Name: identifying mutations by high resolution melting in a tilling population of rice
Uploaded: 2019-09-02T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice at JoVE.com

Dette arbejde blev støttet af Kinas nationale nøgle forsknings-og udviklings program (nr. 2016YFD0102103) og Kinas National Natural Science Foundation (nr. 31701394).

1. præparater
<ol><li>
Udvikling af de mutagenicerede bestande af γ-stråler
	<ol>
<li>Behandl ca. 20.000 tørrede risfrø (med vandindhold på ca. 14%) af en japonica-rislinje (f. eks. DS552) med 137CS gammastråler ved 100 Gy (1 Gy/min) i et γ-bestrålingsanlæg (f. eks. gamma celle). Bemærk: frø, der anvendes til behandling, skal have en høj levedygtighed (f. eks. med en spire hastighed > 85%). Bestrålings dosen for Indica-ris kan øges til 150 Gy.</li>
		<li>S?...

<ol>
	<li>McCallum, C. M., Comai, L., Green, E. A., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+induced+local+lesions+IN+genomes+(TILLING)+for+plant+functional+genomics.">Targeting induced local lesions IN genomes (TILLING) for plant functional genomics.</a> Plant Physiology. 123, 439-442 (2000).</li><li>Taheri, S., Abdullah, T. L., Jain, S. M., Sahebi, M., Azizi, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING,+high-resolution+melting+(HRM),+and+next-generation+sequencing+(NGS)+techniques+in+plant+mutation+breeding.">TILLING, high-resolution melting (HRM), and next-generation sequencing (NGS) techniques in plant mutation breeding.</a> Molecular Breeding. 37 (3), 40 (2017).</li><li>Till, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+discovery+of+induced+point+mutations+with+high+throughput+TILLING.">Large-scale discovery of induced point mutations with high throughput TILLING.</a> Genome Research. 13 (3), 524-530 (2003).</li><li>Comai, L., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING:+practical+single+nucleotide+mutation+discovery.">TILLING: practical single nucleotide mutation discovery.</a> The Plant Journal. 45 (4), 684-694 (2006).</li><li>Comai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+discovery+of+DNA+polymorphisms+in+natural+populations+by+Ecotilling.">Efficient discovery of DNA polymorphisms in natural populations by Ecotilling.</a> The Plant Journal. 37, 778-786 (2004).</li><li>Rogers, C., Wen, J., Chen, R., Oldroyd, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deletion-based+reverse+genetics+in+Medicagotruncatula.">Deletion-based reverse genetics in Medicagotruncatula.</a> Plant Physiology. 151 (3), 1077 (2009).</li><li>Bush, S. M., Krysan, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITILLING:+a+personalized+approach+to+the+identification+of+induced+mutations+in+arabidopsis.">ITILLING: a personalized approach to the identification of induced mutations in arabidopsis.</a> Physiology. 154 (1), 25-35 (2010).</li><li>Colasuonno, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DHPLC+technology+for+high-throughput+detection+of+mutations+in+a+durum+wheat+TILLING+population.">DHPLC technology for high-throughput detection of mutations in a durum wheat TILLING population.</a> BMC Genetics. 17 (1), 43 (2016).</li><li>Tsai, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovery+of+rare+mutations+in+populations:+TILLING+by+sequencing.">Discovery of rare mutations in populations: TILLING by sequencing.</a> Plant Physiology. 156, 1257-1268 (2011).</li><li>Kumar, A. P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING+by+Sequencing+(TbyS)+for+targeted+genome+mutagenesis+in+crops.">TILLING by Sequencing (TbyS) for targeted genome mutagenesis in crops.</a> Molecular Breeding. 37, 14 (2017).</li><li>Dong, C., Vincent, K., Sharp, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+mutation+detection+of+three+homoeologous+genes+in+wheat+by+High+Resolution+Melting+analysis+and+Mutation+Surveyor.">Simultaneous mutation detection of three homoeologous genes in wheat by High Resolution Melting analysis and Mutation Surveyor.</a> BMC Plant Biology. 9, 143 (2009).</li><li>Gady, A. L., Herman, F. W., Wal, M. H. V. D., Loo, E. N. V., Visser, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implementation+of+two+high+through-put+techniques+in+a+novel+application:+detecting+point+mutations+in+large+EMS+mutated+plant+populations.">Implementation of two high through-put techniques in a novel application: detecting point mutations in large EMS mutated plant populations.