Name: a plasma sample preparation for mass spectrometry using an automated workstation
Uploaded: 2020-04-24T13:30:00
Duration: 7 min 12 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation at JoVE.com

<ol>
	<li>Fu, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+Reproducible+Automated+Proteomics+Sample+Preparation+Workflow+for+Quantitative+Mass+Spectrometry.">Highly Reproducible Automated Proteomics Sample Preparation Workflow for Quantitative Mass Spectrometry.</a> Journal of Proteome Research. 17 (1), 420-428 (2018).</li><li>Lehmann, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+mass+spectrometry+proteomics+(cMSP)+for+medical+laboratory:+What+does+the+future+hold?.">Clinical mass spectrometry proteomics (cMSP) for medical laboratory: What does the future hold?.</a> Clinica Chimica Acta. 467, 51-58 (2017).</li><li>Abbatiello, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-Scale+Interlaboratory+Study+to+Develop,+Analytically+Validate+and+Apply+Highly+Multiplexed,+Quantitative+Peptide+Assays+to+Measure+Cancer-Relevant+Proteins+in+Plasma.">Large-Scale Interlaboratory Study to Develop, Analytically Validate and Apply Highly Multiplexed, Quantitative Peptide Assays to Measure Cancer-Relevant Proteins in Plasma.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 14 (9), 2357-2374 (2015).</li><li>Kuster, B., Schirle, M., Mallick, P., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scoring+proteomes+with+proteotypic+peptide+probes.">Scoring proteomes with proteotypic peptide probes.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 6 (7), 577-583 (2005).</li><li>Carr, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+peptide+measurements+in+biology+and+medicine:+best+practices+for+mass+spectrometry-based+assay+development+using+a+fit-for-purpose+approach.">Targeted peptide measurements in biology and medicine: best practices for mass spectrometry-based assay development using a fit-for-purpose approach.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 13 (3), 907-917 (2014).</li><li>Yates, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pivotal+role+of+computers+and+software+in+mass+spectrometry+-+SEQUEST+and+20+years+of+tandem+MS+database+searching.">Pivotal role of computers and software in mass spectrometry - SEQUEST and 20 years of tandem MS database searching.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 26 (11), 1804-1813 (2015).</li><li>Nilsson, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+in+high-throughput+proteomics:+ready+for+the+big+time.">Mass spectrometry in high-throughput proteomics: ready for the big time.</a> Nature Methods. 7 (9), 681-685 (2010).</li><li>Van Eyk, J. E., Sobhani, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precision+Medicine.">Precision Medicine.</a> Circulation. 138 (20), 2172-2174 (2018).</li><li>Hoofnagle, A. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recommendations+for+the+Generation,+Quantification,+Storage,+and+Handling+of+Peptides+Used+for+Mass+Spectrometry-Based+Assays.">Recommendations for the Generation, Quantification, Storage, and Handling of Peptides Used for Mass Spectrometry-Based Assays.</a> Clinical Chemistry. 62 (1), 48-69 (2016).</li><li>Wijayawardena, B., Fu, Q., Johnson, C., Van Eyk, J. E., Kowalski, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+Reproducible+Automated+Proteomics+Sample+Preparation+on+Biomek+i-Series.">Highly Reproducible Automated Proteomics Sample Preparation on Biomek i-Series.</a> Technical note, Beckman Coulter Life Science. Document # AAG-4890APP02. 19, (2019).</li></ol>

