gemiddelde van 10 opeenvolgende beats (piek methode). (C) SNR van een enkele beat in vergelijking met 10 beat middelverouderde signalen. (D) apd50 heterogeniteit (i) en aantal meetfouten (II) als functie van SNR voor single beat en 10 beat gemiddeld apd50 kaarten. E) apd50 bij een pacing frequentie van 3 en 10 Hz, gemeten vanaf een enkele beat en 10 beat kaarten. (Gegevens weergegeven als gemiddelde ± standaardfout, n = 13 links atria, * * * *p < 0,001 door de gekoppelde t-toets van de student). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59663/59663fig3large.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van dit cijfer te bekijken.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59663/59663fig4.jpg"> Figuur 4: gebruik van ElectroMap om pacing frequentie responsen in hartweefsel te bestuderen. (A) voorbeeld electromap screenshot van pacing frequentie herkenning en segmentatie. B) vergelijking van bekende en electromap gemeten pacing cyclus lengtes. (C) activerings kaarten op 120 ms en 60 MS pacing cyclus lengtes. (D-H) Gegroepeerde gegevens van geleidings snelheid (d), apd50 (E), diastolische interval (F), amplitude (G) en tijd tot piek (H) als functie van de tempo cyclus lengte die daalt van 120 MS tot 60 MS in stappen van 10 MS. (Gegevens weergegeven als gemiddelde ± standaardfout, n = 5 linker atria) <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59663/59663fig4large.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van dit cijfer te bekijken.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59663/59663fig5.jpg"> Figuur 5: effect van bewegings artefacten. (A) apd50 -kaart. (B) activatie kaart. (C) voorbeeldsignalen van locaties die zijn gemarkeerd (kruisingen) op apd-en activerings kaarten. In het gebied van het weefsel gemarkeerd met het Rode Kruis, contractie is niet succesvol ontkoppeld, verstoren van het gemeten optische signaal. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59663/59663fig5large.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van dit cijfer te bekijken.</a>

Watch this Scientific Journal Video about High-Throughput Analysis of Optical Mapping Data Using ElectroMap at JoVE.com

High-Throughput Analysis of Optical Mapping Data Using ElectroMap

Dit protocol beschrijft de installatie en het gebruik van ElectroMap, een op MATLAB gebaseerd open-source software platform voor de analyse van cardiale optische toewijzingsgegevens. ElectroMap biedt een veelzijdige High-throughput tool voor analyse van optische mapping spanning en calcium datasets over een breed scala van cardiale experimentele modellen.

High-throughput analyse van optische toewijzingsgegevens met behulp van ElectroMap

Optical mapping is an established technique for high spatio-temporal resolution study of cardiac electrophysiology in multi-cellular preparations. Here we ...

