Name: identifying mutations by high resolution melting in a tilling population of rice
Uploaded: 2019-09-02T13:00:00
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Este trabajo fue apoyado por el Programa Nacional De Investigación y Desarrollo Clave de China (No. 2016YFD0102103) y la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (No.31701394).

1. Preparativos
<ol><li>
Desarrollo de poblaciones mutadas de rayos de la misma
	<ol>
<li>Tratar unas 20.000 semillas de arroz secas (con un contenido de humedad de alrededor del 14%) de una línea de arroz japonica (por ejemplo, DS552) con 137rayos gamma Cs a 100 Gy (1 Gy/min) en una instalación de irradiación (por ejemplo, célula gamma). NOTA: Las semillas utilizadas para el tratamiento deben tener una alta viabilidad (por ejemplo, con una tasa de germinación >85%)....

<ol>
	<li>McCallum, C. M., Comai, L., Green, E. A., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+induced+local+lesions+IN+genomes+(TILLING)+for+plant+functional+genomics.">Targeting induced local lesions IN genomes (TILLING) for plant functional genomics.</a> Plant Physiology. 123, 439-442 (2000).</li><li>Taheri, S., Abdullah, T. L., Jain, S. M., Sahebi, M., Azizi, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING,+high-resolution+melting+(HRM),+and+next-generation+sequencing+(NGS)+techniques+in+plant+mutation+breeding.">TILLING, high-resolution melting (HRM), and next-generation sequencing (NGS) techniques in plant mutation breeding.</a> Molecular Breeding. 37 (3), 40 (2017).</li><li>Till, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+discovery+of+induced+point+mutations+with+high+throughput+TILLING.">Large-scale discovery of induced point mutations with high throughput TILLING.</a> Genome Research. 13 (3), 524-530 (2003).</li><li>Comai, L., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING:+practical+single+nucleotide+mutation+discovery.">TILLING: practical single nucleotide mutation discovery.</a> The Plant Journal. 45 (4), 684-694 (2006).</li><li>Comai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+discovery+of+DNA+polymorphisms+in+natural+populations+by+Ecotilling.">Efficient discovery of DNA polymorphisms in natural populations by Ecotilling.</a> The Plant Journal. 37, 778-786 (2004).</li><li>Rogers, C., Wen, J., Chen, R., Oldroyd, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deletion-based+reverse+genetics+in+Medicagotruncatula.">Deletion-based reverse genetics in Medicagotruncatula.</a> Plant Physiology. 151 (3), 1077 (2009).</li><li>Bush, S. M., Krysan, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITILLING:+a+personalized+approach+to+the+identification+of+induced+mutations+in+arabidopsis.">ITILLING: a personalized approach to the identification of induced mutations in arabidopsis.</a> Physiology. 154 (1), 25-35 (2010).</li><li>Colasuonno, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DHPLC+technology+for+high-throughput+detection+of+mutations+in+a+durum+wheat+TILLING+population.">DHPLC technology for high-throughput detection of mutations in a durum wheat TILLING population.</a> BMC Genetics. 17 (1), 43 (2016).</li><li>Tsai, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovery+of+rare+mutations+in+populations:+TILLING+by+sequencing.">Discovery of rare mutations in populations: TILLING by sequencing.</a> Plant Physiology. 156, 1257-1268 (2011).</li><li>Kumar, A. P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING+by+Sequencing+(TbyS)+for+targeted+genome+mutagenesis+in+crops.">TILLING by Sequencing (TbyS) for targeted genome mutagenesis in crops.</a> Molecular Breeding. 37, 14 (2017).</li><li>Dong, C., Vincent, K., Sharp, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+mutation+detection+of+three+homoeologous+genes+in+wheat+by+High+Resolution+Melting+analysis+and+Mutation+Surveyor.">Simultaneous mutation detection of three homoeologous genes in wheat by High Resolution Melting analysis and Mutation Surveyor.</a> BMC Plant Biology. 9, 143 (2009).</li><li>Gady, A. L., Herman, F. W., Wal, M. H. V. D., Loo, E. N. V., Visser, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implementation+of+two+high+through-put+techniques+in+a+novel+application:+detecting+point+mutations+in+large+EMS+mutated+plant+populations.">Implementation of two high through-put techniques in a novel application: detecting point mutations in large EMS mutated plant populations.