Name: a plasma sample preparation for mass spectrometry using an automated workstation
Uploaded: 2020-04-24T13:30:00
Duration: 7 min 12 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation at JoVE.com

<ol>
	<li>Fu, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+Reproducible+Automated+Proteomics+Sample+Preparation+Workflow+for+Quantitative+Mass+Spectrometry.">Highly Reproducible Automated Proteomics Sample Preparation Workflow for Quantitative Mass Spectrometry.</a> Journal of Proteome Research. 17 (1), 420-428 (2018).</li><li>Lehmann, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+mass+spectrometry+proteomics+(cMSP)+for+medical+laboratory:+What+does+the+future+hold?.">Clinical mass spectrometry proteomics (cMSP) for medical laboratory: What does the future hold?.</a> Clinica Chimica Acta. 467, 51-58 (2017).</li><li>Abbatiello, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-Scale+Interlaboratory+Study+to+Develop,+Analytically+Validate+and+Apply+Highly+Multiplexed,+Quantitative+Peptide+Assays+to+Measure+Cancer-Relevant+Proteins+in+Plasma.">Large-Scale Interlaboratory Study to Develop, Analytically Validate and Apply Highly Multiplexed, Quantitative Peptide Assays to Measure Cancer-Relevant Proteins in Plasma.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 14 (9), 2357-2374 (2015).</li><li>Kuster, B., Schirle, M., Mallick, P., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scoring+proteomes+with+proteotypic+peptide+probes.">Scoring proteomes with proteotypic peptide probes.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 6 (7), 577-583 (2005).</li><li>Carr, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+peptide+measurements+in+biology+and+medicine:+best+practices+for+mass+spectrometry-based+assay+development+using+a+fit-for-purpose+approach.">Targeted peptide measurements in biology and medicine: best practices for mass spectrometry-based assay development using a fit-for-purpose approach.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 13 (3), 907-917 (2014).</li><li>Yates, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pivotal+role+of+computers+and+software+in+mass+spectrometry+-+SEQUEST+and+20+years+of+tandem+MS+database+searching.">Pivotal role of computers and software in mass spectrometry - SEQUEST and 20 years of tandem MS database searching.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 26 (11), 1804-1813 (2015).</li><li>Nilsson, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+in+high-throughput+proteomics:+ready+for+the+big+time.">Mass spectrometry in high-throughput proteomics: ready for the big time.</a> Nature Methods. 7 (9), 681-685 (2010).</li><li>Van Eyk, J. E., Sobhani, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precision+Medicine.">Precision Medicine.</a> Circulation. 138 (20), 2172-2174 (2018).</li><li>Hoofnagle, A. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recommendations+for+the+Generation,+Quantification,+Storage,+and+Handling+of+Peptides+Used+for+Mass+Spectrometry-Based+Assays.">Recommendations for the Generation, Quantification, Storage, and Handling of Peptides Used for Mass Spectrometry-Based Assays.</a> Clinical Chemistry. 62 (1), 48-69 (2016).</li><li>Wijayawardena, B., Fu, Q., Johnson, C., Van Eyk, J. E., Kowalski, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+Reproducible+Automated+Proteomics+Sample+Preparation+on+Biomek+i-Series.">Highly Reproducible Automated Proteomics Sample Preparation on Biomek i-Series.</a> Technical note, Beckman Coulter Life Science. Document # AAG-4890APP02. 19, (2019).</li></ol>

