Name: high throughput co-culture assays for the investigation of microbial interactions
Uploaded: 2019-10-15T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions at JoVE.com

Мы благодарим Даниэля Мэй, Марка Шевретта и Дона Хоанга за критическое прочтение рукописи. Эта работа, в том числе усилия Кэмерона Р. Карри, была поддержана Университетом Висконсин-Мэдисон, Офис вице-канцлера по исследованиям и высшему образованию при финансировании из Висконсинского фонда исследований выпускников, финансирование также обеспечивается Национальные институты медицинских центров передового опыта в области трансляционных исследований (U19-AI109673-01). Рид М. Stubbendieck была поддержана Национальной библиотекой медицины учебный грант для вычислений и информатики в биологии и медицины Учебная программа (NLM 5T15LM007359). Спонсоры не принимали никакой роли в разработке, сборе и интерпретации данных или принятии решения о представлении работы для публикации.

Информированное согласие было получено от родителей донора, и Комитет по гуманитарным вопросам при Университете Висконсин-Мэдисон одобрил исследование (Институциональный обзорный совет (IRB) утвержденный номер H-2013-1044).
1. Культура образца
ПРИМЕЧАНИЕ:</str...

<ol>
	<li>Stubbendieck, R. M., Vargas-Bautista, C., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Communities:+Interactions+to+Scale.">Bacterial Communities: Interactions to Scale.</a> Frontiers in Microbiology. 7 (August), 1234 (2016).</li><li>Green, J., Bohannan, B. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+scaling+of+microbial+biodiversity.">Spatial scaling of microbial biodiversity.</a> Trends in Ecology &amp; Evolution. 21 (9), 501-507 (2006).</li><li>Fleming, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+Antibacterial+Action+of+Cultures+of+a+Penicillium,+with+Special+Reference+to+their+Use+in+the+Isolation+of+B.+influenz&#230;.">On the Antibacterial Action of Cultures of a Penicillium, with Special Reference to their Use in the Isolation of B. influenz&#230;.</a> British Journal of Experimental Pathology. 10 (3), 226 (1929).</li><li>Stubbendieck, R. M., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Escape+from+Lethal+Bacterial+Competition+through+Coupled+Activation+of+Antibiotic+Resistance+and+a+Mobilized+Subpopulation.">Escape from Lethal Bacterial Competition through Coupled Activation of Antibiotic Resistance and a Mobilized Subpopulation.</a> PLoS Genetics. 11 (12), e1005722 (2015).</li><li>Zipperer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+commensals+producing+a+novel+antibiotic+impair+pathogen+colonization.">Human commensals producing a novel antibiotic impair pathogen colonization.</a> Nature. 535 (7613), 511-516 (2016).</li><li>Currie, C. R., Scott, J. A., Summerbell, R. C., Malloch, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fungus-growing+ants+use+antibiotic-producing+bacteria+to+control+garden+parasites.">Fungus-growing ants use antibiotic-producing bacteria to control garden parasites.</a> Nature. 398 (6729), 701-704 (1999).</li><li>Balouiri, M., Sadiki, M., Ibnsouda, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+in+vitro+evaluating+antimicrobial+activity:+A+review.">Methods for in vitro evaluating antimicrobial activity: A review.</a> Journal of Pharmaceutical Analysis. 6 (2), 71-79 (2016).</li><li>Heatley, N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+the+assay+of+penicillin.">A method for the assay of penicillin.</a> The Biochemical Journal. 38 (1), 61-65 (1944).</li><li>Clinical and Laboratory Standards Institute. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Performance standards for antimicrobial disk susceptibility tests; approved standard -11th ed. CLSI document M02-A11. , (2012).</li><li>Adnani, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coculture+of+Marine+Invertebrate-Associated+Bacteria+and+Interdisciplinary+Technologies+Enable+Biosynthesis+and+Discovery+of+a+New+Antibiotic,+Keyicin.">Coculture of Marine Invertebrate-Associated Bacteria and Interdisciplinary Technologies Enable Biosynthesis and Discovery of a New Antibiotic, Keyicin.</a> ACS Chemical Biology. 12 (12), 3093-3102 (2017).</li><li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+iChip+for+high+throughput+in+situ+cultivation+of+&amp;#34;uncultivable&amp;#34;+microbial+species.">Use of iChip for high throughput in situ cultivation of &amp;#34;uncultivable&amp;#34; microbial species.</a> Applied and Environmental Microbiology. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li><li>Gonzalez, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+competition+between+Bacillus+subtilis+and+Staphylococcus+aureus+monitored+by+imaging+mass+spectrometry.">Microbial competition between Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus monitored by imaging mass spectrometry.</a> Microbiology (Reading, England). 157 (Pt 9), 2485-2492 (2011).</li><li>Hoefler, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzymatic+resistance+to+the+lipopeptide+surfactin+as+identified+through+imaging+mass+spectrometry+of+bacterial+competition.">Enzymatic resistance to the lipopeptide surfactin as identified through imaging mass spectrometry of bacterial competition.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (32), 13082-13087 (2012).</li><li>Hoefler, B. C., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+Mass+Spectrometry,+Metabolism,+and+New+Views+of+the+Microbial+World.">Imaging Mass Spectrometry, Metabolism, and New Views of the Microbial World.</a> Natural Products Analysis. , 349-396 (2014).</li><li>Yang, Y. L., Xu, Y., Straight, P., Dorrestein, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translating+metabolic+exchange+with+imaging+mass+spectrometry.">Translating metabolic exchange with imaging mass spectrometry.</a> Nature Chemical Biology. 5 (12), 885-887 (2009).</li><li>Stubbendieck, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Competition+among+Nasal+Bacteria+Suggests+a+Role+for+Siderophore-Mediated+Interactions+in+Shaping+the+Human+Nasal+Microbiota.">Competition among Nasal Bacteria Suggests a Role for Siderophore-Mediated Interactions in Shaping the Human Nasal Microbiota.</a> Applied and Environmental Microbiology. 85 (10), 1-17 (2019).</li><li>Winkelmann, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+siderophore-mediated+transport.">Microbial siderophore-mediated transport.</a> Biochemical Society transactions. 30 (4), 691-696 (2002).</li><li>Chevrette, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+antimicrobial+potential+of+Streptomyces+from+insect+microbiomes.">The antimicrobial potential of Streptomyces from insect microbiomes.</a> Nature Communications. 10 (1), 516 (2019).</li></ol>

