Name: fluorescently labeled bacteria as a tracer to reveal novel pathways of organic carbon flow in aquatic ecosystems
Uploaded: 2019-09-13T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems at JoVE.com

Este estudo foi apoiado pela Czech Science Foundation a subvenção de pesquisa 13-00243S e 19-16554S concedida a K. Š. e D. S., respectivamente. Este artigo também foi apoiado pelo projeto "Biomanipulação como uma ferramenta para melhorar a qualidade da água dos reservatórios de barragem" (no CZ. 02.1.01/0.0/0.0/16_025/0007417), financiado pelo Fundo Europeu de desenvolvimento regional, em pesquisa de programas operacionais, desenvolvimento e educação.

1. coleta de amostra
<ol><li>
Coleta de amostra de água do reservatório: o primeiro estudo de caso (exp I; menor predador natural in situ e sistema de abundância de presas)<ol>
<li>Colete amostras de água do local desejado em uma profundidade adequada. Mantenha as amostras em um refrigerador temperatura-controlado enchido na temperatura in situ (evitando o choque da temperatura; deve notar-se que as taxas de captação de protistas são temperatura-dependentes) durante o transporte para o laborató...

<ol>
	<li>Azam, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ecological+role+of+water-column+microbes+in+the+sea.">The ecological role of water-column microbes in the sea.</a> Marine Ecology Progress Series. 10, 257-263 (1983).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+finely+tuned+symphony+of+factors+modulates+the+microbial+food+web+of+a+freshwater+reservoir+in+spring.">A finely tuned symphony of factors modulates the microbial food web of a freshwater reservoir in spring.</a> Limnology &amp; Oceanography. 59, 1477-1492 (2014).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+prey+food+characteristics+modulate+community+growth+response+of+freshwater+bacterivorous+flagellates.">Bacterial prey food characteristics modulate community growth response of freshwater bacterivorous flagellates.</a> Limnology &amp; Oceanography. 63, 484-502 (2018).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Changes+in+bacterial+community+composition,+dynamics+and+viral+mortality+rates+associated+with+enhanced+flagellate+grazing+in+a+meso-eutrophic+reservoir.">Changes in bacterial community composition, dynamics and viral mortality rates associated with enhanced flagellate grazing in a meso-eutrophic reservoir.</a> Applied &amp; Environmental Microbiology. 67, 2723-2733 (2001).</li><li>J&#252;rgens, K., Matz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predation+as+a+shaping+force+for+the+phenotypic+and+genotypic+composition+of+planktonic+bacteria.">Predation as a shaping force for the phenotypic and genotypic composition of planktonic bacteria.</a> Antonie Van Leeuwenhoek. 81, 413-434 (2002).</li><li>Pernthaler, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predation+on+prokaryotes+in+the+water+column+and+its+ecological+implications.">Predation on prokaryotes in the water column and its ecological implications.</a> Nature Reviews Microbiology. 3, 537-546 (2005).</li><li>Berninger, U. B., Finlay, J., Kuuppo-Leinikki, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protozoan+control+of+bacterial+abundances+in+freshwaters.">Protozoan control of bacterial abundances in freshwaters.</a> Limnology and Oceanography. 36, 139-147 (1991).</li><li>Sherr, E. B., Sherr, B. F., Kemp, P. F., Sherr, B. F., Sherr, E. B., Cole, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protistan+grazing+rates+via+uptake+of+fluorescently+labeled+prey.">Protistan grazing rates via uptake of fluorescently labeled prey.</a> Handbook of Methods in Aquatic Microbial Ecology. , 695-701 (1993).</li><li>Vazquez-Dominguez, E., Peters, F., Gasol, J. M., Vaqu&#233;, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+the+grazing+losses+of+picoplankton:+methodological+improvements+in+the+use+of+fluorescently+tracers+combined+with+flow+cytometry.">Measuring the grazing losses of picoplankton: methodological improvements in the use of fluorescently tracers combined with flow cytometry.</a> Aquatic Microbial Ecology. 20, 119-128 (1999).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecological+role+and+bacterial+grazing+of+Halteria+spp.:+Small+oligotrichs+as+dominant+pelagic+ciliate+bacterivores.">Ecological role and bacterial grazing of Halteria spp.: Small oligotrichs as dominant pelagic ciliate bacterivores.</a> Aquatic Microbial Ecology. 22, 43-56 (2000).</li><li>Montagnes, D. J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+feeding+behaviour+of+key+free-living+protists:+avenues+for+continued+study.">Selective feeding behaviour of key free-living protists: avenues for continued study.</a> Aquatic Microbial Ecology. 53, 83-98 (2008).</li><li>Kirchman, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Processes in Microbial Ecology. 2nd Edition. , (2018).