Name: tomato root transformation followed by inoculation with ralstonia solanacearum for straightforward genetic analysis of bacterial wilt disease
Uploaded: 2020-03-11T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Tomato Root Transformation Followed by Inoculation with Ralstonia Solanacearum for Straightforward Genetic Analysis of Bacterial Wilt Disease at JoVE.com

Мы благодарим всех сотрудников лаборатории Мачо за полезные обсуждения, Альваро Лопес-Гарсия за статистические консультации и Синью Цзянь за техническую и административную помощь в ходе этой работы. Мы благодарим PSC Cell Biology основной объект за помощь в флуоресценции изображений Эта работа была поддержана Стратегической приоритетной исследовательской программы Китайской академии наук (грант XDB27040204), Шанхайский центр биологии стресса растений (китайский Академия наук) и китайская программа «1000 талантов».

ПРИМЕЧАНИЕ: Важные части этого метода включают обработку растительных материалов in vitro, и поэтому важно поддерживать стерильные условия во время всех этих процедур, включая визуализацию фторесценции DsRed. В течение всего процесса преобразования, саженцы томатов растут на 25-28 c и 16 h/8...

<ol>
	<li>Jiang, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Wilt+in+China:+History,+Current+Status,+and+Future+Perspectives.">Bacterial Wilt in China: History, Current Status, and Future Perspectives.</a> Frontiers in Plant Science. 11 (8), 1549 (2017).</li><li>Mansfield, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Top+10+plant+pathogenic+bacteria+in+molecular+plant+pathology.">Top 10 plant pathogenic bacteria in molecular plant pathology.</a> Molecular plant pathology. 13 (6), 614-629 (2012).</li><li>Elphinstone, J. G., Allen, C., Prior, P., Hayward, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The current bacterial wilt situation: a global overview. In: Bacterial Wilt Disease and the Ralstonia solanacearum Species Complex. , 9-28 (2005).</li><li>Jones, J. B., Jones, J. P., Stall, R. E., Zitter, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Compendium of Tomato 1094 Diseases. , (1991).</li><li>Ho-Pl&#225;garo, T., Huertas, R., Tamayo-Navarrete, M. I., Ocampo, J. A., Garc&#237;a-Garrido, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+method+for+Agrobacterium+rhizogenes-mediated+transformation+of+tomato+suitable+for+the+study+of+arbuscular+mycorrhizal+symbiosis.">An improved method for Agrobacterium rhizogenes-mediated transformation of tomato suitable for the study of arbuscular mycorrhizal symbiosis.</a> Plant Methods. 14, 34 (2018).</li><li>Wydra, K., Beri, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+changes+of+homogalacturonan,+rhamnogalacturonan+I+and+arabiogalactan+protein+in+xylem+cell+walls+of+tomato+gentoypes+in+reaction+to+Ralstonia+solanacearum.">Structural changes of homogalacturonan, rhamnogalacturonan I and arabiogalactan protein in xylem cell walls of tomato gentoypes in reaction to Ralstonia solanacearum.</a> Physiological and Molecular Plant Pathology. 68, 41-50 (2006).</li><li>Wydra, K., Beri, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunohistochemical+changes+in+methyl-ester+distribution+of+homogalacturonan+and+side+chain+composition+of+rhamnogalacturonan+I+as+possible+components+of+basal+resistance+in+tomato+inoculated+with+Ralstonia+solanacearum.">Immunohistochemical changes in methyl-ester distribution of homogalacturonan and side chain composition of rhamnogalacturonan I as possible components of basal resistance in tomato inoculated with Ralstonia solanacearum.</a> Physiological and Molecular Plant Pathology. 70, 13-24 (2007).</li><li>Hern&#225;ndez-Blanco, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impairment+of+cellulose+synthases+required+for+Arabidopsis+secondary+cell+wall+formation+enhances+disease+resistance.">Impairment of cellulose synthases required for Arabidopsis secondary cell wall formation enhances disease resistance.</a> Plant Cell. 19 (3), 890-903 (2007).</li><li>Denanc&#233;, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+wat1+(walls+are+thin1)-mediated+resistance+to+the+bacterial+vascular+pathogen,+Ralstonia+solanacearum,+is+accompanied+by+cross-regulation+of+salicylic+acid+and+tryptophan+metabolism.">Arabidopsis wat1 (walls are thin1)-mediated resistance to the bacterial vascular pathogen, Ralstonia solanacearum, is accompanied by cross-regulation of salicylic acid and tryptophan metabolism.</a> Plant Journal. 73 (2), 225-239 (2013).</li><li>Digonnet, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deciphering+the+route+of+Ralstonia+solanacearum+colonization+in+Arabidopsis+thaliana+roots+during+a+compatible+interaction:+focus+at+the+plant+cell+wall.">Deciphering the route of Ralstonia solanacearum colonization in Arabidopsis thaliana roots during a compatible interaction: focus at the plant cell wall.</a> Planta. 236 (5), 1419-1431 (2012).</li><li>Sang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Ralstonia+solanacearum+type+III+effector+RipAY+targets+plant+redox+regulators+to+suppress+immune+responses.">The Ralstonia solanacearum type III effector RipAY targets plant redox regulators to suppress immune responses.</a> Molecular Plant Pathology. 19 (1), 129-142 (2018).</li><li>Remigi, P., Anisimova, M., Guidot, A., Genin, S., Peeters, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+diversification+of+the+GALA+type+III+effector+family+contributes+to+Ralstonia+solanacearum+adaptation+on+different+plant+hosts.">Functional diversification of the GALA type III effector family contributes to Ralstonia solanacearum adaptation on different plant hosts.</a> New Phytologist. 192, 976-987 (2011).</li><li>Wang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+assignment+to+positively+selected+sites+in+the+core+type+III+effector+RipG7+from+Ralstonia+solanacearum.">Functional assignment to positively selected sites in the core type III effector RipG7 from Ralstonia solanacearum.</a> Molecular Plant Pathology. 17, 553-564 (2016).</li><li>Livak, K. J., Schmittgen, T. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+relative+gene+expression+data+using+real-time+quantitative+PCR+and+the+2-&#916;&#916;CT+method.">Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2-&#916;&#916;CT method.</a> Methods. 25 (4), 402-408 (2001).</li><li>Le&#243;n-Morcillo, R. J., Mart&#237;n-Rodr&#237;guez, J. A., Vierheilig, H., Ocampo, J. A., Garc&#237;a-Garrido, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Late+activation+of+the+9-oxylipin+pathway+during+arbuscular+mycorrhiza+formation+in+tomato+and+its+regulation+by+jasmonate+signalling.">Late activation of the 9-oxylipin pathway during arbuscular mycorrhiza formation in tomato and its regulation by jasmonate signalling.</a> Journal of Experimental Botany. 63 (10), 3545-3558 (2012).</li><li>Amrhein, V., Greenland, S., McShane, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Retire+statistical+significance.">Retire statistical significance.</a> Nature. 567, 305-307 (2019).</li></ol>