</a> Plant Methods. 5 (41), 6974-6977 (2009).</li><li>Ririe, K. M., Rasmussen, R. P., Wittwer, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Product+differentiation+by+analysis+of+DNA+melting+curves+during+the+polymerase+chain+reaction.">Product differentiation by analysis of DNA melting curves during the polymerase chain reaction.</a> Analytical Biochemistry. 245, 154-160 (1997).</li><li>Lochlainn, S. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+melt+(HRM)+analysis+is+an+efficient+tool+to+genotype+EMS+mutants+in+complex+crop+genomes.">High resolution melt (HRM) analysis is an efficient tool to genotype EMS mutants in complex crop genomes.</a> Plant Methods. 7, 43 (2011).</li><li>Yoshida, S., Forno, D. A., Cock, J. H., Gomez, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laboratory+manual+for+physiological+rice.">Laboratory manual for physiological rice.</a> The International Rice Research Institute. , (1976).</li><li>Peng, S. T., Zhuang, J. Y., Yan, Q. C., Zheng, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SSR+markers+selection+and+purity+detection+of+major+hybrid+rice+combinations+and+their+parents+in+China.">SSR markers selection and purity detection of major hybrid rice combinations and their parents in China.</a> Chinese Journal of Rice Science. 17, 1-5 (2003).</li><li>Allen, G. C., Flores-Vergara, M. A., Krasynanski, S., Kumar, S., Thompson, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+modified+protocol+for+rapid+DNA+isolation+from+plant+tissues+using+cetyltrimethymmonium+bromide.">A modified protocol for rapid DNA isolation from plant tissues using cetyltrimethymmonium bromide.</a> Nature. 1 (5), 2320-2325 (2006).</li><li>Fu, H. W., Li, Y. F., Shu, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+revisit+of+mutation+induction+by+gamma+rays+in+rice+(Oryza+sativa+L.):+implications+of+microsatellite+markers+for+quality+control.">A revisit of mutation induction by gamma rays in rice (Oryza sativa L.): implications of microsatellite markers for quality control.</a> Molecular Breeding. 22 (2), 281-288 (2008).</li><li>Li, S., Liu, S. M., Fu, H. W., Huang, J. Z., Shu, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+melting-based+tilling+of+&#947;+ray-induced+mutations+in+rice.">High-resolution melting-based tilling of &#947; ray-induced mutations in rice.</a> Journal of Zhejiang University-Science B. 19 (8), 620-629 (2018).</li><li>Acanda, Y., &#211;scar, M., Prado, M. J., Gonz&#225;lez, M. V., Rey, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EMS+mutagenesis+and+qPCR-HRM+prescreening+for+point+mutations+in+an+embryogenic+cell+suspension+of+grapevine.">EMS mutagenesis and qPCR-HRM prescreening for point mutations in an embryogenic cell suspension of grapevine.</a> Cell Reports. 33 (3), 471-481 (2014).</li><li>Si, H. J., Wang, Q., Liu, Y. Y., Huang, J. Z., Shu, Q. Y., Tan, Y. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+an+HRM-based,+safe+and+high-throughput+genotyping+system+for+photoperiod+sensitive+genic+male+sterility+gene+in+rice.">Development and application of an HRM-based, safe and high-throughput genotyping system for photoperiod sensitive genic male sterility gene in rice.</a> Journal of Nuclear Agricultural Sciences. 31 (11), 2081-2086 (2017).</li><li>Li, S., Zheng, Y. C., Cui, H. R., Fu, H. W., Shu, Q. Y., Huang, J. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequency+and+type+of+inheritable+mutations+induced+by+&#947;+rays+in+rice+as+revealed+by+whole+genome+sequencing.">Frequency and type of inheritable mutations induced by &#947; rays in rice as revealed by whole genome sequencing.</a> Journal of Zhejiang University-Science B. 17 (12), 905 (2016).</li></ol>

TILLING ha demostrado ser una poderosa herramienta genética inversa para identificar mutaciones inducidas para el análisis funcional de genes y la reproducción de cultivos. Para algunos rasgos que no se observan o determinan fácilmente, TILLING con detección de mutaciones basadas en PCR de alto rendimiento puede ser un método útil para obtener mutantes para diferentes genes. El método HRM-TILLING se ha utilizado en poblaciones mutadas en EMS de tomate12,trigo11 y vi...

