Name: high-throughput analysis of optical mapping data using electromap
Uploaded: 2019-06-04T15:00:00
Duration: 7 min 36 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-Throughput Analysis of Optical Mapping Data Using ElectroMap at JoVE.com

Bu çalışma, EPSRC öğrencilik (Sci-PHY-4-Sağlık Merkezi doktora eğitim L016346) tarafından DP, kahraman ve L.F., Wellcome Trust tohum Ödülü Grant (109604/z/15/z) tarafından finanse edildi DP, İngiliz kalp Vakfı Hibe (PG/17/55/33087, RG/17/15/33106) için DP , Avrupa Birliği (hibe anlaşması Hayır 633196 [CATCH ME] P.K. ve L.F. için), Ingiliz Kalp Vakfı (FS/13/43/30324 için P.K. ve L.F.; PG/17/30/32961 ve P.K. ve Leducq Vakfı P.K. için. JW Ingiliz Kalp Vakfı (FS/16/35/31952) tarafından desteklenmektedir.

<ol>
	<li>Efimov, I. R., Nikolski, V. P., Salama, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+Imaging+of+the+Heart.">Optical Imaging of the Heart.</a> Circulation Research. 94, 21-33 (2004).</li><li>Herron, T. J., Lee, P., Jalife, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+imaging+of+voltage+and+calcium+in+cardiac+cells+&amp;+tissues.">Optical imaging of voltage and calcium in cardiac cells &amp; tissues.</a> Circulation Research. 110, 609-623 (2012).</li><li>Boukens, B. J., Efimov, I. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+century+of+optocardiography.">A century of optocardiography.</a> IEEE Reviews in Biomedical Engineering. 7, 115-125 (2014).</li><li>Myles, R. C., Wang, L., Kang, C., Bers, D. M., Ripplinger, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Local+&#946;-adrenergic+stimulation+overcomes+source-sink+mismatch+to+generate+focal+arrhythmia.">Local &#946;-adrenergic stimulation overcomes source-sink mismatch to generate focal arrhythmia.</a> Circulation Research. 110, 1454-1464 (2012).</li><li>Syeda, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PITX2+Modulates+Atrial+Membrane+Potential+and+the+Antiarrhythmic+Effects+of+Sodium-Channel+Blockers.">PITX2 Modulates Atrial Membrane Potential and the Antiarrhythmic Effects of Sodium-Channel Blockers.</a> Journal of the American College of Cardiology. 68, 1881-1894 (2016).</li><li>Winter, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sympathetic+nervous+regulation+of+cardiac+alternans+in+the+intact+heart.">Sympathetic nervous regulation of cardiac alternans in the intact heart.</a> Frontiers in Physiology. 9, 1-12 (2018).</li><li>Faggioni, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Suppression+of+spontaneous+ca+elevations+prevents+atrial+fibrillation+in+calsequestrin+2-null+hearts.">Suppression of spontaneous ca elevations prevents atrial fibrillation in calsequestrin 2-null hearts.</a> Circulation: Arrhythmia and Electrophysiology. 7, 313-320 (2014).</li><li>Sato, P. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loss+of+Plakophilin-2+Expression+Leads+to+Decreased+Sodium+Current+and+Slower+Conduction+Velocity+in+Cultured+Cardiac+Myocytes.">Loss of Plakophilin-2 Expression Leads to Decreased Sodium Current and Slower Conduction Velocity in Cultured Cardiac Myocytes.</a> Circulation Research. 105, 523-526 (2009).</li><li>Yu, T. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+mapping+design+for+murine+atrial+electrophysiology.">Optical mapping design for murine atrial electrophysiology.</a> Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering: Imaging &amp; Visualization. 5, 368-378 (2017).</li><li>Laughner, J. I., Ng, F. S., Sulkin, M. S., Arthur, R. M., Efimov, I. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+and+analysis+of+cardiac+optical+mapping+data+obtained+with+potentiometric+dyes.">Processing and analysis of cardiac optical mapping data obtained with potentiometric dyes.</a> American Journal of Physiology. Heart and Circulatory Physiology. 303, H753-H765 (2012).</li><li>Crocini, C., Ferrantini, C., Pavone, F. S., Sacconi, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optogenetics+gets+to+the+heart:+A+guiding+light+beyond+defibrillation.">Optogenetics gets to the heart: A guiding light beyond defibrillation.</a> Progress in Biophysics and Molecular Biology. 130, 132-139 (2017).</li><li>Entcheva, E., Bub, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=All-optical+control+of+cardiac+excitation:+Combined+high-resolution+optogenetic+actuation+and+optical+mapping.">All-optical control of cardiac excitation: Combined high-resolution optogenetic actuation and optical mapping.</a> The Journal of Physiology. 9, 2503-2510 (2016).</li><li>O&#8217;Shea, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ElectroMap:+High-throughput+open-source+software+for+analysis+and+mapping+of+cardiac+electrophysiology.">ElectroMap: High-throughput open-source software for analysis and mapping of cardiac electrophysiology.</a> Scientific Reports. 9, 1-13 (2019).</li><li>Yu, T. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+automated+system+using+spatial+oversampling+for+optical+mapping+in+murine+atria.+Development+and+validation+with+monophasic+and+transmembrane+action+potentials.">An automated system using spatial oversampling for optical mapping in murine atria. Development and validation with monophasic and transmembrane action potentials.</a> Progress in Biophysics and Molecular Biology. 115, 340-348 (2014).</li><li>Jaimes, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+response+of+the+isolated,+perfused+normoxic+heart+to+pyruvate+dehydrogenase+activation+by+dichloroacetate+and+pyruvate.">Functional response of the isolated, perfused normoxic heart to pyruvate dehydrogenase activation by dichloroacetate and pyruvate.</a> Pflugers Archiv. 468, 131-142 (2016).</li><li>Wang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cardiac+tissue+slices:+preparation,+handling,+and+successful+optical+mapping.">Cardiac tissue slices: preparation, handling, and successful optical mapping.</a> American Journal of Physiology. Heart and Circulatory Physiology. 308, H1112-H1125 (2015).</li><li>Parrish, D. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transient+denervation+of+viable+myocardium+after+myocardial+infarction+does+not+alter+arrhythmia+susceptibility.">Transient denervation of viable myocardium after myocardial infarction does not alter arrhythmia susceptibility.