Ralstonia solanacearum представляет собой серьезную угрозу для сельского хозяйства; однако его взаимодействие с природными хозяевами сельскохозяйственного значения по-прежнему плохо понимается по сравнению с другими бактериальными патогенами, особенно у видов растениеводства. В большин?...

Ralstonia solanacearum, причинно-следственный агент бактериального увядания болезни, является разрушительным почвенных сосудистых патогенов с мировым распространением, которые могут заразить широкий спектр видов растений, в том числе картофель, помидоры, табак, банан, перец и баклажаны, среди других1,2. Потери урожайности, вызванные Ralstonia может достигать 80-90% производства в томате, картофеле или банане, в зависимости от сорта, климата, почвы и других факторов3. Тем не менее, модель Ralstonia значительно недостаточно изучена по сравнению с другими моделями с участием бактериальных растительных патогенов, таких как Pseudomonas шприцев или Xanthomonas spp. Кроме того, большинство исследований в растительно-микробных взаимодействий сосредоточены на модели завода Arabidopsis thaliana. Хотя исследования с использованием этих моделей в значительной степени способствовали нашему пониманию взаимодействия растений и бактерий, они не решают текущую необходимость понять эти взаимодействия в растениеводстве. Исследования, направленные на понимание взаимодействия между Ralstonia и растениеводства имеет важное значение для разработки устойчивых решений для борьбы с бактериальными болезнями увядания, но в настоящее время препятствует отсутствие простых экспериментальных анализов для характеристики различных компонентов взаимодействия. В частности, помидор, естественный хозяин для Ralstonia, является вторым по значимости овощной культурой во всем мире и зависит от множества заболеваний4, в том числе бактериальной болезни увядания. В этой работе мы разработали простой метод для выполнения генетического анализа инфекции Ralstonia помидоров. Этот метод основан на Agrobacteriumrhizogenes-опосредоченной трансформации томатных корней, используя DsRed флуоресценции в качестве маркера отбора5, а затем Ralstonia почво-залитой прививки результирующих растений, содержащих преобразованные корни, выражающие конструкцию интереса. Универсальность ассея преобразования корня позволяет выполнять либо генную переэкспрессию, либо заглушку генов, опосредованные РНК.
Потенциальное ограничение этого метода заключается в остаточном росте непреобразованных корней. Это особенно важно в тех случаях, когда плазмида используется не хватает репортера гена, который позволяет выбор преобразованных корней. Для решения этой проблемы мы разработали альтернативный метод, основанный на отборе антибиотиков, который тормозит рост непреобразованных корней, позволяя при этом расти здоровыми устойчивыми к антибиотикам трансформированными корнями. Так как A. rhizogenes не вызывает трансформацию побегов, они восприимчивы к антибиотику, и, следовательно, они должны быть отделены от антибиотикосодержащей среды.
Хотя сопротивление растений против Ralstonia не очень хорошо понимается, несколько докладов связаны изменения клеточной стенки к повышенной устойчивости к бактериальной увядание6,7,8,9. Было высказано предположение, что эти изменения клеточной стенки влияют на развитие сосудов, важным аспектом для образа жизни Ralstonia внутри растения10. Мутации в генах, кодирующих целлюлозные синтазы CESA4, CESA7 и CESA8 в Arabidopsis thaliana, как было показано, ухудшают целостность вторичной клеточной стенки, вызывая повышенную устойчивость к Ralstonia, который, как представляется, связан с ABA сигнализации8. Таким образом, в качестве доказательства концепции для нашего метода, мы выполнили РНК-опосредованного гена глушить SlCESA6 (Solyc02g0722240), вторичные клеточной стенки целлюлозы синтазы, и орфогирование AtCESA8 (At4g18780). Последующие почво-заливание прививки с Ralstonia показали, что заглушая SlCESA6 повышенной устойчивостью к бактериальным симптомам увядания, предполагая, что клеточная стенка опосредованного сопротивления Ralstonia, вероятно, сохраняется в томатах, и проверки нашего метода для проведения генетического анализа бактериальной устойчивости увядания в томатных корней. Здесь мы подробно описываем этот метод, позволяющий генетическим подходам понимать бактериальное заболевание увядание за относительно короткое время и с небольшими требованиями оборудования и пространства роста растений.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>90 mm square Petri-dishes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar powder</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacto peptone</td>
			<td>BD (Becton and Dickinson)</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Casamino acids</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter paper</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>In Vivo Plant Imaging System NightShade LB 985</td>
			<td>Berthold Technologies</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Jiffy pots</td>
			<td>Jiffy Products International A.S.</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropore tape</td>
			<td>3M</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Murashige and Skoog medium (M519)</td>
			<td>Phytotechlab</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pindstrup substrate</td>
			<td>Pindstrup Mosebrug A/S</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scalpel and blade</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hypochlorite</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile clean bench</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tweezers</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wahtman paper</td>
			<td>Wahtman International Ltd. Maldstone</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>OXOID</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

tomato root transformation followed by inoculation with ralstonia solanacearum for straightforward genetic analysis of bacterial wilt disease

