Name: use of viral entry assays and molecular docking analysis for the identification of antiviral candidates against coxsackievirus a16
Uploaded: 2019-07-15T14:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Use of Viral Entry Assays and Molecular Docking Analysis for the Identification of Antiviral Candidates against Coxsackievirus A16 at JoVE.com

Forfatterne er taknemmelig for Dr. Joshua Beckham på University of Texas i Austin for teknisk support med molekylær docking. Denne undersøgelse blev delvis støttet af finansiering fra det taiwanske videnskabs-og teknologiministerium (MOST107-2320-B-037-002 til C.-J.L. og L.-T.L.; MOST106-2320-B-038-021 og MOST107-2320-B-038-034-MY3 til L.-T.L.).

Bemærk: Alle cellekulturer og virusinfektioner skal udføres i certificerede biosikkerhedshætter, der er passende for biosikkerheds niveauet for de prøver, der håndteres. De to tannin-klasse af små molekyler chebulaginsyre (CHLA) og punicalagin (PUG), der blev observeret for effektivt at blokere CVA16 infektion9, anvendes som eksempler på kandidat hæmmende midler. For grundlæggende principper i virologi teknikker, virus formering, bestemmelse af virus titer, og begreber af...

<ol>
	<li>Legay, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fatal+coxsackievirus+A-16+pneumonitis+in+adult.">Fatal coxsackievirus A-16 pneumonitis in adult.</a> Emerging Infectious Diseases. 13, 1084-1086 (2007).</li><li>Wang, C. Y., Li Lu, ., Wu, F., H, M., Lee, C. Y., Huang, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fatal+coxsackievirus+A16+infection.">Fatal coxsackievirus A16 infection.</a> Pediatric Infectious Disease Journal. 23, 275-276 (2004).</li><li>Ren, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structures+of+coxsackievirus+A16+capsids+with+native+antigenicity:+implications+for+particle+expansion,+receptor+binding,+and+immunogenicity.">Structures of coxsackievirus A16 capsids with native antigenicity: implications for particle expansion, receptor binding, and immunogenicity.</a> Journal of Virology. 89, 10500-10511 (2015).</li><li>Nishimura, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+P-selectin+glycoprotein+ligand-1+is+a+functional+receptor+for+enterovirus+71.">Human P-selectin glycoprotein ligand-1 is a functional receptor for enterovirus 71.</a> Nature Medicine. 15, 794-797 (2009).</li><li>Yamayoshi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scavenger+receptor+B2+is+a+cellular+receptor+for+enterovirus+71.">Scavenger receptor B2 is a cellular receptor for enterovirus 71.</a> Nature Medicine. 15, 798-801 (2009).</li><li>Yamayoshi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+SCARB2-dependent+infection+by+coxsackievirus+A7,+A14,+and+A16+and+enterovirus+71.">Human SCARB2-dependent infection by coxsackievirus A7, A14, and A16 and enterovirus 71.</a> Journal of Virology. 86, 5686-5696 (2012).</li><li>Lin, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydrolyzable+tannins+(chebulagic+acid+and+punicalagin)+target+viral+glycoprotein-glycosaminoglycan+interactions+to+inhibit+herpes+simplex+virus+1+entry+and+cell-to-cell+spread.">Hydrolyzable tannins (chebulagic acid and punicalagin) target viral glycoprotein-glycosaminoglycan interactions to inhibit herpes simplex virus 1 entry and cell-to-cell spread.</a> Journal of Virology. 85, 4386-4398 (2011).</li><li>Lin, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Broad-spectrum+antiviral+activity+of+chebulagic+acid+and+punicalagin+against+viruses+that+use+glycosaminoglycans+for+entry.">Broad-spectrum antiviral activity of chebulagic acid and punicalagin against viruses that use glycosaminoglycans for entry.</a> BMC Microbiology. 13, 187 (2013).</li><li>Lin, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+molecules+targeting+coxsackievirus+A16+capsid+inactivate+viral+particles+and+prevent+viral+binding.">Small molecules targeting coxsackievirus A16 capsid inactivate viral particles and prevent viral binding.</a> Emerging Microbes &amp; Infections. 7, 162 (2018).</li><li>Flint, S. J., Enquist, L. W., Racaniello, V. R., Skalka, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Principles of Virology. , (2008).</li><li>Velu, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BPR-3P0128+inhibits+RNA-dependent+RNA+polymerase+elongation+and+VPg+uridylylation+activities+of+Enterovirus+71.">BPR-3P0128 inhibits RNA-dependent RNA polymerase elongation and VPg uridylylation activities of Enterovirus 71.</a> Antiviral Research. 112, 18-25 (2014).</li><li>Tai, C. J., Li, C. L., Tai, C. J., Wang, C. K., Lin, L. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Early+Viral+Entry+Assays+for+the+Identification+and+Evaluation+of+Antiviral+Compounds.">Early Viral Entry Assays for the Identification and Evaluation of Antiviral Compounds.</a> Journal of Visualized Experiments. , e53124 (2015).</li><li>Lang, P. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DOCK+6:+combining+techniques+to+model+RNA-small+molecule+complexes.">DOCK 6: combining techniques to model RNA-small molecule complexes.</a> RNA. 15, 1219-1230 (2009).</li><li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coxsackievirus+A16+utilizes+cell+surface+heparan+sulfate+glycosaminoglycans+as+its+attachment+receptor.">Coxsackievirus A16 utilizes cell surface heparan sulfate glycosaminoglycans as its attachment receptor.</a> Emerging Microbes &amp; Infections. 6, 65 (2017).</li><li>Waterhouse, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SWISS-MODEL:+homology+modelling+of+protein+structures+and+complexes.">SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes.</a> Nucleic Acids Research. 46, W296-W303 (2018).</li></ol>

