Name: identifying mutations by high resolution melting in a tilling population of rice
Uploaded: 2019-09-02T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice at JoVE.com

Dit werk werd gesteund door het National Key Research and Development Program van China (nr. 2016YFD0102103) en de National Natural Science Foundation of China (No. 31701394).

1. preparaten
<ol><li>
Ontwikkeling van door de γ-stralen mutageen populaties
	<ol>
<li>Behandel ongeveer 20.000 gedroogde rijstzaden (met vochtgehalte van ca. 14%) van een japonica-rijst lijn (bijv. DS552) met 137CS-gammastralen bij 100 Gy (1 Gy/min) in een γ-bestralings faciliteit (bijv. Gamma-cel). Opmerking: zaden die voor de behandeling worden gebruikt, moeten een hoge levensvatbaarheid hebben (bijv. met een kiemkracht > 85%). De bestralings dosis voor Indica Rice ...

<ol>
	<li>McCallum, C. M., Comai, L., Green, E. A., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+induced+local+lesions+IN+genomes+(TILLING)+for+plant+functional+genomics.">Targeting induced local lesions IN genomes (TILLING) for plant functional genomics.</a> Plant Physiology. 123, 439-442 (2000).</li><li>Taheri, S., Abdullah, T. L., Jain, S. M., Sahebi, M., Azizi, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING,+high-resolution+melting+(HRM),+and+next-generation+sequencing+(NGS)+techniques+in+plant+mutation+breeding.">TILLING, high-resolution melting (HRM), and next-generation sequencing (NGS) techniques in plant mutation breeding.</a> Molecular Breeding. 37 (3), 40 (2017).</li><li>Till, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+discovery+of+induced+point+mutations+with+high+throughput+TILLING.">Large-scale discovery of induced point mutations with high throughput TILLING.</a> Genome Research. 13 (3), 524-530 (2003).</li><li>Comai, L., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING:+practical+single+nucleotide+mutation+discovery.">TILLING: practical single nucleotide mutation discovery.</a> The Plant Journal. 45 (4), 684-694 (2006).</li><li>Comai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+discovery+of+DNA+polymorphisms+in+natural+populations+by+Ecotilling.">Efficient discovery of DNA polymorphisms in natural populations by Ecotilling.</a> The Plant Journal. 37, 778-786 (2004).</li><li>Rogers, C., Wen, J., Chen, R., Oldroyd, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deletion-based+reverse+genetics+in+Medicagotruncatula.">Deletion-based reverse genetics in Medicagotruncatula.</a> Plant Physiology. 151 (3), 1077 (2009).</li><li>Bush, S. M., Krysan, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITILLING:+a+personalized+approach+to+the+identification+of+induced+mutations+in+arabidopsis.">ITILLING: a personalized approach to the identification of induced mutations in arabidopsis.</a> Physiology. 154 (1), 25-35 (2010).</li><li>Colasuonno, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DHPLC+technology+for+high-throughput+detection+of+mutations+in+a+durum+wheat+TILLING+population.">DHPLC technology for high-throughput detection of mutations in a durum wheat TILLING population.</a> BMC Genetics. 17 (1), 43 (2016).</li><li>Tsai, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovery+of+rare+mutations+in+populations:+TILLING+by+sequencing.">Discovery of rare mutations in populations: TILLING by sequencing.</a> Plant Physiology. 156, 1257-1268 (2011).</li><li>Kumar, A. P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING+by+Sequencing+(TbyS)+for+targeted+genome+mutagenesis+in+crops.">TILLING by Sequencing (TbyS) for targeted genome mutagenesis in crops.</a> Molecular Breeding. 37, 14 (2017).</li><li>Dong, C., Vincent, K., Sharp, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+mutation+detection+of+three+homoeologous+genes+in+wheat+by+High+Resolution+Melting+analysis+and+Mutation+Surveyor.">Simultaneous mutation detection of three homoeologous genes in wheat by High Resolution Melting analysis and Mutation Surveyor.</a> BMC Plant Biology. 9, 143 (2009).</li><li>Gady, A. L., Herman, F. W., Wal, M. H. V. D., Loo, E. N. V., Visser, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implementation+of+two+high+through-put+techniques+in+a+novel+application:+detecting+point+mutations+in+large+EMS+mutated+plant+populations.">Implementation of two high through-put techniques in a novel application: detecting point mutations in large EMS mutated plant populations.