Name: genetic mapping of thermotolerance differences between species of saccharomyces yeast via genome-wide reciprocal hemizygosity analysis
Uploaded: 2019-08-12T14:30:00
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Agradecemos a J. Roop, R. Hackley, I. Grigoriev, A. Arkin e J. Skerker por suas contribuições para o estudo original, F. AlZaben, A. FLURY, G. Geiselman, J. Hong, J. Kim, M. Maurer, e L. Oltrogge para assistência técnica, D. Savage por sua generosidade com microscopia recursos, e B. Blackman, S. Coradetti, A. Flamholz, V. Guacci, D. Koshland, C. Nelson, e A. Sasikumar para discussões; Agradecemos também a J. Dueber (departamento de bioengenharia, UC Berkeley) pelo plasmídeo PiggyBac. Este trabalho foi apoiado pelo R01 GM120430-a1 e pelo projeto de sequenciamento da Comunidade 1460 para o RBB no Instituto do genoma conjunto do departamento de energia dos EUA, uma facilidade de usuário do escritório de ciência da DOE. O trabalho conduzido por este último foi apoiado pelo escritório da ciência do departamento de energia dos E.U. o contrato no. DE-AC02-05CH11231.

1. preparação do plasmídeo contendo piggyBac para transformação
<ol><li>Raia para fora às únicas colônias a tensão de E. coli que endireita o plasmídeo pJR487 em uma placa do agar da carbenicilina de lb +. Incubar por 1 noite no ° c 37 ou até que as únicas colônias apareçam. Nota: uma descrição de como plasmídeo pJR487 foi clonado pode ser encontrado em nosso trabalho anterior3.</li>
	<li>Inocular 1 L de LB + carbenicilina a 100 μg/mL com uma única colônia de <em...

<ol>
	<li>Flint, J., Mott, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Finding+the+molecular+basis+of+quantitative+traits:+successes+and+pitfalls.">Finding the molecular basis of quantitative traits: successes and pitfalls.</a> Nature Reviews Genetics. 2, 437-445 (2001).</li><li>Allen Orr, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+species+differences.">The genetics of species differences.</a> Trends in Ecology and Evolution. 16, 343-350 (2001).</li><li>Weiss, C. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+dissection+of+interspecific+differences+in+yeast+thermotolerance.">Genetic dissection of interspecific differences in yeast thermotolerance.</a> Nature Genetics. 50, 1501-1504 (2018).</li><li>Stern, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+loci+that+cause+phenotypic+variation+in+diverse+species+with+the+reciprocal+hemizygosity+test.">Identification of loci that cause phenotypic variation in diverse species with the reciprocal hemizygosity test.</a> Trends in Genetics. 30, 547-554 (2014).</li><li>Steinmetz, L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dissecting+the+architecture+of+a+quantitative+trait+locus+in+yeast.">Dissecting the architecture of a quantitative trait locus in yeast.</a> Nature. 416, 326-330 (2002).</li><li>Scannell, D. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Awesome+Power+of+Yeast+Evolutionary+Genetics:+New+Genome+Sequences+and+Strain+Resources+for+the+Saccharomyces+sensu+stricto+Genus.">The Awesome Power of Yeast Evolutionary Genetics: New Genome Sequences and Strain Resources for the Saccharomyces sensu stricto Genus.</a> G3 (Bethesda). 1, 11-25 (2011).</li><li>Wetmore, K. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+quantification+of+mutant+fitness+in+diverse+bacteria+by+sequencing+randomly+bar-coded+transposons.">Rapid quantification of mutant fitness in diverse bacteria by sequencing randomly bar-coded transposons.</a> MBio. 6, e00306-e00315 (2015).</li><li>Love, M. I., Huber, W., Anders, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Moderated+estimation+of+fold+change+and+dispersion+for+RNA-seq+data+with+DESeq2.">Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2.</a> Genome Biology. 15, 550 (2014).</li><li>Wilkening, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+evaluation+of+high-throughput+approaches+to+QTL+mapping+in+Saccharomyces+cerevisiae.">An evaluation of high-throughput approaches to QTL mapping in Saccharomyces cerevisiae.</a> Genetics. 196, 853-865 (2014).</li><li>Kim, H. S., Huh, J., Riles, L., Reyes, A., Fay, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+noncomplementation+screen+for+quantitative+trait+alleles+in+saccharomyces+cerevisiae.">A noncomplementation screen for quantitative trait alleles in saccharomyces cerevisiae.</a> G3 (Bethesda). 2, 753-760 (2012).</li></ol>

As vantagens do RH-Seq sobre os métodos estatísticos-genéticos precedentes são várias vezes. Em contraste com a análise do enlace e da associação, RH-Seq oferece a definição do mapeamento do único-gene; como tal, provavelmente será de utilidade significativa mesmo em estudos de variação de traço entre indivíduos de uma determinada espécie, bem como diferenças interespecíficas. Também, as tentativas precedentes na análise recíproca genoma-larga do hemizygosity usaram coleções de mutants do apagamen...

