Name: isotopic effect in double proton transfer process of porphycene investigated by enhanced qm/mm method
Uploaded: 2019-07-19T15:00:00
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Questa ricerca è supportata dal National Key Research and Development Program of China (2017YFA0206801, 2018YFA0208600), dalla Natural Science Foundation della provincia di Jiangsu e dalla National Natural Science Foundation of China (91645116). L.X è il professore della Jiangsu University of Technology, nominato in modo speciale per lo zhong-Wu. Gli autori riconoscono i suggerimenti del Dr. Hao Hu e del Dr. Mingjun Yang.

1. Modello di costruzione
<ol><li>
Costruire la struttura di porficene: Aprire il software GaussView facendo doppio clic con il mouse. Quindi fare clic frammento di elemento pulsante nel menu del GaussView per scegliere gli elementi necessari. Costruire porficene. Quindi fare clic su File pulsante per salvare come file pdb.</li>
	<li>
Solvate il modello: Porficene Solvate in una scatola d'acqua cubica...

<ol>
	<li>Waluk, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ground-+and+excited-state+tautomerism+in+porphycenes.">Ground- and excited-state tautomerism in porphycenes.</a> Accounts of Chemical Research. 39 (12), 945-952 (2006).</li><li>Waluk, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spectroscopy+and+tautomerization+studies+of+porphycenes.">Spectroscopy and tautomerization studies of porphycenes.</a> Chemical Reviews. 117 (4), 2447-2480 (2017).</li><li>Kozlowski, P. M., Zgierski, M. 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F., K&#252;hn, O., Fern&#225;ndez-Ramos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+tautomerization+dynamics+of+porphycene+and+its+isotopomers+-+concerted+versus+stepwise+mechanisms.">The tautomerization dynamics of porphycene and its isotopomers - concerted versus stepwise mechanisms.</a> Chemical Physics Letters. 436 (4-6), 314-321 (2007).</li><li>Wolfsberg, M., Hook, W. A., Paneth, P., Rebelo, L. P. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isotope+effects.">Isotope effects.</a> The Chemical, Geological, and Bio Sciences. , (2009).</li><li>Pietrzak, M., Shibl, M. F., Br&#246;ring, M., K&#252;hn, O., Limbach, H. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=1H/2H+NMR+studies+of+geometric+H/D+isotope+effects+on+the+coupled+hydrogen+bonds+in+porphycene+derivatives.">1H/2H NMR studies of geometric H/D isotope effects on the coupled hydrogen bonds in porphycene derivatives.</a> Journal of the American Chemical Society. 129 (2), 296-304 (2007).</li><li>Yoshikawa, T., Sugawara, S., Takayanagi, T., Shiga, M., Tachikawa, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantum+tautomerization+in+porphycene+and+its+isotopomers:+Path-integral+molecular+dynamics+simulations.">Quantum tautomerization in porphycene and its isotopomers: Path-integral molecular dynamics simulations.</a> Chemical Physics. 394 (1), 46-51 (2012).</li><li>Ladenthin, J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Force-induced+tautomerization+in+a+single+molecule.">Force-induced tautomerization in a single molecule.</a> Nature Chemistry. 8 (10), 935-940 (2016).</li><li>Dellago, C., Bolhuis, P. G., Csajka, F. S., Chandler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transition+path+sampling+and+the+calculation+of+rate+constants.">Transition path sampling and the calculation of rate constants.</a> The Journal of Chemical Physics. 108 (5), 1964-1977 (1998).</li><li>Bolhuis, P. G., Chandler, D., Dellago, C., Geissler, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transition+path+sampling:+Throwing+ropes+over+rough+mountain+passes,+in+the+dark.">Transition path sampling: Throwing ropes over rough mountain passes, in the dark.</a> Annual Review of Physical Chemistry. 53 (1), 291-318 (2002).</li><li>Torrie, G. M., Valleau, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nonphysical+sampling+distributions+in+monte+carlo+free-energy+estimation:+Umbrella+sampling.">Nonphysical sampling distributions in monte carlo free-energy estimation: Umbrella sampling.</a> Journal of Computational Physics. 23 (2), 187-199 (1977).</li><li>K&#228;stner, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Umbrella+sampling.">Umbrella sampling.</a> Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science. 1 (6), 932-942 (2011).</li><li>Gao, Y. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+integrate-over-temperature+approach+for+enhanced+sampling.">An integrate-over-temperature approach for enhanced sampling.</a> Journal of Chemical Physics. 128 (6), 064105 (2008).</li><li>Yang, L., Gao, Y. 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N., Yang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+QM/MM+sampling+for+free+energy+calculation+of+chemical+reactions:+A+case+study+of+double+proton+transfer.">Enhanced QM/MM sampling for free energy calculation of chemical reactions: A case study of double proton transfer.</a> The Journal of Chemical Physics. 150 (4), 044111 (2019).</li><li>Hu, X., Hu, H., Yang, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> QM4D: an integrated and versatile quantum mechanical/molecular mechanical simulation package (http://www.qm4d.info/). , (2016).</li><li>Jorgensen, W. L., Chandrasekhar, J., Madura, J. D., Impey, R. W., Klein, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+simple+potential+functions+for+simulating+liquid+water.">Comparison of simple potential functions for simulating liquid water.</a> The Journal of Chemical Physics. 79 (2), 926-935 (1983).</li><li>Walewski, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scc-dftb+energy+barriers+for+single+and+double+proton+transfer+processes+in+the+model+molecular+systems+malonaldehyde+and+porphycene.">Scc-dftb energy barriers for single and double proton transfer processes in the model molecular systems malonaldehyde and porphycene.</a> International Journal of Quantum Chemistry. 106 (3), 636-640 (2006).</li><li>Bakowies, D., Thiel, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hybrid+models+for+combined+quantum+mechanical+and+molecular+mechanical+approaches.">Hybrid models for combined quantum mechanical and molecular mechanical approaches.</a> The Journal of Physical Chemistry. 100 (25), 10580-10594 (1996).</li><li>Hu, H., Yang, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+ab+initio+QM/MM+methods+for+mechanistic+simulation+of+reactions+in+solution+and+in+enzymes.">Development and application of ab initio QM/MM methods for mechanistic simulation of reactions in solution and in enzymes.</a> Journal of Molecular Structure: THEOCHEM. 898 (1-3), 17-30 (2009).</li><li>Xie, L., Yang, M., Chen, Z. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Understanding+the+entropic+effect+in+chorismate+mutase+reaction+catalyzed+by+isochorismate-pyruvate+lyase+from+pseudomonas+aeruginosa+(PchB).">Understanding the entropic effect in chorismate mutase reaction catalyzed by isochorismate-pyruvate lyase from pseudomonas aeruginosa (PchB).</a> Catalysis Science, Technology. 9 (4), 957-965 (2019).</li><li>Shibl, M. F., Pietrzak, M., Limbach, H. H., K&#252;hn, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Geometric+H/D+isotope+effects+and+cooperativity+of+the+hydrogen+bonds+in+porphycene.">Geometric H/D isotope effects and cooperativity of the hydrogen bonds in porphycene.</a> ChemPhysChem. 8 (2), 315-321 (2007).</li></ol>

