Name: a plasma sample preparation for mass spectrometry using an automated workstation
Uploaded: 2020-04-24T13:30:00
Duration: 7 min 12 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation at JoVE.com

<ol>
	<li>Fu, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+Reproducible+Automated+Proteomics+Sample+Preparation+Workflow+for+Quantitative+Mass+Spectrometry.">Highly Reproducible Automated Proteomics Sample Preparation Workflow for Quantitative Mass Spectrometry.</a> Journal of Proteome Research. 17 (1), 420-428 (2018).</li><li>Lehmann, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+mass+spectrometry+proteomics+(cMSP)+for+medical+laboratory:+What+does+the+future+hold?.">Clinical mass spectrometry proteomics (cMSP) for medical laboratory: What does the future hold?.</a> Clinica Chimica Acta. 467, 51-58 (2017).</li><li>Abbatiello, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-Scale+Interlaboratory+Study+to+Develop,+Analytically+Validate+and+Apply+Highly+Multiplexed,+Quantitative+Peptide+Assays+to+Measure+Cancer-Relevant+Proteins+in+Plasma.">Large-Scale Interlaboratory Study to Develop, Analytically Validate and Apply Highly Multiplexed, Quantitative Peptide Assays to Measure Cancer-Relevant Proteins in Plasma.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 14 (9), 2357-2374 (2015).</li><li>Kuster, B., Schirle, M., Mallick, P., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scoring+proteomes+with+proteotypic+peptide+probes.">Scoring proteomes with proteotypic peptide probes.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 6 (7), 577-583 (2005).</li><li>Carr, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+peptide+measurements+in+biology+and+medicine:+best+practices+for+mass+spectrometry-based+assay+development+using+a+fit-for-purpose+approach.">Targeted peptide measurements in biology and medicine: best practices for mass spectrometry-based assay development using a fit-for-purpose approach.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 13 (3), 907-917 (2014).</li><li>Yates, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pivotal+role+of+computers+and+software+in+mass+spectrometry+-+SEQUEST+and+20+years+of+tandem+MS+database+searching.">Pivotal role of computers and software in mass spectrometry - SEQUEST and 20 years of tandem MS database searching.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 26 (11), 1804-1813 (2015).</li><li>Nilsson, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+in+high-throughput+proteomics:+ready+for+the+big+time.">Mass spectrometry in high-throughput proteomics: ready for the big time.</a> Nature Methods. 7 (9), 681-685 (2010).</li><li>Van Eyk, J. E., Sobhani, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precision+Medicine.">Precision Medicine.</a> Circulation. 138 (20), 2172-2174 (2018).</li><li>Hoofnagle, A. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recommendations+for+the+Generation,+Quantification,+Storage,+and+Handling+of+Peptides+Used+for+Mass+Spectrometry-Based+Assays.">Recommendations for the Generation, Quantification, Storage, and Handling of Peptides Used for Mass Spectrometry-Based Assays.</a> Clinical Chemistry. 62 (1), 48-69 (2016).</li><li>Wijayawardena, B., Fu, Q., Johnson, C., Van Eyk, J. E., Kowalski, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+Reproducible+Automated+Proteomics+Sample+Preparation+on+Biomek+i-Series.">Highly Reproducible Automated Proteomics Sample Preparation on Biomek i-Series.</a> Technical note, Beckman Coulter Life Science. Document # AAG-4890APP02. 19, (2019).</li></ol>