</a> Plant Methods. 5 (41), 6974-6977 (2009).</li><li>Ririe, K. M., Rasmussen, R. P., Wittwer, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Product+differentiation+by+analysis+of+DNA+melting+curves+during+the+polymerase+chain+reaction.">Product differentiation by analysis of DNA melting curves during the polymerase chain reaction.</a> Analytical Biochemistry. 245, 154-160 (1997).</li><li>Lochlainn, S. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+melt+(HRM)+analysis+is+an+efficient+tool+to+genotype+EMS+mutants+in+complex+crop+genomes.">High resolution melt (HRM) analysis is an efficient tool to genotype EMS mutants in complex crop genomes.</a> Plant Methods. 7, 43 (2011).</li><li>Yoshida, S., Forno, D. A., Cock, J. H., Gomez, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laboratory+manual+for+physiological+rice.">Laboratory manual for physiological rice.</a> The International Rice Research Institute. , (1976).</li><li>Peng, S. T., Zhuang, J. Y., Yan, Q. C., Zheng, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SSR+markers+selection+and+purity+detection+of+major+hybrid+rice+combinations+and+their+parents+in+China.">SSR markers selection and purity detection of major hybrid rice combinations and their parents in China.</a> Chinese Journal of Rice Science. 17, 1-5 (2003).</li><li>Allen, G. C., Flores-Vergara, M. A., Krasynanski, S., Kumar, S., Thompson, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+modified+protocol+for+rapid+DNA+isolation+from+plant+tissues+using+cetyltrimethymmonium+bromide.">A modified protocol for rapid DNA isolation from plant tissues using cetyltrimethymmonium bromide.</a> Nature. 1 (5), 2320-2325 (2006).</li><li>Fu, H. W., Li, Y. F., Shu, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+revisit+of+mutation+induction+by+gamma+rays+in+rice+(Oryza+sativa+L.):+implications+of+microsatellite+markers+for+quality+control.">A revisit of mutation induction by gamma rays in rice (Oryza sativa L.): implications of microsatellite markers for quality control.</a> Molecular Breeding. 22 (2), 281-288 (2008).</li><li>Li, S., Liu, S. M., Fu, H. W., Huang, J. Z., Shu, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+melting-based+tilling+of+&#947;+ray-induced+mutations+in+rice.">High-resolution melting-based tilling of &#947; ray-induced mutations in rice.</a> Journal of Zhejiang University-Science B. 19 (8), 620-629 (2018).</li><li>Acanda, Y., &#211;scar, M., Prado, M. J., Gonz&#225;lez, M. V., Rey, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EMS+mutagenesis+and+qPCR-HRM+prescreening+for+point+mutations+in+an+embryogenic+cell+suspension+of+grapevine.">EMS mutagenesis and qPCR-HRM prescreening for point mutations in an embryogenic cell suspension of grapevine.</a> Cell Reports. 33 (3), 471-481 (2014).</li><li>Si, H. J., Wang, Q., Liu, Y. Y., Huang, J. Z., Shu, Q. Y., Tan, Y. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+an+HRM-based,+safe+and+high-throughput+genotyping+system+for+photoperiod+sensitive+genic+male+sterility+gene+in+rice.">Development and application of an HRM-based, safe and high-throughput genotyping system for photoperiod sensitive genic male sterility gene in rice.</a> Journal of Nuclear Agricultural Sciences. 31 (11), 2081-2086 (2017).</li><li>Li, S., Zheng, Y. C., Cui, H. R., Fu, H. W., Shu, Q. Y., Huang, J. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequency+and+type+of+inheritable+mutations+induced+by+&#947;+rays+in+rice+as+revealed+by+whole+genome+sequencing.">Frequency and type of inheritable mutations induced by &#947; rays in rice as revealed by whole genome sequencing.</a> Journal of Zhejiang University-Science B. 17 (12), 905 (2016).</li></ol>

TILLING har vist sig at være et kraftfuldt omvendt genetisk værktøj til identificering af inducerede mutationer til genfunktionel analyse og afgrøde opdræt. For nogle egenskaber, der ikke let observeres eller bestemmes, kan VIPNING med PCR-baseret mutation detektion med høj gennemløb være en nyttig metode til at opnå mutanter til forskellige gener. HRM-TILLING metode har været anvendt i EMS-mutagenicerede populationer af tomat12, hvede11 og Grapevine<sup class="xr...

