Name: analysis of group iv viral sshhps using in vitro and in silico methods
Uploaded: 2019-12-21T12:00:00
Duration: 10 min 40 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Group IV Viral SSHHPS Using In Vitro and In Silico Methods at JoVE.com

इस काम को रक्षा खतरा न्यूनीकरण एजेंसी (DTRA) परियोजना संख्या सीबी-बीज-SEED09-2-0061 और CBCall4-CBM-05-2-0019 द्वारा समर्थित किया गया था, और भाग में इंट्राम्यूरल/NCATS, NIH (XH) और नौसेना अनुसंधान प्रयोगशाला आधार कोष के Extramural अनुसंधान कार्यक्रम द्वारा ।

यहां व्यक्त राय लेखकों के उन है और अमेरिकी नौसेना, अमेरिकी सेना, अमेरिकी रक्षा विभाग, या अमेरिकी सरकार के उन लोगों का प्रतिनिधित्व नहीं करते ।

एक प्रोटीन या एक विदेशी अनुक्रम द्वारा निर्देशित एक नाभिक एसिड के अनुक्रम विशिष्ट विनाश केवल जीव विज्ञान में कुछ मामलों में देखा जाता है । चित्रा 1 में दिखाए गए तंत्र रक्षात्मक तंत्र हैं जो एक वायरस से मेजबान की रक्षा करते हैं, या मेजबान से वायरस।
बायोइन्फॉर्मेटिक तरीकों का उपयोग करके हम इन प्रणालियों द्वारा नष्ट किए गए लक्ष्यों की पहचान कर सकते हैं। SSHHP दृश्यों के हमारे विश्लेषण में, हमें पता चला कि उनमें से कई प्रोटीन में पाया जा सकता है सहज प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाएं उत्पन्न करने के लिए आवश्यक है । कुछ ऐसे MAVS और TRIF (TIR-डोमेन युक्त एडाप्टर-उत्प्रेरण इंटरफेरॉन-ο) के रूप में स्पष्ट भूमिकाएं थीं, जबकि अन्य प्रतिरक्षा से संबंधित थे, हालांकि अधिक जटिल तंत्र (जैसे, हिस्टोन H3, SFRP1, FOXG1)8,9। एसएचएचपी अनुक्रम में संग्रहित लक्षित जानकारी में उन रास्तों की पहचान करने की क्षमता है जिनका इन वायरसों के खिलाफ एंटीवायरल प्रभाव पड़ता है। वीवो में एंटीवायरल प्रतिक्रियाएं अक्सर वायरस विशिष्ट26,43होती हैं । उदाहरण के लिए, ट्रिम प्रोटीन के सबसेट में विभिन्न वायरस43,44,45पर एंटीवायरल प्रभाव पड़ता है, कुछ वायरल प्रतिबंध कारक हैं (जैसे, एचआईवी और TRIM5α)। ट्रिम प्रोटीन (~ 70 की पहचान कर ली गई है) की विशिष्टता अभी भी44,45की जांच की जा रही है। SSHHPS के भीतर जानकारी कैसे इन वायरस सहज प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं से बचने के बारे में हमारी समझ में योगदान कर सकते हैं । अन्य पैटर्न और सहसंबंधों का पर्दाफाश किया जा सकता है क्योंकि अधिक एसएचएचपीएस की जांच की जाती है।
हमारे विश्लेषणों में प्रजातियों के विशिष्ट अंतर स्पष्ट थे(चित्र ा 2, चित्रा 10)। ये वायरस दूसरों की तुलना में कुछ प्रजातियों को प्रभावित करने के लिए जाने जाते हैं। मेजबान रेंज, मेजबान संवेदनशीलता और मेजबान सुरक्षा के बारे में जानकारी SSHHPS के भीतर मौजूद हो सकती है। उदाहरण के लिए, घोड़े, सबसे अतिसंवेदनशील प्रजातियों के लिए इंसेफेलाइटिस वायरस घोड़े, मानव TRIM14 के क्षेत्र है