Monsterverwerking voor massaspectrometrie vereist eiwitdenaturatie, reductie en alkylation om cysteïnes te blokkeren en trypsine-spijsvertering om eiwitten in peptiden te splijten. Elke chemische of enzymatische reactie moet op een bepaald tijdstip worden gestart en uitgevoerd op een gecontroleerde temperatuur, en elke stap in het proces omvat meerdere vloeistofoverdrachtsstappen waarbij experimentele variatie kan worden geïntroduceerd. Geautomatiseerde monsterverwerking biedt een oplossing voor dit dilemma. De momenteel beschikbare vloeistofbehandelingssystemen hebben de mogelijkheid om reagentia in 96-putplaten over te brengen met een nauwkeurigheid en precisie van minder dan 5%, afhankelijk van het gebruikte hoofd- en tiptype, en om monsters uit te broeden, met schudden indien gewenst, bij gecontroleerde temperaturen variërend van 14 °C tot 70 °C. We gebruikten een geautomatiseerde vloeistofhandler om plasma te verwerken voor SRM-testen in een 96-well formaat.
Er zijn vele duizenden protease decolleté sites binnen de complexe mengsels van eiwitten in serum, plasma, en andere biologische monsters; en elk van deze eiwitten heeft unieke eigenschappen die de toegankelijkheid van de decolletésite en de stabiliteit van de resulterende peptiden beïnvloeden. Het is daarom onmogelijk om een monsterverwerkingsprocedure te ontwerpen die optimaal is voor elk eiwit. Het beste alternatief is om zo consistent mogelijk te zijn.
Om consistentie te bereiken, hebben we elke pipetterstap geoptimaliseerd die door de geautomatiseerde vloeistofhandler wordt uitgevoerd. We hebben eerst rekening gehouden met het vereiste volume en beperkingen opgelegd door het type van de vloeistof (plasma, waterig of organisch) en overeenkomstige eigenschappen (viscositeit, cohesie en volatiliteit), hardware (werkstation pipetteren-kop en plaat-grijpen armen), en labware. Vervolgens hebben we gevarieerd de snelheid en trailing luchtspleet voor aspiratie, de snelheid en blowout volume voor het verstrekken, en de kracht en de duur van het mengen, terwijl de integratie van een tip touch na aspiratie en / of het verstrekken, indien nodig, om vloeistof vast te houden aan de buitenkant van de tips (Figuur 13, Aanvullende tabel 1). Een uniek SIL peptide, vooraf gescreend op stabiliteit, werd in elk reagens geprikt om het mogelijk te maken om de precisie van elke vloeistofbehandelingsstap te controleren. Na optimalisatie waren de proces-cv's voor de meeste overgangen minder dan 10%, wat een goede reproduceerbaarheid aantoonde met het geautomatiseerde werkstation (figuur 9, figuur 10, figuur 11 en figuur 12).
De geautomatiseerde workflow die hier wordt gepresenteerd, voorziet in consistente enzymatische spijsvertering met verbeterde reproduceerbaarheid en doorvoer in vergelijking met handmatige methoden (figuur 9, figuur 10). Deze aanpak belooft de nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van biomarkerdetectie en -validatie door massaspectrometrie te verbeteren.