La struttura della porficene è stata mostrata nella Figura 1. Il potenziale ibrido QM/MM di incorporamento elettrostatico con il metodo SITS è stato utilizzato per descrivere le reazioni chimiche nell'acqua23,24. Il trasferimento di protoni avviene all'interno della porfiina3 e quindi la porfissia è impostata come regione QM e l'acqua che ricorda è impostata come regione MM. Qui abbiamo adottato DFTB/MIO c...

Il processo di trasferimento dei protoni nelle porficene ospita potenziali applicazioni nello sviluppo di interruttori molecolari, transistor e dispositivi di archiviazione delle informazioni1,2. In particolare, la tautomerizzazione delle porficene attraverso il processo di trasferimento di doppi protoni ha attirato ampio interesse nei campi della spettroscopia e della fotofisica2. Gli atomi interni di idrogeno di porphycene possono migrare da un isomero trans all'altro isomer trans equivalente attraverso il processo di trasferimento di doppio protoni, come mostrato nella Figura 1. Sono stati proposti due meccanismi per il processo di trasferimento dei doppi protoni: il meccanismo concertato e graduale3,4. Nel processo concertato di trasferimento di due protoni, entrambi gli atomi di protoni si spostano allo stato di transizione in modo sincrono in modo simmetrico, mentre un protone completa il trasferimento prima dell'altro protone in un processo stepwise. Due atomi di idrogeno possono essere trasferiti simultaneamente o passo a seconda della forza di correlazione tra due atomi di idrogeno5.
La sostituzione isotopica è stata utilizzata per rilevare le proprietà strutturali delle molecole e le costanti di frequenza della cinetica di reazione6. La sostituzione di un singolo deuterio nell'idrogeno interno della porficena porta ad una forma asimmetrica della molecola. Il legame di idrogeno può espandersi o contrarsi a causa della differenza di massa tra gli atomi di idrogeno e deuterio. La sostituzione isotopica introduce una perturbazione nell'impalcatura della porfisia. Si pone la questione se la struttura asimmetrica influirebbe sul processo di trasferimento dei protoni. Limbach e colleghi hanno riferito che la sostituzione dell'idrogeno con il deuterio comprimerà entrambi i legami di idrogeno, e l'accoppiamento cooperativo di due legami di idrogeno in porficene può favorire il meccanismo concertato7, mentre Yoshikawa ha dichiarato che la deuterazione renderebbe il meccanismo graduale contribuire più del meccanismo concertato8. Sono state sviluppate tecniche sperimentali, come la spettroscopia a forza, percatturare i dettagli della tautomerizzazione in un'unica porficene 9. Tuttavia, è ancora difficile determinare sperimentalmente i dettagli atomici del trasferimento di protoni a causa della sua natura transitoria.
I calcoli teorici e le simulazioni possono fungere da strumenti complementari per chiarire i meccanismi di reazione del trasferimento dei protoni. Tra i diversi metodi teorici, le simulazioni di dinamiche molecolari (MD) possono monitorare i movimenti dinamici di ogni atomo ed è stato ampiamente utilizzato per rivelare meccanismi complessi nelle reazioni chimiche ed enzimatiche. Tuttavia, le regolari simulazioni di MD tendono a soffrire di problemi di campionamento insufficienti, soprattutto quando nel processo di interesse esiste una barriera ad alta energia. Sono stati pertanto sviluppati metodi di campionamento avanzati, che includono il campionamento del percorso di transizione10,11, il campionamento degli ombrelli (US)12,13e il campionamento di temperatura integrato (ITS)14, 15. La combinazione di diversi metodi di campionamento avanzato può aumentare ulteriormente l'efficienza di campionamento16,17,18. Per sfruttare gli algoritmi di campionamento avanzato nella simulazione delle reazioni chimiche, abbiamo implementato il metodo di campionamento di temprazione selettiva integrata (SITS) con potenziali meccanici e molecolari quantistici (QM/MM) recentemente19. Il metodo SITS-QM/MM proposto combina i vantaggi di entrambi i metodi: il metodo SITS accelera il campionamento e può esplorare tutti i possibili canali di reazione senza una conoscenza preliminare del meccanismo di reazione, e QM/MM fornisce una descrizione più accurata di il processo di formazione del legame e rottura del legame, che non può essere simulato solo con i metodi MM. L'approccio SITS-QM/MM implementato ha scoperto con successo un trasferimento di doppio protone concertato, non correlato e correlato meccanismo di trasferimento di due protoni stepwise in diversi sistemi, senza predefinire le coordinate di reazione19. Per la porfissia, il carattere di trasferimento di protoni graduale ma correlato è stato riportato19. Il metodo ibrido SITS-QM/MM è stato utilizzato per studiare l'effetto isotopico in porficene nel nostro studio, e di seguito sono riportate le descrizioni dettagliate dell'algoritmo e del protocollo del nostro metodo.
Abbiamo implementato il metodo SITS con potenziali ibridi QM/MM. Il potenziale effettivo di SITS è stato definito per includere l'energia potenziale a temperature diverse con i fattori di ponderazione nk per coprire intervalli di temperatura più ampi,
<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/60040/60040equ01.jpg">
dove, N è il numero di termini canonici, k è la temperatura inversa, e nk è il fattore di ponderazione corrispondente per ogni componente canonico. UE (R) e UN(R) rappresentano i termini avanzati e non migliorati in SITS e sono definiti come,
<img alt="Equation 2" src="/files/ftp_upload/60040/60040equ02.jpg">
U s, Use e e sono l'energia potenziale del sottosistema, l'interazione tra il sottosistema e l'ambiente e l'energia potenziale dell'ambiente. Il potenziale QM/MM è espresso come una somma ibrida di tre componenti,
<img alt="Equation 3" src="/files/ftp_upload/60040/60040equ03.jpg">
dove Uqm, Uqm/mme Umm sono rispettivamente il termine energetico interno del sottosistema QM, l'energia di interazione tra le regioni QM e MM e l'energia di interazione all'interno del sottosistema MM. Il termine Uqm/mm può essere ulteriormente suddiviso in tre componenti, tra cui i termini di energia elettrostatici, van der Waals e di interazione covalente tra gli atomi QM e MM,
<img alt="Equation 4" src="/files/ftp_upload/60040/60040equ04.jpg">
Assegniamo <img alt="Equation 5" src="/files/ftp_upload/60040/60040equ05.jpg"> </img> <img alt="Equation 6" src="/files/ftp_upload/60040/60040equ06.jpg"> , e in un termine Us in SITS,
<img alt="Equation 7" src="/files/ftp_upload/60040/60040equ07.jpg">
Il pieno potenziale del sistema è stato poi scomposto nell'energia del sottosistema U s, l'energia di interazione tra il sottosistema e l'ambiente Use, e l'energia dell'ambiente Ue. Ad esempio, nel sistema del lavoro attuale, il sottosistema è la porfita e l'ambiente l'acqua.
Il profilo PMF lungo una variabile collettiva (R) è derivato come,
<img alt="Equation 8" src="/files/ftp_upload/60040/60040equ08.jpg">
Le coordinate di reazione generalmente utilizzate perogni trasferimento di idrogeno di N1 N2 sono q1 (r1) / 2 e q2 , r1 , dove sono1 è la distanza di N1-H1 e r2 è la distanza di H1-N2.
Il metodo è stato implementato nel pacchetto di simulazione QM/MM MD QM4D20. Il codice sorgente completo e la documentazione sono disponibili qui: http://www.qm4d.info/.
In generale, le simulazioni SITS-QM/MM MD prevedono quattro fasi: pre-equilibrio (pre-sidice); ottimizzazione nk (opt-siits); simulazione di produzione e analisi dei dati.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>operating system</td>
			<td>CentOS Linux release 6.0</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QM4D software</td>
			<td>http://www.qm4d.info/</td>
			<td></td>
			<td>in-house program</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Computer desktop</td>
			<td>HP</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