Антибиотики и другие вторичные метаболиты, которые посреднические микробные взаимодействия полезны для множества применений, в ключая открытие лекарств. В этом вопросе представлен протокол для совместно-культурных анализов для оценки большого количества микробных взаимодействий. Э...

В природе микроорганизмы редко существуют в изоляции; следовательно, они постоянно взаимодействуют с другими организмами. Поэтому изучение того, как микроорганизмы взаимодействуют друг с другом, имеет важное значение для понимания множества микробных поведений1. Микробные взаимодействия могут быть взаимоиссосимыми, сопутствующими или антагонистическими. Эти в teractions может повлиять не только на сами химеры микроорганизмов, но и окружающей среды и хостов, что микроорганизмы колонизировать1,2.
Многие ученые изучают микробные взаимодействия для выявления новых антимикробных молекул. Одна из первых клинически важных молекул противомикробных препаратов была обнаружена в результате изучения микробных взаимодействий. Сэр Александр Флеминг наблюдал загрязняющий пенициллий spp. изолировать, что препятствует росту штамма стафилококка, что привело к открытию широко используемых антибиотик пенициллин3. Характеристика механизмов, которые микроорганизмы используют для антагонизма своих конкурентов, остается плодотворным ресурсом для открытия антимикробных молекул. Например, недавно было показано, что Streptomyces sp. штамм Mg1 производит антибиотики линейных, которые имеют литическую и деградативную активность против Bacillus subtilis4.
Кроме того, нерибосомолицко синтезированный пептид имени lugdunin был недавно обнаружен после наблюдения, что носовой комменсальный стафилококк lugdunensis ингибирует золотистый стафилококк5. Исследования также показали, что взаимные взаимодействия между микроорганизмами столь же сильны, как антагонистические взаимодействия для открытия антимикробных молекул. Например, многие грибок-фермерских муравьев в племени Attini гавани симбиотические бактерии под названием Pseudonocardia на их экзоскелет, который производит противогрибковые молекулы для ингибирования обязывает возбудителя их грибковой культурой6. Поскольку изучение микробных взаимодействий было полезным для обнаружения антимикробных молекул, использование высокопроизводительных экранов может привести к открытию новых антимикробных молекул.
Что касается стоимости и простоты работы, то методологии, используемые для изучения микробных взаимодействий, варьируются от простых до сложных. Например, анализ агар-штепсельной вилки является недорогим и простым методом, который может быть использован для исследования антагонизма между несколькими микроорганизмами7. Тем не менее, анализ агар-штепсельной вилки не является эффективной процедурой и может быть трудоемким для многих парных комбинаций. Для оценки влияния микробно производимых продуктов на целевые изоляты, представляющие интерес в высокой пропускной форме, многие лаборатории используют дискдиффузионные анализы8. Эти анализы просты и недороги и могут быть масштабируемыми для более высокого числа образцов7. Тем не менее, этот анализ требует генерации микробных экстрактов и может привести к вводящим в заблуждение результатам для определенных комбинаций организмов-мишеней и антибиотиков, таких как сальмонеллы и цефалоспорины9.
Предыдущие подходы опирались на изолированные компоненты для вырастающей реакции в организме-мишень, вместо того, чтобы позволить микроорганизмам взаимодействовать друг с другом. Это примечательно, потому что взаимодействие между микробами может вызвать производство "загадочных" антимикробных молекул, которые не производятся в монокультуре. Например, недавно было показано, что противомикробный кейицин производится только Micromonospora sp. при совместной культуре с Rhodococcus sp., который изолирован от той же губкимикробиом 10. Более сложные методологии взаимодействия обходят эту потенциальную монокультурную помеху. Например, iChip полезен для изоляции редких и трудно культивируемых бактерий из экологических образцов и позволяет наблюдать микробных взаимодействий через рост на месте11. Для детального изучения взаимодействий можно использовать матричную лазерную десорпацию/ионизацию масс-спектрометрии изображений (MALDI-TOF-IMS). Этот подход содержит подробную информацию о составе и распределении малых молекул и пептидов, производимых путем взаимодействия микробных колоний с высоким пространственным разрешением. MALDI-TOF-IMS также был использован в многочисленных исследованиях бактериальных взаимодействий для характеристики механизмов конкуренции12,13,14,15. Тем не менее, MALDI-TOF-IMS часто требует кропотливой подготовки образцов, специализированных экспертиз для работы оборудования, а также дорогих и специализированных масс-спектрометров. По этим причинам, это трудный метод для использования для высокой пропускной воды исследований. Таким образом, было бы полезно провести простой, масштабируемый и высокопроизводительный анализ совместной культуры микробных взаимодействий, который преодолевает многие ограничения вышеуказанных подходов.
Здесь представлен протокол высокой пропускной пролимки микробной кокультуры. Этот анализ прост и легко включен в уже существующие исследования микробных взаимодействий. В отличие от многих широко используемых методов для изучения микробных взаимодействий, наш метод прост, недорог и поддается исследованию большого количества взаимодействий. Эти анализы не только просты в исполнении, но материалы широко доступны у большинства лабораторных поставщиков или государственных ресурсов (например, библиотек и makerspaces). Следовательно, этот анализ является выгодным в качестве первой линии исследования для выявления и разбора интересных моделей среди многих парных комбинаций микроорганизмов, которые могут быть особенно полезны для исследования микробной экологии.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>1 &#956;L disposable polystyrene inoculating loops, blue</td>
			<td>VWR</td>
			<td>12000-806</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 &#956;L disposable polystyrene inoculating loops, yellow</td>
			<td>VWR</td>
			<td>12000-810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>12-well cell culture plate, sterile with lid</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td>665 180</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>14 mL polystyrene round bottom tube, 17 x 100mm style, nonpyrogenic, sterile</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>352057</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2.0 self standing screw cap tubes with caps, sterile</td>
			<td>USA scientific</td>
			<td>1420-9710</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25 mL serological pipet</td>
			<td>Cell Treat</td>
			<td>229225B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar, bacteriological</td>
			<td>VWR</td>
			<td>J637</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brain Heart Infusion Broth</td>
			<td>Dot Scientific</td>
			<td>DSB11000-5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polycarbonate filament, white, 3mm diameter</td>
			<td>Keene Village Plastics</td>
			<td>12.1-3MM-WH-581.2-1KG-R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>School Glue</td>
			<td>Elmer&#39;s</td>
			<td>EPIE304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taz 6 3D printer</td>
			<td>Lulzbot</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high throughput co-culture assays for the investigation of microbial interactions