</li><li>Porter, K. G., Feig, Y. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+DAPI+for+identifying+and+counting+aquatic+microflora.">The use of DAPI for identifying and counting aquatic microflora.</a> Limnology and Oceanography. 25, 943-948 (1980).</li><li>Foissner, W., Berger, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+user-friendly+guide+to+the+ciliates+(Protozoa,+Ciliophora)+commonly+used+by+hydrobiologists+as+bioindicators+in+rivers,+lakes,+and+waste+waters,+with+notes+on+their+ecology.">A user-friendly guide to the ciliates (Protozoa, Ciliophora) commonly used by hydrobiologists as bioindicators in rivers, lakes, and waste waters, with notes on their ecology.</a> Freshwater Biology. 35, 375-482 (1996).</li><li>Foissner, W., Berger, H., Schaumburg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+ecology+of+limnetic+plankton+ciliates.">Identification and ecology of limnetic plankton ciliates.</a> Informationsberichte des Bayer Landesamtes f&#252;r Wasserwirtschaft Heft. , 3-99 (1999).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+grazing+on+picoplankton+in+a+eutrophic+reservoir+during+the+summer+phytoplankton+maximum:+a+study+at+the+species+and+community+level.">Ciliate grazing on picoplankton in a eutrophic reservoir during the summer phytoplankton maximum: a study at the species and community level.</a> Limnology &amp; Oceanography. 40, 1077-1090 (1995).</li><li>Skibbe, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+quantitative+protargol+stain+for+ciliates+and+other+planktonic+protists.">An improved quantitative protargol stain for ciliates and other planktonic protists.</a> Archiv f&#252;r. 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L., Tang, K. W., Grossart, H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+epibionts+associated+with+crustacean+zooplankton+in+german+lakes:+distribution,+motility,+and+bacterivory.">Ciliate epibionts associated with crustacean zooplankton in german lakes: distribution, motility, and bacterivory.</a> Frontiers in Microbiology. 3 (243), (2012).</li><li>Sirov&#225;, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hunters+or+gardeners?+Linking+community+structure+and+function+of+trap-associated+microbes+to+the+nutrient+acquisition+strategy+of+a+carnivorous+plant.">Hunters or gardeners? Linking community structure and function of trap-associated microbes to the nutrient acquisition strategy of a carnivorous plant.</a> Microbiome. 6, 225 (2018).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecological+traits+of+a+zoochlorellae-bearing+Tetrahymena+sp.+(Ciliophora)+living+in+traps+of+the+carnivorous+aquatic+plant+Utricularia+reflexa.">Ecological traits of a zoochlorellae-bearing Tetrahymena sp. (Ciliophora) living in traps of the carnivorous aquatic plant Utricularia reflexa.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 336-348 (2017).</li><li>Pitsch, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+green+Tetrahymena+utriculariae+n.+sp.+(Ciliophora,+Oligohymenophorea)+with+its+endosymbiotic+algae+(Micractinium+sp.),+living+in+the+feeding+traps+of+a+carnivorous+aquatic+plant.">The green Tetrahymena utriculariae n. sp. (Ciliophora, Oligohymenophorea) with its endosymbiotic algae (Micractinium sp.), living in the feeding traps of a carnivorous aquatic plant.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 322-335 (2017).</li><li>Nielsen, J. M., Clare, E. L., Hayden, B., Brett, M. T., Kratina, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diet+tracing+in+ecology:+Method+comparison+and+selection.">Diet tracing in ecology: Method comparison and selection.</a> Methods in Ecology and Evaluation. 9, 278-291 (2018).</li><li>Beisner, B. E., Grossart, H. P., Gasol, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+guide+to+methods+for+estimating+phago-mixotrophy+in+nanophytoplankton.">A guide to methods for estimating phago-mixotrophy in nanophytoplankton.</a> Journal of Plankton Research. , 1-13 (2019).</li><li>Dolan, J. D., &#352;imek, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+of+ingested+matter+in+Strombidium+sulcatum,+a+marine+ciliate+(Oligotrichida).">Processing of ingested matter in Strombidium sulcatum, a marine ciliate (Oligotrichida).</a> Limnology and Oceanography. 42, 393-397 (1997).</li><li>Massana, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Grazing+rates+and+functional+diversity+of+uncultured+heterotrophic+flagellates.">Grazing rates and functional diversity of uncultured heterotrophic flagellates.</a> The ISME Journal. 3, 588-596 (2009).</li><li>Gruj&#269;i&#263;, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryptophyta+as+major+freshwater+bacterivores+in+experiments+with+manipulated+bacterial+prey.">Cryptophyta as major freshwater bacterivores in experiments with manipulated bacterial prey.</a> The ISME Journal. 12, 1668-1681 (2018).</li></ol>