Desde o alvorecer do campo, tem sido um objetivo primordial na genética para entender a base mecanicista da variação entre os indivíduos selvagens. À medida que mapeamos o locus subjacente a uma característica de interesse, os genes emergentes podem ser de uso imediato como alvos para diagnósticos e drogas, e podem esclarecer os princípios da evolução. O padrão da indústria para este fim é testar para uma relação entre o genótipo e o phenotype através de uma população através do enlace ou da Associação1. Poderosos como essas abordagens são, eles têm uma limitação-chave-eles dependem de grandes painéis de descendência recombinante de cruzamentos entre indivíduos cruzar. Eles não são de uso no estudo de espécies que não podem acasalar para formar progên em primeiro lugar. Como tal, o campo teve pouca capacidade para dissecção imparcial de diferenças de traço entre espécies reproductivamente isoladas2.
Neste trabalho, relatamos os fundamentos técnicos de um novo método, RH-Seq3, para levantamentos em escala de genoma da base genética da variação de traço entre espécies. Esta aproximação é uma versão maciçamente paralela do teste recíproco do hemizygote4,5, que foi concebida primeiramente como uma maneira de avaliar os efeitos fenotípicos de diferenças alélicas entre dois fundos genetically distintos em um locus específico (Figura 1a). Neste esquema, os dois indivíduos divergentes são primeiro acasalados para formar um híbrido, metade de cujo genoma vem de cada um dos respectivos pais. Neste contexto, múltiplas cepas são geradas, cada uma contendo uma cópia interrompida ou excluída do alelo de cada pai do locus. Estas tensões são hemizygous desde que permanecem Diploid em toda parte no genoma exceto no locus do interesse, onde são considerados Haploid, e são referidos como recíproco desde que cada um não falta somente o alelo de um pai, com seu alelo restante derivado do outros pais. Comparando os fenótipos destas tensões recíprocas do hemizygote, uma pode concluir se as variações da seqüência do ADN no locus manipulado contribuem ao traço do interesse, desde que as variações no locus são a única diferença genética entre o recíproco cepas de hemizygote. Dessa forma, é possível vincular diferenças genéticas entre as espécies a uma diferença fenotípica entre elas em uma configuração experimental bem controlada. Até o momento, as aplicações deste teste foram em um quadro de genes candidatos, ou seja, casos em que a hipótese já está em mãos que a variação natural em um locus candidato pode impactar uma característica.
No que se segue, nós dispor o protocolo para uma tela de hemizygosity reciprocidade em escala de genoma, usando levedura como um sistema modelo. Nosso método cria um complemento genómico de mutantes hemizygote, gerando híbridos F1 viáveis e estéreis entre as espécies e submetendo-os à mutagenese de Transposon. Nós pool os hemizygotes, medimos seus fenótipos em arranjar em seqüência-baseou ensaios, e testamos para diferenças na freqüência entre clones da associação que carregam os dois pais ' alelos de um gene dado. O resultado é um catálogo de loci em que variantes entre as espécies influenciam o traço de interesse. Implementamos o fluxo de trabalho RH-Seq para elucidar a base genética de diferenças de termotolerância entre duas espécies de levedura brotamento, Saccharomyces cerevisiae e S. paradoxus, que divergiram ~ 5 milhões anos atrás6.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>1-2 plasmid Gigaprep kits</td>
			<td>Zymo Research</td>
			<td>D4204</td>
			<td>The number of kits required depends on how efficient your preps are in each kit. This kit comes with 5 individual plasmid prep columns. Run 1 L of saturated E. coli culture through each prep column, as using more than 1 L per column can cause clogging of the prep filter, leading to low yield and poor quality DNA.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10X Tris-EDTA (TE) buffer (100 mM Tris-HCl and 10 mM EDTA)</td>
			<td>Any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Filter sterilize through a 0.22 &#956;m filter before use.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1M LiOAc</td>
			<td>Any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Filter sterilize through a 0.22 &#956;m filter before use.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>300 mg/mL Geneticin (G418)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>11811023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>52% polyethylene glycol (PEG) 3350</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>1546547</td>
			<td>Dissolve in water and filter sterilize through a 0.22 &#956;m filter before use. 1X trafo mix: 228 uL 52% PEG, 36 uL 1M LiOAc, 36 uL 10X TE buffer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Autoclaved LB liquid broth</td>
			<td>BD Difco</td>
			<td>244620</td>
			<td>Make LB liquid broth using your powder from any brand, and milliQ water. Autoclave it before use.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Carbenicillin stock in water (100 mg/mL)</td>
			<td>Any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Filter sterilize through a 0.22 &#956;m filter before use.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Complete synthetic agar plates (24.1cm x 24.1cm) with 5-fluoroorotic acid (5-FOA) [0.2% drop-out amino acid mix without uracil or yeast nitrogen base (YNB), 0.005% uracil , 2% D-glucose, 0.67% YNB without amino acids, 0.075% 5-FOA]</td>
			<td>5-FOA: Zymo Research, Drop-out mix: US Biological, Uracil: Sigma, D-glucose: Sigm), YNB: Difco</td>
			<td>5-FOA: F9001-5, Drop-out mix: D9535, Uracil: U0750, D-glucose: G8270, YNB: DF0919</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMSO</td>
			<td>Any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E. coli strain carrying pJR487 (CEN-/ARS+ piggyBac-containing plasmid)</td>
			<td>N/A</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Request from Brem lab.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hybrid yeast strain JR507 (S. cerevisiae DBVPG1373 x S. paradoxus Z1, URA-/URA-)</td>
			<td>N/A</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Request from Brem lab.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Illumina Hiseq 2500</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>used for SE-150 reads</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Large shaking incubators with variable temperature settings</td>
			<td>Any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB + carbenicillin agar plates (100 &#956;g/mL)</td>
			<td>Agar: BD Difco</td>
			<td>Agar: 214010</td>
			<td>Make LB agar plates as normal and add carbenicillin to 100 &#956;g/mL before drying.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop spectrophotometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>ND-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit Fluorimeter</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>Q33240</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salmon sperm DNA</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15632011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath at 39&#176;C</td>
			<td>Any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast fungal gDNA prep kit</td>
			<td>Zymo Research</td>
			<td>D6005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast peptone dextrose (YPD) liquid media</td>
			<td>BD Difco</td>
			<td>Peptone: 211677, Yeast Extract: 212750</td>
			<td>Add filter-sterilized D-glucose to 2% after autoclaving.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>YPD + G418 agar plates (300 &#956;g/mL)</td>
			<td>Agar: BD Difco</td>
			<td>Agar: 214010</td>
			<td>Make YPD agar plates as normal and add G418 to 300 &#956;g/mL before drying.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>YPD agar plates</td>
			<td>Agar: BD Difco</td>
			<td>Agar: 214010</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