कि क्षणिक VEEV nsP2 प्रोटीज़ द्वारा काटा गया था कमी रह गई थी । मनुष्य शायद ही कभी VEEV संक्रमण से मर जाते हैं, लेकिन24संक्रमित किया जा सकता है । मानव TRIM14 प्रोटीन एक nsP2 प्रोटीज़ दरार अनुक्रम6किया । दरार साइट की उपस्थिति का सुझाव है कि मनुष्य इन वायरस के खिलाफ एक रक्षा तंत्र है । पक्षियों को इन वायरसों के संभावित जलाशय माना गयाहै। मुर्गियों से TRIM14 प्रोटीन में इसी SSHHP अनुक्रम मनुष्यों और अन्य प्रजातियों में पाया दृश्यों से मतभेद । इस तरह के सूक्ष्म मतभेद एक लक्ष्य मेजबान प्रोटीन अंकल या अधिक आसानी से क्लीव्ड कर सकते हैं । Aguirre एट अल16 से पता चला है कि एक चाचा उत्परिवर्तित स्ट्रिंग प्रोटीन डेंगू वायरस संक्रमण के बाद IFN के उच्च स्तर को प्रेरित किया और चूहों स्वाभाविक रूप से डंक का एक संस्करण है कि डेंगू ns2B3 protease द्वारा कटौती नहीं है ले । मिमूत्र स्टिंग प्रोटीन को जीकेवी प्रोटीज़47द्वारा नहीं काटा गया था . हमारे SSHHPS विश्लेषण में, हमने ZIKV प्रोटीज़ क्लीवेज साइट दृश्यों में अंतर भी देखा जब हमने मानव प्रोटीन की तुलना कृंतक6 (चित्रा 10डी)के साथ की। मेजबान प्रोटीन की प्रजातियों-विशिष्ट प्रोटेलियोलिटिक क्लीवेज को पुन: उत्पन्न करना समूह चतुर्थ वायरस के लिए उपयोग किए जाने वाले पशु मॉडलों में महत्वपूर्ण हो सकता है। मेजबान प्रोटीन दरार के अवरोध भी समूह चतुर्थ प्रोटीज़ अवरोधकों के विकास के संबंध में निहितार्थ है । हमारे पिछले प्रकाशन में, हमने दिखाया कि हम CA074 मिथाइल एस्टर6का उपयोग करके VEEV nsP2 प्रोटीज़ द्वारा TRIM14 दरार को बाधित कर सकते हैं। इसपरिणाम से पता चलता है कि इन प्रोटीज़ के छोटे अणु अवरोधक जन्मजात प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं को मिलासकते हैं जो संक्रमण को दबाने में सक्षम हैं।
एक प्रजाति के भीतर आनुवंशिक भिन्नता में प्रोटेलिटिक क्लीवेज में अंतर पैदा करने की क्षमता भी होती है। कोडन के उपयोग में सूक्ष्म अंतर राइबोसोम रुके48को प्रभावित कर सकता है . चूंकि कुछ समूह चतुर्थ वायरल प्रोटीज़ ईआर झिल्ली में एम्बेडेड होते हैं, इसलिए इन ठहरावमें अंतर एक लक्ष्य के दरार को प्रभावित कर सकता है यदि दरार सह-अनुवादात्मक रूप से होती है। दरार साइटों है कि हम की पहचान की कुछ भविष्यवाणी संकेत पेप्टाइड दृश्यों में थे (जैसे, SFRP1) जबकि अंय आंतरिक थे ।
SSHHPS विश्लेषण ऐसी जानकारी का उत्पादन कर सकता है जो मेजबान प्रोटीन विश्लेषण के अन्य तरीकों से अलग है। SSHHPS विश्लेषण सस्ती और रोजगार के लिए आसान था । एक जीवाणु अभिव्यक्ति प्रणाली के उपयोग ने स्तनधारी कोशिका संस्कृति के उपयोग के बिना स्तनधारी दृश्यों के छोटे खंडों (~ 25 अमीनो एसिड) के परीक्षण की अनुमति दी। हमने पाया कि सीएफपी-वाईएफपी सब्सट्रेट्स सभी परीक्षण किए गए मानव प्रोटीन दृश्यों को बर्दाश्त करने में सक्षम थे; हालांकि, पैदावार विविध। इसी