Name: fluorescently labeled bacteria as a tracer to reveal novel pathways of organic carbon flow in aquatic ecosystems
Uploaded: 2019-09-13T14:00:00
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この研究は、K.Sh.とD.S.に授与された研究助成金13-00243Sと19-16554Sの下でチェコ科学財団によって支援されました。この記事はまた、欧州地域開発基金が出資する「ダム貯水池の水質改善ツールとしてのバイオマニピュレーション」(CZ.02.1.01/0.0.0.0/06_025/0007417)プロジェクトの支援を受けました。そして教育。

1. サンプルコレクション
<ol><li>
貯水池水サンプルの採取:最初のケーススタディ(Exp I;その地の捕食者と獲物の豊富なシステムにおける低い自然)<ol>
<li>適切な深さで所望の場所から水のサンプルを収集します。実験室への輸送中に、サンプルを温度制御されたクーラーに入れて保管してください(温度ショックを避け、プロティストの取り込み速度は温度に依存することに留意し?...

<ol>
	<li>Azam, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ecological+role+of+water-column+microbes+in+the+sea.">The ecological role of water-column microbes in the sea.</a> Marine Ecology Progress Series. 10, 257-263 (1983).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+finely+tuned+symphony+of+factors+modulates+the+microbial+food+web+of+a+freshwater+reservoir+in+spring.">A finely tuned symphony of factors modulates the microbial food web of a freshwater reservoir in spring.</a> Limnology &amp; Oceanography. 59, 1477-1492 (2014).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+prey+food+characteristics+modulate+community+growth+response+of+freshwater+bacterivorous+flagellates.">Bacterial prey food characteristics modulate community growth response of freshwater bacterivorous flagellates.</a> Limnology &amp; Oceanography. 63, 484-502 (2018).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Changes+in+bacterial+community+composition,+dynamics+and+viral+mortality+rates+associated+with+enhanced+flagellate+grazing+in+a+meso-eutrophic+reservoir.">Changes in bacterial community composition, dynamics and viral mortality rates associated with enhanced flagellate grazing in a meso-eutrophic reservoir.</a> Applied &amp; Environmental Microbiology. 67, 2723-2733 (2001).</li><li>J&#252;rgens, K., Matz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predation+as+a+shaping+force+for+the+phenotypic+and+genotypic+composition+of+planktonic+bacteria.">Predation as a shaping force for the phenotypic and genotypic composition of planktonic bacteria.</a> Antonie Van Leeuwenhoek. 81, 413-434 (2002).</li><li>Pernthaler, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predation+on+prokaryotes+in+the+water+column+and+its+ecological+implications.">Predation on prokaryotes in the water column and its ecological implications.</a> Nature Reviews Microbiology. 3, 537-546 (2005).</li><li>Berninger, U. B., Finlay, J., Kuuppo-Leinikki, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protozoan+control+of+bacterial+abundances+in+freshwaters.">Protozoan control of bacterial abundances in freshwaters.</a> Limnology and Oceanography. 36, 139-147 (1991).</li><li>Sherr, E. B., Sherr, B. F., Kemp, P. F., Sherr, B. F., Sherr, E. B., Cole, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protistan+grazing+rates+via+uptake+of+fluorescently+labeled+prey.">Protistan grazing rates via uptake of fluorescently labeled prey.</a> Handbook of Methods in Aquatic Microbial Ecology. , 695-701 (1993).</li><li>Vazquez-Dominguez, E., Peters, F., Gasol, J. M., Vaqu&#233;, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+the+grazing+losses+of+picoplankton:+methodological+improvements+in+the+use+of+fluorescently+tracers+combined+with+flow+cytometry.">Measuring the grazing losses of picoplankton: methodological improvements in the use of fluorescently tracers combined with flow cytometry.</a> Aquatic Microbial Ecology. 20, 119-128 (1999).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecological+role+and+bacterial+grazing+of+Halteria+spp.:+Small+oligotrichs+as+dominant+pelagic+ciliate+bacterivores.">Ecological role and bacterial grazing of Halteria spp.: Small oligotrichs as dominant pelagic ciliate bacterivores.