Name: characterizing individual protein aggregates by infrared nanospectroscopy and atomic force microscopy
Uploaded: 2019-09-12T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Characterizing Individual Protein Aggregates by Infrared Nanospectroscopy and Atomic Force Microscopy at JoVE.com

Yazarlar İsviçre Ulusal Bilim Vakfı'na (SNF) mali destek için teşekkür (hibe numarası P2ELP2_162116 ve P300P2_171219), Darwin College, Erasmus+ programı için mali destek için (hibe numarası 2018-1-LT01-KA103-046719-15400-P3) ve bu sonuçlara yol açan araştırmalar, Avrupa Birliği'nin Yedinci Çerçeve Programı (FP7/2007-2013) kapsamında Avrupa Araştırma Konseyi'nden ERC hibe PhysProt (anlaşma numarası 337969), Newman Vakfı (T.P.J.K.) ve Cambridge Misfolding Hastalıkları Merkezi (C.G., M.V., ve T.P.J.K.).

1. Floresan levha okuyucular üzerinde toplama tahlilleri
NOT: Burada açıklanan protokol, herhangi bir protein veya peptidin kimyasal kinetik ile nasıl toplandığının incelenmesine bir örnektir. Özellikle, Alzheimer hastalığının başlangıcı ve ilerlemesi nde yer alan Aβ42 peptid, agregasyon incelemek için optimize edilmiş bir protokol açıklar58,59. Benzer bir protokol ayarlanabilir ve herhangi bir protein veya peptid t...

Bu protokoldeki ilk kritik adım, 1.1 ve 1.2 adımlarında tanımlanan Aβ42 çözeltisi gibi monomerik proteinlerin hazırlanmasıdır. Oligomerik veya birleştirilmiş türlerin varlığı, toplama kinetiğinin yetersiz tekrarlanabilirliğine neden olabileceğinden ve AFM'deki eserleri ikna edebileceğinden, sonderece saf, monomerik bir çözeltiden toplama işlemini başlatmak esastır. ölçümler (örn. fibriller türler agregasyonun ilk aşamalarında belirgin olacaktır), bu da verilerin ya...

