Name: microbiota analysis using two-step pcr and next-generation 16s rrna gene sequencing
Uploaded: 2019-10-15T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing at JoVE.com

ويعترف المؤلفون بالتمويل من المعاهد القومية للصحة (1R01AI137075-01) ، ومنحه مبادرة كارفر ترست للبحوث الطبية ، ومركز بحوث علوم الصحة البيئية في جامعه أيوا ، نيهس/المعاهد القومية للصحة (P30 ES005605).

تمت الموافقة علي البروتوكول من قبل لجنه الرعاية الحيوانية والاستخدام المؤسسي لجامعه أيوا.
1. البراز عينه جمع والمناولة
<ol><li>تعقيم صناديق المفرق (انظر جدول المواد، الشكل التكميلي 1) مع 70 ٪ الايثانول.</li>
	<li>أنابيب الطرد المركزي الصغيرة قبل التسمية (واحد لكل ?...

البروتوكول الموصوف بسيط ، مع خطوات سهله لتنفيذ التنميط الميكروبيوم باستخدام 16s rrna metagenomic التسلسل من عدد كبير من الحيوية التي تهم. الجيل التالي من التسلسل قد حولت دراسات الإيكولوجيا الميكروبية ، وخاصه في نماذج الامراض البشرية وما قبل السريرية31،32. والميزة ال...

