Name: microbiota analysis using two-step pcr and next-generation 16s rrna gene sequencing
Uploaded: 2019-10-15T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing at JoVE.com

Yazarlar NIAID / NIH (1R01AI137075-01), Carver Trust Tıbbi Araştırma Girişimi Hibe ve University of Iowa Çevre Sağlığı Bilimleri Araştırma Merkezi, NIEHS / NIH (P30 ES005605) gelen finansman kabul.

Protokol Iowa Üniversitesi Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım Komitesi tarafından onaylandı.
1. Dışkı Numunesi Toplama ve Taşıma
<ol><li>Bölücü kutularını sterilize edin (bkz. Malzemeler Tablosu, Ek Şekil 1) %70 etanol ile.</li>
	<li>Numune kimliği ve tedavi grubu (varsa) ile ön etiketli mikrosantrifüj tüpleri (fare başına bir)</li>
	<li>Fareleri sterilize edilmiş bölücü kutularına yerleştirin ve normal olarak 1 saate kadar dışk?...

Açıklanan protokol basittir ve çok sayıda biyonumuneden 16S rRNA metagenomik sıralama kullanarak mikrobiyom profilleme gerçekleştirmek için kolay takip edilen adımlar vardır. Yeni nesil sıralama mikrobiyal ekoloji çalışmaları dönüştürdü, özellikle insan ve pre-klinik hastalık modelleri31,32. Bu tekniğin en büyük avantajı, belirli bir biyonumunede karmaşık mikrobiyal bileşimleri (culturable ve un-culturable mikroplar) yüksek bir veri ...

