Name: tomato root transformation followed by inoculation with ralstonia solanacearum for straightforward genetic analysis of bacterial wilt disease
Uploaded: 2020-03-11T13:00:00
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我们感谢马乔实验室的所有实验室成员进行了有益的讨论，阿尔瓦罗·洛佩斯-加西亚提供了统计建议，并感谢新宇健在这项工作中提供技术和行政协助。我们感谢PSC细胞生物学核心设施在荧光成像方面的援助，这项工作得到了中国科学院战略优先研究项目（授予XDB27040204）、上海植物压力生物学中心（中国中国科学院）和中国千名人才计划。

注：该方法的重要部分涉及在体外处理植物材料，因此在所有这些过程中保持无菌条件很重要，包括DsRed荧光的可视化。在所有转化过程中，番茄幼苗生长在25~28°C和16 h/8小时光/暗（130μmol光子m-2s-1光）。板材用微孔胶带密封，以方便气体交换和蒸腾。
1. 番茄植物和植物菌种的制备
<ol><li>用5%（v/v）次氯酸钠对番茄种子进行消毒（Solanum...

<ol>
	<li>Jiang, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Wilt+in+China:+History,+Current+Status,+and+Future+Perspectives.">Bacterial Wilt in China: History, Current Status, and Future Perspectives.</a> Frontiers in Plant Science. 11 (8), 1549 (2017).</li><li>Mansfield, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Top+10+plant+pathogenic+bacteria+in+molecular+plant+pathology.">Top 10 plant pathogenic bacteria in molecular plant pathology.</a> Molecular plant pathology. 13 (6), 614-629 (2012).</li><li>Elphinstone, J. G., Allen, C., Prior, P., Hayward, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The current bacterial wilt situation: a global overview. In: Bacterial Wilt Disease and the Ralstonia solanacearum Species Complex. , 9-28 (2005).</li><li>Jones, J. B., Jones, J. P., Stall, R. E., Zitter, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Compendium of Tomato 1094 Diseases. , (1991).</li><li>Ho-Pl&#225;garo, T., Huertas, R., Tamayo-Navarrete, M. I., Ocampo, J. A., Garc&#237;a-Garrido, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+method+for+Agrobacterium+rhizogenes-mediated+transformation+of+tomato+suitable+for+the+study+of+arbuscular+mycorrhizal+symbiosis.">An improved method for Agrobacterium rhizogenes-mediated transformation of tomato suitable for the study of arbuscular mycorrhizal symbiosis.</a> Plant Methods. 14, 34 (2018).</li><li>Wydra, K., Beri, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+changes+of+homogalacturonan,+rhamnogalacturonan+I+and+arabiogalactan+protein+in+xylem+cell+walls+of+tomato+gentoypes+in+reaction+to+Ralstonia+solanacearum.">Structural changes of homogalacturonan, rhamnogalacturonan I and arabiogalactan protein in xylem cell walls of tomato gentoypes in reaction to Ralstonia solanacearum.</a> Physiological and Molecular Plant Pathology. 68, 41-50 (2006).</li><li>Wydra, K., Beri, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunohistochemical+changes+in+methyl-ester+distribution+of+homogalacturonan+and+side+chain+composition+of+rhamnogalacturonan+I+as+possible+components+of+basal+resistance+in+tomato+inoculated+with+Ralstonia+solanacearum.">Immunohistochemical changes in methyl-ester distribution of homogalacturonan and side chain composition of rhamnogalacturonan I as possible components of basal resistance in tomato inoculated with Ralstonia solanacearum.</a> Physiological and Molecular Plant Pathology. 70, 13-24 (2007).</li><li>Hern&#225;ndez-Blanco, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impairment+of+cellulose+synthases+required+for+Arabidopsis+secondary+cell+wall+formation+enhances+disease+resistance.">Impairment of cellulose synthases required for Arabidopsis secondary cell wall formation enhances disease resistance.