Name: fluorescently labeled bacteria as a tracer to reveal novel pathways of organic carbon flow in aquatic ecosystems
Uploaded: 2019-09-13T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems at JoVE.com

Это исследование было поддержано Чешским научным фондом в рамках научно-исследовательского гранта 13-00243S и 19-16554S, присуждаемого К. З. и Д.С., соответственно. Эта статья была также поддержана проектом "Биоманипуляция как инструмент для улучшения качества воды в водохранилищах плотин" (No C.02.1.01/0.0/0.0/16-025/0007417), финансируемый Европейским фондом регионального развития, в оперативных программах исследований, разработок и образования.

1. Коллекция образцов
<ol><li>
Сбор образца воды резервуара: первое исследование случая (Exp I; более низкая естественная в situ система хищника и изобилия добычи)<ol>
<li>Собирайте пробы воды из нужного места на подходящую глубину. Храните образцы в контролируемом температурой охладите?...

<ol>
	<li>Azam, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ecological+role+of+water-column+microbes+in+the+sea.">The ecological role of water-column microbes in the sea.</a> Marine Ecology Progress Series. 10, 257-263 (1983).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+finely+tuned+symphony+of+factors+modulates+the+microbial+food+web+of+a+freshwater+reservoir+in+spring.">A finely tuned symphony of factors modulates the microbial food web of a freshwater reservoir in spring.</a> Limnology &amp; Oceanography. 59, 1477-1492 (2014).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+prey+food+characteristics+modulate+community+growth+response+of+freshwater+bacterivorous+flagellates.">Bacterial prey food characteristics modulate community growth response of freshwater bacterivorous flagellates.</a> Limnology &amp; Oceanography. 63, 484-502 (2018).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Changes+in+bacterial+community+composition,+dynamics+and+viral+mortality+rates+associated+with+enhanced+flagellate+grazing+in+a+meso-eutrophic+reservoir.">Changes in bacterial community composition, dynamics and viral mortality rates associated with enhanced flagellate grazing in a meso-eutrophic reservoir.</a> Applied &amp; Environmental Microbiology. 67, 2723-2733 (2001).</li><li>J&#252;rgens, K., Matz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predation+as+a+shaping+force+for+the+phenotypic+and+genotypic+composition+of+planktonic+bacteria.">Predation as a shaping force for the phenotypic and genotypic composition of planktonic bacteria.</a> Antonie Van Leeuwenhoek. 81, 413-434 (2002).</li><li>Pernthaler, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predation+on+prokaryotes+in+the+water+column+and+its+ecological+implications.">Predation on prokaryotes in the water column and its ecological implications.</a> Nature Reviews Microbiology. 3, 537-546 (2005).</li><li>Berninger, U. B., Finlay, J., Kuuppo-Leinikki, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protozoan+control+of+bacterial+abundances+in+freshwaters.">Protozoan control of bacterial abundances in freshwaters.</a> Limnology and Oceanography. 36, 139-147 (1991).</li><li>Sherr, E. B., Sherr, B. F., Kemp, P. F., Sherr, B. F., Sherr, E. B., Cole, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protistan+grazing+rates+via+uptake+of+fluorescently+labeled+prey.">Protistan grazing rates via uptake of fluorescently labeled prey.</a> Handbook of Methods in Aquatic Microbial Ecology. , 695-701 (1993).</li><li>Vazquez-Dominguez, E., Peters, F., Gasol, J. M., Vaqu&#233;, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+the+grazing+losses+of+picoplankton:+methodological+improvements+in+the+use+of+fluorescently+tracers+combined+with+flow+cytometry.">Measuring the grazing losses of picoplankton: methodological improvements in the use of fluorescently tracers combined with flow cytometry.</a> Aquatic Microbial Ecology. 20, 119-128 (1999).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecological+role+and+bacterial+grazing+of+Halteria+spp.:+Small+oligotrichs+as+dominant+pelagic+ciliate+bacterivores.">Ecological role and bacterial grazing of Halteria spp.: Small oligotrichs as dominant pelagic ciliate bacterivores.</a> Aquatic Microbial Ecology. 22, 43-56 (2000).</li><li>Montagnes, D. J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+feeding+behaviour+of+key+free-living+protists:+avenues+for+continued+study.">Selective feeding behaviour of key free-living protists: avenues for continued study.</a> Aquatic Microbial Ecology. 53, 83-98 (2008).</li><li>Kirchman, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Processes in Microbial Ecology. 2nd Edition. , (2018).</li><li>Porter, K. G., Feig, Y. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+DAPI+for+identifying+and+counting+aquatic+microflora.">The use of DAPI for identifying and counting aquatic microflora.</a> Limnology and Oceanography. 25, 943-948 (1980).</li><li>Foissner, W., Berger, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+user-friendly+guide+to+the+ciliates+(Protozoa,+Ciliophora)+commonly+used+by+hydrobiologists+as+bioindicators+in+rivers,+lakes,+and+waste+waters,+with+notes+on+their+ecology.">A user-friendly guide to the ciliates (Protozoa, Ciliophora) commonly used by hydrobiologists as bioindicators in rivers, lakes, and waste waters, with notes on their ecology.</a> Freshwater Biology. 35, 375-482 (1996).</li><li>Foissner, W., Berger, H., Schaumburg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+ecology+of+limnetic+plankton+ciliates.">Identification and ecology of limnetic plankton ciliates.</a> Informationsberichte des Bayer Landesamtes f&#252;r Wasserwirtschaft Heft. , 3-99 (1999).