</a> American Journal of Physiology. Heart and Circulatory. , (2017).</li><li>Ihara, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrophysiological+Assessment+of+Murine+Atria+with+High-Resolution+Optical+Mapping.">Electrophysiological Assessment of Murine Atria with High-Resolution Optical Mapping.</a> Journal of Visualized Experiments. (132), e56478 (2018).</li><li>Holmes, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Regional+Reduction+in+Ito+and+IKACh+in+the+Murine+Posterior+Left+Atrial+Myocardium+Is+Associated+with+Action+Potential+Prolongation+and+Increased+Ectopic+Activity.">A Regional Reduction in Ito and IKACh in the Murine Posterior Left Atrial Myocardium Is Associated with Action Potential Prolongation and Increased Ectopic Activity.</a> Plos One. 11, e0154077 (2016).</li><li>Lang, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arrhythmogenic+remodeling+of+&#946;&lt;inf&gt;2&lt;/inf&gt;+versus+&#946;&lt;inf&gt;1&lt;/inf&gt;+adrenergic+signaling+in+the+human+failing+heart.">Arrhythmogenic remodeling of &#946;&lt;inf&gt;2&lt;/inf&gt; versus &#946;&lt;inf&gt;1&lt;/inf&gt; adrenergic signaling in the human failing heart.</a> Circulation: Arrhythmia and Electrophysiology. 8, 409-419 (2015).</li><li>Kang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+Organotypic+Cultured+Cardiac+Slices:+New+Platform+For+High+Throughput+Preclinical+Human+Trials.">Human Organotypic Cultured Cardiac Slices: New Platform For High Throughput Preclinical Human Trials.</a> Scientific Reports. 6, 1-13 (2016).</li><li>Wen, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transverse+cardiac+slicing+and+optical+imaging+for+analysis+of+transmural+gradients+in+membrane+potential+and+Ca2++transients+in+murine+heart.">Transverse cardiac slicing and optical imaging for analysis of transmural gradients in membrane potential and Ca2+ transients in murine heart.</a> The Journal of Physiology. 596, 3951-3965 (2018).</li><li>Houston, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterisation+of+re-entrant+circuit+(or+rotational+activity)+in+vitro+using+the+HL1-6+myocyte+cell+line.">Characterisation of re-entrant circuit (or rotational activity) in vitro using the HL1-6 myocyte cell line.</a> Journal of Molecular and Cellular Cardiology. 119, 155-164 (2018).</li><li>Yu, T. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+mapping+design+for+murine+atrial+electrophysiology.">Optical mapping design for murine atrial electrophysiology.</a> Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering: Imaging and Visualization. 5, 368-376 (2017).</li><li>Laughner, J. I., Ng, F. S., Sulkin, M. S., Arthur, R. M., Efimov, I. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+and+analysis+of+cardiac+optical+mapping+data+obtained+with+potentiometric+dyes.">Processing and analysis of cardiac optical mapping data obtained with potentiometric dyes.</a> AJP: Heart and Circulatory Physiology. 303, H753-H765 (2012).</li><li>Bayly, P. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimation+of+Conduction+Velocity+Vector+Fields+from+Epicardial+Mapping+Data.">Estimation of Conduction Velocity Vector Fields from Epicardial Mapping Data.</a> IEEE Transactions on Bio-Medical Engineering. 45, 563-571 (1998).</li><li>Jaimes, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+technical+review+of+optical+mapping+of+intracellular+calcium+within+myocardial+tissue.">A technical review of optical mapping of intracellular calcium within myocardial tissue.</a> American Journal of Physiology. Heart and Circulatory Physiology. 310, H1388-H1401 (2016).</li><li>Wang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+mapping+of+sarcoplasmic+reticulum+Ca2++in+the+intact+heart:+Ryanodine+receptor+refractoriness+during+alternans+and+fibrillation.">Optical mapping of sarcoplasmic reticulum Ca2+ in the intact heart: Ryanodine receptor refractoriness during alternans and fibrillation.</a> Circulation Research. 114, 1410-1421 (2014).</li><li>Winter, J., Shattock, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Geometrical+considerations+in+cardiac+electrophysiology+and+arrhythmogenesis.">Geometrical considerations in cardiac electrophysiology and arrhythmogenesis.</a> Europace. , (2016).</li><li>Mironov, S., Jalife, J., Tolkacheva, E. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+conduction+velocity+restitution+and+short-term+memory+in+the+development+of+action+potential+duration+alternans+in+isolated+rabbit+hearts.">Role of conduction velocity restitution and short-term memory in the development of action potential duration alternans in isolated rabbit hearts.</a> Circulation. 118, 17-25 (2008).</li><li>Khwaounjoo, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Image-Based+Motion+Correction+for+Optical+Mapping+of+Cardiac+Electrical+Activity.">Image-Based Motion Correction for Optical Mapping of Cardiac Electrical Activity.</a> Annals of Biomedical Engineering. 43, 1235-1246 (2014).</li><li>Christoph, J., Luther, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Marker-Free+Tracking+for+Motion+Artifact+Compensation+and+Deformation+Measurements+in+Optical+Mapping+Videos+of+Contracting+Hearts.">Marker-Free Tracking for Motion Artifact Compensation and Deformation Measurements in Optical Mapping Videos of Contracting Hearts.</a> Frontiers in Physiology. 9, (2018).</li><li>Umapathy, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phase+Mapping+of+Cardiac+Fibrillation.">Phase Mapping of Cardiac Fibrillation.</a> Circulation: Arrhythmia and Electrophysiology. 3, 105-114 (2010).</li><li>Tomii, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+Algorithm+of+Phase+Singularity+Using+Phase+Variance+Analysis+for+Epicardial+Optical+Mapping+Data.">Detection Algorithm of Phase Singularity Using Phase Variance Analysis for Epicardial Optical Mapping Data.</a> IEEE Transactions on Biomedical Engineering. 63, 1795-1803 (2016).</li><li>Cantwell, C. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Techniques+for+automated+local+activation+time+annotation+and+conduction+velocity+estimation+in+cardiac+mapping.">Techniques for automated local activation time annotation and conduction velocity estimation in cardiac mapping.</a> Computers in Biology and Medicine. 65, (2015).</li></ol>

