Name: high throughput co-culture assays for the investigation of microbial interactions
Uploaded: 2019-10-15T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions at JoVE.com

نشكر دانيال ماي ، ومارك شيفريت ، ودون هوانج علي القراءة الناقدة للمخطوطة. وقد دعم هذا العمل ، بما في ذلك جهود كاميرون ر. كوري ، من قبل جامعه ويسكونسن ماديسون ، مكتب نائب المستشار للبحوث والدراسات العليا بتمويل من مؤسسه بحوث الخريجين ويسكونسن ، والتمويل المقدم أيضا من قبل المعاهد الوطنية للمراكز الصحية للتميز للبحوث الانتقالية (U19-AI109673). تم دعم ريد م. ستوبندييك من قبل المكتبة الوطنية للتدريب الطب منحه لحساب والمعلوماتية في البيولوجيا والطب برنامج التدريب (NLM 5T15LM007359). ولم يكن للممولين دور في تصميم الدراسة ، وجمع البيانات ، والترجمة الشفوية ، أو القرار بتقديم العمل للنشر.

وتم الحصول علي موافقه مستنيرة من والدي المتبرع ، ووافقت لجنه المواد البشرية في جامعه ويسكونسن-ماديسون علي الدراسة (مجلس المراجعة المؤسسية ، رقم الموافقة H-2013-1044).
1. عينه الثقافة
ملاحظه: يتم استخدام هذا الاجراء هنا لدراسة التفاعلات بين البكتيريا المعز?...

