Name: identifying mutations by high resolution melting in a tilling population of rice
Uploaded: 2019-09-02T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice at JoVE.com

Dette arbeidet ble støttet av det nasjonale nøkkel forsknings-og utviklingsprogrammet i Kina (no. 2016YFD0102103) og det nasjonale natur vitenskaps stiftelsen i Kina (no. 31701394).

1. forberedelser
<ol><li>
Utvikling av γ-stråler mutagenized populasjoner
	<ol>
<li>Unn om 20 000 tørket ris frø (med fuktinnhold på ca. 14%) av en japonica ris linje (f. eks DS552) med 137cs gamma rays på 100 gy (1 gy/min) i en γ bestråling anlegg (f. eks gamma celle). Merk: frø som brukes til behandling bør ha en høy levedyktighet (for eksempel med en spire rate > 85%). Den bestråling dose for Indica ris kan økes til 150 gy.</li>
		<li>Sår bestrålt frø e...

<ol>
	<li>McCallum, C. M., Comai, L., Green, E. A., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+induced+local+lesions+IN+genomes+(TILLING)+for+plant+functional+genomics.">Targeting induced local lesions IN genomes (TILLING) for plant functional genomics.</a> Plant Physiology. 123, 439-442 (2000).</li><li>Taheri, S., Abdullah, T. L., Jain, S. M., Sahebi, M., Azizi, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING,+high-resolution+melting+(HRM),+and+next-generation+sequencing+(NGS)+techniques+in+plant+mutation+breeding.">TILLING, high-resolution melting (HRM), and next-generation sequencing (NGS) techniques in plant mutation breeding.</a> Molecular Breeding. 37 (3), 40 (2017).</li><li>Till, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+discovery+of+induced+point+mutations+with+high+throughput+TILLING.">Large-scale discovery of induced point mutations with high throughput TILLING.</a> Genome Research. 13 (3), 524-530 (2003).</li><li>Comai, L., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING:+practical+single+nucleotide+mutation+discovery.">TILLING: practical single nucleotide mutation discovery.</a> The Plant Journal. 45 (4), 684-694 (2006).</li><li>Comai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+discovery+of+DNA+polymorphisms+in+natural+populations+by+Ecotilling.">Efficient discovery of DNA polymorphisms in natural populations by Ecotilling.</a> The Plant Journal. 37, 778-786 (2004).</li><li>Rogers, C., Wen, J., Chen, R., Oldroyd, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deletion-based+reverse+genetics+in+Medicagotruncatula.">Deletion-based reverse genetics in Medicagotruncatula.</a> Plant Physiology. 151 (3), 1077 (2009).</li><li>Bush, S. M., Krysan, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITILLING:+a+personalized+approach+to+the+identification+of+induced+mutations+in+arabidopsis.">ITILLING: a personalized approach to the identification of induced mutations in arabidopsis.</a> Physiology. 154 (1), 25-35 (2010).</li><li>Colasuonno, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DHPLC+technology+for+high-throughput+detection+of+mutations+in+a+durum+wheat+TILLING+population.">DHPLC technology for high-throughput detection of mutations in a durum wheat TILLING population.</a> BMC Genetics. 17 (1), 43 (2016).</li><li>Tsai, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovery+of+rare+mutations+in+populations:+TILLING+by+sequencing.">Discovery of rare mutations in populations: TILLING by sequencing.</a> Plant Physiology. 156, 1257-1268 (2011).</li><li>Kumar, A. P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING+by+Sequencing+(TbyS)+for+targeted+genome+mutagenesis+in+crops.">TILLING by Sequencing (TbyS) for targeted genome mutagenesis in crops.</a> Molecular Breeding. 37, 14 (2017).</li><li>Dong, C., Vincent, K., Sharp, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+mutation+detection+of+three+homoeologous+genes+in+wheat+by+High+Resolution+Melting+analysis+and+Mutation+Surveyor.">Simultaneous mutation detection of three homoeologous genes in wheat by High Resolution Melting analysis and Mutation Surveyor.</a> BMC Plant Biology. 9, 143 (2009).</li><li>Gady, A. L., Herman, F. W., Wal, M. H. V. D., Loo, E. N. V., Visser, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implementation+of+two+high+through-put+techniques+in+a+novel+application:+detecting+point+mutations+in+large+EMS+mutated+plant+populations.">Implementation of two high through-put techniques in a novel application: detecting point mutations in large EMS mutated plant populations.