Kütle spektrometresi için numune işleme sisteinblok protein denatürasyon, azaltma ve alkillenme gerektirir, ve peptidler içine proteinleri cleave tripsin sindirim. Her kimyasal veya enzimatik reaksiyonun belirli bir zamanda başlatılması ve kontrollü bir sıcaklıkta gerçekleştirilmesi gerekir ve bu süreçteki her adım, deneysel varyasyonun ortaya çıkarılabildiği birden fazla sıvı transfer adımı içerir. Otomatik numune işleme bu ikilem için bir çözüm sağlar. Şu anda mevcut olan sıvı işleme sistemleri, kullanılan baş ve uç tipine bağlı olarak reaktifleri %5'in altında doğruluk ve hassasiyetle 96 kuyulu plakalara aktarabilme ve istenirse 14 °C ile 70 °C arasında değişen kontrollü sıcaklıklarda titreme ile numuneleri kuluçkaya yatırma kapasitesine sahiptir. SRM tahlilleri için plazmayı 96 kuyu formatında işlemek için otomatik sıvı işleyicisi kullandık.
Serum, plazma ve diğer biyolojik örneklerdeki proteinlerin karmaşık karışımları içinde binlerce proteaz dekolte alanı vardır; ve bu proteinlerin her biri dekolte site erişilebilirliğini ve ortaya çıkan peptidlerin stabilitesini etkileyen benzersiz özelliklere sahiptir. Bu nedenle, her protein için en uygun bir örnek işleme prosedürü tasarlamak imkansızdır. En iyi alternatif mümkün olduğunca tutarlı olmaktır.
Tutarlılık elde etmek için, otomatik sıvı işleyicitarafından gerçekleştirilen her pipetleme adımını optimize ettik. İlk olarak sıvının tipi (plazma, sulu veya organik) ve buna karşılık gelen özellikler (viskozite, uyum ve uçuculuk), donanım (iş istasyonu pipetleme kafası ve plaka kapma kolları) ve laboratuvar yazılımları tarafından dayatılan hacim ve kısıtlamaları göz önünde bulundurduk. Daha sonra aspirasyon için hız ve sondaj hava boşluğu çeşitli, dağıtım için hız ve üfleme hacmi, ve kuvvet ve karıştırma süresi, aspirasyon ve / veya dağıtım sonra bir ipucu dokunmatik birleştiren ise, gerekirse, uçların dışında sıvı yapışmasını ortadan kaldırmak için(Şekil 13, Ek Tablo 1). İstikrar için önceden taranmış benzersiz bir SIL peptid, her sıvı işleme adımının hassasiyetini izlemeyi mümkün kılmak için her reaktife çivilenmiştir. Optimizasyondan sonra, geçişlerin çoğu için proses CV'leri %10'dan az dı ve otomatik iş istasyonu ile iyi tekrarlanabilirlik gösterdiler(Şekil 9, Şekil 10, Şekil 11 ve Şekil 12).
Burada sunulan otomatik iş akışı, manuel yöntemlere göre geliştirilmiş tekrarlanabilirlik ve elde etme ile tutarlı enzimatik sindirim sağlar(Şekil 9, Şekil 10). Bu yaklaşım, kütle spektrometresi ile biyomarker keşfi nin ve doğrulamanın doğruluğunu ve güvenilirliğini artırmayı vaat etmektedir.