Изучение взаимодействий между микроорганизмами привело к многочисленным открытиям, от новых противомикробных препаратов до понимания микробной экологии. Многие подходы, используемые для изучения микробных взаимодействий, требуют специального оборудования и являются дорогостоящими и трудоемкими. В настоящем документе представлен протокол для анализов взаимодействия совместной культуры, которые являются недорогими, масштабируемыми для больших выборочных номеров и легко адаптируемыми к многочисленным экспериментальным проектам. Микроорганизмы культивируются вместе, каждый из которых хорошо представляет одну парную комбинацию микроорганизмов. Испытательный организм культивируется на одной стороне каждого колодца и впервые инкубируется в монокультуре. Впоследствии организмы-мишени одновременно прививаются на противоположную сторону каждого колодца с помощью 3D-печатной прививочной марки. После совместной культуры, завершенные анализы забиваются для визуальных фенотипов, таких как рост или ингибирование. Эти анализы могут быть использованы для подтверждения фенотипов или выявления закономерностей среди изолятов интересов. Используя этот простой и эффективный метод, пользователи могут анализировать комбинации микроорганизмов быстро и эффективно. Этот подход к совместной культуре применим к открытию антибиотиков, а также к исследованиям в области микробиома на основе культуры и уже успешно применяется в обоих приложениях.

Анализы взаимодействия со культуры могут быть использованы для понимания микробных взаимодействий, выявления интересов и выявления микробных изолятов с интригующей деятельностью. В этих анализах испытательный организм монокультурируется с одной стороны 12 колодца ...

Watch this Scientific Journal Video about High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions at JoVE.com

High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions

Анализы взаимодействия сокультуры, представленные в этом протоколе, являются недорогими, высокой пропускной их частью и простыми. Эти анализы могут быть использованы для наблюдения микробных взаимодействий в совместной культуре, выявления моделей взаимодействия и характеристики ингибирующего потенциала микробного штамма, интересующегося человеческими и экологическими патогенами.

Высокая пропускная мощность Ко-культуры Анализы для исследования микробных взаимодействий

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many ...

Наш протокол обеспечивает высокую пропускную способность метода для скрининга большого количества парных микробных взаимодействий в тандеме для выявления взаимодействий, представляющих интерес, которые могут помочь микробиом исследований и обнаружения противомикробных препаратов. Этот метод легко применим к изучению микробных взаимодействий в различных системах, если микроорганизмы любезны к культуре в лабораторных условиях. Основным преимуществом этого метода является то, что он позволяет пользователям экран большое количество микробных взаимодействий в относительно короткий период времени.Новые пользователи этого метода должны занять время, особенно при инокулации биоанализных пластин, так как очень важно быть осторожным, чтобы свести к минимуму разрастание или загрязнение. Визуальная демонстрация этого метода имеет решающее значение, потому что инокулирование биоанализных пластин требует точности, чтобы убедиться, что организмы не разрастают колодцы, и что со-культуры не загрязнены. Начните с подготовки ночных культур.Используйте серологическую пипету, чтобы добавить три миллилитров бульона BHI в 14-миллилитровые трубки культуры. Затем используйте стерильный один микролитер инокуляции петли для прививки бактериальной колонии в бульон. Закружить петлю, чтобы убедиться, что комок рассеивается в бульон.Кратко вихрь культуры труб, и инкубировать их на ночь при 37 градусов по Цельсию на шейкер при 250 об /мин. Как только бактериальные культуры достигают OD 600 выше одного, вихрь их, чтобы разбить скопления клеток. Подготовка PHI средств массовой информации с 1,5%agar, и стерилизовать его путем автоклавирования.