Name: ion mobility-mass spectrometry techniques for determining the structure and mechanisms of metal ion recognition and redox activity of metal binding oligopeptides
Uploaded: 2019-09-07T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Ion Mobility-Mass Spectrometry Techniques for Determining the Structure and Mechanisms of Metal Ion Recognition and Redox Activity of Metal Binding Oligopepti

Bu materyal, 1764436, NSF enstrüman desteği (MRI-0821247), Welch Vakfı (T-0014) ve Enerji Bakanlığı (TX-W-20090427-0004-50) ve L3 Communications'ın bilgi işlem kaynakları altında Ulusal Bilim Vakfı tarafından desteklenen çalışmalara dayanmaktadır. . Biz California Üniversitesi Bower grubu teşekkür ederiz - Santa Barbara Sigma programı ve Ayobami Ilesanmi video tekniği göstermek için paylaştığı için.

1. Reaktiflerin hazırlanması
<ol><li>Kültür Methylosinus trichosporium OB3b, Cu(I)-free mb-OB3b18,22,23,dondurma-kuru örnek ve kullanılabilir hale gelene kadar -80 °C'de saklayın.</li>
	<li>Amb peptidleri sentezleyin (>amb1için %98 saflık , amb2, amb4; >amb 7 için%70saflık), numuneleri dondurup kurutun ve kullanıma kadar -80 °C'de saklayın.</li>
	<li>Satın al...

Kritik adımlar: ESI-IM-MS ile inceleme için çözüm fazı davranışlarının muhafaza edilmesi Peptidlerin stokiyometrisini, şarj durumunu ve konformasyonel yapısını korumak için yerli ESI enstrümantal ayarları kullanılmalıdır. Yerel koşullar için, KONI gerilimleri, sıcaklıklar ve gaz akışları gibi ESI kaynağındaki koşulların optimize edilmesi gerekir. Ayrıca, kaynak, tuzak, iyon hareketliliği ve transfer dalgalarındaki (özellikle IM hücresine enjeksiyon gerilimini kontro...