Mutanter er vigtige genetiske ressourcer til plante funktionel genomforskning og avl af nye sorter. En Forward genetik tilgang (dvs. fra mutant udvælgelse til genkloning eller variation udvikling) plejede at være den vigtigste og eneste metode til brug af inducerede mutationer omkring 20 år siden. Udviklingen af en ny reverse Genetics-metode, TILLING (målretning af inducerede lokale læsioner i genomer) af McCallum et al.1 åbnede et nyt paradigme, og det er siden blevet anvendt i et stort antal dyre-og plantearter2. TILLING er især nyttig for avls egenskaber, der er teknisk vanskelige eller dyre at fastsættes (f. eks. sygdomsresistens, mineralindhold).
Tilling blev oprindeligt udviklet til screening punktmutationer induceret af kemiske mutagener (f. eks. EMS1,3). Det omfatter følgende trin: etablering af en eller andre TILLING af befolkningsgrupper; DNA-forberedelse og pooling af individuelle planter PCR amplifikation af Target DNA fragment; heteroduplexer dannelse ved denaturering og Udglødning af PCR amplikoner og spaltning af cel I nuclease; og identifikation af mutante individer og deres specifikke molekylære læsioner3,4. Denne metode er dog stadig relativt kompleks, tidskrævende og lav gennemløb. For at gøre det mere effektivt og med højere gennemløb er der udviklet mange modificerede tilling metoder, såsom sletning af fliser (de-tilling) (tabel 1)1,3,5,6, 7,8,9,10,11,12.
HRM-kurve analyse, som er baseret på fluorescens ændringer under smeltning af DNA-duplex, er en enkel, omkostningseffektiv og High-gennemløb metode til mutation screening og genotypebestemmelse13. HRM har allerede været meget anvendt i plante forskning, herunder HRM-baseret TILLING (HRM-TILLING) til screening SBS-mutationer induceret af EMS mutagenese14. Her præsenterede vi detaljerede HRM-TILLING protokoller for screening af mutationer (både Indel og SBS) induceret af gamma (γ) stråler i ris.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>2&#215; Taq plus PCR Master Mix</td>
			<td>Tiangen, China</td>
			<td>KT201</td>
			<td>PCR buffer, dNTP and polymerase for PCR amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well plate</td>
			<td>Bio-rad, America</td>
			<td>MSP-9651</td>
			<td>Specific plate for PCR in HRM analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mastercycler nexus</td>
			<td>Eppendorf, German</td>
			<td>6333000073</td>
			<td>PCR amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LightScanner</td>
			<td>Idaho Technology, USA</td>
			<td>LCSN-ASY-0011</td>
			<td>For fluorescence sampling and processing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CALL-IT 2.0</td>
			<td>Idaho Technology, USA</td>
			<td></td>
			<td>For analysis of the fluorescence change</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EvaGreen</td>
			<td>Biotium, USA</td>
			<td>31000-T</td>
			<td>Fluorescence dye of HRM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop 2000</td>
			<td>Thermo Scientific, USA</td>
			<td>ND2000</td>
			<td>For DNA quantification</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identifying mutations by high resolution melting in a tilling population of rice

Target inducerede lokale læsioner i genomer (TILLING) er en strategi for reverse Genetics for high-gennemløb screening af inducerede mutationer. Men, TILLING system har mindre anvendelighed til indsættelse/sletning (Indel) detektion og traditionelle TILLING behov mere komplekse trin, ligesom CEL I nuclease fordøjelse og gel elektroforese. For at forbedre gennemløbs-og udvælgelses effektiviteten, og for at gøre screeningen af både indels og enkelt base substitions (SBSs) muligt, udvikles et nyt højopløsnings-smelte system (HRM). Her præsenterer vi en detaljeret HRM-TILLING protokol og viser dens anvendelse i mutation screening. Denne metode kan analysere mutationer af PCR amplikoner ved at måle denaturering af dobbeltstrenget DNA ved høje temperaturer. HRM-analyse udføres direkte efter PCR uden yderligere behandling. Desuden er en enkel, sikker og hurtig (SSF) DNA-ekstraktionsmetode integreret med HRM-TILLING for at identificere både indels og SBSs. Dens enkelhed, robusthed og høje gennemløb gør det potentielt nyttigt for mutation scanning i ris og andre afgrøder.