</a> Plant Methods. 5 (41), 6974-6977 (2009).</li><li>Ririe, K. M., Rasmussen, R. P., Wittwer, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Product+differentiation+by+analysis+of+DNA+melting+curves+during+the+polymerase+chain+reaction.">Product differentiation by analysis of DNA melting curves during the polymerase chain reaction.</a> Analytical Biochemistry. 245, 154-160 (1997).</li><li>Lochlainn, S. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+melt+(HRM)+analysis+is+an+efficient+tool+to+genotype+EMS+mutants+in+complex+crop+genomes.">High resolution melt (HRM) analysis is an efficient tool to genotype EMS mutants in complex crop genomes.</a> Plant Methods. 7, 43 (2011).</li><li>Yoshida, S., Forno, D. A., Cock, J. H., Gomez, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laboratory+manual+for+physiological+rice.">Laboratory manual for physiological rice.</a> The International Rice Research Institute. , (1976).</li><li>Peng, S. T., Zhuang, J. Y., Yan, Q. C., Zheng, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SSR+markers+selection+and+purity+detection+of+major+hybrid+rice+combinations+and+their+parents+in+China.">SSR markers selection and purity detection of major hybrid rice combinations and their parents in China.</a> Chinese Journal of Rice Science. 17, 1-5 (2003).</li><li>Allen, G. C., Flores-Vergara, M. A., Krasynanski, S., Kumar, S., Thompson, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+modified+protocol+for+rapid+DNA+isolation+from+plant+tissues+using+cetyltrimethymmonium+bromide.">A modified protocol for rapid DNA isolation from plant tissues using cetyltrimethymmonium bromide.</a> Nature. 1 (5), 2320-2325 (2006).</li><li>Fu, H. W., Li, Y. F., Shu, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+revisit+of+mutation+induction+by+gamma+rays+in+rice+(Oryza+sativa+L.):+implications+of+microsatellite+markers+for+quality+control.">A revisit of mutation induction by gamma rays in rice (Oryza sativa L.): implications of microsatellite markers for quality control.</a> Molecular Breeding. 22 (2), 281-288 (2008).</li><li>Li, S., Liu, S. M., Fu, H. W., Huang, J. Z., Shu, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+melting-based+tilling+of+&#947;+ray-induced+mutations+in+rice.">High-resolution melting-based tilling of &#947; ray-induced mutations in rice.</a> Journal of Zhejiang University-Science B. 19 (8), 620-629 (2018).</li><li>Acanda, Y., &#211;scar, M., Prado, M. J., Gonz&#225;lez, M. V., Rey, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EMS+mutagenesis+and+qPCR-HRM+prescreening+for+point+mutations+in+an+embryogenic+cell+suspension+of+grapevine.">EMS mutagenesis and qPCR-HRM prescreening for point mutations in an embryogenic cell suspension of grapevine.</a> Cell Reports. 33 (3), 471-481 (2014).</li><li>Si, H. J., Wang, Q., Liu, Y. Y., Huang, J. Z., Shu, Q. Y., Tan, Y. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+an+HRM-based,+safe+and+high-throughput+genotyping+system+for+photoperiod+sensitive+genic+male+sterility+gene+in+rice.">Development and application of an HRM-based, safe and high-throughput genotyping system for photoperiod sensitive genic male sterility gene in rice.</a> Journal of Nuclear Agricultural Sciences. 31 (11), 2081-2086 (2017).</li><li>Li, S., Zheng, Y. C., Cui, H. R., Fu, H. W., Shu, Q. Y., Huang, J. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequency+and+type+of+inheritable+mutations+induced+by+&#947;+rays+in+rice+as+revealed+by+whole+genome+sequencing.">Frequency and type of inheritable mutations induced by &#947; rays in rice as revealed by whole genome sequencing.</a> Journal of Zhejiang University-Science B. 17 (12), 905 (2016).</li></ol>

TILLING is een krachtig reverse-genetisch hulpmiddel gebleken voor het identificeren van geïnduceerde mutaties voor genfunctionele analyse en gewas veredeling. Voor sommige eigenschappen die niet gemakkelijk worden waargenomen of bepaald, kan het KANTELEN met PCR-gebaseerde mutatie detectie met hoge doorvoer een nuttige methode zijn om mutanten voor verschillende genen te verkrijgen. De HRM-TILLING methode is gebruikt in EMS-mutageen populaties van tomaat12, tarwe11 en Gra...