genetic mapping of thermotolerance differences between species of saccharomyces yeast via genome-wide reciprocal hemizygosity analysis

Um objetivo central da genética moderna é entender como e por que os organismos no selvagem diferem no fenótipo. Até agora, o campo avançou pela maior parte na força de métodos do enlace e da Associação de mapeamento, que traçam a relação entre variações da seqüência do ADN e phenotype através da progêia de recombinação dos acasalamentos entre indivíduos de uma espécie. Essas abordagens, embora poderosas, não são bem adaptadas às diferenças de traço entre espécies reproductivamente isoladas. Aqui nós descrevemos um método novo para a dissecção genoma-larga da variação natural do traço que pode prontamente ser aplicada às espécies incompatíveis. Nossa estratégia, RH-Seq, é uma implementação de todo o genoma do teste de hemizygote recíproco. Nós aproveitamos-lo para identificar os genes responsáveis para o crescimento de alta temperatura impressionante da levedura Saccharomyces cerevisiae em relação à sua espécie irmã S. paradoxus. RH-Seq utiliza a mutagenese do transposon para criar um pool de hemizygotes recíprocos, que são seguidos então através de uma competição de alta temperatura através de arranjar em seqüência da elevado-taxa de transferência. Nosso fluxo de trabalho RH-Seq, conforme estabelecido aqui, fornece uma maneira rigorosa e imparcial de dissecar traços antigos e complexos no clado de levedura em brotamento, com a advertência de que o sequenciamento profundo intensivo em recursos é necessário para garantir a cobertura genômica para o mapeamento genético. À medida que os custos de sequenciamento caem, essa abordagem tem grande promessa para uso futuro em eucariontes.

