Name: analysis of lipid droplet content in fission and budding yeasts using automated image processing
Uploaded: 2019-07-17T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Lipid Droplet Content in Fission and Budding Yeasts using Automated Image Processing at JoVE.com

इस काम को चार्ल्स विश्वविद्यालय अनुदान PRIMUS/MED/26, GAUK 1308217 और SVV 260310 द्वारा समर्थित किया गया था. हम माइक्रोस्कोपी और छवि विश्लेषण पाइप लाइन के विकास के साथ मदद के लिए Ond]ejez ज़ेबेस्टा धन्यवाद. हम एस cerevisiae उपभेदों के लिए ReGenEx प्रयोगशाला धन्यवाद, और JapoNet और हिरोनोरी Niki की प्रयोगशाला एस Japonicus उपभेदों के लिए. ppc1-88 तनाव खमीर आनुवंशिक संसाधन केंद्र जापान द्वारा प्रदान की गई थी. माइक्रोस्कोपी Confocal और फ्लोरेसेंस माइक्रोस्कोपी की प्रयोगशाला में प्रदर्शन किया गया सह यूरोपीय क्षेत्रीय विकास कोष और चेक गणराज्य के राज्य बजट द्वारा वित्त पोषित (परियोजना नहीं. सी.जेड.1.05/4.1.00/16.0347 और सी.जेड.2.16/

1. समाधान और मीडिया की तैयारी
<ol><li>
लिपिड धुंधला समाधान तैयार करें।
	<ol>
<li>स्टॉक लिपिड धुंधला समाधान तैयार करने के लिए 10 मिलीग्राम BODIPY 493/503 में 10 एमएल में एनहाइड्रोस DMSO (अंतिम सांद्रता 1 मिलीग्राम/ वजन के द?...