Kütle spektrometresi (MS) bazlı protein ve peptit nicelliği, temel araştırma ve klinik laboratuvarlarda plazma analizi için biyoanalitik bir araç olarak giderek daha fazla uygulanmaktadır2,3. MS tek bir MS çalıştırmak yüzlerce peptidler ölçmek için yeteneği nedeniyle belirli peptid dizileri hedefleyerek proteinlerveya modifiye proteinleri ölçmek için tercih edilen yöntem ve bilişim hızla gelişmiştir4. Numune hazırlama herhangi bir proteomik analiz için temel görevi görededir. MS analizinden önce, biyolojik bir örneklemdeki proteinler tipik olarak denatüre edilir, azalır, alkillenir, triptik peptidlere sindirilir ve5.derecedetuzsuzlaştırılır. Alkillenme kontrolsüz modifikasyonları önlemek ve tüm sisteinların aynı kütleye sahip olmasını sağlamak için sisteinları engeller. Daha sonra, tripsin peptidler içine proteinleri sindirmek için eklenir. Bu adımların her biri optimizasyon gerektirir ve tüm işlem geleneksel olarak el ile gerçekleştirilir ve analitik hataların başlatılmasına olanak sağlar.
Geleneksel biyomarker geliştirme boru hattı iki ana süreçlerden oluşur: küresel protein keşfi için av tüfeği proteomik bir derinlemesine protein envanteri oluşturmak için6 ve doğrulama ve doğrulama için hedeflenen proteomik yüksek hassasiyetli ve yüksek iş itimat protein niceliği amaçlayan7. MS yaklaşımı ne olursa olsun, numune hazırlama aynıdır ve bir peptit karışımı içine proteinlerin enzimatik bölünmesi üzerinde merkezleri. Van Eyk ve Sobhani8tarafından önerildiği gibi, hem keşif hem de hedefli tahliller için doğru, kesin ve tekrarlanabilir analizsağlayan bir yönteme sahip olmak, keşif biyobelirteçlerini klinik olarak uygulanan tahlillere etkin bir şekilde taşımak isteilmektedir. Bunu yapmak için, numune hazırlama otomasyonu yararlı olacaktır ve yüksek iş hacmi analizi için verimliliği artırmak için yeteneği sağlar. Manuel yöntemler genellikle biyobelirteçleri ve tanı 2 içeren gözden geçirilmiş Biyoanalitik Yöntem Doğrulama Kılavuzu, Gıda ve İlaç İdaresi (FDA) tarafından belirtilen kabul edilebilir sınırların ötesinde analitikhatalar,tanıtmak ,9. Binlerce biyolojik numunenin hazırlanması ve analiz edilmesi için biyomarker araştırmasını kolaylaştırmak için hızlı, son derece doğru ve eller serbest MS protein numunesi hazırlama iş akışının geliştirilmesi gerekecektir. MS örnek hazırlama, hataların ortaya çıkarılabildiği birçok adıma sahiptir ve işlem sıkıcı ve zaman alıcıdır.
Geliştirilmiş yöntemimizde, gerekli tüm plazma numune hazırlama prosedürlerini toplam 6 adımda(Şekil 1)gerçekleştirmek üzere otomatik bir iş istasyonu programlandı: 1) doğru sıvı transferleri; 2) reaksiyon başlatılır ve tutarlı bir zamanda durdurulur; 3) reaksiyon kontrollü bir sıcaklıkta yapılır (yani, kuluçka makinesi); ve 4) reaksiyon tüm reaksiyonlar için tek tip karıştırma vardır. Ayrıca, LC-MS bazlı protein ve peptit nicelemesini 96-iyi formatında kaliteli ve tekrarlanabilir bir şekilde sağlamak için eksojen kalite kontrol proteinleri ve iç standartlar (kararlı izotop etiketli peptit standartları) ekleyerek uyguladık. Reaktif hazırlama, çalışma saatleri ve toplam 1.000.000 pipetleme adımı da dahil olmak üzere 96 numunenin tek tek tüplerde işlenmesi gerekecektir. Otomasyon, uygulamalı zamanı ve ilgili insan etkileşimlerinin sayısını azaltır.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>A Pooled healthy human plasma</td>
			<td>Bioreclamation Inc.</td>
			<td></td>
			<td>human plasma tested in the manuscript</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile, HPLC Grade</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A998SK1</td>
			<td>LC MS/MS solvent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>B-Galactosidase Recombinant from E.Coli</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G3153-5MG</td>
			<td>exogenous control proteins.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek i7 Automated Workstation</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>The proteomic sample preparation workstation: Biomek automated workstations are not intended or validated for use in the diagnosis of disease or other conditions</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek i-Series Tips 230&#181;L Non-Sterile</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td>B85903&#160;</td>
			<td>Tips, i7 consumable</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek i-Series Tips 90&#181;L Non-Sterile</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td>B85881&#160;</td>
			<td>Tips, i7 consumable</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FG, Kit Trypsin TPCK</td>
			<td>Sciex</td>
			<td>4445250</td>
			<td>Trypsin used in digestion</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hard-Shell 96-Well PCR Plates, low profile, thin wall, skirted, green/clear&#160;</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>#hsp9641</td>
			<td>Autosampler plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Octyl B-D-Glucopyranoside</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>O9882-5G</td>
			<td>detergent used in digestion</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polypropylene, 96-Round Deep Well Plates Sterile</td>
			<td>Beckman Coulter, Inc.</td>
			<td>267007</td>
			<td>Reagent and digestion plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Prominence UFLCXR HPLC system</td>
			<td>Shimadzu, Japan</td>
			<td></td>
			<td>High flow LC sytem</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QTRAP 6500</td>
			<td>SCIEX</td>
			<td></td>
			<td>Mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water, HPLC Grade</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>W54</td>
			<td>LC MS/MS solvent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xbridge BEH30 C18 2.1mm x 100mm</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186003564</td>
			<td>LC MSMS column</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a plasma sample preparation for mass spectrometry using an automated workstation

