Name: dna sequence recognition by dna primase using high-throughput primase profiling
Uploaded: 2019-10-08T13:00:00
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本研究はイスラエル科学財団(助成第1023/18号)の支援を受けています。

1. マイクロアレイの設計
注:DNAプローブは、2つの可変横面領域の間に位置するT7 DNAプリマーゼ(GTC)の認識部位からなるカスタム36ヌクレオチド配列を表し、続いてガラススライド3につながれた一定の24ヌクレオチド配列を示す。4 x 180,000 マイクロアレイ形式を使用し、スライド上でランダムに分散した 6 回の複製で各 DNA 配列をスポッティングすることを?...

<ol>
	<li>Berger, M. F., Bulyk, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+binding+microarrays+(PBMs)+for+rapid,+high-throughput+characterization+of+the+sequence+specificities+of+DNA+binding+proteins.">Protein binding microarrays (PBMs) for rapid, high-throughput characterization of the sequence specificities of DNA binding proteins.</a> Methods in Molecular Biology. 338, 245-260 (2006).</li><li>Berger, M. F., Bulyk, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Universal+protein-binding+microarrays+for+the+comprehensive+characterization+of+the+DNA-binding+specificities+of+transcription+factors.">Universal protein-binding microarrays for the comprehensive characterization of the DNA-binding specificities of transcription factors.</a> Nature Protocols. 4 (3), 393-411 (2009).</li><li>Afek, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+Sequence+Context+Controls+the+Binding+and+Processivity+of+the+T7+DNA+Primase.">DNA Sequence Context Controls the Binding and Processivity of the T7 DNA Primase.</a> iScience. 2, 141-147 (2018).</li><li>Afek, A., Schipper, J. L., Horton, J., Gordan, R., Lukatsky, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein-DNA+binding+in+the+absence+of+specific+base-pair+recognition.">Protein-DNA binding in the absence of specific base-pair recognition.</a> Proceedings of the Nationaly Academy of Sciences of the Unitet States of America. 111 (48), 17140-17145 (2014).</li><li>Frick, D. N., Richardson, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interaction+of+bacteriophage+T7+gene+4+primase+with+its+template+recognition+site.">Interaction of bacteriophage T7 gene 4 primase with its template recognition site.</a> Journal of Biological Chemistry. 274 (50), 35889-35898 (1999).</li><li>Tabor, S., Richardson, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Template+recognition+sequence+for+RNA+primer+synthesis+by+gene+4+protein+of+bacteriophage+T7.">Template recognition sequence for RNA primer synthesis by gene 4 protein of bacteriophage T7.</a> Proceedings of the Nationaly Academy of Sciences of the Unitet States of America. 78 (1), 205-209 (1981).</li><li>Fried, M., Crothers, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Equilibria+and+kinetics+of+lac+repressor-operator+interactions+by+polyacrylamide+gel+electrophoresis.">Equilibria and kinetics of lac repressor-operator interactions by polyacrylamide gel electrophoresis.</a> Nucleic Acids Research. 9 (23), 6505-6525 (1981).</li><li>Galas, D. J., Schmitz, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNAse+footprinting:+a+simple+method+for+the+detection+of+protein-DNA+binding+specificity.">DNAse footprinting: a simple method for the detection of protein-DNA binding specificity.</a> Nucleic Acids Research. 5 (9), 3157-3170 (1978).</li><li>Jost, J. P., Munch, O., Andersson, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Study+of+protein-DNA+interactions+by+surface+plasmon+resonance+(real+time+kinetics).">Study of protein-DNA interactions by surface plasmon resonance (real time kinetics).</a> Nucleic Acids Research. 19 (10), 2788 (1991).</li><li>Bowen, B., Steinberg, J., Laemmli, U. K., Weintraub, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+detection+of+DNA-binding+proteins+by+protein+blotting.">The detection of DNA-binding proteins by protein blotting.</a> Nucleic Acids Research. 8 (1), 1-20 (1980).</li><li>Oliphant, A. R., Brandl, C. J., Struhl, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defining+the+sequence+specificity+of+DNA-binding+proteins+by+selecting+binding+sites+from+random-sequence+oligonucleotides:+analysis+of+yeast+GCN4+protein.">Defining the sequence specificity of DNA-binding proteins by selecting binding sites from random-sequence oligonucleotides: analysis of yeast GCN4 protein.</a> Molecular Cell Biology. 9 (7), 2944-2949 (1989).</li><li>Marmorstein, R., Fitzgerald, M. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modulation+of+DNA-binding+domains+for+sequence-specific+DNA+recognition.">Modulation of DNA-binding domains for sequence-specific DNA recognition.</a> Gene. 304, 1-12 (2003).</li></ol>

