Name: a plasma sample preparation for mass spectrometry using an automated workstation
Uploaded: 2020-04-24T13:30:00
Duration: 7 min 12 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation at JoVE.com

<ol>
	<li>Fu, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+Reproducible+Automated+Proteomics+Sample+Preparation+Workflow+for+Quantitative+Mass+Spectrometry.">Highly Reproducible Automated Proteomics Sample Preparation Workflow for Quantitative Mass Spectrometry.</a> Journal of Proteome Research. 17 (1), 420-428 (2018).</li><li>Lehmann, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+mass+spectrometry+proteomics+(cMSP)+for+medical+laboratory:+What+does+the+future+hold?.">Clinical mass spectrometry proteomics (cMSP) for medical laboratory: What does the future hold?.</a> Clinica Chimica Acta. 467, 51-58 (2017).</li><li>Abbatiello, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-Scale+Interlaboratory+Study+to+Develop,+Analytically+Validate+and+Apply+Highly+Multiplexed,+Quantitative+Peptide+Assays+to+Measure+Cancer-Relevant+Proteins+in+Plasma.">Large-Scale Interlaboratory Study to Develop, Analytically Validate and Apply Highly Multiplexed, Quantitative Peptide Assays to Measure Cancer-Relevant Proteins in Plasma.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 14 (9), 2357-2374 (2015).</li><li>Kuster, B., Schirle, M., Mallick, P., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scoring+proteomes+with+proteotypic+peptide+probes.">Scoring proteomes with proteotypic peptide probes.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 6 (7), 577-583 (2005).</li><li>Carr, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+peptide+measurements+in+biology+and+medicine:+best+practices+for+mass+spectrometry-based+assay+development+using+a+fit-for-purpose+approach.">Targeted peptide measurements in biology and medicine: best practices for mass spectrometry-based assay development using a fit-for-purpose approach.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 13 (3), 907-917 (2014).</li><li>Yates, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pivotal+role+of+computers+and+software+in+mass+spectrometry+-+SEQUEST+and+20+years+of+tandem+MS+database+searching.">Pivotal role of computers and software in mass spectrometry - SEQUEST and 20 years of tandem MS database searching.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 26 (11), 1804-1813 (2015).</li><li>Nilsson, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+in+high-throughput+proteomics:+ready+for+the+big+time.">Mass spectrometry in high-throughput proteomics: ready for the big time.</a> Nature Methods. 7 (9), 681-685 (2010).</li><li>Van Eyk, J. E., Sobhani, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precision+Medicine.">Precision Medicine.</a> Circulation. 138 (20), 2172-2174 (2018).</li><li>Hoofnagle, A. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recommendations+for+the+Generation,+Quantification,+Storage,+and+Handling+of+Peptides+Used+for+Mass+Spectrometry-Based+Assays.">Recommendations for the Generation, Quantification, Storage, and Handling of Peptides Used for Mass Spectrometry-Based Assays.</a> Clinical Chemistry. 62 (1), 48-69 (2016).</li><li>Wijayawardena, B., Fu, Q., Johnson, C., Van Eyk, J. E., Kowalski, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+Reproducible+Automated+Proteomics+Sample+Preparation+on+Biomek+i-Series.">Highly Reproducible Automated Proteomics Sample Preparation on Biomek i-Series.</a> Technical note, Beckman Coulter Life Science. Document # AAG-4890APP02. 19, (2019).</li></ol>