I denne rapport beskrev vi de protokoller, der er nyttige til identifikation af antivirale kandidater, der er målrettet mod viral indrejse, især i forhold til de ikke-kappeklædte CVA16. Assays er designet på måder at dissekere de tidlige hændelser under viral indrejse, hvilket er nyttigt at præcisere mekanismen (r) af handling og potentielle mål (r) af test agenternes antiviral aktivitet. "Time-of-Drug-tilsætning"-assay giver mulighed for bredt at bestemme det potentielle mål for test forbindelserne, for eksemp...

Mund-, mund-og klovesyge (HFMD) er en sygdom, der oftest forårsages af coxsackievirus A16 (CVA16) og enterovirus 71 (EV71) hos små børn. For nylig i Asien-Stillehavsområdet har der været en betydelig stigning i CVA16-induceret HFMD. Mens symptomerne kan være milde, kan der opstå svære komplikationer, som påvirker hjernen og hjertet, med potentiel dødsfald1,2. På nuværende tidspunkt er der ingen licenserede antivirale behandlinger eller vaccinationer til rådighed for CVA16, og derfor er der et presserende behov for at udvikle antivirale strategier til at bremse fremtidige udbrud og de tilhørende komplikationer.
CVA16 er en ikke-kappeklædte virus, der har en icosahedral kapsid samlet fra pentamers, der hver indeholder 4 strukturelle proteiner, nemlig VP1, VP2, VP3, og VP4. Omkranser hver femdobling akse i pentamer kosmetisk er en ' Canyon ' region, der viser som en depression og er kendt for sin rolle i receptor binding3. I bunden af denne Canyon ligger en hydrofobe lomme i VP1-regionen, der indeholder en naturlig fed ligand, der hedder sphingosin (sph). Cellulære receptorer, såsom humant P molekylet glykoprotein ligand 1 (psgl-1) og Scavenger receptor klasse B-medlem 2 (SCARB2), er blevet foreslået til at spille en rolle i viral binding ved at forlede dette ligand, hvilket resulterer i konformationelle ændringer af kapsid og efterfølgende udslyngning af viral genom i værtscellen4,5,6. Identificering af mulige inhibitorer, der blokerer de successive hændelser i viral indrejse processen kunne give potentielle terapeutiske strategier mod CVA16 infektion.
Trinene i virus livscyklus kan dissekeret gennem eksperimentelle tilgange som mål for at hjælpe med at identificere mode-specifikke antivirale midler. En time-of-Drug-tilsætning analyse undersøger narkotikabehandling effekt på forskellige tidspunkter under virus infektion, herunder pre-Entry (tilføjet før virus infektion), indrejse (tilføjet samtidig med virus infektion), og post-Entry (tilføjet efter virus infektion)7. Virkningen kan vurderes ved hjælp af en standard plaque-analyse ved at kvantitere antallet af virale plaques dannet under hver af behandlingsbetingelserne. Den flowcytometri-baserede viral binding analyse afgør, om lægemidlet forhindrer viral fastgørelse til værtceller. Dette opnås ved at flytte temperaturen fra 37 °C, hvor størstedelen af menneskelige virusinfektioner forekommer, til 4 °C, hvor virions er i stand til at binde til værtscellens overflade, men er ude af stand til at komme ind i cellerne7. De celle membranbundne viruspartikler kvantificeres derefter ved immun farvning mod virale antigener og vurderes af flowcytometri. Viral inaktivering assay på den anden side hjælper med at vurdere potentielle fysiske interaktioner af lægemidlet med gratis viruspartikler, enten afskærmning eller neutralisering af virions, eller forårsager aggregeringer eller konformationelle ændringer, der gør dem inaktive for efterfølgende interaktioner med værtscellens overflade under infektionen8,9. I dette eksperiment er viral inokulum tilladt først at inkubere med lægemidlet, før det fortyndes for at titrere lægemidlet, inden det inficerer værtscellens enkeltlags og udfører en standard plaque-analyse8. Endelig er molekylær docking et effektivt værktøj til at forudsige potentielle lægemiddel interaktions steder på virion-overfladen, herunder de virale glykoproteiner fra kappeklædte vira og de virale kapsid-proteiner fra ikke-kappeklædte vira, ved hjælp af Computational Algoritmer. Dette hjælper til mekanisk at udpege mål for narkotika virkningsmekanisme og give nyttige oplysninger, der kan yderligere valideret af downstream analyser.