<ol>
	<li>Stubbendieck, R. M., Vargas-Bautista, C., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Communities:+Interactions+to+Scale.">Bacterial Communities: Interactions to Scale.</a> Frontiers in Microbiology. 7 (August), 1234 (2016).</li><li>Green, J., Bohannan, B. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+scaling+of+microbial+biodiversity.">Spatial scaling of microbial biodiversity.</a> Trends in Ecology &amp; Evolution. 21 (9), 501-507 (2006).</li><li>Fleming, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+Antibacterial+Action+of+Cultures+of+a+Penicillium,+with+Special+Reference+to+their+Use+in+the+Isolation+of+B.+influenz&#230;.">On the Antibacterial Action of Cultures of a Penicillium, with Special Reference to their Use in the Isolation of B. influenz&#230;.</a> British Journal of Experimental Pathology. 10 (3), 226 (1929).</li><li>Stubbendieck, R. M., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Escape+from+Lethal+Bacterial+Competition+through+Coupled+Activation+of+Antibiotic+Resistance+and+a+Mobilized+Subpopulation.">Escape from Lethal Bacterial Competition through Coupled Activation of Antibiotic Resistance and a Mobilized Subpopulation.</a> PLoS Genetics. 11 (12), e1005722 (2015).</li><li>Zipperer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+commensals+producing+a+novel+antibiotic+impair+pathogen+colonization.">Human commensals producing a novel antibiotic impair pathogen colonization.</a> Nature. 535 (7613), 511-516 (2016).</li><li>Currie, C. R., Scott, J. A., Summerbell, R. C., Malloch, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fungus-growing+ants+use+antibiotic-producing+bacteria+to+control+garden+parasites.">Fungus-growing ants use antibiotic-producing bacteria to control garden parasites.</a> Nature. 398 (6729), 701-704 (1999).</li><li>Balouiri, M., Sadiki, M., Ibnsouda, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+in+vitro+evaluating+antimicrobial+activity:+A+review.">Methods for in vitro evaluating antimicrobial activity: A review.</a> Journal of Pharmaceutical Analysis. 6 (2), 71-79 (2016).</li><li>Heatley, N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+the+assay+of+penicillin.">A method for the assay of penicillin.</a> The Biochemical Journal. 38 (1), 61-65 (1944).</li><li>Clinical and Laboratory Standards Institute. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Performance standards for antimicrobial disk susceptibility tests; approved standard -11th ed. CLSI document M02-A11. , (2012).</li><li>Adnani, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coculture+of+Marine+Invertebrate-Associated+Bacteria+and+Interdisciplinary+Technologies+Enable+Biosynthesis+and+Discovery+of+a+New+Antibiotic,+Keyicin.">Coculture of Marine Invertebrate-Associated Bacteria and Interdisciplinary Technologies Enable Biosynthesis and Discovery of a New Antibiotic, Keyicin.</a> ACS Chemical Biology. 12 (12), 3093-3102 (2017).</li><li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+iChip+for+high+throughput+in+situ+cultivation+of+&amp;#34;uncultivable&amp;#34;+microbial+species.">Use of iChip for high throughput in situ cultivation of &amp;#34;uncultivable&amp;#34; microbial species.</a> Applied and Environmental Microbiology. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li><li>Gonzalez, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+competition+between+Bacillus+subtilis+and+Staphylococcus+aureus+monitored+by+imaging+mass+spectrometry.">Microbial competition between Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus monitored by imaging mass spectrometry.</a> Microbiology (Reading, England). 157 (Pt 9), 2485-2492 (2011).</li><li>Hoefler, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzymatic+resistance+to+the+lipopeptide+surfactin+as+identified+through+imaging+mass+spectrometry+of+bacterial+competition.">Enzymatic resistance to the lipopeptide surfactin as identified through imaging mass spectrometry of bacterial competition.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (32), 13082-13087 (2012).</li><li>Hoefler, B. C., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+Mass+Spectrometry,+Metabolism,+and+New+Views+of+the+Microbial+World.">Imaging Mass Spectrometry, Metabolism, and New Views of the Microbial World.</a> Natural Products Analysis. , 349-396 (2014).</li><li>Yang, Y. L., Xu, Y., Straight, P., Dorrestein, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translating+metabolic+exchange+with+imaging+mass+spectrometry.">Translating metabolic exchange with imaging mass spectrometry.</a> Nature Chemical Biology. 5 (12), 885-887 (2009).</li><li>Stubbendieck, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Competition+among+Nasal+Bacteria+Suggests+a+Role+for+Siderophore-Mediated+Interactions+in+Shaping+the+Human+Nasal+Microbiota.">Competition among Nasal Bacteria Suggests a Role for Siderophore-Mediated Interactions in Shaping the Human Nasal Microbiota.</a> Applied and Environmental Microbiology. 85 (10), 1-17 (2019).</li><li>Winkelmann, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+siderophore-mediated+transport.">Microbial siderophore-mediated transport.</a> Biochemical Society transactions. 30 (4), 691-696 (2002).</li><li>Chevrette, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+antimicrobial+potential+of+Streptomyces+from+insect+microbiomes.">The antimicrobial potential of Streptomyces from insect microbiomes.</a> Nature Communications. 10 (1), 516 (2019).</li></ol>

المضادات الحيوية والأيض الثانوية الأخرى التي توسط التفاعلات الميكروبية مفيده للعديد من التطبيقات, بما في ذلك اكتشاف المخدرات. هنا ، يتم تقديم بروتوكول لاختبارات الثقافة المشتركة لتقييم اعداد كبيره من التفاعلات الميكروبية. هذه الاختبارات تفاعل الثقافة المشتركة هي بسيطه, بأسعار معقولة, ق...