isotopic effect in double proton transfer process of porphycene investigated by enhanced qm/mm method

La sostituzione del singolo deuterio in porficene porta ad una geometria molecolare asimmetrica, che può influenzare il processo di trasferimento del doppio protone nella molecola di porficene. In questo studio, abbiamo applicato un metodo QM/MM migliorato chiamato SITS-QM/MM per studiare gli effetti dell'isotopo idrogeno/deuterio (H/D) sul doppio trasferimento di protoni nella porficene. I cambiamenti di distanza nelle simulazioni di dinamiche molecolari SITS-QM/MM hanno suggerito che il deuterio sostituito porphycene ha adottato il meccanismo di trasferimento del doppio protone stepwise. L'analisi strutturale e gli spostamenti di energia libera del processo di trasferimento dei doppi protoni hanno indicato che la sostituzione isotopica asimmetrica ha compresso sottilmente i legami di idrogeno covalenti e può alterare la posizione dello stato di transizione originale.

L'effetto di sostituzione del singolo deuterio sul processo di trasferimento del doppio protone nella porfissia è stato esaminato nel protocollo attuale (Figura 1). L'energia potenziale del sottosistema QM e dell'acqua durante la fase di pre-equilibrio e ottimizzazione è stata controllata per assicurarsi che l'energia sia stata ampliata ad una più ampia gamma di energia (Figura2). La distanza rappresentativa e le variazioni di angolo (Figura<strong class="xfi...