Vi har for nylig ansat de ovenfor beskrevne metoder til at identificere antiviral forbindelser, der effektivt blokeret infektion af ikke-kappeklædte CVA169. Heri beskrives og diskuteres de detaljerede protokoller, der blev brugt.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:824px;" width="824">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">4% Paraformaldehyde</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">AL-158127-500G</td>
			<td style="width:232px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">Alexa 488-conjugated anti-mouse IgG</td>
			<td style="width:205px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:171px;">A11029</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Amphotericin B</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">15290-018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:216px;">Anti-VP1 antibody</td>
			<td style="width:205px;">Merck-Millipore</td>
			<td style="width:171px;">MAB979</td>
			<td style="width:232px;">Anti-Enterovirus 71 Antibody, cross-reacts with Coxsackie A16, clone 422-8D-4C-4D</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Beckman Coulter Cytometer</td>
			<td style="width:205px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:171px;">FC500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Corina</td>
			<td style="width:205px;">Molecular Networks GmbH</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Crystal violet</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">C3886-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DMEM</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">11995-040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DMSO</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">D5879</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">FBS</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">26140-079</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Formaldehyde</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">F8775</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Graphpad Prism</td>
			<td style="width:205px;">GraphPad</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Heparin sodium salt</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">H3393</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">In vitro toxicology assay kit, XTT-based</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">TOX2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Methylcellulose</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">M0512-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">PBS pH 7.4</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">10010023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Penicillin-Streptomycin</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">15070-063</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">PyMol</td>
			<td style="width:205px;">Schr&#246;dinger</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">UCSF Chimera</td>
			<td style="width:205px;">University of California, San Francisco</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

use of viral entry assays and molecular docking analysis for the identification of antiviral candidates against coxsackievirus a16

Antiviral assays, der mekanisk undersøger viral indrejse er relevante for at skelne på hvilket trin de evaluerede agenter er mest effektive, og giver mulighed for identifikation af kandidat viral Entry hæmmere. Her præsenterer vi de eksperimentelle tilgange til identifikation af små molekyler i stand til at blokere infektion med den ikke-kappeklædte coxsackievirus A16 (CVA16) gennem målretning viruspartikler eller specifikke skridt i tidlig viral indrejse. Assays omfatter analyse af tidspunktet for lægemiddel tilsætning, flow cytometri-baseret viral bindings test og viral inaktiverings test. Vi præsenterer også en molekylær docking-protokol, der udnytter virus kapsid-proteiner til at forudsige potentielle rester, der er målrettet mod antivirale forbindelser. Disse analyser bør hjælpe i identifikationen af kandidat antivirale midler, der virker på viral indrejse. Fremtidige retninger kan udforske disse mulige hæmmere for yderligere narkotika udvikling.