तरह के परखों में, मानव प्रोटीन दृश्यों युक्त सब्सट्रेट्स जब तक 63 अमीनो एसिड सफलतापूर्वक व्यक्त किए गए, शुद्ध, और गतिज विश्लेषण और अवरोधक स्क्रीनिंग49,50,51के लिए उपयोग किया गया. चूंकि असतत परख के लिए केवल थोड़ी मात्रा में सब्सट्रेट की जरूरत होती है, इसलिए बड़ी संख्या में लक्ष्यों का पता लगाया जा सकता है । प्रणाली का एक लाभ यह है कि सीएफपी/वाईएफपी सब्सट्रेट्स का उपयोग एसडीएस-पेज विश्लेषणों के लिए और अधिक विस्तृत गतिज विश्लेषणों (यानी आईसी50,केआई,केएम,वीमैक्स)के लिए किया जा सकता है। दवा की खोज के लिए, निरोधात्मक यौगिक फ्लोरोसेंट चढ़ाई में कलाकृतियों का उत्पादन कर सकते हैं । इस प्रकार, एक सतत परख के साथ संयोजन में असतत परख एक दरार या दरार के निषेध की पुष्टि करने के लिए अनुमति देता है । असतत एसडीएस-पेज परख के लिए नमूने सीधे ९६-अच्छी तरह से प्लेटों में से लिए जा सकते हैं । कंपाउंड लाइब्रेरी स्क्रीनिंग५२के लिए सीएफपी/वाईएफपी सब्सट्रेट्स का इस्तेमाल किया गया है । हालांकि, अतिरिक्त विश्लेषण ों के लिए निर्धारित करने के लिए आवश्यक है कि क्या एक सब्सट्रेट उच्च थ्रूपुट स्क्रीनिंग के लिए उपयुक्त है जैसे कि जेड-फैक्टर53की गणना।
एक सब्सट्रेट डिजाइन करने में एक चुनौती कैंची बांड है कि बाध्य है और प्रोटीज़ से मांयता प्राप्त है चारों ओर क्षेत्र की पहचान है । यहां दिखाए गए उदाहरणों में, हमने 12 अवशेष दृश्यों के साथ शुरुआत की जो कैंची बांड के चारों ओर केंद्रित थे। स्क्रूटनी साइटों होमोलॉजी के अवशेषों के अनुक्रम संरेखण का विश्लेषण करने के बाद कैंची बांड के एन-टर्मिनल वीईवी प्रोटीज़ के लिए पाया गया था, जबकि जीकेवी के लिए कई सी-टर्मिनल अवशेषों को होमोलॉजी का रूप पाया गया था। डॉक्ड सब्सट्रेट के सिलिको मॉडल में साइट-निर्देशित म्यूटाजेनेसिस प्रयोगों को डिजाइन करने के लिए उपयोग किया जा सकता है जो सब्सट्रेट की बाध्यकारी साइटों की जांच करते हैं। चूंकि सब्सट्रेट और एंजाइम दृश्य प्लाज्मिड पर हैं, या तो सिलिको मॉडल या सबसाइट सहिष्णुता में परीक्षण करने के लिए उत्परिवर्तित किया जा सकता है। यदि बाध्य सब्सट्रेट (एस) की क्रिस्टल संरचना उपलब्ध नहीं है तो यह लाभप्रद हो सकता है।
SSHHPS विश्लेषण भी तंत्र है जिसके द्वारा वायरस प्रेरित फेनोटाइप वायरल एंजाइमों द्वारा उत्पादित कर रहे है के बारे में नई जानकारी उपज हो सकता है । ZIKV लक्ष्यों में से एक, SFRP1, WNt सिग्नलिंग मार्ग का हिस्सा है और मस्तिष्क और आंख दोनों के विकास में भूमिकाएं है और प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं में36,37,54, 55,56,57. हमने पाया कि ZIKV ns2B/ns3 प्रोटीज़ द्वारा काटे जा सकने वाले अन्य प्रोटीन दृश्य भी मस्तिष्क और नेत्र विकास में शामिल प्रोटीन में थे; दोनों में असामान्यताओं जन्मजात Zika सिंड्रोम में मनाया गया है और वायरस का हिस्सा माना जाता है फेनोटाइप58प्रेरित .