Ralstonia solanacearum является разрушительным почвенных сосудистых патогенов, которые могут инфицировать большой спектр видов растений, вызывая важную угрозу для сельского хозяйства. Тем не менее, модель Ralstonia значительно недостаточно изучена по сравнению с другими моделями с участием бактериальных растительных патогенов, таких как Pseudomonas шприцев в Arabidopsis. Исследования, направленные на понимание взаимодействия между Ralstonia и растениеводства имеет важное значение для разработки устойчивых решений для борьбы с бактериальной болезнью увядания, но в настоящее время препятствует отсутствие простых экспериментальных анализов для характеристики различных компонентов взаимодействия в местных растений-хозяев. В этом сценарии, мы разработали метод для выполнения генетического анализа Ralstonia инфекции помидоров, естественный хозяин Ralstonia. Этот метод основан на агробактерии rhizogenes-опосредоченнойтрансформации томатных корней, а затем Ralstonia почво-заливание прививки результирующих растений, содержащие преобразованные корни, выражающие конструкцию интереса. Универсальность ассея преобразования корня позволяет выполнять либо генную переэкспрессию, либо заглушку генов, опосредованные РНК. В качестве доказательства концепции, мы использовали этот метод, чтобы показать, что РНК-опосредованного замалчивания SlCESA6 в томатных корней присваивал сопротивление Ralstonia. Здесь мы подробно описываем этот метод, позволяющий генетическим подходам понимать бактериальное заболевание увядание за относительно короткое время и с небольшими требованиями оборудования и пространства роста растений.

На рисунке 5 показано развитие симптомов заболевания томатных растений с корнями, преобразованных с пустым вектором (EV), а растения с корнями, преобразованные с помощью конструкции РНК, ориентированной на SlCESA6 (Solyc02g072240). Данные индекса болезни<...

Watch this Scientific Journal Video about Tomato Root Transformation Followed by Inoculation with Ralstonia Solanacearum for Straightforward Genetic Analysis of Bacterial Wilt Disease at JoVE.com

Tomato Root Transformation Followed by Inoculation with Ralstonia Solanacearum for Straightforward Genetic Analysis of Bacterial Wilt Disease

Здесь мы представляем универсальный метод для преобразования корня томатов после прививки с Ralstonia solanacearum для выполнения простого генетического анализа для изучения бактериального заболевания увядания.

Томатный корень Преобразование После прививки с Ralstonia Solanacearum для straightforward генетического анализа бактериальной болезни Wilt

Ralstonia solanacearum is a devastating soil borne vascular pathogen that can infect a large range of plant species, causing an important threat to ...