Den tid-af-stof-tilsætning analyse er angivet i figur 1 og viser indflydelsen fra behandling ved hjælp af de små MOLEKYLER chla og Pug på CVA16 infektion enten præ-viral indrejse (forbehandling), under viral indrejse (co-addition), eller post-viral indrejse ( efter infektion). Begge små molekyler producerede kun marginal effekt mod CVA16 infektivitet, uanset om de var i forbehandling af værtscellerne før virus infektion (figur 1a<...

Watch this Scientific Journal Video about Use of Viral Entry Assays and Molecular Docking Analysis for the Identification of Antiviral Candidates against Coxsackievirus A16 at JoVE.com

Use of Viral Entry Assays and Molecular Docking Analysis for the Identification of Antiviral Candidates against Coxsackievirus A16

Anvendelse af viral Entry assays og molekylær docking-analyse til identifikation af antivirale kandidater mod coxsackievirus A16

Målet med protokollen er at illustrere de forskellige assays vedrørende viral Entry, der kan anvendes til at identificere de ansøske virale indgangs hæmmere.

Antiviral assays that mechanistically examine viral entry are pertinent to discern at which step the evaluated agents are most effective, and allow for ...

Denne protokol kan støtte i opdagelsen af potentielle antivirale små molekyler gennem en mekanisme-drevet tilgang. Tidspunktet for tilsætning assay bestemmer, på hvilket trin af infektionen det lille molekyle udviser sin antivirale aktivitet. Molekylær docking forudsiger samspillet mellem det lille molekyle og de virale proteiner.At vurdere indflydelsen af lægemidler på værtsceller forud for virusinfektion, frø RD celler i 12-brønd plader på en to gange 10 til den femte celler pr godt plating tæthed. Inkuber cellerne ved 37 grader Celsius i en 5% kuldioxid inkubator natten over. Den næste morgen, behandle hver brønd af RD monolag med en test blanding af interesse, i tre eksemplarer, ved ikke-giftige koncentrationer i en milliliter basal medium i en eller fire timer.Ved afslutningen af behandlingsinkubationen vaskes cellerne med en milliliter PBS, før der tilsættes 50 plaquedannende virusenheder i 300 mikroliter basalt medium pr. brønd i en time med rokkende hvert 15. Ved afslutningen af infektionsinkubationen vaskes cellerne med PBS, og cellerne overlejres med en milliliter frisk basalmedium indeholdende 0,8%methylcellulose. Efter 72 timer i cellekulturinkubatoren vaskes hver brønd med to milliliter PBS, og cellerne fastgøres med 0,5 milliliter 37% formaldehyd pr. brønd i 15 minutter.Ved afslutningen af fikseringen vaskes brøndene med PBS, og cellerne plettes med 0,5 milliliter 0,5% krystal violet opløsning pr. brønd. Efter to minutter vaskes brøndene med en blid strøm af vand og lad pladen lufttørre. Derefter placere pladen på en hvid lys boks til optælling og beregne procenten af coxsackievirus inficerede celler i henhold til formlen.For molekylær docking analyse, downloade 3D molekyler af testforbindelser fra PubChem. Hvis et molekyle ikke har en 3D-struktur uploadet, skal du downloade 2D-strukturen eller bruge SMILE-strengsekvensen til at omdanne strukturen til et 3D-molekyle via et passende molekylært program. Dernæst downloade en viral biologisk samling enhed fra RCSB Protein Data Bank.Ved hjælp af et passende bio-computing program, slette opløsningsmidler fra Protein Data Bank fil, erstatte de ufuldstændige sidekæder ved hjælp af data fra Dunbrack 2010 rotamer bibliotek og tilføje brinter og afgifter til strukturen som tidligere rapporteret. At forankre testforbindelser på den forberedte virus enhed, uploade test sammensatte fil i University of California San Francisco Chimera som ligand og vælge hele forberedt viral protein som receptor til at udføre blind docking. For yderligere docking, begrænse docking site på den virale protein til regioner af interesse stammer fra blinde docking resultater ved yderligere at reducere søgevolumen.Upload derefter dockingfilen til et passende molekylært grafiksystem for at analysere bindingstilstandspositionerne. Vælg ligaden for at finde polære kontakter fra forbindelsen til det virale protein, identificere de polære kontakter med til enhver atomer mulighed. Begge de små molekyler, der blev testet i dette repræsentative eksperiment, havde kun en marginal indvirkning mod coxsackievirus A16-infektiviteten, hvad enten det var i forbehandling af værtscellerne før virusinfektion eller i behandlingen efter infektionen.I modsætning hertil ophævede molekylerne effektivt infektionen med mere end 80% i co-addition-behandlingen, hvilket tyder på, at de to forbindelser er de mest effektive, når de samtidig er til stede med viruspartiklerne på værtscellens overflade under infektionen. Flow cytometri baseret bindende analyse bekræfter, at de to tanniner forhindret coxsackievirus A16 infektivitet indrejse ved at forhindre viral partikel binding til værtscellerne. Molekylær docking af tanniner indikerer, at de begge forventes at binde i canyon regionen coxsackievirus pentamer, lige over lommen indgangen, der holder lommen faktor og spiller en vigtig rolle for mægle coxsackievirus bindende og indrejse i værtscellen.I disse overflade fremskrivninger, de unikke rester forudsagt fra polarkontakter af de små molekyler omkring lommen indgangen kan observeres, med asparagine-85, lysin-257, og asparagine-417 til fælles mellem de to tanniner. Ved molekylær docking skal der tages hensyn til det virale proteins topologi, når bindingsrammerne rangeres. Yderligere forsøg kunne omfatte test af den antivirale aktivitet af forbindelsen på rekombinant virus, med mutationer på aminosyrer opdaget at validere deres betydning for lægemidlets effektivitet.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

