Name: use of viral entry assays and molecular docking analysis for the identification of antiviral candidates against coxsackievirus a16
Uploaded: 2019-07-15T14:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Use of Viral Entry Assays and Molecular Docking Analysis for the Identification of Antiviral Candidates against Coxsackievirus A16 at JoVE.com

يشعر المؤلفون بالامتنان للدكتور جوشوا بيكهام في جامعة تكساس في أوستن على الدعم التقني مع الإرساء الجزيئي. وقد تم دعم هذه الدراسة جزئيا بتمويل من وزارة العلوم والتكنولوجيا في تايوان (MOST107-2320-B-037-002 إلى C.J.L. و L.T.L.; MOST106-2320-B-038-021 وMOST107-2320-B-038-034-MY3 إلى L.-T.L.).

ملاحظة: ويجب إجراء جميع حالات زراعة الخلايا والعدوى بالفيروس في أغطية معتمدة للسلامة الأحيائية تكون مناسبة لمستوى السلامة الأحيائية للعينات التي يجري التعامل معها. يتم استخدام اثنين من فئة التانين من الجزيئات الصغيرة حمض الشابولاجيك (CHLA) وpunicalagin (PUG)، التي لوحظت لمنع Efficiently CVA16 ال...

<ol>
	<li>Legay, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fatal+coxsackievirus+A-16+pneumonitis+in+adult.">Fatal coxsackievirus A-16 pneumonitis in adult.</a> Emerging Infectious Diseases. 13, 1084-1086 (2007).</li><li>Wang, C. Y., Li Lu, ., Wu, F., H, M., Lee, C. Y., Huang, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fatal+coxsackievirus+A16+infection.">Fatal coxsackievirus A16 infection.</a> Pediatric Infectious Disease Journal. 23, 275-276 (2004).</li><li>Ren, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structures+of+coxsackievirus+A16+capsids+with+native+antigenicity:+implications+for+particle+expansion,+receptor+binding,+and+immunogenicity.">Structures of coxsackievirus A16 capsids with native antigenicity: implications for particle expansion, receptor binding, and immunogenicity.</a> Journal of Virology. 89, 10500-10511 (2015).</li><li>Nishimura, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+P-selectin+glycoprotein+ligand-1+is+a+functional+receptor+for+enterovirus+71.">Human P-selectin glycoprotein ligand-1 is a functional receptor for enterovirus 71.</a> Nature Medicine. 15, 794-797 (2009).</li><li>Yamayoshi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scavenger+receptor+B2+is+a+cellular+receptor+for+enterovirus+71.">Scavenger receptor B2 is a cellular receptor for enterovirus 71.</a> Nature Medicine. 15, 798-801 (2009).</li><li>Yamayoshi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+SCARB2-dependent+infection+by+coxsackievirus+A7,+A14,+and+A16+and+enterovirus+71.">Human SCARB2-dependent infection by coxsackievirus A7, A14, and A16 and enterovirus 71.</a> Journal of Virology. 86, 5686-5696 (2012).</li><li>Lin, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydrolyzable+tannins+(chebulagic+acid+and+punicalagin)+target+viral+glycoprotein-glycosaminoglycan+interactions+to+inhibit+herpes+simplex+virus+1+entry+and+cell-to-cell+spread.">Hydrolyzable tannins (chebulagic acid and punicalagin) target viral glycoprotein-glycosaminoglycan interactions to inhibit herpes simplex virus 1 entry and cell-to-cell spread.</a> Journal of Virology. 85, 4386-4398 (2011).</li><li>Lin, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Broad-spectrum+antiviral+activity+of+chebulagic+acid+and+punicalagin+against+viruses+that+use+glycosaminoglycans+for+entry.">Broad-spectrum antiviral activity of chebulagic acid and punicalagin against viruses that use glycosaminoglycans for entry.</a> BMC Microbiology. 13, 187 (2013).</li><li>Lin, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+molecules+targeting+coxsackievirus+A16+capsid+inactivate+viral+particles+and+prevent+viral+binding.">Small molecules targeting coxsackievirus A16 capsid inactivate viral particles and prevent viral binding.</a> Emerging Microbes &amp; Infections. 7, 162 (2018).</li><li>Flint, S. J., Enquist, L. W., Racaniello, V. R., Skalka, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Principles of Virology. , (2008).</li><li>Velu, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BPR-3P0128+inhibits+RNA-dependent+RNA+polymerase+elongation+and+VPg+uridylylation+activities+of+Enterovirus+71.">BPR-3P0128 inhibits RNA-dependent RNA polymerase elongation and VPg uridylylation activities of Enterovirus 71.</a> Antiviral Research. 112, 18-25 (2014).</li><li>Tai, C. J., Li, C. L., Tai, C. J., Wang, C. K., Lin, L. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Early+Viral+Entry+Assays+for+the+Identification+and+Evaluation+of+Antiviral+Compounds.">Early Viral Entry Assays for the Identification and Evaluation of Antiviral Compounds.</a> Journal of Visualized Experiments. , e53124 (2015).</li><li>Lang, P. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DOCK+6:+combining+techniques+to+model+RNA-small+molecule+complexes.">DOCK 6: combining techniques to model RNA-small molecule complexes.</a> RNA. 15, 1219-1230 (2009).</li><li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coxsackievirus+A16+utilizes+cell+surface+heparan+sulfate+glycosaminoglycans+as+its+attachment+receptor.">Coxsackievirus A16 utilizes cell surface heparan sulfate glycosaminoglycans as its attachment receptor.</a> Emerging Microbes &amp; Infections. 6, 65 (2017).</li><li>Waterhouse, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SWISS-MODEL:+homology+modelling+of+protein+structures+and+complexes.">SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes.</a> Nucleic Acids Research. 46, W296-W303 (2018).</li></ol>