Proteomik kitle spektrometresi analizi için örnek hazırlama bir peptit karışımı içine proteinlerin enzimatik bölünmesi gerektirir. Bu süreç denatürasyon, azaltma, alkillenme ve dekolte elde etmek için çok sayıda kuluçka ve sıvı transfer adımları içerir. Bu iş akışının otomatik bir iş istasyonuna uyarlanması verimliliği artırabilir ve varyans katsayılarını azaltabilir ve böylece örnek türleri arasında istatistiksel karşılaştırmalar için daha güvenilir veriler sağlayabilir. Daha önce otomatik proteomik numune hazırlama iş akışı1'iaçıklamıştık. Burada, daha verimli ve daha iyi kontrollü bir iş akışının gelişimini aşağıdaki avantajlarla bildiririz: 1) Sıvı aktarım adımlarının sayısı reaktifleri birleştirerek dokuzdan altıya düşürülür; 2) Pipetleme süresi, birden fazla kanallı 96 konumlu pipetleme kafası kullanılarak seçici uç pipetleme ile azaltılır; 3) Potansiyel iş artışı, 45 güverte pozisyonuna kadar kullanılabilirliği ile artırılır; 4) Sistemin komple muhafaza sıcanda ve çevresel kontrol gelişmiş sağlar ve numune veya reaktiflerin kontaminasyon potansiyelini azaltır; ve 5) Her numuneye kararlı izotop etiketli peptidlerin yanı sıra β-galaktosidaz proteininin eklenmesi tüm süreç boyunca izleme ve kalite kontrolünü mümkün kılar. Bu donanım ve proses geliştirmeleri iyi tekrarlanabilirlik sağlar ve intra-tsay ve ara türetme hassasiyetini artırır (CV %20'den azdır) LC-MS bazlı protein ve peptit niceliği için. 96 kuyuluk bir plakada 96 numunenin sindirilmesi için tüm iş akışı yaklaşık 5 saat içinde tamamlanabilir.

Watch this Scientific Journal Video about A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation at JoVE.com

A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation

Burada, kütle spektrometresi tabanlı kantitatif proteomik analiz için otomatik plazma protein sindirim yöntemi salıyoruz. Bu protokolde protein denatürasyonu, redüksiyon, alkillenme ve tripsin sindirim reaksiyonları için sıvı transfer ve kuluçka adımları düzene sokulmuş ve otomatikhale getirilir. İstenilen hassasiyetle 96 kuyulu bir plaka hazırlamak yaklaşık beş saat sürer.

Otomatik İş İstasyonu Kullanarak Kütle Spektrometresi Için Plazma Numune Spektrometresi Hazırlığı

Sample preparation for mass spectrometry analysis in proteomics requires enzymatic cleavage of proteins into a peptide mixture. This process involves ...