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Isotopic Effect in Double Proton Transfer Process of Porphycene Investigated by Enhanced QM/MM Method

Un protocollo che utilizza un metodo QM/MM migliorato per studiare l'effetto isotopico sul processo di trasferimento di due protoni in porficene è presentato qui.

Effetto isotopico nel processo di trasferimento di doppio protone di porficene indagato dal metodo QM/MM migliorato

The single deuterium substitution in porphycene leads to an asymmetric molecular geometry, which may affect the double proton transfer process in the ...

Un metodo QM/MM avanzato supera semplici problemi nella normale simulazione QM/MM. Il metodo Six QM/MM accelera l'assemblaggio selezionato per la regione QM e può catturare le vie di reazione chimica che si traducono nella definizione della coordinata di reazione. Con questo protocollo, abbiamo catturato con successo un percorso di reazione chimica di doppio trasferimento di protoni e un rivelare un effetto di sostituzione del deuterio su un meccanismo di trasferimento di provenienza in acqua.Il protocollo può essere utilizzato per esplorare l'alogeno o la nostra sostituzione del deuterio nell'identificazione termica nella scoperta di farmaci. Il vantaggio principale del metodo Six QM / MM è che, non ne abbiamo bisogno per definire la coordinata di reazione della salamoia o introdurre un dispositivo per la via di reazione chimica quando esploriamo il meccanismo di reazione. ci permettono di identificare possibili vie di reazione che da reagire.Il metodo che può essere utilizzato ed esteso a un metodo QM di alto livello e potrebbe diventare uno strumento importante per indagare il meccanismo di reazione per la reazione chimica in soluzione. Per iniziare questa procedura, avviare le impostazioni predefinite impostando runtype come 100, temp0 come 300, templow come 260, temphigh come 1300 e passaggio come 120.000 nel file di input. Quindi, rilasciare il comando appropriato come mostrato qui.Durante la fase preimpostata, monitorare l'energia di ogni termine per calcolare i valori medi. Usa i comandi grep Linux per estrarre l'energia. Per modificare le energie medie nel file di input md, calcolare le energie medie in base all'output della riga di comando precedente e modificare la linea v-shift nel file di input con le medie appena generate.Avviare gli offset nel programma QM4D digitando il comando per avviare il passaggio di ottimizzazione. Quindi, collegare la propagazione dell'energia con il programma di tolleranza e assicurarsi che la fluttuazione dell'energia possa coprire le estremità più basse e più alte dell'intervallo di temperatura. Dopo l'ottimizzazione, salvate i valori nk finali del passo di offset in un nuovo file denominato nk.dat in questo protocollo. Per preparare il file di input md, impostare runtype come uno nel nuovo file di input per avviare il passaggio delle simulazioni di produzione. Specificate il nome del file con il file nk memorizzato come nkfile nk.dat nel file di input. Il numero di passaggi di tempo è stato fissato come 6.400.000 nei sistemi attuali. Il contatore di simulazione dipende dal sistema, quindi modificare la statistica di simulazione in base alla domanda specifica.Selezionare un numero corretto di passaggio di tempo da utilizzare per la transizione marginale tra stati diversi per il proprio sistema. Inizializzare la produzione in queste simulazioni, emettendo il comando appropriato per avviare simulazioni MD. Per monitorare il processo di formatura e rottura del legame durante la fase di produzione, utilizzare il comando grep per controllare le variazioni di distanza di H1N1 e H1N2 lungo il tempo di simulazione.La stessa operazione può essere condotta per H2N3 e H2N4. Quindi, collegare la propagazione della distanza utilizzando il valore di distanza accumulato durante le simulazioni della produzione. Estrarre le coordinate di reazione e i termini energetici dal file di output di produzione generato da QM4D dal comando grep.Organizzare i dati in quattro colonne e scriverli nel file di dati in ogni intervallo di tempo. Calcola l'energia libera emettendo il comando appropriato. Infine, per proiettare l'energia libera sul paesaggio bidimensionale, digitare il comando appropriato.L'effetto di sostituzione del deuterio singolo sul doppio processo di trasferimento protonico nel porficene è stato esaminato nel protocollo attuale. L'energia potenziale del sottosistema QM e l'acqua durante le fasi di pre-equilibrio e ottimizzazione sono state controllate per assicurarsi che l'energia della regione QM fosse stata ampliata a una gamma di energia più ampia, senza effettuare l'energia dell'ambiente. I cambiamenti rappresentativi di distanza e angolo, e i cambiamenti di energia libera proiettati sono stati utilizzati per caratterizzare l'effetto di sostituzione del deuterio sulla geometria e sul processo di trasferimento protonico del porficene.Il metodo Six QM/MM ottiene un assemblaggio migliorato nello spazio energetico. La gamma di concentrazioni specificata dovrebbe conseguire un ampliamento della distribuzione dell'energia. Questo metodo non solo cattura la parte superiore del canale di reazione che hai può trasferire, ma ha anche il potenziale di identificare i prodotti di reazione dagli stati di reazione normali derivanti dal meccanismo di reazione.Questo protocollo funge da punto di partenza per indagare i meccanismi di reazione chimica in un ambiente condensato. I metodi QM di livello superiore possono essere facilmente combinati con il metodo Six QM /MM per esplorare sistemi più complessi in futuro.