Los mutantes son importantes recursos genéticos para la investigación de genómica funcional vegetal y la cría de nuevas variedades. Un enfoque genético directo (es decir, desde la selección mutante hasta la clonación genética o el desarrollo de variedades) solía ser el método principal y único para el uso de mutaciones inducidas hace unos 20 años. El desarrollo de un nuevo método de genética inversa, TILLING (Targeting Induced Local Lesions In Genomes) de McCallum et al.1 abrió un nuevo paradigma y desde entonces se ha aplicado en un gran número de especies animales y vegetales2. TILLING es particularmente útil para los rasgos de reproducción que son técnicamente difíciles o costosos de determinar (por ejemplo, resistencia a enfermedades, contenido mineral).
TILLING fue desarrollado inicialmente para mutaciones de puntos de detección inducidas por mutágenos químicos (por ejemplo, EMS1,3). Incluye los siguientes pasos: el establecimiento de una(s) población(es) TILLING; Preparación del ADN y agrupación de plantas individuales; Amplificación pcR del fragmento de ADN objetivo; heteroduplexes la formación por desnaturalización y recocido de los amplicones de PCR y la escisión por nucleasa CEL I; y la identificación de los individuos mutantes y sus lesiones moleculares específicas3,4. Sin embargo, este método sigue siendo relativamente complejo, consume mucho tiempo y de bajo rendimiento. Para hacerlo más eficiente y con un mayor rendimiento, se han desarrollado muchos métodos TILLING modificados, como la eliminación TILLING (De-TILLING) (Tabla1)1,3,5,6, 7,8,9,10,11,12.
El análisis de curvas HRM, que se basa en cambios en la fluorescencia durante la fusión del dúplex de ADN, es un método simple, rentable y de alto rendimiento para el cribado de mutaciones y el genotipado13. HRM ya ha sido ampliamente utilizado en la investigación de plantas incluyendo TILLING basado en HRM (HRM-TILLING) para el cribado de mutaciones SBS inducidas por EMS mutagenesis14. Aquí, presentamos protocolos detallados de HRM-TILLING para el cribado de mutaciones (tanto Indel como SBS) inducidas por rayos gamma en el arroz.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>2&#215; Taq plus PCR Master Mix</td>
			<td>Tiangen, China</td>
			<td>KT201</td>
			<td>PCR buffer, dNTP and polymerase for PCR amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well plate</td>
			<td>Bio-rad, America</td>
			<td>MSP-9651</td>
			<td>Specific plate for PCR in HRM analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mastercycler nexus</td>
			<td>Eppendorf, German</td>
			<td>6333000073</td>
			<td>PCR amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LightScanner</td>
			<td>Idaho Technology, USA</td>
			<td>LCSN-ASY-0011</td>
			<td>For fluorescence sampling and processing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CALL-IT 2.0</td>
			<td>Idaho Technology, USA</td>
			<td></td>
			<td>For analysis of the fluorescence change</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EvaGreen</td>
			<td>Biotium, USA</td>
			<td>31000-T</td>
			<td>Fluorescence dye of HRM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop 2000</td>
			<td>Thermo Scientific, USA</td>
			<td>ND2000</td>
			<td>For DNA quantification</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identifying mutations by high resolution melting in a tilling population of rice

Las lesiones locales inducidas por el objetivo en los genomas (TILLING) es una estrategia de genética inversa para el cribado de alto rendimiento de mutaciones inducidas. Sin embargo, el sistema TILLING tiene menos aplicabilidad para la detección de inserción/eliminación (Indel) y TILLING tradicional necesita pasos más complejos, como la digestión nucleasa CEL I y la electroforesis de gel. Para mejorar el rendimiento y la eficiencia de selección, y para hacer posible el cribado tanto de Indels como de substiciones de base única (SBS), se desarrolla un nuevo sistema TILLING basado en fusión de alta resolución (HRM). Aquí, presentamos un protocolo HRM-TILLING detallado y mostramos su aplicación en el cribado de mutaciones. Este método puede analizar las mutaciones de los amplicons de PCR midiendo la desnaturalización del ADN de doble cadena a altas temperaturas. El análisis HRM se realiza directamente después de PCR sin procesamiento adicional. Además, un método de extracción de ADN simple, seguro y rápido (SSF) se integra con HRM-TILLING para identificar tanto Indels como SBSs. Su simplicidad, robustez y alto rendimiento lo hacen potencialmente útil para la exploración de mutaciones en arroz y otros cultivos.

