Name: high throughput co-culture assays for the investigation of microbial interactions
Uploaded: 2019-10-15T14:00:00
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हम पांडुलिपि के महत्वपूर्ण पढ़ने के लिए डैनियल मई, मार्क Chevrette, और डॉन Hoang धन्यवाद. कैमरून आर क्यूरी के प्रयासों सहित इस काम, विस्कॉन्सिन-मैडिसन विश्वविद्यालय, अनुसंधान और स्नातक शिक्षा के लिए कुलपति के कार्यालय द्वारा विस्कॉन्सिन पूर्व छात्र अनुसंधान फाउंडेशन से धन के साथ समर्थित किया गया था, धन भी द्वारा प्रदान की अनुवाद अनुसंधान के लिए उत्कृष्टता के लिए राष्ट्रीय स्वास्थ्य केन्द्रों (U19-AI109673-01). रीड एम Stubbendieck जीव विज्ञान और चिकित्सा प्रशिक्षण कार्यक्रम (NLM 5T15LM007359) में गणना और सूचना विज्ञान के लिए चिकित्सा प्रशिक्षण अनुदान के एक राष्ट्रीय पुस्तकालय द्वारा समर्थित किया गया था. funders अध्ययन डिजाइन, डेटा संग्रह, और व्याख्या, या प्रकाशन के लिए काम प्रस्तुत करने का निर्णय में कोई भूमिका नहीं थी.

दाता के माता-पिता से सूचित सहमति प्राप्त की गई थी, और विस्कॉन्सिन-मैडिसन विश्वविद्यालय में मानव विषय समिति ने अध्ययन को मंजूरी दे दी (संस्थागत समीक्षा बोर्ड [IRB] अनुमोदन संख्या एच-2013-1044)।
1. नमूना ?...