معالجة العينة لspectrometry الشامل يتطلب تسخ البروتين، والحد والألكيلية لمنع السيستين، وهضم التربسين لشكيس البروتينات في الببتيدات. يجب البدء في كل تفاعل كيميائي أو أنزيمي في وقت معين وإجراؤه في درجة حرارة خاضعة للرقابة ، وكل خطوة في العملية تنطوي على خطوات نقل سائلة متعددة حيث يمكن إدخال الاختلاف التجريبي. توفر معالجة العينة التلقائية حلاً لهذه المعضلة. أنظمة مناولة السائل المتاحة حاليا لديها القدرة على نقل الكواشف إلى لوحات 96 بئر مع دقة ودقة أقل من 5٪، اعتمادا على نوع الرأس والبقشيش المستخدمة، واحتضان العينات، مع اهتزاز إذا رغبت في ذلك، تحت درجات حرارة خاضعة للرقابة تتراوح بين 14 درجة مئوية إلى 70 درجة مئوية. استخدمنا معالج سائل آلي لمعالجة البلازما لمقالات SRM بتنسيق 96 بئرًا.
هناك عدة آلاف من مواقع انشقاق البروتياز داخل الخلائط المعقدة من البروتينات في المصل والبلازما والعينات البيولوجية الأخرى. ولكل من هذه البروتينات خصائص فريدة من نوعها تؤثر على إمكانية الوصول إلى موقع الانقسام واستقرار الببتيدات الناتجة. لذلك، من المستحيل تصميم إجراء معالجة عينة هو الأمثل لكل بروتين. أفضل بديل هو أن تكون متسقة قدر الإمكان.
لتحقيق الاتساق، قمنا بتحسين كل خطوة الأنابيب التي يؤديها معالج السائل الآلي. نظرنا أولاً في الحجم المطلوب والقيود المفروضة من قبل نوع السائل (البلازما أو المائية أو العضوية) والخصائص المقابلة (اللزوجة والتماسك والتقلبات) والأجهزة (محطة العمل pipetting الرأس ولوحة الاستيلاء على الأسلحة) ، وlabware. ثم قمنا بالتنوع في السرعة والفجوة الجوية الزائدة للطموح ، وحجم السرعة والانفجار للاستغناء ، وقوة ومدة الاختلاط ، مع دمج لمسة تلميح بعد الطموح و / أو الاستغناء ، إذا لزم الأمر ، للقضاء على التمسك السائل بالجزء الخارجي من النصائح(الشكل 13، الجدول التكميلي 1). تم تثبيت ببتيد SIL فريد من نوعه ، تم فحصه مسبقًا للاستقرار ، في كل كاشف لجعل من الممكن مراقبة دقة كل خطوة من اول معالجة سائلة. بعد التحسين ، كانت السير الذاتية للعملية لغالبية التحولات أقل من 10 ٪ ، مما يدل على إعادة إنتاج جيدة مع محطة العمل الآلية(الشكل 9، الشكل 10، الشكل 11 والشكل 12).
يوفر سير العمل الآلي المعروض هنا الهضم الأنزيمي المتناسق مع تحسين قابلية الاستنساخ والإنتاجية مقارنة بالطرق اليدوية(الشكل 9، الشكل 10). ويعد هذا النهج بتحسين دقة وموثوقية اكتشاف العلامات الحيوية والتحقق من صحتها عن طريق قياس الطيف الكتلي.