</a> Aquatic Microbial Ecology. 22, 43-56 (2000).</li><li>Montagnes, D. J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+feeding+behaviour+of+key+free-living+protists:+avenues+for+continued+study.">Selective feeding behaviour of key free-living protists: avenues for continued study.</a> Aquatic Microbial Ecology. 53, 83-98 (2008).</li><li>Kirchman, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Processes in Microbial Ecology. 2nd Edition. , (2018).</li><li>Porter, K. G., Feig, Y. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+DAPI+for+identifying+and+counting+aquatic+microflora.">The use of DAPI for identifying and counting aquatic microflora.</a> Limnology and Oceanography. 25, 943-948 (1980).</li><li>Foissner, W., Berger, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+user-friendly+guide+to+the+ciliates+(Protozoa,+Ciliophora)+commonly+used+by+hydrobiologists+as+bioindicators+in+rivers,+lakes,+and+waste+waters,+with+notes+on+their+ecology.">A user-friendly guide to the ciliates (Protozoa, Ciliophora) commonly used by hydrobiologists as bioindicators in rivers, lakes, and waste waters, with notes on their ecology.</a> Freshwater Biology. 35, 375-482 (1996).</li><li>Foissner, W., Berger, H., Schaumburg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+ecology+of+limnetic+plankton+ciliates.">Identification and ecology of limnetic plankton ciliates.</a> Informationsberichte des Bayer Landesamtes f&#252;r Wasserwirtschaft Heft. , 3-99 (1999).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+grazing+on+picoplankton+in+a+eutrophic+reservoir+during+the+summer+phytoplankton+maximum:+a+study+at+the+species+and+community+level.">Ciliate grazing on picoplankton in a eutrophic reservoir during the summer phytoplankton maximum: a study at the species and community level.</a> Limnology &amp; Oceanography. 40, 1077-1090 (1995).</li><li>Skibbe, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+quantitative+protargol+stain+for+ciliates+and+other+planktonic+protists.">An improved quantitative protargol stain for ciliates and other planktonic protists.</a> Archiv f&#252;r. Hydrobiolgie. 130, 339-347 (1994).</li><li>Macek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+rates+of+dominant+planktonic+ciliates+in+two+freshwater+bodies+of+different+trophic+degree.">Growth rates of dominant planktonic ciliates in two freshwater bodies of different trophic degree.</a> Journal of Plankton Research. 18, 463-481 (1996).</li><li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+food+webs+in+hypertrophic+fishponds:+omnivorous+ciliate+taxa+are+major+protistan+bacterivores.">Microbial food webs in hypertrophic fishponds: omnivorous ciliate taxa are major protistan bacterivores.</a> Limnology &amp; Oceanography. , (2019).</li><li>Jezbera, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Major+freshwater+bacterioplankton+groups:+Contrasting+trends+in+distribution+of+Limnohabitans+and+Polynucleobacter+lineages+along+a+pH+gradient+of+72+habitats.">Major freshwater bacterioplankton groups: Contrasting trends in distribution of Limnohabitans and Polynucleobacter lineages along a pH gradient of 72 habitats.</a> FEMS Microbiology Ecology. 81, 467-479 (2012).</li><li>Kasalick&#253;, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+diversity+of+the+Limnohabitans+genus,+an+important+group+of+freshwater+bacterioplankton,+by+characterization+of+35+isolated+strains.">The diversity of the Limnohabitans genus, an important group of freshwater bacterioplankton, by characterization of 35 isolated strains.</a> PLoS One. 8, 58209 (2013).