Mikrobiyota belirli bir ortamda yaşayan mikroorganizmaların (bakteri, virüs, arke, bakteriyofaj ve mantarlar) bir koleksiyon anlamına gelir ve mikrobiyom yerleşik mikroorganizmaların kolektif genomu anlamına gelir. Bakteriler insanlarda ve farelerde en bol mikroplardan biri olduğundan, bu çalışma sadece bakteri profilleme üzerinde odaklanmıştır. İnsan bağırsağı trilyonlarca bakteri ve yüzlerce bakteri suşları tarafından kolonize edilir1. Normal bağırsak mikrobiyotası fonksiyonları düzenleyerek konaksağlıklı bir durumun korunmasında hayati bir rol oynar (yani, bozulmamış bir bağırsak bariyerinin bakımı, gıda metabolizması, enerji homeostaz, patojen organizmalar tarafından kolonizasyon inhibisyonu, ve bağışıklık yanıtlarının düzenlenmesi)2,3,4,5. Bağırsak mikrobiyotası (gut disbiyoz) bileşimsel pertürbasyonları gastrointestinal bozukluklar6, obezite7,8, inme9, kanser10dahil olmak üzere insan hastalıkları, bir dizi bağlantılı olmuştur diyabet8,11, romatoid artrit12, alerji13, ve multipl skleroz gibi merkezi sinir sistemi ile ilgili hastalıklar (MS)14,15 ve Alzheimer hastalık (AD)8,16. Bu nedenle, son yıllarda, farklı vücut sitelerinde bakteri bileşimi tanımlamak için araçlara ilgi artmıştır. Güvenilir bir yöntem, yüksek iş sahibi ve kullanımı kolay olmak, bakteriyel mikrobiyotayı yüksek çözünürlükle sınıflandırma yeteneğine sahip olmak ve düşük maliyetli olmak gibi özelliklere sahip olmalıdır.
Kültür tabanlı mikrobiyolojik teknikler tanımlamak ve kültürde büyümek için çeşitli bağırsak bakterilerin başarısızlığı nedeniyle karmaşık bağırsak mikrobiyom karakterize etmek için yeterince duyarlı değildir. Sıralama tabanlı teknolojinin gelişi, özellikle 16S rRNA tabanlı metagenomik sıralama, bu zorlukların bazılarının üstesinden geldi ve mikrobiyom araştırmadönüştürdü 17. Gelişmiş 16S rRNA tabanlı sıralama teknolojisi insan sağlığında bağırsak mikrobiyomu için kritik bir rol kurulmasında yardımcı oldu. İnsan Mikrobiyom Projesi, Ulusal Sağlık Enstitüleri girişimi18, ve MetaHIT projesi (Bir Avrupa girişimi)19 hem mikrobiyom analizi için temel bir çerçeve kurulmasında yardımcı oldu. Bu girişimler, bağırsak mikrobiyomu'nun insan sağlığı ve hastalığındaki rolünü belirlemek için birden fazla çalışmanın başlatılmasına yardımcı oldu.
Bir dizi grup inflamatuar hastalığı olan hastalarda bağırsak disbiyoz göstermiştir12,14,15,20,21,22. Çok katlı ve düşük maliyetler nedeniyle taksonomik profilleme için yaygın olarak kullanılmasına rağmen, 16S rRNA tabanlı taksonomik profilleme için tek tip protokol bulunmamaktadır. Başka bir sınırlama daha küçük sıralama okuma (150 bp veya 250 bp) ve düşük kaliteli ters sıralama okuma (R2) nedeniyle sadece ileri sıralama okuma (R1) kullanımı nedeniyle taksonomik atama düşük çözünürlüğüdür. Ancak sıralama teknolojisindeki ilerlemeler, eşleştirilmiş uçlu okumaları (örneğin, Illumina MiSeq 2x300bp) kullanarak daha uzun okumaları sıralama yeteneği gibi bu zorlukların bazılarının üstesinden gelinmeye yardımcı oldu.
Mevcut sıralama teknolojisi r1 ve R2 okumabirleştirilmesine olanak sağlayan 600 bp kaliteli okuma, sıralayabilirsiniz. Bu birleştirilmiş daha uzun R1 ve R2 okumaları, özellikle açık erişimli R tabanlı Bölücü Amplicon Paylaştırma Algoritması-2 (DADA2) platformuile daha iyi taksonomik atamalara olanak sağlar. DADA2, QIIME23tarafından kullanılan %97 benzerliğe dayalı operasyonel taksonomik birim (OTU) atamaları yerine amplicon dizi varyantı (ASV) tabanlı atamalar kullanmaktadır. ASV eşleşmeleri, 1-2 nükleotit içinde veritabanında tam bir dizi eşleşmesi ile sonuçlanır ve bu da cins ve tür düzeylerinde atamaya yol açar. Böylece, daha uzun, kaliteli eşleştirilmiş uçlu okumalar ve daha iyi taksonomik atama araçlarının (DADA2 gibi) birleşimi mikrobiyom çalışmalarını dönüştürmüştür.
Burada 16S rRNA V3-V4 bölgenin iki adım amplifikasyon ve DADA2, Phyloseq ve METAGENassist boru hatları kullanarak veri analizi kullanarak bakteriyel profilleme gerçekleştirmek için bir adım-adım kılavuzdur. Bu çalışmada, insan lökosit antijeni (HLA) sınıf II transgenik fareler kullanılır, bazı HLA sınıf II alelleri MS20gibi otoimmün hastalıklara yatkınlık ile bağlantılı olduğu gibi,24,25. Ancak, bağırsak mikrobiyotasının bileşimini düzenleyen HLA sınıf II genlerinin önemi bilinmemektedir. HLA sınıf II molekülünün belirli bakteriler için seçerek bağırsak mikrobiyal topluluğunu etkileyeceği varsayımında dır. Majör histokompatibilite kompleksi (MHC) sınıf II nakavt fareler (AE.KO) veya insan HLA-DQ8 moleküllerini ifade eden fareler (HLA-DQ8)24,25,26 HLA sınıfı II moleküllerinin önemini anlamak için kullanılmıştır. bağırsak mikrobiyal topluluk şekillendirme. Bu R tabanlı veri analizi ile bu tam ve basitleştirilmiş iş akışı mikrobiyom profilleme çalışmaları gerçekleştirmek isteyen araştırmacılar için mükemmel bir araç olarak hizmet olacağına inanılmaktadır.
Endojen murine MHC sınıfı II genleri (AE.KO) ve AE-/-yoksun farelerin üretimi . HLA-DQA1*0103, DQB1*0302 (HLA-DQ8) C57BL/6J arka planlı transgenik fareler daha önce26tanımlanmıştır. Dışkı örnekleri her iki cinsten (8-12 haftalık) farelerden toplanır. Fareler daha önce NIH ve kurumsal kurallar uyarınca Iowa Üniversitesi hayvan tesisinde yetiştirildi ve bakımını yapıyordu. Laminar akış dolabı içinde farelerin kesilmesi, farklı fare suşları arasında eldiven lerin değiştirilmesi ve farelerin düzgün bakımı gibi kontaminasyon kontrol stratejileri bağırsak mikrobiyomu profilleme için kritik adımlardır.