<ol>
	<li>Koch, B., Schmidt, C., Daum, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Storage+lipids+of+yeasts:+a+survey+of+nonpolar+lipid+metabolism+in+Saccharomyces+cerevisiae,+Pichia+pastoris,+and+Yarrowia+lipolytica.">Storage lipids of yeasts: a survey of nonpolar lipid metabolism in Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris, and Yarrowia lipolytica.</a> FEMS Microbiology Reviews. 38 (5), 892-915 (2014).</li><li>Krahmer, N., Farese, R. V., Walther, T. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Balancing+the+fat:+lipid+droplets+and+human+disease.">Balancing the fat: lipid droplets and human disease.</a> EMBO Molecular Medicine. 5 (7), 973-983 (2013).</li><li>Lazar, Z., Liu, N., Stephanopoulos, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Holistic+Approaches+in+Lipid+Production+by+Yarrowia+lipolytica.">Holistic Approaches in Lipid Production by Yarrowia lipolytica.</a> Trends in Biotechnology. 36 (11), 1157-1170 (2018).</li><li>Kim, D. U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+a+genome-wide+set+of+gene+deletions+in+the+fission+yeast+Schizosaccharomyces+pombe.">Analysis of a genome-wide set of gene deletions in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe.</a> Nature Biotechnology. 28 (6), 1628-1629 (2010).</li><li>Giaever, G., Nislow, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+yeast+deletion+collection:+a+decade+of+functional+genomics.">The yeast deletion collection: a decade of functional genomics.</a> Genetics. 197 (2), 451-465 (2014).</li><li>Meyers, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+protein+and+neutral+lipid+composition+of+lipid+droplets+isolated+from+the+fission+yeast,+Schizosaccharomyces+pombe.">The protein and neutral lipid composition of lipid droplets isolated from the fission yeast, Schizosaccharomyces pombe.</a> Journal of Microbiology (Seoul, Korea). 55 (2), 112-122 (2017).</li><li>Meyers, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lipid+Droplets+Form+from+Distinct+Regions+of+the+Cell+in+the+Fission+Yeast+Schizosaccharomyces+pombe.">Lipid Droplets Form from Distinct Regions of the Cell in the Fission Yeast Schizosaccharomyces pombe.</a> Traffic (Copenhagen, Denmark). 17 (6), 657-659 (2016).</li><li>Long, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lipid+droplet+de+novo+formation+and+fission+are+linked+to+the+cell+cycle+in+fission+yeast.">Lipid droplet de novo formation and fission are linked to the cell cycle in fission yeast.</a> Traffic (Copenhagen, Denmark). 13 (5), 705-714 (2012).</li><li>Yang, H. J., Osakada, H., Kojidani, T., Haraguchi, T., Hiraoka, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lipid+droplet+dynamics+during+Schizosaccharomyces+pombe+sporulation+and+their+role+in+spore+survival.">Lipid droplet dynamics during Schizosaccharomyces pombe sporulation and their role in spore survival.</a> Biology Open. , 8 (2016).</li><li>Aoki, K., Shiwa, Y., Takada, H., Yoshikawa, H., Niki, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+nuclear+envelope+dynamics+via+APC/C+is+necessary+for+the+progression+of+semi-open+mitosis+in+Schizosaccharomyces+japonicus.">Regulation of nuclear envelope dynamics via APC/C is necessary for the progression of semi-open mitosis in Schizosaccharomyces japonicus.</a> Genes To Cells: Devoted To Molecular &amp; Cellular Mechanisms. 18 (9), 733-752 (2013).</li><li>Karolin, J., Johansson, L. B. A., Strandberg, L., Ny, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+and+Absorption+Spectroscopic+Properties+of+Dipyrrometheneboron+Difluoride+(BODIPY)+Derivatives+in+Liquids,+Lipid+Membranes,+and+Proteins.">Fluorescence and Absorption Spectroscopic Properties of Dipyrrometheneboron Difluoride (BODIPY) Derivatives in Liquids, Lipid Membranes, and Proteins.</a> Journal of the American Chemical Society. 116 (17), 7801-7806 (1994).</li><li>Bozaquel-Morais, B. L., Madeira, J. B., Maya-Monteiro, C. M., Masuda, C. A., Montero-Lomeli, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+fluorescence-based+method+identifies+protein+phosphatases+regulating+lipid+droplet+metabolism.">A new fluorescence-based method identifies protein phosphatases regulating lipid droplet metabolism.</a> PloS One. 5 (10), e13692 (2010).</li><li>Sitepu, I. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+high-throughput+Nile+red+fluorescence+assay+for+estimating+intracellular+lipids+in+a+variety+of+yeast+species.">An improved high-throughput Nile red fluorescence assay for estimating intracellular lipids in a variety of yeast species.</a> Journal of Microbiological Methods. 91 (2), 321-328 (2012).</li><li>Rostron, K. A., Lawrence, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nile+Red+Staining+of+Neutral+Lipids+in+Yeast.">Nile Red Staining of Neutral Lipids in Yeast.</a> Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 1560, 219-229 (2017).</li><li>Romero-Aguilar, L., Montero-Lomeli, M., Pardo, J. P., Guerra-S&#225;nchez, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lipid+Index+Determination+by+Liquid+Fluorescence+Recovery+in+the+Fungal+Pathogen+Ustilago+Maydis.">Lipid Index Determination by Liquid Fluorescence Recovery in the Fungal Pathogen Ustilago Maydis.</a> Journal of Visualized Experiments. (134), 1-6 (2018).</li><li>Gupta, A., Dorlhiac, G. F., Streets, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+imaging+of+lipid+droplets+in+single+cells.">Quantitative imaging of lipid droplets in single cells.</a> The Analyst. , (2018).</li><li>Wolinski, H., Bredies, K., Kohlwein, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+imaging+of+lipid+metabolism+in+yeast:+from+4D+analysis+to+high+content+screens+of+mutant+libraries.">Quantitative imaging of lipid metabolism in yeast: from 4D analysis to high content screens of mutant libraries.</a> Methods in Cell Biology. , 108-365 (2012).</li><li>Campos, V., Rappaz, B., Kuttler, F., Turcatti, G., Naveiras, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput,+nonperturbing+quantification+of+lipid+droplets+with+digital+holographic+microscopy.">High-throughput, nonperturbing quantification of lipid droplets with digital holographic microscopy.