Bakır ve çinko iyonları canlı organizmalar için gereklidir ve oksidatif koruma, doku büyümesi, solunum, kolesterol, glikoz metabolizması ve genom okuma1dahil olmak üzere süreçler için çok önemlidir. Bu işlevleri etkinleştirmek için, Cys thiolate gibi gruplar, Onun imidazol, Onun2,3,(daha nadiren) metiyonin tiyoteter, ve Glu ve Asp karboksiat seçici aktif sitelere kofaktör olarak metaller dahil metalloenzimler. Bu koordinasyon gruplarının benzerliği, His ve Cys ligandlarının doğru işleyişi sağlamak için Cu(I/II) veya Zn(II) ile nasıl seçici olarak birleştirirler konusunda ilginç bir soru doğurmaktadır.
Seçici bağlama genellikle Zn(II) veya Cu(I/II) iyonkonsantrasyonlarınıkontrol eden peptidlerin elde edilmesi ve ticareti ile gerçekleştirilir 4. Cu(I/II) son derece reaktiftir ve enzimlere oksidatif hasara veya adventif bağlanmaya neden olur, bu nedenle serbest konsantrasyonu bakır şaperonlar ve bakır düzenleyici proteinler tarafından sıkı bir şekilde düzenlenir ve onu hücredeki çeşitli yerlere güvenli bir şekilde taşır ve sıkıca homeostaz isikontrol 5,6. Bakır metabolizması veya homeostaz bozulması doğrudan Menkes ve Wilson hastalığı7 yanı sıra kanserler7 ve nöral bozukluklar, prion8 ve Alzheimerhastalığı9 gibi karıştığı 9 .
Wilson hastalığı gözlerde artan bakır düzeyleri ile ilişkilidir, karaciğer ve beynin bölümleri, Cu redoks reaksiyonları reaktif oksijen türleri üretir nerede(I/II) reaktif oksijen türleri üretir, hepatolentiküler ve nörolojik dejenerasyona neden. Mevcut şelasyon tedavileri küçük tiyol amino asit penicillamine ve triethylenetetramine vardır. Alternatif olarak, metanotrofik bakır edinimi peptidler methanobactin (mb)10,11 cu (I)12için yüksek bağlayıcı yakınlık nedeniyle tedavi potansiyeli sergiler. Methylosinus trichosporium OB3b gelen metanobactin (mb-OB3b) Wilson hastalığının bir hayvan modeli nde incelendiğinde, bakır verimli karaciğer den çıkarıldı ve safra13ile atılır . In vitro deneyler mb-OB3b karaciğer sitosol bulunan bakır metallothionein bakır chelate olabileceğini doğruladı13. Lazer ablasyon endüktif plazma kütle spektrometresi görüntüleme teknikleri Wilson hastalığı karaciğer örneklerinde bakır mekansal dağılımı araştırılmış14,15,16 ve mb-OB3b gösterdi bakırı sadece 8 gün17kısa tedavi süreleri ile temizler.
Mb-OB3b ayrıca Ag(I), Au(III), Pb(II), Mn(II), Co(II), Fe(II), Ni(II) ve Zn(II)18,19gibi diğer metal iyonlarıyla da bağlanacaktır. Fizyolojik Cu(I) bağlama alanı için rekabet Ag(I) tarafından sergilenmektedir, çünkü cu(I) mb-OB3b kompleksinden yerinden edebilir, hem Ag(I) hem de Ni(II) aynı zamanda Cu(I)19tarafından yerinden edilemeyen Mb'ye geri dönüşü olmayan bir bağlanma gösterir. Son zamanlarda, 2His-2Cys bağlayıcı motifi ile alternatif metanobactin (amb) oligopeptidler bir dizi incelenmiştir20,21, ve onların Zn(II) ve Cu (I/II) karakterize bağlama özellikleri. Birincil amino asit dizileri benzerdir ve hepsi 2His-2Cys motifi, Pro ve asetillenmiş N-terminus içerir. 2His-2Cys motifi mb-OB3b'nin iki enethiol oxazolone bağlama yerinin yerini aldığı için esas olarak mb-OB3b'den farklıdırlar.
Elektrosprey iyonizasyoniyoniyonizasyon iyon hareketlilik-kütle spektrometresi (ESI-IM-MS) ile birleştiğinde peptidlerin metal bağlayıcı özelliklerini belirlemek için güçlü bir araçtekniği sağlar, çünkü kütle-yük(m/z) ve çarpışmayı ölçer. çözelti fazından kütle, yük ve konformasyonel şekillerini muhafaza ederken kesit (CCS). m/z ve CCS peptidler stokiyometri, protonasyon durumu ve konformasyonel şekil ile ilgilidir. Stokiyometri, türde bulunan her elementin kimliği ve sayısı açıkça belirlendiği için belirlenir. Peptit kompleksinin genel yükü asidik ve bazik alanların protonlanma durumu ve metal iyonun oksidasyon durumu ile ilgilidir. CCS, kompleksin üçüncül yapısıyla ilgili dönme ortalama boyutunu ölçtebildiği için peptit kompleksinin konformasyonel şekli hakkında bilgi verir. Kompleksin genel yük durumu da pH bir fonksiyonudur ve karboksil gibi deprotonated temel veya asidik siteler, His, Cys ve Tyr da metal iyon için potansiyel bağlayıcı siteleri olduğu için peptid metal iyon bağlayıcı afinite etkiler. Analizler için, peptit ve metal iyon seyreltik sulu asetik asit veya amonyum hidroksit tarafından ayarlanmış pH ile sulu çözeltiler halinde hazırlanır. Bu, peptid için pH bağımlılığının ve metal iyon seçiciliğinin belirlenmesini sağlar. Ayrıca, ESI-IM-MS tarafından belirlenen m/z ve CCS, kompleksin metal iyon koordinasyonu ve üçüncül yapısını keşfetmek için B3LYP/LanL2DZ moleküler modelleme ile kullanılabilir. Bu makalede gösterilen sonuçlar, ESI-IM-MS'in bir dizi bir set peptidin seçici şelat performansını nasıl karakterize ettiğini ve bunları bakır bağlayıcı peptid mb-OB3b ile nasıl karşılaştırabileceğini ortaya koymaktadır.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>acetonitrile HPLC-grade</td>
			<td>Fisher Scientific (www.Fishersci.com)</td>
			<td>A998SK-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ammonium hydroxide (trace metal grade)</td>
			<td>Fisher Scientific (www.Fishersci.com)</td>
			<td>A512-P500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cobalt(II) chloride hexahydrate 99.99%</td>
			<td>Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com)</td>
			<td>255599-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>copper(II) chloride 99.999%</td>
			<td>Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com)</td>
			<td>203149-10G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>copper(II) nitrate hydrate 99.99%</td>
			<td>Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com)</td>
			<td>229636-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>designed amb1,2,3,4,5,6,7 peptides</td>
			<td>Neo BioLab (neobiolab.com)</td>
			<td></td>
			<td>designed peptides were synthized by order</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>designed amb5B,C,D,E,F peptides</td>
			<td>PepmicCo (www.pepmic.com)</td>
			<td></td>
			<td>designed peptides were synthized by order</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Driftscope 2.1 software program</td>
			<td>Waters (www.waters.com)</td>
			<td></td>
			<td>software analysis program</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Freeze-dried, purified, Cu(I)-free mb-OB3b</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>cultured and isolated in the lab of Dr. DongWon Choi (Biology Department, Texas A&#38;M-Commerce)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>glacial acetic acid (Optima grade)</td>
			<td>Fisher Scientific (www.Fishersci.com)</td>
			<td>A465-250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iron(III) Chloride Anhydrous 98%+</td>
			<td>Alfa Aesar (www.alfa.com)</td>
			<td>12357-09</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>lead(II) nitrate ACS grade</td>
			<td>Avantor (www.avantormaterials.com)</td>
			<td>128545-50G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>manganese(II) chloride tetrahydrate 99.99%</td>
			<td>Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com)</td>
			<td>203734-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassLynx 4.1</td>
			<td>Waters (www.waters.com)</td>
			<td></td>
			<td>software analysis program</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>nickel chloride hexahydrate 99.99%</td>
			<td>Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com)</td>
			<td>203866-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>poly-DL-alanine</td>
			<td>Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com)</td>
			<td>P9003-25MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>silver nitrate 99.9%+</td>
			<td>Alfa Aesar (www.alfa.com)</td>
			<td>11414-06</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waters Synapt G1 HDMS</td>
			<td>Waters (www.waters.com)</td>
			<td></td>
			<td>quadrupole - ion mobility- time-of-flight mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>zinc chloride anhydrous</td>
			<td>Alfa Aesar (www.alfa.com)</td>
			<td>A16281</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