في هذا التقرير، وصفنا البروتوكولات التي هي مفيدة لتحديد المرشحين المضادة للفيروسات التي تستهدف دخول الفيروسية، ولا سيما ضد CVA16 غير مغلفة. تم تصميم الاختبارات بطرق لتشريح الأحداث المبكرة أثناء الدخول الفيروسي، وهو أمر مفيد لتوضيح آلية (آليات) العمل والأهداف المحتملة للنشاط المضاد للفيرو?...

أمراض اليد والقدم والفم (HFMD) هو المرض الأكثر شيوعا الناجمة عن فيروس كوكساكي A16 (CVA16) والفيروس المعوي 71 (EV71) في الأطفال الصغار. وفي الآونة الأخيرة في جميع أنحاء منطقة آسيا والمحيط الهادئ، حدث ارتفاع كبير في HFMD الذي يسببه CVA16. في حين يمكن أن تكون الأعراض خفيفة، يمكن أن تحدث مضاعفات شديدة تؤثر على الدماغ والقلب، مع احتمال الوفاة1،2. في الوقت الحاضر، لا توجد علاجات مضادة للفيروسات مرخصة أو التطعيمات المتاحة لCVA16، وبالتالي هناك حاجة ملحة لوضع استراتيجيات مضادة للفيروسات للحد من تفشي الأمراض في المستقبل والمضاعفات المرتبطة بها.
CVA16 هو فيروس غير مغلف الذي يحتوي على capsid icosahedral تجميعها من pentamers أن كل تحتوي على 4 البروتينات الهيكلية وهي VP1، VP2، VP3، و VP4. تطويق كل محور خمسة أضعاف في الخماسي هو منطقة 'الوادي' التي تظهر كالاكتئاب ويلاحظ لدورها في مستقبلات ملزمة3. في الجزء السفلي من هذا الوادي يكمن جيب الكاره للماء في منطقة VP1 التي تحتوي على الرباط الدهنية الطبيعية المسماة sphingosine (SPH). مستقبلات الخلوية، مثل الإنسان P selectin غليكوزيبروتين ليكاند 1 (PSGL-1) ومستقبلات الزبال فئة B عضو 2 (SCARB2)، وقد اقترح للعب دور في الربط الفيروسي عن طريق إزاحة هذا الرباط الذي يؤدي إلى تغييرات المطابقة إلى كابسيد و طرد لاحق من الجينوم الفيروسي في الخلية المضيفة4،5،6. تحديد مثبطات المحتملة التي تمنع الأحداث المتعاقبة في عملية دخول الفيروسية يمكن أن توفر استراتيجيات علاجية محتملة ضد عدوى CVA16.
ويمكن تشريح الخطوات في دورة حياة الفيروس من خلال النهج التجريبية كأهداف للمساعدة في تحديد العوامل المضادة للفيروسات الخاصة بالوضع. تحليل وقت إضافة المخدرات يفحص تأثير العلاج من المخدرات في أوقات مختلفة خلال العدوى الفيروسية، بما في ذلك ما قبل الدخول (أضيف قبل العدوى بالفيروس)، والدخول (إضافة متزامنة إلى عدوى الفيروس)، وبعد الدخول (أضيفت بعد دخول عدوى الفيروس)7. يمكن تقييم التأثير باستخدام فحص البلاك القياسي عن طريق تحديد عدد اللويحات الفيروسية التي تشكلت في كل حالة من شروط العلاج. يحدد فحص الربط الفيروسي القائم على قياس الخلايا ما إذا كان الدواء يمنع التعلق الفيروسي بالخلايا المضيفة. ويتحقق ذلك عن طريق تحويل درجة الحرارة من 37 درجة مئوية، التي تحدث فيها غالبية عدوى الفيروس البشري، إلى 4 درجة مئوية، حيث تكون virions قادرة على ربط سطح الخلية المضيفة ولكنها غير قادرة على دخول الخلايا7. ثم يتم قياس جزيئات الفيروس المرتبطة بغشاء الخلية كمياً من خلال التلطيخ المناعي ضد المستضدات الفيروسية وتقييمها عن طريق قياس التدفق الخلوي. اختبار التعطيل الفيروسي من ناحية أخرى يساعد على تقييم التفاعلات المادية المحتملة للدواء مع جزيئات الفيروس الحرة، إما حماية أو تحييد virions، أو التسبب في التجمعات أو التغيرات المطابقة التي تجعلها غير نشطة ل التفاعلات اللاحقة مع سطح الخلية المضيفة أثناء العدوى8،9. في هذه التجربة ، يسمح للابوتان الفيروسي باحتضان الدواء لأول مرة قبل تخفيفه لمعايرة الدواء قبل إصابة الخلية المضيفة أحادية الطبقة وإجراء فحص البلاك القياسي8. وأخيرا، الإرساء الجزيئي هو أداة قوية للتنبؤ مواقع التفاعل المخدرات المحتملة على سطح فيريون، بما في ذلك البروتينات السكرية الفيروسية من الفيروسات المغلفة والبروتينات كابسيد الفيروسية من الفيروسات غير المغلفة، وذلك باستخدام الحسابية خوارزميات. وهذا يساعد على تحديد الأهداف الآلية لطريقة عمل الدواء وتوفير معلومات مفيدة يمكن التحقق من صحتها من خلال الاختبارات النهائية.