Análisis y análisis de HRM
En total, se produjeron 1.140 muestras de ADN agrupadas de 4.560 M2 plántulas y se sometieron a amplificación de PCR. Se ampliaron dos fragmentos con el tamaño de 195 bp y 259 bp para OsLCT1 y SPDT, respectivamente (Tabla 2). La mayoría de las muestras tenían curvas de fusión no significativamente diferentes de la WT (F < 0,05). Las curvas HRM son significativamente diferentes de las WT (F > 0.05)...

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Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice

En este artículo, presentamos el protocolo que se describe como análisis de fusión de alta resolución (HRM) basado en lesiones locales inducidas por objetivos en genomas (TILLING). Este método utiliza cambios de fluorescencia durante la fusión del dúplex de ADN y es adecuado para el cribado de alto rendimiento tanto de inserción/eliminación (Indel) como de substición de base única (SBS).

Identificación de mutaciones por fusión de alta resolución en una población de arroz

Target Induced Local Lesions In Genomes (TILLING) is a strategy of reverse genetics for the high-throughput screening of induced mutations. However, the ...

Sería muy útil para la reproducción de rasgos que son técnicamente difíciles o costosos de determinar, como la resistencia a enfermedades, el contenido mineral. Es una técnica bastante simple, rentable y de alto rendimiento. Para comenzar, coloque cuatro discos de hoja en cada pozo de una placa PCR de 96 pozos.Agregue 50 mililitros de buffer Una solución en cada pozo. Congele la placa en un congelador de menos 80 grados Celsius durante 10 minutos. A continuación, descongele la placa a temperatura ambiente.Incubar a 95 grados centígrados durante 10 minutos. Agregue 50 microlitros de tampón B a cada pozo, y mezcle bien por vórtice. Centrifugar la placa durante un minuto a 1.500 veces g.Recoger el sobrenadante como ADN para PCR. En primer lugar, utilice el sobrenadante de ADN de una plantilla de PCR para optimizar la temperatura de recocido. Agregue reactivos y un microlitro de sobrenadante de ADN en cada pozo de PCR.Coloque los tubos PCR en un bloque térmico con capacidad de gradiente y ajuste el programa de calentamiento de acuerdo con el manuscrito para determinar la temperatura de recocido óptima para cada fragmento de destino. Realizar electroforesis para el producto PCR en geles de 1% de agarosa para examinar los amplicons. Determine la temperatura de recocido óptima que permite la amplificación específica del fragmento de destino.Para realizar análisis de HRM, combine reactivos, incluyendo un microlitro de 10 veces tinte de fluorescencia y un microlitro del sobrenadante de ADN en cada pozo de placas compatibles con HRM. En cada placa, incluya una muestra parentesca de tipo salvaje y un control negativo sin ADN. Añadir una gota de aceite mineral a cada pozo para evitar la evaporación.A continuación, selle la placa con película adhesiva y centrífuga a 1.000 g durante un minuto. Ejecute el PCR utilizando la temperatura de recocido optimizada. Ahora, retire la película adhesiva de la placa e inserte la placa en una máquina HRM.En el software, seleccione Nueva ejecución en el menú de archivos o pulse el botón Ejecutar en la parte superior de la pantalla. Especifique las temperaturas inicial y final de la fusión de 55 a 95 grados centígrados. Seleccione muestras para el análisis de fusión de alta resolución y excluya muestras similares al control negativo.Normalice las curvas de fusión para tener la misma fluorescencia inicial y final. Confirme visualmente que los cursores de temperatura máxima mínima y inferior inferior están en una región de las curvas. Mantenga el delta F, diferencia de fluorescencia, nivel en el valor predeterminado de 05.En la lista Selección de normas, seleccione la variante común frente a la y elija la sensibilidad normal. Seleccione H12 para utilizar el tipo comodín como control. Las muestras con un valor delta F mayor que 05 se consideran que contienen plantas mutantes.Luego, usando un método CTAB, extrae ADN de cada una de las cuatro plantas de la piscina mutante con la curva de fusión significativamente diferente del tipo salvaje. Después de la cuantificación utilizando un espectrofotómetro, ajuste el ADN con el NanoDrop 2000 a una concentración final de aproximadamente 25 nanogramos por microlitro. Agregue 0,4 microlitros de imprimadores pcR a la muestra de ADN en los tubos de PCR, colóquelos en un ciclor térmico y ajuste el programa para amplificar el fragmento objetivo.A continuación, envíe los productos de PCR a una empresa para su secuenciación. Después de la secuenciación de Sanger, compare la lesión molecular comparando las secuencias entre la planta M2 y el tipo silvestre. En este estudio, la exploración de HRM y el análisis de plántulas M2 para mutaciones en genes OsLCT1 o SPDT mostraron que la mayoría de las muestras tenían curvas de fusión no significativamente diferentes del tipo salvaje con delta F inferior a 05.Los mutantes mostraron curvas HRM significativamente diferentes con F delta mayor que 05 a temperaturas de 90 a 92 grados Celsius y 81.5 a 83.5 grados Celsius, respectivamente. El tipo de mutación y la posición en los genes de 4, 560 M2 plántulas fueron confirmadas por los cromatogramas de secuenciación. Se identificó un sitio heterocigoto con una mutación de G a A en 4. 304 pares base de OsLCT1.Una sola inserción de nucleótido A apareció en los 4. 240 pares base de OsLCT1, y se observó una eliminación de trinucleótidos TTC en la posición de 5, 948 a 5, 950 pares base de SPDT. Optimización del PCR antes del análisis de HRM. El tinte en el gel es un poco dañino.Recuerde ponerse guantes al ejecutar el gel.