ion mobility-mass spectrometry techniques for determining the structure and mechanisms of metal ion recognition and redox activity of metal binding oligopeptides

Elektrosprey iyonizasyonu (ESI), kütlesini, genel yükünü, metal bağlayıcı etkileşimlerini ve konformasyonel şeklini muhafaza ederken bir sulu faz peptid veya peptit kompleksini gaz fazına aktarabilir. IYON hareket-kütle spektrometresi (IM-MS) ile kaplin ESI, bir peptitin kütle-şarj (m/z) ve çarpışma kesitinin (CCS) eşzamanlı olarak ölçülmesine olanak tanıyan ve stokiyometrisi, protonasyon durumu ile ilgili enstrümental bir teknik sağlar. ve konformasyonel şekil. Bir peptit kompleksinin genel yükü 1) peptidin asidik ve bazik bölgeleri ve 2) metal iyonun oksidasyon durumu ile kontrol edilir. Bu nedenle, bir kompleksin genel yük durumu peptidler metal iyon bağlama afinitesini etkileyen çözeltinin pH fonksiyonudur. ESI-IM-MS analizleri için, peptit ve metal iyonları çözeltileri sadece sulu çözeltilerden hazırlanır ve pH seyreltik sulu asetik asit veya amonyum hidroksit ile ayarlanır. Bu, pH bağımlılığı ve metal iyon seçiciliğinin belirli bir peptid için belirlenmesini sağlar. Ayrıca, bir peptid kompleksinin m/z ve CCS'si B3LYP/LanL2DZ moleküler modelleme ile metal iyon koordinasyonu ve kompleksin üçüncül yapısının bağlayıcı bölgelerini ayırt etmek için kullanılabilir. Sonuçlar, ESI-IM-MS'in bir dizi alternatif metanobakin peptidin seçici şelatif performansını nasıl karakterize ettiğini ve bakır bağlayıcı peptid metanobakin ile karşılaştırabileceğini göstermektedir.

