Name: identifying mutations by high resolution melting in a tilling population of rice
Uploaded: 2019-09-02T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice at JoVE.com

وقد دعم هذا العمل البرنامج الوطني للبحث والتطوير الرئيسي في الصين (رقم 2016YFD0102103) والمؤسسة الوطنية للعلوم الطبيعية في الصين (رقم 31701394).

1 - الأعمال التحضيرية
<ol><li>
تطوير السكان المتحولين بأشعة غاما
	<ol>
<li>علاج حوالي 20،000 بذور الأرز المجفف (مع محتوى الرطوبة من حوالي 14٪) من خط الأرز جابونيكا (على سبيل المثال، DS552) مع 137Cs أشعة غاما في 100 غراي (1 غراي / دقيقة) في منشأة التشعيع γ (على سبيل المثال، خلية غاما). ملاحظة:<...

<ol>
	<li>McCallum, C. M., Comai, L., Green, E. A., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+induced+local+lesions+IN+genomes+(TILLING)+for+plant+functional+genomics.">Targeting induced local lesions IN genomes (TILLING) for plant functional genomics.</a> Plant Physiology. 123, 439-442 (2000).</li><li>Taheri, S., Abdullah, T. L., Jain, S. M., Sahebi, M., Azizi, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING,+high-resolution+melting+(HRM),+and+next-generation+sequencing+(NGS)+techniques+in+plant+mutation+breeding.">TILLING, high-resolution melting (HRM), and next-generation sequencing (NGS) techniques in plant mutation breeding.</a> Molecular Breeding. 37 (3), 40 (2017).</li><li>Till, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+discovery+of+induced+point+mutations+with+high+throughput+TILLING.">Large-scale discovery of induced point mutations with high throughput TILLING.</a> Genome Research. 13 (3), 524-530 (2003).</li><li>Comai, L., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING:+practical+single+nucleotide+mutation+discovery.">TILLING: practical single nucleotide mutation discovery.</a> The Plant Journal. 45 (4), 684-694 (2006).</li><li>Comai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+discovery+of+DNA+polymorphisms+in+natural+populations+by+Ecotilling.">Efficient discovery of DNA polymorphisms in natural populations by Ecotilling.</a> The Plant Journal. 37, 778-786 (2004).</li><li>Rogers, C., Wen, J., Chen, R., Oldroyd, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deletion-based+reverse+genetics+in+Medicagotruncatula.">Deletion-based reverse genetics in Medicagotruncatula.</a> Plant Physiology. 151 (3), 1077 (2009).</li><li>Bush, S. M., Krysan, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITILLING:+a+personalized+approach+to+the+identification+of+induced+mutations+in+arabidopsis.">ITILLING: a personalized approach to the identification of induced mutations in arabidopsis.</a> Physiology. 154 (1), 25-35 (2010).</li><li>Colasuonno, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DHPLC+technology+for+high-throughput+detection+of+mutations+in+a+durum+wheat+TILLING+population.">DHPLC technology for high-throughput detection of mutations in a durum wheat TILLING population.</a> BMC Genetics. 17 (1), 43 (2016).</li><li>Tsai, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovery+of+rare+mutations+in+populations:+TILLING+by+sequencing.">Discovery of rare mutations in populations: TILLING by sequencing.</a> Plant Physiology. 156, 1257-1268 (2011).</li><li>Kumar, A. P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING+by+Sequencing+(TbyS)+for+targeted+genome+mutagenesis+in+crops.">TILLING by Sequencing (TbyS) for targeted genome mutagenesis in crops.</a> Molecular Breeding. 37, 14 (2017).</li><li>Dong, C., Vincent, K., Sharp, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+mutation+detection+of+three+homoeologous+genes+in+wheat+by+High+Resolution+Melting+analysis+and+Mutation+Surveyor.">Simultaneous mutation detection of three homoeologous genes in wheat by High Resolution Melting analysis and Mutation Surveyor.</a> BMC Plant Biology. 9, 143 (2009).