このPBM法は転写因子の結合特性を調べるために広く用いられており、親和性の低いDNAに結合するDNAプリマーゼなどのDNA処理酵素にも適用できます。ただし、実験手順の特定の変更が必要です。マイクロアレイ実験には、DNAライブラリーの設計、チップの調製、タンパク質標的の結合、蛍光標識、およびスキャンといういくつかのステップが含まれます。洗剤を含む溶液を含む溶液を使用した?...

HTPPは、生化学的解析(図1)と組み合わせたDNA結合マイクロアレイ技術を利用して、DNAプリマゼの酵素活性に影響を与えるDNAテンプレートの特定の特徴を統計的に同定します。したがって、HTPPは、分野における知識の飛躍を促進する技術プラットフォームを提供します。霊長認識部位を決定するために使用される古典的なツールは、大量のデータを生成する機能を持っていませんが、HTPPはそうします。
PBMは、DNA1、2への転写因子の結合の好みを決定するために日常的に使用される技術である。しかし、DNAへのタンパク質の弱い/一過性結合の検出には適していません。8つの塩基対からなるすべての可能な配列に平均タンパク質結合特異性に関する情報を提供するユニバーサルPBMとは異なり、HTPPは、ユニークな配列要素を含む一本鎖DNAテンプレートのライブラリに基づいています。このようなDNA配列要素は、数万の短い(数十bp)ゲノム配列を含むだけでなく、異なる平均GC含有量を有するゲノム中に存在する特定のDNA反復配列要素に富む計算的に設計されたDNA配列を含む。.このようなハイスループットアプローチは、系統的、定量的、および仮説駆動的な方法で、プリマゼ結合およびその酵素活性3に重要な配列関連特性の決定を可能にする。特に、プリマーゼ-DNA結合の好みとの間の重要なリンクは、(特定の三ヌクレオチド結合部位を横切るDNA配列によって調節される)およびプリマゼ処理性がこの酵素系4について同定された。
この新技術は、広範囲に研究されているT7 DNAプリマゼについても、プリマゼ認識部位の理解を再検討するために適用された5.具体的には、タンパク質DNA結合マイクロアレイ(PBM)を用いてT7 DNAプリマーゼのDNA認識部位(ほぼ40年前に決定された)などの古典的な概念の再検討は、関連する特徴に関する前例のない洞察をもたらした。これらの認識サイト3の側面配列.T7 DNAプリマーゼ(5'-GTC-3')の三ヌクレオチド認識部位を横切る配列はランダムであると予想された。その代わりに、TGが豊富なフランク配列は、T7 DNAプリマーゼが処理性の増加を示すより長いRNAプライマーを合成する可能性を高めることがわかった。
インビトロでタンパク質のDNA結合特性を研究するために使用できる他の方法は、電気泳動性シフトアッセイ(EMSA)7、DNase Iフットプリント8、表面プラズモン共鳴(SPR)9、および南西部ブロッティングを含む10.しかし、これらは、少数のDNA配列を調査する場合にのみ適用可能な低スループット法である。さらに、これらの技術の一部の精度および感度(例えば、EMSA)は低い。一方、インビトロ選択11は、PBMと同様に、多数の結合配列の同定に使用することができる技術である。ただし、低アフィニティシーケンスは、通常、インビトロ選択のほとんどのアプリケーションで除外されます。したがって、この方法は、使用可能なすべてのシーケンスの比較バインディング データを取得するのに適していません。ユニバーサルPBM1、2は、主に原核生物および真核生物からの転写因子の結合特異性および特定の因子(例えば、特定のリガンドの存在、補因子など)を特徴付けるために使用される。この相互作用に影響を与える 12.
HTPPは、これまでにない高スループットの統計力と高精度を組み合わせることで、PBMアプリケーションをDNA処理酵素に拡大し、結合配列コンテキストに関する情報を提供します。このようなデータは、他の利用可能な技術の前述の技術的な制限のために、プリマセスおよび関連酵素(DNAに弱い/一過性結合を有する)についてまだ得られていない。

