Name: high throughput co-culture assays for the investigation of microbial interactions
Uploaded: 2019-10-15T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions at JoVE.com

Vi tackar Daniel May, Marc Chevrette och Don Hoang för kritisk läsning av manuskriptet. Detta arbete, inklusive insatser av Cameron R. Currie, stöddes av University of Wisconsin-Madison, kanslichef för forskning och forskarutbildning med finansiering från Wisconsin Alumni Research Foundation, finansiering som också tillhandahålls av Nationella institut för vårdcentraler för excellens för translationell forskning (U19-AI109673-01). Reed M. Stubbendieck stöddes av ett nationellt bibliotek för medicin utbildning Grant till uträkning och informatik i biologi och medicin utbildningsprogram (NLM 5T15LM007359). Finansiärer hade ingen roll i studiens utformning, datainsamling och tolkning, eller beslutet att lämna in arbetet för publicering.

Informerat samtycke erhölls från donatorns föräldrar, och de mänskliga undersåtar kommittén vid University of Wisconsin-Madison godkände studien (institutionell granskningsnämnd [IRB] godkännandenummer H-2013-1044).
1. exempel på kultur
Anmärkning: Detta förfarande används här för studiet av interaktioner mellan bakterieisolat från människans näshålan. I princip är följande metoder tillämpliga på alla odlingsvillkor. Hjärnan-H...

