Name: dna sequence recognition by dna primase using high-throughput primase profiling
Uploaded: 2019-10-08T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about DNA Sequence Recognition by DNA Primase Using High-Throughput Primase Profiling at JoVE.com

Это исследование было поддержано ISRAEL SCIENCE FOUNDATION (грант No 1023/18).

1. Дизайн микроаррей
ПРИМЕЧАНИЕ: ДНК-зонды представляют обычай 36-нуклеотидных последовательностей, состоящий из места распознавания для T7 ДНК примазы (GTC), расположенных между двумя переменными фланговых регионах, а затем постоянная 24-нуклеотидной последовательности при?...

<ol>
	<li>Berger, M. F., Bulyk, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+binding+microarrays+(PBMs)+for+rapid,+high-throughput+characterization+of+the+sequence+specificities+of+DNA+binding+proteins.">Protein binding microarrays (PBMs) for rapid, high-throughput characterization of the sequence specificities of DNA binding proteins.</a> Methods in Molecular Biology. 338, 245-260 (2006).</li><li>Berger, M. F., Bulyk, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Universal+protein-binding+microarrays+for+the+comprehensive+characterization+of+the+DNA-binding+specificities+of+transcription+factors.">Universal protein-binding microarrays for the comprehensive characterization of the DNA-binding specificities of transcription factors.</a> Nature Protocols. 4 (3), 393-411 (2009).</li><li>Afek, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+Sequence+Context+Controls+the+Binding+and+Processivity+of+the+T7+DNA+Primase.">DNA Sequence Context Controls the Binding and Processivity of the T7 DNA Primase.</a> iScience. 2, 141-147 (2018).</li><li>Afek, A., Schipper, J. L., Horton, J., Gordan, R., Lukatsky, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein-DNA+binding+in+the+absence+of+specific+base-pair+recognition.">Protein-DNA binding in the absence of specific base-pair recognition.</a> Proceedings of the Nationaly Academy of Sciences of the Unitet States of America. 111 (48), 17140-17145 (2014).</li><li>Frick, D. N., Richardson, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interaction+of+bacteriophage+T7+gene+4+primase+with+its+template+recognition+site.">Interaction of bacteriophage T7 gene 4 primase with its template recognition site.</a> Journal of Biological Chemistry. 274 (50), 35889-35898 (1999).</li><li>Tabor, S., Richardson, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Template+recognition+sequence+for+RNA+primer+synthesis+by+gene+4+protein+of+bacteriophage+T7.">Template recognition sequence for RNA primer synthesis by gene 4 protein of bacteriophage T7.</a> Proceedings of the Nationaly Academy of Sciences of the Unitet States of America. 78 (1), 205-209 (1981).</li><li>Fried, M., Crothers, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Equilibria+and+kinetics+of+lac+repressor-operator+interactions+by+polyacrylamide+gel+electrophoresis.">Equilibria and kinetics of lac repressor-operator interactions by polyacrylamide gel electrophoresis.</a> Nucleic Acids Research. 9 (23), 6505-6525 (1981).</li><li>Galas, D. J., Schmitz, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNAse+footprinting:+a+simple+method+for+the+detection+of+protein-DNA+binding+specificity.">DNAse footprinting: a simple method for the detection of protein-DNA binding specificity.</a> Nucleic Acids Research. 5 (9), 3157-3170 (1978).</li><li>Jost, J. P., Munch, O., Andersson, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Study+of+protein-DNA+interactions+by+surface+plasmon+resonance+(real+time+kinetics).">Study of protein-DNA interactions by surface plasmon resonance (real time kinetics).</a> Nucleic Acids Research. 19 (10), 2788 (1991).</li><li>Bowen, B., Steinberg, J., Laemmli, U. K., Weintraub, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+detection+of+DNA-binding+proteins+by+protein+blotting.">The detection of DNA-binding proteins by protein blotting.</a> Nucleic Acids Research. 8 (1), 1-20 (1980).</li><li>Oliphant, A. R., Brandl, C. J., Struhl, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defining+the+sequence+specificity+of+DNA-binding+proteins+by+selecting+binding+sites+from+random-sequence+oligonucleotides:+analysis+of+yeast+GCN4+protein.">Defining the sequence specificity of DNA-binding proteins by selecting binding sites from random-sequence oligonucleotides: analysis of yeast GCN4 protein.</a> Molecular Cell Biology. 9 (7), 2944-2949 (1989).</li><li>Marmorstein, R., Fitzgerald, M. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modulation+of+DNA-binding+domains+for+sequence-specific+DNA+recognition.">Modulation of DNA-binding domains for sequence-specific DNA recognition.</a> Gene. 304, 1-12 (2003).</li></ol>

Метод PBM широко используется для исследования связывающих свойств транскрипционных факторов, а также может быть применен к ферментам обработки ДНК, таким как прима закваска ДНК, которые связываются с ДНК с низким сродством. Однако необходимы определенные изменения экспериментальных ?...