amb1 metal bağlama Amb1'in 20 IM-MS çalışması(Şekil 1A)hem bakır hem de çinko iyonlarının pH'ya bağlı bir şekilde amb1'e bağlı olduğunu göstermiştir(Şekil 2). Ancak bakır ve çinko farklı koordinasyon bölgelerinde farklı reaksiyon mekanizmaları ile amb1'e bağlanır. Örneğin, Cu(II) amb1'e eklenmesi disülfit köprü oluş...

Watch this Scientific Journal Video about Ion Mobility-Mass Spectrometry Techniques for Determining the Structure and Mechanisms of Metal Ion Recognition and Redox Activity of Metal Binding Oligopepti

Ion Mobility-Mass Spectrometry Techniques for Determining the Structure and Mechanisms of Metal Ion Recognition and Redox Activity of Metal Binding Oligopeptides

Iyon hareketlilik-kütle spektrometresi ve moleküler modelleme teknikleri, tasarlanmış metal bağlayıcı peptidlerin ve bakır bağlayıcı peptid metanobakinin seçici metal şelat performansını karakterize edebilir. Metal şelat peptidler yeni sınıflar geliştirilmesi metal iyon dengesizliği ile ilişkili hastalıklar için terapötik yol yardımcı olacaktır.

Metal Bağlama Oligopeptidlerinin Yapısı ve Mekanizmalarının Belirlenmesinde Iyon Hareketliliği-Kütle Spektrometresi Teknikleri ve Metal Bağlayıcı Oligopeptidlerin Redoks Aktivitesi

Electrospray ionization (ESI) can transfer an aqueous-phase peptide or peptide complex to the gas-phase while conserving its mass, overall charge, ...