Uygun kişisel koruyucu ekipman (PPE) şiddetle tüm prosedür sırasında tavsiye edilir. DNA izolasyonu, PCR1 ve PCR2 amplifikasyonve sıralama adımları gerçekleştirirken uygun negatif kontroller eklenmelidir. Steril, DNase içermeyen, RNase içermeyen ve pirojen içermeyen malzemelerin kullanılması tavsiye edilir. Protokol boyunca mikrobiyom çalışmaları için belirlenmiş pipettor ve filtrelenmiş pipet uçları kullanılmalıdır. Mikrobiyota analizi yedi adımdan oluşur: 1) dışkı numunetoplama ve işleme; 2) DNA çıkarma; 3) 16S rRNA gen amplifikasyonu; 4) DNA kitaplığı yapı indeksli PCR kullanarak; 5) temizleme ve dizinlenmiş PCR (kütüphane) niceliksel; 6) MiSeq sıralaması; ve 7) veri işleme ve dizi analizi. Tüm protokol adımlarının şematik diyagramı Şekil 1'degösterilmiştir.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>1.5 ml Natural Microcentriguge Tube</td>
			<td>USA, Scientific</td>
			<td>1615-5500</td>
			<td>Fecal collection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3M hand applicator squeegee PA1-G</td>
			<td>3M, MN, US</td>
			<td>7100038651</td>
			<td>Squeeger for proper sealing of PCR Plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agencourt AMPure XP</td>
			<td>Beckman Coulter, IN, USA</td>
			<td>A63880</td>
			<td>PCR Purification, NGS Clean-up, PCR clean-up</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent DNA 1000 REAGENT</td>
			<td>Agilent Technologies, CA, USA</td>
			<td>5067-1504</td>
			<td>DNA quantification and quality control</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bioanalyzer DNA 1000 chip</td>
			<td>Agilent Technologies, CA, USA</td>
			<td>5067-1504</td>
			<td>DNA quantification and quality control</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Index Adopter Replacement Caps</td>
			<td>Illumina, Inc., CA, USA</td>
			<td>15026762</td>
			<td>New cap for Index 1 and 2 adopter primer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNeasy PowerLyzer PowerSoil Kit</td>
			<td>MoBio now part of QIAGEN, Valencia, CA, USA</td>
			<td>12855-100</td>
			<td>DNA isolation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KAPA HiFi HotStart ReadyMiX (2X)</td>
			<td>Kapa Biosystem, MA, USA</td>
			<td>KK2602</td>
			<td>PCR ready mix for Amplicon PCR1 and Indexed PCR2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lewis Divider Boxes</td>
			<td>Lewis Bins, WI, US</td>
			<td>ND03080</td>
			<td>Fecal collection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnetic stand</td>
			<td>New England BioLabs, MA, USA</td>
			<td>S1509S</td>
			<td>For PCR clean-up</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MicroAmp Fast Optical 96-Well Reaction Plate</td>
			<td>Applied Biosystems, Thermo Fisher Scientific, CA, USA</td>
			<td>4346906</td>
			<td>PCR Plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MicroAmp Optical Adhesive Film</td>
			<td>Applied Biosystems, Thermo Fisher Scientific, CA, USA</td>
			<td>4311971</td>
			<td>PCR Plate Sealer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microfuge 20 Centrifuge</td>
			<td>Beckman Coulter, IN, USA</td>
			<td>B30154</td>
			<td>Centrifuge used for DNA isolation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiSeq Reagent Kit (600 cycles)v.3</td>
			<td>Illumina, Inc., CA, USA</td>
			<td>MS-102-3003</td>
			<td>For MiSeq Sequencing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nextera XT DNA Library Preparation Kit</td>
			<td>Illumina, Inc., CA, USA</td>
			<td>FC-131-1001</td>
			<td>16S rRNA DNA Library Preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reagent Reservoirs Multichannel Trays</td>
			<td>ASI, FL,USA</td>
			<td>RS71-1</td>
			<td>For Pooling of PCR2 Product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plate Cetrifuge</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, CA, USA</td>
			<td>75004393</td>
			<td>For PCR reagent mixing and removing air bubble from Plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PhiX Control</td>
			<td>Illumina, Inc., CA, USA</td>
			<td>FC-110-3001</td>
			<td>For MiSeq Sequencing control</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microbiome DNA Purification Kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, CA, USA</td>
			<td>A29789</td>
			<td>For purification of PCR1 product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PowerLyzer 24 Homogenizer</td>
			<td>Omni International, GA, USA</td>
			<td>19-001</td>
			<td>Bead beater for DNA Isolation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA HS (High Sensitivity) assay kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, CA, USA</td>
			<td>Q32854</td>
			<td>DNA quantification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TruSeq Index Plate Fixture</td>
			<td>Illumina, Inc., CA, USA</td>
			<td>FC-130-1005</td>
			<td>For Arranging of the index primers</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vertical Dividers (large)</td>
			<td>Lewis Bins, WI, US</td>
			<td>DV-2280</td>
			<td>Fecal collection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vertical Dividers (small)</td>
			<td>Lewis Bins, WI, US</td>
			<td>DV-1780</td>
			<td>Fecal collection</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