</a> Journal of Lipid Research. 59 (7), 1301-1310 (2018).</li><li>Ranall, M. V., Gabrielli, B. G., Gonda, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-content+imaging+of+neutral+lipid+droplets+with+1,6-diphenylhexatriene.">High-content imaging of neutral lipid droplets with 1,6-diphenylhexatriene.</a> BioTechniques. 51 (1), 35-42 (2011).</li><li>Schnitzler, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nile+Red+Quantifier:+a+novel+and+quantitative+tool+to+study+lipid+accumulation+in+patient-derived+circulating+monocytes+using+confocal+microscopy.">Nile Red Quantifier: a novel and quantitative tool to study lipid accumulation in patient-derived circulating monocytes using confocal microscopy.</a> Journal of Lipid Research. 58 (11), 2210-2219 (2017).</li><li>Bombrun, M., Gao, H., Ranefall, P., Mejhert, N., Arner, P., W&#228;hlby, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+high-content/high-throughput+microscopy+analysis+of+lipid+droplets+in+subject-specific+adipogenesis+models.">Quantitative high-content/high-throughput microscopy analysis of lipid droplets in subject-specific adipogenesis models.</a> Cytometry. Part A the journal of the International Society for Analytical Cytology. 91 (11), 1068-1077 (2017).</li><li>Capus, A., Monnerat, M., Ribeiro, L. C., de Souza, W., Martins, J. L., Sant&#8217;Anna, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+high-content+image+analysis+for+quantitatively+estimating+lipid+accumulation+in+oleaginous+yeasts+with+potential+for+use+in+biodiesel+production.">Application of high-content image analysis for quantitatively estimating lipid accumulation in oleaginous yeasts with potential for use in biodiesel production.</a> Bioresource Technology. 203, 309-317 (2016).</li><li>Lv, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+gene+products+that+control+lipid+droplet+size+in+yeast+using+a+high-throughput+quantitative+image+analysis.">Identification of gene products that control lipid droplet size in yeast using a high-throughput quantitative image analysis.</a> Biochimica et biophysica acta. Molecular and Cell Biology Of Lipids. 1864 (2), 113-127 (2018).</li><li>Zach, R., Tvar&#367;&#382;kov&#225;, J., Sch&#228;tz, M., &#356;upa, O., Grallert, B., P&#345;evorovsk&#253;, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mitotic+defects+in+fission+yeast+lipid+metabolism+&#8220;cut&#8221;+mutants+are+suppressed+by+ammonium+chloride.">Mitotic defects in fission yeast lipid metabolism &#8220;cut&#8221; mutants are suppressed by ammonium chloride.</a> FEMS Yeast Research. 18 (6), 1-7 (2018).</li><li>Petersen, J., Russell, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+and+the+Environment+of+Schizosaccharomyces+pombe.">Growth and the Environment of Schizosaccharomyces pombe.</a> Cold Spring Harbor Protocols. 2016 (3), (2016).</li><li>Aoki, K., Furuya, K., Niki, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Schizosaccharomyces+japonicus:+A+Distinct+Dimorphic+Yeast+among+the+Fission+Yeasts.">Schizosaccharomyces japonicus: A Distinct Dimorphic Yeast among the Fission Yeasts.</a> Cold Spring Harbor Protocols. (12), (2017).</li><li>Curran, B. P. G., Bugeja, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+investigations+in+Saccharomyces+cerevisiae.">Basic investigations in Saccharomyces cerevisiae.</a> Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). , 1-14 (2014).</li><li>Sabatinos, S. A., Forsburg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+genetics+of+Schizosaccharomyces+pombe.">Molecular genetics of Schizosaccharomyces pombe.</a> Methods in Enzymology. 470 (10), 759-795 (2010).</li><li>Schindelin, J., Rueden, C. T., Hiner, M. C., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ImageJ+ecosystem:+An+open+platform+for+biomedical+image+analysis.">The ImageJ ecosystem: An open platform for biomedical image analysis.</a> Molecular Reproduction and Development. 82 (7-8), 518-529 (2015).</li><li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fiji:+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis.">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nature Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li><li>Nakamura, T., Pluskal, T., Nakaseko, Y., Yanagida, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impaired+coenzyme+A+synthesis+in+fission+yeast+causes+defective+mitosis,+quiescence-exit+failure,+histone+hypoacetylation+and+fragile+DNA.">Impaired coenzyme A synthesis in fission yeast causes defective mitosis, quiescence-exit failure, histone hypoacetylation and fragile DNA.</a> Open Biology. 2 (9), 120117 (2012).</li><li>Furuya, K., Niki, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+heterothallic+haploid+and+auxotrophic+mutants+of+Schizosaccharomyces+japonicus.">Isolation of heterothallic haploid and auxotrophic mutants of Schizosaccharomyces japonicus.</a> Yeast. 26 (4), 221-233 (2009).</li><li>Ivnitski-Steele, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+Nile+red+as+a+fluorescent+substrate+of+the+Candida+albicans+ATP-binding+cassette+transporters+Cdr1p+and+Cdr2p+and+the+major+facilitator+superfamily+transporter+Mdr1p.">Identification of Nile red as a fluorescent substrate of the Candida albicans ATP-binding cassette transporters Cdr1p and Cdr2p and the major facilitator superfamily transporter Mdr1p.</a> Analytical Biochemistry. 394 (1), 87-91 (2009).</li><li>Wolinski, H., Kohlwein, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microscopic+analysis+of+lipid+droplet+metabolism+and+dynamics+in+yeast.">Microscopic analysis of lipid droplet metabolism and dynamics in yeast.</a> Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 457 (1), 151-163 (2008).</li><li>Graml, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genomic+Multiprocess+survey+of+machineries+that+control+and+link+cell+shape,+microtubule+organization,+and+cell-cycle+progression.">A genomic Multiprocess survey of machineries that control and link cell shape, microtubule organization, and cell-cycle progression.</a> Developmental Cell. 31 (2), 227-239 (2014).</li></ol>