Dünya çapında 40 milyondan fazla insan şu anda nörodejeneratif bozukluklar etkilenir, Alzheimer gibi (AD)1 ve Parkinson (PH)2 hastalıkları. Daha genel olarak, elliden fazla patoloji protein misfolding ve agregasyon ile moleküler düzeyde ilişkilidir, çözünmez fibriller protein agregalarının çoğalmasına yol açan bir süreç, amiloid mevduat olarak bilinen3, 4. Nörodejenerasyonun moleküler kökenleri ve amiloid oluşumuna yol açan proteinlerin protein konformasyonel değişiklikleri ile bağlantıları, ancak, heterojen yüksek düzeyde nedeniyle büyük ölçüde belirsiz liğini koruyor, geçici doğa ve nanoölçek patolojik agregaların boyutları4,5.
Son birkaç on yıl içinde protein yapıları son derece başarılı araştırmalar x-ışını kristalografisi, kriyo-elektron mikroskobu ve nükleer manyetik rezonans spektroskopisi 5 dahil olmak üzere toplu yöntemlerin kullanımı, yaygın olarak dayanmaktadır5, 6.000 , 7.000 , 8.000 , 9. Teknikleri bu sınıf içinde, kızılötesi (IR) spektroskopi proteinler 8 gibi biyolojik sistemlerin kimyasal özelliklerini çözmek için hassas bir analitik araç olarak ortayaçıkmıştır. IR yöntemleri, protein sekonder ve kuaternary yapısal değişikliklerin yanlış katlama ve toplama sırasında nicelleştirilmesine olanak sağlar. Buna ek olarak, mikroskobik düzeyde daha fazla şifreyi çözmek için onların toplama sırasında protein karmaşık serbest enerji manzara dahil mekanistik ayrıntıları, önemli bir ilerleme karmaşık genişletmek için kimyasal kinetik araçların geliştirilmesi olmuştur amiloid fibrilsoluşumu5,6,7,10,11,12dahil olmak üzere kendi kendine montaj yolları . Ancak, toplu spektroskopik yöntemler, çözeltide bulunan veya belirli mikroskobik adımlarda yer alan türlerin heterojen topluluğu hakkında sadece ortalama bilgi sağlayarak bireyin biyofiziksel özelliklerinin araştırılmasını sağlar. nanoölçekli düzeyde zorlu toplu türler13,14.
Son yıllarda ışığın kırınım sınırından daha küçük ölçeklerde çalışma kapasitesine sahip çeşitli mikroskopi teknikleri ortaya çıkmıştır. Bu yöntem sınıfı elektron mikroskobu (EM) ve atomik kuvvet mikroskobu (AFM) içerir. Taramalı elektron mikroskobu (SEM) ve iletim elektron mikroskobu (TEM) bir numunenin iki boyutlu (2D) görüntülerini sağlarken, AFM son yıllarda üç boyutlu (3D) morfolojileri incelemek için güçlü ve çok yönlü bir teknik olarak ortaya çıkmıştır. nanometre çözünürlüğü 13 , 14,15,16,17,18,19, 20.000 , 21.000 , 22.000 , 23.000 , 24.000 , 25.000 , 26.000 , 27- AFM ile protein toplama eğitiminin ardındaki mantık, bu yaklaşımınçözelti13,14,16, 17,19,20,21,25,27,28,29,30, 31,32,33,34,35,36,37. Özellikle, zaman bir fonksiyonu olarak örnek izleyerek, AFM mümkün takip etmek ve amiloid oluşumu 23 yollarını görselleştirmek için yapar, örnek içinde türlerin morfolojisi evriminin araştırılmasına olanak sağlar23, 25,38,39,40,41,42. Ayrıca, AFM kesitsel yükseklikleri ve çözelti13mevcut bireysel türlerin uzunlukları gibi yapısal parametrelerin sayısallaştırılması nı sağlar 13,19,30,31 ,32,33,34,35,36,37,40,43, 44.000 , 45.000 , 46.000 , 47.000 , 48- Ancak, morfoloji gibi tek bir biyofiziksel özelliğin incelenmesi, heterojen ve karmaşık biyolojik sistemleri incelerken genellikle yeterli değildir. AFM, SEM veya TEM görüntüleme yöntemleri tek başına nano ölçekte amiloid agregalarının heterojen türlerinin kimyasal özelliklerini kolayca ortaya çıkaramaz.
Bu ölçekte heterojen biyolojik örneklerin analizi için önemli bir ilerleme son zamanlarda kızılötesi nanospektroskopi (AFM-IR)24,26protein toplama alanına geliştirme ve uygulama ile yapılmıştır, 38,42,49,50,51,52. Bu yenilikçi yöntem, AFM'nin (~1−10 nm) uzamsal çözünürlüğünün IR'nin kimyasal analiz gücüyle birleşiminden yararlanır. AFM-IR tekniği, IR lazeri tarafından yönlendirilen fototermal rezonans etkisinin ölçümü ve AFM ucu ile araştırılanın camı termal genleşmenin ölçümü üzerine dayanır. Örnek, geleneksel kızılötesi spektroskopi24,42,52,53 gibi, toplam iç yansıma doğrudan üst veya alttan IR lazer ile aydınlatılabilir . IR lazer kilohertz (1−1000 kHz) yüzlerce sırayla tipik frekansları ile darbeli olabilir ve geniş bir spektral aralık üzerinde ayarlanmış, genellikle arasında 1000−3300 cm-1. Lazer kaynağı ~30 μm çapında bir alanı kapsa da, AFM-IR tekniğinin mekansal çözünürlüğü, sistemin yerel ısıgenliğini algılayan AFM uç çapı ile nominal olarak belirlenir. AFM-IR biyolojik numuneleri incelemek için uygundur, çünkü IR sinyali kalınlığı 1−1,5 μm'ye kadar orantılıdır ve ortaya çıkan IR spektrumları genellikle ilgili FTIR iletim spektrumları13,54 ile uyum içindedir ,55. Bu nedenle, spektroskopide yerleşik analiz yöntemleri, kimyasal değişimlerin incelenmesi, bant şekli değişimi ve ikinci türevlerin analizi ile de-kıvrım gibi kolayca uygulanabilir52. Genel olarak, AFM'nin uzamsal çözünürlüğünü IR spektroskopisinin kimyasal tanıma gücüyle birleştiren AFM-IR, nano ölçekte bir numunenin çok çeşitli morfolojik, mekanik ve kimyasal özelliklerinin aynı anda elde edilmesini sağlar.
Burada, in vitro floresan tahlilleri, yüksek çözünürlüklü AFM görüntüleme ve nano ölçekli AFM-IR kombinasyonunu kullanan protein toplama sürecinin karakterizasyonu için bir protokol gösterilmektedir. Bu kombine yaklaşım, protein agregalarının oluşturduğu bireysel mikro damlacıkların kimyasal ve yapısal özelliklerinin incelenmesinde, sıvı-sıvı protein faz ayrıştırma çalışmalarında ve nanoölçekte23, 26,38,45,50,53,bireysel toplu türlerin heterojenite ve biyofiziksel özelliklerini araştırmak , 56,57.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>AFM-IR system</td>
			<td>Anasys Instruments</td>
			<td>nanoIR 2 or 3</td>
			<td>Systems to measure thermal expansion in contact and resonance mode</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corning 96-well Half Area Black/Clear Bottom Polystyrene NBS Microplate</td>
			<td>Corning</td>
			<td>3881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corning Microplate Aluminium Sealing Tape</td>
			<td>Corning</td>
			<td>6570</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Double Sided Adhesive Discs</td>
			<td>AGAR Scientific</td>
			<td>AGG3347N</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FLUOstar Omega</td>
			<td>BMG Labtech</td>
			<td>415-101</td>
			<td>Platereader</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mica Disc 10mm V1</td>
			<td>AGAR Scientific</td>
			<td>AGF7013</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Park NX10 AFM system</td>
			<td>Park Systems</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Atomic Force Microscope</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Platypus Ultra-Flat Gold Chips</td>
			<td>Platypus Technologies</td>
			<td>AU.1000.SWTSG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PPP-NCHR-10 cantilevers</td>
			<td>Park Systems</td>
			<td>PPP-NCHR-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protein LowBind Tubes, 2.0mL</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30108132</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silicon gold coated cantilevers</td>
			<td>Anasys Instruments</td>
			<td>PR-EX-nIR2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SPM Specimen Discs 12mm</td>
			<td>AGAR Scientific</td>
			<td>AGF7001</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

