Name: dna sequence recognition by dna primase using high-throughput primase profiling
Uploaded: 2019-10-08T13:00:00
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Cette recherche a été soutenue par la FONDATION ISRAEL SCIENCE (subvention no 1023/18).

1. Conception du microarray
REMARQUE : Les sondes d'ADN représentent des séquences personnalisées de 36 nucléotides, composées du site de reconnaissance de la primase de l'ADN T7 (GTC) situé entre deux régions à flanc variable, suivie d'une séquence constante de 24 nucléotides attachée à une diapositive de verre3. Nous avons utilisé un format de microarray de 4 x 180 000, qui permettait de repérer chaque séquence d'ADN en six répliques, distribuées au has...

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	<li>Berger, M. F., Bulyk, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+binding+microarrays+(PBMs)+for+rapid,+high-throughput+characterization+of+the+sequence+specificities+of+DNA+binding+proteins.">Protein binding microarrays (PBMs) for rapid, high-throughput characterization of the sequence specificities of DNA binding proteins.</a> Methods in Molecular Biology. 338, 245-260 (2006).</li><li>Berger, M. F., Bulyk, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Universal+protein-binding+microarrays+for+the+comprehensive+characterization+of+the+DNA-binding+specificities+of+transcription+factors.">Universal protein-binding microarrays for the comprehensive characterization of the DNA-binding specificities of transcription factors.</a> Nature Protocols. 4 (3), 393-411 (2009).</li><li>Afek, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+Sequence+Context+Controls+the+Binding+and+Processivity+of+the+T7+DNA+Primase.">DNA Sequence Context Controls the Binding and Processivity of the T7 DNA Primase.</a> iScience. 2, 141-147 (2018).</li><li>Afek, A., Schipper, J. L., Horton, J., Gordan, R., Lukatsky, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein-DNA+binding+in+the+absence+of+specific+base-pair+recognition.">Protein-DNA binding in the absence of specific base-pair recognition.</a> Proceedings of the Nationaly Academy of Sciences of the Unitet States of America. 111 (48), 17140-17145 (2014).</li><li>Frick, D. N., Richardson, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interaction+of+bacteriophage+T7+gene+4+primase+with+its+template+recognition+site.">Interaction of bacteriophage T7 gene 4 primase with its template recognition site.</a> Journal of Biological Chemistry. 274 (50), 35889-35898 (1999).</li><li>Tabor, S., Richardson, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Template+recognition+sequence+for+RNA+primer+synthesis+by+gene+4+protein+of+bacteriophage+T7.">Template recognition sequence for RNA primer synthesis by gene 4 protein of bacteriophage T7.</a> Proceedings of the Nationaly Academy of Sciences of the Unitet States of America. 78 (1), 205-209 (1981).</li><li>Fried, M., Crothers, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Equilibria+and+kinetics+of+lac+repressor-operator+interactions+by+polyacrylamide+gel+electrophoresis.">Equilibria and kinetics of lac repressor-operator interactions by polyacrylamide gel electrophoresis.</a> Nucleic Acids Research. 9 (23), 6505-6525 (1981).</li><li>Galas, D. J., Schmitz, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNAse+footprinting:+a+simple+method+for+the+detection+of+protein-DNA+binding+specificity.">DNAse footprinting: a simple method for the detection of protein-DNA binding specificity.</a> Nucleic Acids Research. 5 (9), 3157-3170 (1978).</li><li>Jost, J. P., Munch, O., Andersson, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Study+of+protein-DNA+interactions+by+surface+plasmon+resonance+(real+time+kinetics).">Study of protein-DNA interactions by surface plasmon resonance (real time kinetics).</a> Nucleic Acids Research. 19 (10), 2788 (1991).</li><li>Bowen, B., Steinberg, J., Laemmli, U. K., Weintraub, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+detection+of+DNA-binding+proteins+by+protein+blotting.">The detection of DNA-binding proteins by protein blotting.</a> Nucleic Acids Research. 8 (1), 1-20 (1980).</li><li>Oliphant, A. R., Brandl, C. J., Struhl, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defining+the+sequence+specificity+of+DNA-binding+proteins+by+selecting+binding+sites+from+random-sequence+oligonucleotides:+analysis+of+yeast+GCN4+protein.">Defining the sequence specificity of DNA-binding proteins by selecting binding sites from random-sequence oligonucleotides: analysis of yeast GCN4 protein.</a> Molecular Cell Biology. 9 (7), 2944-2949 (1989).</li><li>Marmorstein, R., Fitzgerald, M. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modulation+of+DNA-binding+domains+for+sequence-specific+DNA+recognition.">Modulation of DNA-binding domains for sequence-specific DNA recognition.</a> Gene. 304, 1-12 (2003).</li></ol>