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>40% acrylamide-bisacrylamide (19:1) solution</td>
			<td>Merck</td>
			<td>1006401000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>95% formamide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F9037-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa 488-conjugated anti-his antibody</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>35310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonuium persulfate (APS)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A3678-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ATP, [&#945;-32P] &#8211; 3000 Ci/mmol</td>
			<td>Perkin Elmer</td>
			<td>NEG003H250UC</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Boric acid, granular</td>
			<td>Glentham Life Sciences</td>
			<td>GE4425</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine Serum Albumin (BSA)</td>
			<td>Roche</td>
			<td>10735094001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bromophenol blue</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>B0126-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coplin jar</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dithiothreitol (DTT)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D0632-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA microarray</td>
			<td>Agilent</td>
			<td></td>
			<td>4x180K (AMADID #78366) 
			https://www.agilent.com</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)</td>
			<td>Acros Organics</td>
			<td>AC118430010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fujifilm FLA-5100 phosphorimager</td>
			<td>FUJIFILM Life Science</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass slide staining rack</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>12869995</td>
			<td>If several slides are used</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lab rotator</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>88880025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>63064-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microarray Hybridization Chamber</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2534A</td>
			<td>https://www.agilent.com/cs/library/usermanuals/Public/G2534-90004_HybridizationChamber_User.pdf</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microarray scanner (GenePix 4400A)</td>
			<td>Molecular Devices</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffered Saline (PBS)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P4417-100TAB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium glutamate</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>A172232</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ribonucleotide Solution Mix (rNTPs)</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>N0466S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salmon testes DNA</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D1626-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Skim milk powder</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>70166-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Staining dish</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>12657696</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1610800</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris base (2-Amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediol)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>93362-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>X100-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween-20</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P9416-50ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>U6504-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene cyanol</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>B21530</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

dna sequence recognition by dna primase using high-throughput primase profiling

DNAプリマーゼは、DNA複製中にDNAポリメラーゼによって遅れ鎖上の岡崎断片のDNA合成を開始する短いRNAプライマーを合成します。DNAへの原核生物DnaG様プリマの結合は、特定のトリヌクレオチド認識配列で起こる。岡崎断片の形成において極めて重要な一歩です。DNAプリマゼのDNA認識配列を決定するために使用される従来の生化学的ツールは、限られた情報のみを提供します。ハイスループットマイクロアレイベースの結合アッセイと連続した生化学的分析を用いて、1)特定の結合コンテキスト(認識部位のフランク配列)がDNAプリマゼの結合強度に影響を及ぼすことが示された。DNA、および2)DNAへのプリマゼのより強い結合は、より長いRNAプライマーをもたらし、酵素のより高い処理性を示す。この方法は、PBMとプリマーゼ活性アッセイを組み合わせ、ハイスループットプリマーゼプロファイリング(HTPP)として指定されており、前例のない時間とスケーラビリティでDNAプリマーゼによる特異的配列認識の特性評価を可能にします。

プリマゼ結合部位をマッピングするためのこの技術進歩により、古典的なツールを使用して観察することは不可能ではないにしても困難なDNA結合特性の取得を可能にします。さらに重要なことは、HTPPは、プリマゼ結合部位の伝統的な理解の再検討を可能にする。具体的には、HTPPは既知の5'-GTC-3'認識配列に加えて結合特異性を明らかにし、T7 DNAプリマゼの機能活性の?...

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DNA Sequence Recognition by DNA Primase Using High-Throughput Primase Profiling

タンパク質結合マイクロアレイ(PBM)実験は、生化学的アッセイと組み合わせることで、テンプレートDNA上でRNAプライマーを合成する酵素であるDNAプリマーゼの結合および触媒特性を連結します。この方法は、ハイスループットプリマゼプロファイリング(HTPP)として指定され、様々な酵素のDNA結合パターンを明らかにするために使用することができる。

ハイスループットプリマゼプロファイリングを用いたDNAプリマゼによるDNA配列認識

DNA primase synthesizes short RNA primers that initiate DNA synthesis of Okazaki fragments on the lagging strand by DNA polymerase during DNA replication. ...