لقد استخدمنا مؤخرا الأساليب المذكورة أعلاه لتحديد المركبات المضادة للفيروسات التي منعت بكفاءة العدوى من قبل CVA169غير مغلفة . هنا، يتم وصف البروتوكولات التفصيلية التي تم استخدامها ومناقشتها.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:824px;" width="824">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">4% Paraformaldehyde</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">AL-158127-500G</td>
			<td style="width:232px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">Alexa 488-conjugated anti-mouse IgG</td>
			<td style="width:205px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:171px;">A11029</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Amphotericin B</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">15290-018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:216px;">Anti-VP1 antibody</td>
			<td style="width:205px;">Merck-Millipore</td>
			<td style="width:171px;">MAB979</td>
			<td style="width:232px;">Anti-Enterovirus 71 Antibody, cross-reacts with Coxsackie A16, clone 422-8D-4C-4D</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Beckman Coulter Cytometer</td>
			<td style="width:205px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:171px;">FC500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Corina</td>
			<td style="width:205px;">Molecular Networks GmbH</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Crystal violet</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">C3886-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DMEM</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">11995-040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DMSO</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">D5879</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">FBS</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">26140-079</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Formaldehyde</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">F8775</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Graphpad Prism</td>
			<td style="width:205px;">GraphPad</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Heparin sodium salt</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">H3393</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">In vitro toxicology assay kit, XTT-based</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">TOX2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Methylcellulose</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">M0512-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">PBS pH 7.4</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">10010023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Penicillin-Streptomycin</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">15070-063</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">PyMol</td>
			<td style="width:205px;">Schr&#246;dinger</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">UCSF Chimera</td>
			<td style="width:205px;">University of California, San Francisco</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

use of viral entry assays and molecular docking analysis for the identification of antiviral candidates against coxsackievirus a16