Затем охладить средства массовой информации до 55 градусов по Цельсию в контролируемой температурой водяной бане, и обойтись три миллилитров расплавленного BHI средств массовой информации в каждой из 12 скважин на пластине, гарантируя, что скважины как можно более равномерно. Затем позвольте агару установить на ночь. Прививать испытательный организм на биоанализной пластине, вставив стерильную 10-микролитровую инокулятную петлю в ночную культуру, и полоса культуры капли над левой трети пластины хорошо.Повторяйте до тех пор, пока все 12 скважин на плите не будут привиты. Инкубировать пластины вверх дном при соответствующей температуре в течение семи дней. Если инкубация при температурах выше или равна 37 градусам по Цельсию, или в более сухом климате, храните пластины во влажном контейнере, чтобы предотвратить их высыхание.После шестидневной инкубации биоанализной пластины подготовьтесь к ночным культурам организма-мишени, как описано ранее. Подготовьте целевую пластину, заполнив каждую колодец пустой пластиной из 12 колодец с 1,8 миллилитров BHI и 200 микролитров целевой ночной культуры. Поместите стерильный штамп прививки в целевую пластину.Аккуратно закружить культуры вокруг колодцев, гарантируя, что они не перекрестно загрязняют соседние колодцы. Поднимите прививку штамп, и убедитесь, что есть капля разбавленной целевой культуры на каждом кончике марки. Поместите прививку штамп на неукопленной пластины bioassay, и осторожно рок штамп так, что культура капли прививается каждый хорошо.После того, как марка удалена, капля культуры должна быть видна в колодцах. Если какие-либо скважины не прививаются с прививкой штамп, месте три микролитера разбавленной ночной культуры на скважины с помощью пипетки. Затем привить биоанализные пластины, как описано ранее, но выровнять печать советы с правой стороны 12-хорошо пластины, гарантируя, что печать не контактирует с существующей бактериальной колонии.Аккуратно снимите штамп и поместите его обратно в целевую пластину. Если агар затвердевал в колодцах неравномерно, аккуратно раскачивайте штамп вперед и назад, но будьте осторожны, чтобы не сдвинуть штамп в рост испытательного организма. Повторите прививку для каждой биоанализной пластины до тех пор, пока все пластины не будут привиты, а затем инкубировать пластины вверх дном при соответствующей температуре в течение семи дней.После совместного культивирования испытательного и целевого организма в течение одной недели, оценка взаимодействий на основе визуальной оценки. Оценка скважин с целевым ростом организма, который демонстрирует неотличимый рост от монокультуры, как ноль. Оценка скважин с уменьшением роста, как один, и не рост, как два.Описанные здесь анализы совместной культуры были использованы для оценки ингибирующей активности актинобактерий испытательных организмов по отношению к видам стафилококков, целевых организмов, изолированных от полости носа человека. Всего было протестировано 812 парных комбинаций. Примечательно, что Corynebacterium propinquum сильно ингибирует коагулазу отрицательных стафилококков, особенно по сравнению с другими коринебактериями, которые либо слабо ингибируют коагулазу, отрицательные стафилококки, либо не имеют ингибирующего воздействия.С помощью сравнительной геномики в геноме коринебактерий был выявлен биосинтетический генный кластер для производства сайдрофора. Совместное культурное взаимодействие анализы с использованием стандартных и железо-дополненных BHI среды установлено, что ингибирование фенотип между Corynebacterium propinquum и коагулас отрицательных стафилококков на самом деле железо-зависимых. Важно быть осторожным при штамповке пластины.Двойная проверка каждого хорошо после штамповки, и убедитесь, что прививка штамп выровнен правильно, чтобы предотвратить загрязнение. После выявления взаимодействий, представляющих интерес, последующие исследования с использованием микробной генетики и геномики, естественной изоляции продукта и характеристики, или визуализации масс-спектрометрии могут быть использованы для характеристики механизмов, лежащих в основе этих взаимодействий. Этот протокол недавно был использован для выявления siderophore опосредовано конкуренции между человеком носовой микробиоты, и помогли в открытии новой противогрибковой молекулы под названием цифомицин.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