</a> Plant Cell. 19 (3), 890-903 (2007).</li><li>Denanc&#233;, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+wat1+(walls+are+thin1)-mediated+resistance+to+the+bacterial+vascular+pathogen,+Ralstonia+solanacearum,+is+accompanied+by+cross-regulation+of+salicylic+acid+and+tryptophan+metabolism.">Arabidopsis wat1 (walls are thin1)-mediated resistance to the bacterial vascular pathogen, Ralstonia solanacearum, is accompanied by cross-regulation of salicylic acid and tryptophan metabolism.</a> Plant Journal. 73 (2), 225-239 (2013).</li><li>Digonnet, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deciphering+the+route+of+Ralstonia+solanacearum+colonization+in+Arabidopsis+thaliana+roots+during+a+compatible+interaction:+focus+at+the+plant+cell+wall.">Deciphering the route of Ralstonia solanacearum colonization in Arabidopsis thaliana roots during a compatible interaction: focus at the plant cell wall.</a> Planta. 236 (5), 1419-1431 (2012).</li><li>Sang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Ralstonia+solanacearum+type+III+effector+RipAY+targets+plant+redox+regulators+to+suppress+immune+responses.">The Ralstonia solanacearum type III effector RipAY targets plant redox regulators to suppress immune responses.</a> Molecular Plant Pathology. 19 (1), 129-142 (2018).</li><li>Remigi, P., Anisimova, M., Guidot, A., Genin, S., Peeters, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+diversification+of+the+GALA+type+III+effector+family+contributes+to+Ralstonia+solanacearum+adaptation+on+different+plant+hosts.">Functional diversification of the GALA type III effector family contributes to Ralstonia solanacearum adaptation on different plant hosts.</a> New Phytologist. 192, 976-987 (2011).</li><li>Wang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+assignment+to+positively+selected+sites+in+the+core+type+III+effector+RipG7+from+Ralstonia+solanacearum.">Functional assignment to positively selected sites in the core type III effector RipG7 from Ralstonia solanacearum.</a> Molecular Plant Pathology. 17, 553-564 (2016).</li><li>Livak, K. J., Schmittgen, T. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+relative+gene+expression+data+using+real-time+quantitative+PCR+and+the+2-&#916;&#916;CT+method.">Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2-&#916;&#916;CT method.</a> Methods. 25 (4), 402-408 (2001).</li><li>Le&#243;n-Morcillo, R. J., Mart&#237;n-Rodr&#237;guez, J. A., Vierheilig, H., Ocampo, J. A., Garc&#237;a-Garrido, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Late+activation+of+the+9-oxylipin+pathway+during+arbuscular+mycorrhiza+formation+in+tomato+and+its+regulation+by+jasmonate+signalling.">Late activation of the 9-oxylipin pathway during arbuscular mycorrhiza formation in tomato and its regulation by jasmonate signalling.</a> Journal of Experimental Botany. 63 (10), 3545-3558 (2012).</li><li>Amrhein, V., Greenland, S., McShane, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Retire+statistical+significance.">Retire statistical significance.</a> Nature. 567, 305-307 (2019).</li></ol>