मेजबान रोगजनक बातचीत की पूर्वानुमेयता अनुप्रयोगों की एक किस्म के लिए शोषण किया जा सकता है: लक्ष्य विशिष्ट कैंसरवायरल चिकित्सा; जीका वायरस के टीके को खतरे में डालना; पशु मॉडल का परिष्करण, भविष्यवाणी या चयन; मेजबान-रेंज या संवेदनशीलता की भविष्यवाणी; ज़ूनोटिक घटनाओं की भविष्यवाणी; और मेजबान सुरक्षा की भविष्यवाणी । चूंकि वर्णित विधियां अनुक्रम-आधारित हैं, इसलिए भविष्य में सॉफ्टवेयर में शामिल करने के लिए वे मूल्य के हो सकते हैं।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>250 mL Erlenmeyer Flask</td>
			<td>VWR</td>
			<td>89000-362</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-mercaptoethanol</td>
			<td>Acros Organics (Fisher)</td>
			<td>125472500</td>
			<td>Danger: Acutely Toxic. Open bottle in hood to avoid inhaling the fumes.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4L Pyrex wide-mouth graduated Erlenmeyer flask with screw-cap</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>CLS49954L-1EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AKTA Prime Plus</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>17-0729-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AKTA XK 16/20 Column</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>28988937</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra-0.5 Centrifugal Filter Unit</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>UFC501096</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra-15 Centrifugal Filter Unit</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>UFC901096</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra-4 Centrifugal Filter Unit</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>UFC801024</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A0166</td>
			<td>Danger: Allergic reactions (skin or breathing).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chelating Sepharose Fast Flow</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>17-0575-02</td>
			<td>Once the resin is equilibrated with 0.2 M Nickel Sulfate it is refered to as a Nickel Column in the text. Column will have a green color after washing with water. The column will have a blue color after equilibrating with buffer.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloramphenicol</td>
			<td>RPI</td>
			<td>C61000</td>
			<td>Danger: May cause cancer.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corning 50 mL centrifuge tubes</td>
			<td>Corning</td>
			<td>430828</td>
			<td>Suggestion: Polypropylene tubes are less likely to crack during sonication than Polyethylene tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corning 96 Well Half-Area Microplate, Non-Binding Surface</td>
			<td>Corning</td>
			<td>3993</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dialysis Tubing Clips</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>PI68011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Disposable PD-10 Desalting Column</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>17-0851-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNAse</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>DN25-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DTT (DL-Dithiothreitol)</td>
			<td>RPI</td>
			<td>D11000-50.0</td>
			<td>Warning: Acute Oral Toxicity; skin and eye irritation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S311-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand Petri Dishes with Clear Lid</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>FB0875712</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycerol</td>
			<td>Acros Organics (Fisher)</td>
			<td>15892-0010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>H4034-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Imidazole</td>