HTPP использует технологию связывания МИКРОаррей ДНК в сочетании с биохимическим анализом(рисунок 1) для статистическиго определения специфических особенностей шаблонов ДНК, влияющих на ферментативную активность примазы ДНК. Таким образом, HTPP обеспечивает технологическую платформу, которая облегчает скачок знаний в этой области. Классические инструменты, используемые для определения сайтов распознавания приносов, не имеют возможности давать огромное количество данных, в то время как HTPP делает.
PBM метод, обычно используемый для определения обязательных предпочтений транскрипционных факторов к ДНК1,2; однако, он не подходит для обнаружения слабого/переходного связывания белков к ДНК. В отличие от универсального PBM, который предоставляет информацию о средней специфичности связывания белка ко всем возможным последовательностям, состоящим из восьми базовых пар, HTPP основан на библиотеке одноцепочечных шаблонов ДНК, включающих уникальные элементы последовательности. Такие элементы последовательности ДНК включают десятки тысяч коротких (несколько десятков вт) геномных последовательностей, а также вычислительно разработанные последовательности ДНК, обогащенные определенными репетитными элементами последовательности ДНК, присутствующими в геноме, которые обладают разным средним содержанием GC . Такой высокопроизводительный подход позволяет определить, в систематическом, количественных и гипотезы инициативе образом, последовательности, связанные свойства, которые важны для примкассвязи и его ферментативной деятельности3. В частности, для этой ферментативной системы4была определена важная связь между примазно-ДНК связывающими предпочтениями (модулированными последовательностями ДНК, обрамляющими конкретные тринуклеотидные связывающие участки) и процессивой примазы.
Новая технология была применена, чтобы вернуться к нашему пониманию сайтов признания примаза даже для прима T7 ДНК, которая была широко изучена5. В частности, пересмотр классических концепций, таких как сайты распознавания ДНК примаза T7 DNA (которые были определены почти четыре десятилетия назад 6)с использованием белково-ДНК связывающего микроаррей (PBM) привело к беспрецедентному пониманию особенностей, связанных с фланговой последовательности этих сайтов распознавания3. Ожидалось, что последовательности фланговых трехнуклеотидных признания сайта прима задневок T7 (5'-GTC-3') будут случайными. Вместо этого, мы обнаружили, что TG богатых фланговых последовательностей увеличить шансы T7 ДНК прима синтезировать больше РНК праймеров, указывающих на увеличение процессоцивистии.
Другие методы, которые могут быть использованы для изучения ДНК-связывающих свойств белков in vitro включают электрофоретический перекос анализа (EMSA)7, DNase Iслед8, поверхностно-плазмон резонанс (SPR)9, и юго-западной blotting 10. Это, однако, методы низкой пропускной необходимости применимы только к исследованию небольшого числа последовательностей ДНК. Кроме того, точность и чувствительность некоторых из этих методов (например, EMSA) является низкой. С другой стороны, in vitro selection11 является методом, который, подобно PBM, может быть использован для идентификации многочисленных связывающих последовательностей. Тем не менее, низкие последовательности сродства, как правило, исключены в большинстве приложений в пробирке выбор; поэтому этот подход не подходит для получения сравнительных обязательных данных по всем имеющимся последовательностям. Универсальный PBM1,2 в основном используется для характеристики связывающей специфики транскрипционных факторов от прокариот и эукариот, а также специфические факторы (например, наличие определенных лигандов, кофакторов и т.д.), которые могут повлиять на это взаимодействие12.
HTPP расширяет применение PBM для ферментов обработки ДНК, сочетая беспрецедентную высокопроизводительную статистическую мощность с высокой точностью, чтобы предоставить информацию о контексте связывающей последовательности. Такие данные еще не получены по примазам и связанным с ними ферментам (которые имеют слабую/переходную связующую к ДНК) из-за вышеупомянутых технических ограничений других доступных методов.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>40% acrylamide-bisacrylamide (19:1) solution</td>
			<td>Merck</td>
			<td>1006401000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>95% formamide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F9037-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa 488-conjugated anti-his antibody</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>35310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonuium persulfate (APS)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A3678-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ATP, [&#945;-32P] &#8211; 3000 Ci/mmol</td>
			<td>Perkin Elmer</td>
			<td>NEG003H250UC</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Boric acid, granular</td>
			<td>Glentham Life Sciences</td>
			<td>GE4425</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine Serum Albumin (BSA)</td>
			<td>Roche</td>
			<td>10735094001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bromophenol blue</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>B0126-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coplin jar</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dithiothreitol (DTT)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D0632-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA microarray</td>
			<td>Agilent</td>
			<td></td>
			<td>4x180K (AMADID #78366) 
			https://www.agilent.com</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)</td>
			<td>Acros Organics</td>
			<td>AC118430010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fujifilm FLA-5100 phosphorimager</td>
			<td>FUJIFILM Life Science</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass slide staining rack</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>12869995</td>
			<td>If several slides are used</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lab rotator</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>88880025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>63064-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microarray Hybridization Chamber</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2534A</td>
			<td>https://www.agilent.com/cs/library/usermanuals/Public/G2534-90004_HybridizationChamber_User.pdf</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microarray scanner (GenePix 4400A)</td>
			<td>Molecular Devices</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffered Saline (PBS)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P4417-100TAB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium glutamate</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>A172232</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ribonucleotide Solution Mix (rNTPs)</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>N0466S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salmon testes DNA</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D1626-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Skim milk powder</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>70166-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Staining dish</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>12657696</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1610800</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris base (2-Amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediol)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>93362-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>X100-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween-20</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P9416-50ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>U6504-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene cyanol</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>B21530</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