characterizing individual protein aggregates by infrared nanospectroscopy and atomic force microscopy

Protein yanlış katlama ve toplama olgusu, Alzheimer ve Parkinson gibi nörodejeneratif durumlarla ilişkili yüksek heterojen protein agregalarının oluşumuna neden olur. Özellikle düşük molekül ağırlıklı agregalar, amiloid oligomerler, jenerik sitotoksik özelliklere sahip olduğu gösterilmiştir ve demans birçok formları nörotoksinler olarak karıştığı gösterilmiştir. Konvansiyonel yapısal yöntemlerle incelenmesi zor olan bu agregaların morfolojik, yapısal ve kimyasal özelliklerini karakterize etme gibi zorlu bir görevi ele almak için atomik kuvvet mikroskobu (AFM) dayalı yöntemlerin kullanımını gösteriyoruz. heterojenlik leri ve geçici doğası nedeniyle yöntemler veya toplu biyofiziksel yöntemler. Tarama sondamikroskopi yaklaşımları artık nanometre çözünürlüğü ile amiloid agregaların morfolojisini araştırma yeteneğine sahiptir. Burada, AFM'nin yüksek çözünürlüğünü ve IR spektroskopisinin kimyasal tanıma gücünü aynı anda kullanan kızılötesi (IR) nanospektroskopinin (AFM-IR) daha ileri gidebileceğini ve bireyin yapısal özelliklerinin karakterizasyonunu mümkün kılabilir. protein agregaları, ve böylece toplama mekanizmaları içine anlayışlar sunuyoruz. Tarif ettiğimiz yaklaşım, protein derlemelerinin küçük moleküller ve antikorlarla etkileşimlerinin araştırılmasına da uygulanabildiği için, tanı veya tedavi etmek için yeni terapötik bileşikler geliştirmek için temel bilgiler sunabilir. nörodejeneratif bozukluklar.