microbiota analysis using two-step pcr and next-generation 16s rrna gene sequencing

İnsan bağırsağı, gıda metabolizması, enerji hasadı ve bağışıklık sisteminin düzenlenmesi gibi fizyolojik işlevleri destekleyen trilyonlarca bakteri tarafından kolonize edilir. Sağlıklı bağırsak mikrobiyomu pertürbasyonu inflamatuar hastalıkların gelişiminde rol oynadığı ileri sürülmüştür, multipl skleroz da dahil olmak üzere (MS). Çevresel ve genetik faktörler mikrobiyomun bileşimini etkileyebilir; bu nedenle, bir hastalık fenotip ile bağlantılı mikrobiyal toplulukların belirlenmesi sağlık ve hastalık mikrobiyom rolünü tanımlama yolunda ilk adım haline gelmiştir. Bakteri topluluğunun profilini çıkarmak için 16S rRNA metagenomik diziliminin kullanılması mikrobiyom araştırmalarının ilerlemesine yardımcı olmuştur. Geniş kullanımına rağmen, 16S rRNA tabanlı taksonomik profilleme analizi için tek tip bir protokol yoktur. Başka bir sınırlama, daha küçük sıralama okumaları gibi teknik güçlükler nedeniyle taksonomik atamanın düşük çözünürlüğü ve ters (R2) okumanın düşük kalitesi nedeniyle son analizde yalnızca ileri (R1) okumaların kullanılmasıdır. Belirli bir biyonumunede bakteri çeşitliliğini karakterize etmek için yüksek çözünürlüğe sahip basitleştirilmiş bir yönteme ihtiyaç vardır. Sıralama teknolojisindeki gelişmeler, daha uzun okumaları yüksek çözünürlükte sıralayabilme özelliği yle bu zorlukların bazılarının üstesinden gelinmeye yardımcı oldu. R tabanlı Bölücü Amplicon Denoising Algoritma-2 (DADA2) gibi kamuya açık metagenomik analiz boru hattı ile birlikte mevcut sıralama teknolojisi, DADA2 cinste sıra atayabilirsiniz gibi, yüksek çözünürlükte mikrobiyal profilleme ilerlemeye yardımcı oldu ve tür düzeyleri. Burada açıklanan 16S rRNA geninin V3-V4 bölgesinin iki aşamalı amplifikasyon kullanarak bakteriyel profilleme gerçekleştirmek için bir rehber, serbestçe kullanılabilir analiz araçları kullanarak analiz takip (yani, DADA2, Phyloseq, ve METAGENassist). Bu basit ve tam iş akışı mikrobiyom profilleme çalışmaları gerçekleştirmek isteyen araştırmacılar için mükemmel bir araç olarak hizmet olacağına inanılmaktadır.

