Name: fluorescently labeled bacteria as a tracer to reveal novel pathways of organic carbon flow in aquatic ecosystems
Uploaded: 2019-09-13T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems at JoVE.com

इस अध्ययन के अनुसंधान अनुदान के तहत चेक विज्ञान फाउंडेशन द्वारा समर्थित किया गया था 13-00243S और 19-16554S के लिए सम्मानित किया K. और डी एस, क्रमशः. इस अनुच्छेद को भी परियोजना द्वारा समर्थित किया गया था "बायोमैनीपुलेशन बांध जलाशयों की जल गुणवत्ता में सुधार के लिए एक उपकरण के रूप में" (कोई C$.02.1.01/0.0.0/16 $025/0007417), परिचालन कार्यक्रम अनुसंधान, विकास में यूरोपीय क्षेत्रीय विकास कोष द्वारा वित्त पोषित और शिक्षा.

1. नमूना संग्रह
<ol><li>
जलाशय के पानी के नमूने का संग्रह:पहला मामला अध्ययन (एक्सप I; कम प्राकृतिक में सीटू शिकारी और शिकार बहुतायत प्रणाली)<ol>
<li>एक उपयुक्त गहराई पर वांछित स्थान से पानी के नमूने ले लीजिए. ...

<ol>
	<li>Azam, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ecological+role+of+water-column+microbes+in+the+sea.">The ecological role of water-column microbes in the sea.</a> Marine Ecology Progress Series. 10, 257-263 (1983).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+finely+tuned+symphony+of+factors+modulates+the+microbial+food+web+of+a+freshwater+reservoir+in+spring.">A finely tuned symphony of factors modulates the microbial food web of a freshwater reservoir in spring.</a> Limnology &amp; Oceanography. 59, 1477-1492 (2014).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+prey+food+characteristics+modulate+community+growth+response+of+freshwater+bacterivorous+flagellates.">Bacterial prey food characteristics modulate community growth response of freshwater bacterivorous flagellates.</a> Limnology &amp; Oceanography. 63, 484-502 (2018).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Changes+in+bacterial+community+composition,+dynamics+and+viral+mortality+rates+associated+with+enhanced+flagellate+grazing+in+a+meso-eutrophic+reservoir.">Changes in bacterial community composition, dynamics and viral mortality rates associated with enhanced flagellate grazing in a meso-eutrophic reservoir.</a> Applied &amp; Environmental Microbiology. 67, 2723-2733 (2001).</li><li>J&#252;rgens, K., Matz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predation+as+a+shaping+force+for+the+phenotypic+and+genotypic+composition+of+planktonic+bacteria.">Predation as a shaping force for the phenotypic and genotypic composition of planktonic bacteria.</a> Antonie Van Leeuwenhoek. 81, 413-434 (2002).</li><li>Pernthaler, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predation+on+prokaryotes+in+the+water+column+and+its+ecological+implications.">Predation on prokaryotes in the water column and its ecological implications.</a> Nature Reviews Microbiology. 3, 537-546 (2005).</li><li>Berninger, U. B., Finlay, J., Kuuppo-Leinikki, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protozoan+control+of+bacterial+abundances+in+freshwaters.">Protozoan control of bacterial abundances in freshwaters.</a> Limnology and Oceanography. 36, 139-147 (1991).</li><li>Sherr, E. B., Sherr, B. F., Kemp, P. F., Sherr, B. F., Sherr, E. B., Cole, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protistan+grazing+rates+via+uptake+of+fluorescently+labeled+prey.">Protistan grazing rates via uptake of fluorescently labeled prey.</a> Handbook of Methods in Aquatic Microbial Ecology. , 695-701 (1993).</li><li>Vazquez-Dominguez, E., Peters, F., Gasol, J. M., Vaqu&#233;, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+the+grazing+losses+of+picoplankton:+methodological+improvements+in+the+use+of+fluorescently+tracers+combined+with+flow+cytometry.">Measuring the grazing losses of picoplankton: methodological improvements in the use of fluorescently tracers combined with flow cytometry.</a> Aquatic Microbial Ecology. 