Prøvebehandling for massespektrometri kræver proteindenaturering, reduktion og alkylering for at blokere cysteiner og trypsinfordøjelse for at kløve proteiner til peptider. Hver kemisk eller enzymatisk reaktion skal påbegyndes på et bestemt tidspunkt og udføres ved en kontrolleret temperatur, og hvert trin i processen omfatter flere væskeoverførselstrin, hvor der kan indføres eksperimentel variation. Automatiseret prøvebehandling giver en løsning på dette dilemma. I øjeblikket er der tilgængelige væskehåndteringssystemer, der kan overføre reagenser til 96 brøndsplader med en nøjagtighed og præcision på mindre end 5 %, afhængigt af den anvendte hoved- og spidstype, og til at inkubere prøver med omgivelse, hvis det ønskes, under kontrollerede temperaturer fra 14 °C til 70 °C. Vi brugte en automatiseret væskehandler til at behandle plasma til SRM-analyser i et 96-brøndformat.
Der er mange tusinde protease spaltning steder inden for de komplekse blandinger af proteiner i serum, plasma og andre biologiske prøver; og hver af disse proteiner har unikke egenskaber, der påvirker disspaltende site tilgængelighed og stabiliteten af de resulterende peptider. Det er derfor umuligt at designe en prøvebehandlingsprocedure, der er optimal for hvert protein. Det bedste alternativ er at være så konsekvent som muligt.
For at opnå konsistens optimerede vi hvert pipetteringstrin udført af den automatiserede væskehandler. Vi overvejede først den nødvendige mængde og de begrænsninger, der blev pålagt af væskens type (plasma, vandige eller organiske) og tilsvarende egenskaber (viskositet, samhørighed og volatilitet), hardware (arbejdsstation pipettering-hoved og plade-sensationsprægede arme) og labware. Vi varierede derefter hastighed og efterfølgende lufthul for aspiration, hastighed og blowout volumen for dispensering, og den kraft og varighed af blanding, samtidig med at en spids touch efter aspiration og / eller udlevering, hvis det er nødvendigt, at fjerne væske, der tilfalder ydersiden af spidserne (Figur 13, Supplerende Tabel 1). Et unikt SIL peptid, forscreenet for stabilitet, blev sat ind i hvert reagens for at gøre det muligt at overvåge præcisionen af hvert væskehåndteringstrin. Efter optimering var proces-CV'erne for de fleste overgange mindre end 10 %, hvilket viser god reproducerbarhed med den automatiserede arbejdsstation (figur 9, figur 10, figur 11 og figur 12).
Den automatiserede arbejdsgang, der præsenteres her, giver mulighed for ensartet enzymatisk fordøjelse med forbedret reproducerbarhed og gennemløb sammenlignet med manuelle metoder (figur 9, figur 10). Denne tilgang lover at forbedre nøjagtigheden og pålideligheden af biomarkør opdagelse og validering af massespektrometri.