في الطبيعة ، نادرا ما توجد الكائنات المجهرية في عزله ؛ التالي ، فانها تتفاعل باستمرار مع الكائنات الأخرى. لذلك ، دراسة كيفيه تفاعل الكائنات المجهرية مع بعضها البعض أمر ضروري لفهم العديد من السلوكيات الميكروبية1. التفاعلات الميكروبية يمكن ان تكون متنافرة ، المعلق ، أو عدائيه. هذه في ذكر يمكن ان تؤثر ليس فقط علي الكائنات المجهرية أنفسهم ولكن أيضا البيئات والمضيفين ان الكائنات المجهرية استعمار1,2.
العديد من العلماء دراسة التفاعلات الميكروبية لتحديد جزيئات مضادات الميكروبات الجديدة. تم العثور علي واحده من أول جزيئات مضادات الميكروبات الهامه سريريا من خلال دراسة التفاعلات الميكروبية. لاحظ السير الكسندر فليمينغ تلوث Penicillium spp. عزل التي أعاقت نمو سلاله المكورات العنقودية ، مما ادي إلى اكتشاف المضادات الحيوية التي يشيع استخدامها البنسلين3. ويظل توصيف أليات التي تستخدمها الكائنات المجهرية لمعاداه منافسيها موردا مثمرا لاكتشاف الجزيئات المضادة للميكروبات. علي سبيل المثال, وقد تبين مؤخرا ان العقديات sp. سلاله Mg1 تنتج المضادات الحيوية linearmycins, التي لديها النشاط التحلل هذه ضد عصيه رقيقه4.
وعلاوة علي ذلك ، تم مؤخرا اكتشاف الببتيد غير ريبوسموكالي المسمي lugdunin بعد الملاحظة ان الأنف المعلق المكورات العنقودية lugdunin يمنع المكورات العنقوديةالذهبية 5. وقد أظهرت الدراسات أيضا ان التفاعلات الثنائية بين الكائنات المجهرية هي بنفس قوه التفاعلات العدائية لاكتشاف جزيئات مضاده للميكروبات. علي سبيل المثال ، العديد من النمل الزراعة الفطريات في قبيله Attini ميناء البكتيريا التكافلية دعا بسيودونوكارديا علي هيكلها التي تنتج جزيئات مضاده لمنع الممرض الملزمة من محصولهم الفطرية6. ونظرا لان دراسة التفاعلات الميكروبية كانت مفيده لاكتشاف جزيئات مضادات الميكروبات ، فان استخدام شاشات عاليه الانتاجيه قد يؤدي إلى اكتشاف جزيئات جديده مضاده للميكروبات.
وفيما يتعلق بتكلفه الأداء وسهولته ، فان المنهجيات المستخدمة لدراسة التفاعلات الميكروبية تتراوح بين البسيطة والمعقدة. علي سبيل المثال ، المقايسة أجار المكونات هي طريقه غير مكلفه وبسيطه التي يمكن استخدامها للتحقيق العداء بين الكائنات المجهرية متعددة7. ومع ذلك ، فحص المكونات أجار ليس اجراء فعالا ، ويمكن ان تكون كثيفه العمالة للعديد من مجموعات الاقران. لتقييم الآثار الناتجة عن المنتجات المجهرية علي العزلات المستهدفة من الفائدة بطريقه إنتاجيه عاليه ، والعديد من المختبرات استخدام اختبارات نشر القرص8. هذه المقايسات هي سهله وغير مكلفه ويمكن ان تكون قابله للتطوير إلى عدد أكبر من العينات7. ومع ذلك ، يتطلب هذا الفحص توليد المستخلصات الميكروبية وقد ينتج نتائج مضلله لمجموعات معينه من الكائنات الحية المستهدفة والمضادات الحيوية ، مثل السالمونيلا والسيفالوسبونات9.
تعتمد الطرق السابقة علي المكونات المعزولة للحصول علي استجابه في الكائن المستهدف ، بدلا من السماح للكائنات المجهرية بالتفاعل مع بعضها البعض. وهذا أمر جدير بالملاحظة لان التفاعلات بين الميكروبات قد تثير إنتاج جزيئات مضاده للميكروبات "مبهمه" لا تنتج في الزراعة الاحاديه. علي سبيل المثال, وقد تبين مؤخرا ان يتم إنتاج keyicin مضادات الميكروبات فقط بواسطة البوغانه sp. عندما شارك في الاستزراع مع sp. التي يتم عزلها من نفس ميكروبيوم الإسفنج10. وهناك منهجيات تفاعل أكثر تعقيدا تلتف حول هذا العائق الأحادي المحتمل. علي سبيل المثال ، فان iChip مفيد لعزل نادره وصعبه لزراعه البكتيريا من العينات البيئية ويسمح لمراقبه التفاعلات الميكروبية من خلال النمو في الموقع11. وللتحقيق في التفاعلات بالتفصيل ، يمكن استخدام مقياس الطيف الكتلي للتصوير بالليزر/التاين بمساعده المصفوفة في وقت التحليق. ويوفر هذا النهج معلومات مفصله عن تكوين وتوزيع الجزيئات الصغيرة والالببتيدات التي تنتجها المستعمرات الميكروبية المتفاعلة ذات الاستبانة المكانية العالية. وقد استخدمت أيضا في دراسات متعددة من التفاعلات البكتيرية لتوصيف أليات المنافسة12،13،14،15. ومع ذلك ، فان النظام المتكامل للرصد والرصد في كثير من الأحيان يتطلب اعدادا مضنيا من العينات ، وخبره متخصصة لتشغيل المعدات ، ومقاييس طيفيه عاليه التكلفة ومتخصصة. لهذه الأسباب ، هو تقنيه صعبه لاستخدامها للدراسات الانتاجيه العالية. وهكذا ، فان اختبار الثقافة المشتركة البسيط والقابل للتطوير والانتاجيه العالية للتفاعلات الميكروبية التي تتغلب علي العديد من القيود علي النهج المذكورة أعلاه سيكون مفيدا.
هنا ، يتم عرض بروتوكول لارتفاع الانتاجيه الميكروبية المشتركة الثقافة. هذا الفحص بسيط وسهل الدمج في الدراسات الموجودة مسبقا للتفاعلات الميكروبية. علي النقيض من العديد من الطرق الشائعة الاستخدام لدراسة التفاعلات الميكروبية ، طريقتنا بسيطه ، غير مكلفه ، وقابله للتحقيق في اعداد كبيره من التفاعلات. وهذه المقايسات ليست سهله التنفيذ فحسب ، ولكن المواد متاحه علي نطاق واسع من معظم موردي المختبرات أو الموارد العامة (مثل المكتبات والمساحات المكانية). التالي ، هذا الفحص هو مفيد كخط الأول من التحقيق لتحديد وتحليل أنماط مثيره للاهتمام بين العديد من مجموعات الاقران من الكائنات المجهرية ، والتي قد تكون مفيده بشكل خاص للتحقيق في الإيكولوجيا الميكروبية.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>1 &#956;L disposable polystyrene inoculating loops, blue</td>
			<td>VWR</td>
			<td>12000-806</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 &#956;L disposable polystyrene inoculating loops, yellow</td>
			<td>VWR</td>
			<td>12000-810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>12-well cell culture plate, sterile with lid</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td>665 180</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>14 mL polystyrene round bottom tube, 17 x 100mm style, nonpyrogenic, sterile</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>352057</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2.0 self standing screw cap tubes with caps, sterile</td>
			<td>USA scientific</td>
			<td>1420-9710</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25 mL serological pipet</td>
			<td>Cell Treat</td>
			<td>229225B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar, bacteriological</td>
			<td>VWR</td>
			<td>J637</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brain Heart Infusion Broth</td>
			<td>Dot Scientific</td>
			<td>DSB11000-5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polycarbonate filament, white, 3mm diameter</td>
			<td>Keene Village Plastics</td>
			<td>12.1-3MM-WH-581.2-1KG-R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>School Glue</td>
			<td>Elmer&#39;s</td>
			<td>EPIE304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taz 6 3D printer</td>
			<td>Lulzbot</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high throughput co-culture assays for the investigation of microbial interactions