			<td>Acros Organics</td>
			<td>301870010</td>
			<td>Danger: Toxic, Irritant</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IPTG (Isopropyl &#946;-D-thiogalactopyranoside)</td>
			<td>Calbiochem (Millipore Sigma)</td>
			<td>420291</td>
			<td>Do not breathe dust. Avoid contact with eyes and skin.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Laemmli Sample Buffer</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>1610737</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luria Bertani Agar</td>
			<td>Fluka (Millipore Sigma)</td>
			<td>L3027-1KG</td>
			<td>Suggestion: Autoclave with magnetic stirrer in the liquid, and stir while cooling. Wait to add antibiotic until you can hold your hands on the bottle without pain for 30 seconds.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luria Bertani Media</td>
			<td>Fisher Bioreagents</td>
			<td>BP1426-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysozyme</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L4919-5g</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini-PROTEAN Tetra Vertical Electrophoresis CellGel Box</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nalgene Oak Ridge High-Speed PPCO Centrifuge Tubes</td>
			<td>Nalgene (Thermo Scientific)</td>
			<td>3119-0050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>New Brunswick Innova 42R Shaker Incubator</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>M1335</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nickel Sulfate Hexahydrate (Crystalline/Certified ACS), Fisher Chemical</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>N73-500</td>
			<td>Danger: Harmful if swallowed or inhaled, skin and eye irritation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>One Shot BL21(DE3) Chemically Competent E. coli</td>
			<td>Invitrogen (Thermo Fisher)</td>
			<td>C600003</td>
			<td>May be harmful if inhaled or swallowed. May cause skin and eye irritation with susceptible people.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>One Shot BL21(DE3) pLysS Chemically Competent E. coli</td>
			<td>Invitrogen (Thermo Fisher)</td>
			<td>C606003</td>
			<td>May be harmful if inhaled or swallowed. May cause skin and eye irritation with susceptible people.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pet15b plasmid DNA</td>
			<td>Novagen (Millipore Sigma)</td>
			<td>69661</td>
			<td>GenScript Inc. was used for commerical DNA synthesis. The pet15b plasmid was used for the CFP/YFP substrates.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pet32b</td>
			<td>Novagen (Millipore Sigma)</td>
			<td>69016-3</td>
			<td>The pet32b plasmid was used for the cysteine protease construct.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce Protease Inhibitor Mini Tablets, EDTA-free</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>A32955</td>
			<td>Warning: Skin corrosion/irriation; eye damage</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plate Reader</td>
			<td>Molecular Devices</td>
			<td>Model M5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Precision Plus Protein All Blue Prestained Protein Standard</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>161-0373</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protein Extraction Reagent</td>
			<td>Novagen (Millipore Sigma)</td>
			<td>70584-4</td>
			<td>BugBuster or Bper (Catalog # 78248, ThermoFisher)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Q-Sepharose Fast Flow</td>
			<td>G.E. Healthcare</td>
			<td>17-0510-01</td>
			<td>Anion exchange resin</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RunBlue (12%) 17-well PAGE gels</td>