<ol>
	<li>Stubbendieck, R. M., Vargas-Bautista, C., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Communities:+Interactions+to+Scale.">Bacterial Communities: Interactions to Scale.</a> Frontiers in Microbiology. 7 (August), 1234 (2016).</li><li>Green, J., Bohannan, B. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+scaling+of+microbial+biodiversity.">Spatial scaling of microbial biodiversity.</a> Trends in Ecology &amp; Evolution. 21 (9), 501-507 (2006).</li><li>Fleming, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+Antibacterial+Action+of+Cultures+of+a+Penicillium,+with+Special+Reference+to+their+Use+in+the+Isolation+of+B.+influenz&#230;.">On the Antibacterial Action of Cultures of a Penicillium, with Special Reference to their Use in the Isolation of B. influenz&#230;.</a> British Journal of Experimental Pathology. 10 (3), 226 (1929).</li><li>Stubbendieck, R. M., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Escape+from+Lethal+Bacterial+Competition+through+Coupled+Activation+of+Antibiotic+Resistance+and+a+Mobilized+Subpopulation.">Escape from Lethal Bacterial Competition through Coupled Activation of Antibiotic Resistance and a Mobilized Subpopulation.</a> PLoS Genetics. 11 (12), e1005722 (2015).</li><li>Zipperer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+commensals+producing+a+novel+antibiotic+impair+pathogen+colonization.">Human commensals producing a novel antibiotic impair pathogen colonization.</a> Nature. 535 (7613), 511-516 (2016).</li><li>Currie, C. R., Scott, J. A., Summerbell, R. C., Malloch, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fungus-growing+ants+use+antibiotic-producing+bacteria+to+control+garden+parasites.">Fungus-growing ants use antibiotic-producing bacteria to control garden parasites.</a> Nature. 398 (6729), 701-704 (1999).</li><li>Balouiri, M., Sadiki, M., Ibnsouda, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+in+vitro+evaluating+antimicrobial+activity:+A+review.">Methods for in vitro evaluating antimicrobial activity: A review.</a> Journal of Pharmaceutical Analysis. 6 (2), 71-79 (2016).</li><li>Heatley, N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+the+assay+of+penicillin.">A method for the assay of penicillin.</a> The Biochemical Journal. 38 (1), 61-65 (1944).</li><li>Clinical and Laboratory Standards Institute. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Performance standards for antimicrobial disk susceptibility tests; approved standard -11th ed. CLSI document M02-A11. , (2012).</li><li>Adnani, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coculture+of+Marine+Invertebrate-Associated+Bacteria+and+Interdisciplinary+Technologies+Enable+Biosynthesis+and+Discovery+of+a+New+Antibiotic,+Keyicin.">Coculture of Marine Invertebrate-Associated Bacteria and Interdisciplinary Technologies Enable Biosynthesis and Discovery of a New Antibiotic, Keyicin.</a> ACS Chemical Biology. 12 (12), 3093-3102 (2017).</li><li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+iChip+for+high+throughput+in+situ+cultivation+of+&amp;#34;uncultivable&amp;#34;+microbial+species.">Use of iChip for high throughput in situ cultivation of &amp;#34;uncultivable&amp;#34; microbial species.</a> Applied and Environmental Microbiology. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li><li>Gonzalez, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+competition+between+Bacillus+subtilis+and+Staphylococcus+aureus+monitored+by+imaging+mass+spectrometry.">Microbial competition between Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus monitored by imaging mass spectrometry.</a> Microbiology (Reading, England). 157 (Pt 9), 2485-2492 (2011).</li><li>Hoefler, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzymatic+resistance+to+the+lipopeptide+surfactin+as+identified+through+imaging+mass+spectrometry+of+bacterial+competition.">Enzymatic resistance to the lipopeptide surfactin as identified through imaging mass spectrometry of bacterial competition.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (32), 13082-13087 (2012).</li><li>Hoefler, B. C., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+Mass+Spectrometry,+Metabolism,+and+New+Views+of+the+Microbial+World.">Imaging Mass Spectrometry, Metabolism, and New Views of the Microbial World.</a> Natural Products Analysis. , 349-396 (2014).</li><li>Yang, Y. L., Xu, Y., Straight, P., Dorrestein, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translating+metabolic+exchange+with+imaging+mass+spectrometry.">Translating metabolic exchange with imaging mass spectrometry.</a> Nature Chemical Biology. 5 (12), 885-887 (2009).</li><li>Stubbendieck, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Competition+among+Nasal+Bacteria+Suggests+a+Role+for+Siderophore-Mediated+Interactions+in+Shaping+the+Human+Nasal+Microbiota.">Competition among Nasal Bacteria Suggests a Role for Siderophore-Mediated Interactions in Shaping the Human Nasal Microbiota.</a> Applied and Environmental Microbiology. 85 (10), 1-17 (2019).</li><li>Winkelmann, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+siderophore-mediated+transport.">Microbial siderophore-mediated transport.</a> Biochemical Society transactions. 30 (4), 691-696 (2002).</li><li>Chevrette, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+antimicrobial+potential+of+Streptomyces+from+insect+microbiomes.">The antimicrobial potential of Streptomyces from insect microbiomes.</a> Nature Communications. 10 (1), 516 (2019).</li></ol>

एंटीबायोटिक्स और अन्य माध्यमिक चयापचयों कि मध्यस्थता माइक्रोबियल बातचीत दवा की खोज सहित अनुप्रयोगों की एक भीड़ के लिए उपयोगी होते हैं. इसमें, माइक्रोबियल बातचीत की बड़ी संख्या का आकलन करने के लिए सह-?...