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+grazing+on+picoplankton+in+a+eutrophic+reservoir+during+the+summer+phytoplankton+maximum:+a+study+at+the+species+and+community+level.">Ciliate grazing on picoplankton in a eutrophic reservoir during the summer phytoplankton maximum: a study at the species and community level.</a> Limnology &amp; Oceanography. 40, 1077-1090 (1995).</li><li>Skibbe, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+quantitative+protargol+stain+for+ciliates+and+other+planktonic+protists.">An improved quantitative protargol stain for ciliates and other planktonic protists.</a> Archiv f&#252;r. Hydrobiolgie. 130, 339-347 (1994).</li><li>Macek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+rates+of+dominant+planktonic+ciliates+in+two+freshwater+bodies+of+different+trophic+degree.">Growth rates of dominant planktonic ciliates in two freshwater bodies of different trophic degree.</a> Journal of Plankton Research. 18, 463-481 (1996).</li><li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+food+webs+in+hypertrophic+fishponds:+omnivorous+ciliate+taxa+are+major+protistan+bacterivores.">Microbial food webs in hypertrophic fishponds: omnivorous ciliate taxa are major protistan bacterivores.</a> Limnology &amp; Oceanography. , (2019).</li><li>Jezbera, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Major+freshwater+bacterioplankton+groups:+Contrasting+trends+in+distribution+of+Limnohabitans+and+Polynucleobacter+lineages+along+a+pH+gradient+of+72+habitats.">Major freshwater bacterioplankton groups: Contrasting trends in distribution of Limnohabitans and Polynucleobacter lineages along a pH gradient of 72 habitats.</a> FEMS Microbiology Ecology. 81, 467-479 (2012).</li><li>Kasalick&#253;, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+diversity+of+the+Limnohabitans+genus,+an+important+group+of+freshwater+bacterioplankton,+by+characterization+of+35+isolated+strains.">The diversity of the Limnohabitans genus, an important group of freshwater bacterioplankton, by characterization of 35 isolated strains.</a> PLoS One. 8, 58209 (2013).</li><li>Stabell, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+bacterivory+in+epilimnetic+waters.">Ciliate bacterivory in epilimnetic waters.</a> Aquatic Microbial Ecology. 10, 265-272 (1996).</li><li>Zingel, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliates+are+the+dominant+grazers+on+pico-+and+nanoplankton+in+a+shallow,+naturally+highly+eutrophic+lake.">Ciliates are the dominant grazers on pico- and nanoplankton in a shallow, naturally highly eutrophic lake.</a> Microbial Ecology. 53, 134-142 (2007).</li><li>Bickel, S. L., Tang, K. W., Grossart, H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+epibionts+associated+with+crustacean+zooplankton+in+german+lakes:+distribution,+motility,+and+bacterivory.">Ciliate epibionts associated with crustacean zooplankton in german lakes: distribution, motility, and bacterivory.</a> Frontiers in Microbiology. 3 (243), (2012).</li><li>Sirov&#225;, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hunters+or+gardeners?+Linking+community+structure+and+function+of+trap-associated+microbes+to+the+nutrient+acquisition+strategy+of+a+carnivorous+plant.">Hunters or gardeners? Linking community structure and function of trap-associated microbes to the nutrient acquisition strategy of a carnivorous plant.</a> Microbiome. 6, 225 (2018).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecological+traits+of+a+zoochlorellae-bearing+Tetrahymena+sp.+(Ciliophora)+living+in+traps+of+the+carnivorous+aquatic+plant+Utricularia+reflexa.">Ecological traits of a zoochlorellae-bearing Tetrahymena sp. (Ciliophora) living in traps of the carnivorous aquatic plant Utricularia reflexa.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 336-348 (2017).</li><li>Pitsch, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+green+Tetrahymena+utriculariae+n.+sp.+(Ciliophora,+Oligohymenophorea)+with+its+endosymbiotic+algae+(Micractinium+sp.),+living+in+the+feeding+traps+of+a+carnivorous+aquatic+plant.">The green Tetrahymena utriculariae n. sp. (Ciliophora, Oligohymenophorea) with its endosymbiotic algae (Micractinium sp.), living in the feeding traps of a carnivorous aquatic plant.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 322-335 (2017).</li><li>Nielsen, J. M., Clare, E. L., Hayden, B., Brett, M. T., Kratina, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diet+tracing+in+ecology:+Method+comparison+and+selection.">Diet tracing in ecology: Method comparison and selection.</a> Methods in Ecology and Evaluation. 9, 278-291 (2018).</li><li>Beisner, B. E., Grossart, H. P., Gasol, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+guide+to+methods+for+estimating+phago-mixotrophy+in+nanophytoplankton.">A guide to methods for estimating phago-mixotrophy in nanophytoplankton.</a> Journal of Plankton Research. , 1-13 (2019).</li><li>Dolan, J. D., &#352;imek, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+of+ingested+matter+in+Strombidium+sulcatum,+a+marine+ciliate+(Oligotrichida).">Processing of ingested matter in Strombidium sulcatum, a marine ciliate (Oligotrichida).</a> Limnology and Oceanography. 42, 393-397 (1997).</li><li>Massana, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Grazing+rates+and+functional+diversity+of+uncultured+heterotrophic+flagellates.">Grazing rates and functional diversity of uncultured heterotrophic flagellates.</a> The ISME Journal. 3, 588-596 (2009).</li><li>Gruj&#269;i&#263;, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryptophyta+as+major+freshwater+bacterivores+in+experiments+with+manipulated+bacterial+prey.">Cryptophyta as major freshwater bacterivores in experiments with manipulated bacterial prey.</a> The ISME Journal. 12, 1668-1681 (2018).</li></ol>