20, 119-128 (1999).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecological+role+and+bacterial+grazing+of+Halteria+spp.:+Small+oligotrichs+as+dominant+pelagic+ciliate+bacterivores.">Ecological role and bacterial grazing of Halteria spp.: Small oligotrichs as dominant pelagic ciliate bacterivores.</a> Aquatic Microbial Ecology. 22, 43-56 (2000).</li><li>Montagnes, D. J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+feeding+behaviour+of+key+free-living+protists:+avenues+for+continued+study.">Selective feeding behaviour of key free-living protists: avenues for continued study.</a> Aquatic Microbial Ecology. 53, 83-98 (2008).</li><li>Kirchman, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Processes in Microbial Ecology. 2nd Edition. , (2018).</li><li>Porter, K. G., Feig, Y. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+DAPI+for+identifying+and+counting+aquatic+microflora.">The use of DAPI for identifying and counting aquatic microflora.</a> Limnology and Oceanography. 25, 943-948 (1980).</li><li>Foissner, W., Berger, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+user-friendly+guide+to+the+ciliates+(Protozoa,+Ciliophora)+commonly+used+by+hydrobiologists+as+bioindicators+in+rivers,+lakes,+and+waste+waters,+with+notes+on+their+ecology.">A user-friendly guide to the ciliates (Protozoa, Ciliophora) commonly used by hydrobiologists as bioindicators in rivers, lakes, and waste waters, with notes on their ecology.</a> Freshwater Biology. 35, 375-482 (1996).</li><li>Foissner, W., Berger, H., Schaumburg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+ecology+of+limnetic+plankton+ciliates.">Identification and ecology of limnetic plankton ciliates.</a> Informationsberichte des Bayer Landesamtes f&#252;r Wasserwirtschaft Heft. , 3-99 (1999).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+grazing+on+picoplankton+in+a+eutrophic+reservoir+during+the+summer+phytoplankton+maximum:+a+study+at+the+species+and+community+level.">Ciliate grazing on picoplankton in a eutrophic reservoir during the summer phytoplankton maximum: a study at the species and community level.</a> Limnology &amp; Oceanography. 40, 1077-1090 (1995).</li><li>Skibbe, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+quantitative+protargol+stain+for+ciliates+and+other+planktonic+protists.">An improved quantitative protargol stain for ciliates and other planktonic protists.</a> Archiv f&#252;r. Hydrobiolgie. 130, 339-347 (1994).</li><li>Macek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+rates+of+dominant+planktonic+ciliates+in+two+freshwater+bodies+of+different+trophic+degree.">Growth rates of dominant planktonic ciliates in two freshwater bodies of different trophic degree.</a> Journal of Plankton Research. 18, 463-481 (1996).</li><li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+food+webs+in+hypertrophic+fishponds:+omnivorous+ciliate+taxa+are+major+protistan+bacterivores.">Microbial food webs in hypertrophic fishponds: omnivorous ciliate taxa are major protistan bacterivores.</a> Limnology &amp; Oceanography. , (2019).</li><li>Jezbera, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Major+freshwater+bacterioplankton+groups:+Contrasting+trends+in+distribution+of+Limnohabitans+and+Polynucleobacter+lineages+along+a+pH+gradient+of+72+habitats.">Major freshwater bacterioplankton groups: Contrasting trends in distribution of Limnohabitans and Polynucleobacter lineages along a pH gradient of 72 habitats.</a> FEMS Microbiology Ecology. 81, 467-479 (2012).</li><li>Kasalick&#253;, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+diversity+of+the+Limnohabitans+genus,+an+important+group+of+freshwater+bacterioplankton,+by+characterization+of+35+isolated+strains.">The diversity of the Limnohabitans genus, an important group of freshwater bacterioplankton, by characterization of 35 isolated strains.