يتم تطبيق قياس الطيف الكتلي (MS) القائم على البروتين وقياس الببتيد بشكل متزايد كأداة تحليلية بيولوجية لتحليل البلازما في الأبحاث الأساسية والمختبرات السريرية2,3. وقد تقدمت الأجهزة والمعلوماتية المطلوبة بسرعة كما أصبحت MS الطريقة المفضلة لقياس البروتينات أو البروتينات المعدلة عن طريق استهداف تسلسل الببتيد محددة نظرا لقدرته على قياس مئات الببتيدات في تشغيل MS واحد4. إعداد العينة بمثابة الأساس لأي تحليل البروتيني. قبل تحليل التصلب المتعدد ، عادة ما يتم تشويه البروتينات في العينة البيولوجية ، وتقليلها ، وتحليلها ، وهضمها في الببتيدات التربكية ، وإزالة الملح5. الألكيلية كتل السيستين لمنع التعديلات غير المنضبطة وضمان جميع السيستينات لديها نفس الكتلة. بعد ذلك ، يتم إضافة التربسين إلى بروتينات الهضم في الببتيدات. كل من هذه الخطوات يتطلب التحسين ، ويتم تنفيذ العملية بأكملها بشكل تقليدي يدويًا ، مما يسمح بإدخال أخطاء تحليلية.
يتكون خط أنابيب تطوير المؤشرات الحيوية التقليدي من عمليتين رئيسيتين: البروتيوميك البنادق لاكتشاف البروتين العالمي لإنشاء مخزون البروتين المتعمق6 والبروتيوميات المستهدفة للتحقق والتحقق من صحة تهدف إلى كمية البروتين عالية الدقة والإنتاجيةالعالية 7. بغض النظر عن نهج التصلب المتعدد، إعداد العينة هو نفسه ويتركز على الانقسام الأنزيمي من البروتينات في خليط الببتيد. كما اقترح من قبل فان إيك وSobhani8، وجود طريقة تسمح لتحليل دقيق ودقيق واستنساخي لكل من الاكتشاف والمقالات المستهدفة هو المطلوب لنقل المؤشرات الحيوية الاكتشاف على نحو فعال إلى المقالات المنفذة السريرية. للقيام بذلك ، فإن أتمتة إعداد العينة تكون مفيدة وتوفر القدرة على زيادة الكفاءة للتحليل عالي الإنتاجية. الأساليب اليدوية عادة إدخال الأخطاء التحليلية وراء الحدود المقبولة المحددة من قبل إدارة الغذاء والدواء (FDA) في مراجعة إرشادات التحقق من صحة الطريقة التحليل الحيوي، والتي تشمل المؤشرات الحيوية والتشخيص2،9. سيكون من الضروري تطوير سير عمل إعداد عينات بروتين MS سريع ودقيق للغاية وحر اليدين لتسهيل أبحاث العلامات الحيوية ، والتي تتطلب إعداد وتحليل الآلاف من العينات البيولوجية. لدى إعداد عينة MS العديد من الخطوات حيث يمكن إدخال الأخطاء، والعملية مملة وتستغرق وقتًا طويلاً.
في طريقتنا المحسنة ، تم برمجة محطة عمل آلية لتنفيذ جميع إجراءات إعداد عينات البلازما اللازمة في ما مجموعه 6 خطوات(الشكل 1)لضمان: 1) عمليات نقل دقيقة للسوائل؛ 2) يتم بدء رد الفعل وتوقف في وقت ثابت؛ 3) يتم تنفيذ رد الفعل في درجة حرارة تسيطر عليها (أي حاضنة)؛ و4) رد فعل لديه خلط موحد لجميع ردود الفعل. كما قمنا بتنفيذ إضافة بروتينات مراقبة الجودة الخارجية والمعايير الداخلية (معايير الببتيد المستقرة المسماة النظائر) لضمان جودة وإنتاجية قابلة للتكرار من البروتين القائم على LC-MS وقياس كمي الببتيد في شكل 96 بئرًا. وسيلزم، بما في ذلك إعداد الكاشف، وساعات العمل، وما مجموعه 000 000 1 خطوة من خطوات الأنابيب لمعالجة 96 عينة في أنابيب فردية. تقلل الأتمتة من الوقت العملي وعدد التفاعلات البشرية المعنية.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>A Pooled healthy human plasma</td>
			<td>Bioreclamation Inc.</td>
			<td></td>
			<td>human plasma tested in the manuscript</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile, HPLC Grade</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A998SK1</td>
			<td>LC MS/MS solvent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>B-Galactosidase Recombinant from E.Coli</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G3153-5MG</td>
			<td>exogenous control proteins.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek i7 Automated Workstation</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>The proteomic sample preparation workstation: Biomek automated workstations are not intended or validated for use in the diagnosis of disease or other conditions</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek i-Series Tips 230&#181;L Non-Sterile</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td>B85903&#160;</td>
			<td>Tips, i7 consumable</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek i-Series Tips 90&#181;L Non-Sterile</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td>B85881&#160;</td>
			<td>Tips, i7 consumable</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FG, Kit Trypsin TPCK</td>
			<td>Sciex</td>
			<td>4445250</td>
			<td>Trypsin used in digestion</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hard-Shell 96-Well PCR Plates, low profile, thin wall, skirted, green/clear&#160;</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>#hsp9641</td>
			<td>Autosampler plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Octyl B-D-Glucopyranoside</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>O9882-5G</td>
			<td>detergent used in digestion</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polypropylene, 96-Round Deep Well Plates Sterile</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td>267007</td>
			<td>Reagent and digestion plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Prominence UFLCXR HPLC system</td>
			<td>Shimadzu, Japan</td>
			<td></td>
			<td>High flow LC sytem</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QTRAP 6500</td>
			<td>SCIEX</td>
			<td></td>
			<td>Mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water, HPLC Grade</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>W54</td>
			<td>LC MS/MS solvent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xbridge BEH30 C18 2.1mm x 100mm</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186003564</td>
			<td>LC MSMS column</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a plasma sample preparation for mass spectrometry using an automated workstation

