Name: use of viral entry assays and molecular docking analysis for the identification of antiviral candidates against coxsackievirus a16
Uploaded: 2019-07-15T14:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Use of Viral Entry Assays and Molecular Docking Analysis for the Identification of Antiviral Candidates against Coxsackievirus A16 at JoVE.com

Yazarlar Dr Joshua Beckham için Austin Texas Üniversitesi 'nde moleküler yerleştirme ile teknik destek için minnettar. Bu çalışmada, Tayvan bilim ve Teknoloji Bakanlığı (MOST107-2320-B-037-002-C.-JL ve L.-m. ' den fon tarafından kısmen destekleniyordu; MOST106-2320-B-038-021 ve MOST107-2320-B-038-034-MY3 için L.-m).

Not: Tüm hücre kültürü ve virüs enfeksiyonları, işlenen numunelerin Biyogüvenlik düzeyine uygun sertifikalı Biyogüvenlik davlumbazlarında yapılmalıdır. Küçük moleküllerin chebulagik asit (CHLA) ve punicalagin (PUG) iki tannin-sınıfı, etkili CVA16 enfeksiyon9engellemek için gözlenen, aday inhibitör ajanlar örnekleri olarak kullanılır. Viroloji teknikleri, virüs yayılma, virüs titer belirlenmesi ve plak şekillendirme birimleri (PFU) veya enfeksiyon ?...

<ol>
	<li>Legay, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fatal+coxsackievirus+A-16+pneumonitis+in+adult.">Fatal coxsackievirus A-16 pneumonitis in adult.</a> Emerging Infectious Diseases. 13, 1084-1086 (2007).</li><li>Wang, C. Y., Li Lu, ., Wu, F., H, M., Lee, C. Y., Huang, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fatal+coxsackievirus+A16+infection.">Fatal coxsackievirus A16 infection.</a> Pediatric Infectious Disease Journal. 23, 275-276 (2004).</li><li>Ren, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structures+of+coxsackievirus+A16+capsids+with+native+antigenicity:+implications+for+particle+expansion,+receptor+binding,+and+immunogenicity.">Structures of coxsackievirus A16 capsids with native antigenicity: implications for particle expansion, receptor binding, and immunogenicity.</a> Journal of Virology. 89, 10500-10511 (2015).</li><li>Nishimura, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+P-selectin+glycoprotein+ligand-1+is+a+functional+receptor+for+enterovirus+71.">Human P-selectin glycoprotein ligand-1 is a functional receptor for enterovirus 71.</a> Nature Medicine. 15, 794-797 (2009).</li><li>Yamayoshi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scavenger+receptor+B2+is+a+cellular+receptor+for+enterovirus+71.">Scavenger receptor B2 is a cellular receptor for enterovirus 71.</a> Nature Medicine. 15, 798-801 (2009).</li><li>Yamayoshi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+SCARB2-dependent+infection+by+coxsackievirus+A7,+A14,+and+A16+and+enterovirus+71.">Human SCARB2-dependent infection by coxsackievirus A7, A14, and A16 and enterovirus 71.</a> Journal of Virology. 86, 5686-5696 (2012).</li><li>Lin, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydrolyzable+tannins+(chebulagic+acid+and+punicalagin)+target+viral+glycoprotein-glycosaminoglycan+interactions+to+inhibit+herpes+simplex+virus+1+entry+and+cell-to-cell+spread.">Hydrolyzable tannins (chebulagic acid and punicalagin) target viral glycoprotein-glycosaminoglycan interactions to inhibit herpes simplex virus 1 entry and cell-to-cell spread.</a> Journal of Virology. 85, 4386-4398 (2011).</li><li>Lin, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Broad-spectrum+antiviral+activity+of+chebulagic+acid+and+punicalagin+against+viruses+that+use+glycosaminoglycans+for+entry.">Broad-spectrum antiviral activity of chebulagic acid and punicalagin against viruses that use glycosaminoglycans for entry.</a> BMC Microbiology. 13, 187 (2013).</li><li>Lin, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+molecules+targeting+coxsackievirus+A16+capsid+inactivate+viral+particles+and+prevent+viral+binding.">Small molecules targeting coxsackievirus A16 capsid inactivate viral particles and prevent viral binding.</a> Emerging Microbes &amp; Infections. 7, 162 (2018).</li><li>Flint, S. J., Enquist, L. W., Racaniello, V. R., Skalka, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Principles of Virology. , (2008).</li><li>Velu, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BPR-3P0128+inhibits+RNA-dependent+RNA+polymerase+elongation+and+VPg+uridylylation+activities+of+Enterovirus+71.">BPR-3P0128 inhibits RNA-dependent RNA polymerase elongation and VPg uridylylation activities of Enterovirus 71.</a> Antiviral Research. 112, 18-25 (2014).</li><li>Tai, C. J., Li, C. L., Tai, C. J., Wang, C. K., Lin, L. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Early+Viral+Entry+Assays+for+the+Identification+and+Evaluation+of+Antiviral+Compounds.">Early Viral Entry Assays for the Identification and Evaluation of Antiviral Compounds.</a> Journal of Visualized Experiments. , e53124 (2015).</li><li>Lang, P. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DOCK+6:+combining+techniques+to+model+RNA-small+molecule+complexes.">DOCK 6: combining techniques to model RNA-small molecule complexes.</a> RNA. 15, 1219-1230 (2009).</li><li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coxsackievirus+A16+utilizes+cell+surface+heparan+sulfate+glycosaminoglycans+as+its+attachment+receptor.">Coxsackievirus A16 utilizes cell surface heparan sulfate glycosaminoglycans as its attachment receptor.</a> Emerging Microbes &amp; Infections. 6, 65 (2017).</li><li>Waterhouse, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SWISS-MODEL:+homology+modelling+of+protein+structures+and+complexes.">SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes.</a> Nucleic Acids Research. 46, W296-W303 (2018).</li></ol>