</a> PLoS One. 8, 58209 (2013).</li><li>Stabell, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+bacterivory+in+epilimnetic+waters.">Ciliate bacterivory in epilimnetic waters.</a> Aquatic Microbial Ecology. 10, 265-272 (1996).</li><li>Zingel, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliates+are+the+dominant+grazers+on+pico-+and+nanoplankton+in+a+shallow,+naturally+highly+eutrophic+lake.">Ciliates are the dominant grazers on pico- and nanoplankton in a shallow, naturally highly eutrophic lake.</a> Microbial Ecology. 53, 134-142 (2007).</li><li>Bickel, S. L., Tang, K. W., Grossart, H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+epibionts+associated+with+crustacean+zooplankton+in+german+lakes:+distribution,+motility,+and+bacterivory.">Ciliate epibionts associated with crustacean zooplankton in german lakes: distribution, motility, and bacterivory.</a> Frontiers in Microbiology. 3 (243), (2012).</li><li>Sirov&#225;, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hunters+or+gardeners?+Linking+community+structure+and+function+of+trap-associated+microbes+to+the+nutrient+acquisition+strategy+of+a+carnivorous+plant.">Hunters or gardeners? Linking community structure and function of trap-associated microbes to the nutrient acquisition strategy of a carnivorous plant.</a> Microbiome. 6, 225 (2018).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecological+traits+of+a+zoochlorellae-bearing+Tetrahymena+sp.+(Ciliophora)+living+in+traps+of+the+carnivorous+aquatic+plant+Utricularia+reflexa.">Ecological traits of a zoochlorellae-bearing Tetrahymena sp. (Ciliophora) living in traps of the carnivorous aquatic plant Utricularia reflexa.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 336-348 (2017).</li><li>Pitsch, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+green+Tetrahymena+utriculariae+n.+sp.+(Ciliophora,+Oligohymenophorea)+with+its+endosymbiotic+algae+(Micractinium+sp.),+living+in+the+feeding+traps+of+a+carnivorous+aquatic+plant.">The green Tetrahymena utriculariae n. sp. (Ciliophora, Oligohymenophorea) with its endosymbiotic algae (Micractinium sp.), living in the feeding traps of a carnivorous aquatic plant.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 322-335 (2017).</li><li>Nielsen, J. M., Clare, E. L., Hayden, B., Brett, M. T., Kratina, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diet+tracing+in+ecology:+Method+comparison+and+selection.">Diet tracing in ecology: Method comparison and selection.</a> Methods in Ecology and Evaluation. 9, 278-291 (2018).</li><li>Beisner, B. E., Grossart, H. P., Gasol, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+guide+to+methods+for+estimating+phago-mixotrophy+in+nanophytoplankton.">A guide to methods for estimating phago-mixotrophy in nanophytoplankton.</a> Journal of Plankton Research. , 1-13 (2019).</li><li>Dolan, J. D., &#352;imek, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+of+ingested+matter+in+Strombidium+sulcatum,+a+marine+ciliate+(Oligotrichida).">Processing of ingested matter in Strombidium sulcatum, a marine ciliate (Oligotrichida).</a> Limnology and Oceanography. 42, 393-397 (1997).</li><li>Massana, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Grazing+rates+and+functional+diversity+of+uncultured+heterotrophic+flagellates.">Grazing rates and functional diversity of uncultured heterotrophic flagellates.</a> The ISME Journal. 3, 588-596 (2009).</li><li>Gruj&#269;i&#263;, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryptophyta+as+major+freshwater+bacterivores+in+experiments+with+manipulated+bacterial+prey.">Cryptophyta as major freshwater bacterivores in experiments with manipulated bacterial prey.</a> The ISME Journal. 12, 1668-1681 (2018).</li></ol>