إعداد عينة لتحليل الطيف الكتلي في البروتيوميات يتطلب انشقاق الأنزيمية من البروتينات في خليط الببتيد. تتضمن هذه العملية العديد من خطوات الحضانة ونقل السائل من أجل تحقيق التسخ ، والحد ، والألكيل ، والانقسام. ويمكن لتكييف سير العمل هذا على محطة عمل آلية أن يزيد من الكفاءة ويقلل من معاملات التباين، مما يوفر بيانات أكثر موثوقية للمقارنات الإحصائية بين أنواع العينات. وصفنا سابقا نموذج proteomic الآلي إعداد سير العمل1. هنا، نبلغ عن تطوير سير عمل أكثر كفاءة وأفضل تحكمًا مع المزايا التالية: 1) يتم تقليل عدد خطوات نقل السوائل من تسع إلى ست خطوات عن طريق الجمع بين الكواشف؛ 1) يتم تقليل عدد خطوات نقل السوائل من تسع إلى ست خطوات من خلال الجمع بين الكواشف. 2) يتم تقليل الوقت Pipetting عن طريق الأنابيب تلميح انتقائي باستخدام رئيس pipetting 96 موقف مع قنوات متعددة؛ 3) يتم زيادة الإنتاجية المحتملة من خلال توافر ما يصل إلى 45 موقف سطح السفينة؛ 4) العلبة الكاملة للنظام يوفر درجة حرارة محسنة ومراقبة البيئة ويقلل من احتمال تلوث العينات أو الكواشف؛ و 5) إضافة النظائر المستقرة المسمى الببتيدات، فضلا عن بروتين α-galactosidase، إلى كل عينة يجعل الرصد ومراقبة الجودة ممكن طوال العملية بأكملها. توفر هذه التحسينات في الأجهزة والعمليات قابلية جيدة للاستنساخ وتحسين دقة القابلية داخل الإحصاءات والدقة بين الإحصاءات (السيرة الذاتية أقل من 20٪) لبروتين LC-MS القائم والكمي الببتيد. يمكن إكمال سير العمل بأكمله لهضم 96 عينة في لوحة 96 بئرفي غضون 5 ساعات تقريبًا.

Watch this Scientific Journal Video about A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation at JoVE.com

A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation

هنا، نقدم طريقة هضم بروتين البلازما الآلية للتحليل البروتيني الكمي القائم على الطيف الكتلي. في هذا البروتوكول ، يتم تبسيط خطوات نقل السوائل واحتضانها لتخميد البروتين ، والحد منه ، والألكيل ، وردود فعل الهضم التربسين والآلي. يستغرق ما يقرب من خمس ساعات لإعداد لوحة 96 جيدا مع الدقة المطلوبة.

إعداد عينة البلازما لقياس الطيف الكتلي باستخدام محطة عمل آلية

Sample preparation for mass spectrometry analysis in proteomics requires enzymatic cleavage of proteins into a peptide mixture. This process involves ...