このプロトコルは、特定のDNA配列に一時的に結合し、RNAプライマーの形成を触媒する酵素であるプリマーゼのタンパク質-DNA結合マイクロアレイからの膨大なデータの収集を記述する。このビデオでは、マイクロアレイ技術がprimaseシーケンス認識サイトの再定義にどのように役立ち、高スループットアプローチが古典的な生化学を補完できるかを説明します。この技術は、プリマーゼDNA結合マイクロアレイとプリマーゼ活性アッセイの2つのアプローチを組み合わせた。マイクロアレイは、生化学的アッセイとしてDNAプリマーゼによるRNAプライマー形成に関する情報を提供するDNA配列に対するプリマーゼ結合の膨大なデータを提供する。テストされた酵素活性は、マイクロアレイ実験の洞察と、その性質上のスループットの低下に依存します。結合の効率、DNA配列選択および酵素の活性との間のリンクがプローブされる。マイクロアレイを用いた配列決定の同定は、マイクロアレイの膨大なデータに基づいて正確な結論を導き出すことを可能にする。このアプローチは、これまでに転写因子のDNA結合配列を記述するために使用されてきた。転写因子は、DNAに密に結合する静的タンパク質です。手順のデモンストレーションはステファン・イリックです。この手順を開始するには、マイクロアレイスライドを0.01%Triton-X 100を含むコプリン瓶に入れてプリウェットします。ラボの回転器で回転し、125 rpmを5分間追加します。ブロック溶液をプラスチック製の箱にピペットします。次に、コプリンジャーからマイクロアレイスライドを取り外します。細かいワイプを使用して、スライドの非DNA側とエッジを駆動します。マイクロアレイをプラスチック製の箱にゆっくりと入れます。ゆっくりと揺れで1時間室温でインキュベートします。この後、スライドをPBSで0.01%Tween-20で1回洗います。125 rpmで5分間ラボの回転器で。Tween-20を取り外し、125 rpmのラボローテーターでPBSで0.01%Triton-X 100でスライドを2分間リンスします。その後、すぐにPBSを含むコプリン瓶にスライドを転送します。まず、テキストプロトコルで概説されているようにPMBチャンバーを組み立てます。スライドを指定したスペースに配置します。ピンセットを使って押し下げて左に押し下げろ。シリコンガスケットを上部に置き、PBMチャンバーの下部に十分に一致していることを確認します。その後、チャンバーを閉じ、斜めにネジを締めます。タンパク質結合混合物をガスケットの各ウェルにピペットする。その後、室温で30分間インキュベートする。まず、ピペット0.05%Tween-20をPBSでPBMチャンバーに入れ、スライドを短時間洗浄します。真空吸引器を使用して、DNAスポットに触れないように注意してチャンバーのウェルから溶液を取り除きます。これを繰り返し、スライドをPBSで短時間洗います。そして、真空を使用して、DNAスポットに触れないように注意しながら、チャンバーの井戸から溶液を取り除きます。次に、PBMチャンバーの各ウェルにAlexa 488コンジュゲート抗His抗体を加えます。室温で暗闇の中で30分間インキュベートします。この後、PBS内の0.05%Tween-20を各ウェルに数滴加えて、PBMチャンバー内のスライドを簡単に洗浄します。そして真空吸引器を使用して、溶液をチャンバーの井戸から取り除き、DNAスポットに触れないように注意する。PBMチャンバーを分解し、スライドを取り外します。PBSで0.05%Tween-20でスライドを2回リンスし、各リンスは3分間続きます。その後、スライドをPBSで2回リンスし、各リンスをそれぞれ3分間持続させます。そして、3分間二重蒸留水で1回。スライドを圧縮空気で乾燥させます。そして、スキャンする準備ができるまで暗いスライドボックスに保管してください。準備ができたら、マイクロアレイスキャナを使用して、495ナノメートルの励起と19ナノメートルの放出でチップをスキャンします。そして、中央値の蛍光強度を収集します。この研究では、piスループットプリマーゼプロファイリングは、古典的なツールを使用して観察することが不可能ではないにしても困難なものも含め、プリマーゼ結合部位をマッピングするために使用されます。重要なことに、piスループットプリマーゼプロファイリングは、プリマーゼ結合部位の従来の理解を再検討することを可能にする。特にpiスループットプリマーゼプロファイリングは、既知の5'GTC3'認識配列に加えて結合特異性を明らかにし、T7 DNAプリマーゼの機能的活動の変化をもたらす。すなわち、シーケンスの2つのグループが識別されます。側面にTGを含む強力な結合DNA配列と、側面にAGを含む弱結合DNA配列。5'GTC3'配列内に欠けていたDNAテンプレートへのプリマーゼ結合は検出されなかった。TGリッチな側面などの特定の特徴を含むプリマーゼDNA認識部位は、プリマーゼDNA結合を最大10倍に増加させる。驚くべきことに、彼らはまた、新たに形成されたRNAの長さを増加させます。重要なことに、高スループットのプリマーゼプロファイリングにより、DNAテンプレートの配列に関連してプライマー長の変動を観察し、定量化することが可能になります。この手順を実行する場合、洗浄手順は微妙でなければなりません。そして、バッファーには、DNAにプリマーゼを記録したコンポーネントが含まれている必要があります。また、無駄な結合イベントの閾値は生化学的に決定される。そのためマイクロアレイの解析が不十分である。表面プラズマ共鳴やゲルシフトアッセイなどの方法は、DNA配列を選択するためにプリマーゼの結合親和性を決定することができる。私の研究室では、DNAポリメラーゼで拡張できる生産的なプライマーを生み出すプリマーゼ配列決定因子を検出するための機械学習予測モデルを実装しています。ビッグデータの時代には、ビッグデータを分析するための統計的手法の実装は、この技術は間違いなく特定のDNA配列をより良く特徴付け、配列認識をprimaseの活性に結び付けるのに役立ちます。放射線を扱う人は、電離放射線の使用に関連する規制や危険を十分に理解する必要があります。訓練を受けるべきであり、安全装置と協力する必要があります。