<ol>
	<li>Stubbendieck, R. M., Vargas-Bautista, C., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Communities:+Interactions+to+Scale.">Bacterial Communities: Interactions to Scale.</a> Frontiers in Microbiology. 7 (August), 1234 (2016).</li><li>Green, J., Bohannan, B. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+scaling+of+microbial+biodiversity.">Spatial scaling of microbial biodiversity.</a> Trends in Ecology &amp; Evolution. 21 (9), 501-507 (2006).</li><li>Fleming, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+Antibacterial+Action+of+Cultures+of+a+Penicillium,+with+Special+Reference+to+their+Use+in+the+Isolation+of+B.+influenz&#230;.">On the Antibacterial Action of Cultures of a Penicillium, with Special Reference to their Use in the Isolation of B. influenz&#230;.</a> British Journal of Experimental Pathology. 10 (3), 226 (1929).</li><li>Stubbendieck, R. M., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Escape+from+Lethal+Bacterial+Competition+through+Coupled+Activation+of+Antibiotic+Resistance+and+a+Mobilized+Subpopulation.">Escape from Lethal Bacterial Competition through Coupled Activation of Antibiotic Resistance and a Mobilized Subpopulation.</a> PLoS Genetics. 11 (12), e1005722 (2015).</li><li>Zipperer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+commensals+producing+a+novel+antibiotic+impair+pathogen+colonization.">Human commensals producing a novel antibiotic impair pathogen colonization.</a> Nature. 535 (7613), 511-516 (2016).</li><li>Currie, C. R., Scott, J. A., Summerbell, R. C., Malloch, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fungus-growing+ants+use+antibiotic-producing+bacteria+to+control+garden+parasites.">Fungus-growing ants use antibiotic-producing bacteria to control garden parasites.</a> Nature. 398 (6729), 701-704 (1999).</li><li>Balouiri, M., Sadiki, M., Ibnsouda, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+in+vitro+evaluating+antimicrobial+activity:+A+review.">Methods for in vitro evaluating antimicrobial activity: A review.</a> Journal of Pharmaceutical Analysis. 6 (2), 71-79 (2016).</li><li>Heatley, N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+the+assay+of+penicillin.">A method for the assay of penicillin.</a> The Biochemical Journal. 38 (1), 61-65 (1944).</li><li>Clinical and Laboratory Standards Institute. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Performance standards for antimicrobial disk susceptibility tests; approved standard -11th ed. CLSI document M02-A11. , (2012).</li><li>Adnani, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coculture+of+Marine+Invertebrate-Associated+Bacteria+and+Interdisciplinary+Technologies+Enable+Biosynthesis+and+Discovery+of+a+New+Antibiotic,+Keyicin.">Coculture of Marine Invertebrate-Associated Bacteria and Interdisciplinary Technologies Enable Biosynthesis and Discovery of a New Antibiotic, Keyicin.</a> ACS Chemical Biology. 12 (12), 3093-3102 (2017).</li><li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+iChip+for+high+throughput+in+situ+cultivation+of+&amp;#34;uncultivable&amp;#34;+microbial+species.">Use of iChip for high throughput in situ cultivation of &amp;#34;uncultivable&amp;#34; microbial species.</a> Applied and Environmental Microbiology. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li><li>Gonzalez, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+competition+between+Bacillus+subtilis+and+Staphylococcus+aureus+monitored+by+imaging+mass+spectrometry.">Microbial competition between Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus monitored by imaging mass spectrometry.</a> Microbiology (Reading, England). 157 (Pt 9), 2485-2492 (2011).</li><li>Hoefler, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzymatic+resistance+to+the+lipopeptide+surfactin+as+identified+through+imaging+mass+spectrometry+of+bacterial+competition.">Enzymatic resistance to the lipopeptide surfactin as identified through imaging mass spectrometry of bacterial competition.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (32), 13082-13087 (2012).</li><li>Hoefler, B. C., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+Mass+Spectrometry,+Metabolism,+and+New+Views+of+the+Microbial+World.">Imaging Mass Spectrometry, Metabolism, and New Views of the Microbial World.</a> Natural Products Analysis. , 349-396 (2014).</li><li>Yang, Y. L., Xu, Y., Straight, P., Dorrestein, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translating+metabolic+exchange+with+imaging+mass+spectrometry.">Translating metabolic exchange with imaging mass spectrometry.</a> Nature Chemical Biology. 5 (12), 885-887 (2009).</li><li>Stubbendieck, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Competition+among+Nasal+Bacteria+Suggests+a+Role+for+Siderophore-Mediated+Interactions+in+Shaping+the+Human+Nasal+Microbiota.">Competition among Nasal Bacteria Suggests a Role for Siderophore-Mediated Interactions in Shaping the Human Nasal Microbiota.</a> Applied and Environmental Microbiology. 85 (10), 1-17 (2019).</li><li>Winkelmann, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+siderophore-mediated+transport.">Microbial siderophore-mediated transport.</a> Biochemical Society transactions. 30 (4), 691-696 (2002).</li><li>Chevrette, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+antimicrobial+potential+of+Streptomyces+from+insect+microbiomes.">The antimicrobial potential of Streptomyces from insect microbiomes.</a> Nature Communications. 10 (1), 516 (2019).</li></ol>

Antibiotika och andra sekundära metaboliter som förmedlar mikrobiella interaktioner är användbara för en mängd tillämpningar, inklusive läkemedels upptäckt. Här presenteras ett protokoll för samkulturanalyser för att bedöma ett stort antal mikrobiella interaktioner. Dessa Co-Culture interaktion analyser är en enkel, prisvärd, skalbar och hög genomströmning innebär att undersöka många Pairwise kombinationer av mikroorganismer i tandem. Målorganismer är fläckig bredvid test organismer i en brunn av e...