</li><li>Gady, A. L., Herman, F. W., Wal, M. H. V. D., Loo, E. N. V., Visser, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implementation+of+two+high+through-put+techniques+in+a+novel+application:+detecting+point+mutations+in+large+EMS+mutated+plant+populations.">Implementation of two high through-put techniques in a novel application: detecting point mutations in large EMS mutated plant populations.</a> Plant Methods. 5 (41), 6974-6977 (2009).</li><li>Ririe, K. M., Rasmussen, R. P., Wittwer, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Product+differentiation+by+analysis+of+DNA+melting+curves+during+the+polymerase+chain+reaction.">Product differentiation by analysis of DNA melting curves during the polymerase chain reaction.</a> Analytical Biochemistry. 245, 154-160 (1997).</li><li>Lochlainn, S. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+melt+(HRM)+analysis+is+an+efficient+tool+to+genotype+EMS+mutants+in+complex+crop+genomes.">High resolution melt (HRM) analysis is an efficient tool to genotype EMS mutants in complex crop genomes.</a> Plant Methods. 7, 43 (2011).</li><li>Yoshida, S., Forno, D. A., Cock, J. H., Gomez, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laboratory+manual+for+physiological+rice.">Laboratory manual for physiological rice.</a> The International Rice Research Institute. , (1976).</li><li>Peng, S. T., Zhuang, J. Y., Yan, Q. C., Zheng, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SSR+markers+selection+and+purity+detection+of+major+hybrid+rice+combinations+and+their+parents+in+China.">SSR markers selection and purity detection of major hybrid rice combinations and their parents in China.</a> Chinese Journal of Rice Science. 17, 1-5 (2003).</li><li>Allen, G. C., Flores-Vergara, M. A., Krasynanski, S., Kumar, S., Thompson, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+modified+protocol+for+rapid+DNA+isolation+from+plant+tissues+using+cetyltrimethymmonium+bromide.">A modified protocol for rapid DNA isolation from plant tissues using cetyltrimethymmonium bromide.</a> Nature. 1 (5), 2320-2325 (2006).</li><li>Fu, H. W., Li, Y. F., Shu, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+revisit+of+mutation+induction+by+gamma+rays+in+rice+(Oryza+sativa+L.):+implications+of+microsatellite+markers+for+quality+control.">A revisit of mutation induction by gamma rays in rice (Oryza sativa L.): implications of microsatellite markers for quality control.</a> Molecular Breeding. 22 (2), 281-288 (2008).</li><li>Li, S., Liu, S. M., Fu, H. W., Huang, J. Z., Shu, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+melting-based+tilling+of+&#947;+ray-induced+mutations+in+rice.">High-resolution melting-based tilling of &#947; ray-induced mutations in rice.</a> Journal of Zhejiang University-Science B. 19 (8), 620-629 (2018).</li><li>Acanda, Y., &#211;scar, M., Prado, M. J., Gonz&#225;lez, M. V., Rey, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EMS+mutagenesis+and+qPCR-HRM+prescreening+for+point+mutations+in+an+embryogenic+cell+suspension+of+grapevine.">EMS mutagenesis and qPCR-HRM prescreening for point mutations in an embryogenic cell suspension of grapevine.</a> Cell Reports. 33 (3), 471-481 (2014).</li><li>Si, H. J., Wang, Q., Liu, Y. Y., Huang, J. Z., Shu, Q. Y., Tan, Y. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+an+HRM-based,+safe+and+high-throughput+genotyping+system+for+photoperiod+sensitive+genic+male+sterility+gene+in+rice.">Development and application of an HRM-based, safe and high-throughput genotyping system for photoperiod sensitive genic male sterility gene in rice.</a> Journal of Nuclear Agricultural Sciences. 31 (11), 2081-2086 (2017).</li><li>Li, S., Zheng, Y. C., Cui, H. R., Fu, H. W., Shu, Q. Y., Huang, J. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequency+and+type+of+inheritable+mutations+induced+by+&#947;+rays+in+rice+as+revealed+by+whole+genome+sequencing.">Frequency and type of inheritable mutations induced by &#947; rays in rice as revealed by whole genome sequencing.</a> Journal of Zhejiang University-Science B. 17 (12), 905 (2016).</li></ol>