Massespektrometribaseret protein - og peptidkvantificering anvendes i stigende grad som et bioanalytisk værktøj til plasmaanalyse i grundforskning og kliniske laboratorier2,3. Den nødvendige instrumentering og informatik er skredet hurtigt frem, efterhånden som MS er blevet den foretrukne metode til kvantificering af proteiner eller modificerede proteiner ved at målrette mod specifikke peptidsekvenser på grund af dets evne til at kvantificere hundredvis af peptider i en enkelt MS-kørsel4. Prøveforberedelse tjener som grundlag for enhver proteomisk analyse. Forud for MS-analyse, proteinerne i en biologisk prøve er typisk denatureret, reduceret, alkylerede, fordøjet i tryptiske peptider, og afsaltet5. Alkylering blokerer cysteiner for at forhindre ukontrollerede modifikationer og sikre, at alle cysteiner har samme masse. Dernæst tilsættes trypsin til fordøjeproteiner i peptider. Hvert af disse trin kræver optimering, og hele processen udføres traditionelt manuelt, hvilket giver mulighed for indførelse af analytiske fejl.
Den traditionelle biomarkør udviklingspipeline består af to hovedprocesser: shotgun proteomics for global protein opdagelse at skabe en dybdegående protein opgørelse6 og målrettet proteomics til verifikation og validering med henblik på høj præcision og høj-throughput protein kvantificering7. Uanset MS-tilgangen er prøveforberedelseden den samme og fokuserer på enzymatisk spaltning af proteiner i en peptidblanding. Som foreslået af Van Eyk og Sobhani8, der har en metode, der giver mulighed for præcis, præcis og reproducerbar analyse for både opdagelse og målrettede analyser ønskes effektivt at flytte opdagelse biomarkører til klinisk eideres. For at gøre dette vil automatisering af prøveforberedelse være nyttig og give mulighed for at øge effektiviteten til analyse af højgennemløb. Manuelle metoder indfører typisk analytiske fejl ud over acceptable grænser, der er angivet af Food and Drug Administration (FDA) i den reviderede bioanalytiske metodevalideringsvejledning, som omfatter biomarkører og diagnostik2,9. Udviklingen af en hurtig, meget præcis og håndfri ms-proteinprøveforberedelsesarbejdsproces vil være nødvendig for at lette biomarkørforskning, hvilket kræver forberedelse og analyse af tusindvis af biologiske prøver. MS prøve forberedelse har mange trin, hvor fejl kan indføres, og processen er kedelig og tidskrævende.
I vores forbedrede metode blev en automatiseret arbejdsstation programmeret til at udføre alle nødvendige procedurer for forberedelse af plasmaprøver i i alt 6 trin (figur 1) for at sikre: 1) nøjagtige væskeoverførsler; 2) reaktionen er indledt og stoppet på et sammenhængende tidspunkt; 3) reaktionen udføres ved en kontrolleret temperatur (dvs. kuvøse) og 4) reaktionen har ensartet blanding for alle reaktioner. Vi har også implementeret tilføjelse af udefrakommende kvalitetskontrolproteiner og interne standarder (stabile isotopmærkede peptidstandarder) for at sikre en kvalitet og reproducerbar gennemløb af LC-MS-baseret protein og peptidkvantificering i et 96-brøndformat. Herunder reagensforberedelse, arbejdstid stimer og i alt 1.000.000 pipetteringstrin vil være nødvendige for at behandle 96 prøver i individuelle rør. Automatisering reducerer den praktiske tid og antallet af involverede menneskelige interaktioner.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>A Pooled healthy human plasma</td>
			<td>Bioreclamation Inc.</td>
			<td></td>
			<td>human plasma tested in the manuscript</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile, HPLC Grade</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A998SK1</td>
			<td>LC MS/MS solvent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>B-Galactosidase Recombinant from E.Coli</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G3153-5MG</td>
			<td>exogenous control proteins.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek i7 Automated Workstation</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>The proteomic sample preparation workstation: Biomek automated workstations are not intended or validated for use in the diagnosis of disease or other conditions</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek i-Series Tips 230&#181;L Non-Sterile</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td>B85903&#160;</td>
			<td>Tips, i7 consumable</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek i-Series Tips 90&#181;L Non-Sterile</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td>B85881&#160;</td>
			<td>Tips, i7 consumable</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FG, Kit Trypsin TPCK</td>
			<td>Sciex</td>
			<td>4445250</td>
			<td>Trypsin used in digestion</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hard-Shell 96-Well PCR Plates, low profile, thin wall, skirted, green/clear&#160;</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>#hsp9641</td>
			<td>Autosampler plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Octyl B-D-Glucopyranoside</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>O9882-5G</td>
			<td>detergent used in digestion</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polypropylene, 96-Round Deep Well Plates Sterile</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td>267007</td>
			<td>Reagent and digestion plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Prominence UFLCXR HPLC system</td>
			<td>Shimadzu, Japan</td>
			<td></td>
			<td>High flow LC sytem</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QTRAP 6500</td>
			<td>SCIEX</td>
			<td></td>
			<td>Mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water, HPLC Grade</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>W54</td>
			<td>LC MS/MS solvent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xbridge BEH30 C18 2.1mm x 100mm</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186003564</td>
			<td>LC MSMS column</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a plasma sample preparation for mass spectrometry using an automated workstation

Prøveforberedelse til massespektrometrianalyse i proteomics kræver enzymatisk spaltning af proteiner i en peptidblanding. Denne proces indebærer mange inkubation og flydende overførsel skridt for at opnå denaturering, reduktion, alkylering, og spaltning. Tilpasning af denne arbejdsgang til en automatiseret arbejdsstation kan øge effektiviteten og reducere varianskoefficienterne og dermed give mere pålidelige data til statistiske sammenligninger mellem stikprøvetyper. Vi har tidligere beskrevet en automatiseret proteomisk prøveforberedelsesarbejdsproces1. Her rapporterer vi udviklingen af en mere effektiv og bedre kontrolleret arbejdsgang med følgende fordele: 1) Antallet af flydende overførselstrin reduceres fra ni til seks ved at kombinere reagenser; 2) Pipetteringstiden reduceres ved selektiv spidsrørved hjælp af et 96-positions rørhoved med flere kanaler; 3) Potentielt gennemløb øges ved tilgængeligheden af op til 45 dækpositioner; 4) Komplet kabinet af systemet giver forbedret temperatur og miljøkontrol og reducerer risikoen for forurening af prøver eller reagenser; og 5) Tilsætning af stabile isotopmærkede peptider samt β-galactosidaseprotein til hver prøve gør overvågning og kvalitetskontrol mulig under hele processen. Disse hardware- og procesforbedringer giver god reproducerbarhed og forbedrer intra-assay og inter-assay præcision (CV på mindre end 20%) for LC-MS-baseret protein- og peptidkvantificering. Hele arbejdsgangen for fordøje 96 prøver i en 96-brøndplade kan fuldføres på cirka 5 timer.