Bu raporda, viral giriş hedefleyen antiviral adayların tanımlanması için yararlı olan protokolleri tarif, özellikle olmayan zarflı CVA16 karşı. Deneyleri viral giriş sırasında erken olayları incelemek için şekillerde tasarlanmıştır, hangi eylem mekanizması (ler) açıklığa kavuşturmak için yararlıdır ve potansiyel hedef (ler) test ajanları ' antiviral aktivite. ' Zaman-of-ilaç-ek tahlil ' büyük ölçüde test bileşiklerinin potansiyel hedefini belirlemek için izin verir, örneğin enfekte ...

El, ayak ve ağız hastalığı (HFMD), küçük çocuklarda coxsackievirus A16 (CVA16) ve enterovirüs 71 (EV71) tarafından en sık neden olan bir hastalıktır. Son zamanlarda Asya-Pasifik Bölgesi genelinde, CVA16 kaynaklı HFMD 'de önemli bir Uptick olmuştur. Belirtiler hafif olabilir iken, şiddetli komplikasyonlar beyin ve kalp etkileyen oluşabilir, potansiyel Fatality ile1,2. Şu anda, hiçbir lisanslı antiviral tedaviler veya aşılar CVA16 için mevcut, ve bu nedenle bir baskı ihtiyacı gelecek salgınlar ve ilişkili komplikasyonlar frenlemek için antiviral stratejiler geliştirmek için vardır.
CVA16 bir icosahedral kapsid her biri 4 yapısal proteinleri yani VP1, VP2, VP3 ve VP4 içeren pentam montajlı bir olmayan zarflı virüs. Pentamer her beş kat ekseni çevreleyen bir ' Kanyon ' bölge bir depresyon olarak gösterir ve reseptör bağlayıcı rolü için belirtilmiştir3. Bu kanyon altında bir hidrofobik cep yatıyor VP1 bölgede doğal bir yağ ligand adlı sphingosine (SPH) içerir. Cellular reseptörleri, insan P selektin glikoprotein ligand 1 (psgl-1) ve çöpçü reseptör sınıf B üyesi 2 (SCARB2) gibi, bu ligand yerinden tarafından viral bağlayıcı bir rol oynamak için önerilmiştir hangi kapsid ve Konformasyonel değişiklikler sonuçlanır viral genomu daha sonra ev sahibi hücreye4,5,6. Viral giriş sürecinde ardışık olayları engelleyen olası inhibitörleri tanımlamak CVA16 enfeksiyonuna karşı potansiyel terapötik stratejiler sağlayabilir.
Virüs yaşam döngüsünde adımlar, mod özgü antiviral ajanlar tanımlamanıza yardımcı olmak için hedefler olarak deneysel yaklaşımlar üzerinden disseke olabilir. Bir zaman-of-ilaç-ek analiz viral enfeksiyon sırasında farklı zamanlarda ilaç tedavi etkisini inceler, ön giriş de dahil olmak üzere (virüs enfeksiyonu önce eklendi), giriş (virüs enfeksiyonu eşzamanlı eklendi), ve sonrası giriş (aşağıdaki eklendi virüs enfeksiyonu)7. Etkisi her tedavi koşullarında oluşan viral plaklar sayısını quantitating standart bir plak tahlil kullanılarak değerlendirilebilir. Akış cytometry tabanlı viral bağlayıcı tahlil ilaç ev sahibi hücrelere viral eki önler Eğer belirler. Bu, insan virüsü enfeksiyonlarının çoğunun oluştuğu 37 °C ' den gelen sıcaklığı, viriyonların ana hücre yüzeyine bağlanabildiği ancak hücreleri7' ye giremeyeceği 4 °c ' ye kadar kaydırarak elde edilir. Hücre membranı bağlı virüs parçacıkları daha sonra viral antijenlere karşı immünostatif ile ölçülmüş ve akış sitometri tarafından değerlendirilir. Diğer taraftan viral inaktivasyon assay ücretsiz virüs parçacıkları ile ilacın potansiyel fiziksel etkileşimlerini değerlendirmek için yardımcı olur, ya kalkanlama ya da virions nötralize, ya da neden toplamalardan ya da onları etkin hale getirmek Konformasyonel değişiklikleri enfeksiyon sırasında ana hücre yüzeyi ile sonraki etkileşimleri8,9. Bu deneyde, viral inokulumunu ilk ilaç ile ana hücre tek tabakalı enfekte ve standart bir plak tahlil8gerçekleştirmeden önce ilaç dışarı titrat için seyreltilmiş olmak için izin verilir. Son olarak, moleküler yerleştirme virion yüzeyinde potansiyel uyuşturucu etkileşimi sitelerini tahmin etmek için güçlü bir araçtır, zarflı virüslerden viral glikoproteinler ve non-zarf virüslerden viral kapsid proteinleri dahil, Hesaplamalı kullanarak Algoritma. Bu mekanik ilaç eylem modu hedeflerini belirlemek için yardımcı olur ve daha fazla aşağı akım assays tarafından doğrulanabilir yararlı bilgiler sağlar.