</li><li>Stabell, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+bacterivory+in+epilimnetic+waters.">Ciliate bacterivory in epilimnetic waters.</a> Aquatic Microbial Ecology. 10, 265-272 (1996).</li><li>Zingel, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliates+are+the+dominant+grazers+on+pico-+and+nanoplankton+in+a+shallow,+naturally+highly+eutrophic+lake.">Ciliates are the dominant grazers on pico- and nanoplankton in a shallow, naturally highly eutrophic lake.</a> Microbial Ecology. 53, 134-142 (2007).</li><li>Bickel, S. L., Tang, K. W., Grossart, H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+epibionts+associated+with+crustacean+zooplankton+in+german+lakes:+distribution,+motility,+and+bacterivory.">Ciliate epibionts associated with crustacean zooplankton in german lakes: distribution, motility, and bacterivory.</a> Frontiers in Microbiology. 3 (243), (2012).</li><li>Sirov&#225;, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hunters+or+gardeners?+Linking+community+structure+and+function+of+trap-associated+microbes+to+the+nutrient+acquisition+strategy+of+a+carnivorous+plant.">Hunters or gardeners? Linking community structure and function of trap-associated microbes to the nutrient acquisition strategy of a carnivorous plant.</a> Microbiome. 6, 225 (2018).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecological+traits+of+a+zoochlorellae-bearing+Tetrahymena+sp.+(Ciliophora)+living+in+traps+of+the+carnivorous+aquatic+plant+Utricularia+reflexa.">Ecological traits of a zoochlorellae-bearing Tetrahymena sp. (Ciliophora) living in traps of the carnivorous aquatic plant Utricularia reflexa.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 336-348 (2017).</li><li>Pitsch, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+green+Tetrahymena+utriculariae+n.+sp.+(Ciliophora,+Oligohymenophorea)+with+its+endosymbiotic+algae+(Micractinium+sp.),+living+in+the+feeding+traps+of+a+carnivorous+aquatic+plant.">The green Tetrahymena utriculariae n. sp. (Ciliophora, Oligohymenophorea) with its endosymbiotic algae (Micractinium sp.), living in the feeding traps of a carnivorous aquatic plant.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 322-335 (2017).</li><li>Nielsen, J. M., Clare, E. L., Hayden, B., Brett, M. T., Kratina, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diet+tracing+in+ecology:+Method+comparison+and+selection.">Diet tracing in ecology: Method comparison and selection.</a> Methods in Ecology and Evaluation. 9, 278-291 (2018).</li><li>Beisner, B. E., Grossart, H. P., Gasol, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+guide+to+methods+for+estimating+phago-mixotrophy+in+nanophytoplankton.">A guide to methods for estimating phago-mixotrophy in nanophytoplankton.</a> Journal of Plankton Research. , 1-13 (2019).</li><li>Dolan, J. D., &#352;imek, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+of+ingested+matter+in+Strombidium+sulcatum,+a+marine+ciliate+(Oligotrichida).">Processing of ingested matter in Strombidium sulcatum, a marine ciliate (Oligotrichida).</a> Limnology and Oceanography. 42, 393-397 (1997).</li><li>Massana, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Grazing+rates+and+functional+diversity+of+uncultured+heterotrophic+flagellates.">Grazing rates and functional diversity of uncultured heterotrophic flagellates.</a> The ISME Journal. 3, 588-596 (2009).</li><li>Gruj&#269;i&#263;, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryptophyta+as+major+freshwater+bacterivores+in+experiments+with+manipulated+bacterial+prey.">Cryptophyta as major freshwater bacterivores in experiments with manipulated bacterial prey.</a> The ISME Journal. 12, 1668-1681 (2018).</li></ol>