P.K., atriyal fibrilasyonda aktif olan çeşitli ilaç ve cihaz şirketlerinden araştırma desteği alır ve bu tür şirketlerden honoraria aldı. L.F. AB, BHF, MRC, DFG ve Gilead kurumsal araştırma hibe aldı. P.K. ve L.F., Birmingham Üniversitesi (atrial fibrilasyon terapisi WO 2015140571, atriyal fibrilasyon WO 2016012783 için Işaretçiler) tarafından düzenlenen iki patent üzerinde mucitler olarak listelenmiştir.

Diğer tüm yazarlar hiçbir potansiyel ilgi çatışması ilan.

Burada, kalp optik haritalama veri kümeleri esnek ve çok değişkenli analiz için açık kaynaklı yazılım ElectroMap kullanımı için bir adım adım kılavuz sunuyoruz. ElectroMap 'in başarılı kullanımı için, görüntüleme verilerinin. tif veya içinde olması gerekir. MAT formatları. ElectroMap birkaç değiştirilebilir Kullanıcı ayarlarını içerir. Şekil 2a'da gösterildiği gibi, bu deneysel modeller ve görüntüleme donanımı arasında bulunan geniş heterojenlik nedeniyle gereklidir. Bu yazılım içinde varsayılan ayarları her zaman en iyi olmayacaktır, böylece yazılım kullanarak kritik bir adım kullanıcı için belirli deneysel kurulum ayarlarını ayarlamak için olduğu anlamına gelir. Bunlar, Şekil 2B'de gösterildiği gibi kamera ayarları ve zaman çizelgesi içerir. En iyi ayarları bulunduktan sonra bu kaydedilebilir ve yapılandırma dosyasıseçerek daha sonra yeniden yüklenebilir.
Otomatik CL ölçümü ve sinyal segmentasyonunun kurulması, yazılımın önemli avantajlarıdır. Bu özellikler, deneysel kayıtlardaki akut tepkiler analizine izin verir ve izole tek Beats odaklanmak analiz genişletme. İstenilen segmentasyon elde edildikten sonra, tek Dosya Analizi modülü, her bir segmentin otomatik analizine (tek Beats dahil) izin verir, kayıt boyunca birden çok değişkenin yüksek verim analizini gerçekleştirmek tek. csv dosyası. Birlikte, gruplandırılan zirvelerin ortalamasını alan topluluk, Elektromap 'de otomatik olarak gerçekleştirilen gürültülü sinyallerin kalitesini artırmak için etkili bir yöntemdir. Ancak, topluluk ortalamasını son derece yararlı değildir, örneğin Beat-to-yendi değişkenlik çalışmalarında. Bu nedenle, Elektromap tek Beat segmentasyon topluluk ortalama önlemek için entegre, alternatif işleme seçenekleri SNR (uzamsal ve temporal filtreleme) geliştirmek ve daha fazla araştırmak ve harita için alternans analiz modülünü içerir Beat-to-yendi değişkenlik.
Optik eşleme veri kümeleri genellikle temel sürüklenme ve hareket yapıları gibi eserler sergiler. Eşit olarak, oluşturulan sinyaller küçük piksel boyutları, kısa pozlama süreleri ve düşük fraksiyonel floresan değişiklikleri2nedeniyle düşük kalitede olabilir. Bu faktörler, temel EP davranışının etkili ve doğru analizini önler. Özetlendiği gibi, ElectroMap bu konuların üstesinden gelmek için çeşitli işleme stratejileri vardır. Ancak, bu algoritmaların temelde kalitesiz/bozuk verilere uygulanması hala etkili analiz önlemektir. SNR bu nedenle ölçülen ve ElectroMap görüntülenen parametrelerden biridir. Aynı şekilde, Kullanıcı, piksel bilgisi ve karşılaştırma modüllerini kullanarak belirli bölgelerden gelen sinyalleri seçebilir ve karşılaştırabilir, Şekil 5' te gösterilen hareket eserler gibi olayların tanımlanmasına izin verir ve uygun veri dışlama.
Şu anda, Elektromap temel düzeltme olarak aynı şekilde ham veri hareket eserler kaldırılmasını desteklemez. Bu nedenle, yazılımın olası bir gelecekteki gelişimi,31,32bildirilmiştir gibi Hesaplamalı yöntemlerle hareket artefact kaldırılması dahil etmektir. Ayrıca, Elektromap Şu anda bir optik sinyal çalışması ile sınırlıdır. Ancak, onay boyaları ve voltaj ve kalsiyum boyaların eşzamanlı kullanımı27, iki dalga boyu kanal eşzamanlı işleme gereklidir. Bu nedenle çift sinyal analizinin entegrasyonu, yazılım için önemli bir gelecekteki ek. Faz tekillik izleme gibi aritmik veri kümeleri için uygulanabilir analiz seçeneklerinin uzantısı,33,34yazılım kapsamını eşit şekilde genişletir. Son olarak, açıklanan analiz seçeneklerinin birkaçı da elektrot haritalama verilerinin analizinde yararlı olabilir. Gerçekten de, elektromap kontrast elektrogram dalga20,35rağmen elektrot haritalama verileri analiz etmek için kullanılan ve daha fazla optimizasyon bu modalite için kullanımını genişletmek olacaktır.