Mutanten zijn belangrijke genetische hulpbronnen voor het functionele genomics-onderzoek en de kweek van nieuwe rassen. Een voorwaartse genetica benadering (d.w.z. van Mutante selectie tot genklonen of variété ontwikkeling) was vroeger de belangrijkste en enige methode voor het gebruik van geïnduceerde mutaties ongeveer 20 jaar geleden. De ontwikkeling van een roman reverse genetics methode, TILLING (gericht op geïnduceerde lokale laesies in Genomes) door McCallum et al.1 opende een nieuw paradigma en het is sindsdien toegepast in een groot aantal dier-en plantensoorten2. TILLING is vooral nuttig voor fokeigenschappen die technisch moeilijk of kostbaar zijn om te bepalen (bijv. ziekte resistentie, mineraalgehalte).
TILLING werd oorspronkelijk ontwikkeld voor screening puntmutaties geïnduceerd door chemische mutagene agentia (bv. EMS1,3). Het omvat de volgende stappen: de oprichting van een TILLING populatie (s); DNA-bereiding en bundeling van individuele planten; PCR-versterking van doelwit DNA-fragment; heteroduplexen vorming door denaturatie en gloeien van PCR-amplicons en decolleté door CEL I Nuclease; en identificatie van mutant individuen en hun specifieke moleculaire laesies3,4. Deze methode is echter nog steeds relatief complex, tijdrovend en lage doorvoer. Om het efficiënter en met een hogere doorvoer te maken, zijn veel gemodificeerde kantel methoden ontwikkeld, zoals het verwijderen van de TILLING (de-Tilling) (tabel 1)1,3,5,6, 7,8,9,10,11,12.
De HRM-curve analyse, die is gebaseerd op fluorescentie veranderingen tijdens het smelten van de DNA-duplex, is een eenvoudige, kosteneffectieve en hoge doorvoer methode voor mutatie screening en genotypering13. HRM is al op grote schaal gebruikt in planten onderzoek, waaronder op HRM gebaseerde TILLING (HRM-TILLING) voor het screenen van SBS-mutaties geïnduceerd door EMS-mutagenese14. Hier presenteerden we gedetailleerde HRM-TILLING protocollen voor het screenen van mutaties (zowel Indel als SBS) geïnduceerd door gamma (γ) stralen in rijst.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>2&#215; Taq plus PCR Master Mix</td>
			<td>Tiangen, China</td>
			<td>KT201</td>
			<td>PCR buffer, dNTP and polymerase for PCR amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well plate</td>
			<td>Bio-rad, America</td>
			<td>MSP-9651</td>
			<td>Specific plate for PCR in HRM analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mastercycler nexus</td>
			<td>Eppendorf, German</td>
			<td>6333000073</td>
			<td>PCR amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LightScanner</td>
			<td>Idaho Technology, USA</td>
			<td>LCSN-ASY-0011</td>
			<td>For fluorescence sampling and processing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CALL-IT 2.0</td>
			<td>Idaho Technology, USA</td>
			<td></td>
			<td>For analysis of the fluorescence change</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EvaGreen</td>
			<td>Biotium, USA</td>
			<td>31000-T</td>
			<td>Fluorescence dye of HRM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop 2000</td>
			<td>Thermo Scientific, USA</td>
			<td>ND2000</td>
			<td>For DNA quantification</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identifying mutations by high resolution melting in a tilling population of rice

Doelwit geïnduceerde lokale laesies in Genomes (TILLING) is een strategie van reverse genetics voor de screening met hoge doorvoer van geïnduceerde mutaties. Het kantelsysteem heeft echter minder toepasbaarheid voor het inbrengen/verwijderen (Indel) detectie en traditionele TILLING heeft meer complexe stappen nodig, zoals CEL I Nuclease spijsvertering en gel elektroforese. Om de doorvoer-en selectie-efficiëntie te verbeteren, en om de screening van zowel indels als enkelvoudige basis substitions (SBSs) mogelijk te maken, wordt een nieuw TILLING-systeem op basis van hoge resolutie (HRM) ontwikkeld. Hier presenteren wij een gedetailleerd HRM-TILLING protocol en tonen de toepassing in de mutatie screening. Deze methode kan de mutaties van PCR-amplicons analyseren door de denaturatie van dubbel gestrande DNA bij hoge temperaturen te meten. De HRM-analyse wordt direct na de PCR uitgevoerd zonder verdere verwerking. Bovendien is een eenvoudige, veilige en snelle (SSF) DNA-extractiemethode geïntegreerd met HRM-TILLING om zowel indels als SBSs te identificeren. De eenvoud, robuustheid en hoge doorvoer maken het mogelijk nuttig voor mutatiescanning in rijst en andere gewassen.

