Name: identifying mutations by high resolution melting in a tilling population of rice
Uploaded: 2019-09-02T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice at JoVE.com

Detta arbete stöddes av det nationella centrala forsknings-och utvecklingsprogrammet i Kina (nr 2016YFD0102103) och Kinas National Natural Science Foundation (nr 31701394).

1. förberedelser
<ol><li>
Utveckling av γ-strålar mutageniserade populationer
	<ol>
<li>Behandla ca 20 000 torkade ris frön (med fukthalt på ca. 14%) av en japonica ris linje (t. ex., DS552) med 137CS gammastrålar på 100 Gy (1 Gy/min) i en γ bestrålningsanläggning (t. ex., gamma cell). Anmärkning: frön som används för behandling bör ha en hög lönsamhet (t. ex. med en grobarhet > 85%). Bestrålnings dosen för Indica ris kunde ökas till 150 Gy.</li>
		<li...

<ol>
	<li>McCallum, C. M., Comai, L., Green, E. A., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+induced+local+lesions+IN+genomes+(TILLING)+for+plant+functional+genomics.">Targeting induced local lesions IN genomes (TILLING) for plant functional genomics.</a> Plant Physiology. 123, 439-442 (2000).</li><li>Taheri, S., Abdullah, T. L., Jain, S. M., Sahebi, M., Azizi, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING,+high-resolution+melting+(HRM),+and+next-generation+sequencing+(NGS)+techniques+in+plant+mutation+breeding.">TILLING, high-resolution melting (HRM), and next-generation sequencing (NGS) techniques in plant mutation breeding.</a> Molecular Breeding. 37 (3), 40 (2017).</li><li>Till, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+discovery+of+induced+point+mutations+with+high+throughput+TILLING.">Large-scale discovery of induced point mutations with high throughput TILLING.</a> Genome Research. 13 (3), 524-530 (2003).</li><li>Comai, L., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING:+practical+single+nucleotide+mutation+discovery.">TILLING: practical single nucleotide mutation discovery.</a> The Plant Journal. 45 (4), 684-694 (2006).</li><li>Comai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+discovery+of+DNA+polymorphisms+in+natural+populations+by+Ecotilling.">Efficient discovery of DNA polymorphisms in natural populations by Ecotilling.</a> The Plant Journal. 37, 778-786 (2004).</li><li>Rogers, C., Wen, J., Chen, R., Oldroyd, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deletion-based+reverse+genetics+in+Medicagotruncatula.">Deletion-based reverse genetics in Medicagotruncatula.</a> Plant Physiology. 151 (3), 1077 (2009).</li><li>Bush, S. M., Krysan, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITILLING:+a+personalized+approach+to+the+identification+of+induced+mutations+in+arabidopsis.">ITILLING: a personalized approach to the identification of induced mutations in arabidopsis.</a> Physiology. 154 (1), 25-35 (2010).</li><li>Colasuonno, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DHPLC+technology+for+high-throughput+detection+of+mutations+in+a+durum+wheat+TILLING+population.">DHPLC technology for high-throughput detection of mutations in a durum wheat TILLING population.</a> BMC Genetics. 17 (1), 43 (2016).</li><li>Tsai, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovery+of+rare+mutations+in+populations:+TILLING+by+sequencing.">Discovery of rare mutations in populations: TILLING by sequencing.</a> Plant Physiology. 156, 1257-1268 (2011).</li><li>Kumar, A. P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TILLING+by+Sequencing+(TbyS)+for+targeted+genome+mutagenesis+in+crops.">TILLING by Sequencing (TbyS) for targeted genome mutagenesis in crops.</a> Molecular Breeding. 37, 14 (2017).</li><li>Dong, C., Vincent, K., Sharp, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+mutation+detection+of+three+homoeologous+genes+in+wheat+by+High+Resolution+Melting+analysis+and+Mutation+Surveyor.">Simultaneous mutation detection of three homoeologous genes in wheat by High Resolution Melting analysis and Mutation Surveyor.</a> BMC Plant Biology. 9, 143 (2009).</li><li>Gady, A. L., Herman, F. W., Wal, M. H. V. D., Loo, E. N. V., Visser, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implementation+of+two+high+through-put+techniques+in+a+novel+application:+detecting+point+mutations+in+large+EMS+mutated+plant+populations.">Implementation of two high through-put techniques in a novel application: detecting point mutations in large EMS mutated plant populations.