Optik haritalama kardiyak elektrofizyoloji (EP) ve çok hücreli preparatlarda kalsiyum kullanımı sorgulamak için voltaj ve/veya kalsiyum konsantrasyonu floresan muhabirleri kullanır, geleneksel ile ulaşılabilen daha büyük uzamsal çözünürlüğü ile teknikler1,2,3. Bu nedenle, optik haritalama önemli ve hiç giderek kullanılan tekniği olarak ortaya çıkmıştır, kalp fizyolojik ve patofizyolojik elektrik davranışı içine önemli Öngörüler sağlayan3,4,5 ,6,7,8. Optik haritalama deneylerinden elde edilen verilerin etkili işlenmesi ve Analizi çeşitli faktörlerle karmaşıktır. Optik haritalama veri kümeleri yüksek zamanmekansal çözünürlük doğası RAW video dosyaları, her biri ayrı piksellerin bir dizi oluşan binlerce görüntü çerçeveleri oluşur, yüksek verim ve otomatik gerektiren büyük veri dosyalarına yol veren sonuçları işleme9. Küçük piksel boyutları, zayıf ve düzensiz boya yükleme ve floresan sonucu küçük fraksiyonel değişiklikler düşük sinyal gürültü oranı (SNR) ile optik sinyaller, etkili analiz önce ön işlem gerektiren ulaşılabilen10. İşleme ve analiz, aktivasyon başlatmak için ışık kullanan optogenetik pacing protokollerinin kullanımı ile daha da karmaşık olabilir, potansiyel olarak floresan sensörlerden kaydedilen sinyali deforme ederek11,12. Ayrıca, veri işlendikten sonra, deneysel kurulum, model ve soru2bağlı olarak değişen en uygun teknikleri ile, ilgi parametrelerini ölçmek için birkaç tutarlı olmayan teknikler ve tanımları uygulanabilir, 10,13. Bu sınırlamalar teknolojinin daha fazla alımı önlemek ve gerçekten objektif analiz engel.
Bu sınırlamaları aşmak için, çeşitli araştırma grupları kendi deneysel modeli, soru ve donanım7,14,15,16doğru uyarlanmış özel işleme boru hatları tasarladık. Diğerleri, temel algoritmaları4,17erişmek zor olabilir ticari tescilli yazılım kullanır. Sonuç olarak, optik haritalama verilerinin işlenmesi ve analizi için serbestçe kullanılabilir açık kaynaklı bir yazılım platformu için net bir ihtiyaç vardır. Bu yazılım açık kaynak, kullanımı kolay, parametre ayarı için esnek, farklı EP özellikleri ile deneysel modellerin bir dizi için uygulanabilir ve en önemlisi, kalp aralığının basit ve ayarlanabilir miktarın sağlar önemlidir Optik haritalama kullanılarak incelenebilir parametreler.
Geçenlerde yayınlanan ve kapsamlı bir yazılım platformu yayımladı, ElectroMap, yüksek boyunca, yarı otomatik işleme, analiz ve kardiyak optik haritalama veri kümeleri13haritalama. Burada, Elektromap kullanımı için bir video kılavuzu sunuyoruz ve çeşitli optik haritalama veri kümelerini işlemek, analiz etmek ve eşlemek için nasıl kullanılabilirler. Standart EP ve kalsiyum işleme değişkenlerini ölçmek ve bağımsız iletim hızı, tek Dosya Analizi ve alternans modüllerinin kullanımını göstermek için Elektromap kullanımına odaklanıyoruz.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>MATLAB and Simulink R2018a</td>
			<td>Mathworks, Inc, Natick, MA</td>
			<td></td>
			<td>MATLAB software</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-throughput analysis of optical mapping data using electromap

Optik haritalama çok hücreli preparatlarda kardiyak Elektrofizyoloji yüksek spatio-temporal çözünürlük çalışması için kurulan bir tekniktir. Burada, bir adım adım kılavuzda, optik haritalama ile elde edilen yüksek çözünürlüklü voltaj ve kalsiyum veri kümeleri analiz, ölçüme ve haritalama için Elektromap kullanımı, sunuyoruz. Elektroharita analiz seçenekleri anahtar elektrofizyolojik parametreler geniş bir yelpazede kapsar, ve grafik kullanıcı arayüzü ön işleme ve parametre tanımları basit modifikasyon sağlar, Elektromap geniş bir yelpazede uygulanabilir hale Deneysel modeller. Dahili pacing frekans algılama ve sinyal segmentasyonunun tüm deneysel kayıtların, akut yanıtların ve tek Beat-to-yendi değişkenlerinin yüksek verim analizine nasıl olanak vermesine izin verdik. Ayrıca, elektromap gürültülü veri kümeleri sinyal kalitesini artırmak için otomatik Multi-Beat ortalamasını birleştirir, ve burada nasıl bu özellik başka türlü kullanırken algılanmayan gidebilir elektrofizyolojik değişiklikler aydınlatmak yardımcı olabilir göstermek tek Analizi yendi. Özel modüller, burada gösterildiği gibi, iletim, tek Dosya Analizi ve alternans ayrıntılı soruşturma için yazılım içinde yer almaktadır. Bu yazılım platformu etkinleştirmek ve işleme, analiz ve kompleks kardiyak Elektrofizyoloji haritalama hızlandırmak için kullanılabilir.