जलीय प्रणालियों में ट्राफिक अन्योन्यक्रिया को परिभाषित करना हमेशा28को चुनौती देता है, विशेष रूप से नैनो प्लवक तराजू पर जिसमें प्रोटिस्ट और उनके शिकार, बैक्टीरिया शामिल होते हैं। जब यह पोषक त?...

हेटरोट्रोफिक प्रोकैरियोट जलीय प्रणालियों में एक प्रमुख जैविक घटक है और प्लवक बायोमास1,2,3का एक महत्वपूर्ण अंश है . कारक है कि उनकी बहुतायत, विविधता, और गतिविधि को नियंत्रित biogeochemical साइकिल चालन में उनकी भूमिका को समझने के लिए महत्वपूर्ण हैं (यानी, कार्बनिक कार्बन और अन्य पोषक तत्वों और prokaryotes से उच्च ट्राफिक स्तर के लिए ऊर्जा का प्रवाह) के भाग्य. प्रोटोज़ोअन चराई इन महत्वपूर्ण कारकों में से एक है। विषमपोषी नैनोफ्लैगेलेट और पक्ष्माभी के जीवाणु प्रोकैरियोटिक बहुतायत, सामुदायिक कार्य, संरचना, विविधता, और यहां तक कि सेलुलर आकृति विज्ञान और विशेष जीवाणु समूहों की विकास दर4,पर एक मजबूत ऊपर से नीचे नियंत्रण लगाता है 5,6. कुछ प्रणालियों में प्रोटिस्ट जीवाणु मृत्यु का प्रमुख कारण6,7का कार्य करते हैं .
प्रोटोज़ोअन जीवाणु का आकलन करने के लिए इस्तेमाल किया जाने वाला मानक दृष्टिकोण, जिसका उपयोग कुछ समय से किया गया है, में शिकार एनालॉग और एपिफ्लोरेसेंस माइक्रोस्कोपी के रूप में फ्लोरोसेंट लेबल बैक्टीरिया (एफएलबी) का उपयोग शामिल है। सेल-विशिष्ट तेज दरों का निर्धारण चयनित समय पाठ्यक्रम8पर प्रोटिस्टेन खाद्य धानी में लेबल किए गए शिकार कणों की संख्या को निर्धारित करके किया जा सकता है। इस दृष्टिकोण के लिए कई फायदे हैं. अनुरेखक प्राकृतिक शिकारी और शिकार assembles के साथ प्राकृतिक नमूनों में जोड़ा जाता है. ऊष्मायन से पहले न्यूनतम नमूना हेरफेर है, जोड़ा FLB अनुरेखक द्वारा न्यूनतम नमूना परिवर्तन, और ऊष्मायन समय स्थिति में स्थिति के करीब प्राप्त ध्वनि परिणामों को सुनिश्चित करने के लिए कम कर रहे हैं। वैकल्पिक रूप से, बैक्टीवरीय protists या zooplankton (उदा., अपतटीय समुद्री प्रणालियों) की कम संख्या के साथ वातावरण में, FLB के गायब होने की दर कम मात्रा में नमूने के लिए जोड़ा (2%-3% अनुरेखक) लंबी अवधि में प्रवाह साइटोमिट्री के माध्यम से पता लगाया जा सकता है (12-24 ज) ऊष्मायन प्रयोग. फिर, शुरू और अंत बिंदुओं पर FLB की संख्या (सभी जीवाणुकेप्रभावों के प्रभाव को एकीकृत) प्रवाह साइटोमेट्री द्वारा निर्धारित कर रहे हैं (विवरण के लिए, पिछले प्रकाशन9देखें). हालांकि, इस तरह के एक पैरामीटर केवल कुल एकत्रित जीवाणु दर है कि सीधे किसी विशेष protistan और zooplankton grazer समूहों या प्रजातियों के लिए जिम्मेदार नहीं ठहराया जा सकता का प्रतिनिधित्व करता है.
कुल मिलाकर, जलीय पर्यावरण में प्रोटिस्टेन प्रजातियों- या मॉर्फोटाइप-विशिष्ट जीवाणु मृत्यु दर का सही और पारिस्थितिक अर्थ के साथ परिमाणीकरण चुनौतीपूर्ण हो सकता है। कुछ प्रोटिस्ट चयनात्मक ग्रेजर होते हैं और अतिरिक्त FLB ट्रेसर का आकार और कोशिका आकार शिकार घूस10,11की प्राकृतिक दरों को विकृत कर सकता है . इसके अलावा, प्रोटिस्टेन गतिविधि और चयापचय अत्यधिक तापमान के प्रति संवेदनशील12हैं; इसलिए, जोड़ा FLB अनुरेखक की मात्रा को ध्यान से प्रत्येक व्यक्ति नमूना प्रकार के लिए हेरफेर किया जाना चाहिए (न केवल प्राकृतिक बहुतायत, आकार, और बैक्टीरिया की आकृति विज्ञान और जीवाणु के प्रचलित प्रकार के आधार पर, लेकिन यह भी तापमान पर). अधिकांश अध्ययन थोक प्रोटिस्टान चराई गतिविधि पर ध्यान केंद्रित; हालांकि, विशिष्ट प्रोटिस्टान प्रजातियों के जीवाणु अक्सर एक बहुत अधिक जानकारी मूल्य रखती है और बेहतर हो सकता है। इस मामले में, एक नमूना और उनके व्यवहार की समझ में मौजूद प्रोटिस्ट प्रजातियों के वर्गीकरण ज्ञान की जरूरत है। इसलिए, समय और श्रम की काफी मात्रा में एक विशेष protistan समूह या प्रजातियों के कारण जीवाणु की प्रजातियों-विशिष्ट दरों पर ध्वनि परिणाम प्राप्त करने के लिए आवश्यक हैं।
इन कठिनाइयों के बावजूद, इस दृष्टिकोण सबसे उपयुक्त उपकरण वर्तमान में प्राकृतिक सेटिंग्स में protistan जीवाणु का आकलन करने के लिए उपलब्ध रहता है. यहाँ प्रस्तुत जलीय माइक्रोबियल पारिस्थितिकी अध्ययन में एक अनुरेखक के रूप में FLB का उपयोग करने के लिए एक व्यापक, आसान करने के लिए पालन विधि है. दृष्टिकोण के उल्लेख समस्याग्रस्त पहलुओं के सभी के लिए जिम्मेदार हैं और एक बेहतर कार्यप्रवाह का वर्णन किया गया है, विषम वातावरण से दो प्रयोगों के साथ ही उदाहरण के रूप में विषम पक्ष्माभ प्रजातियों.
पहले मामले का अध्ययन चेक गणराज्य में मेसोट्रॉफिक जेडमोव जल जलाशय से एक एपिलिम्नेटिक वातावरण में किया गया था, जो अधिकांश सतह मीठे पानी के निकायों (cf.5,7) के बराबर ग्रेजर और जीवाणु बहुतायत से पता चलता है। दूसरा केस स्टडी जलीय मांसाहारी पौधे यूट्रिकुलेरिया रिफ्लेक्सके जाल के अंदर अत्यधिक विशिष्ट वातावरण में किया गया था , जिसमें दोनों चराई मिक्सोट्रोफिक सिलिएट्स (टेट्राहाइमेना यूट्रिकुलेरिया) की अत्यधिक उच्च संख्या का आयोजन किया गया था . और जीवाणु कोशिकाओं. सेल-विशिष्ट चराई दरों और दोनों नमूना प्रकार में जीवाणु खड़े स्टॉक की गणना दिखाया गया है. परिणामों की पारिस्थितिक व्याख्याओं की एक श्रृंखला तो चर्चा की है, और संभव अनुवर्ती अध्ययन के उदाहरण अंत में सुझाव दिया है.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1612px;" width="1611">