</a> Plant Methods. 5 (41), 6974-6977 (2009).</li><li>Ririe, K. M., Rasmussen, R. P., Wittwer, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Product+differentiation+by+analysis+of+DNA+melting+curves+during+the+polymerase+chain+reaction.">Product differentiation by analysis of DNA melting curves during the polymerase chain reaction.</a> Analytical Biochemistry. 245, 154-160 (1997).</li><li>Lochlainn, S. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+melt+(HRM)+analysis+is+an+efficient+tool+to+genotype+EMS+mutants+in+complex+crop+genomes.">High resolution melt (HRM) analysis is an efficient tool to genotype EMS mutants in complex crop genomes.</a> Plant Methods. 7, 43 (2011).</li><li>Yoshida, S., Forno, D. A., Cock, J. H., Gomez, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laboratory+manual+for+physiological+rice.">Laboratory manual for physiological rice.</a> The International Rice Research Institute. , (1976).</li><li>Peng, S. T., Zhuang, J. Y., Yan, Q. C., Zheng, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SSR+markers+selection+and+purity+detection+of+major+hybrid+rice+combinations+and+their+parents+in+China.">SSR markers selection and purity detection of major hybrid rice combinations and their parents in China.</a> Chinese Journal of Rice Science. 17, 1-5 (2003).</li><li>Allen, G. C., Flores-Vergara, M. A., Krasynanski, S., Kumar, S., Thompson, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+modified+protocol+for+rapid+DNA+isolation+from+plant+tissues+using+cetyltrimethymmonium+bromide.">A modified protocol for rapid DNA isolation from plant tissues using cetyltrimethymmonium bromide.</a> Nature. 1 (5), 2320-2325 (2006).</li><li>Fu, H. W., Li, Y. F., Shu, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+revisit+of+mutation+induction+by+gamma+rays+in+rice+(Oryza+sativa+L.):+implications+of+microsatellite+markers+for+quality+control.">A revisit of mutation induction by gamma rays in rice (Oryza sativa L.): implications of microsatellite markers for quality control.</a> Molecular Breeding. 22 (2), 281-288 (2008).</li><li>Li, S., Liu, S. M., Fu, H. W., Huang, J. Z., Shu, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+melting-based+tilling+of+&#947;+ray-induced+mutations+in+rice.">High-resolution melting-based tilling of &#947; ray-induced mutations in rice.</a> Journal of Zhejiang University-Science B. 19 (8), 620-629 (2018).</li><li>Acanda, Y., &#211;scar, M., Prado, M. J., Gonz&#225;lez, M. V., Rey, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EMS+mutagenesis+and+qPCR-HRM+prescreening+for+point+mutations+in+an+embryogenic+cell+suspension+of+grapevine.">EMS mutagenesis and qPCR-HRM prescreening for point mutations in an embryogenic cell suspension of grapevine.</a> Cell Reports. 33 (3), 471-481 (2014).</li><li>Si, H. J., Wang, Q., Liu, Y. Y., Huang, J. Z., Shu, Q. Y., Tan, Y. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+an+HRM-based,+safe+and+high-throughput+genotyping+system+for+photoperiod+sensitive+genic+male+sterility+gene+in+rice.">Development and application of an HRM-based, safe and high-throughput genotyping system for photoperiod sensitive genic male sterility gene in rice.</a> Journal of Nuclear Agricultural Sciences. 31 (11), 2081-2086 (2017).</li><li>Li, S., Zheng, Y. C., Cui, H. R., Fu, H. W., Shu, Q. Y., Huang, J. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequency+and+type+of+inheritable+mutations+induced+by+&#947;+rays+in+rice+as+revealed+by+whole+genome+sequencing.">Frequency and type of inheritable mutations induced by &#947; rays in rice as revealed by whole genome sequencing.</a> Journal of Zhejiang University-Science B. 17 (12), 905 (2016).</li></ol>

TILLING har vist seg å være et kraftig omvendt genetisk verktøy for å identifisere induserte mutasjoner for gen funksjonell analyse og avling avl. For noen egenskaper som ikke lett observeres eller bestemmes, kan TILLING med høy gjennomstrømming PCR-basert mutasjon-deteksjon være en nyttig metode for å få mutanter for ulike gener. HRM-TILLING metoden har blitt brukt i EMS-mutagenized bestander av tomat12, hvete11 og Grapevine20 for mutasjon ...