Расшифровка трофического взаимодействия в водных системах всегда бросает вызов28,особенно в нано-планктонных масштабах с участием протеистов и их добычи, бактерий. Когда дело доходит до усвоения питательных веществ пути и количественной оценки, применение методов, успешн...

Гетеротрофные прокариоты являются ключевым биологическим компонентом в водных системах и составляют значительную долю биомассы планктона1,2,3. Факторы, контролирующие их изобилие, разнообразие и активность, имеют решающее значение для понимания их роли в биогеохимическом велоспорте (т.е. судьбе органического углерода и других питательных веществ и притока энергии от прокариот до более высоких трофических уровней). Простейшие выпаса является одним из этих важных факторов. Бактериальная бактерия гетеротрофных нанофлагеллетов и цилиатов налагает сильный сверху вниз контроль над прокариотическим изобилием, функцией сообщества, структурой, разнообразием и даже клеточной морфологией и темпами роста конкретных бактериальных групп4, 5,6. В некоторых системах, протисты служат основной причиной бактериальной смертности6,7.
Стандартный подход, используемый для оценки простейшие бактерии, которая используется в течение некоторого времени, включает в себя использование флуоресцентно помеченных бактерий (FLB) в качестве аналогов добычи и эпифлюоресценции микроскопии. Cell-специфические тарифы поглощения можно обусловить путем количественной оценки числа помеченных частиц добычи в вакуолах протистановых пищевых продуктов в течение выбранного курса8. Этот подход имеет ряд преимуществ. Tracer добавляется в естественные образцы с естественными сборками хищника и добычи. Существует минимальная манипуляция образца до инкубации, минимальное изменение образца добавленным трассировщиком FLB, и время инкубации короткие, чтобы обеспечить звуковые результаты, полученные при близких к условиям initu. Кроме того, в условиях с низким числом бактериораилистов или зоопланктона (например, морских морских систем) показатели исчезновений FLB, добавленных в образцы в небольших количествах (2%-3% трассировки), могут быть обнаружены с помощью цитометрии потока в долгосрочной перспективе (12-24 ч) инкубационные эксперименты. Затем, номера FLB в начале и конечных точках (интеграция воздействия всех бактериофоров) количественно поток цитометрии (для деталей, см. предыдущую публикацию9). Однако такой параметр представляет собой только общий агрегированный уровень бактериори, который не может быть непосредственно отнесен к какой-либо конкретной протистанской и зоопланктонных групп или видов.
В целом, количественная оценка протистана видов или морфотипа конкретных бактериальных показателей смертности в водной среде точно и с экологическим значением может быть сложной задачей. Некоторые протеисты селективных grazers, и размер и форма клетки добавил FLB трассировщик может исказить естественные темпы усвоения добычи10,11. Кроме того, протистановская активность и обмен веществ являются высокочувствительными к температуре12; поэтому количество добавленного трассировщика FLB необходимо тщательно манипулировать для каждого отдельного типа выборки (не только на основе естественного изобилия, размера и морфологии бактерий и преобладающих типов бактериора, но и на температуре). Большинство исследований сосредоточено на массовой пастбищной деятельности протистана; однако, бактериам охарактериции конкретных видов протистана часто имеет гораздо более высокое информационное значение и может быть предпочтительнее. В этом случае необходимы таксономические знания протеистических видов, присутствующих в образце, и понимание их поведения. Таким образом, значительное количество времени и труда требуется для получения хороших результатов по конкретным видам ставки бактериори, связанные с конкретной группы протистана или видов.
Несмотря на эти трудности, этот подход остается наиболее подходящим инструментом, доступным в настоящее время для оценки протистана бактерии в естественных условиях. Представлено здесь всеобъемлющий, простой в последующей метод для использования FLB в качестве трассировщика в водных микробных исследований экологии. Учитываются все упомянутые проблемные аспекты подхода и описан улучшенный рабочий процесс, в качестве примеров можно привести два эксперимента из контрастных сред, а также контрастные виды цилиат.