Bu çalışmanın bir parçası olarak gerçekleştirilen tüm çalışmalar, INGILTERE hayvanları (bilimsel prosedürler) Yasası 1986 ve Avrupa Parlamentosu 'nun 2010/63/EU Direktifi ile bilimsel amaçlarla kullanılan hayvanların korunması konusunda belirlenen etik yönergelere uygun olarak gerçekleştirilmiştir. Deneyler ev ofisi (fare: PPL 30/2967 ve PFDAAF77F, Gine domuzu: PPL PF75E5F7F) ve University of Birmingham (fare) ve King 's College London (kobay) kurumsal inceleme panoları tarafından onaylandı. Burada analiz edilen ham verilerin toplanması için ayrıntılı Yöntemler, önceki yayınlar5,6,14,19bulunabilir.
Elektromap 'in kontrol edildiği ana arayüz Şekil 1a'da gösterilir. Bir veri kümesini çözümlemek için gerekli adımlar öncelikle resim yükleme, görüntü işlemeve haritalar düğmesi üret tarafından denetlenir ve sırasıyla Şekil 1a'da yeşil, mavi ve kırmızı renkle vurgulanır. Şekil 1B-D , bu düğmelerin her birini seçimde oluşan işlemleri gösterir. Görüntü yükleme görüntüleri , Kullanıcı tarafından seçilen resim eşik seçeneklerini uygular (Şekil 1B), işlem görüntüleri (Şekil 1C) filtreleme ve temel düzeltme uygular. Son olarak, harita üret , ilk olarak zaman penceresi ve segment ayarlarına göre ortalama veri olacaktır (tek Beat segmentasyon seçilmedikçe) ve yukarıda açıklanan analizleri gerçekleştirin.
Elektromap 'in önemli bir yönü, kamera tipine ve deneysel modele göre esnekliğidir. Bu, farklı kardiyak EP ve yaygın olarak kullanılan modeller arasında mevcut anatomik özellikleri nedeniyle bir optik haritalama yazılımının yarar için çok önemlidir. Şekil 2a Örneğin, daha önce bildirilen6,14voltaj duyarlı boyalar kullanılarak kaydedilen Gine domuzu ventrikül karşılaştırıldığında murine Atria eylem potansiyel morfoloji gösterir. Eylem potansiyeli farklı şekle ve farklı framerate ve piksel boyutları ile iki ayrı optik haritalama kameralar kullanımı rağmen, electromap başarıyla her iki veri kümeleri çözümlemek için kullanılabilir. Ancak, bu kullanıcı arabirimi içinde bazı parametrelerin değiştirilmesi gerektirir (Şekil 2B). Uzun süreli kobay eylem potansiyelinin daha büyük bir zaman penceresi gerektirme olduğunu unutmayın. Ayrıca, üst-şapka temel düzeltme fizyolojik olarak optik olarak kaydedilmiş sinyalleri değiştirerek önlemek için, onun zaman uzunluğu eylem potansiyelinin zaman seyri daha büyük olması için artırılmalıdır.
Elektromap, EP parametrelerini etkili bir şekilde kurtarmak için gerekli olabilecek optik olarak kaydedilmiş sinyallerin SNR 'i geliştirmeye yardımcı olmak için çok sayıda işlem seçeneği sunar. Veri segmentasyonunu takiben zirveler otomatik topluluk ortalamasını bir örnektir. Şekil 3A-C , diğer yöntemlerin yerine, topluluk ortalamasını uygulama nasıl izole murine sol Atria (n = 13) SNR artırabilir gösterir. Bu ölçüm heterojenliği ve analiz başarısızlığı olasılığını azaltır (şekil 3D). Örneğin, 3 Hz 'den 10 Hz 'ye kadar olan bir frekans değişimi APD50'yi değiştirmez, hiçbir topluluk ortalamasını üstlenmez, ancak 10 Hz 'de apd 50 ' de beklenen29 azalma , topluluk ortalaması alan verilerinden ölçüldüğünde izlendi ( Şekil 3E).
Şekil 4 , elektromap tarafından sunulan otomatik pacing frekans algılama ve segmentasyon etkinliğini ve yardımcı programını gösterir. Burada, fare sol Atria (n = 5) bir 120 MS döngüsü uzunluğunda tempolu edildi ve döngü uzunluğu artımlı olarak 10 MS tarafından kısaltılmış oldu 50 ms. Elektromap otomatik olarak pacing döngüsü uzunluğu ve gruplandırılmış doku ortalamalı zirveler göre tespit (Şekil 4A ). Bu, tüm veri kümelerinde yüksek doğruluk ile elde edilmiştir (Şekil 4b). Verilerin otomatik segmentasyonu, yüksek frekans/kısaltılmış döngü uzunluğu (Şekil 4c, D) ile iletim hızının yavaşlaması için basit ve hızlı verim analizine izin verdi. Aynı anda, APD50 (Şekil 4E) ve diyastolik aralığı (Şekil 4F) kısaltılmış. Optik ölçülen zirvelerin genliği azaldı, süre tepe artışı (şekil 4g, H). Bunlar yine kardiyak doku29,30 ve electromap kullanımı beklenen Restitüsyon tepkiler bu nedenle farmakolojik ajanlar varlığında pacing frekansına yanıt olarak değişiklikleri aydınlatmak yardımcı olabilir, genetik modifikasyon, veya hastalık durumları.