प्रकृति में, सूक्ष्मजीवों शायद ही कभी अलगाव में मौजूद हैं; फलस्वरूप, वे लगातार अन्य जीवों के साथ बातचीत कर रहे हैं. इसलिए, अध्ययन कैसे सूक्ष्मजीवों एक दूसरे के साथ बातचीत माइक्रोबियल व्यवहार1की एक भीड़ को समझने के लिए आवश्यक है। सूक्ष्मजीवी बातचीत पारस्परिक, commensal, या विरोधी हो सकता है. ये क्षेत्र न केवल सूक्ष्मजीवों को ही प्रभावित कर सकते हैं बल्कि उन वातावरणों को भी प्रभावित कर सकते हैं और यह मेजबान भी कर सकते हैं कि सूक्ष्मजीव1,2उपनिवेश बनाते हैं .
कई वैज्ञानिक नए एंटीमाइक्रोबियल अणुओं की पहचान करने के लिए माइक्रोबियल इंटरैक्शन का अध्ययन करते हैं। माइक्रोबियल इंटरैक्शन के अध्ययन के माध्यम से पहला नैदानिक रूप से महत्वपूर्ण एंटीमाइक्रोबियल अणुओं में से एक पाया गया। सर अलेक्जेंडर फ्लेमिंग ने एक दूषित पेनिसिलियम एसपीपी का अवलोकन किया जो एक स्टेफिलोकोकस तनाव के विकास को बाधित करता है, जिसके कारण सामान्य रूप से इस्तेमाल किए जाने वाले एंटीबायोटिक पेनिसिलिन3की खोज हुई। सूक्ष्मजीवों द्वारा अपने प्रतिस्पर्धियों का विरोध करने के लिए उपयोग किए जाने वाले तंत्रों का अभिलक्षण एंटीमाइक्रोबियल अणुओं की खोज के लिए एक उपयोगी संसाधन बना हुआ है। उदाहरण के लिए, यह हाल ही में दिखाया गया था कि Streptomyces sp. तनाव Mg1 एंटीबायोटिक linearmycins, जो बैसिलस subtilis4के खिलाफ एक lytic और अपमानजनक गतिविधि है पैदा करता है.
इसके अलावा, एक गैर ribosomally संश्लेषित पेप्टाइड lugdunin नाम हाल ही में अवलोकन के बाद पता चला था कि नाक commensal Staphylococcus lugdunensis Staphylococcus ऑरियस5को रोकताहै. अध्ययनों से यह भी पता चला है कि सूक्ष्मजीवों के बीच पारस्परिक संबंध एंटीमाइक्रोबियल अणुओं की खोज के लिए विरोधी बातचीत के समान रूप से शक्तिशाली हैं। उदाहरण के लिए, जनजाति Attini में कई कवक खेती चींटियों सहजीवी बैक्टीरिया उनके एक्सोस्केलेटन पर Peudonocardia कहा जाता है कि उनके कवक फसल6के एक अविकल्पी रोगज़नक़ को बाधित करने के लिए एंटीफंगल अणुओं का उत्पादन . चूंकि माइक्रोबियल इंटरैक्शन का अध्ययन एंटीमाइक्रोबियल अणुओं की खोज के लिए फायदेमंद रहा है, उच्च थ्रूपुट स्क्रीन के उपयोग से नए एंटीमाइक्रोबियल अणुओं की खोज हो सकती है।
लागत और प्रदर्शन में आसानी के संबंध में, माइक्रोबियल बातचीत का अध्ययन करने के लिए इस्तेमाल के तरीके सरल से जटिल करने के लिए सीमा। उदाहरण के लिए, एक agar प्लग परख एक सस्ती और सरल तरीका है कि कई सूक्ष्मजीवों7के बीच विरोध की जांच करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है. हालांकि, एक agar प्लग परख एक कुशल प्रक्रिया नहीं है और कई pairwise संयोजन के लिए श्रम गहन हो सकता है. एक उच्च थ्रूपुट तरीके से ब्याज के लक्ष्य पर माइक्रोबियल उत्पादित उत्पादों के प्रभाव का आकलन करने के लिए, कई प्रयोगशालाओं डिस्क प्रसार assays8का उपयोग करें। ये परख आसान और सस्ती होती है और 7नमूनोंकी अधिक संख्या के लिए स्केलेबल हो सकती है . हालांकि, इस परख माइक्रोबियल अर्क के उत्पादन की आवश्यकता है और लक्ष्य जीवों और एंटीबायोटिक दवाओं के कुछ संयोजनों के लिए भ्रामक परिणाम पैदा कर सकता है, जैसे साल्मोनेला और सेफलोस्पोरिन9.
पूर्ववर्ती दृष्टिकोण सूक्ष्मजीवों को एक दूसरे के साथ बातचीत करने की अनुमति देने के बजाय, लक्ष्य जीव में एक प्रतिक्रिया प्राप्त करने के लिए अलग-अलग घटकों पर निर्भर करते हैं। यह नोट का है क्योंकि रोगाणुओं के बीच बातचीत "क्रिप्टिक" एंटीमाइक्रोबियल अणुओं कि मोनोकल्चर में उत्पादित नहीं कर रहे हैं के उत्पादन को प्रकाश में लाना हो सकता है। उदाहरण के लिए, यह हाल ही में दिखाया गया था कि एंटीमाइक्रोबियल कीकिन केवल माइक्रोमोनोस्पोरा एसपी द्वारा उत्पादित होता है जब एक रोडोकोकस एसपी के साथ सह-संस्कृत होता है जो एक ही स्पंज माइक्रोबायोम10से अलग होता है। अधिक जटिल बातचीत के तरीके इस संभावित मोनोकल्चर बाधा को दरकिनार. उदाहरण के लिए, iChip दुर्लभ और पर्यावरण के नमूनों से बैक्टीरिया खेती करने के लिए मुश्किल अलग करने के