MHC sınıf II molekülleri (insanlarda HLA) adaptif bağışıklık yanıtı merkezi oyuncular ve MS24,25,26bir yatkınlık ile güçlü dernekler göstermek gibi, bu HLA sınıf II molekülü hipotez oldu bağırsak mikrobiyal bileşimini etkiler. Bu nedenle, MHC sınıf II geni (AE.KO) veya insan HLA-DQ8 geni (HLA-DQ8) ifade eksikliği fareler bağırsak mikrobiyal topluluk şekillendirmede HLA sınıf II moleküllerinin öne...

Watch this Scientific Journal Video about Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing at JoVE.com

Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

Burada açıklanan serbestçe kullanılabilir araçları kullanarak 16S rRNA metagenomik sıralama ve analiz kullanarak mikrobiyom profilleme için basitleştirilmiş bir standart işletim prosedürüdür. Bu protokol mikrobiyom alanında yeni araştırmacılar yanı sıra daha yüksek bir çözünürlükte bakteriyel profilleme elde etmek için yöntemler güncellemeleri gerektiren yardımcı olacaktır.

İki adımlı PCR ve Yeni Nesil 16S rRNA Gen Sıralaması Kullanarak Mikrobiyota Analizi

The human gut is colonized by trillions of bacteria that support physiologic functions such as food metabolism, energy harvesting, and regulation of the ...

Mikrobiyom profilleme sağlık ve hastalık mikrobiyom rolünü tanımlama ya doğru ilk adımdır. Burada, dışkı örneğinden yüksek kaliteli bakteri DNA'sını izole etmek için basit bir prosedürü tanımlıyoruz, 16SR RNA ve meta genomik sıralama ve mikrobiyom veri analizi gerçekleştiriyoruz. Bu protokol, mikrobiyom alanında yeni araştırmacıların yanı sıra laboratuvarlarında mikrobiyom boru hattını kurmada mikrobiyom alanında çalışan araştırmacılara yardımcı olacaktır. Bu protokol, hayvan ve insan deneklerin burun, oral veya deri örnekleri gibi diğer biyoörneklerden mikrobiyom profilleme için uzatılabilir. Tüm downstream adımlar yüksek kaliteli DNA bağlıdır gibi boncuk toplama en önemli adımlardır. Koruma plakasının uygun şekilde sızdırmazlığı önemlidir, çünkü eksik sızdırmazlık, güçlendirilmiş ürünün baskılanmasına yol açarak düşük kaliteli sıralama verilerine yol açabilir. Başlamak için,% 70 etanol ile bölücü kutuları sterilize. Sterilize bölücü kutuları fareler yerleştirin ve onları bir saate kadar normal dışkı sağlar. Boş bir önceden etiketli 1.5 mililitre mikro santrifüj tüp dışkı pelet toplamak için steril forceps kullanın. Tüpü güvenli bir şekilde içine tonuyla tonuyla tolun. Her fareden dışkı topladıktan sonra forsepsleri %70 etanol ile sterilize edin, ardından mikrop öldürücü tek kullanımlık mendil. 0,1 mililitrelik cam boncuklarla 1,5 mililitrelik mikro santrifüj tüpüne 200 miligram dışkı peletağırlığında olun ve boncuk tüpünü homogenizer'i yenen bir boncuk içine yerleştirin ve numuneleri saniyede 4,5 metre hızla oda sıcaklığında 45 saniye homojenize edin. 1,5 mililitrelik mikro santimetreperfüj tüp kiti üreticisi ve elute DNA talimatları na göre DNA ayıklayın. DNA'yı izole ettikten sonra, bir florometreye 1 mikrolitre DNA yükleyerek izole edilmiş DNA'yı ölçün. Kurulum 16S ribozomal RNA gen amplifikasyonu PCR1 96-Well PCR plaka, 25 mikrolitre reaksiyon hacmi kullanarak. Çok kanallı bir pipet kullanarak, 40 nano gram DNA, 13,5 mikro litre 2X yüksek kaliteli polimeraz enzim karışımı, tampon içeren, artı ileri ve ters astar DNTPs ekleyin. PCR plakayı dört kenar boyunca yukarıdan aşağıya doğru düzgün bir şekilde kapatın. Ve santrifüj 1000 kez G 20