लिपिड चयापचय और इसके विनियमन की समझ दोनों बुनियादी जीव विज्ञान के लिए महत्वपूर्ण है, और नैदानिक और biotechnological अनुप्रयोगों. एलडी सामग्री सेल के लिपिड चयापचय राज्य का एक सुविधाजनक रीडआउट का प्रतिनिधित्व कर?...

लिपिड सेलुलर ऊर्जा और कार्बन चयापचय, झिल्ली घटकों के संश्लेषण, और bioactive पदार्थों के उत्पादन में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं. लिपिड चयापचय पर्यावरण की स्थिति, पोषक तत्वों की उपलब्धता और सेल-साइकिल चरण1के अनुसार ठीक-ठाक होता है। मनुष्यों में लिपिड चयापचय को मोटापे, टाइप II मधुमेह और कैंसर2जैसे रोगों से जोड़ा गया है। उद्योग में, खमीर जैसे सूक्ष्मजीवों द्वारा उत्पादित लिपिड अक्षय डीजल ईंधन3के एक आशाजनक स्रोत का प्रतिनिधित्व करते हैं। कोशिकाएं तथाकथित लिपिड बूंदों (एलडी) में तटस्थ लिपिड संग्रहीत करती हैं। ये विकासवादी संरक्षित निकाय ट्राइसाइल्ग्लिसरोल, स्टेरिल एस्टर, एक बाहरी फॉस्फोलिपिड मोनोलेयर और संबद्ध प्रोटीन1से बने होते हैं। एल डी एंडोप्लाज्मिक रेटिकुलम में उत्पन्न होता है, सेल-चक्र या विकास-चरण गतिशीलता लागू करता है, और सेलुलर लिपिड होमियोस्टेसिस1के लिए महत्वपूर्ण हैं। LD संख्या और आकृति विज्ञान एक सुविधाजनक प्रॉक्सी के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता है जब विभिन्न विकास की स्थिति के तहत लिपिड चयापचय assaying या जब म्यूटेंट के एक पैनल स्क्रीनिंग. उनके गतिशील प्रकृति को देखते हुए, व्यक्तिगत LDs के गुणों का विश्लेषण करने में सक्षम तकनीक लिपिड चयापचय के अध्ययन में विशेष रुचि के हैं.
लिपिड से संबंधित चयापचय रास्ते और उनके विनियमन का वर्णन करने के लिए विभिन्न खमीर प्रजातियों का उपयोग किया गया है, या दिलचस्प यौगिकों या ईंधन1का उत्पादन करने के लिए जैव प्रौद्योगिकी में इस्तेमाल किया। इसके अलावा, मॉडल खमीर के लिए, इस तरह के नवोदित खमीर Saccharomyces cerevisiae या दूर से संबंधित विखंडन खमीर Schizosaccharomyces pombeके रूप में, जीनोम व्यापक विलोपन तनाव पुस्तकालयों उपलब्ध है कि उच्च-थ्रूपुट के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है स्क्रीन4,5. हाल ही में एलडी संरचना और गतिशीलता एस pombe6,7,8,9में वर्णित किया गया है , और लिपिड चयापचय से संबंधित उत्परिवर्ती उभरते मॉडल खमीर में अलग किया गया है शिजोसाकैरोमायस जैपोनिकस10|
कई तकनीकों एलडी सामग्री और गतिशीलता का अध्ययन करने के लिए उपलब्ध हैं. अधिकांश ऐसे नील लाल या BODIPY 493/503 के रूप में lipophilic रंगों के साथ एलडी के धुंधला के कुछ प्रकार के रोजगार. बाद में अधिक संकीर्ण उत्तेजना और उत्सर्जन स्पेक्ट्रम से पता चलता है, और फॉस्फोलिपिड (मेम्नेल्स)11के विपरीत तटस्थ लिपिड (एलडी) के प्रति विशिष्टता में वृद्धि हुई है। फ्लोरिमिट्रिक और फ्लो-साइटोमेट्री विधियों का उपयोग विभिन्न कवक प्रजातियों में सफलतापूर्वक किया गया है ताकि जीनों और विकास की स्थितियों को उजागर किया जा सके जो भंडारण लिपिड सामग्री12,13,14,15को प्रभावित करती हैं . जबकि इन तरीकों उच्च throughput अनुप्रयोगों के लिए उपयुक्त हैं, वे संख्या और कोशिकाओं में अलग-अलग LDs की आकृति विज्ञान उपाय नहीं कर सकते, जो विकास की स्थिति और जीनोटाइप के बीच नाटकीय रूप से अलग कर सकते हैं. सुसंगत रमन प्रकीर्णन या डिजिटल होलोग्राफिक माइक्रोस्कोपी लेबल-मुक्त तरीके हैं जो एलडी स्तर के डेटा को प्राप्त करते हैं, लेकिन इसके लिए विशेष महंगे उपकरण16,17,18की आवश्यकता होती है। दूसरी ओर, फ्लोरोसेंस माइक्रोस्कोपी, एलडी सामग्री पर विस्तृत डेटा प्रदान कर सकता है, जबकि आमतौर पर उपलब्ध उपकरणों और छवि विश्लेषण सॉफ्टवेयर उपकरणों का उपयोग कर सकते हैं। कई विश्लेषण वर्कफ़्लोज़ मौजूद हैं जो छवि डेटा से सेल/एलडी डिटेक्शन में परिष्कार और स्वचालन के विभिन्न डिग्री की सुविधा रखते हैं, और विभिन्न सेल प्रकारों के लिए ऑप्टिमाइज़ किए जाते हैं, जैसे बड़े LDs19,20 के साथ मेटाज़ोअन कोशिकाओं , 21, या नवोदित खमीर17,22,23. इन दृष्टिकोणों में से कुछ केवल 2 डी में काम (उदा., अधिकतम प्रक्षेपण छवियों पर), जो मज़बूती से सेलुलर एलडी सामग्री का वर्णन करने में विफल हो सकता है. हमारे ज्ञान के लिए, कोई उपकरण विखंडन खमीर सूक्ष्म डेटा से एलडी सामग्री और आकृति विज्ञान के निर्धारण के लिए मौजूद हैं. स्वचालित और मजबूत एलडी स्तर के विश्लेषण के विकास में वृद्धि हुई संवेदनशीलता और बढ़ाया सांख्यिकीय शक्ति लाना होगा, और तटस्थ लिपिड सामग्री पर अमीर जानकारी प्रदान करते हैं, आदर्श रूप से कई खमीर प्रजातियों में.
हम खमीर कोशिकाओं के 3 डी फ्लोरोसेंट माइक्रोस्कोपी छवियों से एलडी सामग्री विश्लेषण के लिए एक कार्यप्रवाह विकसित किया है. लाइव सेल को क्रमशः एलडी कल्पना करने और सेल सीमाओं का निर्धारण करने के लिए BODIPY 493/503 और Cascade Blue dextran के साथ दाग रहे हैं। कोशिकाओं कांच स्लाइड पर स्थिर कर रहे हैं और एक मानक epifluorscence माइक्रोस्कोप का उपयोग कर z-स्टैक इमेजिंग के अधीन. छवियाँ तो MATLAB, सांख्यिकीय विश्लेषण के लिए एक व्यापक रूप से इस्तेमाल किया (वाणिज्यिक) पैकेज में लागू एक स्वचालित पाइप लाइन द्वारा संसाधित कर रहे हैं. पाइप लाइन छवि पूर्व प्रसंस्करण, विभाजन (कोशिकाओं बनाम पृष्ठभूमि, मृत कोशिकाओं को हटाने), और एलडी पहचान करता है। रिच एलडी-स्तर डेटा, जैसे LD आकार और फ्लोरोसेंट तीव्रता, फिर प्रमुख स्प्रेडशीट सॉफ़्टवेयर उपकरणों के साथ संगत एक सारणीबद्ध स्वरूप में प्रदान किए जाते हैं. कार्यप्रवाह सफलतापूर्वक एस pombe24में लिपिड चयापचय पर नाइट्रोजन स्रोत की उपलब्धता के प्रभाव को निर्धारित करने के लिए इस्तेमाल किया गया था. अब हम एस pombeमें कार्यप्रवाह की कार्यक्षमता का प्रदर्शन, एस Japonicus और एस cerevisiae,विकास की स्थिति या म्यूटेंट कि सेलुलर एलडी सामग्री को प्रभावित का उपयोग कर.