Elektromap gibi bir yazılımın kullanımı önemli bir önem altta yatan veri yapıtları varlığıdır. Şekil 5, örneğin, hareket yapıtlarının (doku hareketi ile optik olarak kaydedilmiş sinyalin bozulması), electromap içinde aktivasyon ve özellikle repolarizasyon doğru ölçümleri önleyebilirsiniz gösterir. Bkz: tartışma hakkında daha fazla bilgi için.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59663/59663fig1.jpg"> Şekil 1: Elektromap ana işleme adımları. (A) electromap grafik kullanıcı arayüzü, Yük görüntüleri ile (yeşil), proses görüntüleri (mavi), ve haritalar üretmek (kırmızı) düğmeler vurgulanır. (B) görüntüleri yükleseçeneğini belirleyerek uygulanabilecek görüntü eşik seçenekleri. (C) Kullanıcı tarafından kullanılabilen sinyal işleme seçenekleri uzamsal ve zamansal filtreleme ve temel düzeltme Içerir ve işlem görüntüleri'ne basarak görüntü yığınına uygulanabilir. (D) haritalar üretseçeneğini belirleyerek aktive edilen topluluk ortalamasını ve parametre miktarını (APD ölçümü gösterilmiştir). Şekil o 'Shea ve ark., 201913. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59663/59663fig1large.jpg" target="_blank">Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek Için lütfen tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59663/59663fig2.jpg"> Şekil 2: Elektromap kullanarak fare ve kobay verilerinin analizi. (A) bu sinyallerin ilk (DF/DT) ve ikinci (d2f/DT2) türev ile birlikte fare Atria ve kobay ventriküllerden optik olarak kaydedilmiş eylem potansiyeli. ElectroMap içinde istihdam edilebilir aktivasyon ve repolarizasyon süreleri için çeşitli tanımları vurgulanır. (B) electromap arayüzünde kullanılan görüntü ve sinyal işleme ayarlarının ekran görüntüleri. Kırmızı kutular, fare ve kobay verilerinin analizleri arasında değişiklik yapılması gereken ayarları vurgulamaktadır. Şekil o 'Shea ve ark., 201913. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59663/59663fig2large.jpg" target="_blank">Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek Için lütfen tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59663/59663fig3.jpg"> Şekil 3: APD değişikliklerini çözümlemek Için topluluk ortalaması. (A) apd50 harita ve tek Beat optik eylem potansiyelleri örnek tek piksel sinyali. (B) apd50 Map ve örnek tek piksel sinyali, topluluk tarafından oluşturulan optik eylem potansiyelleri 10 ardışık Beats (tepe yöntemi) ortalaması. (C) tek Beat SNR ile karşılaştırıldığında 10 Beat ortalama sinyalleri. (D) apd50 heterojenlik (i) ve ölçüm arızalarının sayısı (ii) tek Beat için SNR fonksiyonu olarak ve 10 beat ortalaması APD50 haritalar. (E) apd50 3 ve 10 Hz pacing frekans, tek beat ve 10 Beat haritaları ölçülür. (Ortalama ± standart hata olarak gösterilen veriler, n = 13 sol Atria, * * * *p < 0,001 tarafından öğrenci eşleştirilmiş t-testi). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59663/59663fig3large.jpg" target="_blank">Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek Için lütfen tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59663/59663fig4.jpg"> Şekil 4: kalp dokusunda pacing frekans yanıtlarını incelemek Için Elektromap kullanımı. (A) frekans tanıma ve segmentasyon frekansı, örnek elektromap ekran görüntüsü. (B) bilinen ve elektromap ölçülen pacing döngüsü uzunlukları karşılaştırılması. (C) 120 ms ve 60 MS pacing döngüsü uzunluklarında aktivasyon haritaları. (D-H) İletim hızı (D), APD50 (E), diyastolik interval (F), genlik (G) ve zaman tepe (H), 120 MS 'den 60 MS 'den 10 MS artışlarla azalan pacing döngüsü uzunluğunun bir işlevi olarak gruplandırılmış veri. (Ortalama ± standart hata olarak gösterilen veriler, n = 5 sol Atria) <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59663/59663fig4large.jpg" target="_blank">Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek Için lütfen tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59663/59663fig5.jpg"> Şekil 5: hareket yapıtlarının etkisi. (A) apd50 haritası. (B) aktivasyon haritası. (C) APD ve aktivasyon haritalarında (haç) işaretlenmiş konumlardan örnek sinyaller. Kırmızı Haç ile işaretlenmiş doku alanında, kasılma, ölçülen optik sinyali bozulmadan başarıyla kapatılmadı. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59663/59663fig5large.jpg" target="_blank">Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek Için lütfen tıklayınız.</a>