Этот протокол имеет важное значение, поскольку он позволяет ученым выполнять простой генетический анализ бактериальной болезни увядание в томате. Основным преимуществом этой методики является то, что манипуляции экспрессией генов и последующими анализами могут быть выполнены в короткие сроки и с небольшими требованиями оборудования и пространства роста растений. Этот метод является очень универсальным, и он может быть применен к другим сельскохозяйственным растениям для выполнения как патогенной прививки, так и других физиологических анализов.Для поддержания стерильности во время манипуляции саженцев в пробирке, важно держать пластины закрытыми, когда они находятся за пределами капота потока. Это простой метод, но он требует нескольких шагов для манипуляции. Визуализация этого метода поможет увидеть небольшие трюки, которые трудно объяснить в рукописи, помогая другим исследователям реализовать метод в своих лабораториях.Помочь продемонстрировать эту процедуру будет Ахен Чжао, аспирант. После стерилизации и мытья семян помидоров, перенесите их в полу прочности Murashige и Skoog среднего без сахарозы. Держите семена в темноте при температуре от 25 до 28 градусов по Цельсию в течение трех дней.Поместите автоматические фильтры площадью 8,5 квадратных сантиметров внутри тарелок Петри площадью 9 квадратных сантиметров, содержащих полупрочные Мурасиге и Скугскую среду, и поместите шесть проросших семян помидоров на каждую тарелку. Печать пластины с Micropore ленты, и инкубировать проросли семена при 25 до 28 градусов по Цельсию в течение трех-четырех дней. Выращивайте agrobacterium rhizogenes MSU440 в твердой среде LB с соответствующими антибиотиками в течение двух дней при 28 градусах Цельсия до преобразования растений.Используя стерильный скальпель, вырежьте радикул и дно гипокотила саженцев помидоров. Используйте пластиковые наконечники или лезвие скальпеля для сбора биомассы A.rhizogenes с поверхности среды LB и тщательно окуните срезаные саженцы помидоров в бактериальную биомассу. После этого накройте саженцы помидоров полукруглой фильтровальной бумагой длиной два сантиметра на четыре сантиметра, чтобы поддерживать высокую влажность и способствовать выживанию и развитию новых корней.Важно держать саженцы в высокой влажности в среде, которая позволяет транспирации. Для этого накройте рассаду фильтровальной бумагой и закройте тарелку лентой Micropore. Храните преобразованные саженцы помидоров в течение шести-семи дней в камере роста при температуре от 25 до 28 градусов по Цельсию.Затем используйте стерильный скальпель, чтобы сократить новые новые волосатые корни, и позволяют саженцам производить новые волосатые корни. Как только появится второе поколение новых волосатых корней, удалите фильтровальную бумагу поверх рассады и снова запечатав пластину лентой Micropore. Чтобы визуализировать флуоресценцию DsRed или любое другое оборудование для визуализации растений in vivo, отметь положительные преобразованные корни, которые могут быть идентифицированы по красной флуоресценции.Используйте скальпель, чтобы удалить отрицательные не преобразованные корни, которые могут быть определены по их отсутствию красной флуоресценции. Перенесите саженцы, которые показывают красную флуоресценцию, на новую пластину, содержащую полуплечную среду Мурашиге и Скуг, чтобы облегчить развитие преобразованного корня в качестве основного корня. Держите саженцы, которые не показывают красную флуоресценцию в той же пластине, чтобы проверить появление флуоресцентных корней в более поздних точках времени.Обложка саженцы с двух сантиметров на четыре сантиметра полукруг фильтровальной бумаги, печать пластины, и инкубировать саженцы, чтобы позволить им разработать новые волосатые корни. Подготовка прививки горшки, где поверхность корней будут подвергаться бактериальной инокулы, сначала замачивания прививки горшки с водой, сливая излишки воды, а затем поместив их в пластиковый поднос посадки. Используя пинцет, перенесите отобранные саженцы с трансформироваными корнями в прививообразные горшки.