拉尔斯托尼亚·索纳萨鲁姆对农业构成重要威胁;然而，与其他细菌病原体相比，它与其他细菌病原体（特别是在作物植物物种中）相比，与具有农业重要性的自然宿主的相互作用仍然知之甚少。在大多数情况下，基因分析受到基因改造宿主植物所需的时间和费用的阻碍。为了解决这个问题，促进番茄中拉索纳卡鲁姆感染的基因分析，我们开发了一种基于植物原体-番茄根介导转...

Ralstonia Solanacearum是细菌枯萎病的病因，是一种毁灭性的土壤传播的血管病原体，其分布范围广泛，可感染多种植物，包括马铃薯、番茄、烟草、香蕉、胡椒和茄子等。,2根据品种、气候、土壤等因素，马铃薯、马铃薯、香蕉等产量损失可达番茄、马铃薯、香蕉产量的80-90%。然而，与涉及细菌植物病原体的其他模型相比，Ralstonia模型被开发起来相当不足，例如伪莫纳斯西林加或Xanthomonas spp。此外，大多数植物-微生物相互作用的研究都集中在植物阿拉比多普西斯塔利亚纳模型上。尽管使用这些模型的研究在很大程度上有助于我们理解植物-细菌之间的相互作用，但它们并没有解决目前理解作物植物中这些相互作用的必要性。旨在了解Ralstonia和作物植物之间的相互作用的研究对于开发对抗细菌枯萎病的可持续解决方案至关重要，但目前由于缺乏简单的实验测定来描述相互作用的不同成分，目前受到阻碍。特别是，番茄是Ralstonia的天然宿主，是全球第二大蔬菜作物，受到包括细菌枯萎病在内的大量疾病的影响。在这项工作中，我们开发了一种简单的方法，对番茄的Ralstonia感染进行基因分析。该方法基于甘氏菌根-介导的番茄根转化，使用DsRed荧光作为选择标记5，然后拉氏土壤浸湿接种的结果植物，包含转化的根表示利益的构造。根转化测定的多功能性允许执行由RNAi介导的基因过度表达或基因沉默。
此方法的潜在限制在于非转化根的残余增长。这在使用的质粒缺少允许选择转化根的报体基因的情况下尤其重要。为了解决这个问题，我们开发了一种基于抗生素选择的替代方法，它抑制了非转化根的生长，同时允许健康耐抗生素转化根的生长。由于A.根茎不诱导芽的转化，它们容易受到抗生素的影响，因此，它们应该与含抗生素的介质分开。
虽然植物对Ralstonia的抗药性并不十分了解，但一些报告将细胞壁改变与细菌枯萎的抵抗力增强有关66、7、8、9。7,8,9有人建议，这些细胞壁改变影响血管发育，在植物10内，Ralstonia的生活方式的一个重要方面。编码纤维素合成酶CESA4、CESA7和CESA8的基因突变已被证明会损害继发细胞壁的完整性，导致对Ralstonia的抵抗力增强，这似乎与ABA信号8有关。 CESA7因此，作为我们方法的概念证明，我们进行了RNAi介导的SlCESA6（Solyc02g072240），一种继细胞壁纤维素合成酶，以及AtCESA8（At4g18780）的正交At4g18780。 SlCESA6 Solyc02g072240随后用Ralstonia进行土壤浸渍的接种表明，沉默SlCESA6增强了对细菌枯萎症状的抵抗力，这表明细胞壁介导的对Ralstonia的抗药性很可能在番茄中得到保存，并验证了我们对番茄根部细菌枯萎耐药性进行基因分析的方法。在这里，我们详细介绍了这种方法，使遗传方法能够在相对较短的时间内了解细菌枯萎病，对设备和植物生长空间的要求很小。

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>90 mm square Petri-dishes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar powder</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacto peptone</td>
			<td>BD (Becton and Dickinson)</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Casamino acids</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter paper</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>In Vivo Plant Imaging System NightShade LB 985</td>
			<td>Berthold Technologies</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Jiffy pots</td>
			<td>Jiffy Products International A.S.</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropore tape</td>
			<td>3M</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Murashige and Skoog medium (M519)</td>
			<td>Phytotechlab</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pindstrup substrate</td>
			<td>Pindstrup Mosebrug A/S</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scalpel and blade</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hypochlorite</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile clean bench</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tweezers</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wahtman paper</td>
			<td>Wahtman International Ltd. Maldstone</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>OXOID</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

tomato root transformation followed by inoculation with ralstonia solanacearum for straightforward genetic analysis of bacterial wilt disease

拉托尼亚索兰卡鲁姆是一种毁灭性的土壤传播的血管病原体，可以感染大量的植物物种，对农业造成重大威胁。然而，与涉及细菌植物病原体的其他模型相比，Ralstonia模型被开发起来要少得多，例如阿拉伯的伪莫纳斯西林加。旨在了解Ralstonia和作物植物之间的相互作用的研究对于开发对抗细菌枯萎病的可持续解决方案至关重要，但目前由于缺乏简单的实验测定来描述本地宿主植物中相互作用的不同成分，目前受到阻碍。在这种情况下，我们开发了一种方法来对拉子托尼亚的番茄感染进行基因分析，番茄是Ralstonia的天然宿主。该方法基于农业细菌根-介导的番茄根转化，其次是Ralstonia土壤浸湿接种的结果植物，包含转化的根表示利益的构造。根转化测定的多功能性允许执行由RNAi介导的基因过度表达或基因沉默。作为概念的证明，我们用这种方法来证明，在番茄根部，RNAi介导的SlCESA6的沉默对Ralstonia具有抵抗力。在这里，我们详细介绍了这种方法，使遗传方法能够在相对较短的时间内了解细菌枯萎病，对设备和植物生长空间的要求很小。

图5显示了根部用空载体（EV）转化的番茄植物的疾病症状的发展，以及根部以SlCESA6（Solyc02g072240）为对象进行根部转化的植物。 SlCESA6 Solyc02g072240疾病指数数据（图5A）是随着时间的推移根据从0到4的任意比例从同一实验单元（每个植物）收集的，并且不遵循高斯分布，排除了使用标准测试进行参数化?...