الميكروبات يشير إلى مجموعه من الكائنات الحية الدقيقة (البكتيريا والفيروسات ، الارشييه ، البكتيريا ، والفطريات) الذين يعيشون في بيئة معينه ، ويشير ميكروبيوم إلى الجينوم الجماعي للكائنات المجهرية المقيمة. كما البكتيريا هي واحده من الميكروبات الأكثر وفره في البشر والفئران ، وتركز هذه الدراسة فقط علي التنميط البكتيرية. واستعمرت الأمعاء البشرية من قبل تريليونات من البكتيريا ومئات من سلالات البكتيريا1. الميكروبات المعوية الطبيعية تلعب دورا حيويا في الحفاظ علي حاله صحية في المضيف عن طريق تنظيم وظائف (اي الحفاظ علي حاجز الأمعاء سليمه ، والأيض الغذائي ، والتوازن الطاقة ، وتثبيط الاستعمار من قبل الكائنات المسببة للامراض ، و تنظيم الاستجابات المناعية)2،3،4،5. تم ربط الاضطرابات التركيبية لميكروبات الأمعاء (ديسبيوسيس الأمعاء) بعدد من الامراض البشرية ، بما في ذلك اضطرابات المعدة المعوية6، السمنة7،8، السكتة الدماغية9، السرطان10، مرض السكري8,11, التهاب المفاصل الروماتويدي12, الحساسية13, والامراض المرتبطة بالجهاز العصبي المركزي مثل التصلب المتعدد (MS)14,15 ومرض الزهايمر المرض (AD)8,16. لذلك ، في السنوات الاخيره ، كان هناك اهتمام متزايد في أدوات لتحديد تكوين البكتيريا في مواقع الجسم المختلفة. وينبغي ان يكون أسلوب موثوق بها خصائص مثل كونها عاليه الانتاجيه وسهله الاستخدام ، وجود القدرة علي تصنيف الجراثيم الجرثومية مع ارتفاع القرار ، ويجري منخفضه التكلفة.
التقنيات الميكروبيولوجية القائمة علي الثقافة ليست حساسة بما فيه الكفاية لتحديد وتوصيف الميكروبيوم الأمعاء المعقدة بسبب فشل العديد من بكتيريا الأمعاء تنمو في الثقافة. وقد تغلب ظهور التكنولوجيا القائمة علي التسلسل ، وخاصه التسلسل metagenomic المستندة إلى rrna 16s ، علي بعض من هذه التحديات وتحويل البحوث الميكروبيوم17. وقد ساعد المتقدمة 16S rRNA القائم علي التكنولوجيا التسلسل في إنشاء دور حاسم لميكروبيوم الأمعاء في صحة الإنسان. وقد ساعد مشروع الميكروبات البشرية ، وهو مبادرة المعاهد الوطنية للصحة18، ومشروع MetaHIT (المبادرة الاوروبيه)19 في وضع اطار أساسي للتحليل الميكروبيوم. ساعدت هذه المبادرات علي بدء دراسات متعددة لتحديد دور ميكروبيوم الأمعاء في صحة الإنسان والمرض.
وقد أظهرت عدد من المجموعات ديسبيوسيس الأمعاء في المرضي الذين يعانون من الامراض التهابيه12,14,15,20,21,22. علي الرغم من ان تستخدم علي نطاق واسع لتحديد التصنيف التصنيفي بسبب القدرة علي تعدد الإرسال والتكاليف المنخفضة ، لا توجد بروتوكولات موحده لتنميط التصنيف المستندة إلى rRNA 16S. وهناك قيد آخر هو الدقة المنخفضة للتعيين التصنيفي نظرا لصغر التسلسل يقرا (150 bp أو 250 bp) واستخدام التسلسل الامامي فقط قراءه (R1) بسبب انخفاض جوده التسلسل العكسي يقرا (R2). ومع ذلك ، ساعدت التطورات في تسلسل التكنولوجيا للتغلب علي بعض من هذه التحديات ، مثل القدرة علي تسلسل أطول يقرا باستخدام الاقتران-نهاية القراءة (علي سبيل المثال ، ايلومينا MiSeq 2x300bp).
يمكن للتكنولوجيا التسلسل الحالي تسلسل 600 bp نوعيه جيده يقرا ، والذي يسمح دمج R1 و R2 يقرا. هذه المدمجة أطول R1 و R2 يقرا السماح للتعيينات التصنيفية أفضل ، وخاصه مع الوصول المفتوحة المستندة إلى R المسببة للانقسام الانقسام خوارزميه-2 (DADA2) منصة. يستخدم DADA2 التعيينات المستندة إلى متغير تسلسل الاتساع (ASV) بدلا من التعيينات وحده التصنيف التشغيلية (OTU) استنادا إلى التشابه 97% المستخدمة من قبل QIIME23. وتؤدي مباريات ASV إلى تطابق متسلسل بالبالضبط في قاعده البيانات داخل النواة 1 – 2 ، مما يؤدي إلى التعيين في مستويات الجنس والأنواع. التالي ، فان الجمع بين القراءات الطويلة وذات النوعية الجيدة وأداات التعيين التصنيفية الأفضل (مثل DADA2) قد حول الدراسات الميكروبيوم.
المقدمة هنا هو دليل خطوه بخطوه لأداء التنميط البكتيرية باستخدام التضخيم خطوتين من المنطقة V3-V4 من rRNA 16S وتحليل البيانات باستخدام DADA2 ، Phyloseq ، وأنابيب METAGENassist. لهذه الدراسة ، يتم استخدام مستضد الكريات البيضاء البشرية (هلا) الفئة الثانية الفئران المحورة وراثيا ، وبعض هلا الفئة الثانية الاليل ترتبط مع الاستعداد لامراض المناعة الذاتية مثل MS20،24،25. ومع ذلك ، فان اهميه الجينات من الدرجة الثانية في تنظيم تكوين الجراثيم المعوية غير معروفه. هو افترضت ان ال [هلا] صنف [ايي] جزيء سياثر مجتمعه جراثيم جرثوميه ب ينتقي لجراثيم خاصه. مركب التوافق الرئيسية المدرج (mhc) الفئة الثانية الفئران الضربة القاضية (اي كو) أو الفئران التعبير عن جزيئات DQ8 الإنسان (DQ8)24,25,26 واستخدمت من أجل فهم اهميه الجزيئات هلا من الدرجة الثانية في تشكيل المجتمع الميكروبية الأمعاء. ويعتقد ان هذا العمل الكامل والمبسط مع تحليل البيانات المستندة إلى R سيكون بمثابه أداه ممتازة للباحثين المهتمين في أداء الدراسات التنميط الميكروبيوم.
جيل الفئران التي تفتقر الداخلية murine MHC فئة الجينات الثانية (AE. كو) و AE-/-. DQA1 * 0103 ، DQB1 * 0302 (هلا-DQ8) تم وصف الفئران المحورة وراثيا مع خلفيه C57BL/6J سابقا26. يتم جمع عينات من البراز من الفئران من كلا الجنسين (8 – 12 أسبوعا من العمر). وقد ولدت الفئران في السابق والحفاظ عليها في منشاه الحيوانية جامعه أيوا وفقا للصحة القومية والمبادئ التوجيهية المؤسسية. استراتيجيات التحكم في التلوث مثل الفطام من الفئران داخل مجلس الوزراء تدفق الرقائقي ، وتغيير القفازات بين سلالات مختلفه من الفئران ، والصيانة السليمة للفئران خطوات حاسمه لتحديد الملامح من ميكروبيوم الأمعاء.