	<tbody>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;width:360px;">0.2-&#181;m pore-size filters&#160;</td>
			<td style="width:462px;">SPI supplies, https://www.2spi.com/</td>
			<td style="width:137px;">B0225-MB</td>
			<td style="width:654px;">Black, polycarbonate track etch membrane filters, diameter approprite for filtering apparatus used</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">5-(4,6-dichlorotriazin-2-yl) aminofluorescein (DTAF)</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Automatic pipettes with adjustable volumes&#160;</td>
			<td>Any brand, various sizes</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Centrifuge</td>
			<td>22 000 x g</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Cryovials</td>
			<td>Any brand, 2 mL size</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">DAPI (4&#180;,6-Diamidino-2&#180;-phenylindole dihydrochloride)</td>
			<td>Any brand&#160;</td>
			<td></td>
			<td>1 mg ml-1</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Epiflorescence microscope</td>
			<td>Magnification from 400 x up to 1000 x</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;"></td>
			<td>Filters appropriate for viewing in the DAPI and DTAF range</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;"></td>
			<td>Counting grid in one of the oculars</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Filtering apparatus</td>
			<td>Usually with a diameter of 25 mm&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Formaldehyde</td>
			<td>A brand for microscopy</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Glutaraldehyde</td>
			<td>A brand for microscopy</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Immersion oil for microscopy</td>
			<td>Specific oil with low fluorescence</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="58">
			<td height="58" style="height:58px;">Lugol&#180;s solution</td>
			<td>Any brand or see comment</td>
			<td></td>
			<td style="width:654px;">Make an alkaline Lugol&#39; solution as follows: Solution 1 - dissolve&#160; 10 g of potassium iodide in 20 ml in MQ water, then add 5 g of iodine. Solution 2 - add 5 g of sodium acetate&#160; to 50 ml of MQ water. Add the solution 2 to the solution 1 and thoroughly mix</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Methanol stabilized formalin</td>
			<td>Any brand available for microscopy purposes</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Microscope slides and cover slips</td>
			<td>Any brand produced for microscopy purposes&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">MQ water for diluting samples</td>
			<td style="width:462px;">Any brand 
			&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Phosphate-buffered saline (PBS; pH = 9)</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>0.05 M Na2HPO4-NaCl solution, adjusted to pH 9</td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">PPi-saline buffer</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td style="width:654px;">0.02 M Na4P2O7-NaCl solution. Add 0.53 g Na4P2O7 to 100 ml of MQ water plus 0.85 g NaCl&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sampling device&#160;</td>
			<td>Appropriate for obtaining representative sample&#160;</td>
			<td></td>
			<td>e.g. Friedinger sampler for lake plankton</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sodium thiosulfate solution</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>3% solution is used in the protocol</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sonicator</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>30 W</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Vortex</td>
			<td>Any brand allowing&#160; thorough mixing of the solutes and samples</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Water bath</td>
			<td>Any brand allowing temperature to be maintained at 60 &#176;C</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