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Tomato Root Transformation Followed by Inoculation with Ralstonia Solanacearum for Straightforward Genetic Analysis of Bacterial Wilt Disease

在这里，我们提出了一种用于番茄根转化的通用方法，然后用Ralstonia索兰卡鲁姆接种，对细菌枯萎病的研究进行直接的基因分析。

番茄根转化后与拉子托尼亚索拉纳卡鲁姆接种，直接遗传分析细菌性威尔特病

Ralstonia solanacearum is a devastating soil borne vascular pathogen that can infect a large range of plant species, causing an important threat to ...

该协议意义重大，因为它允许科学家对番茄中的细菌枯萎病进行直接的基因分析。该技术的主要优点是，可以在短时间内进行基因表达和随后的测定，并满足设备和植物生长空间的较小要求。这是非常多用的方法，可以应用于其他作物进行病原体接种和其他生理检测。为了在体外操作幼苗时保持无菌性，当板在流罩外时保持板材关闭非常重要。这是一个简单的技术，但它需要多个步骤进行操作。此方法的可视化将有助于查看手稿中难以解释的小技巧，帮助其他研究人员在实验室中实现该方法。帮助证明这个程序将是赵阿晨，一个研究生。消毒和清洗番茄种子后，将它们转移到半强度的Murashige和Skoog介质，没有蔗糖。将种子保持在黑暗中，温度在25至28摄氏度之间三天。将 8.5 平方厘米的过滤器放在含有半强度 Murashige 和 Skoog 介质的 9 平方厘米培养皿内，并在每个盘子上放置六个发芽番茄种子。用微孔胶带密封板，在25至28摄氏度下孵育发芽的种子3至4天。在植物转化前28摄氏度下，用适当的抗生素在固体LB介质中种植农业杆菌MSU440。在28摄氏度下种植。使用无菌手术刀，切下番茄幼苗的底片和底。使用塑料尖端或手术刀刀片从 LB 介质表面收获 A.rhizogenes 生物量，并小心地将切开的番茄幼苗浸入细菌生物量。在此之后，用两厘米四厘米的半圆形滤纸覆盖番茄幼苗，以保持高湿度，促进生存和新的根部发育。重要的是保持幼苗在高湿度的环境中，允许蒸腾。为此，用滤纸盖住幼苗，用微孔胶带盖住盘子。在25至28摄氏度的温度下，将经过改造的番茄幼苗存放在生长室中6至7天。然后用无菌的手术刀切割新的毛根，让幼苗产生新的毛根。第二代新毛根出现后，取出幼苗顶部的滤纸，再用微孔胶带封住盘子。要可视化 DsRed 荧光或任何其他用于植物体内成像的设备，请标记正转化根，该根部可以通过红色荧光识别。使用手术刀去除负非转化根，这可以通过它们缺乏红色荧光来识别。将显示红色荧光的幼苗转移到含有半强度 Murashige 和 Skoog 介质的新板中，以促进以转化根为主要根的根的发展。将不显示红色荧光的幼苗放在同一个盘子中，以检查荧光根在后期时间点的出现。用两厘米四厘米的半圆形滤纸盖住幼苗，封上盘子，孵育幼苗，让幼苗发育出新的毛根。准备接种盆，其中根的表面将暴露在细菌接种，首先浸泡在接种盆用水，倒出任何多余的水，然后把它们放在一个塑料种植托盘。使用钳子，将具有转化根的选定幼苗转移到接种盆中。用塑料包装或透明盖子盖住托盘，在 65% 湿度下将其保持在 25 至 28 摄氏度。五、六天后取下盖子。在28摄氏度的轨道摇床中生长5LB液体介质，在200转/小时时摇晃，直到静止相。测量 600 纳米的光学密度以确定细菌数量。用水稀释细菌培养，使其为OD600的1。将含有转化番茄植物的16至20个接种罐放入接种盘中。然后将300毫升稀释的细菌菌分倒入托盘中，让植物在浸入进水浸20分钟。在此之后，准备一个新的托盘与一层盆栽土壤。将接种的锅放入新托盘中，将托盘放入湿度为 75%的生长室，温度在 26 至 28 摄氏度之间，以及 12 小时光和 12 小时黑暗光的光度。在这里，番茄根被改造和接种与拉尔斯顿尼亚进行直接的基因分析，为研究细菌枯萎病。疾病症状的发展在番茄植物中被跟踪，其根部用空载体转化，用RAA结构针对番茄CESA6进行转化。疾病指数数据根据从零到四的任意比例从同一实验单元收集，不遵循高斯分布，排除了对参数化数据使用标准测试。作为标准方法，使用 U Mann-Whitney 双尾非参数测试来比较控制和感染曲线。根据此分析，两条曲线的中位数之间的差值似乎不显著。也可以量化疾病进展曲线下的区域，从而可以将疾病进展的多个观测结果合并为一个值。与感染过程结束时的番茄CESA6 RNAi植物相比，疾病进展曲线下的区域显示，与番茄CESA6 RNAi植物相比，控制植物的抗药性更高，表明番茄CESA6沉默的植物比控制植物对拉尔斯顿病感染的耐药性更高。置信区间提供了一种以高概率估计一系列值的方法，其中找到了给定变量的总体值。如此处，控制和感染曲线的 95% 置信区间区域估计当 CESA6 静音时，抗药性的可能性更高。疾病指数值可以转换为二进制数据，因为疾病指数低于 2，对应于零，疾病指数等于或高于 1。这允许在拉尔斯顿接种后表示生存曲线。根据Gehan-Breslow-Wilcoxon的统计测试，对照植物与受感染植物的存活率差异在统计学上并不显著。然后，在接种步骤之前，将CESA6的表达分析成两个随机选择的转化根，表明对Ralstonia的增强耐药性与CESA6的减少表达相关。经过两轮选择后，可获得 35 到 40% 的转换率，并且可以通过执行其他选择回合来增加此值。执行此程序时，重要的是保持幼苗用一块滤纸覆盖以保持高湿度，并用 Micropore 密封板以确保气体交换。根转化后，许多治疗方法可以通过观察根生理学或使用分子生物学、细胞生物学或生物化学来研究植物反应。主要，这项技术将允许资源有限的研究人员对番茄根部细菌感染进行基因分析。