Высокая пропускная способность Метод обнаружения для вируса гриппа

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

Микроскопический фенотипический анализ для количественной оценки внутриклеточных микобактерий, адаптированных для скрининга с высокой пропускной способностью/высоким содержанием

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

Высокопроизводительный скрининг для широкого спектра химических ингибиторов РНК-содержащих вирусов

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

ScanLag: High-throughput Quantification of Colony Growth and Lag Time

ScanLag: Высокая пропускная Количественная оценка колонии роста и время запаздывания

Growth dynamics are fundamental characteristics of microorganisms. Quantifying growth precisely is an important goal in microbiology. Growth dynamics are ...

Scalable High Throughput Selection From  Phage-displayed Synthetic Antibody Libraries

Масштабируемость Высокая пропускная Выбор фага-дисплее синтетических библиотек антител

The demand for antibodies that fulfill the needs of both basic and clinical research applications is high and will dramatically increase in the future. ...

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Микроскопия основе Анализы для высокопроизводительного скрининга на хост факторов, участвующих в<em&gt; Brucella</em&gt; Инфицирование клеток HeLa

Brucella species are facultative intracellular pathogens that infect animals as their natural hosts. Transmission to humans is most commonly caused by ...

Electrochemiluminescence Assays for Human Islet Autoantibodies

Electrochemiluminescence анализов для человека островок аутоантител

Pinpointing islet autoantibodies associated with type 1 diabetes (T1D) leads the way to project and deter this disease in the general population. A novel ...

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

Высок объём платформы для проверки Salmonella spp. /Shigella spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

Высок объём измерение плазматической мембраны запечатывания эффективность в клетках млекопитающих

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...