Aβ42 toplamanın temsili bir zaman rotası, ThT floresan tetkik ile ölçüldüğünde, Şekil 1'degösterilmiştir. Toplama işlemi genellikle bir sigmoidal eğri ile karakterizedir, bir gecikme fazı başlangıçta gözlenen nerede, ve dik bir büyüme aşaması tarafından takip, eğri bir plato ulaşmadan önce bir denge sabit devlet ulaşıldığında6,7 , 58. Toplama işlemleri<sup class="xre...

Watch this Scientific Journal Video about Characterizing Individual Protein Aggregates by Infrared Nanospectroscopy and Atomic Force Microscopy at JoVE.com

Characterizing Individual Protein Aggregates by Infrared Nanospectroscopy and Atomic Force Microscopy

Biz kızılötesi nanospectroskopi ve yüksek çözünürlüklü atomik kuvvet mikroskobu oligomerik agregalar ve amiloid fibrils içine protein kendini montaj sürecini görselleştirmek için uygulama açıklar, yakından başlangıç ve geliştirme ile ilişkilidir insan nörodejeneratif bozuklukların geniş bir yelpazede.

Bireysel Protein Agregalarının Kızılötesi Nanospektroskopi ve Atomik Kuvvet Mikroskobu ile Karakterizeleştirilmesi

The phenomenon of protein misfolding and aggregation results in the formation of highly heterogeneous protein aggregates, which are associated with ...