Первое тематическое исследование было проведено в эпилимонтической среде из мезотрофического зоохранилища Чёмов в Чешской Республике, которое показывает, что пасерс и бактериальное изобилие сравнимо с большинством поверхностных пресноводных тел (ср.5,7). Второй тематический исследование было проведено в узкоспецифической среде внутри ловушек водного плотоядного растения Utricularia reflexa, в котором содержится чрезвычайно большое количество обоих выпаса миксотрофических цилиатов (Tetrahymena utriculariae) и бактериальных клеток. Показаны расчеты клеточных коэффициентов выпаса и бактериальных постоянных запасов в обоих типах образцов. Затем обсуждается ряд экологических толкований результатов, и, наконец, предлагаются примеры возможных последующих исследований.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1612px;" width="1611">
	<tbody>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;width:360px;">0.2-&#181;m pore-size filters&#160;</td>
			<td style="width:462px;">SPI supplies, https://www.2spi.com/</td>
			<td style="width:137px;">B0225-MB</td>
			<td style="width:654px;">Black, polycarbonate track etch membrane filters, diameter approprite for filtering apparatus used</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">5-(4,6-dichlorotriazin-2-yl) aminofluorescein (DTAF)</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Automatic pipettes with adjustable volumes&#160;</td>
			<td>Any brand, various sizes</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Centrifuge</td>
			<td>22 000 x g</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Cryovials</td>
			<td>Any brand, 2 mL size</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">DAPI (4&#180;,6-Diamidino-2&#180;-phenylindole dihydrochloride)</td>
			<td>Any brand&#160;</td>
			<td></td>
			<td>1 mg ml-1</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Epiflorescence microscope</td>
			<td>Magnification from 400 x up to 1000 x</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;"></td>
			<td>Filters appropriate for viewing in the DAPI and DTAF range</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;"></td>
			<td>Counting grid in one of the oculars</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Filtering apparatus</td>
			<td>Usually with a diameter of 25 mm&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Formaldehyde</td>
			<td>A brand for microscopy</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Glutaraldehyde</td>
			<td>A brand for microscopy</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Immersion oil for microscopy</td>
			<td>Specific oil with low fluorescence</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="58">
			<td height="58" style="height:58px;">Lugol&#180;s solution</td>
			<td>Any brand or see comment</td>
			<td></td>
			<td style="width:654px;">Make an alkaline Lugol&#39; solution as follows: Solution 1 - dissolve&#160; 10 g of potassium iodide in 20 ml in MQ water, then add 5 g of iodine. Solution 2 - add 5 g of sodium acetate&#160; to 50 ml of MQ water. Add the solution 2 to the solution 1 and thoroughly mix</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Methanol stabilized formalin</td>
			<td>Any brand available for microscopy purposes</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Microscope slides and cover slips</td>
			<td>Any brand produced for microscopy purposes&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">MQ water for diluting samples</td>
			<td style="width:462px;">Any brand 
			&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Phosphate-buffered saline (PBS; pH = 9)</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>0.05 M Na2HPO4-NaCl solution, adjusted to pH 9</td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">PPi-saline buffer</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td style="width:654px;">0.02 M Na4P2O7-NaCl solution. Add 0.53 g Na4P2O7 to 100 ml of MQ water plus 0.85 g NaCl&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sampling device&#160;</td>
			<td>Appropriate for obtaining representative sample&#160;</td>
			<td></td>
			<td>e.g. Friedinger sampler for lake plankton</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sodium thiosulfate solution</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>3% solution is used in the protocol</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sonicator</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>30 W</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Vortex</td>
			<td>Any brand allowing&#160; thorough mixing of the solutes and samples</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Water bath</td>
			<td>Any brand allowing temperature to be maintained at 60 &#176;C</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