The Use of Drip Flow and Rotating Disk Reactors for Staphylococcus aureus Biofilm Analysis

The Use of Drip Flow and Rotating Disk Reactors for Staphylococcus aureus Biofilm Analysis

Most microbes in nature are thought to exist as surface-associated communities in biofilms.1  Bacterial biofilms are encased within a matrix and attached ...

Quantitative Analyses of all Influenza Type A Viral Hemagglutinins and Neuraminidases using Universal Antibodies in Simple Slot Blot Assays

Hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) are two surface proteins of influenza viruses which are known to play important roles in the viral life cycle ...

Amplifying and Quantifying HIV-1 RNA in HIV Infected Individuals with Viral Loads Below the Limit of Detection by Standard Clinical Assays

Amplifying viral genes and quantifying HIV-1 RNA in HIV-1 infected individuals with viral loads below the limit of detection by standard assays (below ...

Assays for the Identification of Novel Antivirals against Bluetongue Virus

Assays til identifikation af nye Antivirale mod bluetonguevirus

To identify potential antivirals against BTV, we have  developed, optimized and validated three assays presented here. The CPE-based  assay was the first ...

Viral Concentration Determination Through Plaque Assays: Using Traditional and Novel Overlay Systems

Viral Koncentration beslutsomhed gennem plakanalyser: ved hjælp af traditionel og Novel Overlay Systems

Plaque assays remain one of the most accurate methods for the direct quantification of infectious virons and antiviral substances through the counting of ...

Immunofluorescence to Monitor the Cellular Uptake of Human Lactoferrin and its Associated Antiviral Activity Against the Hepatitis C Virus

Immunofluorescens til Monitor den cellulære optagelse for Human Lactoferrin og dets associerede antiviral aktivitet mod hepatitis C-virus

Immunofluorescence is a laboratory technique commonly used to study many aspects of biology. It is typically used to visualize the distribution and/or ...

Early Viral Entry Assays for the Identification and Evaluation of Antiviral Compounds

Tidlig Virale Adgangskrav Analyser for identifikation og evaluering af antivirale forbindelser

Cell-based systems are useful for discovering antiviral agents. Dissecting the viral life cycle, particularly the early entry stages, allows a mechanistic ...

The Development of Lyophilized Loop-mediated Isothermal Amplification Reagents for the Detection of Coxiella burnetii

The Development of Lyophilized Loop-mediated Isothermal Amplification Reagents for the Detection of Coxiella burnetii

Udviklingen af ​​Frysetørret Loop-medierede Isotermiske Amplification reagenser til påvisning af<em&gt; Coxiella burnetii</em

Coxiella burnetii, the agent causing Q fever, is an obligate intracellular bacterium. PCR based diagnostic assays have been developed for detecting C. ...

Swab Sampling Method for the Detection of Human Norovirus on Surfaces

Swab Sampling metode til påvisning af menneskelige Norovirus på overflader

Human noroviruses are a leading cause of epidemic and sporadic gastroenteritis worldwide. Because most infections are either spread directly via the ...