Watch this Scientific Journal Video about High-Throughput Analysis of Optical Mapping Data Using ElectroMap at JoVE.com

High-Throughput Analysis of Optical Mapping Data Using ElectroMap

Bu protokol, kardiyak optik haritalama verilerinin analizi için MATLAB tabanlı açık kaynaklı bir yazılım platformu olan ElectroMap 'in kurulumunu ve kullanımını açıklar. ElectroMap, çok çeşitli kardiyak deneysel modellerde optik haritalama voltajı ve kalsiyum veri kümeleri analizi için çok yönlü bir yüksek verimlilik aracı sağlar.

Elektromap kullanarak optik haritalama verilerinin yüksek verim Analizi

Optical mapping is an established technique for high spatio-temporal resolution study of cardiac electrophysiology in multi-cellular preparations. Here we ...

Kardiyak araştırmalarda çoklu dizi ve optik haritalama teknolojilerinin kullanımı genişlemektedir. Ancak, şu anda eksik olan elektrofizyoloji verilerinin analizi için sağlam, yüksek iş kaynağı açık kaynak yazılımdır. Bu nedenle araştırmacılara analizlerinde yardımcı olmak için ElectroMap adında yeni bir yazılım geliştirdik.ElectroMap, birden fazla farklı kamera, birden fazla floresan boya ve optik haritalama ve çok elektrotlu dizi sistemleri de dahil olmak üzere farklı edinme yöntemleri kullanarak herhangi bir türden elde edilebilen kardiyak haritalama verilerini analiz etmek için yeni ve yerleşik yöntemler içermektedir. ElectroMap, eylem potansiyeli süresi, iletken tahlil ve morfoloji gibi standart AP parametrelerini ölçmenin yanı sıra, etkinliği analiz etmeyi ve ölçmeyi de sağlar. GitHub deposundan ElectroMap'in en son kaynak kodu sürümünden tüm dosyaları indirerek başlayın.İndirilen içeriği istenilen konuma unzip. MATLAB'ı açın ve ElectroMap kaynak kodunu barındıran klasör konumuna gidin. Sonra dosya elektroharitasını açın.m ve ElectroMap kullanıcı arabirimini başlatmak için editöre basın. Ardından, görüntüyü yüklemek için klasörü seçin ve analiz edilecek veri dosyasının veya dosyaların konumuna gidin. Arayüz içinden yüklenecek dosyayı seçin ve yükleme görüntülerine basın.Yüklendikten sonra, ilk kare görüntülenir ve kırmızı bir anahat görüntünün otomatik eşiğini gösterir. İstenirse, eşik açılır menüsü için görüntüdeki seçeneği değiştirerek bunu sinyal saati ders genliğini temel alan bir eşiğe değiştirin. Eşik seçildiğinde, tüm görüntü yığını için uygulandığını unutmayın.İstenirse, görüntü eşiğini el ile ayarlamak için kaydırıcıyı etkinleştirecek olan eşik seçeneğini kılavuza çevirin. Ayrıca, eşik seçeneklerinin altındaki uygun onay kutularını seçerek analiz için özel ilgi çekici bölge seçin. Üst menüden yg seçiminde alan sayısı gibi ilgi alanı seçimi için gelişmiş seçeneklerin mevcut olduğunu unutmayın.Uygun bir eşik uygulandıktan sonra, işleme uygulamak için işlem görüntülerine basın. Bu noktada, doğru kamera ayarlarının mikrometrelerde kare hızı, kilohertz ve piksel boyutu ve pencere zaman çerçevesi, uzamsal ve zamansal filtreleme gibi sinyal işleme seçenekleri için girildiğinden emin olun. Dosya işlendikten sonra, kırmızı daireler tarafından etiketlenmiş doku ortalaması sinyalindeki zirveleri inceleyin.Sinyali algılanan zirvelere göre segmente edin. Segment sinyaline basın. İstenirse, ilgi saatini yakınlaştırarak ve segment sinyalini seçerek sinyalin özel bölümlemini uygulayın.Görüntüler işlendikten sonra, harita oluşturma düğmesi aktif hale gelecektir. Eylem potansiyeli süresi, etkinleştirme süresi, iletim hızı ve gürültü oranı analizini işaret etmek için haritalara basın. Analizleri her birine uygulamak için liste kutusundan istenen segmentleri seçin.Ardından, görüntüdeki herhangi bir pikselden gelen sinyalin ayrıntılı bir görüntüsünü görmek için piksel bilgilerini alın ve pikselleri altı konuma kadar aynı anda işaretlerle karşılaştırın. İletim hızının daha ayrıntılı analizine erişmek için iletim tuşuna basın. Daha sonra, degrade vektörün iki nokta arasındaki gecikme inaktivasyon süresinden hesaplandığı tek vektör yöntemini kullanarak iletimi analiz etmek için tek vektöre basın.Son olarak, çoklu vektör yöntemini ana arabirimdekilerle eşleşen ayarlarla uygulamak için yerel vektöre basın. Zaman fonksiyonu olarak aktive doku yüzdesini çizmek için aktivasyon eğrisi basın. ElectroMap kullanarak diğer parametreleri ölçmek için, ekran haritasının üzerindeki açılır menüden istenen diğer analizlerden birini seçin.Bir dosyada tanımlanan her kesimin yüksek iş yapma süresi ve iletim analizi için özel bir modül açmak için tek dosya analizine basın. Görüntüyün tamamı nda veya seçili bölgelerde veya ilgi çekici noktalarda çözümleme yapın. ElectroMap'ten veri aktarmak için, ana kullanıcı arabiriminde görüntülenen haritanın değerlerini kaydetmek için dışa aktarma değerlerine basın.Ardından, görüntülenen haritayı içeren ve daha sonra çeşitli görüntü biçimlerinde kaydedilebilen bir açılır pencereyi getirmek için dışa aktarma haritasına basın. İstenirse, renk çubuğu simgesini seçerek bir renk çubuğu ekleyin. Düzenleme sonra renk eşlemi seçerek ölçeği ayarlayın.Son olarak, animasyonlu GIF dosyası olarak kaydedilebilen etkinleştirme dizisinin animasyonunu işlemek için etkinleştirme videosuna basın. Bu daha önce bildirildiği gibi voltaj duyarlı boyalar kullanılarak kaydedilen kobay ventrikül ile karşılaştırıldığında murine atria eylem potansiyel morfolojisi gösterir. Eylem potansiyelinin farklı şekline ve farklı kare hızlarına ve piksel boyutlarına sahip iki ayrı optik haritalama kamerasının kullanımına rağmen, ElectroMap uygun parametreleri seçerek her iki veri kümesini de başarılı bir şekilde analiz etmek için kullanılabilir.Diğer yöntemler yerine topluluk ortalama uygulama izole murine sol atria SNR artırabilir. Üç hertz'den 10 hertz'e kadar olan tempo frekansında bir değişiklik, topluluk ortalaması yapılmadığında APD'yi değiştirmedi, ancak topluluk ortalaması veriden ölçüldüğünde 10 hertz pacing'de BEKLENEN BIR AZALMA GÖZlendi. Ayrıca, fare sol atria 120 milisaniyelik bir döngü uzunluğu tempolu ve döngü uzunluğu kademeli olarak 10 milisaniye kadar kısaltılmış oldu 50 milisaniye ulaştı.ElectroMap otomatik olarak buna göre pacing döngüsü uzunluğu ve grup doku ortalama zirveleri belirlemek. APD ve diyastolik aralık kısaltılmış. Optik olarak ölçülen zirvelerin genliği azalırken, zirveye doğru zaman arttı.Bu protokol, eylem potansiyelinin süresini, iletim hızını, tepeden tırnağına değişkenliği hızlı bir şekilde analiz etmek için ElectroMap'teki ayarları nasıl yükleyebileceğinizi ve ayarlayabileceğinizi ve ayrıca sinyalin gürültü oranını artırmak için ortalamayı nasıl oluşturabileceğinizi gösterir. Bu serbest çesitli yazilimin yayinlaþmasinun, araþtırma larının analiz ihtiyaçlarında araştırıcılara yardımcı olacak ve kardiyak araştırmalarda bazı büyük keşiflere yol açmasınğ Geliştirdiğimiz algoritmaları oluşturmaya devam edeceğiz ve ElectroMap yeteneklerini daha da genişletmemize yardımcı olması için başkalarını teşvik edeceğiz.