</a> Plant Methods. 5 (41), 6974-6977 (2009).</li><li>Ririe, K. M., Rasmussen, R. P., Wittwer, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Product+differentiation+by+analysis+of+DNA+melting+curves+during+the+polymerase+chain+reaction.">Product differentiation by analysis of DNA melting curves during the polymerase chain reaction.</a> Analytical Biochemistry. 245, 154-160 (1997).</li><li>Lochlainn, S. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+melt+(HRM)+analysis+is+an+efficient+tool+to+genotype+EMS+mutants+in+complex+crop+genomes.">High resolution melt (HRM) analysis is an efficient tool to genotype EMS mutants in complex crop genomes.</a> Plant Methods. 7, 43 (2011).</li><li>Yoshida, S., Forno, D. A., Cock, J. H., Gomez, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laboratory+manual+for+physiological+rice.">Laboratory manual for physiological rice.</a> The International Rice Research Institute. , (1976).</li><li>Peng, S. T., Zhuang, J. Y., Yan, Q. C., Zheng, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SSR+markers+selection+and+purity+detection+of+major+hybrid+rice+combinations+and+their+parents+in+China.">SSR markers selection and purity detection of major hybrid rice combinations and their parents in China.</a> Chinese Journal of Rice Science. 17, 1-5 (2003).</li><li>Allen, G. C., Flores-Vergara, M. A., Krasynanski, S., Kumar, S., Thompson, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+modified+protocol+for+rapid+DNA+isolation+from+plant+tissues+using+cetyltrimethymmonium+bromide.">A modified protocol for rapid DNA isolation from plant tissues using cetyltrimethymmonium bromide.</a> Nature. 1 (5), 2320-2325 (2006).</li><li>Fu, H. W., Li, Y. F., Shu, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+revisit+of+mutation+induction+by+gamma+rays+in+rice+(Oryza+sativa+L.):+implications+of+microsatellite+markers+for+quality+control.">A revisit of mutation induction by gamma rays in rice (Oryza sativa L.): implications of microsatellite markers for quality control.</a> Molecular Breeding. 22 (2), 281-288 (2008).</li><li>Li, S., Liu, S. M., Fu, H. W., Huang, J. Z., Shu, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+melting-based+tilling+of+&#947;+ray-induced+mutations+in+rice.">High-resolution melting-based tilling of &#947; ray-induced mutations in rice.</a> Journal of Zhejiang University-Science B. 19 (8), 620-629 (2018).</li><li>Acanda, Y., &#211;scar, M., Prado, M. J., Gonz&#225;lez, M. V., Rey, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EMS+mutagenesis+and+qPCR-HRM+prescreening+for+point+mutations+in+an+embryogenic+cell+suspension+of+grapevine.">EMS mutagenesis and qPCR-HRM prescreening for point mutations in an embryogenic cell suspension of grapevine.</a> Cell Reports. 33 (3), 471-481 (2014).</li><li>Si, H. J., Wang, Q., Liu, Y. Y., Huang, J. Z., Shu, Q. Y., Tan, Y. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+an+HRM-based,+safe+and+high-throughput+genotyping+system+for+photoperiod+sensitive+genic+male+sterility+gene+in+rice.">Development and application of an HRM-based, safe and high-throughput genotyping system for photoperiod sensitive genic male sterility gene in rice.</a> Journal of Nuclear Agricultural Sciences. 31 (11), 2081-2086 (2017).</li><li>Li, S., Zheng, Y. C., Cui, H. R., Fu, H. W., Shu, Q. Y., Huang, J. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequency+and+type+of+inheritable+mutations+induced+by+&#947;+rays+in+rice+as+revealed+by+whole+genome+sequencing.">Frequency and type of inheritable mutations induced by &#947; rays in rice as revealed by whole genome sequencing.</a> Journal of Zhejiang University-Science B. 17 (12), 905 (2016).</li></ol>

TILLING har visat sig vara ett kraftfullt omvänt genetiskt verktyg för att identifiera inducerade mutationer för gen funktionell analys och grödan avel. För vissa egenskaper som inte lätt observeras eller bestäms, kan TILLING med hög genomströmning PCR-baserad mutation upptäckt vara en användbar metod för att få mutanter för olika gener. HRM-TILLING metod har använts i EMS-mutagenized populationer av tomat12, vete11 och Grapevine20 fö...