La méthode PBM a été largement utilisée pour étudier les propriétés de liaison des facteurs de transcription et peut également être appliquée aux enzymes de traitement de l'ADN, telles que la primase de l'ADN, qui se lient à l'ADN avec une faible affinité. Cependant, certaines modifications des procédures expérimentales sont nécessaires. L'expérience de microarray comporte plusieurs étapes : conception de la bibliothèque d'ADN, préparation de la puce, liaison de la cible protéique, étiquetage fluores...

Le HTPP utilise la technologie de microréseau de liaison de l'ADN combinée à l'analyse biochimique (Figure 1) pour identifier statistiquement les caractéristiques spécifiques des modèles d'ADN qui affectent l'activité enzymatique de la primase de l'ADN. Par conséquent, HTPP fournit une plate-forme technologique qui facilite un saut de connaissances dans le domaine. Les outils classiques utilisés pour déterminer les sites de reconnaissance primase n'ont pas la capacité de produire une quantité massive de données, alors que le PTDH le fait.
LE PBM est une technique couramment utilisée pour déterminer les préférences de liaison des facteurs de transcription à l'ADN1,2; cependant, il n'est pas approprié pour la détection de la liaison faible/transitoire des protéines à l'ADN. Contrairement au PBM universel qui fournit des informations sur la spécificité moyenne de liaison des protéines à toutes les séquences possibles composées de huit paires de base, HTPP est basé sur la bibliothèque de modèles d'ADN à brin unique comprenant des éléments de séquence uniques. Ces éléments de séquence d'ADN impliquent des dizaines de milliers de séquences génomiques courtes (quelques dizaines de bp), ainsi que des séquences d'ADN conçues par calcul enrichies dans certains éléments de séquence répétitive d'ADN présents dans le génome, qui possèdent un contenu moyen différent de GC . Une telle approche à haut débit permet de déterminer, de manière systématique, quantitative et hypothétique, les propriétés liées à la séquence qui sont importantes pour la liaison primase et son activité enzymatique3. En particulier, le lien important entre les préférences de liaison primase-ADN (modulées par des séquences d'ADN flanquant des sites de liaison trinucléotides spécifiques) et la processivité primase a été identifiée pour ce système enzymatique4.
La nouvelle technologie a été appliquée pour revoir notre compréhension des sites de reconnaissance primase, même pour la primase de l'ADN T7 qui a fait l'objet d'études approfondies5. Plus précisément, le réexamen de concepts classiques, tels que les sites de reconnaissance de l'ADN de primase de l'ADN T7 (qui ont été déterminés il y a près de quatre décennies 6) à l'aide d'un microréseau liant protéine-ADN (PBM) a permis d'obtenir un aperçu sans précédent des caractéristiques liées aux la séquence de flanc de ces sites de reconnaissance3. On s'attendait à ce que les séquences flanquant le site de reconnaissance trinucléotide de la primase d'ADN T7 (5'-GTC-3') soient aléatoires. Au lieu de cela, nous avons constaté que les séquences de flanc TG-riches augmentent les chances de primase d'ADN de T7 pour synthétiser des amorces plus longues d'ARN indiquant une augmentation de processivity.
D'autres méthodes qui peuvent être utilisées pour étudier les propriétés de liaison de l'ADN des protéines in vitro comprennent l'analyse de changement de mobilité électrophorétique (EMSA)7, DNase I empreinte8, résonance de surface-plasmon (SPR)9, et le sud-ouest ballonnement 10. Il s'agit toutefois de méthodes à faible débit qui ne s'appliquent qu'à l'étude d'un petit nombre de séquences d'ADN. De plus, la précision et la sensibilité de certaines de ces techniques (p. ex., EMSA) sont faibles. D'autre part, la sélection in vitro11 est une technique qui, tout comme PBM, peut être utilisée pour l'identification de nombreuses séquences de liaison. Cependant, les séquences de faible affinité sont généralement exclues dans la plupart des applications de la sélection in vitro; par conséquent, cette approche n'est pas adaptée pour obtenir des données comparatives de liaison pour toutes les séquences disponibles. Le PBM1,2 universel est principalement utilisé pour caractériser les spécificités de liaison des facteurs de transcription des procaryotes et des eucaryotes ainsi que des facteurs spécifiques (par exemple, la présence de certains ligands, cofacteurs, etc.) qui peuvent affecter cette interaction12.
HTPP étend l'application PBM aux enzymes de traitement de l'ADN en combinant une puissance statistique à haut débit sans précédent avec une grande précision pour fournir des informations sur le contexte de séquence de liaison. Ces données n'ont pas encore été obtenues pour les primases et les enzymes connexes (qui ont une liaison faible/transitoire à l'ADN) en raison des limitations techniques susmentionnées d'autres techniques disponibles.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>40% acrylamide-bisacrylamide (19:1) solution</td>
			<td>Merck</td>
			<td>1006401000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>95% formamide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F9037-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa 488-conjugated anti-his antibody</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>35310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonuium persulfate (APS)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A3678-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ATP, [&#945;-32P] &#8211; 3000 Ci/mmol</td>
			<td>Perkin Elmer</td>
			<td>NEG003H250UC</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Boric acid, granular</td>
			<td>Glentham Life Sciences</td>
			<td>GE4425</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine Serum Albumin (BSA)</td>
			<td>Roche</td>
			<td>10735094001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bromophenol blue</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>B0126-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coplin jar</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dithiothreitol (DTT)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D0632-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA microarray</td>
			<td>Agilent</td>
			<td></td>
			<td>4x180K (AMADID #78366) 
			https://www.agilent.com</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)</td>
			<td>Acros Organics</td>
			<td>AC118430010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fujifilm FLA-5100 phosphorimager</td>
			<td>FUJIFILM Life Science</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass slide staining rack</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>12869995</td>
			<td>If several slides are used</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lab rotator</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>88880025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>63064-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microarray Hybridization Chamber</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2534A</td>
			<td>https://www.agilent.com/cs/library/usermanuals/Public/G2534-90004_HybridizationChamber_User.pdf</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microarray scanner (GenePix 4400A)</td>
			<td>Molecular Devices</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffered Saline (PBS)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P4417-100TAB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium glutamate</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>A172232</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ribonucleotide Solution Mix (rNTPs)</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>N0466S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salmon testes DNA</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D1626-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Skim milk powder</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>70166-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Staining dish</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>12657696</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1610800</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris base (2-Amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediol)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>93362-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>X100-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween-20</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P9416-50ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>U6504-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene cyanol</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>B21530</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