水生系における栄養相互作用の解読は、特にプロティストとその獲物である細菌を含むナノプランクトンスケールにおいて、常に28に挑戦している。栄養摂取経路と定量に関しては、生物学的相互作用の複雑さが高いため、より高い栄養レベルで正常に使用される方法の適用は不可能です。これらには、例えば、安定した同位板標識アプローチが含まれる。このプロトコル?...

ヘテロ栄養原核生物は、水生系における重要な生物学的成分であり、プランクトンバイオマス1、2、3のかなりの部分を占める。その豊富さ、多様性、および活動を制御する要因は、生物地球化学的サイクリング(すなわち、有機炭素およびその他の栄養素の運命と原核生物から高い栄養レベルへのエネルギーの流れ)におけるその役割を理解するために重要です。原生動物の放牧は、これらの重要な要因の一つです。異種栄養性ナノフラグラテスおよび毛様体の細菌学は、原核生物の豊富さ、コミュニティ機能、構造、多様性、さらには特定の細菌群の細胞形態および増殖速度に対して強力なトップダウン制御を課す4、 5,6.いくつかのシステムでは、プロティストは細菌死亡率6、7の主な原因として機能します。
現在しばらく使用されている原生菌を評価するために使用される標準的なアプローチは、蛍光標識細菌(FLB)を獲物類似体および上蛍光顕微鏡として使用することを含む。細胞特異的取り込み速度は、選択した時間経過8にわたってプロテチスタン食品真空中の標識された獲物粒子の数を定量化することによって決定することができる。この方法にはいくつかの利点があります。トレーサーは、自然の捕食者と獲物の組み立てと自然なサンプルに追加されます。インキュベーションの前に最小サンプル操作、追加されたFLBトレーサーによる最小サンプル改変、およびインキュベーション時間は、その中で近い条件下で得られる音の結果を確実にするために短いです。あるいは、細菌性プロティストや動物プランクトンの数が少ない環境(例えば、沖合の海洋システム)では、低量(2%-3%トレーサー)でサンプルに添加されたFLBの消失率は、長期(12-24時間)のフローサイトメトリーを介して検出することができる。インキュベーション実験。次に、始点と終点におけるFLBの数(すべての細菌の影響を統合する)は、フローサイトメトリーによって定量される(詳細については、前の出版物9を参照)。しかし、このようなパラメータは、特定のプロチスタンおよび動物プランクトン放牧者群または種に直接起因することができない総集約細菌学率のみを表す。
全体的に、水生環境におけるプロテスタン種または形態型特異的細菌死亡率を正確かつ生態学的意味で定量化することは困難であり得る。一部のプロティストは選択的な放牧者であり、追加されたFLBトレーサーの大きさおよび細胞形状は、獲物摂取の自然な速度を歪める可能性がある10、11。さらに、プロティスタン活性と代謝は非常に温度感受性12である。したがって、追加されたFLBトレーサーの量は、個々のサンプルタイプごとに慎重に操作する必要があります(細菌の自然な豊富さ、大きさ、形態、細菌の種類だけでなく、温度にも基づいて)。ほとんどの研究は、バルクプロテスタン放牧活性に焦点を当てています。しかしながら、特定のプロテスタン種の細菌学は、多くの場合、はるかに高い情報値を保持し、好ましい場合があります。この場合、サンプル中に存在するプロチスト種の分類知識と、その挙動を理解する必要がある。したがって、特定のプロテスタン属または種に起因する細菌類の細菌学的割合に関する健全な結果を得るためには、かなりの時間と労力が必要である。
これらの困難にもかかわらず、このアプローチは、自然な設定で前腺細菌を評価するために現在利用可能な最も適切なツールのままです。ここでは、水生微生物生態学研究のトレーサーとしてFLBを使用するための包括的で簡単に従う方法です。アプローチの前述の問題のある側面のすべてを説明し、改善されたワークフローが説明され、対照的な環境からの2つの実験だけでなく、対照的なシリアート種を例として説明する。
最初のケーススタディは、チェコ共和国のメソトロフィック・ジモフ水溜所からエピリムネティック環境で行われ、ほとんどの表面淡水体に匹敵する放牧者と細菌の豊富さを示した(cf.5,7)。第2のケーススタディは、両方の放牧ミキシック性毛様の非常に高い数を有する水生肉食植物ウトリピア反射のトラップ内の非常に特異的な環境で行われた(テトラヒメナutriculariae)と細菌細胞。両方のサンプルタイプの細胞特異的放牧率と細菌スタンディングストックの計算が示されています。その後、結果の生態学的解釈の範囲が議論され、可能なフォローアップ研究の例が最終的に提案されます。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1612px;" width="1611">
	<tbody>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;width:360px;">0.2-&#181;m pore-size filters&#160;</td>
			<td style="width:462px;">SPI supplies, https://www.2spi.com/</td>
			<td style="width:137px;">B0225-MB</td>
			<td style="width:654px;">Black, polycarbonate track etch membrane filters, diameter approprite for filtering apparatus used</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">5-(4,6-dichlorotriazin-2-yl) aminofluorescein (DTAF)</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Automatic pipettes with adjustable volumes&#160;</td>
			<td>Any brand, various sizes</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Centrifuge</td>
			<td>22 000 x g</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Cryovials</td>
			<td>Any brand, 2 mL size</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">DAPI (4&#180;,6-Diamidino-2&#180;-phenylindole dihydrochloride)</td>
			<td>Any brand&#160;</td>
			<td></td>
			<td>1 mg ml-1</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Epiflorescence microscope</td>