وقد أدت دراسة التفاعلات بين الكائنات المجهرية إلى اكتشافات عديده ، من ميكروبات الرواية إلى رؤى في الإيكولوجيا الميكروبية. العديد من النهج المستخدمة لدراسة التفاعلات الميكروبية تتطلب معدات متخصصة ومكلفه والوقت المكثف. تقدم هذه الورقة بروتوكولا لاختبارات تفاعل الثقافة المشتركة التي تكون غير مكلفه وقابله للتطوير إلى أرقام العينات الكبيرة وقابله للتكيف بسهوله مع العديد من التصاميم التجريبية. يتم استزراع الكائنات المجهرية معا ، مع كل بئر يمثل مزيجا واحدا من الكائنات المجهرية. يتم استزراع كائن الاختبار علي جانب واحد من كل بئر واحتضانه لأول مره في الزراعة الاحاديه. وفي وقت لاحق ، يتم تطعيم الكائنات المستهدفة في الوقت نفسه علي الجانب الآخر من كل بئر باستخدام طابع التلقيح المطبوع ثلاثي الابعاد. بعد المشاركة في الثقافة ، يتم تسجيل الاختبارات المكتملة للظاهريات المرئية ، مثل النمو أو التثبيط. ويمكن استخدام هذه المقايسات لتاكيد الأنماط الظاهرية أو تحديد النقوش بين العزلات ذات الفائدة. باستخدام هذه الطريقة البسيطة والفعالة ، يمكن للمستخدمين تحليل مجموعات من الكائنات المجهرية بسرعة وكفاءه. هذا النهج الثقافة المشتركة ينطبق علي اكتشاف المضادات الحيوية وكذلك البحوث القائمة علي الثقافة الميكروبيوم وقد تم بالفعل تطبيقها بنجاح علي كلا التطبيقات.