dna sequence recognition by dna primase using high-throughput primase profiling

Прима засовка ДНК синтезирует короткие РНК-праймеры, которые инициируют синтез фрагментов ДНК фрагментов Окадзаки на отстающей нити путем полимераза ДНК во время репликации ДНК. Привязка прокариотических примаз, похожих на днк, происходит в определенной последовательности распознавания тринуклеотидов. Это ключевой шаг в формировании фрагментов Окадзаки. Обычные биохимические инструменты, которые используются для определения последовательности распознавания ДНК примаза ДНК, предоставляют лишь ограниченную информацию. Использование высокой пропускной способности микроаррей на основе связывания анализа и последовательных биохимических анализов, было показано, что 1) конкретный обязательный контекст (фланговые последовательности сайта распознавания) влияет на силу прима ДНК к его шаблону ДНК, и 2) сильнее связывания примаза к ДНК дает больше РНК праймеров, что свидетельствует о более высокой processivity фермента. Этот метод сочетает в себе PBM и primase деятельности анализа и обозначен как высокой пропускной способности примаза профилирования (HTPP), и это позволяет характеристика конкретной последовательности распознавания примаза ДНК в беспрецедентное время и масштабируемости.

Этот технологический прогресс для отображения привязки примоза позволяет получить свойства связывания ДНК, которые трудно, если не невозможно, наблюдать с помощью классических инструментов. Что еще более важно, HTPP позволяет пересмотреть традиционное понимание прим?...

Watch this Scientific Journal Video about DNA Sequence Recognition by DNA Primase Using High-Throughput Primase Profiling at JoVE.com

DNA Sequence Recognition by DNA Primase Using High-Throughput Primase Profiling

Эксперименты по связыванию белков (PBM) в сочетании с биохимическими анализами связывают связывающие и каталитические свойства примаза ДНК, фермента, который синтезирует РНК-праймеры на шаблоне ДНК. Этот метод, обозначенный как высокопроизводительный профилирование примаза (HTPP), может быть использован для выявления ДНК-связывающих моделей различных ферментов.

Распознавание последовательности ДНК с помощью высокопроходимых профилирований primase

DNA primase synthesizes short RNA primers that initiate DNA synthesis of Okazaki fragments on the lagging strand by DNA polymerase during DNA replication. ...