ينصح بشده باستخدام معدات الحماية الشخصية المناسبة خلال الاجراء بأكمله. يجب تضمين عناصر التحكم السلبية المناسبة عند تنفيذ عزل الحمض النووي ، PCR1 و PCR2 التضخيم ، وخطوات التسلسل. ينصح باستخدام المعقمة ، خاليه من DNase ، RNase خاليه ، واللوازم الخالية من مولد حر. وينبغي استخدام pipettor المعين للعمل الميكروبيوم ونصائح ماصه المصفاة في جميع انحاء البروتوكول. يتكون تحليل الجراثيم المجهرية من سبع خطوات: 1) جمع العينات ومعالجتها بالبراز ؛ 2) استخراج الحمض النووي ؛ 3) التضخيم الجينات rRNA 16S ؛ 4) بناء مكتبه الحمض النووي باستخدام PCR المفهرسة ؛ 5) تنظيف والتقدير الكمي لل PCR المفهرسة (مكتبه) ؛ 6) التسلسل MiSeq ؛ و 7) معالجه البيانات وتحليل التسلسل. ويرد في الشكل 1رسم تخطيطي لجميع خطوات البروتوكول.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>1.5 ml Natural Microcentriguge Tube</td>
			<td>USA, Scientific</td>
			<td>1615-5500</td>
			<td>Fecal collection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3M hand applicator squeegee PA1-G</td>
			<td>3M, MN, US</td>
			<td>7100038651</td>
			<td>Squeeger for proper sealing of PCR Plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agencourt AMPure XP</td>
			<td>Beckman Coulter, IN, USA</td>
			<td>A63880</td>
			<td>PCR Purification, NGS Clean-up, PCR clean-up</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent DNA 1000 REAGENT</td>
			<td>Agilent Technologies, CA, USA</td>
			<td>5067-1504</td>
			<td>DNA quantification and quality control</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bioanalyzer DNA 1000 chip</td>
			<td>Agilent Technologies, CA, USA</td>
			<td>5067-1504</td>
			<td>DNA quantification and quality control</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Index Adopter Replacement Caps</td>
			<td>Illumina, Inc., CA, USA</td>
			<td>15026762</td>
			<td>New cap for Index 1 and 2 adopter primer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNeasy PowerLyzer PowerSoil Kit</td>
			<td>MoBio now part of QIAGEN, Valencia, CA, USA</td>
			<td>12855-100</td>
			<td>DNA isolation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KAPA HiFi HotStart ReadyMiX (2X)</td>
			<td>Kapa Biosystem, MA, USA</td>
			<td>KK2602</td>
			<td>PCR ready mix for Amplicon PCR1 and Indexed PCR2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lewis Divider Boxes</td>
			<td>Lewis Bins, WI, US</td>
			<td>ND03080</td>
			<td>Fecal collection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnetic stand</td>
			<td>New England BioLabs, MA, USA</td>
			<td>S1509S</td>
			<td>For PCR clean-up</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MicroAmp Fast Optical 96-Well Reaction Plate</td>
			<td>Applied Biosystems, Thermo Fisher Scientific, CA, USA</td>
			<td>4346906</td>
			<td>PCR Plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MicroAmp Optical Adhesive Film</td>
			<td>Applied Biosystems, Thermo Fisher Scientific, CA, USA</td>
			<td>4311971</td>
			<td>PCR Plate Sealer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microfuge 20 Centrifuge</td>
			<td>Beckman Coulter, IN, USA</td>
			<td>B30154</td>
			<td>Centrifuge used for DNA isolation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiSeq Reagent Kit (600 cycles)v.3</td>
			<td>Illumina, Inc., CA, USA</td>
			<td>MS-102-3003</td>
			<td>For MiSeq Sequencing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nextera XT DNA Library Preparation Kit</td>
			<td>Illumina, Inc., CA, USA</td>
			<td>FC-131-1001</td>
			<td>16S rRNA DNA Library Preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reagent Reservoirs Multichannel Trays</td>
			<td>ASI, FL,USA</td>
			<td>RS71-1</td>
			<td>For Pooling of PCR2 Product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plate Cetrifuge</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, CA, USA</td>
			<td>75004393</td>
			<td>For PCR reagent mixing and removing air bubble from Plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PhiX Control</td>
			<td>Illumina, Inc., CA, USA</td>
			<td>FC-110-3001</td>
			<td>For MiSeq Sequencing control</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microbiome DNA Purification Kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, CA, USA</td>
			<td>A29789</td>
			<td>For purification of PCR1 product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PowerLyzer 24 Homogenizer</td>
			<td>Omni International, GA, USA</td>
			<td>19-001</td>
			<td>Bead beater for DNA Isolation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA HS (High Sensitivity) assay kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, CA, USA</td>
			<td>Q32854</td>
			<td>DNA quantification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TruSeq Index Plate Fixture</td>
			<td>Illumina, Inc., CA, USA</td>
			<td>FC-130-1005</td>
			<td>For Arranging of the index primers</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vertical Dividers (large)</td>
			<td>Lewis Bins, WI, US</td>
			<td>DV-2280</td>
			<td>Fecal collection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vertical Dividers (small)</td>
			<td>Lewis Bins, WI, US</td>
			<td>DV-1780</td>
			<td>Fecal collection</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