Atomik kuvvet mikroskobuna dayalı yöntemler, nano ölçekteki biyomoleküler prosesleri morfolojik kimyasal veya yapısal çözünürlükle karakterize etmeyi mümkün kılarak, son olarak biyoloji üzerine yeni bir ön gözlem penceresi açmaktadır. Tek moleküllü yöntemler, protein agregasını anlamak için özellikle geçerli olan yüksek heterojen sistemlerin araştırılmasını sağlar. Tek molekülleri sırt yaklaşımlarıyla birleştirerek, proteinlerin davranışları, insan hastalığı ile bağlantıları ve başarılı olabilecek farmakolojik müdahaleler tasarlamaları hakkında temel bilgiler edinebiliriz.Ayrıca, bu yöntem, ilaç teslimatı, uygulamaları ve diğer biyoteknolojik amaçlar için biyomalzemelerin kimyasal ve yapısal özelliklerini incelemek için başarıyla uygulanabilir. Yüksek çözünürlük için doğru AFM parametrelerini ayarlamak başlangıçta zor olabilir ve fibriller agregalarınızı ölçerken AFM'nizi kolayca ayarlamak kolaydır. AFM görüntülemeden 30 dakika önce, AFM sistemini açın ve kurulum ve sondayı tıklatın.Sonda değiştirme penceresinde, Z odak aşamasını hazırlamak için hemen tıklatın. Açıksa AFM ışın düğmesini kapatın ve güvercin kuyruğu kilitlerini açın. Kafanın sistemden bağlantısını kesin ve sonda değiştirme penceresinde, sonrakini tıklatın.AFM kantilini sonda tutucuya monte edin. Kafayı sisteme bağlayın ve güvercin kuyruğu kilitlerini kilitleyin. AFM lazer ışını anahtarını açın ve sonda değiştirme penceresinde, sonrakini tıklatın.Açılan pencerede, cantilever türü değişmediyse hayır'ı tıklatın ve cantilever'i bulmak için optik hizalama düğümlerini ayarlayın. Odak noktasını cantilever'e ayarlayın ve sonrakine tıklayın. Açılan pencerede, odak kantilever ise evet tıklatın.Algılama lazer ışını düğümlerini kullanarak lazer ışınını kantileverin ucundakonumlandırın. Dört çeyrek fotoğraf diyot tarafından ölçülen toplam sinyali en az bir volttan daha fazla maksimize etmek için saptırılmış lazer ışını düğümlerini kullanın. Sonda değiştirme penceresinde, sonraki ni tıklatın ve kapatın.Cantilever'in termal stabiliteye ulaşması için 15 dakika bekledikten sonra, gerekirse pozisyona duyarlı fotoğraf diyotundaki saptırılmış lazer ışınının konumunu kolayca değiştirin. NCM süpürme'yi tıklatın, istenilen salınım genliğini seçin, kullanım aşamasına tıklayın ve otomatik'e tıklayın. Metre başına 40 newton luk yay sabiti olan bir cantilever için yaklaşık 300 kilohertz'e kadar ilk serbest salınım rezonansının maksimumuna yakın olan kantilever'i ayarlayın.Numuneyi numune tutucuya yerleştirin. Taraya alanını tıklatın ve çözünürlüğü 256'ya 256 ile 1024 piksel e ayarlayın ve ardından tarayıp boyut ve piksel numarasını ayarlayın. Tarama hızını 0,3'e bir hertz'e ayarlayarak birer beşmikrometre karelik bir tarama alanı ayarlayın.Optik görünümü numuneye odakla ve örnek yüzeyine yaklaşmak için yaklaşmaya tıklayın. Ardından, AFM ucunu numunenin yüzeyinden 100 mikrometre yukarı kaldırmak için 100 mikrometreyi kaldırın ve numunenin optik görüntüsünü genişletmek için tıklayın. Görünümü örnek yüzeyine odaklamak için odak aşaması çubuğunu tıklatın ve ilgi örneğinin bulunduğu bölgede hareket etmek için okları kullanın.Yüzeyi meşgul etmek için yaklaşıma tıklayın ve ucun yüzeyi iyi izleyip takip edip etmeyince kontrol etmek için satır tonu'nu tıklatın. Ayar noktasını gerektiği gibi ayarlayın. Daha sonra büyük bir görüntüleme kuvvetinden kaçınmak ve bağımsız numuneler arasında tutarlılığı korumak için görüntüleme sırasında delta 20'yi geçmeyen faz değişiminin sabit bir rejimini koruyarak örnek yüzeyini görüntülemeye başlamak için tarama'yı tıklatın.IR nanospektroskopisi görüntüleme için, analizden 30 ila 60 dakika önce, AFM IR sistemini ve IR lazerini açın. Enstrümanı kontrol etmek için yerleşik yazılımı açın ve yeni bir nano IR dosyasını açmak için dosyayı ve yeniyi tıklatın. AFM IR sistemini başlatmak ve enstrüman kapağını açmak için başlat'ı tıklatın.Numuneyi temas modunda ölçmek için 30 nanometre nominal yarıçapı ve metre başına 0,2 newton luk bir yay sabiti ile silikon altın kaplı bir prob monte edin. AFM sondası bölümünde ve sonraki yükle'yi tıklatın. Kamerayı kantilever'e odaklamak için sonda oklarına odaklanın ve artı işaretini kullanarak kantilin in sonuna artı işareti yerleştirin.Algılama lazerinin konumunu kontrol eden düğümleri döndürerek lazeri ktilever'in sonunda konumlandırın. Üç volttan daha büyük bir değer dört çeyrek fotoğraf diyot