HRM scanning en-analyse
In totaal werden 1.140 samengevoegde DNA-monsters van 4.560 M2 zaailingen geproduceerd en onderworpen aan PCR-amplificatie. Twee fragmenten met de grootte van 195 BP en 259 BP werden versterkt voor respectievelijk OsLCT1 en SPDT(tabel 2). De meeste monsters hadden smelt curves die niet significant verschillen van de WT (ΔF < 0,05). HRM-curven significant verschillend van de WT (ΔF > 0,05) werden gegroepeer...

Watch this Scientific Journal Video about Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice at JoVE.com

Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice

In dit artikel presenteren we het protocol dat wordt beschreven als High-Resolution smelt analyse (HRM) gebaseerde doel geïnduceerde lokale laesies in Genomes (TILLING). Deze methode maakt gebruik van fluorescentie veranderingen tijdens het smelten van de DNA-duplex en is geschikt voor screening met hoge doorvoer van zowel inbrengen/deletie (Indel) als single base substition (SBS).

Identificeren van mutaties door een hoge resolutie smelting in een TILLING populatie van rijst

Target Induced Local Lesions In Genomes (TILLING) is a strategy of reverse genetics for the high-throughput screening of induced mutations. However, the ...

Het zou heel nuttig zijn voor fokeigenschappen die technisch moeilijk of kostbaar zijn om te bepalen, zoals ziekteresistentie, mineraalgehalte. Het is een vrij eenvoudige, kosteneffectieve en hoge doorvoertechniek. Om te beginnen, plaats vier bladschijven in elke put van een 96-well PCR-plaat.Voeg 50 milliliter buffer een oplossing in elke put. Vries de plaat in een min 80-graden Celsius vriezer voor 10 minuten. Bevries vervolgens de plaat op kamertemperatuur.Incubeer op 95 graden Celsius gedurende 10 minuten. Voeg 50 microliter buffer B toe aan elke put en meng goed door vortexen. Centrifugeren de plaat gedurende een minuut op 1, 500 keer g.Verzamel de supernatant als DNA voor PCR. Gebruik eerst de DNA-supernatant van één goed en PCR-sjabloon om de temperatuur te optimaliseren. Voeg reagentia en een microliter van DNA supernatant in elke PCR goed.Plaats de PCR-buizen in een gradiënt-geschikt thermisch blok, en pas het verwarmingsprogramma aan volgens het manuscript om de optimale annealing temperatuur voor elk doelfragment te bepalen. Voer elektroforese uit voor het PCR-product op 1%agarose gels om amplicons te onderzoeken. Bepaal de optimale annealing temperatuur die specifieke versterking van het doelfragment mogelijk maakt.Om HRM-analyse uit te voeren, combineer reagentia, waaronder een microliter van 10 keer fluorescentiekleurstof en één microliter van het DNA-supernatant in elke bron van HRM-compatibele platen. In elke plaat, omvatten een wild-type ouderschap monster en een negatieve controle zonder DNA. Voeg een druppel minerale olie aan elke put om verdamping te voorkomen.Sluit vervolgens de plaat af met kleeffolie en vermaal 1000 keer g gedurende een minuut. Voer de PCR uit met de geoptimaliseerde annealing temperatuur. Verwijder nu de kleeffolie van de plaat en steek de plaat in een HRM-machine.Selecteer in de software Nieuwe run in het bestandsmenu of druk op de knop Uitvoeren boven aan het scherm. Geef de begin- en eindtemperaturen op voor de smelt van 55 tot 95 graden Celsius. Selecteer monsters voor smeltanalyse met hoge resolutie en sluit monsters uit die vergelijkbaar zijn met de negatieve controle.Normaliseer de smeltende rondingen om dezelfde begin- en eindfluorescentie te hebben. Bevestig visueel dat de lagere minimum- en lagere maximumtemperatuurcursors zich in een gebied van de curven bevinden. Houd de delta F, verschil van fluorescentie, niveau op de standaard instelling van 05.Selecteer in de selectielijst Standaarden de algemene versus-variant en kies de normale gevoeligheid. Selecteer H12 om het wilde type als besturingselement te gebruiken. Monsters met een delta F-waarde groter dan 05 worden geacht gemuteerde planten te bevatten.Vervolgens, met behulp van een CTAB-methode, extract DNA uit elk van de vier planten uit de mutant zwembad met de smeltcurve aanzienlijk verschillend van het wilde type. Na kwantificering met behulp van een spectrofotometer, pas het DNA met de NanoDrop 2000 aan een uiteindelijke concentratie van ongeveer 25 nanogram per microliter. Voeg 0,4 microliter PCR-primers toe aan het DNA-monster in de PCR-buizen, plaats ze in een thermische cycler en pas het programma aan om het doelfragment te versterken.Stuur vervolgens de PCR-producten naar een bedrijf voor sequencing. Na Sanger sequencing, vergelijk de moleculaire laesie door het vergelijken van de sequenties tussen de M2 plant en het wilde type. In deze studie toonden HRM-scanning en -analyse van M2-zaailingen voor mutaties in OsLCT1- of SPDT-genen aan dat de meeste monsters smeltcurven hadden die niet significant verschilden van het wilde type met delta F minder dan 05.De mutanten vertoonden aanzienlijk verschillende HRM-curven met delta F's groter dan 05 bij temperaturen van respectievelijk 90 tot 92 graden Celsius en 81,5 tot 83,5 graden Celsius. Het mutatietype en de positie op de genen van 4, 560 M2 zaailingen werden bevestigd door de sequencing chromatogrammen. Een heterozygoot met een mutatie van G naar A op 4, 304 basisparen van OsLCT1 werd geïdentificeerd.Een enkele nucleotide Een invoeging verscheen op de 4, 240 basisparen van OsLCT1, en een TTC trinucleotide verwijdering werd waargenomen op de positie van 5, 948 tot 5, 950 basisparen van SPDT. Ik optimaliseer de PCR voor HRM analyse. De kleurstof in de gel is een beetje schadelijk.Vergeet niet om handschoenen aan te trekken bij het uitvoeren van de gel.