Son zamanlarda etkili olmayan zarflı CVA169tarafından enfeksiyon bloke antiviral bileşikler tanımlamak için yukarıda açıklanan yöntemleri istihdam. Burada, kullanılan ayrıntılı protokoller açıklanmıştır ve tartışılmaktadır.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:824px;" width="824">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">4% Paraformaldehyde</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">AL-158127-500G</td>
			<td style="width:232px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">Alexa 488-conjugated anti-mouse IgG</td>
			<td style="width:205px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:171px;">A11029</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Amphotericin B</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">15290-018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:216px;">Anti-VP1 antibody</td>
			<td style="width:205px;">Merck-Millipore</td>
			<td style="width:171px;">MAB979</td>
			<td style="width:232px;">Anti-Enterovirus 71 Antibody, cross-reacts with Coxsackie A16, clone 422-8D-4C-4D</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Beckman Coulter Cytometer</td>
			<td style="width:205px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:171px;">FC500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Corina</td>
			<td style="width:205px;">Molecular Networks GmbH</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Crystal violet</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">C3886-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DMEM</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">11995-040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DMSO</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">D5879</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">FBS</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">26140-079</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Formaldehyde</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">F8775</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Graphpad Prism</td>
			<td style="width:205px;">GraphPad</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Heparin sodium salt</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">H3393</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">In vitro toxicology assay kit, XTT-based</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">TOX2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Methylcellulose</td>
			<td style="width:205px;">Sigma</td>
			<td style="width:171px;">M0512-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">PBS pH 7.4</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">10010023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Penicillin-Streptomycin</td>
			<td style="width:205px;">GIBCO</td>
			<td style="width:171px;">15070-063</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">PyMol</td>
			<td style="width:205px;">Schr&#246;dinger</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">UCSF Chimera</td>
			<td style="width:205px;">University of California, San Francisco</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