fluorescently labeled bacteria as a tracer to reveal novel pathways of organic carbon flow in aquatic ecosystems

Выяснение трофических взаимодействий, таких как хиртация и его последствия, является частой задачей для многих исследователей в области экологии. Изучение микробных сообществ имеет много ограничений, и определение хищника, добычи и хищнических ставок часто бывает трудно. Представленный здесь оптимизированный метод, основанный на добавлении флуоресцентно обозначенной добычи в качестве трассировщика, что позволяет надежно квадализировать показатели выпаса у водных хищных эукариот и оценку переноса питательных веществ на более высокие трофические уровни.

Пример эксперимента я был запущен в Зимовском водохранилище (южная Чехия, СЗ), который является природным местом с более низким природным на месте хищника и добычи изобилия. Представленные представительные данные сообщается для всеядных цилиат видов Halteria grandinella, который ?...

Watch this Scientific Journal Video about Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems at JoVE.com

Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems

Представлено здесь протокол для одноклеточных, эпифлюоресцентных микроскопических основе техники для количественной оценки выпаса в водных хищных эукариот с высокой точностью и таксономическим разрешением.

Флуоресцентно маркированные бактерии в качестве трассировщика для выявления новых путей органического углеродного потока в водных экосистемах

Elucidating trophic interactions, such as predation and its effects, is a frequent task for many researchers in ecology. The study of microbial ...