Research

JoVE Journal

Genetics

Parallel Measurement of Circadian Clock Gene Expression and Hormone Secretion in Human Primary Cell Cultures

La medición paralela de la expresión de genes circadianos del reloj y Hormona en cultivos celulares primarios humanos

Circadian clocks are functional in all light-sensitive organisms, allowing for an adaptation to the external world by anticipating daily environmental ...

Investigación

Genética

High-resolution Melting PCR for Complement Receptor 1 Length Polymorphism Genotyping: An Innovative Tool for Alzheimer's Disease Gene Susceptibility Assessment

PCR de fusión de alta resolución para el receptor de complemento 1 Longitud Polimorfismo Genotipificación: una herramienta innovadora para la evaluación de la susceptibilidad genética de la enfermedad de Alzheimer

Complement receptor 1 (CR1), a transmembrane glycoprotein that plays a key role in the innate immune system, is expressed on many cell types, but ...

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

Alta resolución fluorescente In Situ hibridación en embriones de Drosophila y tejidos utilizando amplificación de la señal de Tyramide

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

G2-seq: A High Throughput Sequencing-based Technique for Identifying Late Replicating Regions of the Genome

G2-seq: Una alto rendimiento basado en la secuencia técnica para identificar replicación tardía de regiones del genoma

Numerous techniques have been developed to follow the progress of DNA replication through the S phase of the cell cycle. Most of these techniques have ...

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

Alto rendimiento identificación de combinaciones de fármacos sinérgicos por el método de superposición2

Although antimicrobial drugs have dramatically increased the lifespan and quality of life in the 20th century, antimicrobial resistance threatens our ...

Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions

Promotor captura Hola-C: Perfiles de alta resolución, genoma de interacciones promotor

The three-dimensional organization of the genome is linked to its function. For example, regulatory elements such as transcriptional enhancers control the ...

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

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Diferenciación, mantenimiento y análisis de células del epitelio pigmentario de la retina humana: un modelo de enfermedad en un plato para las mutaciones BEST1

Although over 200 genetic mutations in the human BEST1 gene have been identified and linked to retinal degenerative diseases, the pathological mechanisms ...

High-Resolution Comparison of Bacterial Conjugation Frequencies

Alta resolución comparación de frecuencias de la conjugación bacteriana

Bacterial conjugation is an important step in the horizontal transfer of antibiotic resistance genes via a conjugative DNA element. In-depth comparisons ...

Designing Automated, High-throughput, Continuous Cell Growth Experiments Using eVOLVER

Diseño automatizado, de alto rendimiento, experimentos de crecimiento de células continuas utilizando eVOLVER

Continuous culture methods enable cells to be grown under quantitatively controlled environmental conditions, and are thus broadly useful for measuring ...

Single-Molecule F&ouml;rster Resonance Energy Transfer Methods for Real-Time Investigation of the Holliday Junction Resolution by GEN1

Single-Molecule FÃƒÆ’Ã‚Â¶rster Resonance Energy Transfer Methods for Real-Time Investigation of the Holliday Junction Resolution by GEN1

Métodos de transferencia de energía por resonancia de una sola molécula para la investigación en tiempo real de la resolución de Holliday Junction por GEN1