Mutanter er viktige genetiske ressurser for anlegget funksjonell Genomics forskning og oppdrett av nye varianter. En frem genetikk tilnærming (dvs. fra mutant utvalg til gen kloning eller variasjon utvikling) pleide å være den viktigste og eneste metoden for bruk av indusert mutasjoner ca 20 år siden. Utviklingen av en roman omvendt genetikk metode, TILLING (målretting indusert lokale lesjoner i genomer) av McCallum et al.1 åpnet et nytt paradigme, og det har siden blitt brukt i et stort antall dyr og plantearter2. TILLING er spesielt nyttig for avl trekk som er teknisk vanskelig eller kostbart å bli bestemt (f. eks, sykdomsresistens, mineral innhold).
TILLING ble opprinnelig utviklet for screening punkt mutasjoner indusert av kjemiske mutagener (f. eks, EMS1,3). Det inkluderer følgende trinn: etablering av en TILLING befolkning (s); DNA forberedelse og pooling av individuelle planter; PCR forsterkning av mål DNA-fragment; heteroduplexes formasjon ved denaturering og annealing av PCR-amplicons og kløft av CEL I nuklease; og identifisering av mutant individer og deres spesifikke molekylære lesjoner3,4. Denne metoden er imidlertid fortsatt relativt komplisert, tidkrevende og lav gjennomstrømming. For å gjøre den mer effektiv og med høyere gjennomstrømming, har mange modifiserte TILLING metoder blitt utviklet, slik som sletting TILLING (de-TILLING) (tabell 1)1,3,5,6, 7,8,9,10,11,12.
HRM kurve analyse, som er basert på fluorescens endringer i løpet av smelting av DNA dupleks, er en enkel, kostnadseffektiv, og høy gjennomstrømming metode for mutasjon screening og genotyperingteknologi13. HRM har allerede vært mye brukt i anlegget forskning inkludert HRM basert TILLING (HRM-TILLING) for screening SBS mutasjoner indusert av EMS mutagenese14. Her presenterte vi detaljerte HRM-TILLING protokoller for screening av mutasjoner (både Indel og SBS) indusert av gamma (γ) stråler i ris.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>2&#215; Taq plus PCR Master Mix</td>
			<td>Tiangen, China</td>
			<td>KT201</td>
			<td>PCR buffer, dNTP and polymerase for PCR amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well plate</td>
			<td>Bio-rad, America</td>
			<td>MSP-9651</td>
			<td>Specific plate for PCR in HRM analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mastercycler nexus</td>
			<td>Eppendorf, German</td>
			<td>6333000073</td>
			<td>PCR amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LightScanner</td>
			<td>Idaho Technology, USA</td>
			<td>LCSN-ASY-0011</td>
			<td>For fluorescence sampling and processing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CALL-IT 2.0</td>
			<td>Idaho Technology, USA</td>
			<td></td>
			<td>For analysis of the fluorescence change</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EvaGreen</td>
			<td>Biotium, USA</td>
			<td>31000-T</td>
			<td>Fluorescence dye of HRM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop 2000</td>
			<td>Thermo Scientific, USA</td>
			<td>ND2000</td>
			<td>For DNA quantification</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identifying mutations by high resolution melting in a tilling population of rice

Target indusert lokale lesjoner i genomer (TILLING) er en strategi for omvendt genetikk for høy gjennomstrømming screening av indusert mutasjoner. Imidlertid, det TILLING system har færre anvendelighet for innsettingen/overstrekingen (Indel) oppdagelsen og tradisjonell TILLING nødvendig flere innviklet skritt, like CEL jeg nuklease oversikten og gel elektroforese. For å forbedre gjennomstrømningen og valg effektivitet, og for å gjøre screening av både indeler og enkelt base substitions (SBSs) mulig, utvikles et nytt høyoppløselig smelte (HRM)-basert TILLING-system. Her presenterer vi en detaljert HRM-TILLING protokoll og vise sin anvendelse i mutasjon screening. Denne metoden kan analysere mutasjoner av PCR-amplicons ved å måle denaturering av dobbelt strandet DNA ved høye temperaturer. HRM-analyse er direkte utført post-PCR uten ekstra behandling. Videre er en enkel, sikker og rask (SSF) DNA utvinningsmetode integrert med HRM-TILLING for å identifisere både indeler og SBSs. Dens enkelhet, robusthet og høy gjennomstrømning gjør det potensielt nyttig for mutasjon skanning i ris og andre avlinger.