Decifrar a interação trófica em sistemas aquáticos é sempre desafiador28, especialmente nas escalas de nano-plâncton envolvendo protistas e suas presas, bactérias. Quando se trata de vias de captação de nutrientes e quantificação, a aplicação de métodos utilizados com sucesso em níveis tróficos mais elevados é menos possível, devido à alta complexidade das interações bióticas. Estes incluem, por exemplo, abordagens de rotulagem de isótopos estáveis. Este protocolo mostra as...

Os procariontes heterotróficos são um componente biológico fundamental nos sistemas aquáticos e respondem por uma fração significativa da biomassa plâncton1,2,3. Fatores que controlam sua abundância, diversidade e atividade são cruciais para a compreensão de seu papel no ciclismo biogeoquímico (ou seja, o destino de carbono orgânico e outros nutrientes e fluxo de energia de procariontes a níveis tróficos mais elevados). O pastoreio de protozoan é um desses fatores importantes. Bacterivory de nanoflagelados e ciliados heterotróficas impõe um controle top-down forte sobre a abundância procarióticas, a função da Comunidade, a estrutura, a diversidade, e mesmo a morfologia celular e a taxa de crescimento de grupos bacterianos particulares4, 5,6. Em alguns sistemas, os protistas servem como a principal causa de mortalidade bacteriana6,7.
A aproximação padrão usada para avaliar o bacterivory do protozoário, que tem sido usada por algum tempo agora, envolve o uso de bactérias cDNAs etiquetadas (FLB) como análogos da rapina e microscopia do epifluorescência. As taxas de captação específicas de células podem ser determinadas quantificando o número de partículas de presas rotuladas em vacúolos de alimentos protistan ao longo de um curso de tempo selecionado8. Existem várias vantagens para esta abordagem. O Tracer é adicionado às amostras naturais com as assemblages naturais do predador e da rapina. Há uma manipulação mínima da amostra antes da incubação, alteração mínima da amostra pelo traçador FLB adicionado, e os tempos de incubação são curtos para garantir resultados sonoros obtidos em condições próximas a in situ. Alternativamente, em ambientes com baixo número de protistas bacterivorosos ou zooplâncton (por exemplo, sistemas marinhos offshore), as taxas de desaparecimento de FLB adicionadas a amostras em baixas quantidades (2%-3% traçador) podem ser detectadas via citometria de fluxo em longo prazo (12-24 h) experimentos de incubação. Em seguida, os números de FLB nos pontos inicial e final (integrando o impacto de todos os bacterivores) são quantificados por citometria de fluxo (para detalhes, ver publicação anterior9). No entanto, tal parâmetro representa apenas as taxas totais de bactérias agregadas que não podem ser diretamente atribuídas a qualquer grupo ou espécie de Grazer protistan e zooplâncton.
Em geral, a quantificação da espécie protistan-ou taxas de mortalidade bacteriana específicas do morphotype no ambiente aquático com precisão e com significado ecológico pode ser desafiador. Alguns protistas são pastosos seletivos, e o tamanho e a forma celular do traçador de FLB adicionado podem distorcer as taxas naturais de ingestão de presas10,11. Além disso, a atividade e o metabolismo do protistan são altamente temperatura-sensível12; Conseqüentemente, a quantidade de Tracer adicionado de FLB precisa de ser manipulada com cuidado para cada tipo individual da amostra (não somente baseado na abundância, no tamanho, e na morfologia naturais de bactérias e em tipos prevalecentes de bacterivores, mas igualmente na temperatura). A maioria dos estudos centra-se na atividade de pastoreio protistan granel; no entanto, o bactermarfim de espécies específicas protistan muitas vezes detém um valor de informação muito maior e pode ser preferível. Neste caso, é necessário o conhecimento taxonômico das espécies de protistas presentes em uma amostra e compreensão de seu comportamento. Portanto, quantidades consideráveis de tempo e trabalho são necessárias para obter resultados sonoros sobre as taxas específicas de bactérias de bacterivoria atribuíveis a um determinado grupo ou espécie protistan.
Apesar destas dificuldades, esta aproximação permanece a ferramenta a mais apropriada atualmente disponível para avaliar o bacterivoria do protistan em ajustes naturais. Aqui apresentamos um método abrangente e fácil de seguir para o uso de FLB como traçador em estudos de ecologia microbiana aquática. Todos os aspectos problemáticos mencionados da abordagem são contabilizados e um fluxo de trabalho melhorado é descrito, com dois experimentos de ambientes contrastantes, bem como contrastantes espécies ciliadas como exemplos.