يمكن استخدام اختبارات تفاعل الثقافة المشتركة لفهم التفاعلات الميكروبية ، وتحديد أنماط الاهتمام ، والكشف عن العزلات الميكروبية مع الانشطه المثيرة للاهتمام. في هذه المقايسات ، يتم اجراء اختبار للكائن الحي علي جانب واحد من 12 لوحه أجار جيدا واحتضانه لمده 7 أيام. وبعد ذلك ، ت...

Watch this Scientific Journal Video about High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions at JoVE.com

High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions

اختبارات التفاعل الثقافة المشتركة المقدمة في هذا البروتوكول غير مكلفه ، والانتاجيه العالية ، وبسيطه. ويمكن استخدام هذه المقايسات لمراقبه التفاعلات الميكروبية في الثقافة المشتركة ، وتحديد أنماط التفاعل ، وتوصيف الإمكانات المثبطة لسلاله جرثوميه من الفائدة ضد مسببات الامراض البشرية والبيئية.

اختبارات الثقافة المشتركة عاليه الانتاجيه للتحقيق في التفاعلات الميكروبية

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many ...

يوفر بروتوكولنا طريقة عالية الإنتاجية لفحص عدد كبير من التفاعلات الميكروبية الزوجية جنبًا إلى جنب لتحديد التفاعلات ذات الاهتمام التي يمكن أن تساعد في أبحاث الميكروبيوم واكتشاف مضادات الميكروبات. هذه الطريقة قابلة للتطبيق بسهولة لدراسة التفاعلات الميكروبية في مجموعة متنوعة من النظم ، طالما أن الكائنات الدقيقة ودية في الثقافة في ظل ظروف المختبر. الميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أنها تسمح للمستخدمين بفحص عدد كبير من التفاعلات الميكروبية في فترة زمنية قصيرة نسبيًا.وينبغي أن يستغرق المستخدمون الجدد لهذه التقنية بعض الوقت، لا سيما عند تلقيح لوحات المواد البيولوجية، حيث أنه من الأهمية بمكان أن نكون حذرين لتقليل فرط النمو أو التلوث. إن التوضيح المرئي لهذه التقنية أمر بالغ الأهمية، لأن تلقيح ألواح اٍلباس حيوي يتطلب الدقة لضمان عدم إفراط الكائنات الحية في الآبار، وعدم تلوث الثقافات المشتركة. تبدأ من خلال إعداد الثقافات بين عشية وضحاها.استخدام ماصة المصلية لإضافة ثلاثة ملليلتر من مرق BHI في أنابيب ثقافة 14 ملليلتر. ثم استخدم حلقة مُعقمة من المُضق الصغيرة لتطعيم مستعمرة بكتيرية في المرق. دوامة الحلقة لضمان أن كتلة ينثر في مرق.دوامة وجيزة أنابيب الثقافة، واحتضان لهم بين عشية وضحاها في 37 درجة مئوية على شاكر في 250 دورة في الدقيقة. بمجرد أن تصل الثقافات البكتيرية إلى 600 OD فوق واحد ، دوامة لهم لتفريق كتل من الخلايا. إعداد وسائل الإعلام PHI مع 1.5٪ agar، وتعقيمه عن طريق autoclaving.ثم تبريد وسائل الإعلام إلى 55 درجة مئوية في حمام الماء التي تسيطر عليها درجة الحرارة، والاستغناء عن ثلاثة ملليلتر من وسائل الإعلام BHI المنصهرة في كل من الآبار 12 على لوحة، وضمان أن الآبار هي حتى حتى ممكن. ثم السماح لأجار لتعيين بين عشية وضحاها. اطعن كائن الاختبار على لوحة الفحص الحيوي عن طريق إدخال حلقة تطعيم معقمة 10 ميكروليتر في الثقافة بين عشية وضحاها ، و streaking قطرات الثقافة على الثلث الأيسر من لوحة بشكل جيد.كرر حتى تم تلقيح جميع الآبار الـ 12 على اللوحة. احتضان لوحات رأسا على عقب في درجة الحرارة المناسبة لمدة سبعة أيام. إذا كان احتضان في درجات حرارة أكبر من أو يساوي 37 درجة مئوية، أو في المناخات الأكثر جفافا، وتخزين لوحات في وعاء رطب لمنعها من الجفاف.