Nós acoplamos s. cerevisiae e s. paradoxus para formar um híbrido estéril, que nós sujeitamos à mutagenese do transposon. Cada clone mutagenized era um hemizygote, um híbrido Diploid em que um alelo de um gene é interrompido (Figura 1a, Figura 2). Nós competimos os hemizygotes um contra o outro pelo crescimento em 39 ° c e, em uma experimentação separada como um controle, em 28 ° c (Figura 1b</s...

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Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

Mapeamento genético de diferenças de termotolerância entre espécies de levedura Saccharomyces via análise de Hemizygosidade recíproca em todo o genoma

O hemizygosity recíproco através de arranjar em seqüência (RH-Seq) é um método novo poderoso para mapear a base genética de uma diferença do traço entre a espécie. As associações de hemizygotes são geradas pela mutagenese do transposon e sua aptidão é controlada com o crescimento competitivo usando o sequenciamento elevado-ao longo. A análise dos dados resultantes identifica genes subjacentes à característica.

A central goal of modern genetics is to understand how and why organisms in the wild differ in phenotype. To date, the field has advanced largely on the ...

Nosso método é um dos primeiros a ser capaz de dissecar as bases genéticas de diferenças de traços em uma escala genoma entre espécies em vez de dentro de espécies. As principais vantagens desta técnica são que ela é de alta produtividade, alta resolução e amplamente aplicável. Para iniciar este procedimento, recupere a cepa de caldo congelador JR507 do armazenamento a menos 80 graus Celsius, e coloque-a em colônias únicas em uma placa de ágar YPD.Incubar a 26 graus Celsius por dois dias ou até que as colônias apareçam. Em seguida, inocular 100 mililitros de YPD líquido em um frasco de vidro de 250 mililitros com uma única colônia de JR507, e incubar a 28 graus Celsius enquanto treme a 200 RPM por 24 horas ou até que a fase estacionária seja atingida. No dia seguinte, meça o od600 da cultura da noite para o dia.De volta diluir parte da cultura da noite para o dia com YPD líquido fresco em um novo frasco de um litro para criar uma nova cultura com um od600 de ponto zero dois e um volume de 500 mililitros. Repita este processo mais três vezes para criar um total de quatro culturas com um od600 de zero ponto dois, usando a mesma cultura da noite para o dia para todas as novas culturas. Incubar todas as culturas a 28 graus Celsius por seis horas enquanto treme a 200 RPM.Depois disso, combine duas das 500 culturas mililitros para criar uma cultura de um litro. Combine as duas culturas restantes de 500 mililitros para criar uma segunda cultura de um litro. Primeiro, divida cada uma das culturas de um litro em 20 alíquotas de 50 mililitros cada em um tubo cônico plástico para um total de 40 tubos.Reserve 20 tubos. Centrifugar os 20 tubos restantes a 1000 vezes G durante três minutos para pelotar as células de levedura. Descarte o supernasce e ressuspenque cada pelota com 25 mililitros de água estéril por vórtice.Centrifugar a 1000 vezes G por três minutos. Descarte o supernascimento e ressuspenque cada pelota com cinco mililitros de 1X Tris-EDTA zero ponto um tampão de acetato molar de lítio por vórtice. Centrifugar a 1000 vezes G por três minutos.Descarte o supernascimento e ressuspenque cada pelota novamente com cinco mililitros 1X Tris-EDTA zero ponto um tampão de acetato molar de lítio por vórtice. Centrifugar a 1000 vezes G por três minutos. Enquanto as células estão centrifugando, prepare pelo menos 120 mililitros de uma solução contendo polietileno glicol, acetato de lítio e tampão Tris-EDTA.Guarde essa solução no gelo. Para preparar o DNA de plasma para transformação, primeiro ferva quatro mililitros de DNA de esperma de salmão a 100 graus Celsius por cinco minutos. Depois disso, esfrie-o imediatamente no gelo por cinco minutos.Misture 20 mililitros de pJR487 a uma concentração de 538 nanogramas por mililitro com quatro mililitros do DNA de esperma de salmão frio. Mantenha esta mistura no gelo até estar pronta para usar. Em seguida, adicione 600 microliters da mistura de plasma e DNA de esperma em cima de cada pelota celular.Adicione três mililitros da mistura de acetato de lítio PEG à cada pelota. Suspendemos por tubulação para cima e para baixo e, em seguida, vórtice. Incubar os tubos em temperatura ambiente por 10 minutos.Em seguida, aqueça choque cada