O primeiro estudo de caso foi conduzido em um ambiente epilimnetic do reservatório de água mesotrófico de římov na República Checa, que mostra o Grazer e as abundâncias bacterianas comparáveis à maioria de corpos de água doce de superfície (cf.5,7). O segundo estudo de caso foi conduzido no ambiente altamente específico dentro das armadilhas da planta carnívoros aquática Utricularia reflexa, que hospeda números extremamente elevados de ambos os ciliados mixotróficas de pastoreio (utriculariae de Tetrahymena) e células bacterianas. Cálculos de taxas de pastejo específicas de células e estoques de pé bacteriano em ambos os tipos de amostra são mostrados. Uma escala de interpretações ecological dos resultados é discutida então, e os exemplos de estudos possíveis da continuação são sugeridos finalmente.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1612px;" width="1611">
	<tbody>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;width:360px;">0.2-&#181;m pore-size filters&#160;</td>
			<td style="width:462px;">SPI supplies, https://www.2spi.com/</td>
			<td style="width:137px;">B0225-MB</td>
			<td style="width:654px;">Black, polycarbonate track etch membrane filters, diameter approprite for filtering apparatus used</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">5-(4,6-dichlorotriazin-2-yl) aminofluorescein (DTAF)</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Automatic pipettes with adjustable volumes&#160;</td>
			<td>Any brand, various sizes</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Centrifuge</td>
			<td>22 000 x g</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Cryovials</td>
			<td>Any brand, 2 mL size</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">DAPI (4&#180;,6-Diamidino-2&#180;-phenylindole dihydrochloride)</td>
			<td>Any brand&#160;</td>
			<td></td>
			<td>1 mg ml-1</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Epiflorescence microscope</td>
			<td>Magnification from 400 x up to 1000 x</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;"></td>
			<td>Filters appropriate for viewing in the DAPI and DTAF range</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;"></td>
			<td>Counting grid in one of the oculars</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Filtering apparatus</td>
			<td>Usually with a diameter of 25 mm&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Formaldehyde</td>
			<td>A brand for microscopy</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Glutaraldehyde</td>
			<td>A brand for microscopy</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Immersion oil for microscopy</td>
			<td>Specific oil with low fluorescence</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="58">
			<td height="58" style="height:58px;">Lugol&#180;s solution</td>
			<td>Any brand or see comment</td>
			<td></td>
			<td style="width:654px;">Make an alkaline Lugol&#39; solution as follows: Solution 1 - dissolve&#160; 10 g of potassium iodide in 20 ml in MQ water, then add 5 g of iodine. Solution 2 - add 5 g of sodium acetate&#160; to 50 ml of MQ water. Add the solution 2 to the solution 1 and thoroughly mix</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Methanol stabilized formalin</td>
			<td>Any brand available for microscopy purposes</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Microscope slides and cover slips</td>
			<td>Any brand produced for microscopy purposes&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">MQ water for diluting samples</td>
			<td style="width:462px;">Any brand 
			&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Phosphate-buffered saline (PBS; pH = 9)</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>0.05 M Na2HPO4-NaCl solution, adjusted to pH 9</td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">PPi-saline buffer</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td style="width:654px;">0.02 M Na4P2O7-NaCl solution. Add 0.53 g Na4P2O7 to 100 ml of MQ water plus 0.85 g NaCl&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sampling device&#160;</td>
			<td>Appropriate for obtaining representative sample&#160;</td>
			<td></td>
			<td>e.g. Friedinger sampler for lake plankton</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sodium thiosulfate solution</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>3% solution is used in the protocol</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sonicator</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>30 W</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Vortex</td>
			<td>Any brand allowing&#160; thorough mixing of the solutes and samples</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Water bath</td>
			<td>Any brand allowing temperature to be maintained at 60 &#176;C</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
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fluorescently labeled bacteria as a tracer to reveal novel pathways of organic carbon flow in aquatic ecosystems