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<tbody>
<tr>
<td>12-bit monochromatic CCD camera Hamamatsu ORCA C4742-80-12AG</td>
<td>Hamamatsu</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>or equivalent</td>
</tr>
<tr>
<td>Adenine hemisulfate salt, &ge;99%</td>
<td>Merck</td>
<td>A9126-25G</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>BODIPY 493/503 (4,4-Difluoro-1,3,5,7,8-Pentamethyl-4-Bora-3a,4a-Diaza-s-Indacene)</td>
<td>Thermo Fisher Scientific</td>
<td>D3922</td>
<td>for neutral lipid staining</td>
</tr>
<tr>
<td>D-(+) - Glucose, &ge;99.5%</td>
<td>Merck</td>
<td>G7021</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>Dextran, Cascade Blue, 10,000 MW, Anionic, Lysine Fixable</td>
<td>Thermo Fisher Scientific</td>
<td>D1976</td>
<td>for negative staining of cells</td>
</tr>
<tr>
<td>Dimethyl sulfoxide, &ge;99.5%</td>
<td>Merck</td>
<td>D4540</td>
<td>or higher purity, keep anhydrous on molecular sieves</td>
</tr>
<tr>
<td>EMM broth without dextrose</td>
<td>Formedium</td>
<td>PMD0405</td>
<td>medium may also be prepared from individual components</td>
</tr>
<tr>
<td>Fiji/ImageJ software</td>
<td>NIH</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>or equivalent; for visual inspection of microscopic data</td>
</tr>
<tr>
<td>High precision cover glasses, 22x22 mm, No 1.5</td>
<td>VWR</td>
<td>630-2186</td>
<td>use any # 1.5 cover glass</td>
</tr>
<tr>
<td>Image Processing Toolbox for MATLAB, version 10.0</td>
<td>Mathworks</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>Lectin from Glycine max (soybean)</td>
<td>Merck</td>
<td>L1395</td>
<td>for cell immobilization on slides</td>
</tr>
<tr>
<td>MATLAB software, version 9.2</td>
<td>Mathworks</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>Microscope slide, 26 x 76 mm, 1 mm thickness</td>
<td>Knittel Glass</td>
<td>L762601.2</td>
<td>use any microscope slide fitting your microscope stage, clean thoroughly before loading cells</td>
</tr>
<tr>
<td>Olympus CellR microscope with automatic z-axis objective movement</td>
<td>Olympus</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>or equivalent</td>
</tr>
<tr>
<td>pentaband filter set </td>
<td>Semrock</td>
<td>F66-985</td>
<td>brightfield, green and blue channels are sufficient</td>
</tr>
<tr>
<td>Signal Processing Toolbox for MATLAB, version 7.4</td>
<td>Mathworks</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>SP supplements</td>
<td>Formedium</td>
<td>PSU0101</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>standard office computer capable of running MATLAB</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>Statistics and Machine Learning Toolbox for MATLAB, version 11.1</td>
<td>Mathworks</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>Universal peptone M66 for microbiology</td>
<td>Merck</td>
<td>1070431000</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>UPLSAPO 60XO objective</td>
<td>Olympus</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>or equivalent</td>
</tr>
<tr>
<td>Yeast extract</td>
<td>Formedium</td>
<td>YEA03</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>Yeast nitrogen base without amino acids</td>
<td>Formedium</td>
<td>CYN0405</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
</tbody>
</table>

analysis of lipid droplet content in fission and budding yeasts using automated image processing

लिपिड चयापचय और इसके विनियमन दोनों बुनियादी और लागू जीवन विज्ञान और जैव प्रौद्योगिकी के लिए ब्याज की हैं. इस संबंध में, विभिन्न खमीर प्रजातियों लिपिड चयापचय अनुसंधान में या औद्योगिक लिपिड उत्पादन के लिए मॉडल के रूप में उपयोग किया जाता है. लिपिड बूंदों अत्यधिक गतिशील भंडारण निकायों रहे हैं और उनके सेलुलर सामग्री लिपिड चयापचय राज्य का एक सुविधाजनक readout का प्रतिनिधित्व करता है. फ्लोरेसेंस माइक्रोस्कोपी सेलुलर लिपिड बूंदों के मात्रात्मक विश्लेषण के लिए पसंद की एक विधि है, क्योंकि यह व्यापक रूप से उपलब्ध उपकरणों पर निर्भर करता है और व्यक्तिगत लिपिड बूंदों के विश्लेषण की अनुमति देता है। इसके अलावा, सूक्ष्म छवि विश्लेषण स्वचालित किया जा सकता है, बहुत समग्र विश्लेषण throughput बढ़ रही है. यहाँ, हम स्वचालित का पता लगाने और तीन अलग मॉडल खमीर प्रजातियों में व्यक्तिगत लिपिड बूंदों के मात्रात्मक विवरण के लिए एक प्रयोगात्मक और विश्लेषणात्मक कार्यप्रवाह का वर्णन: विखंडन खमीर Schizosaccharomyces pombe और शिजोसाकेरोमायस जैपोनिकस, और नवोदित खमीर सैकेरोमाइस सेरेविएस. लिपिड बूंदों BODIPY 493/503 के साथ कल्पना कर रहे हैं, और सेल-अपारगम्य फ्लोरोसेंट डेक्सट्रन सेल सीमाओं की पहचान करने में मदद करने के लिए संस्कृति मीडिया में जोड़ा जाता है। कोशिकाओं को हरे और नीले चैनलों में 3 डी epifluorscence माइक्रोस्कोपी के अधीन हैं और जिसके परिणामस्वरूप z-स्टैक छवियों एक MATLAB पाइप लाइन द्वारा स्वचालित रूप से संसाधित कर रहे हैं. प्रक्रिया प्रमुख स्प्रेडशीट या सांख्यिकीय संकुल में बहाव विश्लेषण के लिए उपयुक्त एक सारणीबद्ध प्रारूप में सेलुलर लिपिड छोटी बूंद सामग्री और व्यक्तिगत लिपिड छोटी बूंद विशेषताओं पर अमीर मात्रात्मक डेटा आउटपुट. हम विभिन्न स्थितियों है कि सेलुलर लिपिड चयापचय को प्रभावित के तहत लिपिड छोटी बूंद सामग्री का उदाहरण विश्लेषण प्रदान करते हैं.

पूरी प्रक्रिया विखंडन खमीर के लिए चित्र 1 में संक्षेप है (नवोदित खमीर कार्यप्रवाह अनुरूप है), और नीचे हम कैसे कार्यप्रवाह ज्ञात विभिन्न स्थितियों के तहत तीन अलग खमीर प्रजातियों में एलडी साम?...