Bu otomatik iş akışı mükemmel tekrarlanabilirlik ve iş akışı ile tutarlı bir protein enzimatik sindirim sağlar. Bu, kütle spektrometresi ile biyomarker keşfinin, doğrulamanın ve klinik uygulamanın doğruluğunu ve güvenilirliğini artırır. Bu teknolojinin avantajı, proteinlerin çoğunluğu için %20'den daha az intra-tsay ve inter-tsay CV ile yaklaşık beş saat içinde 96 numune için tüm iş akışının tamamlanabiliyor olmasıdır.Bu doğru yüksek iş elde numune hazırlama bize daha büyük bir ölçekte doku veya biyoakışkanların hastalık proteomları araştırmak için izin. Buna ek olarak, otomatik proteomik numune hazırlama iş akışı yüksek içerik ve nicel proteomik analiz için sağlam bir temel sağlar. Prosedürü gösteren Dr Qin Fu, Cedar Sinai Yüksek Throughput Merkezi Müdürü ve Bay Casey Johnson, benim laboratuvar bir araştırma görevlisi olacaktır.Analize başlamadan önce, 96 yuvarlak derin ve iyi propilen plaka içine havuzlu sağlıklı insan plazması beş mikrolitre ekleyin. Tüm örnekler yüklendiğinde, sıvı işleyici cihaz yazılımını açın ve yöntem sekmesi altında, otomatik sıvı işleyicisini yönlendirmek için tüm eksenleri seçin. Tüm iş istasyonu şırıngalarının görünür hava kabarcıkları içermediğini onaylayın ve yeni bir yöntem açın ve yöntemi başlatmak için Çalıştır'ı tıklatın.Yöntemin sonunda bir autosampler plakası hazırlatmak için otomatik örnekleyici istemi için kullanılacak bir değer girin ve Tamam'ı tıklatın. İlk sütun istemi için kullanılacak bir değer girin ve Tamam'ı tıklatın. Son sütun istemi için kullanılacak bir değer girin ve Tamam'ı tıklatın. Örnek plaka en az 20 mikrolitre lik numune hacimleri ile kullanılıyorsa, örnek plaka istemi için kullanılacak bir değer girin ve Tamam'ı tıklatın. Kılavuzlu Labware Kurulumu penceresindeki yönergeleri izleyin ve Devam'ı tıklatın. Uygun reaktifleri uygun kuyulara yükleyin ve İleri'yi tıklatın. Reaktif, reaksiyon, numune ve otomatik numune ölçer plakaları, altı kuyulu 90 mikrolitre uç kutuları, boş 90 mikrolitre lik uç kutusu ve tam 230 mikrolitrelik uç kutusu dahil olmak üzere gösterildiği gibi otomatik sıvı işleyici destesini yeniden düzenlemek için İleri'yi tıklatın.Ardından yönteme başlamak için Bitir'i tıklatın. Santrifüj isteminden sonra devam edin, reaksiyon plakasını alın ve plakayı santrifüjün içine yerleştirin. Santrifüjün sonunda, reaksiyon plakasını otomatik sıvı işleyicisi içindeki konumuna döndürün ve Continue'yi tıklatın.Sıvı kromatografi spektrografi ve tandem kütle spektrometresi analizi için, c18 2.1 ile 100 milimetre 3,5 mikrometre likit kolondaki peptidleri dakikada 250 mikrolitre akış hızıile yüksek akışlı yüksek basınçlı sıvı kromatografi ile çözün ve üçlü dörtkutuplu kütle spektrometresi üzerinde sırayla analiz edin. Yüklemeden beş dakika sonra, kolon %5 tampon B çözeltisi ile dengeleyin ve 30 dakika boyunca doğrusal 5-35% tampon B degradesi ile peptidleri equilibrate. Elüsyonun sonunda, bir sonraki numuneyi yüklemeden önce kolonda 10 dakika boyunca %98 arabellek B ile yıkayın ve ardından %5 arabellek B ile beş dakikalık bir yıkama.Çevrimiçi saptırma için, iyon kaynağına girmeden önce kolon sonrası eluent'i atık olarak aktarmak için iki fazlı bir anahtarlama valfi kullanın. Örneklerin tümü eluted olduğunda, birden çok tepki izleme verileri işlenebilir. Bu temsili analizde, sivri beta-gal ve işlenmiş plazma albumin proteinlerinden üç beta-gal peptid ve iki albümin peptid izlendi.Otomatik numune hazırlama iş akışının hassasiyeti, toplam proteomik seçilmiş reaksiyon izleme iş akışının varyans katsayısının yüzdesi eksi sıvı kromatografi tandem kütle spektrometresinin varyans yüzdesi olarak hesaplanmıştır. Beklendiği gibi, iyi sinyal yoğunlukları hem insan serum albumin ve beta-gal proteinleriçin gözlendi. Sıvı transfer adımlarının hassasiyetini izlemek için, endojen insan serum albumini ve bağımsız reaktif transfer basamaklarında eksojen beta-gal proteini için kararlı izotop etiketli peptit standartları yükselilebilir.Otomatik proteomik numune hazırlama iş akışını doğrulamak için, gün içi varyans değerleri katsayısı aynı gün içinde hazırlanan 21 kuyudan hesaplanmıştır. 40 protein için ortalama gün içi yüzde varyans katsayısı %4-20 arasında değişmekte olup, plaka bazlı otomatik iş akışının kenar etkisini değerlendirmek için, belirlenen sütun ve satırlar içindeki belirli kuyulardan yüzde varyans katsayısı hesaplanabilir. Bu temsili deneyde, çoklu reaksiyon izleme sinyali yoğunlukları tüm kolon ve satır konfigürasyonlarında %3-22 arasında değişen varyans katsayısı ile benzerdi En önemli adımlar, istenilen 96 kuyulu plaka haritasına göre bir numuneyi doğru bir şekilde eklemek ve reaktif plakasını yazılım talimatına göre doğru bir şekilde kurmaktır.Bu otomatik proteomik numune hazırlama yöntemi, araştırmacıların büyük ölçekte güvenilir ve nicel proteomik veriler toplamasına olanak tanır.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Zaman çözülmesi elektro sprey iyonizasyon Hidrojen-döteryum Değişim Kütle Spektrometre Protein Yapısı ve Dinamikleri incelenmesi için