Massaspectrometrie (MS) op basis van eiwit en peptide kwantificering wordt steeds meer toegepast als een bioanalytisch instrument voor plasma-analyse in fundamenteel onderzoek en klinische laboratoria2,3. De vereiste instrumentatie en informatica zijn snel gevorderd als MS is uitgegroeid tot de methode van keuze voor het kwantificeren van eiwitten of gemodificeerde eiwitten door zich te richten op specifieke peptide sequenties als gevolg van haar vermogen om honderden peptiden kwantificeren in een enkele MS run4. Monstervoorbereiding dient als basis voor elke proteomische analyse. Voorafgaand aan MS-analyse worden de eiwitten in een biologisch monster meestal gedenatureerd, gereduceerd, alkylaat, verteerd tot tryptische peptiden en gedezouten5. Alkylation blokkeert cysteïnen om ongecontroleerde modificaties te voorkomen en ervoor te zorgen dat alle cysteïnen dezelfde massa hebben. Vervolgens wordt trypsine toegevoegd om eiwitten te verteren tot peptiden. Elk van deze stappen vereist optimalisatie, en het hele proces wordt traditioneel handmatig uitgevoerd, waardoor de invoering van analytische fouten mogelijk is.
De traditionele biomarker ontwikkelingspijplijn bestaat uit twee belangrijke processen: shotgun proteomics voor wereldwijde eiwitontdekking om een diepgaande eiwitinventaris te creëren6 en gerichte proteomics voor verificatie en validatie gericht op high-precision en high-throughput eiwitkwantitatietie7. Ongeacht de MS-benadering is de monstervoorbereiding hetzelfde en draait het om enzymatische dekband van eiwitten in een peptidemengsel. Zoals voorgesteld door Van Eyk en Sobhani8, met een methode die het mogelijk maakt voor nauwkeurige, nauwkeurige en reproduceerbare analyse voor zowel ontdekking en gerichte testen is gewenst om effectief te verplaatsen ontdekking biomarkers naar klinische geïmplementeerde testen. Om dit te doen, zal automatisering van de voorbereiding van de steekproef nuttig zijn en de mogelijkheid bieden om de efficiëntie te verhogen tot een analyse met een hoge doorvoer. Handmatige methoden introduceren doorgaans analytische fouten die verder gaan dan aanvaardbare limieten die door de Food and Drug Administration (FDA) zijn gespecificeerd in de herziene Bioanalytical Method Validation Guidance, die biomarkers en diagnostiek2,9bevat. De ontwikkeling van een snelle, zeer nauwkeurige en handsfree MS-eiwitmonsterbereidingsworkflow zal nodig zijn om biomarkeronderzoek te vergemakkelijken, waarvoor duizenden biologische monsters moeten worden voorbereid en geanalyseerd. MS monster voorbereiding heeft vele stappen waar fouten kunnen worden ingevoerd, en het proces is vervelend en tijdrovend.
In onze verbeterde methode werd een geautomatiseerd werkstation geprogrammeerd om alle noodzakelijke plasmamonsterbereidingsprocedures uit te voeren in een totaal van 6 stappen (figuur 1) om ervoor te zorgen: 1) nauwkeurige vloeistofoverdrachten; 2) de reactie wordt geïnitieerd en gestopt op een consistent tijdstip; 3) de reactie wordt uitgevoerd bij een gecontroleerde temperatuur (d.w.z. incubator); en 4) de reactie heeft eenvormig mengen voor alle reacties. We hebben ook het toevoegen van exogene kwaliteitscontrole eiwitten en interne normen (stabiele isotopen-gelabeldpeptide normen) om een kwaliteit en reproduceerbare doorvoer van LC-MS-gebaseerde eiwitten en peptide kwantificering in een 96-well formaat te garanderen. Inclusief reagensvoorbereiding, uren werktijd en in totaal 1.000.000 pipetterstappen zouden nodig zijn om 96 monsters in afzonderlijke buizen te verwerken. Automatisering vermindert de hands-on tijd en het aantal menselijke interacties.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>A Pooled healthy human plasma</td>
			<td>Bioreclamation Inc.</td>
			<td></td>
			<td>human plasma tested in the manuscript</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile, HPLC Grade</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A998SK1</td>
			<td>LC MS/MS solvent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>B-Galactosidase Recombinant from E.Coli</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G3153-5MG</td>
			<td>exogenous control proteins.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek i7 Automated Workstation</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>The proteomic sample preparation workstation: Biomek automated workstations are not intended or validated for use in the diagnosis of disease or other conditions</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek i-Series Tips 230&#181;L Non-Sterile</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td>B85903&#160;</td>
			<td>Tips, i7 consumable</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek i-Series Tips 90&#181;L Non-Sterile</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td>B85881&#160;</td>
			<td>Tips, i7 consumable</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FG, Kit Trypsin TPCK</td>
			<td>Sciex</td>
			<td>4445250</td>
			<td>Trypsin used in digestion</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hard-Shell 96-Well PCR Plates, low profile, thin wall, skirted, green/clear&#160;</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>#hsp9641</td>
			<td>Autosampler plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Octyl B-D-Glucopyranoside</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>O9882-5G</td>
			<td>detergent used in digestion</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polypropylene, 96-Round Deep Well Plates Sterile</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td>267007</td>
			<td>Reagent and digestion plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Prominence UFLCXR HPLC system</td>
			<td>Shimadzu, Japan</td>
			<td></td>
			<td>High flow LC sytem</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QTRAP 6500</td>
			<td>SCIEX</td>
			<td></td>
			<td>Mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water, HPLC Grade</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>W54</td>
			<td>LC MS/MS solvent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xbridge BEH30 C18 2.1mm x 100mm</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186003564</td>
			<td>LC MSMS column</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a plasma sample preparation for mass spectrometry using an automated workstation

Monstervoorbereiding voor massaspectrometrieanalyse in proteomics vereist enzymatische dessplitsing van eiwitten in een peptidemengsel. Dit proces omvat talrijke incubatie- en vloeistofoverdrachtsstappen om denaturatie, reductie, alkylation en decolleté te bereiken. Het aanpassen van deze workflow aan een geautomatiseerd werkstation kan de efficiëntie verhogen en de variantiecoëfficiënten verminderen, waardoor betrouwbaardere gegevens worden verstrekt voor statistische vergelijkingen tussen steekproeftypen. We beschreven eerder een geautomatiseerde proteomische monstervoorbereidingsworkflow1. Hier rapporteren we de ontwikkeling van een efficiëntere en beter gecontroleerde workflow met de volgende voordelen: 1) Het aantal stappen voor vloeibare overdracht wordt teruggebracht van negen naar zes door reagentia te combineren; 2) Pipettertijd wordt verminderd door selectieve tip pipetteren met behulp van een 96-positie pipetterkop met meerdere kanalen; 3) De potentiële doorvoer wordt verhoogd door de beschikbaarheid van maximaal 45 dekposities; 4) Volledige behuizing van het systeem zorgt voor een betere temperatuur- en milieucontrole en vermindert de kans op verontreiniging van monsters of reagentia; en 5) De toevoeging van stabiele isotopen gelabeldpeptiden, evenals β-galactosidase eiwit, aan elk monster maakt monitoring en kwaliteitscontrole mogelijk gedurende het hele proces. Deze hardware- en procesverbeteringen bieden een goede reproduceerbaarheid en verbeteren de intra-assay en inter-assay precisie (CV van minder dan 20%) voor op LC-MS gebaseerde eiwit- en peptidekificering. De volledige workflow voor het verteren van 96 monsters in een 96-well plaat kan worden voltooid in ongeveer 5 uur.