وقد ثبت أن الحرث أداة وراثية عكسية قوية لتحديد الطفرات المستحثة للتحليل الوظيفي للجينات وتربية المحاصيل. بالنسبة لبعض الصفات التي لا يمكن ملاحظتها أو تحديدها بسهولة، يمكن أن يكون الحرث مع الكشف عن الطفرات المستندة إلى PCR عالية الإنتاجية طريقة مفيدة للحصول على المتحولين للجينات المختلفة....

المسوخ هي الموارد الوراثية الهامة لبحوث علم الجينوم وظيفية النباتية وتربية أصناف جديدة. وكان نهج علم الوراثة المتقدم (أي من اختيار المتحولين إلى استنساخ الجينات أو تطوير الأصناف) هو الأسلوب الرئيسي والوحيد لاستخدام الطفرات المستحثة قبل حوالي 20 عاماً. وقد فتح تطوير طريقة جديدة لعلم الوراثة العكسية، TILLING (استهداف الآفات المحلية المستحثة في الجينومات) من قبل McCallum وآخرون1 نموذجا جديدا، ومنذ ذلك الحين تم تطبيقه في عدد كبير من الأنواع الحيوانية والنباتية2. الحرث مفيد بشكل خاص لسمات تربية التي هي صعبة من الناحية الفنية أو مكلفة لتحديد (على سبيل المثال، مقاومة الأمراض، والمحتوى المعدني).
تم تطوير الحرث في البداية لفحص الطفرات نقطة الناجمة عن الطفراتالكيميائية (على سبيل المثال، EMS 1،3). وهي تشمل الخطوات التالية: إنشاء مجموعة (مجموعات) من السكان؛ وإنشاء مجموعة من السكان؛ وإنشاء مجموعة من السكان؛ وإنشاء مجموعة من السكان؛ وإنشاء مجموعة من السكان؛ وإنشاء مجموعة من السكان؛ وإنشاء مجموعة من السكان؛ وإنشاء مجموعة من السكان؛ وإنشاء إعداد الحمض النووي وتجميع النباتات الفردية؛ تضخيم PCR لجزء الحمض النووي المستهدف؛ تشكيل heteroduplexes عن طريق denaturation والصلب من amplicons PCR والانقسام من قبل CEL I nuclease. وتحديد الأفراد المتحولين والآفات الجزيئية المحددة3،4. ومع ذلك، لا يزال هذا الأسلوب معقدة نسبياً، وتستغرق وقتاً طويلاً، وانخفاض الإنتاجية. لجعله أكثر كفاءة ومع زيادة الإنتاجية، تم تطوير العديد من طرق الحرث المعدلة،مثل حذف الحرث (De-TILLING) (الجدول 1)1،3،5،6، 7،8،9،10،11،12.
تحليل منحنى إدارة الموارد البشرية، الذي يقوم على التغيرات الفلورية أثناء ذوبان الحمض النووي المزدوج، هو طريقة بسيطة وفعالة من حيث التكلفة، وعالية الإنتاجية لفحص الطفرات والنمط الجيني13. وقد استخدمت إدارة الموارد البشرية بالفعل على نطاق واسع في البحوث النباتية بما في ذلك HRM القائم على الحرث (HRM-TILLING) لفحص الطفرات SBS الناجمة عن الطفرات EMS14. هنا، قدمنا بروتوكولات مفصلة لـ HRM-TILLING لفحص الطفرات (كل من Indel وSBS) التي تسببها أشعة غاما (γ) في الأرز.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>2&#215; Taq plus PCR Master Mix</td>
			<td>Tiangen, China</td>
			<td>KT201</td>
			<td>PCR buffer, dNTP and polymerase for PCR amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well plate</td>
			<td>Bio-rad, America</td>
			<td>MSP-9651</td>
			<td>Specific plate for PCR in HRM analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mastercycler nexus</td>
			<td>Eppendorf, German</td>
			<td>6333000073</td>
			<td>PCR amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LightScanner</td>
			<td>Idaho Technology, USA</td>
			<td>LCSN-ASY-0011</td>
			<td>For fluorescence sampling and processing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CALL-IT 2.0</td>
			<td>Idaho Technology, USA</td>
			<td></td>
			<td>For analysis of the fluorescence change</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EvaGreen</td>
			<td>Biotium, USA</td>
			<td>31000-T</td>
			<td>Fluorescence dye of HRM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop 2000</td>
			<td>Thermo Scientific, USA</td>
			<td>ND2000</td>
			<td>For DNA quantification</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identifying mutations by high resolution melting in a tilling population of rice