Het gebruik van multi-array en optische mapping technologieën in cardiale onderzoek breidt zich uit. Echter, wat momenteel ontbreekt is robuuste, high-throughput opensource software voor de analyse van elektrofysiologie gegevens. Daarom hebben we nieuwe software ontwikkeld genaamd ElectroMap om onderzoekers te helpen met hun analyse.ElectroMap bevat nieuwe en gevestigde methoden om cardiale mapping gegevens die kunnen worden verkregen van elke soort met behulp van meerdere verschillende camera's, meerdere verschillende fluorescerende kleurstoffen, en verschillende acquisitie modaliteiten met inbegrip van optische mapping en multi-elektrode array systemen te analyseren. Naast het meten van standaard AP parameters zoals actie potentiële duur, geleidende test, en morfologie, ElectroMap maakt analyse en kwantificeren activiteit. Begin met het downloaden van alle bestanden van de nieuwste broncoderelease van ElectroMap uit de GitHub-repository.Rits de gedownloade inhoud open naar een gewenste locatie. Open MATLAB en navigeer naar de maplocatie als host van de ElectroMap-broncode. Open vervolgens de bestandselektromap.m en druk op run in de editor om de ElectroMap-gebruikersinterface te starten. Druk vervolgens op de map om de afbeelding te laden en naar de locatie van het te analyseren gegevensbestand of bestanden te navigeren. Selecteer het bestand dat moet worden geladen vanuit de interface en druk op het laden van afbeeldingen.Eenmaal geladen verschijnt het eerste frame en geeft een rode omtrek automatische drempelwaarde van de afbeelding aan. Wijzig dit desgewenst naar een drempelwaarde op basis van de amplitude van de signaaltijdcursus door de optie in het vervolgkeuzemenu voor drempelwaarden te wijzigen. Houd er rekening mee dat zodra de drempelwaarde is geselecteerd, deze vervolgens wordt toegepast voor de hele afbeeldingsstapel.Wijzig desgevraagd de drempeloptie in handmatige handleiding waarmee de schuifregelaar handmatig de afbeeldingsdrempel wordt aangepast. Selecteer bovendien het aangepaste interessegebied voor analyse door de juiste vinkjes onder de drempelopties te selecteren. Houd er rekening mee dat geavanceerde opties voor de selectie van de regio's, zoals het aantal gebieden, beschikbaar zijn in de ROI-selectie in het bovenste menu.Zodra een geschikte drempelwaarde is toegepast, drukt u afbeeldingen om de verwerking toe te passen. Zorg er op dit moment voor dat de juiste camera-instellingen zijn ingevoerd voor framesnelheid en kilohertz en pixelgrootte in micrometers en opties voor signaalverwerking, zoals venstertijdframe, ruimtelijke en temporele filtering. Nadat het bestand is verwerkt, inspecteer de pieken in het weefsel gemiddelde signaal gelabeld door rode cirkels.Segmenteer het signaal op basis van gedetecteerde pieken. Druk op segmentsignaal. Pas desgevraagd aangepaste segmentatie van het signaal toe door in te zoomen op het tijdstip van interesse en segmentsignaal te selecteren.Nadat de afbeeldingen zijn verwerkt, wordt de knop Kaarten voor producten actief. Druk op productiekaarten om actiepotentieel, activeringstijd, geleidingssnelheid en signaal-ruisverhoudingsanalyse toe te passen. Selecteer de gewenste segmenten in het keuzevak om de analyse op elke segment toe te passen.Selecteer vervolgens pixelinformatie ophalen om een gedetailleerde weergave van het signaal van een pixel in de afbeelding te zien en pixels te vergelijken om signalen van maximaal zes locaties gelijktijdig te plotten. Om toegang te krijgen tot meer gedetailleerde analyse van geleidingssnelheid, persgeleiding. Druk vervolgens op één vector om geleiding te analyseren met behulp van de enkele vectormethode waarbij de verloopvector wordt berekend op basis van de vertragingsinactivatietijd tussen twee punten.Druk ten slotte op de lokale vector om de multi-vectormethode toe te passen met de instellingen die overeenkomen met die van de hoofdinterface. Druk op activeringscurve om het percentage weefsel dat wordt geactiveerd als functie van de tijd in kaart te brengen. Als u andere parameters met ElectroMap wilt kwantificeren, selecteert u een van de andere gewenste analyses in het vervolgkeuzemenu boven de weergavekaart.Druk op afzonderlijke bestandsanalyse om een speciale module te openen voor de duur van de doorvoer en de analyse van de geleiding van elk geïdentificeerd segment in een bestand. Voer de analyse uit op de hele afbeelding of op geselecteerde regio's of bezienswaardigheden. Als u gegevens uit ElectroMap wilt exporteren, drukt u op exportwaarden om de waarden van de momenteel weergegeven kaart op te slaan in de hoofdgebruikersinterface.Druk vervolgens op exportkaart om een pop-up weer te geven met de momenteel weergegeven kaart die vervolgens kan worden opgeslagen in verschillende afbeeldingsindelingen. Voeg desgewenst een kleurbalk toe door het pictogram van de kleurenbalk te selecteren. Stel de schaal in door bewerken en kleurenkaart te selecteren.Druk tot slot op activeringsvideo om een animatie van de activeringsreeks weer te geven die kan worden opgeslagen als een geanimeerd GIF-bestand. Dit toont de actie potentiële morfologie van de murine atria in vergelijking met de cavia ventrikel geregistreerd met behulp van spanning gevoelige kleurstoffen zoals eerder gemeld. Ondanks de verschillende vorm van het actiepotentieel en het gebruik van twee afzonderlijke optische kaartcamera's met verschillende framesnelheden en pixelformaten, kan ElectroMap worden gebruikt om beide gegevenssets met succes te analyseren door de juiste parameters te selecteren.De toepassing van ensemble gemiddeld in plaats van andere methoden kan verbeteren SNR van geïsoleerde murine links atria. Een verandering van pacing frequentie van drie hertz naar 10 hertz veranderde APD niet wanneer er geen ensemble gemiddelde wordt ondernomen, maar een verwachte daling van de APD op 10 hertz pacing werd waargenomen wanneer gemeten op uit ensemble gemiddelde gegevens. Verder, muis links atria werden tempo op een 120 milliseconde cyclus lengte en cyclus lengte werd stapsgewijs verkort met 10 milliseconden tot het bereikte 50 milliseconden.ElectroMap identificeert automatisch de pacing cyclus lengte en groep weefsel gemiddelde pieken dienovereenkomstig. APD en diastolische interval ingekort. Amplitude van de optisch gemeten pieken daalde terwijl de tijd tot piek steeg.Dit protocol laat zien hoe u de instellingen in ElectroMap installeren en instellen om snel de potentiële duur, geleidingssnelheid, piek-naar-piekvariabiliteit te analyseren en ook hoe u gemiddeld inwerken om de signaal-ruisverhouding te verbeteren. We hopen dat de release van deze vrij beschikbare software onderzoekers zal helpen met hun analysebehoeften en zal leiden tot een aantal belangrijke ontdekkingen in cardiale onderzoek. We zullen doorgaan met het bouwen van algoritmen die we hebben ontwikkeld en we moedigen anderen aan om ons te helpen de ElectroMap-mogelijkheden verder uit te breiden.