use of viral entry assays and molecular docking analysis for the identification of antiviral candidates against coxsackievirus a16

Antiviral bir mekanik viral giriş incelemek için hangi adım değerlendirilen ajanlar en etkili olduğunu ayırt etmek için uygun olduğunu, ve aday viral giriş inhibitörleri tanımlanması için izin asdiyor. Burada, virüs parçacıklarını veya erken viral girişteki belirli adımları hedefleyerek, zarfsız coxsackievirus A16 (CVA16) tarafından enfeksiyonun engellenebilen küçük moleküllerin tanımlanması için deneysel yaklaşımlar sunuyoruz. Assays zaman-of-ilaç-ilavesi analizi, akış sitometri tabanlı viral bağlayıcı tahlil ve viral inaktivasyon assay içerir. Ayrıca, antiviral bileşiklerin hedeflediği potansiyel kalıntıları tahmin etmek için virüs kapsid proteinlerini kullanan bir moleküler yerleştirme Protokolü sunuyoruz. Bu tanıtım viral giriş üzerinde hareket aday antiviral ajanlar tanımlanmasını yardımcı olmalıdır. Gelecek yönleri daha fazla ilaç gelişimi için bu olası inhibitörleri keşfedebilirsiniz.

Zaman-of-ilaç-ek tahlil Şekil 1 ' de belirtilir ve küçük moleküller CHLA ve pug CVA16 enfeksiyon ya pre-viral giriş (pretreatment), viral giriş sırasında (Co-ilavesi), veya post-viral giriş kullanarak tedavinin etkisini gösterir ( enfeksiyon sonrası). Hem küçük moleküller sadece CVA16 infeksiyonuna karşı marjinal bir etki yaratıp viral enfeksiyondan önce ev sahibi hücrelerin ön tedavisinde (Şekil 1a) veya ...

Watch this Scientific Journal Video about Use of Viral Entry Assays and Molecular Docking Analysis for the Identification of Antiviral Candidates against Coxsackievirus A16 at JoVE.com

Use of Viral Entry Assays and Molecular Docking Analysis for the Identification of Antiviral Candidates against Coxsackievirus A16

Coxsackievirus 'a karşı antiviral adayların tanımlanması için viral giriş analizinin kullanımı ve moleküler yerleştirme Analizi A16

Protokol amacı, aday viral giriş inhibitörleri tanımlamak için kullanılabilecek viral giriş ile ilgili farklı deneyleri göstermek için.

Antiviral assays that mechanistically examine viral entry are pertinent to discern at which step the evaluated agents are most effective, and allow for ...