İyon hareketliliği kütle spektrometresi veya IM-MS, pH'ya bağlı redoks ve peptidlerin metil bağlama reaksiyonundan çeşitli ürün iyonlarını tanımlar. Üçüncül yapılarının moleküler modellemesi ile metal korelasyonları belirlenebilir. IM-MS, ürün iyonlarının her birini çözebilir ve aynı anda kütle-şarj ve varış sürelerini ölçerek ve stokiyometrileri, protonasyon durumları ve konformasyonel yapıları ile ilgili olarak moleküler bileşimlerini belirleyebilir.Metal şelat peptidler sınıfları geliştirme metal iyon dengesizliği ile ilişkili hastalıklar için terapötik yol yardımcı olacaktır, Menkes ve Wilson hastalığı gibi, kanserler, ve Alzheimer hastalığı. Başlamak için, ESI giriş tüp ve iğne kılcal iyice yaklaşık 500 mikrolitre 0.1 molar buzul asetik asit, 0.1 molar amonyum hidroksit ve son olarak, deiyonize su ile temizleyin. 10 ppm poli-DL-alanin çözeltisinin negatif ve pozitif iyon IM-MS spektrumlarını her biri 10 dakika boyunca toplamak için metin protokolünde açıklandığı gibi yerel ESI-IM-MS koşullarını kullanın.Pipet 200.0 mikrolitre 0.125 milimolar alternatif metanobactin, veya amb çözeltisi, bir içine 1.7 mililitre flakon. 500 mikrolitre deiyonize su ile seyreltin ve çözeltiyi iyice karıştırın. 1,0 molar asetik asit çözeltisi 50 mikrolitre ekleyerek numunenin pH'ını 3,0'a ayarlayın.PH ayarlı numuneye 0,125 milimolar metal iyonun 200,0 mikrolitresini ekleyin. Daha sonra, numunenin 1,00 mililitrelik son hacmini elde etmek için deiyonize su ekleyin. Iyice karıştırın ve örnek oda sıcaklığında 10 dakika boyunca dengelemek için izin verin.Künt bir burun şırıngası kullanarak, numunenin 500 mikrolitresini alın ve negatif ve pozitif iyon ESI-IM-MS spektrumlarını her biri beş dakika toplayın. Kalibre edilmiş mikro pH elektrotunu kullanarak son pH'ını kaydetmek için numunenin kalan 500 mikrolitresini kullanın. Yeni hacimlerde asetik asit veya amonyum hidroksit çözeltisi ekleyerek pH'ı dört, beş, altı, yedi, sekiz, dokuz veya 10'a ayarlamak dışında bu adımları yineleyin.Ortaya çıkan çözeltilerin negatif ve pozitif iyon ESI-IM-MS spektrumlarını her biri 10 dakika toplayın. IM-MS spektrumlarından, alternatif metanobakinin hangi yüklü türlerinin teorik kütleden yüke izotop desenleriyle eşleştirerek mevcut olduğunu belirleyin. Bunu yapmak için MassLynx'i açın ve Kromatogram penceresini açmak için Kromatogram'ı tıklatın.IM-MS veri dosyasını bulmak ve açmak için Dosya menüsüne gidin ve Açın. IM-MS spektrumuna sağ tıklayarak, kromatogramı sürükleyerek ve serbest bırakarak ayıklayın. Spektrum penceresi, IM-MS spektrumu gösteren açılacaktır.Spektrum penceresinde, Araçlar ve Izotop Modeli'ni tıklatın. Izotop modelleme penceresinde, amb türünün moleküler formülünü girin, Yüklü iyon kutusunu Göster'i işaretleyin ve şarj durumuna girin. Tamam'ı tıklatın. IM-MS spektrumundaki tüm türleri tanımlamak ve kütleden şarja izotop aralıklarını kaydetmek için bu işlemi tekrarlayın.Her amb türü için, herhangi bir rastlantısal kütleden şarja türü ayırın ve onları tanımlamak için kütleden şarja izotop desenlerini kullanarak varış zaman dağılımlarını veya ATD'leri ayıklayın. DriftScope'u açın ve IM-MS veri dosyasını bulup açmak için Dosya ve Aç'a tıklayın. Fareyi ve sol tıklatmayı kullanarak amb türünün topluizotop desenini yakınlaştırın.Izotop deseni seçmek için Seçim Aracı'nı ve sol fare düğmesini kullanın. Geçerli seçimi kabul et düğmesini tıklatın. Herhangi bir rastlantısal kütleden şarjtürü ayırmak için, amb türünün izotop deseniyle hizalanmış ATD saatini seçmek için Seçim Aracı'nı ve sol fare düğmesini kullanın.Geçerli seçimi kabul et düğmesini tıklatın. ATD'yi dışa aktarmak için, File'a gidin, MassLynx'e aktarın. Ardından Drift Süresini Koru'yu seçin ve dosyayı uygun klasöre kaydedin.MassLynx'in Kromatogram penceresinde, kaydedilen dışa aktarılan dosyayı açın. İşleme'yi tıklatın, menüden Tümleştir'i tıklatın, ApexTrack Peak Tümleştirme kutusunu işaretleyin ve Tamam'ı tıklatın. CENTroid'i ve ATD'nin entegre alanını kaydedin. Tüm kaydedilmiş amb ve poli-DL-alanine IM-MS veri dosyaları için bu işlemi tekrarladıktan sonra, her titrasyon noktasındaki pozitif