الاختبارات المضادة للفيروسات التي تفحص ميكانيكيا دخول الفيروسية هي ذات الصلة لتحديد في أي خطوة العوامل التي تم تقييمها هي الأكثر فعالية، والسماح لتحديد مثبطات دخول الفيروسية المرشح. هنا، نقدم النهج التجريبية لتحديد الجزيئات الصغيرة القادرة على منع العدوى من قبل فيروس كوكساكي A16 غير المغلفة (CVA16) من خلال استهداف جزيئات الفيروس أو خطوات محددة في دخول الفيروس في وقت مبكر. وتشمل الاختبارات تحليل وقت إضافة المخدرات، والتدفق القائم على قياس السيتومتري اختبار ملزم الفيروسية، والتنبؤ بالتعطيل الفيروسي. كما نقدم بروتوكول الإرساء الجزيئي باستخدام بروتينات كابسيد الفيروس للتنبؤ بالمخلفات المحتملة التي تستهدفها المركبات المضادة للفيروسات. وينبغي أن تساعد هذه الاختبارات في تحديد العوامل المضادة للفيروسات المرشحة التي تعمل على دخول الفيروسية. ويمكن للاتجاهات المستقبلية أن تستكشف هذه المثبطات الممكنة لمزيد من تطوير العقاقير.

يشار إلى اختبار وقت إضافة المخدرات في الشكل 1 ويظهر تأثير العلاج باستخدام الجزيئات الصغيرة CHLA وPUG على عدوى CVA16 إما قبل دخول الفيروسية (المعالجة المسبقة)، أثناء الدخول الفيروسي (إضافة مشتركة)، أو دخول ما بعد الفيروسية ( ما بعد العدوى). كلا الجزيئات الصغيرة تن...

Watch this Scientific Journal Video about Use of Viral Entry Assays and Molecular Docking Analysis for the Identification of Antiviral Candidates against Coxsackievirus A16 at JoVE.com

Use of Viral Entry Assays and Molecular Docking Analysis for the Identification of Antiviral Candidates against Coxsackievirus A16

استخدام اختبارات دخول الفيروسية وتحليل الإرساء الجزيئي لتحديد المرشحين المضادة للفيروسات ضد فيروس كوكساكي A16

والهدف من البروتوكول هو توضيح الاختبارات المختلفة المتعلقة بالدخول الفيروسي التي يمكن استخدامها لتحديد مثبطات دخول الفيروس المرشح.

Antiviral assays that mechanistically examine viral entry are pertinent to discern at which step the evaluated agents are most effective, and allow for ...