Research

JoVE Journal

Biochemistry

A Simple, Robust, and High Throughput Single Molecule Flow Stretching Assay Implementation for Studying Transport of Molecules Along DNA

シンプルで堅牢、かつ高スループットの単一分子 DNA 分子の輸送を研究するためのストレッチ法の実装を流れ

We describe a simple, robust and high throughput single molecule flow-stretching assay for studying 1D diffusion of molecules along DNA. In this assay, ...

Real-time Tracking of DNA Fragment Separation by Smartphone

スマートフォンによるDNA断片分離のリアルタイム追跡

Slab gel electrophoresis (SGE) is the most common method for the separation of DNA fragments; thus, it is broadly applied to the field of biology and ...

DNA Polymerase Activity Assay Using Near-infrared Fluorescent Labeled DNA Visualized by Acrylamide Gel Electrophoresis

アクリルアミドゲル電気泳動法で可視化した近赤外蛍光標識 DNA を用いた DNA ポリメラーゼ活性測定法

For any enzyme, robust, quantitative methods are required for characterization of both native and engineered enzymes. For DNA polymerases, DNA synthesis ...

DNA Staining Method Based on Formazan Precipitation Induced by Blue Light Exposure

DNA 染色青い光曝露による塩の沈殿物に基づく法

DNA staining methods are very important for biomedical research. We designed a simple method that allows DNA visualization to the naked eye by the ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

蛍光顕微鏡を使用して競争力のある滴定による転写因子の DNA 結合親和性の高感度測定

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...

Real-time Observation of the DNA Strand Exchange Reaction Mediated by Rad51

Rad51 を介した DNA 鎖交換反応のリアルタイム観察

The DNA strand exchange reaction mediated by Rad51 is a critical step of homologous recombination. In this reaction, Rad51 forms a nucleoprotein filament ...

DNA Electrophoresis Using Thiazole Orange Instead of Ethidium Bromide or Alternative Dyes

エチジウム ブロマイドや代替染料ではなくチアゾール オレンジを用いた DNA 電気泳動

DNA gel electrophoresis using agarose is a common tool in molecular biology laboratories, allowing separation of DNA fragments by size. After separation, ...

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

アンジオテンシンIIによるニトロペプチドプロファイリングと同定

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

Continuous Fluorescence-Based Endonuclease-Coupled DNA Methylation Assay to Screen for DNA Methyltransferase Inhibitors

DNAメチルトランスフェラーゼ阻害剤をスクリーニングするための連続蛍光ベースのエンドヌクレアーゼ共役DNAメチル化アッセイ(英語)

DNA methylation, a form of epigenetic gene regulation, is important for normal cellular function. In cells, proteins called DNA methyltransferases (DNMTs) ...

Deciphering Molecular Mechanism of Histone Assembly by DNA Curtain Technique

Chromatin is a higher-order structure that packages eukaryotic DNA. Chromatin undergoes dynamic alterations according to the cell cycle phase and in ...