fluorescently labeled bacteria as a tracer to reveal novel pathways of organic carbon flow in aquatic ecosystems

इस तरह के predation और इसके प्रभाव के रूप में trophic बातचीत, स्पष्ट, पारिस्थितिकी में कई शोधकर्ताओं के लिए एक लगातार काम है. माइक्रोबियल समुदायों के अध्ययन की कई सीमाएं हैं, और एक शिकारी, शिकार, और हिंसक दरों का निर्धारण अक्सर मुश्किल होता है। यहाँ प्रस्तुत एक अनुकूलित विधि एक अनुरेखक के रूप में फ्लोरोसेंट लेबल शिकार के अलावा के आधार पर है, जो जलीय हिंसक यूकैरियोट में चराई दरों के विश्वसनीय परिमाण के लिए अनुमति देता है और उच्च trophic स्तर के लिए पोषक तत्व हस्तांतरण का आकलन.

उदाहरण के प्रयोग मैं में चलाया गया था $mov जल जलाशय (दक्षिण बोहेमिया, सीजेड), जो कम प्राकृतिक के साथ एक प्राकृतिक साइट है situ शिकारी और शिकार बहुतायत में. प्रतिनिधि डेटा सर्वभक्षी पक्षीय प्रजातियों Ha...

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Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems

यहाँ प्रस्तुत एक एकल सेल के लिए एक प्रोटोकॉल है, epifluorscence माइक्रोस्कोपी आधारित तकनीक उच्च परिशुद्धता और वर्गीकरण संकल्प के साथ जलीय हिंसक यूकैरियोट में चराई दरों की मात्रा निर्धारित करने के लिए.

एक अनुरेखक के रूप में बैक्टीरिया लेबल एक जलीय पारिस्थितिकी प्रणालियों में कार्बनिक कार्बन प्रवाह के उपन्यास रास्ते प्रकट करने के लिए

Elucidating trophic interactions, such as predation and its effects, is a frequent task for many researchers in ecology. The study of microbial ...

यह दृष्टिकोण महत्वपूर्ण है क्योंकि यह हमें एक बहुत ही उच्च संकल्प पर माइक्रोबियल खाद्य जाले में उच्च ट्रॉफिक स्तरों के लिए प्रोकरियोट्स से कार्बन और ऊर्जा प्रवाह की कल्पना और अनुमान लगाने की अनुमति देता है। यह एकमात्र तकनीक है जो वर्तमान में यह निर्धारित करने के लिए उपलब्ध है कि कौन सी प्रोटिस्ट प्रजातियां सीटू में बैक्टीरिया का उपभोग करती हैं, और साथ ही साथ एकल-कोशिका स्तर पर इस प्रक्रिया की दर की मात्रा निर्धारित करती हैं। चूंकि बैक्टीरिया कार्बनिक कार्बन को कणित करने के लिए घुलित कार्बनिक कार्बन को बदलने वाले एकमात्र महत्वपूर्ण रोगाणु हैं, इसलिए इसमें शामिल खिलाड़ियों का ज्ञान और यह दर सामान्य रूप से जलीय पारिस्थितिकी प्रणालियों को समझने का आधार बनाती है। हम अत्यधिक अनुशंसा करते हैं कि शोधकर्ता किसी भी चराई प्रयोगों का संचालन करने से पहले अपने अध्ययन प्रणाली से परिचित हो जाते हैं। इसमें नमूनों के माइक्रोस्कोपी निरीक्षण का प्रकाश और एपिफ्लोरेसेंस और मुख्य टैक्सन वर्तमान और उनकी मौसमी गतिशीलता का ज्ञान शामिल है। प्रक्रिया का प्रदर्शन Jitka Jezberov होगा