بعد فترة ستة أيام من حضانة لوحة اٍيوب، إعداد الثقافات بين عشية وضحاها للكائن الحي المستهدف كما هو موضح سابقا. إعداد لوحة الهدف عن طريق ملء كل بئر من لوحة فارغة 12-جيدا مع 1.8 ملليلتر من BHI، و 200 ميكرولترات من ثقافة بين عشية وضحاها الهدف. وضع ختم تطعيم معقمة في لوحة الهدف.دوامة بلطف الثقافات حول الآبار، وضمان أنها لا تلوث عبر الآبار المجاورة. ارفع ختم التطعيم، وتأكد من وجود قطرة من ثقافة الهدف المخففة على كل طرف طابع. ضع ختم التطعيم على لوحة اٍيحي غير منطّحة، وهز الطابع بلطف بحيث تُطعم قطرات الثقافة كل بئر.وبمجرد إزالة الطابع، ينبغي أن تكون قطرات من الثقافة مرئية في الآبار. إذا لم يتم تلقيح أي آبار مع ختم التطعيم ، بقعة ثلاثة ميكروليترز من ثقافة بين عشية وضحاها مخففة على الآبار باستخدام ماصة. ثم تلقيح لوحات اٍيائي كما سبق وصفه، ولكن محاذاة نصائح الطوابع مع الجانب الأيمن من لوحة 12-جيدا، وضمان أن الطابع لا يتصل مستعمرة البكتيريا الموجودة.إزالة بعناية الطابع، ووضعها مرة أخرى في لوحة الهدف. إذا كان أجار قد توطدت في الآبار بشكل غير متساو، صخرة بلطف ختم ذهابا وإيابا، ولكن يجب الحرص على عدم تحويل الطابع إلى نمو الكائن الحي الاختبار. كرر التلقيح لكل لوحة من الألواح الحيوية حتى تلقيح جميع اللوحات، ثم يحضن اللوحات رأسا على عقب في درجة الحرارة المناسبة لمدة سبعة أيام.بعد المشاركة في زراعة الاختبار والهدف من الكائن الحي لمدة أسبوع واحد ، وتسجيل التفاعلات على أساس التقييم البصري. تسجيل الآبار مع نمو الكائن الحي المستهدف الذي يسلك نموًا لا يمكن تحديده من الزراعة الأحادية كصفر. تسجيل الآبار مع انخفاض النمو كواحد، ولا نمو كاثنين.واستخدمت مقايسات الثقافة المشتركة الموصوفة هنا لتقييم النشاط المثبط للكائنات الحية اختبار actinobacteria نحو الكائنات العنقودية المستهدفة الكائنات الحية المعزولة عن تجويف الأنف البشري. تم اختبار ما مجموعه 812 تركيبات زوج. وتجدر الإشارة إلى أن كورينباكتيريوم بروبينكووم منع بقوة المكورات العنقودية السلبية coagulase، لا سيما بالمقارنة مع كورينباكتيريا الأخرى التي إما تثبيط coagulase المكورات العنقودية السلبية أو لم يكن لها أي آثار مثبطة.ومن خلال استخدام الجينوم المقارن، تم تحديد مجموعة جينات مركّزة بيولوجية لإنتاج الدعامات الجانبية في جينوم بروبينكوم Corynebacterium. شارك في الثقافة التفاعل المقايسة باستخدام معيار والحديد تكمل BHI المتوسطة قررت أن النمط الظاهري تثبيط بين Corynebacterium propinquum وcoagulase المكورات العنقودية السلبية كان في الواقع تعتمد على الحديد. من المهم أن نكون حذرين عند ختم لوحة.تحقق من كل بئر بعد الختم ، وتأكد من محاذاة ختم التطعيم بشكل صحيح لمنع التلوث. بعد تحديد التفاعلات ذات الاهتمام، يمكن استخدام الدراسات اللاحقة باستخدام علم الوراثة الميكروبية وعلم الجينوم، وعزل المنتجات الطبيعية وتوصيفها، أو تصوير قياس الطيف الكتلي لتوصيف الآليات التي تقوم عليها هذه التفاعلات. وقد استخدم هذا البروتوكول مؤخرا للكشف عن المنافسة التي بوساطة siderophore بين ميكروبيوتا الأنف الإنسان، وساعد في اكتشاف جزيء مضاد للفطرات يسمى سيشوميسين.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