Bu protokol, mekanizma odaklı bir yaklaşımla potansiyel antiviral küçük moleküllerin keşfine yardımcı olabilir. Ek çalışma süresi, enfeksiyonun hangi adımında küçük molekülün antiviral aktivitesini sergilediğini belirler. Moleküler yerleştirme küçük molekül ve viral proteinler arasındaki etkileşimi tahmin eder.Viral enfeksiyon öncesinde ev sahibi hücreler üzerinde ilaçların etkisini değerlendirmek için, iyi kaplama yoğunluğu başına beş kez 10 iki kez 10 tohum RD hücreleri. Hücreleri bir gecede %5 karbondioksit kuvözde 37 derecede kuluçkaya yatırın. Ertesi sabah, rd monolayer her iyi ilgi bir test bileşik ile tedavi, triplicate, bazal orta bir mililitre toksik olmayan konsantrasyonlarda bir veya dört saat.Tedavi kuluçka sonunda, bir saat boyunca iyi bazal orta 300 mikrolitre 50 plak oluşturan birim virüs eklemeden önce PBS bir mililitre ile hücreleri yıkayın, her 15 dakikada sallanan. Enfeksiyon kuluçka sonunda, PBS ile hücreleri yıkayın ve taze bazal orta bir mililitre ile hücreleri bindirme 0.8% metilselüloz içeren. Hücre kültürü kuluçka 72 saat sonra, PBS iki mililitre ile her iyi yıkayın ve 15 dakika boyunca iyi başına% 37 formaldehit 0.5 mililitre ile hücreleri düzeltmek.Fiksasyon sonunda, pbs ile kuyuyıkama ve iyi başına% 0,5 kristal mor çözelti0.5 mililitre ile hücreleri leke. İki dakika sonra, kuyuları hafif bir su akışıyla yıkayın ve plakanın kurumasını bekleyin. Sonra sayma için beyaz bir ışık kutusu üzerine plaka yerleştirin ve formüle göre coxsackievirus enfekte hücrelerin yüzdesini hesaplamak.Moleküler yerleştirme analizi için, PubChem'den test bileşiklerinin 3Boyutlu moleküllerini indirin. Bir molekülün yüklenen bir 3B yapısı yoksa, 2B yapısını indirin veya uygun bir moleküler program aracılığıyla yapıyı bir 3B moleküle dönüştürmek için SMILE dize dizisini kullanın. Sonra, RCSB Protein Veri Bankası'ndan viral biyolojik montaj ünitesi indirin.Uygun bir biyo-bilgi işlem programı kullanarak, Protein Veri Bankası dosyasından çözücüleri silin, Dunbrack 2010 rotamer kitaplığından alınan verileri kullanarak eksik yan zincirleri değiştirin ve daha önce bildirildiği gibi yapıya hidrojen ve patlayıcı ekleyin. Test bileşiklerini hazırlanan virüs ünitesine yerleştirmek için, test bileşik dosyasını Ligand olarak California Üniversitesi San Francisco Chimera'ya yükleyin ve kör yerleştirme yapmak için reseptör olarak hazırlanan viral proteinin tamamını seçin. Ek yerleştirme için, yerleştirme alanını, arama hacmini daha da azaltarak kör yerleştirme sonuçlarından elde edilen ilgi bölgelerine viral proteinle sınırlandırın.Ardından bağlama modu konumlarını analiz etmek için yerleştirme dosyasını uygun bir moleküler grafik sistemine yükleyin. Herhangi bir atom seçeneği ile polar temasları tanımlayan, viral protein bileşik polar temas bulmak için ligand seçin. Bu temsili deneyde test edilen küçük moleküllerin her ikisi de, viral enfeksiyon dan önce konak hücrelerin ön tedavisinde veya enfeksiyon sonrası tedavide olsun, sadece coxsackievirus A16 enfektivitesine karşı marjinal bir etki yaratmaktadır.Buna karşılık, moleküller etkili bir co-ek tedavi de% 80'den fazla enfeksiyon ortadan, iki bileşikler infeksiyon sırasında konak hücre yüzeyinde virüs parçacıkları ile aynı anda mevcut olduğunda en etkili olduğunu düşündürmektedir. Akış sitometri sitometri sitometrisi bazlı bağlama analizi, iki tanenin konak hücrelere viral parçacık bağlanmasını engelleyerek coxsackievirus A16 enfekte girişini engellediğini doğrulamaktadır. Tanenlerin moleküler kenetlenme her ikisi de coxsackievirus pentamer kanyon bölgesinde bağlamak için tahmin olduğunu gösterir, cep faktörü tutan cep girişinin hemen üzerinde ve coxsackievirus bağlama ve konak hücreye giriş aracılık için önemli bir rol oynar.Bu yüzey projeksiyonlarında, cep girişinin etrafındaki küçük moleküllerin kutupsal temaslarından öngörülen benzersiz kalıntılar asparagin-85, lizin-257 ve asparagin-417 ile iki tanen arasında ortak olarak görülebilir. Moleküler yerleştirme için, bağlayıcı kareler sıralamasında viral proteinin topolojisinin dikkate alınması gerekir. Ek deneyler rekombinant virüsler üzerinde bileşiğin antiviral aktivitesitest içerebilir, amino asitler üzerindeki mutasyonlar ilacın etkinliği için önemini doğrulamak için keşfedilen.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