HRM scanning og analyse
I alt blev 1.140 samlede DNA-prøver fra 4.560 M2 frøplanter produceret og udsat for PCR amplifikation. To fragmenter med en størrelse på 195 BP og 259 BP blev forstærket for henholdsvis OsLCT1 og SPDT(tabel 2). De fleste prøver havde smelte kurver, som ikke var signifikant forskellige fra WT (ΔF < 0,05). HRM-kurver, der afviger væsentligt fra WT (ΔF > 0,05), blev grupperet med farve (r) forskelligt ...

Watch this Scientific Journal Video about Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice at JoVE.com

Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice

I denne artikel præsenterer vi den protokol, der er beskrevet som høj opløsning smelte analyse (HRM)-baseret Target induceret lokale læsioner i genomer (TILLING). Denne metode udnytter fluorescens ændringer under smeltning af DNA-duplex og er egnet til høj gennemløbs screening af både indsættelse/sletning (Indel) og enkelt base substition (SBS).

Identificering af mutationer ved høj opløsning smelter i en TILLING population af ris

Target Induced Local Lesions In Genomes (TILLING) is a strategy of reverse genetics for the high-throughput screening of induced mutations. However, the ...

Det ville være ganske nyttigt for avl træk, der er teknisk vanskelige eller dyre at blive bestemt, såsom sygdomsresistens, mineralindhold. Det er en ganske enkel, omkostningseffektiv og høj gennemløbsteknik. Til at begynde, placere fire blad skiver i hver brønd af en 96-brønd PCR plade.Tilsæt 50 milliliter buffer En løsning i hver brønd. Frys pladen i en minus 80-graders Celsius fryser i 10 minutter. Derefter affryse pladen ved stuetemperatur.Inkubere ved 95 grader Celsius i 10 minutter. Tilføj 50 mikroliter af buffer B til hver brønd, og bland godt ved vortexing. Centrifuge pladen i et minut ved 1, 500 gange g.Saml supernatanten som DNA til PCR. Først skal du bruge DNA supernatant fra en samt PCR skabelon til at optimere glødetemperaturen. Tilføj reagenser og en mikroliter AF DNA supernatant i hver PCR brønd.Placer PCR-rørene i en gradient-kompatibel termisk blok, og juster varmeprogrammet i henhold til manuskriptet for at bestemme den optimale glødetemperatur for hvert målfragment. Udfør elektroforese for PCR-produktet på 1%agarosegeler for at undersøge amplikoner. Den optimale glødetemperatur, der muliggør specifik forstærkning af målfragmentet.For at udføre HRM-analyse skal du kombinere reagenser, herunder en mikroliter på 10 gange fluorescensfarve og en mikroliter af DNA-supernatanten i hver brønd af HRM-kompatible plader. I hver plade, omfatter en vild-type forældreprøve og en negativ kontrol uden DNA. Tilsæt en dråbe mineralsk olie til hver brønd for at forhindre fordampning.Derefter forsegle pladen med klæbende film, og centrifuge på 1, 000 gange g i et minut. Kør PCR ved hjælp af den optimerede glødetemperatur. Fjern nu klæbefilmen fra pladen, og sæt pladen i en HRM-maskine.Vælg Ny kørsel i menuen Filer i softwaren, eller tryk på knappen Kør øverst på skærmen. Angiv start- og sluttemperaturerne for smelten fra 55 til 95 grader Celsius. Vælg eksempler til smeltningsanalyse med høj opløsning, og udeluk prøver, der ligner den negative kontrol.Normalisere smeltekurverne for at have samme begyndelse og slutning fluorescens. Bekræft visuelt, at de lavere minimumstemperaturmarkører og lavere temperaturmarkører er i et område af kurverne. Hold delta F, forskel på fluorescens, niveau på standardindstillingen 05.Vælg den almindelige versus variant på listen Valg af standarder, og vælg den normale følsomhed. Vælg H12 for at bruge den vilde type som kontrolelement. Prøver med en delta F-værdi på over 05 anses for at indeholde mutant plante.Derefter, ved hjælp af en CTAB metode, udtrække DNA fra hver af de fire planter fra den mutante pool med smeltekurven væsentligt forskellig fra den vilde type. Efter kvantificering ved hjælp af et spektrofotometer justeres DNA'et med NanoDrop 2000 til en endelig koncentration på ca. 25 nanogram pr. mikroliter. Tilføj 0,4 mikroliter PCR-primere i DNA-prøven i PCR-rørene, placer dem i en termisk cycler, og juster programmet for at forstærke målfragmentet.Send derefter PCR-produkterne til en virksomhed til sekvensering. Efter Sanger sekventering, sammenligne den molekylære læsion ved at sammenligne sekvenser mellem M2 planten og den vilde type. I denne undersøgelse viste HRM-scanning og analyse af M2-planter for mutationer i OsLCT1- eller SPDT-gener, at de fleste prøver havde smeltekurver, der ikke var signifikant forskellige fra den vilde type med delta F på under 05.Mutanterne viste signifikant forskellige HRM kurver med delta Fs større end 05 ved temperaturer på 90 til 92 grader Celsius og 81,5 til 83,5 grader Celsius, hhv. Mutationstypen og positionen på generne fra 4, 560 M2 planter blev bekræftet af sekventering kromatogrammer. En heterozygot site med en mutation af G til A på 4, 304 base par OsLCT1 blev identificeret.En enkelt nukleotid En indsættelse dukkede op på 4, 240 base par OsLCT1, og en TTC trinucleotid sletning blev observeret på positionen 5, 948 til 5, 950 base par SPDT. Jeg optimerer PCR før HRM analyse. Farvestoffet i gelen er lidt skadeligt.Husk at tage handsker på, når du kører gelen.