Research

JoVE Journal

Medicine

High-Resolution Endocardial and Epicardial Optical Mapping in a Sheep Model of Stretch-Induced Atrial Fibrillation

Stretch Bağlı Atriyal Fibrilasyon Koyun Modelinde Yüksek Çözünürlüklü Endokardial ve Epikardiyal Optik Haritalama

 Atrial fibrillation (AF) is a complex cardiac arrhythmia with high morbidity and mortality.1,2 It is the most common sustained cardiac rhythm disturbance ...

Mouse Eye Enucleation for Remote High-throughput Phenotyping

Uzaktan Yüksek throughput fenotipleme için Fare Göz Enükleasyon

The mouse eye is an important genetic model for the translational study of human ophthalmic disease. Blinding diseases in humans, such as macular ...

Heterogeneity Mapping of Protein Expression in Tumors using Quantitative Immunofluorescence

Kantitatif İmmünofloresan kullanarak Tümörler Protein İfade heterojenite Haritalama

Morphologic heterogeneity within an individual tumor is well-recognized by histopathologists in surgical practice. While this often takes the form of ...

High Throughput Sequential ELISA for Validation of Biomarkers of Acute Graft-Versus-Host Disease

Akut Graft-Versus-Host Hastalığı Biyomarkörler onaylanması için Yüksek Verimli Sıralı ELISA

Unbiased discovery proteomics strategies have  the potential to identify large numbers of novel biomarkers that can improve  diagnostic and prognostic ...

Identification of Disease-related Spatial Covariance Patterns using Neuroimaging Data

Nörogörüntüleme Veri kullanarak Hastalık ile ilgili Mekansal Kovaryans Desenler belirlenmesi

The scaled subprofile model (SSM)1-4 is a multivariate PCA-based algorithm that identifies major sources of variation in patient and control group brain ...

An Organotypic High Throughput System for Characterization of Drug Sensitivity of Primary Multiple Myeloma Cells

Primer Multipl Miyelom Hücrelerinin İlaç Duyarlılık Karakterizasyonu için bir Organotipik Yüksek Verimli Sistemi

In this work we describe a novel approach that combines ex vivo drug sensitivity assays and digital image analysis to estimate chemosensitivity and ...

Optimized LC-MS/MS Method for the High-throughput Analysis of Clinical Samples of Ivacaftor, Its Major Metabolites, and Lumacaftor in Biological Fluids of Cystic Fibrosis Patients

Ivacaftor, büyük metabolitleri ve Lumacaftor Kistik fibrozis hastalarının biyolojik sıvı içinde klinik örnekler yüksek üretilen iş analizi için en iyi duruma getirilmiş LC-MS/MS yöntemi

Defects in the cystic fibrosis trans-membrane conductance regulator (CFTR) are the cause of cystic fibrosis (CF), a disease with life-threatening ...

Electrophysiological Assessment of Murine Atria with High-Resolution Optical Mapping

Yüksek çözünürlüklü optik eşleştirmenin fare Atria Elektrofizyolojik değerlendirme

Recent genome-wide association studies targeting atrial fibrillation (AF) have indicated a strong association between the genotype and ...

Comparing Bibliometric Analysis Using PubMed, Scopus, and Web of Science Databases

PubMed, Scopus ve Web of Science Veritabanlarını Kullanarak Bibliyometrik Analizlerin Karşılaştırılması

Literature databases (i.e., PubMed, Scopus, and Web of Science) differ in terms of their coverage, focus, and the tool they provide. PubMed focuses mainly ...