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Analysis of Lipid Droplet Content in Fission and Budding Yeasts using Automated Image Processing

यहाँ, हम स्वचालित पता लगाने और विखंडन और नवोदित खमीर कोशिकाओं के फ्लोरोसेंट माइक्रोस्कोपी छवियों में लिपिड बूंदों के मात्रात्मक विवरण के एक MATLAB कार्यान्वयन प्रस्तुत करते हैं।

स्वचालित छवि प्रसंस्करण का उपयोग कर विखंडन और Budding खमीर में लिपिड ड्रॉपलेट सामग्री का विश्लेषण

Lipid metabolism and its regulation are of interest to both basic and applied life sciences and biotechnology. In this regard, various yeast species are ...

यह प्रोटोकॉल विभिन्न प्रकार की खमीर प्रजातियों में सेलुलर भंडारण लिपिड सामग्री के मात्रात्मक छोटे से बड़े पैमाने पर विश्लेषण की सुविधा प्रदान करता है और निष्पक्ष और मानकीकृत तरीके से ऐसा करता है। तकनीक सूक्ष्म छवियों के तेजी से प्रसंस्करण के लिए अनुमति देता है और विभिन्न म्यूटेंट और विभिन्न परिस्थितियों में उगाए गए विभिन्न म्यूटेंट और कोशिकाओं जैसे नमूनों की तुलना करने के लिए विस्तृत मात्रात्मक आउटपुट प्रदान करता है। शुरू करने के लिए, धुंधला समाधान, संस्कृति मीडिया, और कोशिकाओं को तैयार करने के लिए साथ पाठ प्रोटोकॉल में साथ पालन करें।सुनिश्चित करें कि कोशिकाओं को स्वस्थ और वांछित विकास चरण में प्रयोग चलाने से पहले कर रहे हैं । इसके बाद, प्रत्येक नमूने को इमेज करने के लिए एक माइक्रोस्कोप कवरलिप तैयार करें। क्षैतिज रूप से तैनात पिपेट टिप के लंबे हिस्से का उपयोग करके स्लाइड कोटिंग समाधान का एक माइक्रोलीटर एक साफ कवरलिप पर फैलाएं।कोटिंग समाधान को पूरी तरह से सूखने दें, और फिर कवर्लिप्स को धूल मुक्त वातावरण में स्टोर करें। इसके बाद, सेल संस्कृतियों के ऑप्टिकल घनत्व को मापने, और संस्कृतियों के लिए एक ही विकास चरण में विश्लेषण किया जा करने के लिए, तुलनीय प्रयोगात्मक स्थितियों को सुनिश्चित करने के लिए सभी परीक्षण संस्कृतियों के बीच समान मूल्यों तक पहुंचने की कोशिश करें। फिर, सेल संस्कृति के एक मिलीलीटर को 1.5 मिलीलीटर माइक्रोसेंट्रफ्यूज ट्यूब में पिपेट करें।केवल एस.सेरेविसिया कोशिकाओं के लिए, ट्यूब में स्लाइड कोटिंग समाधान के पांच माइक्रोलीटर भी जोड़ें। फिर, संक्षेप में माइक्रोसेंट्रफ्यूज ट्यूबों के सभी भंवर, और पांच मिनट के लिए मिलाते हुए के साथ 30 डिग्री सेल्सियस पर उन्हें इनक्यूबेट। इसके बाद, प्रत्येक संस्कृति के लिए लिपिड धुंधला समाधान का एक माइक्रोलीटर जोड़ें, और उन्हें संक्षेप में भंवर।फिर, सेल सीमा दृश्य समाधान के 10 माइक्रोलीटर जोड़ें, और उन्हें दूसरी बार संक्षेप में भंवर दें। कमरे के तापमान पर तीन मिनट के लिए 1, 000 बार गुरुत्वाकर्षण पर उन्हें अपकेंद्री द्वारा कोशिकाओं को ले लीजिए। कताई समाप्त होने पर, सुपरनेट से 950 माइक्रोलीटर निकालें और एक पिपेट का उपयोग करके शेष सुपरनैट में कोशिकाओं को फिर से खर्च करें।इसके बाद, एक लेक्टिन-लेपित कवरस्लिप पर घने सेल निलंबन के दो माइक्रोलीटर पिपेट करें। फिर, कवरस्लिप को सेल मोनोलेयर बनाने के लिए एक स्वच्छ माइक्रोस्कोप स्लाइड पर रखें, और इमेजिंग में कलाकृतियों को कम करने के लिए जितनी जल्दी हो सके माइक्रोस्कोपी के लिए आगे बढ़ें। माइक्रोस्कोप की स्थापना के लिए मजबूत प्रकाश स्रोतों के लिए लंबे एक्सपोजर की आवश्यकता होती है जो नमूना और तिरछा परिणामों को नुकसान पहुंचा सकता है।इसलिए, एक समर्पित नमूना स्लाइड का उपयोग करके इमेजिंग शर्तों को सेट करें जो लिपिड ड्रॉपलेट क्वांटिफिकेशन के लिए आगे उपयोग नहीं किया जाएगा। समर्पित नमूने को एक चरण विपरीत या अंतर हस्तक्षेप विपरीत माइक्रोस्कोप सेटअप के चरण पर रखें, और कोशिकाओं पर ध्यान केंद्रित करें। माइक्रोस्कोप के सॉफ्टवेयर में, जेड-स्टैक सेटिंग्स सेट करें ताकि वे पूरे सेल वॉल्यूम का विस्तार करें।कुल ऊर्ध्वाधर दूरी सेल आकार पर निर्भर करती है, और ऑप्टिकल स्लाइस की संख्या उद्देश्य के संख्यात्मक एपर्चर पर निर्भर करती है। इसके बाद, केंद्रीय फोकल प्लेन के सापेक्ष स्थानांतरित करने के लिए ध्यान केंद्रित करें। लिपिड बूंदों की छवि के लिए, प्रयोगात्मक रूप से हरे चैनल में प्रकाश तीव्रता और जोखिम समय निर्धारित करें।इमेजिंग करते समय सतर्क रहें, क्योंकि बॉडीपी एक बहुत ही उज्ज्वल फ्लोरोक्रोम है जिसे तेजी से फोटोब्लैच किया जा सकता है। इसके अतिरिक्त, ओवरसैचरेशन से बचने के लिए एक्सपोजर समय को कम करें। मोबाइल लिपिड बूंदों को धुंधला करने से रोकने के लिए नीले चैनल पर स्विच करने से पहले पूर्ण हरे चैनल जेड-स्टैक पर कब्जा करें।