veya negatif iyonların tüm çıkarılan amb türleri için entegre ATD'yi kullanarak göreceli bir yüzde ölçeğine normalleştirin.Bunu yapmak için, amb türlerinin kimliklerini ve her pH'daki entegre ATD'lerini bir elektronik tabloya girin. Her pH için, tek tek amb türlerinIN ATD'sini yüzde ölçeğine göre normalleştirmek için tümleşik ATD'lerin toplamını kullanın. Her amb türün pH'a karşı yüzde yoğunluklarını çizin, her türün popülasyonunun pH'ın bir fonksiyonu olarak nasıl değiştiğini gösterin.Bir elektronik tablo kullanarak, helyum tampon gazı ile ölçülen poli-DL-alanin negatif ve pozitif iyonların çarpışma kesitlerini düzeltilmiş çarpışma kesitlerine dönüştürün. Daha sonra, poli-DL-alanine kalirantların ve amb türlerinin ortalama varış sürelerini sürüklenme sürelerine dönüştürün. Poly-DL-alanine calibrants'ın sürüklenme sürelerini düzeltilmiş çarpışma kesitlerine karşı takın.Daha sonra, en az karereyon sığması kullanarak, A asal ve b değerlerini belirleyin, asal sıcaklık, basınç ve elektrik alan parametreleri için düzeltme ve B IM aygıtının doğrusal olmayan etkisini telafi eder. Bu A asal ve B değerlerini santrifüj zaman değeri ile kullanarak, düzeltilmiş çarpışma kesitlerini ve bunların çarpışma kesitlerini belirleyin. Bu yöntem, gaussview ile Gaussian kullanarak yaklaşık% 2 tahmini mutlak hataları ile peptid türleri için çarpışma kesitleri sağlar, ve teori B3LYP LanL2DZ düzeyi, gözlenen kitle-şarj bir tür koordinasyon tüm olası türleri için geometri optimize conformers bulmak.B3LYP LanL2DZ teori düzeyi Becke üç çevre hibrid fonksiyonel, Dunning temel seti ve elektron çekirdek potansiyelleri oluşur. Gaussian çıkış dosyasından optimize edilmiş kondiktörlerin her birinin termokimyasal analizlerini ayıklayın ve Sigma programından iyon ölçekli Lennard-Jones yöntemini kullanarak teorik çarpışma kesitlerini hesaplayın. En düşük serbest enerji konforbazından, im-MS ölçülen çarpışma kesiti ile aynı fikirde olan Lennard-Jones çarpışma kesitini hangi conformer'ın sergilediğini belirleyin.Bu işlem, deneyde gözlenen konforyanlar için üçüncül yapıyı ve koordinasyon türünü tanımlar. Moleküler modelleme farklı metal şelat siteleri, cis ve trans peptit bağları, tuz köprüleri, hidrojen yapıştırma ve pi-katyon etkileşimleri ile konfordanların serbest enerji ve çarpışma kesitlerinin karşılaştırılmasını gerektirir. Alternatif metanobactin bir IM-MS çalışma pH bağımlı bir şekilde hem bakır ve çinko iyonları şelite gösterdi, ancak farklı reaksiyon mekanizmaları ve koordinasyon siteleri aracılığıyla.Çinko(II)'nin altıdan büyük bir pH'ında, öncelikle çinko(II)'nin iki imidazol ve iki tiyatril tarafından tetrahedrally koordine edildiğini gösteren tek bir negatif yüklü kompleks oluşturduğu gözlendi. Bakır(II)bağlama bir disülfür köprü oluşturan tiyoller eşlik etti. Altıdan büyük bir pH'da, tek negatif yüklü bakır(II)kompleksi oluşmuştur, bu da imidazol ve iki deprotonated amid azotunun bakırı koordine ettiğini gösteren(II)Ancak, pH altının altında, bakır(II) ekleyerek, aynı zamanda tek pozitif yüklü bakır(I)kompleksini ve pH altının üzerindeki tek pozitif yüklü bakır(II)kompleksini oluşturmuştur.Amb 2 ve amb four im-MS çalışmaları da bakır reaksiyonları inter-veya intramoleküler disülfür köprü, bakır (I)veya bakır (II) iyonları sayısı ve pH bir fonksiyonu olarak değişti deprotonasyon siteleri sayısı farklı ürünler verdiğini göstermektedir. Moleküler modelleme ile IM-MS sonucu alternatif metanodikinler tiyolit, imidazoller ve karboksiat grupları ile üç bakır (I) iyonları kadar koordine olabileceğini gösterdi. IM-MS enstrümantal ayarları, metinde açıklandığı gibi peptidlerin stoiyometrisini, yük dağılımlarını ve konformasyonel yapılarını korumak için dikkatle seçilmelidir.Aspartik asitte tirozin gibi metal koordinasyonunu etkileyecek daha geniş bir boyut aralığının birleşimi, yapı ve fonksiyon arasındaki ilişkinin daha iyi anlaşılmasını sağlayacaktır. Moleküler modelleme ile IM-MS proteinlerin konformasyonel yapılarını belirlemek için kristalografi ve NMR spektroskopihızlandırmak için alternatif teknikler haline gelmiştir, DNA, lipidler, ve kompleksleri.