dna sequence recognition by dna primase using high-throughput primase profiling

La primase d'ADN synthétise les amorces courtes d'ARN qui initient la synthèse d'ADN des fragments d'Okazaki sur le brin lanel par la polymérase d'ADN pendant la réplication d'ADN. La liaison des primases procaryotes de DnaG-comme à l'ADN se produit à une séquence spécifique de reconnaissance de trinucleotide. C'est une étape charnière dans la formation des fragments d'Okazaki. Les outils biochimiques conventionnels qui sont utilisés pour déterminer la séquence de reconnaissance de l'ADN de la primase de l'ADN ne fournissent que des informations limitées. À l'aide d'un test de liaison à haut débit à base de microarray et d'analyses biochimiques consécutives, il a été démontré que 1) le contexte de liaison spécifique (séquences de liaison du site de reconnaissance) influence la force de liaison de la primase de l'ADN à son modèle L'ADN, et 2) la liaison plus forte de primase à l'ADN donne des amorces plus longues d'ARN, indiquant une plus grande processivité de l'enzyme. Cette méthode combine PBM et primase activity test et est désigné comme profilage primase à haut débit (HTPP), et il permet la caractérisation de la reconnaissance de séquence spécifique par primase de l'ADN dans un temps et une évolutivité sans précédent.