microbiota analysis using two-step pcr and next-generation 16s rrna gene sequencing

يتم استعمار الأمعاء البشرية من قبل تريليونات من البكتيريا التي تدعم الوظائف الفسيولوجية مثل الأيض الغذائي ، وحصاد الطاقة ، وتنظيم الجهاز المناعي. وقد اقترح اضطراب من الميكروبيوم الأمعاء صحية للعب دور في تطوير الامراض التهابيه ، بما في ذلك التصلب المتعدد (MS). العوامل البيئية والوراثية يمكن ان تؤثر علي تكوين microbiome; ولذلك ، أصبح تحديد المجتمعات الميكروبية المرتبطة بالنمط الظاهري للمرض الخطوة الاولي نحو تحديد دور الميكروبيوم في الصحة والمرض. وقد ساعد استخدام التسلسل metagenomic 16s rrna لتنميط المجتمع البكتيرية في النهوض بالبحوث الميكروبيوم. وعلي الرغم من استخدامها علي نطاق واسع ، لا يوجد بروتوكول موحد لتحليل التنميط القائم علي التصنيف المستند إلى rRNA في 16 ثانيه. وهناك قيد آخر هو الدقة المنخفضة للتعيين التصنيفي بسبب الصعوبات التقنية مثل قراءه التسلسل الأصغر ، بالاضافه إلى استخدام المستقبل فقط (R1) يقرا في التحليل النهائي نظرا لتدني جوده القراءة (R2). هناك حاجه لطريقه مبسطه مع دقه عاليه لتوصيف التنوع البكتيري في معين الحيوية. وقد ساعدت التطورات في تسلسل التكنولوجيا مع القدرة علي تسلسل أطول يقرا بدقه عاليه للتغلب علي بعض هذه التحديات. وقد ساعدت تكنولوجيا التسلسل الحالية مع خط أنابيب التحليل metagenomic المتاحة للجمهور مثل R-القائم علي الانقسام خوارزميه دينوسينغ المسببة للانقسام-2 (DADA2) التنميط الميكروبية بدقه عاليه ، كما DADA2 يمكن تعيين تسلسل في جنس ومستويات الأنواع. وصف هنا هو دليل لأداء التنميط البكتيرية باستخدام التضخيم خطوتين من المنطقة V3-V4 من الجينات rRNA 16S ، تليها تحليل باستخدام أدوات التحليل المتاحة بحريه (اي ، DADA2 ، Phyloseq ، و METAGENassist). ويعتقد ان هذا سير العمل بسيطه وكامله سيكون بمثابه أداه ممتازة للباحثين المهتمين في أداء الدراسات التنميط الميكروبيوم.