I naturen, mikroorganismer finns sällan i isolering; Följaktligen interagerar de ständigt med andra organismer. Därför är det viktigt att studera hur mikroorganismer interagerar med varandra för att förstå en mängd mikrobiella beteenden1. Mikrobiella interaktioner kan vara mutualistisk, commensal, eller antagonistic. Dessa i teractions kan påverka inte bara mikroorganismer själva utan också de miljöer och värdar som mikroorganismer kolonisera1,2.
Många forskare studerar mikrobiella interaktioner för att identifiera nya antimikrobiella molekyler. En av de första kliniskt betydelsefulla antimikrobiella molekylerna hittades genom studiet av mikrobiella interaktioner. Sir Alexander Fleming observerade en kontaminerande Penicillium spp. isolera som hämmade tillväxten av en stafylokocker stam, vilket ledde till upptäckten av den vanligen använda antibiotika penicillin3. Karaktärisering av de mekanismer som mikroorganismer använder för att motverka sina konkurrenter är fortfarande en fruktbar resurs för upptäckten av antimikrobiella molekyler. Till exempel, det visades nyligen att Streptomyces SP. stam Mg1 producerar antibiotika linearmycins, som har en lytisk och nedbrytande aktivitet mot Bacillus subtilis4.
Ytterligare, en icke-ribosomally syntetiserade peptid som heter lugdunin upptäcktes nyligen efter iakttagelsen att nasal kommensaler Staphylococcus Lugdunensis hämmar Staphylococcus aureus5. Studier har också visat att mutualistiska interaktioner mellan mikroorganismer är lika kraftfulla som antagonistiska interaktioner för upptäckten av antimikrobiella molekyler. Till exempel, många svamp-jordbruk myror i stammen Attini Harbor symbiotiska bakterier kallas pseudonymer på deras exoskelett som producerar svampdödande molekyler för att hämma en obligate patogen av deras svamp gröda6. Eftersom studiet av mikrobiella interaktioner har varit fördelaktigt för att upptäcka antimikrobiella molekyler, kan användningen av hög genomströmning skärmar resultera i upptäckten av nya antimikrobiella molekyler.
När det gäller kostnaden och enkel prestanda, de metoder som används för att studera mikrobiella interaktioner sträcker sig från enkla till komplexa. Till exempel, en agar plugg assay är en billig och enkel metod som kan användas för att undersöka antagonism mellan flera mikroorganismer7. Emellertid, en agar plugg assay är inte ett effektivt förfarande och kan vara arbetsintensiva för många Pairwise kombinationer. För att bedöma effekterna av mikrobially producerade produkter på mål isolat av intresse i en hög genomströmning sätt, många laboratorier använder disk diffusion analyser8. Dessa analyser är enkla och billiga och kan skalas till ett högre antal prover7. Denna analys kräver dock generering av mikrobiella extrakt och kan ge vilseledande resultat för vissa kombinationer av målorganismer och antibiotika, såsom salmonella och cefalosporiner9.
De föregående metoderna förlitar sig på isolerade komponenter för att framkalla ett svar i en målorganism, i stället för att låta mikroorganismer interagera med varandra. Detta är av anmärkning eftersom interaktioner mellan mikrober kan framkalla produktion av "kryptiska" antimikrobiella molekyler som inte produceras i monokultur. Till exempel, det visades nyligen att den antimikrobiella keyicin endast produceras av en Micromonospora SP. När Co-odlade med en Rhodococcus SP. som isoleras från samma svamp mikrobiomet10. Mer komplexa interaktions metoder kringgå denna potentiella monokultur hinder. Till exempel är iChip användbar för att isolera sällsynta och svåra att odla bakterier från miljöprover och möjliggör observation av mikrobiella interaktioner genom tillväxt på situ11. För att undersöka interaktioner i detalj kan Matrix Assisted laserdesorption/jonisering tid-of-Flight Imaging masspektrometri (MALDI-TOF-IMS) användas. Denna metod ger detaljerad information om sammansättningen och distributionen av små molekyler och peptider som produceras av samverkande mikrobiella kolonier med hög rumslig upplösning. MALDI-TOF-IMS har också använts i flera studier av bakteriella interaktioner för att karakterisera mekanismerna för konkurrens12,13,14,15. MALDI-TOF-IMS kräver dock ofta mödosam provberedning, specialiserad expertis för att driva utrustningen och dyra och specialiserade masspektrometrar. Av dessa skäl är det en svår teknik att använda för hög genomströmning studier. Sålunda, en enkel, skalbar och hög genomströmning Co-Culture analys för mikrobiella interaktioner som övervinner många begränsningar av ovanstående metoder skulle vara fördelaktigt.
Här presenteras ett protokoll för hög genomströmning av mikrobiell samodling. Denna analys är enkel och enkelt införlivas i redan existerande studier av mikrobiella interaktioner. I motsats till många vanliga metoder för studiet av mikrobiella interaktioner, vår metod är enkel, billig, och är mottaglig för att undersöka ett stort antal interaktioner. Dessa analyser är inte bara lätta att utföra, men materialen är allmänt tillgängliga från de flesta laboratorie leverantörer eller offentliga resurser (t. ex. bibliotek och makerspaces). Följaktligen, denna analys är fördelaktigt som en första raden av utredning för att identifiera och tolka intressanta mönster bland många Pairwise kombinationer av mikroorganismer, som kan vara särskilt användbart för utredning av mikrobiell ekologi.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>1 &#956;L disposable polystyrene inoculating loops, blue</td>
			<td>VWR</td>
			<td>12000-806</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 &#956;L disposable polystyrene inoculating loops, yellow</td>
			<td>VWR</td>
			<td>12000-810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>12-well cell culture plate, sterile with lid</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td>665 180</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>14 mL polystyrene round bottom tube, 17 x 100mm style, nonpyrogenic, sterile</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>352057</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2.0 self standing screw cap tubes with caps, sterile</td>
			<td>USA scientific</td>
			<td>1420-9710</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25 mL serological pipet</td>
			<td>Cell Treat</td>
			<td>229225B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar, bacteriological</td>
			<td>VWR</td>
			<td>J637</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brain Heart Infusion Broth</td>
			<td>Dot Scientific</td>
			<td>DSB11000-5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polycarbonate filament, white, 3mm diameter</td>
			<td>Keene Village Plastics</td>
			<td>12.1-3MM-WH-581.2-1KG-R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>School Glue</td>
			<td>Elmer&#39;s</td>
			<td>EPIE304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taz 6 3D printer</td>
			<td>Lulzbot</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high throughput co-culture assays for the investigation of microbial interactions