Этот протокол описывает сбор массивных данных из белка-ДНК связывания microarray для primase, фермент, который временно связывается с конкретными последовательностями ДНК и, в свою очередь, катализы формирования РНК грунтовки. Это видео будет охватывать, как технология microarray может помочь пересмотреть primase сайтов распознавания последовательности и как высокая пропускная способность подход может комплимент классической биохимии. Этот метод сочетает в себе два подхода: primase ДНК связывания microarray и primase деятельности анализа.Микроаррей предоставляет массивные данные primase связывания с последовательностями ДНК, где в качестве биохимического анализа предоставляется информация о формировании РНК грунтовки ДНК primase. Проверенная энзиматическая активность зависит от проницательности эксперимента микроаррея и его нижней пропускной способности в природе. Проверяется связь между эффективностью связывания, выбором последовательности ДНК и активностью фермента.Определение определения последовательности с помощью микроаррея позволяет сделать точные выводы на основе массивных данных микроармей. Этот подход был использован до сих пор для описания ДНК связывающих последовательностей транскрипционных факторов. Транскрипционные факторы являются статические белки, которые плотно связываются с ДНК.Демонстрацией процедуры будет Стефан Илич. Чтобы начать эту процедуру, предварительно мокрый микроаррей слайд, поместив его в банку коплин, содержащий 0,01%Triton-X 100. И вращаясь на лабораторном ротаторе, добавьте 125 об/мин в течение пяти минут.Пипетка блокирующий раствор в пластиковую коробку. Затем удалите слайд microarray из банки coplin. Используйте тонкую салфетку, чтобы управлять стороной не-ДНК и краями слайда.Медленно поместите микроаррей в пластиковую коробку. Инкубировать при комнатной температуре в течение одного часа с медленной тряской. После этого, мыть слайд один раз с 0,01%Tween-20 в PBS.На лабораторном ротаторе при 125 об/мин в течение пяти минут. Удалите Tween-20 и промойте слайд один раз с 0,01%Triton-X 100 в PBS на лабораторный ротатор при 125 об/мин в течение двух минут. Затем быстро перенесите слайд в банку с коплином, содержащую PBS.Во-первых, собрать камеру PMB, как указано в текстовом протоколе. Поместите слайд в назначенное пространство. Используйте пинцет, чтобы подтолкнуть его вниз и слева.Поместите силиконовую прокладку сверху, убедившись, что она хорошо выровнена с нижней частью камеры PBM. Затем закройте камеру и затяните винты по диагонали. Pipette смесь связывания протеина в каждую наилучшим образом прокладки.Затем инкубировать при комнатной температуре в течение 30 минут. Для начала, пипетка 0.05%Tween-20 в PBS в камеру PBM, чтобы кратко мыть слайд. Используя вакуумный аспиратор, удалите раствор из колодцев камеры, чтобы не касаться пятен ДНК.Повторите это, кратко мыть слайд с PBS. И использовать вакуум, чтобы удалить раствор из колодцев камеры, будучи осторожным, чтобы не прикасаться к пятнам ДНК. Далее добавьте Alexa 488 спряженные анти-его антитела к каждому колодец камеры PBM.Инкубировать в темноте при комнатной температуре в течение 30 минут. После этого, кратко мыть слайд внутри камеры PBM, добавив несколько капель 0,05%Tween-20 в PBS в каждой хорошо. И используйте вакуумный аспиратор, чтобы удалить раствор из колодцев камеры, будьте осторожны, чтобы не коснуться пятна ДНК.Разонимите камеру PBM и удалите слайд. Промыть слайды дважды в 0,05%Tween-20 в PBS, с каждым полоскания продолжительностью три минуты. Затем, промыть слайды два раза в PBS, с каждым полоскания продолжительностью три минуты каждый.И один раз в двойной дистиллированной воде в течение трех минут. Высушите горки сжатым воздухом. И хранить их в темной коробке слайда до готовности к сканированию.Когда вы будете готовы, используйте микроаррей сканер для сканирования чипа с возбуждением 495 нанометров и выброс 19 нанометров. И собирать медианную интенсивность флуоресценции. В этом исследовании pi throughput primase профилирование используется для карты primase связывающих сайтов, в том числе те, которые трудно, если не невозможно наблюдать с помощью классических инструментов.Важно отметить, что первичное профилирование pi throughput позволяет пересмотреть традиционное понимание первичных обязательных сайтов. Особенно пи пропускной способности первичного профилирования показывает связывающие особенности в дополнение к известным 5'GTC3'признание последовательностей, что приводит к изменениям в функциональной деятельности T7 ДНК primase. А именно, определены две группы последовательностей.Сильные связывающие последовательности ДНК, которые содержали TG на флангах и слабые связывающие последовательности ДНК, которые содержали AG на флангах. Не было обнаружено никакой первичной привязки к шаблонам ДНК, которые отсутствовали 5'GTC3'within их последовательности. Первичные сайты распознавания ДНК, которые содержат специфические особенности, такие как богатые фланги TG, увеличивают привязку ДНК primase до 10 раз.Удивительно, но они также увеличивают длину вновь образованной РНК. Важно отметить, что высокопутное первичное профилирование позволяет нам наблюдать и количественно оценить изменчивость длины грунтовки по отношению к последовательности шаблона ДНК. При выполнении этой процедуры шаги стирки должны быть тонкими.И буферы должны содержать компоненты, которые вошли в примат ДНК. Также биохимически определяется порог бесполезных связывающих событий. Поэтому анализ микроаррея недостаточен.Такие методы, как поверхностный плазменный резонанс и анализ сдвига геля, могут определить связывающее сродство primase для выбора последовательностей ДНК. Моя лаборатория реализует модели прогнозирования машинного обучения для обнаружения детерминантов primase sequence, которые дают продуктивные грунтовки, которые могут быть расширены полимеразой ДНК. В эпоху больших данных, внедрения статистических методов для анализа больших данных, метод, безусловно, поможет лучше охарактеризовать конкретные последовательности ДНК и связать распознавание последовательности с деятельностью primase.Любой человек, работающий с радиацией, должен иметь глубокое понимание правил и опасностей, связанных с использованием ионизирующего излучения. Должны пройти обучение и должны работать с оборудованием безопасности.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