الآفات المحلية المستحثة الهدف في الجينوم (TILLING) هي استراتيجية لعلم الوراثة العكسي لفحص الإنتاجية العالية للطفرات المستحثة. ومع ذلك، فإن نظام TILLING لديه أقل قابلية للتطبيق للإدراج / الحذف (Indel) الكشف والتقليدية TILLING يحتاج خطوات أكثر تعقيدا، مثل CEL I nuclease الهضم والكهربائي هلام. ولتحسين كفاءة الإنتاجية والاختيار، ولجعل فحص كل من الركائز الأساسية والأساسية الفردية ممكناً، يتم تطوير نظام جديد للذوبان عالي الاستبانة قائم على نظام الحرث. هنا، نقدم بروتوكول مفصل لـ HRM-TILLING ونظهر تطبيقه في فحص الطفرات. يمكن لهذه الطريقة تحليل طفرات أمبليكونPC PCR عن طريق قياس إزالة الحمض النووي المزدوج الذين تقطعت بهم السبل في درجات حرارة عالية. يتم إجراء تحليل إدارة الموارد البشرية مباشرة بعد PCR دون معالجة إضافية. وعلاوة على ذلك، يتم دمج طريقة بسيطة وآمنة وسريعة (SSF) استخراج الحمض النووي مع HRM-TILLING لتحديد كل من Indels وSBSs. إن بساطتها وقوتها والإنتاجية العالية تجعلها مفيدة للمسح الضوئي للطفرات في الأرز والمحاصيل الأخرى.

المسح الضوئي وتحليل إدارة الموارد البشرية
وإجمالاً، تم إنتاج 140 1 عينة من الحمض النووي المجمع من 560 4 شتلة من الشتلات M2 وأُخضعت لتضخيم PCR. تم تضخيم جزأين بحجم 195 نقطة أساس و259 نقطة أساس لـ OsLCT1 وSPDT على التوالي (الجدول 2). وكان لمعظم العينات منحنيا?...

Watch this Scientific Journal Video about Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice at JoVE.com

Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice

في هذه المقالة، نقدم البروتوكول الذي يوصف بأنه تحليل ذوبان عالية الدقة (HRM) القائم على الهدف الآفات المحلية المستحثة في الجينوم (TILLING). تستخدم هذه الطريقة تغيرات الفلورة أثناء ذوبان الحمض النووي المزدوج وهي مناسبة لفحص الإنتاجية العالية لكل من الإدراج/الحذف (Indel) وsubstition قاعدة واحدة (SBS).

تحديد الطفرات من خلال ذوبان عالية الدقة في عدد السكان من الأرز الحرث

Target Induced Local Lesions In Genomes (TILLING) is a strategy of reverse genetics for the high-throughput screening of induced mutations. However, the ...