يوفر هذا سير العمل الآلي هضم انزيمية البروتين متسقة مع استنساخ ممتازة والإنتاجية. وهذا يحسن دقة وموثوقية اكتشاف العلامات الحيوية، والتحقق من الصحة، والتطبيق السريري بواسطة القياس الطيفي الشامل. وميزة هذه التكنولوجيا هو أن سير العمل بأكمله يمكن أن تكتمل لعينات 96 في حوالي خمس ساعات مع داخل-فحص وفيما بين-اختبار السيرة الذاتية من أقل من 20٪ بالنسبة لغالبية البروتينات.هذا إعداد عينة عالية الإنتاجية دقيقة تمكننا من التحقيق في البروتيومات المرض من الأنسجة أو biofluids على نطاق أوسع. وبالإضافة إلى ذلك، يوفر سير عمل إعداد العينات البروتيومية الآلية أساسًا متينًا للمحتوى العالي وتحليلًا كميًا للبروتيوم. ومن خلال هذا الإجراء، سيكون الدكتور تشين فو، مدير مركز الإنتاجية العالية في سيدار سيناي والسيد كايسي جونسون، وهو باحث مشارك في مختبري.قبل البدء في التحليل، إضافة خمسة ميكرولترات من البلازما البشرية الصحية المجمعة في 96 جولة عميق لوحة البروبيلين. عند تحميل كافة العينات، افتح برنامج جهاز معالج السائل وتحت علامة التبويب Method ، حدد كافة المحاور الرئيسية لتوجيه معالج السائل التلقائي. تأكد من أن كافة المحاقن محطة العمل تحتوي على أي فقاعات الهواء مرئية وفتح طريقة جديدة وانقر فوق تشغيل لبدء الأسلوب.أدخل صواب في إدخال قيمة لاستخدامها في مطالبة autosampler أن يكون لوحةampler أعدت في نهاية الأسلوب ثم انقر فوق موافق. أدخل واحدة في إدخال قيمة لاستخدامها في موجه العمود الأول وانقر فوق موافق. أدخل 12 في إدخال قيمة لاستخدامها في المطالبة بالعمود الأخير وانقر فوق موافق. إذا كان يتم استخدام لوحة عينة مع وحدات تخزين عينة من 20 ميكرولترات على الأقل، أدخل true في إدخال قيمة لاستخدامها للوحة العينة المطالبة وانقر فوق موافق. اتبع الإرشادات في إطار إعداد Labware الموجهة ثم انقر فوق متابعة. قم بتحميل الكواشف المناسبة في الآبار المناسبة وانقر فوق التالي. انقر فوق التالي مرة أخرى لوضع سطح السفينة معالج السائل الآلي كما يتضح بما في ذلك الكاشف، رد فعل، عينة، ولوحات autosampler، ستة-بئر 90 صناديق تلميح ميكرولتر، فارغة 90 صندوق تلميح ميكرولتر، وكامل 230 ميكرولتر تلميح مربع.ثم انقر فوق إنهاء لبدء الأسلوب. في المتابعة بعد موجه الطرد المركزي، استرداد لوحة التفاعل ووضع لوحة في جهاز الطرد المركزي. في نهاية الطرد المركزي، ارجع لوحة التفاعل إلى موضعها داخل معالج السائل التلقائي وانقر فوق متابعة.بالنسبة للتحليل الطيفي الكتلي الكتلي وتحلل الببتيدات في عمود C18 2.1 في 100 ملليمتر 3.5 ميكرومتر بواسطة الكروماتوغرافيا السائلة عالية الضغط عالية التدفق بمعدل تدفق 250 ميكرولتر في الدقيقة وتحليلها في خط على مطياف كتلة رباعية ثلاثية. خمس دقائق بعد التحميل، اكويتبر العمود مع 5٪ حل B العازلة و elute الببتيدات مع تدرج خطي 5-35٪من المخزن المؤقت B أكثر من 30 دقيقة. في نهاية elution، وغسل العمود مع 98٪ المخزن المؤقت B لمدة 10 دقائق تليها غسل لمدة خمس دقائق مع 5٪ المخزن المؤقت B قبل تحميل العينة التالية.لتحويل الانترنت، واستخدام صمام التبديل على مرحلتين لتحويل eluent ما بعد العمود إلى النفايات قبل أن يدخل مصدر أيون. عندما تم توضيح جميع العينات ، يمكن معالجة بيانات رصد ردود الفعل المتعددة. في هذا التحليل التمثيلي، تم رصد ثلاثة ببتيدات بيتا غال واثنين من الببتيدات الألبومين من ارتفعت بيتا غال و بروتينات البلازما المجهزة.تم حساب دقة سير عمل إعداد العينة الآلي كمبلغ في معامل التباين في إجمالي سير عمل مراقبة التفاعل المحدد من البروتيومي ناقص معامل النسبة المئوية للتباين في قياس الطيف الكتلي الكتلي اللوني السائل. كما هو متوقع، لوحظت كثافة إشارة جيدة لكل من الزلال المصلي البشري و بروتينات بيتا غال. لرصد دقة خطوات نقل السائل، يمكن أن ترتفع معايير الببتيد المستقرة التي تحمل التسمية النظائر لألبومين المصل البشري الداخلي وبروين بيتا غال الخارجية في خطوات نقل الكاشف المستقل.وللتأكد من سير العمل الآلي لإعداد العينات البروتومية، تم حساب معامل قيم الفرق خلال اليوم من 21 بئراً تم إعدادها في اليوم نفسه. متوسط معامل التباين في اليوم اليومي لـ 40 بروتينًا تراوح بين 4-20٪ لتقييم تأثير حافة سير العمل الآلي القائم على اللوحة، يمكن حساب النسبة المئوية للمعامل من التباين من آبار محددة داخل أعمدة وصفوف معينة. في هذه التجربة التمثيلية ، كانت كثافة إشارة مراقبة التفاعل المتعددة متشابهة في جميع تكوينات العمود والصف مع معامل النسبة المئوية للتباين الذي يتراوح بين 3-22٪أهم الخطوات هي إضافة عينة بشكل صحيح وفقًا لخريطة اللوحة المطلوبة 96-well وإعداد لوحة الكواشف بشكل صحيح وفقًا للتعليمات التي يقوم بها البرنامج.تسمح طريقة إعداد عينة البروتيوم المؤتمتة هذه للباحثين بجمع بيانات بروتيوميات موثوقة وكمية على نطاق واسع.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