HRM skanning og analyse
Totalt ble 1 140 samlede DNA-prøver fra 4 560 M2 frøplanter produsert og utsatt for PCR forsterkning. To fragmenter med størrelsen på 195 BP og 259 BP ble forsterket for OsLCT1 og SPDT, henholdsvis (tabell 2). De fleste prøvene hadde smelte kurver som ikke var signifikant forskjellig fra WT (ΔF < 0,05). HRM-kurvene signifikant forskjellig fra WT (ΔF > 0,05) ble gruppert med farge (r) forskjellig fra W...

Watch this Scientific Journal Video about Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice at JoVE.com

Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice

I denne artikkelen presenterer vi protokollen som er beskrevet som høy oppløsning smelte analyse (HRM)-basert Target indusert lokale lesjoner i genomer (TILLING). Denne metoden utnytter fluorescens endringer under smelting av DNA dupleks og er egnet for høy gjennomstrømming screening av både innsetting/sletting (Indel) og enkelt base substition (SBS).

Identifisering av mutasjoner ved høy oppløsning smelting i en TILLING befolkning på Rice

Target Induced Local Lesions In Genomes (TILLING) is a strategy of reverse genetics for the high-throughput screening of induced mutations. However, the ...

Det ville være ganske nyttig for avlstrekk som er teknisk vanskelig eller kostbart å bli bestemt, for eksempel sykdomsresistens, mineralinnhold. Det er en ganske enkel, kostnadseffektiv og høy gjennomstrømningsteknikk. Til å begynne med plasserer du fire bladplater i hver brønn på en 96-brønns PCR-plate.Tilsett 50 milliliter buffer En løsning i hver brønn. Frys platen i en minus 80-graders Celsius fryser i 10 minutter. Deretter avfryser platen ved romtemperatur.Inkuber ved 95 grader Celsius i 10 minutter. Tilsett 50 mikroliter buffer B til hver brønn, og bland godt ved å virvle. Sentrifuger platen i ett minutt ved 1, 500 ganger g.Samle supernatant som DNA for PCR. Bruk først DNA-supernatanten fra én så vel som PCR-mal for å optimalisere glødetemperaturen. Tilsett reagenser og ett mikroliter DNA-supernatant i hver PCR-brønn.Plasser PCR-rørene i en gradient-kompatibel termisk blokk, og juster varmeprogrammet i henhold til manuskriptet for å bestemme optimal glødetemperatur for hvert målfragment. Utfør elektroforese for PCR-produktet på 1% agarose geler for å undersøke amplicons. Bestem den optimale glødetemperaturen som muliggjør spesifikk forsterkning av målfragmentet.For å utføre HRM-analyse, kombiner reagenser, inkludert en mikroliter på 10 ganger fluorescensfargestoff og en mikroliter av DNA-supernatanten i hver brønn av HRM-kompatible plater. I hver plate, inkluderer en vill-type foreldre prøve og en negativ kontroll uten DNA. Tilsett en dråpe mineralolje til hver brønn for å forhindre fordampning.Deretter forsegler du platen med selvklebende film, og sentrifuge på 1000 ganger g i ett minutt. Kjør PCR ved hjelp av den optimaliserte glødetemperaturen. Fjern nå klebefilmen fra platen, og sett platen inn i en HRM-maskin.Velg Ny kjøring på filmenyen i programvaren, eller trykk på Kjør-knappen øverst på skjermen. Angi start- og slutttemperaturene for smeltingen fra 55 til 95 grader Celsius. Velg eksempler for smelteanalyse med høy oppløsning, og ekskluder prøver som ligner på den negative kontrollen.Normaliser smeltekurvene for å ha samme begynnelse og slutt fluorescens. Kontroller visuelt at de nedre minimums- og senkende maksimumstemperaturmarkørene er i et område av kurvene. Hold delta F, forskjellen på fluorescens, nivå ved standardinnstillingen på 05.Velg common versus-varianten fra Standardvalg-listen, og velg normal følsomhet. Velg H12 for å bruke wild-typen som kontroll. Prøver med delta F-verdi større enn 05 anses å inneholde mutert plante.Deretter, ved hjelp av en CTAB-metode, trekker du dna fra hver av de fire plantene fra mutantbassenget med smeltekurven betydelig forskjellig fra villtypen. Etter kvantifisering ved hjelp av et spektrofotometer, juster DNA med NanoDrop 2000 til en endelig konsentrasjon på ca. 25 nanogram per mikroliter. Legg til 0,4 mikroliter pcr primere i DNA-prøven i PCR-rørene, plasser dem i en termisk cycler, og juster programmet for å forsterke målfragmentet.Deretter sender du PCR-produktene til et selskap for sekvensering. Etter Sanger sekvensering, sammenligne molekylær lesjon ved å sammenligne sekvensene mellom M2 anlegget og vill type. I denne studien viste HRM-skanning og analyse av M2-frøplanter for mutasjoner i OsLCT1- eller SPDT-gener at de fleste prøvene hadde smeltekurver som ikke var vesentlig forskjellig fra villtypen med delta F mindre enn 05.Mutantene viste signifikant forskjellige HRM kurver med delta Fs større enn 05 ved temperaturer på 90 til 92 grader Celsius og 81,5 til 83,5 grader Celsius, henholdsvis. Mutasjonstypen og posisjonen på genene fra 4, 560 M2 frøplanter ble bekreftet av sekvenseringkromatrammene. Et heterozygous sted med en mutasjon av G til A på 4, 304 base par OsLCT1 ble identifisert.En enkelt nukleotid En innsetting dukket opp på 4, 240 base par OsLCT1, og en TTC trinukleotid sletting ble observert i posisjon 5, 948 til 5, 950 base par SPDT. Jeg optimaliserer PCR før HRM analyse. Fargestoffet i gelen er litt skadelig.Husk å ta på hansker når du kjører gelen.