tarafından ölçülen toplamı algılamak ve maksimize etmek için lazer knobs döndürün. Bir volt eksi cantilever sapma ayarlamak ve sonraki tıklayın sapma düğmesini döndürün.Sonra enstrümanın kapağını kapatın. Kamerayı numuneye ve uca odaklamak için sonda oklarına odaklanarak, numunenin ilgi çekici bölgesinde hareket etmek için okları çapraz sorguya çekin. İleri'yi tıklatın ve meşgul.Mikroskop penceresinde, morfoloji için yükseklik, IR emilimi için genlik iki ve temas rezonansÖrnek ucu haritalamak için PLL frekansı seçin. AFM taraması bölümünde, AFM görüntüleme için gösterildiği gibi parametreleri ayarlayın ve bir morfoloji haritası elde etmek için taramaya tıklayın. Morfoloji eşleme tamamlandığında, mikroskop penceresinde, sondayı bir agreganın üstüne konumlandırmak için yükseklik haritasını tıklatın.Nano IR bölümünde, ÖRNEĞI IR lazerle aydınlatmak için IR başlat'ı tıklatın. Kızılötesi lazeri kantilever'e odaklamak için en iyi duruma getir'i tıklatın ve dalga sayısı için 1655 santimetre girin. IR lazer konumunu belirlemek için ekle ve taraya tıklayın ve güncellemeyi tıklatın ve konumunu kantilever ile hizalamak için tamam'ı tıklatın.Genel bölümde, göreli alanda yüksek bir absorbans beklenen bir dalga numarası girin ve bant geçiş filtresi seçeneğini devre dışı bırakın. Ir başlat'ı tıklatın sonra sayaç okuma ve cantilever yanıtı FFT kontrol edin. FFT penceresinde, cantilever rezonans sıklığını okumak için yeşil imleci hareket ettirin.Kantilevers rezonans FFT tipik bir değeri yaklaşık 200 kilohertz olduğunu. Frekans merkezi alanında genel bölüme oluşturulan rezonans frekans değerini girin ve 50 kilohertz'lik bir frekans penceresi kullanın. Rezonans geliştirilmiş modu seçmek ve 222 kilohertz bir darbe hızı ayarlamak için lazer darbe ayar penceresi tıklayın, 50 kilohertz bir ayar aralığı ve 5% bir lazer görev döngüsü lazer nabız hızını süpürmek için elde edin.Ir ışığını emen numunenin termal genişlemesinin mekanik tepkisinin frekansına lazer darbesini ayarlamak için imleci kullanın. Ardından, örnek le ipucu arasındaki temas rezonansını izlemek için faz kilitli döngüyü seçin ve sıfıra tıklayın. Nano ölçekteki diğer kimyasal özellikler için, numune spektrumunaşırı ısınma ve yumuşamadan etkilenmediğinden emin olmak için spektrum edinimi sırasında kontak rezonansını takip edin.Kişi rezonansını bahşiş vermek için örneği izlemeyi etkinleştir'i seçin ve 0,5 integral kazancı ve 10'luk orantılı kazanç seçin ve ardından Tamam'ı tıklatın. Optimize etme penceresinde, numunenin ana emici bantlarına karşılık gelen en az üç dalga numarası ve lazerin her bir çipi için en az bir dalga numarası için IR lazerini bulmak için dalga boyunu ve taramaya tıklayın. Araçları, IR arka plan kalibrasyon ve yeni'yi tıklatın ve dalga numaralarını 1200 ile 1800 santimetre arasında ayarlayın. Arka planlar bir, görev döngüsü % 5 ve süpürme hızı 100 santimetre kare olarak ayarlayın.Ölçülen nano ölçekli yerelleştirilmiş spektrumların normalleştirilmesi için IR lazer arka planını ölçmek, dosyayı kaydetmek ve pencereyi kapatmak için edinme'yi tıklatın. IR spektrum ayarlarında, bir ila dört santimetre arasında bir IR spektrum çözünürlüğü ve en az 64 kez ortak ortalamalar seçin. Sonra protein aralığında bir nano ölçekli lokalize IR spektrumu ölçmek için elde tıklayın.Nano ölçekli çözümlenmiş kimyasal harita elde etmek için 1655 santimetre ve IR görüntülemeyi seçin ve AFM taraması penceresinde tarayını tıklatın. Eşleme tamamlandığında, ölçümleri kaydedin. Sonra morfoloji, temas rezonans ve kimya ve nano ölçekli lokalize spektrum kazanılmış haritaları analiz etmek için AFM görüntü işleme yazılımı yerleşik kullanın.Birleştirilmiş türlerin varlığı kinetik kötü tekrarlanabilirlik neden olabilir ve ölçümlerde eserler tanıtmak gibi son derece saf monomerik çözüm elde etmek için kritik bir adımdır. Yüksek heterojenliğe sahip biyolojik numunelerin başarılı bir şekilde incelenmesinde temel bir faktör katı yüzeylerin doğru konumudur. Numune mimarisini ve heterojenliğini korumak için manuel bir yerine mikroakışkan sprey birikiminden yararlanılabilir.Bu yöntemler, bireysel biyomoleküllerin kimyasal yapısı nın ve özelliklerinin ve bunların fizyolojik ve yerli sıvı ortamındaki etkileşimlerinin çözülmesinin önünü açmaktır.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Enrichment of Detergent-insoluble Protein Aggregates from Human Postmortem Brain