Mutanter är viktiga genetiska resurser för växt funktionell genomik forskning och avel av nya sorter. En Forward genetik metod (dvs. från muterat urval till gen kloning eller variation utveckling) brukade vara den viktigaste och enda metoden för användning av inducerade mutationer för ungefär 20 år sedan. Utvecklingen av en ny omvänd genetik metod, TILLING (inriktning inducerad lokala lesioner i genom) av McCallum et al.1 öppnat ett nytt paradigm och det har sedan dess tillämpats i ett stort antal djur-och växtarter2. TILLING är särskilt användbart för avels egenskaper som är tekniskt svåra eller kostsamma att fastställa (t. ex. sjukdoms beständighet, mineralhalt).
Tilling utvecklades initialt för screening punktmutationer induceras av kemiska mutagena (t. ex., EMS1,3). Det omfattar följande steg: upprättande av en population (er) av en TILLING. DNA-beredning och sammanslagning av enskilda växter; PCR-förstärkning av mål-DNA-fragment; heteroduplex bildas genom denaturering och glödgning av PCR amplikonerna och klyvning av cel I Nuclease; och identifiering av muterade individer och deras specifika molekylära lesioner3,4. Den här metoden är dock fortfarande relativt komplicerad, tidskrävande och låg dataflöde. För att göra den mer effektiv och med högre genomströmning har många modifierade jord bearbetningsmetoder utvecklats, till exempel borttagande av tilling (tabell 1)1,3,5,6, 7,8,9,10,11,12.
HRM Curve analys, som bygger på fluorescens förändringar under smältning av DNA duplex, är en enkel, kostnadseffektiv, och hög genomströmning metod för mutation screening och genotypning13. HRM har redan använts i stor utsträckning i växtforskning inklusive HRM-baserade JORDbearbetning (HRM-TILLING) för screening SBS mutationer induceras av EMS mutagenes14. Här presenterade vi detaljerade HRM-TILLING protokoll för screening av mutationer (både indel och SBS) induceras av gamma (γ) strålar i ris.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>2&#215; Taq plus PCR Master Mix</td>
			<td>Tiangen, China</td>
			<td>KT201</td>
			<td>PCR buffer, dNTP and polymerase for PCR amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well plate</td>
			<td>Bio-rad, America</td>
			<td>MSP-9651</td>
			<td>Specific plate for PCR in HRM analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mastercycler nexus</td>
			<td>Eppendorf, German</td>
			<td>6333000073</td>
			<td>PCR amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LightScanner</td>
			<td>Idaho Technology, USA</td>
			<td>LCSN-ASY-0011</td>
			<td>For fluorescence sampling and processing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CALL-IT 2.0</td>
			<td>Idaho Technology, USA</td>
			<td></td>
			<td>For analysis of the fluorescence change</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EvaGreen</td>
			<td>Biotium, USA</td>
			<td>31000-T</td>
			<td>Fluorescence dye of HRM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop 2000</td>
			<td>Thermo Scientific, USA</td>
			<td>ND2000</td>
			<td>For DNA quantification</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identifying mutations by high resolution melting in a tilling population of rice

Mål inducerade lokala lesioner i genom (TILLING) är en strategi för omvänd genetik för den höga genomflödet screening av inducerade mutationer. Dock har TILLING systemet mindre tillämplighet för införande/radering (indel) detektering och traditionella JORDbearbetning behöver mer komplexa steg, som CEL I Nuclease matsmältning och gel elektrofores. För att förbättra genomflödet och urvalet effektivitet, och för att göra screening av både indels och Single Base Substitions (SBSs) möjligt, en ny högupplöst smältning (HRM)-baserade TILLING system utvecklas. Här presenterar vi en detaljerad HRM-TILLING protokoll och visa sin ansökan i mutation screening. Denna metod kan analysera mutationer av PCR amplikonerna genom att mäta denatureringen av dubbelsträngad DNA vid höga temperaturer. HRM-analys utförs direkt efter PCR utan ytterligare bearbetning. Dessutom är en enkel, säker och snabb (SSF) DNA-extraktionsmetod integrerad med HRM-TILLING för att identifiera både indels och SBSs. Dess enkelhet, robusthet och höga genomströmning gör det potentiellt användbart för mutation skanning i ris och andra grödor.