लिए उपयोगी है और situ11में वृद्धि के माध्यम से माइक्रोबियल बातचीत के अवलोकन के लिए अनुमति देता है. विस्तार से बातचीत की जांच करने के लिए, मैट्रिक्स सहायता प्राप्त लेजर desorption/ionization समय की उड़ान इमेजिंग मास स्पेक्ट्रोमेट्री (MALDI-TOF-IMS) इस्तेमाल किया जा सकता है. यह दृष्टिकोण उच्च स्थानिक संकल्प के साथ माइक्रोबियल कालोनियों बातचीत द्वारा उत्पादित छोटे अणुओं और पेप्टाइड्स की संरचना और वितरण पर विस्तृत जानकारी प्रदान करता है। मालदी-टीओएफ-आईएमएस का प्रयोग जीवाणु पारस्परिक क्रियाओं के अनेक अध्ययनों में भी किया गया है ताकि प्रतियोगिता के तंत्र की विशेषता12,13,14,15की होती है . हालांकि, MALDI-TOF-IMS अक्सर परिश्रमी नमूना तैयारी की आवश्यकता है, विशेष विशेषज्ञता उपकरण संचालित करने के लिए, और महंगा और विशेष बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमीटर. इन कारणों के लिए, यह एक कठिन तकनीक के लिए उच्च throughput अध्ययन के लिए उपयोग है. इस प्रकार, माइक्रोबियल बातचीत के लिए एक सरल, स्केलेबल, और उच्च थ्रूपुट सह-संस्कृति परख जो उपरोक्त दृष्टिकोणों की कई सीमाओं को पार कर जाती है, फायदेमंद होगी।
यहाँ, उच्च थ्रूपुट माइक्रोबियल सह संस्कृति के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत किया है. इस परख सरल और आसानी से माइक्रोबियल बातचीत के preexisting अध्ययन में शामिल है. माइक्रोबियल बातचीत के अध्ययन के लिए कई आमतौर पर इस्तेमाल किया तरीकों के विपरीत, हमारी विधि सरल, सस्ती है, और बातचीत की बड़ी संख्या की जांच करने के लिए सक्षम है. ये परख न केवल प्रदर्शन करने के लिए आसान कर रहे हैं, लेकिन सामग्री व्यापक रूप से सबसे प्रयोगशाला आपूर्तिकर्ताओं या सार्वजनिक संसाधनों (जैसे, पुस्तकालयों और makerspaces) से उपलब्ध हैं. नतीजतन, यह परख सूक्ष्मजीवों के कई युग्मवार संयोजनों के बीच दिलचस्प पैटर्न की पहचान करने और पार्स करने के लिए जांच की पहली पंक्ति के रूप में फायदेमंद है, जो माइक्रोबियल पारिस्थितिकी की जांच के लिए विशेष रूप से उपयोगी हो सकता है।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>1 &#956;L disposable polystyrene inoculating loops, blue</td>
			<td>VWR</td>
			<td>12000-806</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 &#956;L disposable polystyrene inoculating loops, yellow</td>
			<td>VWR</td>
			<td>12000-810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>12-well cell culture plate, sterile with lid</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td>665 180</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>14 mL polystyrene round bottom tube, 17 x 100mm style, nonpyrogenic, sterile</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>352057</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2.0 self standing screw cap tubes with caps, sterile</td>
			<td>USA scientific</td>
			<td>1420-9710</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25 mL serological pipet</td>
			<td>Cell Treat</td>
			<td>229225B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar, bacteriological</td>
			<td>VWR</td>
			<td>J637</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brain Heart Infusion Broth</td>
			<td>Dot Scientific</td>
			<td>DSB11000-5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polycarbonate filament, white, 3mm diameter</td>
			<td>Keene Village Plastics</td>
			<td>12.1-3MM-WH-581.2-1KG-R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>School Glue</td>
			<td>Elmer&#39;s</td>
			<td>EPIE304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taz 6 3D printer</td>
			<td>Lulzbot</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high throughput co-culture assays for the investigation of microbial interactions