ويمكن لهذا البروتوكول أن يساعد في اكتشاف الجزيئات الصغيرة المحتملة المضادة للفيروسات من خلال نهج يحركه الآلية. يحدد الوقت من إضافة فحص في أيّ خطوة من الإصابة الجزيء صغيرة يعرض نشاطه مضاد للفيروسات. يتنبأ الالتحام الجزيئي بالتفاعل بين الجزيء الصغير والبروتينات الفيروسية.لتقييم تأثير المخدرات على الخلايا المضيفة قبل العدوى الفيروسية، والخلايا RD البذور في لوحات 12-جيدا في مرتين 10 إلى الخلايا الخامسة في كثافة الطلاء جيدا. احتضان الخلايا في 37 درجة مئوية في حاضنة ثاني أكسيد الكربون 5٪ بين عشية وضحاها. في صباح اليوم التالي، علاج كل بئر من أحادية RD مع مركب اختبار الفائدة، في ثلاثليكات، في تركيزات غير سامة في ملليلتر واحد من المتوسطة القاعدية لمدة ساعة أو أربع ساعات.في نهاية الحضانة العلاج، وغسل الخلايا مع ملليلتر واحد من برنامج تلفزيوني قبل إضافة 50 وحدة تشكيل البلاك من الفيروس في 300 ميكرولترات من المتوسط القاعدي في البئر لمدة ساعة واحدة، مع هزاز كل 15 دقيقة. في نهاية حضانة العدوى، وغسل الخلايا مع برنامج تلفزيوني وتراكب الخلايا مع ملليلتر واحد من المتوسطة القاعدية الطازجة التي تحتوي على 0.8٪ ميثيلسيللوز. بعد 72 ساعة في حاضنة ثقافة الخلية، وغسل كل جيدا مع ملليلتر اثنين من برنامج تلفزيوني وإصلاح الخلايا مع 0.5 ملليلتر من 37٪ الفورمالديهايد في بئر لمدة 15 دقيقة.في نهاية التثبيت، وغسل الآبار مع برنامج تلفزيوني وصمة عار الخلايا مع 0.5 ملليلتر من 0.5٪ حل البنفسج الكريستال في بئر. بعد دقيقتين، اغسل الآبار بتيار لطيف من الماء واسمح لطبقة الهواء الجافة. ثم ضع لوحة على مربع الضوء الأبيض لحساب وحساب نسبة من الخلايا المصابة فيروس كوكساكي وفقا للصيغة.لتحليل الإرساء الجزيئي، قم بتنزيل جزيئات ثلاثية الأبعاد من مركبات الاختبار من PubChem. إذا لم يكن للجزيء بنية ثلاثية الأبعاد تم تحميلها، قم بتنزيل الهيكل 2D أو استخدم تسلسل سلسلة SMILE لتحويل الهيكل إلى جزيء ثلاثي الأبعاد عبر برنامج جزيئي مناسب. المقبل, تحميل وحدة التجميع البيولوجية الفيروسية من بنك بيانات البروتين RCSB.باستخدام برنامج مناسب للحوسبة الحيوية ، حذف المذيبات من ملف بنك بيانات البروتين ، واستبدال السلاسل الجانبية غير مكتملة باستخدام البيانات من مكتبة Rotamer Dunbrack 2010 وإضافة الهيدروجين والرسوم إلى الهيكل كما ذكر سابقا. لإرساء مركبات الاختبار على وحدة الفيروسات المعدة، تحميل ملف مجمع الاختبار في جامعة كاليفورنيا سان فرانسيسكو كيميرا كما ligand واختيار البروتين الفيروسي كله أعدت كما مستقبلات لأداء الالتحام الأعمى. للالتحام إضافية، حصر موقع الإرساء على البروتين الفيروسي للمناطق ذات الاهتمام المستمدة من نتائج الإرساء الأعمى عن طريق مزيد من الحد من حجم البحث.ثم تحميل ملف الإرساء في نظام الرسومات الجزيئية المناسبة لتحليل مواقف وضع الربط. حدد ليغاند للعثور على جهات اتصال القطبية من المجمع إلى البروتين الفيروسي، وتحديد الاتصالات القطبية مع أي خيار الذرات. كلا من الجزيئات الصغيرة التي تم اختبارها في هذه التجربة التمثيلية ، أنتجت فقط تأثير هامشي ضد الفيروس الكاروكسي A16 العدوى ، سواء في المعالجة المسبقة للخلايا المضيفة قبل العدوى الفيروسية أو في علاج ما بعد العدوى.في المقابل، الجزيئات بكفاءة إلغاء العدوى بنسبة أكبر من 80٪ في العلاج إضافة مشتركة، مما يشير إلى أن المركبين هي الأكثر فعالية عندما تكون موجودة في وقت واحد مع جزيئات الفيروس على سطح الخلية المضيفة أثناء الإصابة. تحليل الربط القائم على استئصال التدفق يؤكد أن العفصين منعا دخول الفيروس التكوكي A16 بالعدوى عن طريق منع ربط الجسيمات الفيروسية للخلايا المضيفة. الالتحام الجزيئي من العفص يشير إلى أن كلاهما من المتوقع أن ربط في منطقة الوادي من pentamer فيروس كوكساكي، فقط فوق مدخل الجيب الذي يحمل عامل الجيب ويلعب دورا هاما للتوسط كوكساكي الربط الفيروس والدخول في الخلية المضيفة.في هذه الإسقاطات السطحية ، يمكن ملاحظة المخلفات الفريدة المتوقعة من الاتصالات القطبية للجزيئات الصغيرة حول مدخل الجيب ، مع الهليون -85 ، الlysine-257 ، والهليون -417 المشترك بين العفصين. بالنسبة للإرساء الجزيئي ، يجب أن تؤخذ طوبولوجيا البروتين الفيروسي في الاعتبار عند ترتيب الإطارات الملزمة. ويمكن أن تشمل التجارب الإضافية اختبار النشاط المضاد للفيروسات للمركب على الفيروسات المؤتلفة، مع اكتشاف طفرات على الأحماض الأمينية للتحقق من أهميتها لفعالية الدواء.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