HRM skanning och analys
Sammanlagt 1 140 poolade DNA-prover från 4 560 M2 plantor producerades och UTSATTES för PCR-amplifiering. Två fragment med storleken 195 BP och 259 BP förstärks för OsLCT1 och SPDT, respektive (tabell 2). De flesta proverna hade smält kurvor som inte signifikant skiljer sig från WT (ΔF < 0,05). HRM-kurvor skiljer sig avsevärt från WT (ΔF > 0,05) var grupperade med färg (er) skiljer sig från WT ...

Watch this Scientific Journal Video about Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice at JoVE.com

Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice

I denna artikel presenterar vi det protokoll som beskrivs som högupplöst smält analys (HRM)-baserade mål inducerade lokala lesioner i genom (TILLING). Denna metod utnyttjar fluorescensförändringar under smältningen av DNA duplex och är lämplig för hög dataflöde screening av både införande/radering (indel) och Single Base substition (SBS).

Identifiera mutationer genom högupplöst smältning i en TILLING population av ris

Target Induced Local Lesions In Genomes (TILLING) is a strategy of reverse genetics for the high-throughput screening of induced mutations. However, the ...

Det skulle vara ganska användbart för avel egenskaper som är tekniskt svårt eller kostsamt att fastställas, såsom motståndskraft mot sjukdomar, mineralinnehåll. Det är en ganska enkel, kostnadseffektiv och hög genomströmningsteknik. Till att börja placera fyra blad skivor i varje brunn av en 96-väl PCR-platta.Tillsätt 50 milliliter buffert En lösning i varje brunn. Frys plattan i en minus 80-graders Celsius frys i 10 minuter. Sedan, defreeze plattan vid rumstemperatur.Inkubera vid 95 grader Celsius i 10 minuter. Tillsätt 50 mikroliter av buffert B till varje brunn, och blanda väl genom att virvel. Centrifugera plattan i en minut vid 1, 500 gånger g.Samla supernatanten som DNA för PCR. Använd först DNA-supernatanten från en och samma som PCR-mall för att optimera glödgningstemperaturen. Tillsätt reagenser och en mikroliter DNA-supernatant i varje PCR-brunn.Placera PCR-rören i ett gradient-kapabelt termisk block, och justera uppvärmningsprogrammet enligt manuskriptet för att bestämma den optimala glödgningstemperaturen för varje målfragment. Utför elektrofores för PCR-produkten på 1%agarosgeler för att undersöka amplikoner. Bestäm den optimala glödgningstemperaturen som möjliggör specifik förstärkning av målfragmentet.För att utföra HRM-analys, kombinera reagenser, inklusive en mikroliter på 10 gånger fluorescensfärgämne och en mikroliter av DNA-supernatanten i varje brunn av HRM-kompatibla plattor. I varje platta, inkludera en vild-typ parented prov och en negativ kontroll utan DNA. Tillsätt en droppe mineralolja till varje brunn för att förhindra avdunstning.Sedan, försegla plattan med självhäftande film, och centrifug vid 1, 000 gånger g i en minut. Kör PCR:n med hjälp av den optimerade glödgningstemperaturen. Nu, ta bort den självhäftande filmen från plattan, och sätt in plattan i en HRM maskin.I programvaran väljer du Ny kör på arkivmenyn eller trycker på knappen Kör längst upp på skärmen. Ange start- och sluttemperaturer för smältan från 55 till 95 grader Celsius. Välj prover för analys med hög upplösning av smältning, och uteslut prover som liknar den negativa kontrollen.Normalisera smältkurvorna för att ha samma början och slutfluorescens. Bekräfta visuellt att de lägre lägsta och lägre markörerna för maxtemperatur finns i en region av kurvorna. Håll delta F, skillnad på fluorescens, nivå vid standardinställningen 05.Välj den gemensamma kontra varianten i standarderna i urvalslistan Standarder och välj normal känslighet. Välj H12 om du vill använda vildtypen som kontroll. Prover med ett delta F-värde som är större än 05 anses innehålla mutant växt.Sedan, med hjälp av en CTAB-metod, extrahera DNA från var och en av de fyra växterna från den muterade poolen med smältkurvan som skiljer sig avsevärt från den vilda typen. Efter kvantifiering med hjälp av en spektrofotometer, justera DNA med NanoDrop 2000 till en slutlig koncentration på cirka 25 nanogram per mikroliter. Lägg till 0,4 mikroliter pcr-primers i DNA-provet i PCR-rören, placera dem i en termisk cycler och justera programmet för att förstärka målfragmentet.Sedan skickar du PCR-produkterna till ett företag för sekvensering. Efter Sanger-sekvensering jämför du den molekylära lesionen genom att jämföra sekvenserna mellan M2-växten och den vilda typen. I denna studie visade HRM scanning och analys av M2 plantor för mutationer i OsLCT1 eller SPDT gener de flesta prover hade smältande kurvor inte signifikant skiljer sig från den vilda typen med delta F mindre än 05.Mutanterna visade betydligt olika HRM kurvor med delta Fs större än 05 vid temperaturer på 90 till 92 grader Celsius och 81,5 till 83,5 grader Celsius, respektive. Mutationen typ och position på generna från 4, 560 M2 plantor bekräftades av de sekvensering kromatogram. En heterozygous webbplats med en mutation av G till A vid 4, identifierades 304 baspar av OsLCT1.En enda nukleotid En insättning dök upp vid 4, 240 baspar osLCT1, och en TTC trinukleotid borttagning observerades vid positionen av 5, 948 till 5, 950 bas par SPDT. Jag optimerar PCR innan HRM-analys. Färgämnet i gelen är lite skadligt.Kom ihåg att ta på handskar när du kör gelen.