وسيكون من المفيد جدا لتكاثر الصفات التي يصعب تقنيا أو مكلفة لتحديدها، مثل مقاومة المرض، والمحتوى المعدني. انها بسيطة جدا ، فعالة من حيث التكلفة ، وعالية الإنتاجية التقنية. للبدء، ضع أربعة أقراص ورقة في كل بئر من لوحة PCR 96-well.إضافة 50 ملليلتر من حل عازلة A في كل بئر. تجميد لوحة في الفريزر ناقص 80 درجة مئوية لمدة 10 دقائق. ثم، إلغاء تجميد لوحة في درجة حرارة الغرفة.احتضان في 95 درجة مئوية لمدة 10 دقائق. إضافة 50 ميكرولترات من المخزن المؤقت B إلى كل بئر، ويخلط جيدا من قبل دوامة. أجهزة الطرد المركزي لوحة لمدة دقيقة واحدة في 1، 500 مرات ز.جمع المابير كما DNA لPCR. أولاً، استخدم الحمض النووي الفائق من نموذج PCR لتحسين درجة حرارة الدنال. إضافة الكواشف وميكر واحد من الحمض النووي الفائق في كل PCR جيدا.ضع أنابيب PCR في كتلة حرارية قابلة للتدرج، واضبط برنامج التدفئة وفقًا للمخطوطة لتحديد درجة حرارة الوَجَر المثلى لكل جزء مستهدف. تنفيذ الكهرباء للمنتج PCR على 1٪ agarose هلام لفحص amplicons. تحديد درجة حرارة القطع المثلى التي تمكن من تضخيم محدد للجزئة المستهدفة.لإجراء تحليل HRM، والجمع بين الكواشف، بما في ذلك ميكرولتر واحد من صبغة الفلورانس 10 مرات وميكر واحد من ناظر الحمض النووي في كل بئر من لوحات HRM المتوافقة. في كل لوحة، وتشمل عينة واحدة من نوع البرية الأبوة والأمومة واحد السيطرة السلبية دون الحمض النووي. إضافة قطرة من الزيوت المعدنية إلى كل بئر لمنع التبخر.ثم، ختم لوحة مع فيلم لاصق، والطرد المركزي في 1،000 مرات ز لمدة دقيقة واحدة. تشغيل PCR باستخدام درجة حرارة الحناء الأمثل. الآن، إزالة الفيلم لاصق من لوحة، وإدراج لوحة في آلة إدارة الموارد البشرية.في البرنامج، حدد تشغيل جديد من قائمة الملفات، أو اضغط على الزر تشغيل في أعلى الشاشة. حدد درجات حرارة البداية والنهاية للذوبان من 55 إلى 95 درجة مئوية. حدد عينات لتحليل ذوبان عالية الدقة، واستبعاد عينات مشابهة لتحكم سالب.تطبيع منحنيات ذوبان أن يكون لها نفس بداية وتنتهي fluorescence. يؤكد بصرياً أن مؤشرات درجة الحرارة القصوى الأدنى والأدنى هي في منطقة من المنحنيات. الحفاظ على دلتا F، الفرق من الفلوريسنس، مستوى في الإعداد الافتراضي من 05.من قائمة تحديد المقاييس، حدد المتغير المشترك مقابل، واختر الحساسية العادية. حدد H12 لاستخدام النوع البرية كتحكم. وتعتبر العينات ذات قيمة دلتا F أكبر من 05 تحتوي على نبات متحول.ثم، باستخدام طريقة CTAB، استخراج الحمض النووي من كل من النباتات الأربعة من بركة متحولة مع منحنى ذوبان مختلفة كثيرا عن نوع البرية. بعد القياس الكمي باستخدام مقياس الطيف، ضبط الحمض النووي مع NanoDrop 2000 إلى تركيز نهائي من حوالي 25 نانوغرام لكل ميكرولتر. إضافة 0.4 microliters من التمهيدي PCR في عينة الحمض النووي في أنابيب PCR، ووضعها في دورة حرارية، وضبط البرنامج لتضخيم جزء الهدف.ثم، إرسال منتجات PCR إلى شركة لتسلسل. بعد تسلسل سانجر، قارن الآفة الجزيئية من خلال مقارنة التسلسلات بين مصنع M2 والنوع البري. في هذه الدراسة، أظهر مسح وتحليل شتلات M2 للطفرات في جينات OsLCT1 أو SPDT أن معظم العينات كانت لها منحنيات ذوبان لا تختلف بشكل كبير عن النوع البري مع دلتا F أقل من 05.وأظهرت المسوخ منحنيات إدارة الموارد البشرية مختلفة بشكل كبير مع دلتا FS أكبر من 05 في درجات حرارة من 90 إلى 92 درجة مئوية و 81.5 إلى 83.5 درجة مئوية، على التوالي. تم تأكيد نوع الطفرة والموضع على الجينات من 4, 560 M2 الشتلات من قبل الكروماتوجات التسلسل. تم تحديد موقع heterozygous مع طفرة من G إلى A في 4، 304 أزواج قاعدة من OsLCT1.واحدة من النيوكليوتيدات واحد ظهرت في 4، 240 أزواج قاعدة OsLCT1، ولوحظ حذف ثلاثي نوكليوتيد TTC في موقف 5، 948 إلى 5، 950 أزواج قاعدة SPDT. أنا أمثل PCR قبل تحليل الموارد البشرية. الصبغة في الجل هو قليلا الضارة.تذكر أن تضع على قفازات عند تشغيل هلام.