Studiet av interaktioner mellan mikroorganismer har lett till många upptäckter, från nya antimikrobiella substanser till insikter i mikrobiell ekologi. Många metoder som används för studiet av mikrobiella interaktioner kräver specialiserad utrustning och är dyra och tidskrävande. Denna uppsats presenterar ett protokoll för co-Culture interaktions analyser som är billiga, skalbara till stora provnummer, och lätt att anpassa till många experimentella konstruktioner. Mikroorganismer odlas tillsammans, med varje brunn representerar en Pairwise kombination av mikroorganismer. En testorganism odlas på ena sidan av varje brunn och inkuberas först i monokultur. Därefter inokuleras målorganismer samtidigt på motsatt sida av varje brunn med hjälp av en 3D-tryckt inympningstämpel. Efter samodling görs de genomförda analyserna för visuell fenotyp, såsom tillväxt eller hämning. Dessa analyser kan användas för att bekräfta fenotyper eller identifiera mönster bland isolat av intresse. Genom att använda denna enkla och effektiva metod kan användare snabbt och effektivt analysera kombinationer av mikroorganismer. Detta samarbete kulturstrategi är tillämplig på antibiotika upptäckt samt kulturbaserad mikrobiomet forskning och har redan tillämpats framgångsrikt på båda ansökningarna.

Co-Culture interaktion analyser kan användas för att förstå mikrobiella interaktioner, identifiera mönster av intresse, och avslöja mikrobiella isolat med spännande aktiviteter. I dessa analyser är en testorganism monokultiverad på ena sidan av en 12 väl agar platta och inkuberas i 7 dagar. Därefter är en målorganism fläckig bredvid test organismen och de två mikroberna samodlas i 7 dagar före poängsättningen för målorganismens tillväxtfenotyp. Analyserna görs utifr?...