Cette avancée technologique pour cartographier les sites de liaison primase permet d'obtenir des propriétés de liaison d'ADN difficiles, voire impossibles, à observer à l'aide d'outils classiques. Plus important encore, hTPP permet de revisiter la compréhension traditionnelle des sites de liaison primase. Plus précisément, hTPP révèle des spécificités contraignantes en plus des séquences de reconnaissance connues de 5'-GTC-3', ce qui conduit à des changements dans les activi...

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DNA Sequence Recognition by DNA Primase Using High-Throughput Primase Profiling

Les expériences de microréseau de liaison protéique (PBM) combinées à des essais biochimiques relient les propriétés de liaison et catalytiques de la primase de l'ADN, une enzyme qui synthétise les amorces d'ARN sur l'ADN modèle. Cette méthode, désignée comme profilage primase à haut débit (HTPP), peut être utilisée pour révéler les modèles de liaison de l'ADN d'une variété d'enzymes.

Reconnaissance de séquence d'ADN par primase d'ADN utilisant le profilage primase à haut débit

DNA primase synthesizes short RNA primers that initiate DNA synthesis of Okazaki fragments on the lagging strand by DNA polymerase during DNA replication. ...

Ce protocole décrit la collecte de données massives provenant du microréseaux liant protéines-ADN pour la primase, une enzyme qui se lie transitoirement à des séquences d’ADN spécifiques et catalyse à son tour la formation d’amorces d’ARN. Cette vidéo couvrira comment la technologie microarray peut aider à redéfinir les sites de reconnaissance de séquences primase et comment une approche à haut débit peut compléter la biochimie classique. Cette technique combine deux approches : le microrése liant l’ADN primase et l’analyse d’activité primase.Le microarray fournit des données massives de liaison primase aux séquences d’ADN, où comme l’analyse biochimique fournit des informations sur la formation d’amorce d’ARN par primase d’ADN. L’activité enzymatique testée dépend de la perspicacité de l’expérience de microrésorité et de son débit inférieur dans sa nature. Le lien entre l’efficacité de la liaison, la sélection des séquences d’ADN et l’activité de l’enzyme est sondé.L’identification du déterminance des séquences à l’aide de microrésage, nous permet de tirer des conclusions précises basées sur des données massives du microarray. Cette approche a été utilisée jusqu’à présent pour décrire les séquences de liaison de l’ADN des facteurs de transcription. Les facteurs de transcription sont des protéines statiques qui se lient étroitement à l’ADN.La démonstration de la procédure sera Stefan Ilic. Pour commencer cette procédure, pré-mouiller la diapositive microarray en le plaçant dans un pot de coplin contenant 0,01%Triton-X 100. Et en tournant sur un rotateur de laboratoire, ajouter 125 rpm pendant cinq minutes.Pipette la solution de blocage dans une boîte en plastique. Retirez ensuite la diapositive microarray du pot de coplin. Utilisez un lingette fine pour conduire le côté non-ADN et les bords de la glissière.Placez lentement le microarray dans la boîte en plastique. Incuber à température ambiante pendant une heure avec des secousses lentes. Après cela, laver la diapositive une fois avec 0,01%Tween-20 en PBS.Sur un rotateur de laboratoire à 125 rpm pendant cinq minutes. Retirer le Tween-20 et rincer la lame une fois avec 0,01% Triton-X 100 en PBS sur un rotateur de laboratoire à 125 tr/min pendant deux minutes. Ensuite, transférez rapidement la diapositive dans un bocal de coplin contenant du PBS.Tout d’abord, assembler la chambre PMB tel qu’il est décrit dans le protocole de texte. Placez la glissière dans l’espace désigné. Utilisez une pince à épiler pour la pousser vers le bas et à gauche.Placez le joint de silicium sur le dessus, en s’assurant qu’il est bien aligné avec la partie inférieure de la chambre PBM. Fermez ensuite la chambre et serrez les vis en diagonale. Pipette le mélange de liaison protéique dans chaque puits du joint.Ensuite, incuber à température ambiante pendant 30 minutes. Pour commencer, pipette 0,05%Tween-20 en PBS dans la chambre PBM pour laver brièvement la diapositive. À l’aide d’un aspirateur, retirez la solution des puits de la chambre