Обложка лоток с полиэтиленовой пленкой или прозрачной крышкой, и держать их на 25 до 28 градусов по Цельсию с 65%влажности. Снимите крышку через пять или шесть дней. Выращивать Ralstonia в пяти LB жидкой среде в орбитальном шейкере при 28 градусах по Цельсию, с встряхивания при 200 об/мин, до стационарной фазы.Измерьте оптическую плотность на 600 нанометров, чтобы определить бактериальные числа. Разбавить бактериальную культуру водой до OD600 из 1. Поместите от 16 до 20 прививочные горшки, которые содержат преобразованные томатные растения в поднос для прививки.Затем залить 300 миллилитров разбавленной бактериальной инокулы в лоток, и дать растениям замочить в инокуле в течение 20 минут. После этого приготовьте новый лоток с слоем почвы для заливки. Переместите привитые горшки в новый лоток и поместите лотки в камеру роста с влажностью 75%, температурой от 26 до 28 градусов по Цельсию и фотопериодом 12 часов света и 12 часов темноты.Здесь, томатные корни преобразуются и привиты с Ralstonia для выполнения простого генетического анализа для изучения бактериальных заболеваний увядания. Развитие симптомов заболевания отслеживается в томатных растений с корнями превращается с пустым вектором и те, преобразованы с RAI построить ориентации помидор CESA6. Данные индекса заболевания собираются из одного и того же экспериментального подразделения с течением времени по произвольной шкале от нуля до четырех и не следуют гауссийского распределения, исключая использование стандартных тестов для параметрических данных.В качестве стандартного подхода используется двуххвостый, не параметрический тест U Mann-Whitney для сравнения кривых контроля и инфекции. Согласно этому анализу, разница между медианами обеих кривых представляется несущественной. Кроме того, можно количественно области в рамках кривой прогресса болезни, что позволяет объединить несколько наблюдений прогресса болезни в одно значение.Область под кривой прогресса болезни показывает более высокое значение для контрольных растений по сравнению с томатными растениями CESA6 РНК в конце инфекционного процесса, что указывает на то, что томатные растения CESA6-silenced более устойчивы к инфекции Ralstonia, чем контрольные установки. Интервалы доверия предлагают способ оценки, с высокой вероятностью, диапазона значений, в которых найдено значение популяции данной переменной. Как видно здесь, область 95%-ного интервала доверия для кривых контроля и инфекции оценивает более высокую вероятность резистентности, когда CESA6 заглушается.Значения индекса болезни могут быть преобразованы в двоичные данные, учитывая индекс болезни ниже двух, соответствующих нулю, и индекс болезни, равный или выше двух, соответствующих одному. Это позволяет представление кривой выживания после прививки Ralstonia. Различия в выживаемости между контролем и инфицированных растений не являются статистически значимыми в соответствии с Gehan-Breslow-Wilcoxon статистического теста.Выражение CESA6 затем анализируется в двух случайно выбранных преобразованных корней до прививки шаг, показывая, что повышенная устойчивость к Ralstonia коррелирует с уменьшенным выражением CESA6. После двух раундов отбора можно получить скорость трансформации от 35 до 40%, и это значение может быть увеличено путем выполнения дополнительных раундов отбора. При выполнении этой процедуры, важно, чтобы саженцы покрыты лист фильтровальной бумаги для поддержания высокой влажности и уплотнения пластин с Micropore для обеспечения обмена газа.После преобразования корня, многие из методов лечения могут быть применены для изучения реакции растений путем наблюдения корневой физиологии или с использованием молекулярной биологии, клеточной биологии или биохимии. Главным образом, этот метод позволит исследователям с ограниченными ресурсами для выполнения генетического анализа бактериальной инфекции в томатных корнях.