وقت حل التأين electrospray الهيدروجين، الديوتيريوم تبادل الطيف الكتلي لدراسة بنية البروتين وديناميكية

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

حل تقارب تنقية البروتين المجمعات التي كتبها Blue الأصلية PAGE والبروتين الارتباط التنميط

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

الدهون عزل القطرة عن التحليل الكمي الطيف الكتلي

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Glycoproteomics of the Extracellular Matrix: A Method for Intact Glycopeptide Analysis Using Mass Spectrometry

Glycoproteomics من مصفوفة خارج الخلية: منهج في تحليل سكري سليمة عن طريق قياس الطيف الكتلي

Fibrosis is a hallmark of many cardiovascular diseases and is associated with the exacerbated secretion and deposition of the extracellular matrix (ECM). ...

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

إعداد نموذج لتحديد الهوية الجماعية على أساس قياس الطيف الكتلي للجيش الملكي النيبالي-ربط المناطق

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows

الإعداد الأمثل من الفورمالين الثابتة عينات الببتيد تستند إلى مصفوفة بمساعدة الليزر التصوير مهام سير العمل الطيف الكتلي الامتزاز/التأين

The use of matrix-assisted laser desorption/ionization, mass spectrometry imaging (MALDI MSI) has rapidly expanded, since this technique analyzes a host ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

الكشف عن مواقع اكتشاف البروتين من قبل إثراء الببتيد وقياس الطيف الكتلي

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

An All-in-one Sample Holder for Macromolecular X-ray Crystallography with Minimal Background Scattering

حامل عينة الكل في واحد لبلورات الأشعة السينية الجزيئية مع الحد الأدنى من تشتت الخلفية

Macromolecular X-ray crystallography (MX) is the most prominent method to obtain high-resolution three-dimensional knowledge of biological macromolecules. ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

إعداد عينة لمسبار Electrospray قياس الطيف الكتلي

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

التحليل الكمي للدهون الخلوية من Saccharomyces Cerevisiae باستخدام الكروماتوغرافيا السائلة إلى جانب قياس الطيف الكتلي جنبا إلى جنب

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...