كما mhc الطبقة الثانية جزيئات (هلا في البشر) هي اللاعبين المركزيين في الاستجابة المناعية التكيفيه وإظهار الجمعيات قويه مع الاستعداد لMS24,25,26, وكان الافتراض بان الجزيء هلا الدرجة الثانية سيؤثر علي تكوين الأمعاء الميكروبية. ولذلك ، استخدمت ا?...

Watch this Scientific Journal Video about Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing at JoVE.com

Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

وصف هنا هو اجراء التشغيل القياسية مبسطه لتشكيل الميكروبيوم باستخدام 16s rrna metagenomic التسلسل والتحليل باستخدام الاداات المتاحة بحريه. هذا البروتوكول سوف تساعد الباحثين الذين هم جديده في مجال الميكروبيوم وكذلك تلك التي تتطلب تحديثات علي أساليب لتحقيق التنميط البكتيرية في دقه اعلي.

تحليل الكائنات المجهرية باستخدام ثنائي الخطوة PCR والجيل التالي من 16S rRNA التسلسل الجيني

The human gut is colonized by trillions of bacteria that support physiologic functions such as food metabolism, energy harvesting, and regulation of the ...

إن تحديد ملامح الميكروبيوم هو الخطوة الأولى نحو تحديد دور الميكروبيوم في الصحة والمرض. هنا ، نحن وصف إجراء بسيط لعزل الحمض النووي البكتيري عالي الجودة من عينة البراز إعداد المكتبة ، وأداء 16SR RNA والتسلسل الجينومي الفوقي وتحليل البيانات الميكروبيوم. سيساعد هذا البروتوكول الباحثين الجدد في مجال الميكروبيوم ، وكذلك الباحثين العاملين في مجال الميكروبيوم في إنشاء خط أنابيب الميكروبيوم في مختبرهم. ويمكن تمديد هذا البروتوكول من أجل تنميط الميكروبيوم من عينات بيولوجية أخرى مثل عينات الأنف أو الشفوي أو الجلد من البشر والحيوانات. حبة اختيار هو أهم الخطوات كما جميع الخطوات المصب تعتمد على الحمض النووي عالية الجودة. ختم السليم من لوحة الحفاظ مهم كما ختم غير مكتملة قد يؤدي إلى قمع المنتج تضخيم مما أدى إلى انخفاض نوعية البيانات تسلسل. للبدء، تعقيم صناديق المقسم مع 70٪ الإيثانول. ضع الفئران في صناديق مقسّمة معقمة واسمح لهم بالتبرز بشكل طبيعي لمدة تصل إلى ساعة واحدة. استخدام ملقط العقيمة لجمع الكريات البراز في فارغة قبل المسمى 1.5 ملليلتر أنبوب أجهزة الطرد المركزي الصغيرة. أرفق الأنبوب بشكل آمن. تعقيم ملقط مع 70٪ الإيثانول، تليها مسح الجرثومي المتاح، بعد جمع البراز من كل فأر. تزن 200 ملليغرام من الكريات البراز في أنبوب جهاز طرد مركزي صغير 1.5 ملليلتر، مع 0.1 ملليلتر حبات زجاجية، ووضع أنبوب الخرز في حبة الضرب المجانسة وتجانس العينات لمدة 45 ثانية في درجة حرارة الغرفة، بسرعة 4.5 متر في الثانية الواحدة. استخراج الحمض النووي وفقا لتعليمات الشركة المصنعة لمجموعة والحمض النووي elute في أنبوب جهاز طرد مركزي صغير 1.5 ملليلتر. بعد عزل الحمض النووي، كمي الحمض النووي المعزول عن طريق تحميل 1 ميكرولتر من الحمض النووي على عداد الفلور. الإعداد 16S الريبوزومية الحمض النووي الريبي تضخيم الجينات PCR1 في لوحة PCR 96-well، وذلك باستخدام حجم تفاعل ميكرولتر 25. باستخدام ماصة متعددة القنوات، إضافة 40 غرام نانو من الحمض النووي، 13.5 لتراً ميكرو من مزيج انزيم البوليميراز عالي الدقة 2X، الذي يحتوي على عازلة، بالإضافة إلى DNTPs في التمهيدي الأمامي والعاعكس. ختم لوحة PCR بشكل صحيح من أعلى إلى أسفل في جميع حواف أربعة. والطرد المركزي في 1000 مرات G في 20