Elucidar interações tróficas, como predação e seus efeitos, é uma tarefa frequente para muitos pesquisadores em ecologia. O estudo das comunidades microbianas tem muitas limitações, e a determinação de um predador, presa e taxas predatórias é muitas vezes difícil. Aqui apresentamos um método otimizado com base na adição de presas rotuladas fluorescentamente como traçador, o que permite quantificar de forma confiável as taxas de pastejo em eucariontes predatórios aquáticos e estimar a transferência de nutrientes para níveis tróficos mais elevados.

Experimento de exemplo fui executado no reservatório de água de římov (Boémia do Sul, CZ), que é um local natural com menor predador natural in situ e abundância de presas. Os dados representativos são relatados para a espécie onívora do ciliate halteria grandinella, que é um Grazer abundante e eficiente do picoplâncton (< 2 μm) partículas10,16,17,18 <su...

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Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems

Aqui apresentamos um protocolo para uma única célula, técnica baseada em microscopia de epifluorescência para quantificar as taxas de pastejo em eucariontes predatórios aquáticos com alta precisão e resolução taxonômica.

Bactérias rotuladas fluorescently como um Tracer para revelar novas vias de fluxo de carbono orgânico em ecossistemas aquáticos

Elucidating trophic interactions, such as predation and its effects, is a frequent task for many researchers in ecology. The study of microbial ...