Research

JoVE Journal

Genetics

Tomato Root Transformation Followed by Inoculation with Ralstonia Solanacearum for Straightforward Genetic Analysis of Bacterial Wilt Disease

Conjugative Mating Assays for Sequence-specific Analysis of Transfer Proteins Involved in Bacterial Conjugation

接合交配测定在接合介入转移蛋白的序列特异性分析

The transfer of genetic material by bacterial conjugation is a process that takes place via complexes formed by specific transfer proteins. In Escherichia ...

科研

遗传学

Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing

适用于下一代测序的植物细菌DNA富集方法的优化与比较分析

Plant organellar genomes contain large, repetitive elements that may undergo pairing or recombination to form complex structures and/or sub-genomic ...

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

用新的转介导法测定大肠杆菌中 DNA 元素的最佳染色体位置 (s)

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

Targeted Next-generation Sequencing and Bioinformatics Pipeline to Evaluate Genetic Determinants of Constitutional Disease

有针对性的下一代测序和生物信息学管道评价宪政疾病的遗传决定因素

Next-generation sequencing (NGS) is quickly revolutionizing how research into the genetic determinants of constitutional disease is performed. The ...

Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere

从土壤、根际和根 Endosphere 提取细菌群落数据的根菌群探析

The intimate interaction between plant host and associated microorganisms is crucial in determining plant fitness, and can foster improved tolerance to ...

Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry

应用多重基因分型和质谱法进行临床队列研究的候选基因检测

Complex diseases are often underpinned by multiple common genetic variants that contribute to disease susceptibility. Here, we describe a cost-effective ...

Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy

用于抗倍体植入前基因测试的半导体测序

Chromosomal aneuploidy, one of the main causes leading to embryonic development arrest, implantation failure, or pregnancy loss, has been well documented ...

Identification of Footprints of RNA:Protein Complexes via RNA Immunoprecipitation in Tandem Followed by Sequencing (RIPiT-Seq)

Identification of Footprints of RNA:Protein Complexes via RNA Immunoprecipitation in Tandem Followed by Sequencing RIPiT-Seq

RNA足迹的识别:通过RNA免疫沉淀在串联中的蛋白质复合物,然后测序(RIPiT-Seq)

RNA immunoprecipitation in tandem (RIPiT) is a method for enriching RNA footprints of a pair of proteins within an RNA:protein (RNP) complex. RIPiT ...

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

通过全基因组互惠性分析,对糖母菌菌种间热耐性差异的遗传图谱

A central goal of modern genetics is to understand how and why organisms in the wild differ in phenotype. To date, the field has advanced largely on the ...