Research

JoVE Journal

Environment

Alternative Method of Removing Otoliths from Sturgeon

स्टर्जन से Otoliths हटाने की वैकल्पिक विधि

Extracting the otoliths (ear bones) from fish that have very thick skulls can be difficult and very time consuming. The common practice of making a ...

Assessment of Labile Organic Carbon in Soil Using Sequential Fumigation Incubation Procedures

मृदा में अस्थिर कार्बनिक कार्बन का आकलन अनुक्रमिक धूनी ऊष्मायन प्रक्रियाओं का उपयोग

Management practices and environmental changes can alter soil nutrient and carbon cycling. Soil labile organic carbon, a readily decomposable C pool, is ...

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

माध्यम से, भंग समझना कार्बनिक पदार्थ biogeochemistry<em&gt; बगल में</em&gt; स्ट्रीम पारिस्थितिक तंत्र में पोषक तत्व जोड़तोड़

Dissolved organic matter (DOM) is a highly diverse mixture of molecules providing one of the largest sources of energy and nutrients to stream ecosystems. ...

A Flow-through Exposure System for Evaluating Suspended Sediments Effects on Aquatic Life

जलीय जीवन पर निलंबित कर दिया मूल्यांकन के निक्षेपों प्रभाव के लिए एक प्रवाह के माध्यम से एक्सपोजर सिस्टम

This paper describes the Fish Larvae and Egg Exposure System (FLEES). The flow-through exposure system is used to investigate the effects of suspended ...

Production and Measurement of Organic Particulate Matter in a Flow Tube Reactor

उत्पादन और एक प्रवाह ट्यूब रिएक्टर में कार्बनिक कण बात की माप

Organic particulate matter (PM) is increasingly recognized as important to the Earth's climate system as well as public health in urban regions, and the ...

Measurement of the Rheology of Crude Oil in Equilibrium with CO2 at Reservoir Conditions

Measurement of the Rheology of Crude Oil in Equilibrium with CO2 at Reservoir Conditions

सीओ के साथ संतुलन में क्रूड ऑयल के रियाोलॉजी का मापन<sub&gt; 2</sub&gt; जलाशय स्थितियां

A rheometer system to measure the rheology of crude oil in equilibrium with carbon dioxide (CO2) at high temperatures and pressures is described. The ...

Ecosystem Fabrication (EcoFAB) Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

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पारिस्थितिकी तंत्र निर्माण (EcoFAB) संयंत्र-सूक्ष्म जीव बातचीत का अध्ययन करने के लिए डिज़ाइन प्रयोगशाला पारिस्थितिकी प्रणालियों के निर्माण के लिए प्रोटोकॉल

Beneficial plant-microbe interactions offer a sustainable biological solution with the potential to boost low-input food and bioenergy production. A ...

Characterization of Aquatic Biofilms with Flow Cytometry

प्रवाह Cytometry के साथ जलीय फिल्म के लक्षण वर्णन

Biofilms are dynamic consortia of microorganism that play a key role in freshwater ecosystems. By changing their community structure, biofilms respond ...

Experimental Protocol for Examining Behavioral Response Profiles in Larval Fish: Application to the Neuro-stimulant Caffeine

लार्वा मछली में व्यवहार प्रतिक्रिया प्रोफाइल की जांच के लिए प्रयोगात्मक प्रोटोकॉल: न्यूरो उत्तेजक कैफीन के लिए आवेदन

Fish models and behaviors are increasingly used in the biomedical sciences; however, fish have long been the subject of ecological, physiological and ...

Use of Principal Components for Scaling Up Topographic Models to Map Soil Redistribution and Soil Organic Carbon

मिट्टी पुनर्वितरण और मृदा कार्बनिक कार्बन को मैप करने के लिए स्थलाकृतिक मॉडल ऊपर स्केलिंग के लिए प्रमुख घटकों का उपयोग

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it ...