छवि सेल सीमाओं के लिए, प्रयोगात्मक नीले चैनल में प्रकाश तीव्रता और जोखिम समय निर्धारित करते हैं । यदि संभव हो, तो मानकीकृत परिस्थितियों में कई नमूनों की इमेजिंग की सुविधा के लिए माइक्रोस्कोप नियंत्रण सॉफ्टवेयर में एक स्वचालित प्रयोगात्मक कार्यप्रवाह स्थापित करें और उपयोग करें। महत्वपूर्ण बात, नमूनों के बीच उचित तुलना के लिए अनुमति देने के लिए सभी छवियों को एक ही सेटिंग्स का उपयोग करके प्राप्त किया जाना चाहिए।एक बार इमेजिंग शर्तों को अनुकूलित किया गया है, कोशिकाओं पर ध्यान केंद्रित करने और दोनों हरे और नीले चैनलों में उन्हें छवि। मजबूत, प्रतिनिधि डेटा प्राप्त करने के लिए प्रति नमूना देखने के कई फ़ील्ड इमेज करें. 16-बिट, मल्टीलेयर झगड़ा फ़ाइलों के रूप में नीले और हरे रंग के चैनल जेड-स्टैक छवियों को सहेजें।संबंधित फ़ाइल नामों में हरे या नीले शब्दों को शामिल करना सुनिश्चित करें। इमेजजे में सूक्ष्म छवियों को खोलें, और अधिग्रहण के दौरान स्थानांतरित होने वाली काफी संख्या में कोशिकाओं वाले किसी भी छवि के ढेर को हटा दें। ये अलग-अलग जेड वर्गों में अलग-अलग पदों पर दिखाई देते हैं।इसके बाद, नीले चैनल में अत्यधिक फ्लोरोसेंट गैर-सेल कणों वाले किसी भी छवि के ढेर को हटा दें। यह अक्सर इमेजिंग सतह या खेती के माध्यम में अशुद्धियों पर गंदगी के कारण होता है और उनके आसपास की कोशिकाओं का पता लगाने में हस्तक्षेप कर सकता है। इसके अलावा, मृत कोशिकाओं के एक बड़े हिस्से वाले किसी भी छवि के ढेर को हटा दें।ये छवियां जीवित कोशिकाओं की तुलना में बढ़ी हुई नीली फ्लोरेसेंस के साथ कोशिकाओं को प्रदर्शित करेंगी। जबकि नमूने में कुछ मृत कोशिकाओं की उपस्थिति आम तौर पर एक समस्या नहीं है और इन कोशिकाओं को स्वचालित रूप से विश्लेषण के दौरान खारिज कर रहे हैं, कुछ मृत या मरने वाली कोशिकाओं को कभी-कभी विभाजन एल्गोरिदम द्वारा जीवित कोशिकाओं के रूप में पहचाना जा सकता है और इस प्रकार रिपोर्ट किए गए परिणामों को तिरछा किया जा सकता है। MATLAB में विश्लेषण शुरू करने के लिए, पहले एक मुख्य फ़ोल्डर बनाएं और इस स्थान पर सभी मैटलैब स्क्रिप्ट कॉपी करें।इसके बाद, विभिन्न खमीर प्रजातियों के नाम के साथ सबफोल्डर बनाएं, और इन स्थानों पर संबंधित झगड़ा छवियों को कॉपी करें। अब, MATLAB शुरू, स्क्रिप्ट मुख्य खोलें। एम, और स्क्रिप्ट चलाते हैं।मेनू में, खमीर प्रजातियों का विश्लेषण करने और छवि प्रसंस्करण शुरू करने के लिए चुनें। स्प्रेडशीट संपादक या सांख्यिकीय पैकेज का उपयोग करके आवश्यक आउटपुट फ़ाइलों का निरीक्षण और प्रक्रिया करें। वर्कफ्लो सेमीकॉलन-अलग सीएसवी फाइल्स और सेगमेंट्ड टि्वड फाइल्स का पता लगाया गया सेल ऑब्जेक्ट्स और लिपिड बूंदों के साथ पैदा करता है ।यहां दिखाया गया है जंगली प्रकार एस pombe कोशिकाओं है कि या तो जटिल हां माध्यम या परिभाषित EMM माध्यम में उगाया गया । हां माध्यम में उगाई जाने वाली कोशिकाओं की तुलना में, ईएमएम माध्यम में कम लिपिड बूंदों और सेल वॉल्यूम की प्रति इकाई उच्च धुंधला तीव्रता का पता लगाया गया था। इसके अलावा, ईएमएम माध्यम में गठित व्यक्तिगत लिपिड बूंदें बड़ी थीं और बढ़ी हुई कुल धुंधला तीव्रता प्रदर्शित की गई थीं।यह ईएमएम में उगाई जाने वाली कोशिकाओं में बढ़ी हुई संग्रहीत लिपिड सामग्री के पिछले निष्कर्षों के साथ समझौते में है। इसके बाद, ये छवियां यस माध्यम में उगाई जाने वाली घातीय और प्रारंभिक स्थिर संस्कृतियों से एस.जैपोनिकस कोशिकाओं को दिखाती हैं। स्थिर चरण में प्रवेश करने वाली कोशिकाओं ने कोशिका की मात्रा प्रति इकाई लिपिड बूंदों की स्पष्ट रूप से कमी की संख्या को दिखाया जबकि वॉल्यूम-सामान्यीकृत लिपिड ड्रॉपलेट फ्लोरेसेंस तीव्रता दो स्थितियों के बीच थोड़ी कम हो गई ।प्रारंभिक स्थिर चरण लिपिड बूंदें आम तौर पर आकार में मामूली रूप से बड़ी थीं और तेजी से बढ़ती कोशिकाओं से बूंदों की तुलना में मामूली रूप से अधिक कुल फ्लोरेसेंस तीव्रता थी। S.cerevisiae कोशिकाओं में स्थिर बनाम स्थिर चरण के लिए उगाया जाता है, स्थिर कोशिकाओं में तेजी से बढ़ती कोशिकाओं की तुलना में मात्रा की प्रति इकाई कुछ कम लिपिड बूंदें निहित होती हैं। हालांकि, उनकी मात्रा-सामान्यीकृत बूंदों की फ्लोरेसेंस तीव्रता लगभग दोगुनी हो गई।समग्र लिपिड बूंद सामग्री में यह तेज वृद्धि स्थिर चरण में व्यक्तिगत लिपिड बूंदों की मात्रा और बहुत अधिक फ्लोरेसेंस तीव्रता के कारण हुई। इस प्रक्रिया के बाद, आउटपुट डेटा को सांख्यिकीय पैकेज में एकत्रित किया जा सकता है जैसे कि सारांशित परिणामों के भूखंड बनाने और लिपिड ड्रॉपलेट सामग्री में किसी भी देखे गए अंतर पर सांख्यिकीय परीक्षण चलाएं। सिद्धांत रूप में, छवि प्रसंस्करण पाइपलाइन का उपयोग अन्य सूक्ष्मजीवों में लिपिड बूंद सामग्री के विश्लेषण के लिए या अन्य डॉट-जैसे उपकोशिकीय संरचनाओं का विश्लेषण करने के लिए किया जा सकता है।