Research

JoVE Journal

Medicine

High-Resolution Endocardial and Epicardial Optical Mapping in a Sheep Model of Stretch-Induced Atrial Fibrillation

High-Resolution endocardiale en epicardiale Optical Mapping in een Schaap Model van Stretch-Induced atriale fibrillatie

 Atrial fibrillation (AF) is a complex cardiac arrhythmia with high morbidity and mortality.1,2 It is the most common sustained cardiac rhythm disturbance ...

Mouse Eye Enucleation for Remote High-throughput Phenotyping

Mouse Eye Enucleatie voor Remote High-throughput Fenotypering

The mouse eye is an important genetic model for the translational study of human ophthalmic disease. Blinding diseases in humans, such as macular ...

Heterogeneity Mapping of Protein Expression in Tumors using Quantitative Immunofluorescence

Heterogeniteit in kaart brengen van de expressie van eiwitten in tumoren met behulp van kwantitatieve Immunofluorescentie

Morphologic heterogeneity within an individual tumor is well-recognized by histopathologists in surgical practice. While this often takes the form of ...

High Throughput Sequential ELISA for Validation of Biomarkers of Acute Graft-Versus-Host Disease

High Throughput Sequentiële ELISA voor de validatie van biomarkers van acute graft-versus-Host ziekte

Unbiased discovery proteomics strategies have  the potential to identify large numbers of novel biomarkers that can improve  diagnostic and prognostic ...

Identification of Disease-related Spatial Covariance Patterns using Neuroimaging Data

Identificatie van ziekte-gerelateerde Ruimtelijke Covariantie Patronen gemaakt Neuroimaging gegevens

The scaled subprofile model (SSM)1-4 is a multivariate PCA-based algorithm that identifies major sources of variation in patient and control group brain ...

An Organotypic High Throughput System for Characterization of Drug Sensitivity of Primary Multiple Myeloma Cells

Een Organotypische High Throughput systeem voor de karakterisering van de Drug gevoeligheid van Primary Multiple Myeloma cellen

In this work we describe a novel approach that combines ex vivo drug sensitivity assays and digital image analysis to estimate chemosensitivity and ...

Optimized LC-MS/MS Method for the High-throughput Analysis of Clinical Samples of Ivacaftor, Its Major Metabolites, and Lumacaftor in Biological Fluids of Cystic Fibrosis Patients

Geoptimaliseerde LC-MS/MS methode voor de analyse van de High-throughput van klinische monsters van Ivacaftor, de belangrijkste metabolieten daarvan en Lumacaftor in biologische vloeistoffen van Cystic Fibrosis patiënten

Defects in the cystic fibrosis trans-membrane conductance regulator (CFTR) are the cause of cystic fibrosis (CF), a disease with life-threatening ...

Electrophysiological Assessment of Murine Atria with High-Resolution Optical Mapping

Elektrofysiologische beoordelingvan lymfkliertest Atria met hoge resolutie optische Mapping

Recent genome-wide association studies targeting atrial fibrillation (AF) have indicated a strong association between the genotype and ...

Comparing Bibliometric Analysis Using PubMed, Scopus, and Web of Science Databases

Het vergelijken van bibliometrische analyse met behulp van PubMed, Scopus en web of Science databases

Literature databases (i.e., PubMed, Scopus, and Web of Science) differ in terms of their coverage, focus, and the tool they provide. PubMed focuses mainly ...