The Use of Drip Flow and Rotating Disk Reactors for Staphylococcus aureus Biofilm Analysis

The Use of Drip Flow and Rotating Disk Reactors for Staphylococcus aureus Biofilm Analysis

Damla Akış ve Döner Disk Reaktörler kullanın Staphylococcus aureus Biyofilm Analizi

Most microbes in nature are thought to exist as surface-associated communities in biofilms.1  Bacterial biofilms are encased within a matrix and attached ...

Quantitative Analyses of all Influenza Type A Viral Hemagglutinins and Neuraminidases using Universal Antibodies in Simple Slot Blot Assays

Tüm Influenza Kantitatif Analiz Basit Slot Blot Tahliller Evrensel Antikorlar kullanarak Viral Hemagglutinins ve nöraminidaz yazın

Hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) are two surface proteins of influenza viruses which are known to play important roles in the viral life cycle ...

Amplifying and Quantifying HIV-1 RNA in HIV Infected Individuals with Viral Loads Below the Limit of Detection by Standard Clinical Assays

Standart Klinik Tahliller Algılama Sınırı Aşağıda Viral Yükler HIV enfekte kişilerde kuvvetlendirme ve HIV-1 RNA miktarının

Amplifying viral genes and quantifying HIV-1 RNA in HIV-1 infected individuals with viral loads below the limit of detection by standard assays (below ...

Assays for the Identification of Novel Antivirals against Bluetongue Virus

Bluetongue Virüs karşı Roman Antiviraller belirlenmesi için Tahliller

To identify potential antivirals against BTV, we have  developed, optimized and validated three assays presented here. The CPE-based  assay was the first ...

Viral Concentration Determination Through Plaque Assays: Using Traditional and Novel Overlay Systems

Kullanımı Geleneksel Hikaye ve Roman Yerleşimi Sistemleri: Plak Tahliller sayesinde viral Konsantrasyon Tayini

Plaque assays remain one of the most accurate methods for the direct quantification of infectious virons and antiviral substances through the counting of ...

Immunofluorescence to Monitor the Cellular Uptake of Human Lactoferrin and its Associated Antiviral Activity Against the Hepatitis C Virus

Hepatit C Virüsü Karşı İnsan laktoferrinin Hücresel Alımı ve İlişkili Antiviral Aktivite Monitör İmmünofloresan

Immunofluorescence is a laboratory technique commonly used to study many aspects of biology. It is typically used to visualize the distribution and/or ...

Early Viral Entry Assays for the Identification and Evaluation of Antiviral Compounds

Erken Viral Giriş Tespiti için Tahliller ve Antiviral Bileşiklerin Değerlendirilmesi

Cell-based systems are useful for discovering antiviral agents. Dissecting the viral life cycle, particularly the early entry stages, allows a mechanistic ...

The Development of Lyophilized Loop-mediated Isothermal Amplification Reagents for the Detection of Coxiella burnetii

The Development of Lyophilized Loop-mediated Isothermal Amplification Reagents for the Detection of Coxiella burnetii

tespiti için Liyofilize Döngü aracılı İzotermal Amplifikasyon Reaktifler Gelişimi<em&gt; Coxiella burnetii</em

Coxiella burnetii, the agent causing Q fever, is an obligate intracellular bacterium. PCR based diagnostic assays have been developed for detecting C. ...

Swab Sampling Method for the Detection of Human Norovirus on Surfaces

Yüzeyler İnsan Norovirus Tespiti sürüntü Örnekleme Yöntemi

Human noroviruses are a leading cause of epidemic and sporadic gastroenteritis worldwide. Because most infections are either spread directly via the ...