Research

JoVE Journal

Genetics

Parallel Measurement of Circadian Clock Gene Expression and Hormone Secretion in Human Primary Cell Cultures

Parallell Måling av biologiske klokke genekspresjon og hormon i Human primære cellekulturer

Circadian clocks are functional in all light-sensitive organisms, allowing for an adaptation to the external world by anticipating daily environmental ...

High-resolution Melting PCR for Complement Receptor 1 Length Polymorphism Genotyping: An Innovative Tool for Alzheimer's Disease Gene Susceptibility Assessment

Høyoppløselig smeltende PCR for komplementreceptor 1 Lengdepolymorfisme Genotyping: Et innovativt verktøy for Alzheimers sykdomssesmerksvurdering

Complement receptor 1 (CR1), a transmembrane glycoprotein that plays a key role in the innate immune system, is expressed on many cell types, but ...

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

Høy oppløsning fluorescerende In Situ hybridisering i Drosophila embryoer og vev med Tyramide Signal forsterkning

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

G2-seq: A High Throughput Sequencing-based Technique for Identifying Late Replicating Regions of the Genome

G2-seq: En høy gjennomstrømning sekvensering-basert teknikk for å identifisere sent replikere regioner i genomet

Numerous techniques have been developed to follow the progress of DNA replication through the S phase of the cell cycle. Most of these techniques have ...

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

Høy gjennomstrømming identifikasjon av synergistisk rusmiddelkombinasjoner av overlapping2 metoden

Although antimicrobial drugs have dramatically increased the lifespan and quality of life in the 20th century, antimicrobial resistance threatens our ...

Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions

Promotoren fange Hei-C: Med høy oppløsning, genomet-bred profilering av arrangøren interaksjoner

The three-dimensional organization of the genome is linked to its function. For example, regulatory elements such as transcriptional enhancers control the ...

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

Differensiering, vedlikehold og analyse av menneskelig netthinnens Pigment epitel celler: en sykdom-i-en-fat modell for BEST1 mutasjoner

Although over 200 genetic mutations in the human BEST1 gene have been identified and linked to retinal degenerative diseases, the pathological mechanisms ...

High-Resolution Comparison of Bacterial Conjugation Frequencies

Høyoppløselig sammenligning av bakteriell Bøyning frekvenser

Bacterial conjugation is an important step in the horizontal transfer of antibiotic resistance genes via a conjugative DNA element. In-depth comparisons ...

Designing Automated, High-throughput, Continuous Cell Growth Experiments Using eVOLVER

Designing automatisert, høy gjennomstrømming, kontinuerlig cellevekst eksperimenter bruke eVOLVER

Continuous culture methods enable cells to be grown under quantitatively controlled environmental conditions, and are thus broadly useful for measuring ...