Watch this Scientific Journal Video about A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation at JoVE.com

A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation

Her præsenterer vi en automatiseret plasmaproteinfordøjelsesmetode til massespektrometribaseret kvantitativ proteomisk analyse. I denne protokol strømlines og automatiseres de væskeoverførende og inkubationstrin ne for proteindenaturering, reduktion, alkylering og trypsinfordøjelsesreaktioner. Det tager cirka fem timer at forberede en 96-brønds plade med den ønskede præcision.

En forberedelse til plasmaprøve til massespektrometri ved hjælp af en automatiseret arbejdsstation

Sample preparation for mass spectrometry analysis in proteomics requires enzymatic cleavage of proteins into a peptide mixture. This process involves ...

Denne automatiserede arbejdsgang giver en ensartet protein enzymatisk fordøjelse med fremragende reproducerbarhed og gennemløb. Dette forbedrer nøjagtigheden og pålideligheden af biomarkør opdagelse, validering og klinisk anvendelse ved massespektrometri. Fordelen ved denne teknologi er, at hele arbejdsgangen kan fuldføres for 96 prøver på cirka fem timer med intraanalyse og inter-assay CV på mindre end 20% for størstedelen af proteiner.Denne nøjagtige høj gennemløb prøve præparat giver os mulighed for at undersøge sygdom proteomer af væv eller biofluider på en større skala. Desuden giver den automatiserede proteomic prøveforberedelsesarbejdsproces et solidt grundlag for højt indhold og en kvantitativ proteomisk analyse. Demonstration af proceduren vil være Dr.Qin Fu, direktør for High Throughput Center på Cedar Sinai og Mr.Casey Johnson, en forskningsmedarbejder fra mit laboratorium.Før analysen påbegyndes, tilsættes fem mikroliter af poolet sundt humant plasma i en 96 rund dyb brønd propylenplade. Når alle prøverne er indlæst, skal du åbne softwaren til den flydende handlerenhed og under metodefanen vælge alle akser til at orientere den automatiske væskebehandler. Bekræft, at alle arbejdsstationssprøjterne ikke indeholder synlige luftbobler, og åbn en ny metode, og klik på Kør for at starte metoden.Angiv sand i angiv en værdi, der skal bruges til autosampler,der skal bruges til autosampler-meddelelse om at få en autosamplerplade klar i slutningen af metoden, og klik på OK. Angiv en i angiv en værdi, der skal bruges til første kolonneprompt, og klik på OK. Angiv 12 i angiv en værdi, der skal bruges til sidste kolonneprompt, og klik på OK. Hvis der anvendes en prøveplade med prøvevolumener på mindst 20 mikroliter, skal du angive sand i den angiv værdi, der skal bruges til prøvepladeprompten, og klikke på OK. Følg anvisningerne i vinduet Automatiseret labware-opsætning, og klik på Fortsæt. Læg de relevante reagenser i de relevante brønde, og klik på Næste. Klik på Næste igen for at lægge den automatiserede væske handler dæk som illustreret, herunder reagens, reaktion, prøve, og autosampler plader, seks-brønd 90 microliter tip kasser, en tom 90 microliter tip boks, og en fuld 230 microliter tip boks.Klik derefter på Udfør for at starte metoden. Ved forstjling efter centrifugeringsprompten skal reaktionspladen hentes, og pladen sættes ind i centrifugen. Ved centrifugeringsafslutningsafslutningen skal reaktionspladen vende tilbage til dens position i den automatiske væskebehandler, og klik på Fortsæt.For analyse af væskekromatografi og tandemmassespektrometri skal peptiderne i en C18 2.1 for 100 millimeter 3,5 mikrometersøjle ved højstrøms højtryksvæskekromatografi med en strømningshastighed på 250 mikroliter pr. minut og analyseres i linje på et tredobbelt firdobbelt massespektrometer. Fem minutter efter belastningen skal kolonnen bringes i ligevægt med 5%buffer B-opløsningen og elutere peptiderne med en lineær 5-35%gradient af buffer B over 30 minutter. Ved afslutningen af elueringen vaskes kolonnen med 98%buffer B i 10 minutter efterfulgt af en fem minutters vask med 5 %buffer B, før den næste prøve indlæses.For online omdirigering, skal du bruge en to-faset kobling ventil til at aflede post-kolonne eluering til affald, før det kommer ind i ionkilden. Når alle prøverne er blevet eluteret, kan flere reaktionsovervågningsdata behandles. I denne repræsentative analyse blev tre beta-gal peptider og to albumin peptider overvåget fra spiked beta-gal og forarbejdede plasmaalbuminproteiner.Præcisionen af den automatiserede arbejdsgang for prøveforberedelse blev beregnet som procentdelen af varianskoefficienten for den samlede proteomiske valgte reaktionsovervågningsarbejdsproces minus procentkoefficienten for variansen af tandemmassespektrometrien for flydende kromatografi. Som forventet blev der observeret gode signalintensiteter for både humane serumalbumin- og beta-gal-proteiner. For at overvåge præcisionen af de væskeoverførselstrin kan der tilspidses stabile isotopmærkede peptidstandarder for det endogene humane serumalbumin og eksogent beta-gal-protein i uafhængige reagensoverførselstrin.For at validere den automatiserede proteomiske prøveforberedelsesarbejdsproces blev intradagkoefficienten for variansværdier beregnet fra 21 brønde forberedt samme dag. Den gennemsnitlige intradag procent afvigelseskoefficient for 40 proteiner varierede fra 4-20%For at evaluere kanteffekten af den pladebaserede automatiserede arbejdsgang kan procentkoefficienten for varians beregnes ud fra specifikke brønde i udpegede kolonner og rækker. I dette repræsentative eksperiment var de mange reaktionsovervågningssignalintensiteter ens i alle kolonne- og rækkekonfigurationerne med den procentvise varefficient, der varierede fra 3-22%De vigtigste trin er at tilføje en prøve korrekt i henhold til det ønskede 96-brøndpladekort og korrekt opsætning af reagenspladen i henhold til softwarens instruktion.Denne automatiserede proteomic prøveforberedelsesmetode gør det muligt for forskere at indsamle pålidelige og kvantitative proteomicsdata i stor skala.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Time-løst elektrosprayioniserings Brint-deuterium Exchange-massespektrometri til at studere proteiners struktur og Dynamics