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Chemistry

Atoms and Elements

SCIENTISTS IN ACTION

Structure and Coordination Determination of Peptide-metal Complexes Using 1D and 2D 1H NMR

Structure and Coordination Determination of Peptide-metal Complexes Using 1D and 2D 1H NMR

Copper (I) binding by metallochaperone transport proteins prevents copper oxidation and release of the toxic ions that may participate in harmful redox ...

Anticancer Metal Complexes: Synthesis and Cytotoxicity Evaluation by the MTT Assay

MTT deneyi ile sentez ve Sitotoksisite Değerlendirilmesi: Anticancer Metal Kompleksleri

Titanium (IV) and vanadium (V) complexes are highly potent anticancer agents. A challenge in their synthesis refers to their hydrolytic instability; ...

Analyzing the Photo-oxidation of 2-propanol at Indoor Air Level Concentrations Using Field Asymmetric Ion Mobility Spectrometry

2-propanol iç hava düzey konsantrasyonlarda alan asimetrik iyon mobilite spektrometresi kullanılarak fotoğraf oksidasyonunu analiz

We demonstrate a versatile protocol to be used for determining the effectiveness of photocatalysts in degrading indoor air concentration (ppb) volatile ...

Determining the Chemical Composition of Corrosion Inhibitor/Metal Interfaces with XPS: Minimizing Post Immersion Oxidation

XPS ile Korozyon Önleyici / Metal Arayüz Kimyasal Bileşimi Belirlenmesi: En Aza İndirme Mesaj Daldırma oksidasyonu

An approach for acquiring more reliable X-ray photoelectron spectroscopy data from corrosion inhibitor/metal interfaces is described. More specifically, ...

Ligand-Mediated Nucleation and Growth of Palladium Metal Nanoparticles

Çekirdekleşme ligand-aracılı ve Paladyum Metal nano tanecikleri gelişmesi

The size, size distribution and stability of colloidal nanoparticles are greatly affected by the presence of capping ligands. Despite the key contribution ...

Surface Functionalization of Metal-Organic Frameworks for Improved Moisture Resistance

Geliştirilmiş nem direnci için Metal organik çerçeveler yüzey Functionalization

Metal-organic frameworks (MOFs) are a class of porous inorganic materials with promising properties in gas storage and separation, catalysis and sensing. ...

Imaging Corrosion at the Metal-Paint Interface Using Time-of-Flight Secondary Ion Mass Spectrometry

Uçuş süresi Ikincil Iyon kütle spektrometresi kullanılarak metal-Paint arayüzünde görüntüleme korozyon

Corrosion developed at the paint and aluminum (Al) metal-paint interface of an aluminum alloy is analyzed using time-of-flight secondary ion mass ...

Quantification of Metal Leaching in Immobilized Metal Affinity Chromatography

Immobilize Metal Affinity Kromatografisinde Metal Yıkamanın Ölçülmesi

Contamination of enzymes with metals leached from immobilized metal affinity chromatography (IMAC) columns poses a major concern for enzymologists, as ...

Identification and Quantification of Decomposition Mechanisms in Lithium-Ion Batteries; Input to Heat Flow Simulation for Modeling Thermal Runaway

lityum-iyon pillerde ayrışma mekanizmalarının tanımlanması ve miktarının belirlenmesi; Termal Kaçağın Modellenmesi için Isı Akışı Simülasyonuna Giriş

The risks and possible accidents related to the normal use of lithium-ion batteries remain a serious concern. In order to get a better understanding of ...