			<td>Magnification from 400 x up to 1000 x</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;"></td>
			<td>Filters appropriate for viewing in the DAPI and DTAF range</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;"></td>
			<td>Counting grid in one of the oculars</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Filtering apparatus</td>
			<td>Usually with a diameter of 25 mm&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Formaldehyde</td>
			<td>A brand for microscopy</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Glutaraldehyde</td>
			<td>A brand for microscopy</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Immersion oil for microscopy</td>
			<td>Specific oil with low fluorescence</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="58">
			<td height="58" style="height:58px;">Lugol&#180;s solution</td>
			<td>Any brand or see comment</td>
			<td></td>
			<td style="width:654px;">Make an alkaline Lugol&#39; solution as follows: Solution 1 - dissolve&#160; 10 g of potassium iodide in 20 ml in MQ water, then add 5 g of iodine. Solution 2 - add 5 g of sodium acetate&#160; to 50 ml of MQ water. Add the solution 2 to the solution 1 and thoroughly mix</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Methanol stabilized formalin</td>
			<td>Any brand available for microscopy purposes</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Microscope slides and cover slips</td>
			<td>Any brand produced for microscopy purposes&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">MQ water for diluting samples</td>
			<td style="width:462px;">Any brand 
			&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Phosphate-buffered saline (PBS; pH = 9)</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>0.05 M Na2HPO4-NaCl solution, adjusted to pH 9</td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">PPi-saline buffer</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td style="width:654px;">0.02 M Na4P2O7-NaCl solution. Add 0.53 g Na4P2O7 to 100 ml of MQ water plus 0.85 g NaCl&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sampling device&#160;</td>
			<td>Appropriate for obtaining representative sample&#160;</td>
			<td></td>
			<td>e.g. Friedinger sampler for lake plankton</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sodium thiosulfate solution</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>3% solution is used in the protocol</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sonicator</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>30 W</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Vortex</td>
			<td>Any brand allowing&#160; thorough mixing of the solutes and samples</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Water bath</td>
			<td>Any brand allowing temperature to be maintained at 60 &#176;C</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
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fluorescently labeled bacteria as a tracer to reveal novel pathways of organic carbon flow in aquatic ecosystems