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Løsning affinitetsrensede proteinkomplekser ved Blå Native PAGE og protein Korrelation Profilering

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Lipid Droplet Isolation for Kvantitativ massespektrometri Analyse

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Glycoproteomics of the Extracellular Matrix: A Method for Intact Glycopeptide Analysis Using Mass Spectrometry

Glycoproteomics af den ekstracellulære matrix: En metode til Intakt glycopeptid analyse ved hjælp massespektrometri

Fibrosis is a hallmark of many cardiovascular diseases and is associated with the exacerbated secretion and deposition of the extracellular matrix (ECM). ...

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

Prøveforberedelse til massespektrometri-baseret identifikation af RNA-bindende regioner

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows

Optimal forberedelse af Formalin fast prøver for peptid baseret Matrix Assisted Laser Desorption/Ionisation massespektrometri Imaging arbejdsprocesser

The use of matrix-assisted laser desorption/ionization, mass spectrometry imaging (MALDI MSI) has rapidly expanded, since this technique analyzes a host ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

Påvisning af proteinubiquitinationssteder ved peptidberigelse og massespektrometri

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

An All-in-one Sample Holder for Macromolecular X-ray Crystallography with Minimal Background Scattering

En all-in-One-prøve holder til makromolekylær røntgenkrystallografi med minimal baggrunds spredning

Macromolecular X-ray crystallography (MX) is the most prominent method to obtain high-resolution three-dimensional knowledge of biological macromolecules. ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Prøve forberedelse til Sonde Elektrospray Ionization Mass Spektrometri

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Kvantitativ analyse af cellulære lipidom af Saccharomyces Cerevisiae Ved hjælp af flydende kromatografi kombineret med tandem massespektrometri

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...