सूक्ष्मजीवों के बीच बातचीत के अध्ययन ने माइक्रोबियल पारिस्थितिकी में अंतर्दृष्टि के लिए उपन्यास एंटीमाइक्रोबियल से लेकर कई खोजों को प्रेरित किया है। माइक्रोबियल बातचीत के अध्ययन के लिए इस्तेमाल किया कई दृष्टिकोण विशेष उपकरणों की आवश्यकता होती है और महंगे और समय गहन कर रहे हैं। इस कागज सह संस्कृति बातचीत assays कि सस्ती हैं के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है, बड़े नमूना संख्या के लिए स्केलेबल, और आसानी से कई प्रयोगात्मक डिजाइन करने के लिए अनुकूलनीय. सूक्ष्मजीवों को एक साथ सुसंस्कृत किया जाता है, जिसमें प्रत्येक अच्छी तरह से सूक्ष्मजीवों के एक युग्मवार संयोजन का प्रतिनिधित्व करता है। एक परीक्षण जीव प्रत्येक अच्छी तरह से एक तरफ सुसंस्कृत और पहले मोनोकल्चर में incubated है. बाद में, लक्ष्य जीवों को एक साथ एक 3 डी मुद्रित टीका टिकट का उपयोग कर प्रत्येक अच्छी तरह से विपरीत पक्ष पर टीका लगाया जाता है। सह संस्कृति के बाद, पूरा परख इस तरह के विकास या निषेध के रूप में दृश्य phenotypes, के लिए रन बनाए हैं. इन परख phenotypes की पुष्टि या ब्याज के अलग के बीच पैटर्न की पहचान करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है. इस सरल और प्रभावी विधि का उपयोग करके, उपयोगकर्ता सूक्ष्मजीवों के संयोजन का तेजी से और कुशलता से विश्लेषण कर सकते हैं। यह सह-संस्कृति दृष्टिकोण एंटीबायोटिक खोज के साथ-साथ संस्कृति-आधारित माइक्रोबायोम अनुसंधान पर लागू होता है और पहले से ही दोनों अनुप्रयोगों पर सफलतापूर्वक लागू किया जा चुका है।