en prenant soin de ne pas toucher les taches d’ADN.Répétez ceci, lavez brièvement la lame avec PBS. Et utilisez le vide pour enlever la solution des puits de la chambre tout en prenant soin de ne pas toucher les taches d’ADN. Ensuite, ajoutez Alexa 488 anti-Son Anticorps conjugué à chaque puits de la chambre PBM.Incuber dans l’obscurité à température ambiante pendant 30 minutes. Après cela, lavez brièvement la glissière à l’intérieur de la chambre PBM en ajoutant quelques gouttes de 0,05%Tween-20 dans chaque puits. Et utilisez l’aspirateur pour enlever la solution des puits de la chambre, en prenant soin de ne pas toucher les taches d’ADN.Démonter la chambre PBM et retirer la lame. Rincer les diapositives deux fois en 0,05%Tween-20 en PBS, chaque rinçage d’une durée de trois minutes. Ensuite, rincez les diapositives deux fois dans PBS, chaque rinçage d’une durée de trois minutes chacun.Et une fois dans l’eau distillée double pendant trois minutes. Séchez les glissières avec de l’air comprimé. Et rangez-les dans une boîte à diapositives sombre jusqu’à ce qu’ils soient prêts à numériser.Lorsqu’il est prêt, utilisez un scanner de microrése pour scanner la puce avec une excitation de 495 nanomètres et une émission de 19 nanomètres. Et recueillir l’intensité médiane de fluorescence. Dans cette étude pi débit primase profilage est utilisé pour cartographier les sites de liaison primase, y compris ceux qui sont difficiles, voire impossibles à observer à l’aide d’outils classiques.Fait important, le profilage primase pi débit permet de revisiter la compréhension traditionnelle des sites de liaison primase. En particulier pi débit primase profilage révèle des spécificités contraignantes en plus de 5'GTC3'recognition séquences connues, ce qui conduit à des changements dans les activités fonctionnelles de t7 DNA primase. À savoir, deux groupes de séquences sont identifiés.Fortes séquences d’ADN contraignantes qui contenaient du TG sur les flancs et de faibles séquences d’ADN liant qui contenaient ag dans les flancs. Aucune liaison primase aux modèles d’ADN manquants 5'GTC3'dans leurs séquences n’a été détectée. Les sites de reconnaissance de l’ADN primase qui contiennent des caractéristiques spécifiques telles que les flancs riches en TG, augmentent la liaison de l’ADN primase jusqu’à 10 fois.Étonnamment, ils augmentent également la longueur de l’ARN nouvellement formé. Fait important, le profilage primase à haut débit nous permet d’observer et de quantifier la variabilité de la longueur de l’amorce par rapport à la séquence du modèle d’ADN. Lors de l’exécution de cette procédure, les étapes de lavage doivent être subtiles.Et les tampons doivent contenir des composants qui ont enregistré la primase sur l’ADN. Un seuil d’événements contraignants futiles est également déterminé biochimiquement. Par conséquent, l’analyse du microrése est insuffisante.Des méthodes telles qu’une résonance plasmatique de surface et des analyses de changement de gel peuvent déterminer l’affinité contraignante de primase pour sélectionner les séquences d’ADN. Mon laboratoire met en œuvre des modèles de prédiction de l’apprentissage automatique pour détecter les déterminants de la séquence primase qui produisent des amorces productives qui peuvent être prolongées par la polymése d’ADN. À l’ère du Big Data, une mise en œuvre de méthodes statistiques pour analyser le Big Data, la technique aidera certainement à mieux caractériser des séquences d’ADN spécifiques et à lier la reconnaissance des séquences à l’activité de primase.Toute personne travaillant avec la radiation devrait avoir une compréhension approfondie des règlements et des dangers associés à l’utilisation de rayonnement ionisant. Devrait suivre une formation et devrait travailler avec de l’équipement de sécurité.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

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Une seule molécule Simple, robuste et haut débit débit étirement test mise en place pour étudier le Transport de molécules le long de l’ADN

We describe a simple, robust and high throughput single molecule flow-stretching assay for studying 1D diffusion of molecules along DNA. In this assay, ...

Recherche

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