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Mavi Yerli PAGE ve Protein İlişkisi Profil Yöntemi ile Affinity Saf protein Kompleksler çözümleniyor

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Kantitatif Kütle Spektrometresi Analiz lipid Damlacık izolasyonu

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Glycoproteomics of the Extracellular Matrix: A Method for Intact Glycopeptide Analysis Using Mass Spectrometry

Hücre dışı Matrix Glycoproteomics: Kütle Spektrometresi kullanarak Sağlam GLİKOPEPTİT Analizi için Bir Yöntem

Fibrosis is a hallmark of many cardiovascular diseases and is associated with the exacerbated secretion and deposition of the extracellular matrix (ECM). ...

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

Kütle spektrometresi tabanlı kimlik RNA-bağlama bölgelerinin için numune hazırlama

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows

Örnekleri için matris peptit esaslı tamir Formalin en iyi hazırlık lazer desorpsiyon/iyonlaşma kütle spektrometresi iş akışlarını görüntüleme destekli

The use of matrix-assisted laser desorption/ionization, mass spectrometry imaging (MALDI MSI) has rapidly expanded, since this technique analyzes a host ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

Peptit Zenginleştirme ve Kütle Spektrometresi ile Protein Ubiquitinasyon Sitelerinin Saptanması

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

An All-in-one Sample Holder for Macromolecular X-ray Crystallography with Minimal Background Scattering

Minimal arka plan saçılma ile Macromoleküler X-ışını Kristalografi için bir hepsi bir arada örnek tutucu

Macromolecular X-ray crystallography (MX) is the most prominent method to obtain high-resolution three-dimensional knowledge of biological macromolecules. ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Probuelektrosprey Iyonizasyon Kütle Spektrometresi için Örnek Hazırlama

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Tandem Kütle Spektrometresi Ile Birleşen Sıvı Kromatografi kullanarak Saccharomyces Cerevisiae'nin Hücresel Lipidomukan Analizi

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...