सह संस्कृति बातचीत परख माइक्रोबियल बातचीत को समझने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है, ब्याज के पैटर्न की पहचान, और पेचीदा गतिविधियों के साथ माइक्रोबियल अलग को उजागर. इन परखों में, एक परीक्षण ?...

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High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions

सह संस्कृति बातचीत इस प्रोटोकॉल में प्रस्तुत परख सस्ती, उच्च throughput, और सरल कर रहे हैं. इन परखसह संस्कृति में माइक्रोबियल बातचीत का निरीक्षण करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है, बातचीत पैटर्न की पहचान, और मानव और पर्यावरण रोगजनकों के खिलाफ ब्याज की एक माइक्रोबियल तनाव की निरोधात्मक क्षमता की विशेषता.

माइक्रोबायल इंटरेक्शन की जांच के लिए उच्च थ्रूपुट सह-संस्कृति पराख

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many ...

हमारा प्रोटोकॉल ब्याज की बातचीत की पहचान करने के लिए बड़ी संख्या में जोड़ीवार माइक्रोबियल इंटरैक्शन की स्क्रीनिंग के लिए एक उच्च थ्रूपुट विधि प्रदान करता है जो माइक्रोबायोम अनुसंधान और रोगाणुरोधी खोज में सहायता कर सकता है। यह विधि विभिन्न प्रणालियों में माइक्रोबियल इंटरैक्शन का अध्ययन करने के लिए आसानी से लागू होती है, जब तक कि सूक्ष्मजीव प्रयोगशाला स्थितियों के तहत संस्कृति के लिए मिलनसार हैं। इस तकनीक का मुख्य लाभ यह है कि यह उपयोगकर्ताओं को अपेक्षाकृत कम समय में बड़ी संख्या में माइक्रोबियल इंटरैक्शन को स्क्रीन करने की अनुमति देता है।इस तकनीक के नए उपयोगकर्ताओं को समय लगना चाहिए, खासकर जब बायोसे प्लेटों को इनोकुलेट करें, क्योंकि ओवरग्रोथ या संदूषण को कम करने के लिए सावधान रहना महत्वपूर्ण है। इस तकनीक का दृश्य प्रदर्शन महत्वपूर्ण है, क्योंकि बायोसे प्लेटों को इनोकुलेट करने के लिए यह सुनिश्चित करने के लिए सटीकता की आवश्यकता होती है कि जीव कुओं को अधिक नहीं बढ़ाते हैं, और सह-संस्कृतियां दूषित नहीं होती हैं। रात भर संस्कृतियों की तैयारी करके शुरू करें।14 मिलीलीटर संस्कृति ट्यूबों में बीएचआई शोरबा के तीन मिलीलीटर जोड़ने के लिए एक सीरोलॉजिकल पिपेट का उपयोग करें। फिर शोरबा में एक जीवाणु कॉलोनी टीका लगाने के लिए एक बाँझ एक माइक्रोलीटर टीका लूप का उपयोग करें। लूप को यह सुनिश्चित करने के लिए घूमता है कि झुरमुट शोरबा में फैलता है।संक्षेप में संस्कृति ट्यूबों भंवर, और उन्हें 250 आरपीएम पर एक शेखर पर 37 डिग्री सेल्सियस पर रात भर इनक्यूबेट. एक बार जब जीवाणु संस्कृतियां एक से ऊपर एक ओडी 600 तक पहुंच जाती हैं, तो कोशिकाओं के झुरमुटों को तोड़ने के लिए उन्हें भंवर। पीएचआई मीडिया को 1.5% एगर के साथ तैयार करें, और इसे ऑटोक्लेविंग द्वारा स्टरलाइज करें।फिर एक तापमान नियंत्रित पानी स्नान में ५५ डिग्री सेल्सियस के लिए मीडिया शांत, और एक थाली पर 12 कुओं में से प्रत्येक में पिघला हुआ BHI मीडिया के तीन मिलीलीटर बांटना, यह सुनिश्चित करना है कि कुओं के रूप में भी संभव के रूप में कर रहे हैं । फिर आगर को रात भर सेट करने दें। रात भर की संस्कृति में एक बाँझ 10 माइक्रोलीटर टीका पाश डालने के द्वारा एक बायोसे प्लेट पर परीक्षण जीव टीका, और एक थाली के बाएं तीसरे पर संस्कृति बूंद अच्छी तरह से लकीर ।जब तक थाली पर सभी 12 कुओं टीका लगाया गया है दोहराएं । सात दिनों के लिए उचित तापमान पर प्लेटों को उल्टा करें। यदि 37 डिग्री सेल्सियस से अधिक या उसके बराबर तापमान पर इनक्यूबेटिंग करते हैं, या शुष्क मौसम में, प्लेटों को एक आर्द्र कंटेनर में स्टोर करें ताकि उन्हें सूखने से रोका जा सके।