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Using Luciferase to Image Bacterial Infections in Mice

चूहे में छवि बैक्टीरियल संक्रमणों के लिए luciferase का उपयोग

Imaging is a valuable technique that can be used to monitor biological processes.  In particular, the presence of cancer cells, stem cells, specific ...

Determination of Molecular Structures of HIV Envelope Glycoproteins using Cryo-Electron Tomography and Automated Sub-tomogram Averaging

क्रायो - इलेक्ट्रॉन टोमोग्राफी और स्वचालित उप - tomogram औसत का उपयोग एचआईवी लिफाफा glycoproteins की आणविक संरचना के निर्धारण

Since its discovery nearly 30 years ago, more than 60 million people have been infected with the human immunodeficiency virus (HIV) (www.usaid.gov). The ...

Imaging of HIV-1 Envelope-induced Virological Synapse and Signaling on Synthetic Lipid Bilayers

के इमेजिंग एचआईवी -1 लिफाफा प्रेरित virological Synapse और सिंथेटिक लिपिड bilayers पर संकेतन

Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) infection occurs most efficiently via cell to cell transmission2,10,11. This cell to cell transfer between ...

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

एक स्वचालित उच्च सामग्री zebrafish में सूजन परख को सुगम ड्रग डिस्कवरी

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

Isolation, Processing and Analysis of Murine Gingival Cells

Murine मसूड़ा कोशिकाओं के अलगाव, प्रोसेसिंग और विश्लेषण

We have developed a technique to precisely isolate and process murine gingival tissue for flow cytometry and molecular studies. The gingiva is a unique ...

A Semi-automated Approach to Preparing Antibody Cocktails for Immunophenotypic Analysis of Human Peripheral Blood

मानव परिधीय रक्त की Immunophenotypic विश्लेषण के लिए एंटीबॉडी कॉकटेल तैयार करने के लिए एक अर्ध-स्वचालित दृष्टिकोण

Immunophenotyping of peripheral blood by flow cytometry determines changes in the frequency and activation status of peripheral leukocytes during disease ...

Visualization of Biofilm Formation in Candida albicans Using an Automated Microfluidic Device

Visualization of Biofilm Formation in Candida albicans Using an Automated Microfluidic Device

Candida albicans में फिल्म निर्माण के दृश्य एक स्वचालित Microfluidic डिवाइस का उपयोग

Candida albicans is the most common fungal pathogen of humans, causing about 15% of hospital-acquired sepsis cases. A major virulence attribute of C. ...

Automated Image-Based Quantification of Neutrophil Extracellular Traps Using NETQUANT

नेटक्वांट का उपयोग करके न्यूट्रोफिल एक्स्ट्रासेलुलर ट्रैप का स्वचालित छवि-आधारित क्वांटिफिकेशन

Neutrophil extracellular traps (NETs) are web-like antimicrobial structures consisting of DNA and granule derived antimicrobial proteins. ...

Automated Behavioral Analysis of Large C. elegans Populations Using a Wide Field-of-view Tracking Platform

Automated Behavioral Analysis of Large C. elegans Populations Using a Wide Field-of-view Tracking Platform

एक व्यापक क्षेत्र के दृश्य ट्रैकिंग मंच का उपयोग कर बड़ी सी एलिगेंस आबादी का स्वचालित व्यवहार विश्लेषण

Caenorhabditis elegans is a well-established animal model in biomedical research, widely employed in functional genomics and ageing studies. To assess the ...

Image Processing Protocol for the Analysis of the Diffusion and Cluster Size of Membrane Receptors by Fluorescence Microscopy

प्रतिदीप्ति माइक्रोस्कोपी द्वारा झिल्ली रिसेप्टर्स के प्रसार और क्लस्टर आकार के विश्लेषण के लिए छवि प्रसंस्करण प्रोटोकॉल

Particle tracking on a video sequence and the posterior analysis of their trajectories is nowadays a common operation in many biological studies. Using ...