Research

JoVE Journal

Genetics

Tomato Root Transformation Followed by Inoculation with Ralstonia Solanacearum for Straightforward Genetic Analysis of Bacterial Wilt Disease

Conjugative Mating Assays for Sequence-specific Analysis of Transfer Proteins Involved in Bacterial Conjugation

Конъюгативных Спаривание Анализы для последовательности конкретного анализа переноса белков, участвующих в конъюгации бактерий

The transfer of genetic material by bacterial conjugation is a process that takes place via complexes formed by specific transfer proteins. In Escherichia ...

Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing

Оптимизация и сравнительный анализ методов обогащения органической ДНК растений, подходящих для последующей последовательности следующего поколения

Plant organellar genomes contain large, repetitive elements that may undergo pairing or recombination to form complex structures and/or sub-genomic ...

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Определение оптимального расположения хромосомных ДНК элемента в Escherichia coli с помощью Роман Transposon опосредованный подход

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

Targeted Next-generation Sequencing and Bioinformatics Pipeline to Evaluate Genetic Determinants of Constitutional Disease

Секвенирование нового поколения и биоинформатики трубопровода для оценки генетических детерминант конституционных болезни

Next-generation sequencing (NGS) is quickly revolutionizing how research into the genetic determinants of constitutional disease is performed. The ...

Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere

Изучения корня микрофлора: извлечение данных бактериальных сообщества из почвы, ризосфере и корень Endosphere

The intimate interaction between plant host and associated microorganisms is crucial in determining plant fitness, and can foster improved tolerance to ...

Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry

Кандидат Джин тестирование в клинической когортных исследований с мультиплексной генотипирования и масс-спектрометрии

Complex diseases are often underpinned by multiple common genetic variants that contribute to disease susceptibility. Here, we describe a cost-effective ...

Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy

Полупроводниковое секвенирование для предимплантационного генетического тестирования на анеуплоидию

Chromosomal aneuploidy, one of the main causes leading to embryonic development arrest, implantation failure, or pregnancy loss, has been well documented ...

Identification of Footprints of RNA:Protein Complexes via RNA Immunoprecipitation in Tandem Followed by Sequencing (RIPiT-Seq)

Identification of Footprints of RNA:Protein Complexes via RNA Immunoprecipitation in Tandem Followed by Sequencing RIPiT-Seq

Идентификация следов РНК:Белковые комплексы через РНК иммунопреципиция в Тандеме После секвенирования (RIPiT-Seq)

RNA immunoprecipitation in tandem (RIPiT) is a method for enriching RNA footprints of a pair of proteins within an RNA:protein (RNP) complex. RIPiT ...

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

Генетическое картирование различий термотерпимости между видами дрожжей Сахаромицес с помощью геномно-широкого взаимного анализа гемизигоси

A central goal of modern genetics is to understand how and why organisms in the wild differ in phenotype. To date, the field has advanced largely on the ...