बायोसे प्लेट के छह दिन के इनक्यूबेशन के बाद, लक्ष्य जीव की रातोंरात संस्कृतियों को तैयार करें जैसा कि पहले वर्णित है। एक खाली 12-अच्छी प्लेट के प्रत्येक कुएं को 1.8 मिलीलीटर बीएचआई के साथ भरकर, और लक्ष्य रातोंरात संस्कृति के 200 माइक्रोलीटर को भरकर लक्ष्य प्लेट तैयार करें। लक्ष्य प्लेट में एक बाँझ टीका टिकट रखें।धीरे-धीरे कुओं के आसपास की संस्कृतियों को घुमाते हैं, यह सुनिश्चित करते हुए कि वे पड़ोसी कुओं को पार नहीं करते हैं। टीका स्टांप उठाएं, और यह सुनिश्चित करें कि प्रत्येक स्टांप टिप पर पतला लक्ष्य संस्कृति की एक बूंद है। टीका स्टैंप को एक अनिनोकेटेड बायोसे प्लेट पर रखें, और धीरे-धीरे स्टैंप को रॉक करें ताकि संस्कृति की बूंद प्रत्येक अच्छी तरह से टीका लगा सके।एक बार स्टांप हट जाने के बाद कुओं में संस्कृति की एक बूंद दिखाई नी चाहिए। यदि किसी भी कुओं को टीका स्टैंप के साथ टीका नहीं लगाया जाता है, तो एक पिपेट का उपयोग करके कुओं पर पतला रातोंरात संस्कृति के तीन माइक्रोलीटर रखें। फिर पहले वर्णित बायोसे प्लेटों को टीका लगाएं, लेकिन स्टांप युक्तियों को 12-अच्छी प्लेट के दाईं ओर के साथ संरेखित करें, यह सुनिश्चित करते हुए कि स्टांप मौजूदा बैक्टीरियल कॉलोनी से संपर्क नहीं करता है।ध्यान से स्टांप निकालें, और इसे वापस लक्ष्य प्लेट में रखें। यदि आगर कुओं में असमान रूप से जम गया है, तो धीरे-धीरे स्टांप को आगे-पीछे रॉक करें, लेकिन सावधान रहें कि स्टैंप को परीक्षण जीव विकास में स्थानांतरित न करें। प्रत्येक बायोसे प्लेट के लिए टीका दोहराएं जब तक कि सभी प्लेटें टीका न लग जाएं, फिर प्लेटों को सात दिनों तक उचित तापमान पर उल्टा करें।एक सप्ताह के लिए परीक्षण और लक्ष्य जीव को सह-संस्कृति करने के बाद, दृश्य मूल्यांकन के आधार पर बातचीत स्कोर करें। लक्ष्य जीव विकास के साथ कुओं स्कोर है कि शून्य के रूप में मोनोकल्चर से अविवेच्य विकास प्रदर्शित करता है । एक के रूप में कम विकास के साथ कुओं स्कोर, और दो के रूप में कोई विकास ।यहां वर्णित सह-संस्कृति परख का उपयोग मानव नाक गुहा से अलग किए गए स्टेफिलोकोकस प्रजातियों के लक्ष्य वाले जीवों की ओर ऐक्टिनोबैक्टीरिया परीक्षण जीवों की निरोधात्मक गतिविधि का आकलन करने के लिए किया गया था। कुल 812 पेयरवाइज संयोजनों का परीक्षण किया गया। विशेष रूप से, कोरिनबैक्टीरियम प्रोपिनकुम ने विशेष रूप से अन्य कोरिनेबैक्टीरिया की तुलना में कोगुलास नकारात्मक स्टेफिलोकोसी को दृढ़ता से बाधित किया, जो या तो कमजोर रूप से कोगुलासे नकारात्मक स्टेफिलोकोसी को रोकता है या कोई निरोधात्मक प्रभाव नहीं था।तुलनात्मक जीनोमिक्स के उपयोग के माध्यम से, कोरिनेबैक्टीरियम प्रोपिनकुम जीनोम में साइडरोखोर उत्पादन के लिए एक बायोसिंथेटिक जीन क्लस्टर की पहचान की गई थी। सह-संस्कृति बातचीत मानक और लोहे के पूरक बीएचआई माध्यम का उपयोग करते हुए यह निर्धारित किया गया है कि कोरिनेबैक्टीरियम प्रोपिनकुम और कोगुलास नकारात्मक स्टेफिलोकोसी के बीच अवरोध फेनोटाइप वास्तव में लौह-निर्भर था। प्लेट को स्टैंप करते समय सावधान रहना जरूरी है।मुद्रांकन के बाद प्रत्येक अच्छी तरह से जांच करें, और सुनिश्चित करें कि टीका स्टांप संदूषण को रोकने के लिए सही ढंग से गठबंधन किया गया है। ब्याज की बातचीत की पहचान करने के बाद, माइक्रोबियल आनुवंशिकी और जीनोमिक्स, प्राकृतिक उत्पाद अलगाव और लक्षण वर्णन, या इमेजिंग मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग इन बातचीत अंतर्निहित तंत्र की विशेषता के लिए किया जा सकता है। इस प्रोटोकॉल का उपयोग हाल ही में मानव नाक माइक्रोबायोटा के बीच साइडोखोर-मध्यस्थता प्रतिस्पर्धा को उजागर करने के लिए किया गया है, और सिफोमाइसिन नामक एक नए एंटीफंगल अणु की खोज में सहायता प्राप्त है।