The Use of Drip Flow and Rotating Disk Reactors for Staphylococcus aureus Biofilm Analysis

The Use of Drip Flow and Rotating Disk Reactors for Staphylococcus aureus Biofilm Analysis

استخدام الري بالتنقيط وتدفق مفاعلات الأقراص الدوارة ل المكورات العنقودية الذهبية التحليل بيوفيلم

Most microbes in nature are thought to exist as surface-associated communities in biofilms.1  Bacterial biofilms are encased within a matrix and attached ...

Quantitative Analyses of all Influenza Type A Viral Hemagglutinins and Neuraminidases using Universal Antibodies in Simple Slot Blot Assays

نوع التحاليل الكمية للجميع الأنفلونزا من Hemagglutinins الفيروسية وNeuraminidases باستخدام الاجسام المضادة العالمي في فتحة بسيطة فحوصات لطخة

Hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) are two surface proteins of influenza viruses which are known to play important roles in the viral life cycle ...

Amplifying and Quantifying HIV-1 RNA in HIV Infected Individuals with Viral Loads Below the Limit of Detection by Standard Clinical Assays

تضخيم وقياس HIV - 1 الحمض النووي الريبي في الأفراد المصابين بالايدز مع الأحمال الفيروسية أقل من الحد كشفها بواسطة فحوصات السريرية القياسية

Amplifying viral genes and quantifying HIV-1 RNA in HIV-1 infected individuals with viral loads below the limit of detection by standard assays (below ...

Assays for the Identification of Novel Antivirals against Bluetongue Virus

فحوصات لتحديد رواية الأدوية المضادة للفيروسات ضد فيروس اللسان الأزرق

To identify potential antivirals against BTV, we have  developed, optimized and validated three assays presented here. The CPE-based  assay was the first ...

Viral Concentration Determination Through Plaque Assays: Using Traditional and Novel Overlay Systems

تحديد تركيز الفيروسي من خلال البلاك فحوصات: نظم تراكب عن طريق التقليدية والرواية

Plaque assays remain one of the most accurate methods for the direct quantification of infectious virons and antiviral substances through the counting of ...

Immunofluorescence to Monitor the Cellular Uptake of Human Lactoferrin and its Associated Antiviral Activity Against the Hepatitis C Virus

المناعي لمراقبة الخلوية امتصاص اللاكتوفيرين الإنسان ولها نشاط مضاد للفيروسات أسوشيتد ضد فيروس التهاب الكبد الوبائي C

Immunofluorescence is a laboratory technique commonly used to study many aspects of biology. It is typically used to visualize the distribution and/or ...

Early Viral Entry Assays for the Identification and Evaluation of Antiviral Compounds

الفيروسية في وقت مبكر فحوصات دخول لتحديد وتقييم المركبات المضادة للفيروسات

Cell-based systems are useful for discovering antiviral agents. Dissecting the viral life cycle, particularly the early entry stages, allows a mechanistic ...

The Development of Lyophilized Loop-mediated Isothermal Amplification Reagents for the Detection of Coxiella burnetii

The Development of Lyophilized Loop-mediated Isothermal Amplification Reagents for the Detection of Coxiella burnetii

تطوير بوساطة حلقة-المجففة بالتبريد متساوي التضخيم الكواشف للكشف عن<em&gt; الكوكسيلا البورنيتية</em

Coxiella burnetii, the agent causing Q fever, is an obligate intracellular bacterium. PCR based diagnostic assays have been developed for detecting C. ...

Swab Sampling Method for the Detection of Human Norovirus on Surfaces

مسحة طريقة أخذ العينات للكشف عن نوروفيروس الإنسان على السطوح

Human noroviruses are a leading cause of epidemic and sporadic gastroenteritis worldwide. Because most infections are either spread directly via the ...