Research

JoVE Journal

Genetics

Parallel Measurement of Circadian Clock Gene Expression and Hormone Secretion in Human Primary Cell Cultures

Parallell Mätning av dygnsrytm klocka genuttryck och hormon i mänskliga primära cellkulturer

Circadian clocks are functional in all light-sensitive organisms, allowing for an adaptation to the external world by anticipating daily environmental ...

High-resolution Melting PCR for Complement Receptor 1 Length Polymorphism Genotyping: An Innovative Tool for Alzheimer's Disease Gene Susceptibility Assessment

Högupplöst smältande PCR för komplementreceptor 1 Längdpolymorfism Genotyping: Ett innovativt verktyg för Alzheimers sjukdomssynsberoende bedömning

Complement receptor 1 (CR1), a transmembrane glycoprotein that plays a key role in the innate immune system, is expressed on many cell types, but ...

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

Hög upplösning fluorescerande In Situ hybridisering i Drosophila embryon och vävnader med Tyramide Signal förstärkning

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

G2-seq: A High Throughput Sequencing-based Technique for Identifying Late Replicating Regions of the Genome

G2-seq: En hög genomströmning sekvensering-baserad teknik för att identifiera sent replikera regioner i genomet

Numerous techniques have been developed to follow the progress of DNA replication through the S phase of the cell cycle. Most of these techniques have ...

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

Hög genomströmning identifiering av synergistisk läkemedelskombinationer med överlappning2 Metod

Although antimicrobial drugs have dramatically increased the lifespan and quality of life in the 20th century, antimicrobial resistance threatens our ...

Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions

Arrangören Capture-C: Högupplösta, Genome-wide profilering av promotorn interaktioner

The three-dimensional organization of the genome is linked to its function. For example, regulatory elements such as transcriptional enhancers control the ...

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

Differentiering, underhåll och analys av mänskliga Retinal Pigment epitel-celler: en sjukdom-i-ett-skålen modell för BEST1 mutationer

Although over 200 genetic mutations in the human BEST1 gene have been identified and linked to retinal degenerative diseases, the pathological mechanisms ...

High-Resolution Comparison of Bacterial Conjugation Frequencies

Högupplösta jämförelse av bakteriell konjugation frekvenser

Bacterial conjugation is an important step in the horizontal transfer of antibiotic resistance genes via a conjugative DNA element. In-depth comparisons ...

Designing Automated, High-throughput, Continuous Cell Growth Experiments Using eVOLVER

Designa automatiserade, hög genom strömning, kontinuerlig cell tillväxt experiment med eVOLVER

Continuous culture methods enable cells to be grown under quantitatively controlled environmental conditions, and are thus broadly useful for measuring ...