Watch this Scientific Journal Video about A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation at JoVE.com

A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation

Hier presenteren we een geautomatiseerde plasma-eiwit verteringsmethode voor massaspectrometrie gebaseerde kwantitatieve proteomische analyse. In dit protocol worden de vloeibare overdrachts- en incubatiestappen voor eiwitdenaturatie, reductie, alkylation en trypsine-spijsverteringsreacties gestroomlijnd en geautomatiseerd. Het duurt ongeveer vijf uur om een 96-well plaat met de gewenste precisie voor te bereiden.

Een plasmamonstervoorbereiding voor massaspectrometrie met behulp van een geautomatiseerd werkstation

Sample preparation for mass spectrometry analysis in proteomics requires enzymatic cleavage of proteins into a peptide mixture. This process involves ...

Deze geautomatiseerde workflow biedt een consistente eiwit enzymatische spijsvertering met een uitstekende reproduceerbaarheid en doorvoer. Dit verbetert de nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van biomarkerdetectie, validatie en klinische toepassing door massaspectrometrie. Het voordeel van deze technologie is dat de volledige workflow kan worden voltooid voor 96 monsters in ongeveer vijf uur met intra-assay en inter-test CV van minder dan 20%voor de meerderheid van de eiwitten.Deze nauwkeurige voorbereiding van het hoge doorvoermonster stelt ons in staat om ziekteproteooms van weefsel of biofluïden op grotere schaal te onderzoeken. Daarnaast biedt de geautomatiseerde proteomische monstervoorbereidingsworkflow een solide basis voor een hoog gehalte en een kwantitatieve proteomische analyse. Het aantonen van de procedure zal Dr.Qin Fu zijn, directeur van het High Throughput Center bij Cedar Sinai en Mr.Casey Johnson, een onderzoeksmedewerker van mijn laboratorium.Voeg voor het begin van de analyse vijf microliters van gepoold gezond menselijk plasma toe in een 96 ronde diepe put propyleenplaat. Wanneer alle monsters zijn geladen, opent u de software van het vloeistofhandlerapparaat en selecteert u onder het tabblad methode alle assen naar huis om de geautomatiseerde vloeistofhandler te oriënteren. Controleer of alle werkstations geen zichtbare luchtbellen bevatten en open een nieuwe methode en klik op Uitvoeren om de methode te starten.Voer true in het invoeren van een waarde te gebruiken voor autosampler prompt om een autosampler plaat voorbereid aan het einde van de methode en klik op OK. Voer er een in het invoeren van een waarde die u wilt gebruiken voor de eerste kolomprompt en klik op OK. Voer 12 in het invoeren van een waarde in die u wilt gebruiken voor de laatste kolomprompt en klik op OK. Als een monsterplaat wordt gebruikt met monstervolumes van ten minste 20 microliter, voert u true in het invoeren van een waarde in die u wilt gebruiken voor de prompt van de monsterplaat en klikt u op OK. Volg de aanwijzingen in het venster Guided Labware Setup en klik op Doorgaan. Laad de juiste reagentia in de juiste putten en klik op Volgende. Klik nogmaals op Volgende om het geautomatiseerde vloeistofhandlerdek zoals afgebeeld uit te leggen, inclusief het reagens,-, monster- en autosamplerplaten, zes-put 90 microliter tipboxen, een lege 90 microliter tipbox en een volledige 230 microliter tipbox.Klik vervolgens op Voltooien om de methode te starten. Bij de continue na centrifugatie prompt, haal de reactie plaat en plaats de plaat in de centrifuge. Breng aan het einde van de centrifugatie de reactieplaat terug naar zijn positie binnen de geautomatiseerde vloeistofhandler en klik op Doorgaan.Voor vloeibare chromatografie en tandemmassaspectrometrieanalyse, los de peptiden op in een C18 2.1 bij 100 millimeter 3,5 micrometer kolom door hoge stroom hoge druk vloeibare chromatografie met een stroomsnelheid van 250 microliter per minuut en in lijn geanalyseerd op een drievoudige viervoudige massaspectrometer. Vijf minuten na het laden, equilibrate de kolom met 5%buffer B oplossing en elute de peptiden met een lineaire 5-35% gradiënt van buffer B over 30 minuten. Aan het einde van de elutie was je de kolom met 98%buffer B gedurende 10 minuten, gevolgd door een wasbeurt van vijf minuten met 5%buffer B voordat het volgende monster wordt geladen.Voor de online omleiding gebruikt u een schakelklep in twee fasen om het eluent na de kolom om te leiden naar afval voordat deze de ionenbron binnenkomt. Wanneer alle monsters zijn geëuterd, kunnen meerdere reactiebewakingsgegevens worden verwerkt. In deze representatieve analyse, drie beta-gal peptiden en twee albumine peptiden werden gecontroleerd van spiked beta-gal en verwerkte plasma albumine eiwitten.De precisie van de geautomatiseerde samplepreedworkflow werd berekend als het percentage van de variantiecoëfficiënt van de totale proteomische geselecteerde reactiebewakingsworkflow minus de procentuele variantiecoëfficiënt van de vloeibare chromatografie tandemmassaspectrometrie. Zoals verwacht werden goede signaalintensiteiten waargenomen voor zowel de menselijke serumalbumine als bèta-galeiwitten. Om de precisie van de vloeibare overdrachtsstappen te controleren, kunnen stabiele peptidenormen met isotopen worden vastgesteld voor het endogene menselijke serumalbumine en exogene bèta-galeiwit in onafhankelijke reagensoverdrachtsstappen.Om de geautomatiseerde proteomische monstervoorbereidingsworkflow te valideren, werden de intraday-coëfficiënt van variantiewaarden berekend op basis van 21 putten die op dezelfde dag zijn voorbereid. De gemiddelde intraday procent coëfficiënt van variantie voor 40 eiwitten varieerde van 4-20%Om het randeffect van de op plaat gebaseerde geautomatiseerde workflow te evalueren, kan de procentuele coëfficiënt van variantie worden berekend op basis van specifieke putten binnen aangewezen kolommen en rijen. In dit representatieve experiment waren de signaalintensiteiten van meerdere reacties in alle kolom- en rijconfiguraties vergelijkbaar met de procentuele variantiecoëfficiënt variërend van 3-22%De belangrijkste stappen zijn het correct toevoegen van een monster volgens de gewenste 96-put plaatkaart en het correct instellen van de reagensplaat volgens de instructie van de software.Deze geautomatiseerde proteomische monstervoorbereidingsmethode stelt onderzoekers in staat om op grote schaal betrouwbare en kwantitatieve proteomische gegevens te verzamelen.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Tijdsgeresolveerde elektrosprayionisatie waterstof-deuterium Exchange Massaspectrometrie voor het bestuderen van Protein Structure en Dynamics