tubo em um banho de água a 39 graus Celsius por 26 minutos, certificando-se de inverter cada tubo a cada poucos minutos. Centrifugar os tubos a 1000 vezes G por três minutos. Descarte o supernasce, e resuspenque cada pelota em 10 mililitros de YPD por vórtice.Depois disso, misture todos os 20 tubos em um novo frasco de vidro. Adicione 433 pontos quatro mililitros de YPD líquido em um novo frasco de vidro de um litro. Em seguida, transfira 66 pontos seis mililitros de células para o frasco.Repita este processo de transferência mais duas vezes para usar todo o volume de células transformadas. Em seguida, meça o od600 de cada nova cultura de 500 mililitros. Incubar as três culturas a 28 graus Celsius por duas horas enquanto treme a 200 RPM.Depois disso, adicione zero ponto cinco mililitros de 300 miligramas por microliter G418 a cada um dos frascos a uma concentração final de 300 microgramas por mililitro. Devolva os frascos à incubadora de agitação a 28 graus Celsius e 200 RPM. Repita todo este processo com os 20 tubos cônicos restantes.Neste ponto, deve haver seis frascos de um litro, cada um contendo 500 mililitros de células com G418 adicionado. Incubar todos os seis frascos a 28 graus Celsius com agitação a 200 RPM por aproximadamente dois dias ou até que um od600 de aproximadamente dois pontos três seja alcançado em cada frasco. Então, combine todos os seis frascos juntos para criar uma única cultura.Use esta cultura combinada para inocular dois novos frascos de um litro com 500 mililitros de YPD e G418 para um od600 de zero ponto dois. Incubar essas novas culturas durante a noite a 28 graus Celsius com agitação a 200 RPM até atingir um od600 de aproximadamente dois pontos dois. Depois disso, misture ambas as culturas em uma única cultura, e meça o od600 da cultura combinada.Centrífuga 25 mililitros desta cultura a 1000 vezes G por três minutos. Calcule o número total de od600 unidades de células que estão nos 25 mililitros conforme descrito no protocolo de texto. Descarte o supernasce, e resuspenque as células em água suficiente para criar uma suspensão celular com um od600 de um ponto oito cinco por mililitro.Usando contas de vidro, placa um mililitro de células resuspended em cada uma das 12 grandes placas de ágar sintético completas quadradas com 5-FOA. Incubar cada placa a 28 graus Celsius por um a dois dias, ou até que um gramado se forme na placa. Em seguida, use pequenos guinchos estéreis para raspar as células da metade da placa, e em um tubo, contendo 35 mililitros de água estéril.Repita este processo para as seis placas restantes, resultando em dois tubos de células na água. Misture as suspensões da célula em um único frasco e meça o od600 da suspensão, usando a água como um branco. Use água para ajustar a concentração celular até que o od600 atinja 44 pontos quatro por mililitro.Em seguida, prepare os estoques congeladores das células e armazene-os a menos 80 graus Celsius, conforme descrito no protocolo de texto. Neste estudo, S.Cerevisiae e S.Paradoxus são acasalados para formar um híbrido estéril, que é submetido a transposição de mutagênese. Cada clone mutagenizado é um hemizigoto, um híbrido diploide no qual um alelo de um gene é interrompido.As hemizigos são competidas em alta temperatura, e o DNA é isolado de cada cultura. O DNA é shirred e ligado aos adaptadores, e a junção entre o transposon e o genoma é amplificada com uma cartilha específica transposon e uma cartilha específica do adaptador. Contando a leitura de sequenciamento em massa conta a partir do amplicon, relatar a aptidão de um clone na população.Com os resultados desta sequência, as abundâncias de hemizigoto para um determinado gene, podem ser comparadas nas duas temperaturas entre duas classes de hemizygotes. Clones onde apenas o alelo S.Cerevisiae era tipo selvagem e funcional, e clones que dependiam apenas do alelo S.Paradoxus. Nesta implementação representativa, sinais fortes são detectados em oito genes de limpeza.Em cada caso, as inserções transposon no alelo S.Cerevisiae no híbrido, comprometeram o crescimento em alta temperatura. Estes baixos si representaram determinantes candidatos do traço termotolerância que distingue S.Cerevisiae de S.Paradoxus. Agora que completamos este experimento, podemos dissecar outros traços que diferem entre essas espécies, como a tolerância ao frio ou ao sal.

Research

JoVE Journal

Genetics

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