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

इन्फ्लुएंजा वायरस के लिए उच्च throughput जांच विधि

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

उच्च थ्रूपुट/उच्च सामग्री स्क्रीनिंग के लिए अनुकूलित इंट्रासेलुलर माइकोबैक्टीरिया के क्वांटिफिकेशन के लिए एक सूक्ष्म फेनोटाइपिक परख

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

आरएनए वायरस के व्यापक स्पेक्ट्रम रासायनिक inhibitors के लिए उच्च throughput प्रदर्शन

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

ScanLag: High-throughput Quantification of Colony Growth and Lag Time

ScanLag: उच्च throughput कालोनी विकास की मात्रा और समय अंतराल

Growth dynamics are fundamental characteristics of microorganisms. Quantifying growth precisely is an important goal in microbiology. Growth dynamics are ...

Scalable High Throughput Selection From  Phage-displayed Synthetic Antibody Libraries

फेज-प्रदर्शित सिंथेटिक एंटीबॉडी पुस्तकालयों से स्केलेबल उच्च Throughput चुनाव

The demand for antibodies that fulfill the needs of both basic and clinical research applications is high and will dramatically increase in the future. ...

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

होस्ट में शामिल कारक के उच्च throughput स्क्रीनिंग के लिए माइक्रोस्कोपी आधारित assays<em&gt; ब्रूसिला</em&gt; हेला कोशिकाओं के संक्रमण

Brucella species are facultative intracellular pathogens that infect animals as their natural hosts. Transmission to humans is most commonly caused by ...

Electrochemiluminescence Assays for Human Islet Autoantibodies

मानव टाप एंटीबॉडी के लिए Electrochemiluminescence परख

Pinpointing islet autoantibodies associated with type 1 diabetes (T1D) leads the way to project and deter this disease in the general population. A novel ...

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

साल्मोनेला एसपीपी की स्क्रीनिंग के लिए एक उच्च प्रवाह मंच./शिगेला एसपीपी.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

स्तनधारी कोशिकाओं में क्षमता को फिर से सील प्लाज्मा झिल्ली का उच्च प्रवाह माप

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...