Research

JoVE Journal

Biology

Fluorescence-microscopy Screening and Next-generation Sequencing: Useful Tools for the Identification of Genes Involved in Organelle Integrity

Floresans-mikroskopi Tarama ve nesil Sekanslama: organel Bütünlüğü ile ilgilendim Genlerin belirlenmesi için Faydalı Araçlar

This protocol describes a fluorescence microscope-based screening of Arabidopsis seedlings and describes how to map recessive mutations that alter the ...

Next-generation Sequencing of 16S Ribosomal RNA Gene Amplicons

16S Ribozomal RNA Gen amplikonlarının nesil Sıralama

One of the major questions in microbial ecology is &#8220;who is there?&#8221; This question can be answered using various tools, but one of the ...

Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation Sequencing

DNA Metilasyon Analizi nesil Dizilimine tarafından hedef

The role of epigenetic processes in the control of gene expression has been known for a number of years. DNA methylation at cytosine residues is of ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

Retroviral Entegrasyon Siteleri Amplifikasyon, Yeni Nesil Sıralama ve Genomik DNA Haritalama

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

Efficient Nucleic Acid Extraction and 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Community Characterization

Bakteriyel Topluluk Karakterizasyonu Verimli Nükleik Asit Ekstraksiyonu ve 16S rRNA gen Sıralama

There is a growing appreciation for the role of microbial communities as critical modulators of human health and disease. High throughput sequencing ...

Guided Protocol for Fecal Microbial Characterization by 16S rRNA-Amplicon Sequencing

16S rRNA Amplicon sıralama tarafından dışkı mikrobiyal karakterizasyonu için rehberli iletişim kuralı

The human intestinal microbiome plays a central role in protecting cells from injury, in processing energy and nutrients, and in promoting immunity. ...

Interactome-Seq: A Protocol for Domainome Library Construction, Validation and Selection by Phage Display and Next Generation Sequencing

Interactome-Seq: Domainome kitaplığı inşaat, doğrulama ve seçim fajının görüntü ve sonraki nesil sıralama için bir protokol

Folding reporters are proteins with easily identifiable phenotypes, such as antibiotic resistance, whose folding and function is compromised when fused to ...

Tick Microbiome Characterization by Next-Generation 16S rRNA Amplicon Sequencing

Kene Microbiome karakterizasyonu tarafından yeni nesil 16S rRNA Amplicon sıralama

In recent decades, vector-borne diseases have re-emerged and expanded at alarming rates, causing considerable morbidity and mortality worldwide. Effective ...

Two-Step Reverse Transcription Droplet Digital PCR Protocols for SARS-CoV-2 Detection and Quantification

SARS-CoV-2 Tespiti ve Ölçümü için İki Adımlı Ters Transkripsiyon Damlacığı Dijital PCR Protokolleri

Diagnosis of the ongoing SARS-CoV-2 pandemic is a priority for all countries across the globe. Currently, reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR) ...

A Magnetic-Bead-Based Mosquito DNA Extraction Protocol for Next-Generation Sequencing

Yeni Nesil Sıralama için Manyetik Boncuk Bazlı Sivrisinek DNA Ekstraksiyon Protokolü

A recently published DNA extraction protocol using magnetic beads and an automated DNA extraction instrument suggested that it is possible to extract high ...