Deterjan çözünmez Protein toplamları--dan insan öldükten sonra beyin zenginleştirme

In this study, we describe an abbreviated single-step fractionation protocol for the enrichment of detergent-insoluble protein aggregates from human ...

Protein Film Infrared Electrochemistry Demonstrated for Study of H2 Oxidation by a [NiFe] Hydrogenase

Protein Film Infrared Electrochemistry Demonstrated for Study of H2 Oxidation by a [NiFe] Hydrogenase

Protein Film kızılötesi elektrokimya H2 oksidasyon çalışma için [NiFe] Hydrogenase tarafından gösterdi

Understanding the chemistry of redox proteins demands methods that provide precise control over redox centers within the protein. The technique of protein ...

Force Spectroscopy of Single Protein Molecules Using an Atomic Force Microscope

Kuvvet spektroskopisi bir Atomik kuvvet mikroskobu kullanılarak tek Protein moleküllerinin

The determination of the folding process of proteins from their amino acid sequence to their native 3D structure is an important problem in biology. ...

DNA Polymerase Activity Assay Using Near-infrared Fluorescent Labeled DNA Visualized by Acrylamide Gel Electrophoresis

DNA polimeraz etkinliği tahlil Akrilamid Jel Elektroforez tarafından görüntülenmiştir yakın kızılötesi floresan etiketli DNA'yı kullanarak

For any enzyme, robust, quantitative methods are required for characterization of both native and engineered enzymes. For DNA polymerases, DNA synthesis ...

Covalent Immobilization of Proteins for the Single Molecule Force Spectroscopy

Proteinler kovalent immobilizasyon için tek molekül kuvvet spektroskopisi

In recent years, atomic force microscopy (AFM) based single molecule force spectroscopy (SMFS) extended our understanding of molecular properties and ...

Analysis of &#946;-Amyloid-induced Abnormalities on Fibrin Clot Structure by Spectroscopy and Scanning Electron Microscopy

Analysis of ÃƒÆ’Ã…Â½Ãƒâ€šÃ‚Â²-Amyloid-induced Abnormalities on Fibrin Clot Structure by Spectroscopy and Scanning Electron Microscopy

β-amiloid-indüklenen anormallikler Fibrin pıhtısı yapısına spektroskopisi ve elektron mikroskobu tarama Analizi

This article presents methods for generating in vitro fibrin clots and analyzing the effect of beta-amyloid (A&#946;) protein on clot formation and ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

Transkripsiyon faktörü-DNA bağlayıcı Affinities floresans mikroskobu kullanarak rekabet titrasyon tarafından yüksek hassasiyet ölçümü

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...

Probing The Structure And Dynamics Of Nucleosomes Using Atomic Force Microscopy Imaging

Atomik kuvvet mikroskobu Imaging'i kullanma oluşturarlar dinamikleri ve yapısını sondalama

Chromatin, which is a long chain of nucleosome subunits, is a dynamic system that allows for such critical processes as DNA replication and transcription ...

Analysis of Protein Folding, Transport, and Degradation in Living Cells by Radioactive Pulse Chase

Protein katlanması, taşıma ve canlı hücreler radyoaktif darbe Chase tarafından bozulması Analizi

Radioactive pulse-chase labeling is a powerful tool for studying the conformational maturation, the transport to their functional cellular location, and ...