Research

JoVE Journal

Genetics

Parallel Measurement of Circadian Clock Gene Expression and Hormone Secretion in Human Primary Cell Cultures

Parallel Meting van de circadiane klok genexpressie en hormoon in Human primaire celculturen

Circadian clocks are functional in all light-sensitive organisms, allowing for an adaptation to the external world by anticipating daily environmental ...

High-resolution Melting PCR for Complement Receptor 1 Length Polymorphism Genotyping: An Innovative Tool for Alzheimer's Disease Gene Susceptibility Assessment

Hoge resolutie smeltende PCR voor Complement Receptor 1 Lengte Polymorfisme Genotypering: Een Innovatief Gereedschap voor Alzheimer&#39;s Ziekte Geneesbaarheid Beoordeling

Complement receptor 1 (CR1), a transmembrane glycoprotein that plays a key role in the innate immune system, is expressed on many cell types, but ...

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

Hoge resolutie fluorescentie In Situ hybridisatie in Drosophila embryo's en weefsels met behulp van Tyramide signaal versterking

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

G2-seq: A High Throughput Sequencing-based Technique for Identifying Late Replicating Regions of the Genome

G2-seq: Een High Throughput Sequencing gebaseerde techniek voor het identificeren van laat repliceren regio's van het genoom

Numerous techniques have been developed to follow the progress of DNA replication through the S phase of the cell cycle. Most of these techniques have ...

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

High-throughput identificatie van synergetische Drug combinaties door de overlapping2 methode

Although antimicrobial drugs have dramatically increased the lifespan and quality of life in the 20th century, antimicrobial resistance threatens our ...

Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions

Promotor Capture Hi-C: High-resolution, genoom-brede profilering van promotor interacties

The three-dimensional organization of the genome is linked to its function. For example, regulatory elements such as transcriptional enhancers control the ...

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

Differentiatie, onderhoud en analyse van menselijke retinale Pigment epitheel cellen: een ziekte-in-a-schotel-Model voor BEST1 mutaties

Although over 200 genetic mutations in the human BEST1 gene have been identified and linked to retinal degenerative diseases, the pathological mechanisms ...

High-Resolution Comparison of Bacterial Conjugation Frequencies

Hoge resolutie vergelijking van bacteriële vervoeging frequenties

Bacterial conjugation is an important step in the horizontal transfer of antibiotic resistance genes via a conjugative DNA element. In-depth comparisons ...

Designing Automated, High-throughput, Continuous Cell Growth Experiments Using eVOLVER

Het ontwerpen van geautomatiseerde, high-throughput, continue celgroei experimenten met behulp van evolver

Continuous culture methods enable cells to be grown under quantitatively controlled environmental conditions, and are thus broadly useful for measuring ...