Этот подход имеет важное значение, поскольку он позволяет нам визуализировать и оценивать потоки углерода и энергии от прокариот до более высоких трофических уровней в микробных пищевых с паутинах с очень высоким разрешением. Это единственный метод, доступный в настоящее время для определения того, какие виды протистов потребляют бактерии на месте, и в то же время количественной оценки скорости этого процесса на одноклеточном уровне. Поскольку бактерии являются единственными значительными микробами, изменяющими растворенный органический углерод на твердые частицы органического углерода, знания участвующих игроков и скорость, с которой это происходит, являются основой для понимания водных экосистем в целом. Мы настоятельно рекомендуем исследователям ознакомиться со своей системой исследований, прежде чем проводить какие-либо выпаса экспериментов. Это включает в себя свет и эпифлуоресценцию микроскопии инспекции образцов, а также знание основных таксон настоящее время и их сезонной динамики. Демонстрацией процедуры станет Джитка Джезберов

Research

JoVE Journal

Environment

Alternative Method of Removing Otoliths from Sturgeon

Альтернативный метод удаления Отолиты из осетрины

Extracting the otoliths (ear bones) from fish that have very thick skulls can be difficult and very time consuming. The common practice of making a ...

Assessment of Labile Organic Carbon in Soil Using Sequential Fumigation Incubation Procedures

Оценка лабильного органического углерода в почве Использование процедур последовательного Фумигация инкубационного

Management practices and environmental changes can alter soil nutrient and carbon cycling. Soil labile organic carbon, a readily decomposable C pool, is ...

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

Понимание растворенное органическое вещество биогеохимии Через<em&gt; В Ситу</em&gt; Питательные манипуляциях в потоке экосистемам

Dissolved organic matter (DOM) is a highly diverse mixture of molecules providing one of the largest sources of energy and nutrients to stream ecosystems. ...

A Flow-through Exposure System for Evaluating Suspended Sediments Effects on Aquatic Life

Проточного Система экспозиции для оценки взвешенных наносов Воздействие на водной флоры и фауны

This paper describes the Fish Larvae and Egg Exposure System (FLEES). The flow-through exposure system is used to investigate the effects of suspended ...

Production and Measurement of Organic Particulate Matter in a Flow Tube Reactor

Производство и измерение органических частиц в реакторе трубки потока

Organic particulate matter (PM) is increasingly recognized as important to the Earth's climate system as well as public health in urban regions, and the ...

Measurement of the Rheology of Crude Oil in Equilibrium with CO2 at Reservoir Conditions

Measurement of the Rheology of Crude Oil in Equilibrium with CO2 at Reservoir Conditions

Измерение реологии сырой нефти в равновесии с CO<sub&gt; 2</sub&gt; В условиях водохранилища

A rheometer system to measure the rheology of crude oil in equilibrium with carbon dioxide (CO2) at high temperatures and pressures is described. The ...

Ecosystem Fabrication (EcoFAB) Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

Ecosystem Fabrication EcoFAB Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

Экосистема изготовление (EcoFAB) протоколы для строительства лаборатории экосистем, предназначенных для изучения растений микробных взаимодействий

Beneficial plant-microbe interactions offer a sustainable biological solution with the potential to boost low-input food and bioenergy production. A ...

Characterization of Aquatic Biofilms with Flow Cytometry

Характеристика водных биоплёнки с проточной цитометрии

Biofilms are dynamic consortia of microorganism that play a key role in freshwater ecosystems. By changing their community structure, biofilms respond ...

Experimental Protocol for Examining Behavioral Response Profiles in Larval Fish: Application to the Neuro-stimulant Caffeine

Экспериментальный протокол для изучения поведенческих реакции профили в личинок рыб: Приложение к кофеину нейро стимулятор

Fish models and behaviors are increasingly used in the biomedical sciences; however, fish have long been the subject of ecological, physiological and ...

Use of Principal Components for Scaling Up Topographic Models to Map Soil Redistribution and Soil Organic Carbon

Использование основных компонентов для масштабирования Топографическая модели для сопоставления перераспределения земли и почвы органического углерода

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it ...