Essa abordagem é significativa porque nos permite visualizar e estimar fluxos de carbono e energia de procariotes a níveis tróficos mais altos em teias de alimentos microbianos em uma resolução muito alta. Esta é a única técnica disponível atualmente para determinar quais espécies protistas consomem bactérias in situ e, ao mesmo tempo, quantificar a taxa desse processo em um nível unicelular. Uma vez que as bactérias são os únicos micróbios significativos que mudam o carbono orgânico dissolvido para partículas de carbono orgânico, o conhecimento dos atores envolvidos e as taxas em que isso acontece forma a base para a compreensão dos ecossistemas aquáticos em geral. Recomendamos que os pesquisadores se familiarizem com seu sistema de estudo antes de realizarem quaisquer experimentos de pastagem. Isso envolve a luz e a epifluorescência da inspeção de microscopia das amostras, e o conhecimento do principal imposto presente e sua dinâmica sazonal. Demonstrando o procedimento será Jitka Jezberov

Research

JoVE Journal

Environment

Alternative Method of Removing Otoliths from Sturgeon

Método alternativo de remoção de otólitos de Sturgeon

Extracting the otoliths (ear bones) from fish that have very thick skulls can be difficult and very time consuming. The common practice of making a ...

Ambiente

Assessment of Labile Organic Carbon in Soil Using Sequential Fumigation Incubation Procedures

Avaliação da lábil carbono orgânico no solo usando procedimentos seqüenciais Fumigação de incubação

Management practices and environmental changes can alter soil nutrient and carbon cycling. Soil labile organic carbon, a readily decomposable C pool, is ...

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

Compreender orgânico dissolvido Matéria Biogeoquímica Através<em&gt; In Situ</em&gt; Nutrientes Manipulações no córrego Ecossistemas

Dissolved organic matter (DOM) is a highly diverse mixture of molecules providing one of the largest sources of energy and nutrients to stream ecosystems. ...

A Flow-through Exposure System for Evaluating Suspended Sediments Effects on Aquatic Life

Um Sistema de Exposição Fluxo através de sedimentação de Efeitos Avaliando suspensos sobre a vida aquática

This paper describes the Fish Larvae and Egg Exposure System (FLEES). The flow-through exposure system is used to investigate the effects of suspended ...

Production and Measurement of Organic Particulate Matter in a Flow Tube Reactor

Produção e medição de partículas orgânicas em um reator de tubo de fluxo

Organic particulate matter (PM) is increasingly recognized as important to the Earth's climate system as well as public health in urban regions, and the ...

Measurement of the Rheology of Crude Oil in Equilibrium with CO2 at Reservoir Conditions

Measurement of the Rheology of Crude Oil in Equilibrium with CO2 at Reservoir Conditions

Medição da reologia do petróleo bruto em equilíbrio com CO<sub&gt; 2</sub&gt; Nas condições do reservatório

A rheometer system to measure the rheology of crude oil in equilibrium with carbon dioxide (CO2) at high temperatures and pressures is described. The ...

Ecosystem Fabrication (EcoFAB) Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

Ecosystem Fabrication EcoFAB Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

Protocolos de fabricação (EcoFAB) ecossistema para a construção de ecossistemas de laboratório projetado para estudar interações planta-micróbio

Beneficial plant-microbe interactions offer a sustainable biological solution with the potential to boost low-input food and bioenergy production. A ...

Characterization of Aquatic Biofilms with Flow Cytometry

Caracterização de biofilmes aquáticos com citometria de fluxo

Biofilms are dynamic consortia of microorganism that play a key role in freshwater ecosystems. By changing their community structure, biofilms respond ...

Experimental Protocol for Examining Behavioral Response Profiles in Larval Fish: Application to the Neuro-stimulant Caffeine

Protocolo experimental pela análise de perfis de resposta comportamental em peixes Larval: aplicação para a Neuro-estimulantes cafeína

Fish models and behaviors are increasingly used in the biomedical sciences; however, fish have long been the subject of ecological, physiological and ...

Use of Principal Components for Scaling Up Topographic Models to Map Soil Redistribution and Soil Organic Carbon

Uso de componentes principais para ampliação de modelos topográficos para mapear a redistribuição de terra e solo de carbono orgânico

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it ...