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Phosphoinositides (PtdInsPs) are essential signaling lipids responsible for recruiting specific effectors and conferring organelles with molecular ...

Characterization, Quantification and Compound-specific Isotopic Analysis of Pyrogenic Carbon Using Benzene Polycarboxylic Acids (BPCA)

Characterization, Quantification and Compound-specific Isotopic Analysis of Pyrogenic Carbon Using Benzene Polycarboxylic Acids BPCA

Caratterizzazione, quantificazione e specifici Compound isotopica analisi di Pirogenica di carbonio utilizzando Benzene Polycarboxylic Acidi (BPCA)

Fire-derived, pyrogenic carbon (PyC), sometimes called black carbon (BC), is the carbonaceous solid residue of biomass and fossil fuel combustion, such as ...

Determination of Carbonyl Functional Groups in Bio-oils by Potentiometric Titration: The Faix Method

Determinazione del carbonile gruppi funzionali in Bio-oli da potenziometrica Titolazione: Il Metodo Faix

Carbonyl compounds present in bio-oils are known to be responsible for bio-oil property changes upon storage and during upgrading. Specifically, carbonyls ...

Photoelectron Imaging of Anions Illustrated by 310 Nm Detachment of F&#8722;

Photoelectron Imaging of Anions Illustrated by 310 Nm Detachment of FÃƒÆ’Ã‚Â¢Ãƒâ€¹Ã¢â‚¬Â '

Imaging di fotoelettroni di anioni illustrato da 310 Nm distaccamento di F−

Anion photoelectron imaging is a very efficient method for the study of energy states of bound negative ions, neutral species and interactions of unbound ...

Synthesis of Soft Polysiloxane-urea Elastomers for Intraocular Lens Application

Sintesi degli elastomeri molli polisilossano-urea per applicazione di lente intraoculare

This study discusses a synthesis route for soft polysiloxane-based urea (PSU) elastomers for their applications as accommodating intraocular lenses ...

Niobium Oxide Films Deposited by Reactive Sputtering: Effect of Oxygen Flow Rate

Pellicole dell'ossido di Niobium depositate da Sputtering reattivo: Effetto del flusso di ossigeno

Reactive sputtering is a versatile technique used to form compact films with excellent homogeneity. In addition, it allows easy control over deposition ...

Automated Sample Multiplexing by using Combined Precursor Isotopic Labeling and Isobaric Tagging (cPILOT)

Automated Sample Multiplexing by using Combined Precursor Isotopic Labeling and Isobaric Tagging cPILOT

Multiplexing di campioni automatizzato utilizzando l'etichettatura isotopica precursore combinata e il tagging isobarico (cPILOT)

We have introduced a high throughput quantitative proteomics workflow, combined precursor isotopic labeling and isobaric tagging (cPILOT) capable of ...