Watch this Scientific Journal Video about High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions at JoVE.com

High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions

Co-Culture interaktions analyser som presenteras i detta protokoll är billiga, högt genomströmning och enkla. Dessa analyser kan användas för att observera mikrobiella interaktioner i medkulturen, identifiera interaktionsmönster, och karakterisera den hämmande potentialen hos en mikrobiell stam av intresse mot mänskliga och miljömässiga patogener.

Co-Culture-analyser med hög genomströmning för undersökning av mikrobiella interaktioner

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many ...

Vårt protokoll ger en hög genomströmning metod för screening ett stort antal pairwise mikrobiella interaktioner i tandem för att identifiera interaktioner av intresse som kan hjälpa mikrobiomet forskning och antimikrobiella upptäckt. Denna metod är lätt tillämplig för att studera mikrobiella interaktioner i en mängd olika system, så länge mikroorganismerna är älskvärda för kulturen under laboratorieförhållanden. Den största fördelen med denna teknik är att det tillåter användare att skärmen ett stort antal mikrobiella interaktioner i en relativt kort tid.Nya användare av denna teknik bör ta tid, särskilt när inokulerande bioassay plattorna, eftersom det är avgörande att vara noga med att minimera överväxt eller kontaminering. Visuell demonstration av denna teknik är kritisk, eftersom inokulat bioassay plattorna kräver precision för att säkerställa att organismerna inte överväxer brunnarna, och att co-kulturer inte förorenas. Börja med att förbereda övernattningskulturer.Använd en serologisk pipett för att lägga till tre milliliter BHI-buljong i 14-milliliter odlingsrör. Använd sedan en steril en mikroliter inokulerande slinga för att inokulera en bakteriekoloni i buljongen. Snurra slingan för att säkerställa att klumpen skingras i buljongen.Kort virvel kulturen rör, och inkubera dem över natten på 37 grader Celsius på en shaker på 250 RPM. När bakteriekulturerna når en OD 600 över en, virvel dem att bryta upp klumpar av celler. Förbered PHI media med 1,5%agar, och sterilisera det genom autoklavering.Kyl sedan media till 55 grader Celsius i ett temperaturkontrollerat vattenbad och dosera tre milliliter smält BHI-media i var och en av de 12 brunnarna på en tallrik, vilket säkerställer att brunnarna är så jämn som möjligt. Låt sedan agaren ställa in över natten. Inokulera testorganismen på en bioassayplatta genom att sätta in en steril 10-mikroliter inokulerande slinga i nattens kultur, och strimmor odlingsdropparet över den vänstra tredjedelen av en platta väl.Upprepa tills alla 12 brunnarna på plattan har inokulerat. Inkubera plattorna upp och ner vid lämplig temperatur i sju dagar. Om inkubering vid temperaturer som är större än eller lika med 37 grader Celsius, eller i torrare klimat, förvara plattorna i en fuktig behållare för att förhindra att de torkar ut.Efter sex dagars inkubation av bioassay plattan, förbereda övernattning kulturer av målorganismen som tidigare beskrivits. Förbered målplattan genom att fylla varje brunn av en tom 12-brunnsplatta med 1,8 milliliter BHI, och 200 mikroliter av målkulturen över natten. Placera en steril inokuleringsstämpel i målplattan.Snurra försiktigt kulturerna runt brunnarna, se till att de inte korsförorenar angränsande brunnar. Lyft inokuleringsstämpeln, och se till att det finns en droppe utspädd målkultur på varje stämpelspets. Placera inokuleringsstämpeln på en oinokulerad bioassay-platta, och försiktigt klippa stämpeln så att odlingsdropparen inokulerar varje brunn.När stämpeln är borttagen, bör en droppe kultur vara synlig i brunnarna. Om några brunnar inte inympas med inokuleringsstämpeln, se tre mikroliter av utspädd över natten kultur på brunnarna med hjälp av en pipett. Sedan inokulera bioassay plattorna som tidigare beskrivits, men anpassa stämpel tips med den högra sidan av 12-brunnsplattan, se till att stämpeln inte kontakta den befintliga bakteriekolonin.Ta försiktigt bort stämpeln, och placera den tillbaka i målplattan. Om agaren har stelnat i brunnarna ojämnt, försiktigt klippa stämpeln fram och tillbaka, men var noga med att inte flytta stämpeln i testet organismen tillväxt. Upprepa inokulering för varje bioassay platta tills alla plattorna är inokulerade, sedan inkubera plattorna upp och ner vid lämplig temperatur i sju dagar.Efter co-culturing testet och målorganism för en vecka, poänginteraktioner baserat på visuell bedömning. Betyg brunnarna med målet organism tillväxt som uppvisar omöjlig att skilja tillväxt från monokultur som noll. Betyg brunnarna med minskad tillväxt som en, och ingen tillväxt som två.De samkulturanalyser som beskrivs här användes för att bedöma den hämmande aktiviteten hos actinobacteria-testorganismerna mot stafylokockarterna målorganismer som isolerats från den mänskliga näshålan. Totalt testades 812 parviskombinationer. Noterbart är att Corynebacterium propinquum starkt hämmade koagulerasnegativa stafylokocker, särskilt i jämförelse med andra Corynebacteria som antingen svagt hämmade koagulerasnegativa stafylokocker eller inte hade några hämmande effekter.Genom användning av jämförande genomik identifierades ett biosyntetiskt genkluster för siderophore-produktion i Corynebacterium propinquum genomet. Co-kultur interaktion analyser med hjälp av standard och järn-kompletteras BHI medium fastställt att hämning fenotyp mellan Corynebacterium propinquum och coagulase negativa staphylococci var i själva verket järn-beroende. Det är viktigt att vara försiktig när du stämplar plattan.Dubbelkolla varje brunn efter stämpling, och se till att inokuleringsstämpeln är korrekt inriktad för att förhindra kontaminering. Efter att ha identifierat interaktioner av intresse, kan efterföljande studier med mikrobiell genetik och genomik, naturlig produktisolering och karakterisering, eller bildåtergivning masspektrometri användas för att karakterisera mekanismer som ligger till grund för dessa interaktioner. Detta protokoll har nyligen använts för att avslöja siderophore-medierad konkurrens mellan den mänskliga nasala mikrobiotan, och med hjälp av upptäckten av en ny svampdödande molekyl som kallas cyphomycin.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