Research

JoVE Journal

Genetics

Parallel Measurement of Circadian Clock Gene Expression and Hormone Secretion in Human Primary Cell Cultures

Parallel Måling af døgnrytmen ur genekspression og hormon sekretion i Human primære cellekulturer

Circadian clocks are functional in all light-sensitive organisms, allowing for an adaptation to the external world by anticipating daily environmental ...

High-resolution Melting PCR for Complement Receptor 1 Length Polymorphism Genotyping: An Innovative Tool for Alzheimer's Disease Gene Susceptibility Assessment

Højopløsnings smeltende PCR til komplementreceptor 1 Længde polymorfisme Genotyping: Et innovativt redskab til Alzheimers sygdomssensibilitetsvurdering

Complement receptor 1 (CR1), a transmembrane glycoprotein that plays a key role in the innate immune system, is expressed on many cell types, but ...

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

Høj opløsning fluorescerende In Situ hybridisering i Drosophila fostre og væv ved hjælp af Tyramide Signal forstærkning

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

G2-seq: A High Throughput Sequencing-based Technique for Identifying Late Replicating Regions of the Genome

G2-seq: En High Throughput sekventering-baseret teknik til identifikation af sent replikerende regioner i genomet

Numerous techniques have been developed to follow the progress of DNA replication through the S phase of the cell cycle. Most of these techniques have ...

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

Høj overførselshastighed identifikation af synergistiske Drug kombinationer af overlapning2 metode

Although antimicrobial drugs have dramatically increased the lifespan and quality of life in the 20th century, antimicrobial resistance threatens our ...

Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions

Promotor Capture Hej-C: Høj opløsning, Genome-wide profilering af promotor interaktioner

The three-dimensional organization of the genome is linked to its function. For example, regulatory elements such as transcriptional enhancers control the ...

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

Differentiering, vedligeholdelse og analyse af menneskers retinale Pigment epitel celler: en sygdom i skål Model for BEST1 mutationer

Although over 200 genetic mutations in the human BEST1 gene have been identified and linked to retinal degenerative diseases, the pathological mechanisms ...

High-Resolution Comparison of Bacterial Conjugation Frequencies

Høj opløsning sammenligning af bakteriel konjugation frekvenser

Bacterial conjugation is an important step in the horizontal transfer of antibiotic resistance genes via a conjugative DNA element. In-depth comparisons ...

Designing Automated, High-throughput, Continuous Cell Growth Experiments Using eVOLVER

Design automatiseret, høj gennemløb, kontinuerlig cellevækst eksperimenter ved hjælp af eVOLVER

Continuous culture methods enable cells to be grown under quantitatively controlled environmental conditions, and are thus broadly useful for measuring ...