Research

JoVE Journal

Biology

Fluorescence-microscopy Screening and Next-generation Sequencing: Useful Tools for the Identification of Genes Involved in Organelle Integrity

مضان-المجهري الفحص والجيل القادم التسلسل الجيني: أدوات مفيدة لتحديد الجينات المسؤولة عن النزاهة العضيم

This protocol describes a fluorescence microscope-based screening of Arabidopsis seedlings and describes how to map recessive mutations that alter the ...

Next-generation Sequencing of 16S Ribosomal RNA Gene Amplicons

الجيل المقبل من تسلسل خاص بالريبوسوم 16S RNA جين Amplicons

One of the major questions in microbial ecology is &#8220;who is there?&#8221; This question can be answered using various tools, but one of the ...

Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation Sequencing

استهدفت DNA تحليل مثلأيشن من قبل الجيل المقبل من التسلسل

The role of epigenetic processes in the control of gene expression has been known for a number of years. DNA methylation at cytosine residues is of ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

التضخيم، الجيل التالي من التسلسل، والحمض النووي الجينوم رسم خرائط مواقع التكامل فيروسات الرجعية

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

Efficient Nucleic Acid Extraction and 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Community Characterization

كفاءة نوكليك حمض استخراج و16S الريباسي جين تسلسل للبكتيريا الجماعة توصيف

There is a growing appreciation for the role of microbial communities as critical modulators of human health and disease. High throughput sequencing ...

Guided Protocol for Fecal Microbial Characterization by 16S rRNA-Amplicon Sequencing

بروتوكول المصحوبة بمرشدين لتوصيف الجراثيم البراز بتسلسل الرنا الريباسي-Amplicon 16S

The human intestinal microbiome plays a central role in protecting cells from injury, in processing energy and nutrients, and in promoting immunity. ...

Interactome-Seq: A Protocol for Domainome Library Construction, Validation and Selection by Phage Display and Next Generation Sequencing

إينتيراكتومي--Seq: بروتوكول لبناء مكتبة دومينومي والتحقق منها واختيار عرض بالعاثية وتسلسل الجيل القادم

Folding reporters are proteins with easily identifiable phenotypes, such as antibiotic resistance, whose folding and function is compromised when fused to ...

Tick Microbiome Characterization by Next-Generation 16S rRNA Amplicon Sequencing

توصيف ميكروبيومي التجزئة بالتسلسل Amplicon الرنا الريباسي 16S الجيل المقبل

In recent decades, vector-borne diseases have re-emerged and expanded at alarming rates, causing considerable morbidity and mortality worldwide. Effective ...

Two-Step Reverse Transcription Droplet Digital PCR Protocols for SARS-CoV-2 Detection and Quantification

بروتوكولات تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمية لقطرات النسخ العكسي المكونة من خطوتين للكشف عن SARS-CoV-2 وقياسه

Diagnosis of the ongoing SARS-CoV-2 pandemic is a priority for all countries across the globe. Currently, reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR) ...

A Magnetic-Bead-Based Mosquito DNA Extraction Protocol for Next-Generation Sequencing

بروتوكول استخراج الحمض النووي للبعوض القائم على الخرز المغناطيسي لتسلسل الجيل التالي

A recently published DNA extraction protocol using magnetic beads and an automated DNA extraction instrument suggested that it is possible to extract high ...