捕食やその効果などの栄養相互作用を解明することは、生態学の多くの研究者にとって頻繁な作業です。微生物群相の研究には多くの制限があり、捕食者、獲物、捕食速度の決定はしばしば困難です。ここでは、蛍光標識された獲物をトレーサーとして添加することに基づいて最適化された方法であり、水生捕食真核生物における放牧率の信頼性の高い定量化と、より高い栄養レベルへの栄養移動の推定を可能にする。

実験の例は、捕食者や獲物の豊富さが低い自然の自然地であるシモフ水貯水池(南ボヘミア、CZ)で実施した。代表的なデータは、ピコプランクトン(<2 μm)粒子10、16、17、18の豊富で効率的なグレイザーである全能の毛様種ハルテリア・グランジネラについて報告されています。 <s...

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Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems

ここでは、高精度かつ分類分解能で水生捕食真核生物の放牧率を定量化する単細胞、エピ蛍光顕微鏡ベースの技術のためのプロトコルです。

水生生態系における有機炭素流の新しい経路を明らかにするトレーサーとしての蛍光標識細菌

Elucidating trophic interactions, such as predation and its effects, is a frequent task for many researchers in ecology. The study of microbial ...

このアプローチは、原核生物から微生物食物網の高い栄養レベルへの炭素およびエネルギーの流れを非常に高い分解能で視覚化し、推定することができるので、重要です。これは、どのプロティスト種が現場で細菌を消費するかを決定し、同時に単一細胞レベルでこのプロセスの速度を定量化するために現在利用可能な唯一の技術です。細菌は溶存有機炭素を粒子状有機炭素に変える唯一の重要な微生物であるため、関係するプレイヤーの知識とこれが起こる率は、一般的に水生生態系を理解するための基礎を形成します。研究者は、放牧実験を行う前に、研究システムに精通することを強くお勧めします。これは、サンプルの顕微鏡検査の光と蛍光、および存在する主なタキソンの知識とその季節的ダイナミクスを含みます。手順のデモンストレーションはジトカ・ジェズベロフです

Research

JoVE Journal

Environment

Alternative Method of Removing Otoliths from Sturgeon

チョウザメから耳石を削除する別の方法

Extracting the otoliths (ear bones) from fish that have very thick skulls can be difficult and very time consuming. The common practice of making a ...

Assessment of Labile Organic Carbon in Soil Using Sequential Fumigation Incubation Procedures

シーケンシャル燻蒸インキュベーション・プロシージャを使用した土壌中の不安定な有機炭素の評価

Management practices and environmental changes can alter soil nutrient and carbon cycling. Soil labile organic carbon, a readily decomposable C pool, is ...

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

溶存有機物生物地球化学を理解します<em&gt;その場で</em&gt;ストリーム生態系における栄養操作を

Dissolved organic matter (DOM) is a highly diverse mixture of molecules providing one of the largest sources of energy and nutrients to stream ecosystems. ...

A Flow-through Exposure System for Evaluating Suspended Sediments Effects on Aquatic Life

水生生物に浮遊堆積物の影響を評価するためのフロースルー露光装置

This paper describes the Fish Larvae and Egg Exposure System (FLEES). The flow-through exposure system is used to investigate the effects of suspended ...

Production and Measurement of Organic Particulate Matter in a Flow Tube Reactor

生産と流管炉の粒子状有機物の測定

Organic particulate matter (PM) is increasingly recognized as important to the Earth's climate system as well as public health in urban regions, and the ...

Measurement of the Rheology of Crude Oil in Equilibrium with CO2 at Reservoir Conditions

Measurement of the Rheology of Crude Oil in Equilibrium with CO2 at Reservoir Conditions

COとの平衡状態における原油のレオロジーの測定<sub&gt; 2</sub&gt;貯水池の条件で

A rheometer system to measure the rheology of crude oil in equilibrium with carbon dioxide (CO2) at high temperatures and pressures is described. The ...

Ecosystem Fabrication (EcoFAB) Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

Ecosystem Fabrication EcoFAB Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

植物と微生物の相互作用を調査するように設計研究所生態系の建設のため生態系製造 (EcoFAB) のプロトコル

Beneficial plant-microbe interactions offer a sustainable biological solution with the potential to boost low-input food and bioenergy production. A ...

Characterization of Aquatic Biofilms with Flow Cytometry

フローサイトメトリーによる水生バイオ フィルムの特性

Biofilms are dynamic consortia of microorganism that play a key role in freshwater ecosystems. By changing their community structure, biofilms respond ...

Experimental Protocol for Examining Behavioral Response Profiles in Larval Fish: Application to the Neuro-stimulant Caffeine

稚魚の行動応答プロファイルを調べるための実験プロトコル: 神経興奮剤カフェインへの応用

Fish models and behaviors are increasingly used in the biomedical sciences; however, fish have long been the subject of ecological, physiological and ...

Use of Principal Components for Scaling Up Topographic Models to Map Soil Redistribution and Soil Organic Carbon

主成分の土壌の再分配と土壌の有機炭素をマップに地形モデルをスケール アップ用

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it ...