الإنتاجية العالية لطريقة الكشف عن فيروس الإنفلونزا

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

فحص فينوطيبيك مجهري للقياس الكمي للبكتيريا الفطرية داخل الخلايا المكيفة للفحص عالي الإنتاجية/عالي المحتوى

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

الإنتاجية العالية للفحص واسع الطيف الكيميائية مثبطات الحمض النووي الريبي الفيروسات

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

ScanLag: High-throughput Quantification of Colony Growth and Lag Time

ScanLag: عالية الإنتاجية الكمي لمستعمرة النمو والفارق الزمني

Growth dynamics are fundamental characteristics of microorganisms. Quantifying growth precisely is an important goal in microbiology. Growth dynamics are ...

Scalable High Throughput Selection From  Phage-displayed Synthetic Antibody Libraries

تحجيم إنتاجية عالية التحديد من المكتبات الأجسام المضادة الاصطناعية-عرض فاجي

The demand for antibodies that fulfill the needs of both basic and clinical research applications is high and will dramatically increase in the future. ...

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

فحوصات القائم على الفحص المجهري لفحص عالية الإنتاجية من العوامل المضيفة المعنية في<em&gt; البروسيلا</em&gt; إصابة خلايا هيلا

Brucella species are facultative intracellular pathogens that infect animals as their natural hosts. Transmission to humans is most commonly caused by ...

Electrochemiluminescence Assays for Human Islet Autoantibodies

اليكتروتشيميلومينيسسينسي فحوصات للأجسام المضادة البشرية من جزيرة ليلى

Pinpointing islet autoantibodies associated with type 1 diabetes (T1D) leads the way to project and deter this disease in the general population. A novel ...

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

منصة الفائق لفحص السالمونيلا spp./دوسنتاريا spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

قياس الإنتاجية العالية من غشاء البلازما إعادة ختم الكفاءة في خلايا الثدييات

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...