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Het oplossen van Affiniteit gezuiverde eiwit complexen door Blue inheemse PAGE en Protein Correlatie Profiling

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Lipide Druppeltje Isolatie kwantitatieve massaspectrometrie Analyse

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Glycoproteomics of the Extracellular Matrix: A Method for Intact Glycopeptide Analysis Using Mass Spectrometry

Glycoproteoomanalyses van de extracellulaire matrix: Een methode voor Intact Glycopeptide analyse met behulp van massaspectrometrie

Fibrosis is a hallmark of many cardiovascular diseases and is associated with the exacerbated secretion and deposition of the extracellular matrix (ECM). ...

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

Bereiding van de monsters voor de massa spectrometrie gebaseerde identificatie van RNA-bindende regio 's

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows

Optimale voorbereiding van formaline vaste monsters voor Peptide Matrix gebaseerde bijgestaan Laser desorptie/ionisatie massaspectrometrie Imaging Workflows

The use of matrix-assisted laser desorption/ionization, mass spectrometry imaging (MALDI MSI) has rapidly expanded, since this technique analyzes a host ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

Detectie van eiwitubiquitinatiesites door peptideverrijking en massaspectrometrie

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

An All-in-one Sample Holder for Macromolecular X-ray Crystallography with Minimal Background Scattering

Een alles-in-een monsterhouder voor macromoleculaire X-Ray kristallografie met minimale achtergrond verstrooiing

Macromolecular X-ray crystallography (MX) is the most prominent method to obtain high-resolution three-dimensional knowledge of biological macromolecules. ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Monster voorbereiding voor Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Kwantitatieve analyse van de cellulaire lipidoom van Saccharomyces Cerevisiae met behulp van vloeibare chromatografie in combinatie met tandem massaspectrometrie

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...