High-throughput Detektion Metod för Influensa Virus-

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

En mikroskopisk fenotypisk analys för kvantifiering av intracellulär mykobakteri anpassad för screening med högt genomströmning/högt innehåll

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

High-throughput screening för brett spektrum kemiska inhibitorer av RNA-virus

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

ScanLag: High-throughput Quantification of Colony Growth and Lag Time

ScanLag: hög kapacitet Kvantifiering av Colony Tillväxt och Lag Tid

Growth dynamics are fundamental characteristics of microorganisms. Quantifying growth precisely is an important goal in microbiology. Growth dynamics are ...

Scalable High Throughput Selection From  Phage-displayed Synthetic Antibody Libraries

Skalbar hög genomströmning Urval Från faguppvisade Syntetiska Antibody bibliotek

The demand for antibodies that fulfill the needs of both basic and clinical research applications is high and will dramatically increase in the future. ...

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Mikroskopi baserade analyser för high-throughput screening av Host faktorer som<em&gt; Brucella</em&gt; Infektion av HeLa-celler

Brucella species are facultative intracellular pathogens that infect animals as their natural hosts. Transmission to humans is most commonly caused by ...

Electrochemiluminescence Assays for Human Islet Autoantibodies

Elektrokemiluminescens analyser för mänskliga Islet autoantikroppar

Pinpointing islet autoantibodies associated with type 1 diabetes (T1D) leads the way to project and deter this disease in the general population. A novel ...

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

En hög genomströmning plattform för Screening av Salmonella spp. /Shigella spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

Hög genomströmning mätning av plasmamembranet återförslutning effektivitet i däggdjursceller

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...