A Simple, Robust, and High Throughput Single Molecule Flow Stretching Assay Implementation for Studying Transport of Molecules Along DNA

Простая, прочная и высокая пропускная способность одной молекулы потока растяжения Assay осуществления для изучения транспорт молекул вдоль ДНК

We describe a simple, robust and high throughput single molecule flow-stretching assay for studying 1D diffusion of molecules along DNA. In this assay, ...

Real-time Tracking of DNA Fragment Separation by Smartphone

В режиме реального времени отслеживание разделения фрагментов ДНК с помощью смартфона

Slab gel electrophoresis (SGE) is the most common method for the separation of DNA fragments; thus, it is broadly applied to the field of biology and ...

DNA Polymerase Activity Assay Using Near-infrared Fluorescent Labeled DNA Visualized by Acrylamide Gel Electrophoresis

ДНК-полимераза деятельности пробирного с использованием флуоресцентных помечены ДНК ближней ИК-области визуализирована электрофорезом геля акриламида

For any enzyme, robust, quantitative methods are required for characterization of both native and engineered enzymes. For DNA polymerases, DNA synthesis ...

DNA Staining Method Based on Formazan Precipitation Induced by Blue Light Exposure

ДНК, окрашивание метод, основанный на Формазаны осадков, вызванных синий освещенности

DNA staining methods are very important for biomedical research. We designed a simple method that allows DNA visualization to the naked eye by the ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

Высокая чувствительность измерение транскрипции фактор ДНК привязки родство по конкурентоспособным титрования, с помощью микроскопии флуоресцирования

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...

Real-time Observation of the DNA Strand Exchange Reaction Mediated by Rad51

В реальном времени наблюдения опосредовано Rad51 реакции обмена Strand ДНК

The DNA strand exchange reaction mediated by Rad51 is a critical step of homologous recombination. In this reaction, Rad51 forms a nucleoprotein filament ...

DNA Electrophoresis Using Thiazole Orange Instead of Ethidium Bromide or Alternative Dyes

Электрофорез ДНК, вместо тиазол оранжевый бромид Ethidium или альтернативных красители

DNA gel electrophoresis using agarose is a common tool in molecular biology laboratories, allowing separation of DNA fragments by size. After separation, ...

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

НитропептидНое профилирование и идентификация Иллюстрировано Ангиотензином II

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

Continuous Fluorescence-Based Endonuclease-Coupled DNA Methylation Assay to Screen for DNA Methyltransferase Inhibitors

Непрерывный флуоресцентный анализ метилирования ДНК на основе эндонуклеазы для скрининга ингибиторов ДНК-метилтрансферазы

DNA methylation, a form of epigenetic gene regulation, is important for normal cellular function. In cells, proteins called DNA methyltransferases (DNMTs) ...

Deciphering Molecular Mechanism of Histone Assembly by DNA Curtain Technique

Chromatin is a higher-order structure that packages eukaryotic DNA. Chromatin undergoes dynamic alterations according to the cell cycle phase and in ...