Research

JoVE Journal

Genetics

Parallel Measurement of Circadian Clock Gene Expression and Hormone Secretion in Human Primary Cell Cultures

قياس موازية التعبير الإيقاعية جين ساعة وهرمون إفراز في مزارع الخلايا الأولية البشرية

Circadian clocks are functional in all light-sensitive organisms, allowing for an adaptation to the external world by anticipating daily environmental ...

High-resolution Melting PCR for Complement Receptor 1 Length Polymorphism Genotyping: An Innovative Tool for Alzheimer's Disease Gene Susceptibility Assessment

عالية الدقة ذوبان ير ل تكمل مستقبلات 1 طول تعدد الأشكال التنميط الجيني: أداة مبتكرة لمرض الزهايمر الجينات تقييم القابلية

Complement receptor 1 (CR1), a transmembrane glycoprotein that plays a key role in the innate immune system, is expressed on many cell types, but ...

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

عالية الدقة الفلورسنت في الموقع التهجين في المورفولوجية الأجنة والأنسجة باستخدام التضخيم الإشارات تيراميدي

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

G2-seq: A High Throughput Sequencing-based Technique for Identifying Late Replicating Regions of the Genome

G2-seq: عالية إنتاجية على أساس تسلسل تقنية لتحديد تكرار متأخر مناطق الجينوم

Numerous techniques have been developed to follow the progress of DNA replication through the S phase of the cell cycle. Most of these techniques have ...

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

تحديد تركيبات المخدرات التآزر بواسطة الأسلوب2 تداخل الفائق

Although antimicrobial drugs have dramatically increased the lifespan and quality of life in the 20th century, antimicrobial resistance threatens our ...

Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions

مروج التقاط مرحبا c: عالية الاستبانة، وعلى نطاق الجينوم التنميط التفاعلات المروج

The three-dimensional organization of the genome is linked to its function. For example, regulatory elements such as transcriptional enhancers control the ...

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

التمايز، والصيانة، وتحليل خلايا ظهارة صباغ الشبكية البشرية: نموذج المرض في طبق للطفرات BEST1

Although over 200 genetic mutations in the human BEST1 gene have been identified and linked to retinal degenerative diseases, the pathological mechanisms ...

High-Resolution Comparison of Bacterial Conjugation Frequencies

مقارنة عالية الاستبانة للترددات الاقتران البكتيري

Bacterial conjugation is an important step in the horizontal transfer of antibiotic resistance genes via a conjugative DNA element. In-depth comparisons ...

Designing Automated, High-throughput, Continuous Cell Growth Experiments Using eVOLVER

تصميم الألى ، عاليه الانتاجيه ، والمستمر تجارب نمو الخلايا باستخدام ايفولفير

Continuous culture methods enable cells to be grown under quantitatively controlled environmental conditions, and are thus broadly useful for measuring ...