			<td>Expedeon</td>
			<td>BCG01227</td>
			<td>Any 12% pre-cast polyacrylamide gel can be used</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RunBlue 20x SDS Running Buffer</td>
			<td>Expedeon</td>
			<td>NXB50500</td>
			<td>Dilute 50 mL with 950 mL deionized water to obtain 1x</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RunBlue Instant Blue Gel Stain</td>
			<td>Expedeon</td>
			<td>ISB1L</td>
			<td>Do not dilute, use as directed</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>S271-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sonifier Cell Disrupter 450 Sonicator</td>
			<td>Branson Ultrasonics (VWR)</td>
			<td>Model No. 101-063-346R</td>
			<td>Sonicator was used on level 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spectra/Por 6-8 kD MWCO</td>
			<td>Spectrum Labs</td>
			<td>132645T</td>
			<td>Dialysis Tubing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SP-Sepharose Fast Flow</td>
			<td>G.E. Healthcare</td>
			<td>17-0729-01</td>
			<td>Cation exchange resin</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thrombin from bovine plasma</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T6634-500UN</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Base</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP152-500</td>
			<td>Caution: Eye/Skin Irritant</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analysis of group iv viral sshhps using in vitro and in silico methods

अल्फावायरल एंजाइमों को एक पॉलीपेप्टाइड में संश्लेषित किया जाता है। गैर संरचनात्मक पॉलीप्रोटीन (एनएसपी) को वायरल प्रतिकृति के लिए आवश्यक सक्रिय एंजाइमों का उत्पादन करने के लिए अपने nsP2 साइस्टीन प्रोटीज द्वारा संसाधित किया जाता है। वायरल प्रोटीज़ अत्यधिक विशिष्ट हैं और संरक्षित दरार साइट आकृति दृश्यों (~ 6-8 अमीनो एसिड) को पहचानते हैं। कई ग्रुप IV वायरस में, एनएसपी प्रोटीज (एस) क्लीवेज साइट आकृति दृश्यों को विशिष्ट मेजबान प्रोटीन में पाया जा सकता है जो जन्मजात प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं को उत्पन्न करने में शामिल होते हैं और कुछ मामलों में, लक्षित प्रोटीन वायरस-प्रेरित फेनोटाइप से जुड़े होते दिखाई देते हैं। ये वायरस मेजबान प्रोटीन के लक्षित विनाश के लिए समरूप मेजबान-रोगजनक प्रोटीन दृश्यों (SSHHPS) के छोटे हिस्सों का उपयोग करते हैं। SSHHPS की पहचान करने के लिए वायरल प्रोटीज़ दरार साइट आकृति दृश्यों विस्फोट में इनपुट किया जा सकता है और मेजबान जीनोम (एस) खोजा जा सकता है । दरार शुरू में शुद्ध nsP वायरल प्रोटीज़ और फ्लोरेसेंस अनुनाद ऊर्जा हस्तांतरण (FRET) ई. कोलाईमें किए गए सब्सट्रेट्स का उपयोग करके परीक्षण किया जा सकता है । FRET सब्सट्रेट्स में सियान और येलो फ्लोरोसेंट प्रोटीन और क्लीवेज साइट सीक्वेंस (सीएफपी-सीक्वेंस-वाईएफपी) होते हैं। इस प्रोटीज़ परख का उपयोग प्लेट रीडर में या एसडी-पेज जैल में लगातार किया जा सकता है। सब्सट्रेट चयन और म्यूटाजेनेसिस अध्ययन ों का मार्गदर्शन करने के लिए सिलिको में बाउंड पेप्टाइड सब्सट्रेट्स के मॉडल उत्पन्न किए जा सकते हैं। प्रोटीज़ अवरोधकों की पहचान करने के लिए सीएफपी/वाईएफपी सब्सट्रेट्स का भी उपयोग किया गया है । इन इन विट्रो और सिलिको तरीकों में सेल आधारित परखके साथ संयोजन में इस्तेमाल किया जा सकता है निर्धारित करने के लिए अगर लक्षित मेजबान प्रोटीन वायरल प्रतिकृति को प्रभावित करता है ।

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Analysis of Group IV Viral SSHHPS Using In Vitro and In Silico Methods

हम वायरल पॉलीप्रोटीन में एम्बेडेड समरूप मेजबान-रोगजनक प्रोटीन दृश्यों (एसएचएचपीएस) के छोटे हिस्सों की पहचान करने के लिए एक सामान्य प्रोटोकॉल पेश करते हैं। SSHHPS वायरल proteases द्वारा मांयता प्राप्त कर रहे है और कई समूह चतुर्थ वायरस द्वारा विशिष्ट मेजबान प्रोटीन के लक्षित विनाश प्रत्यक्ष ।

इन विट्रो और सिलिको विधियों का उपयोग करके समूह चतुर्थ वायरल एसएचएचपीएस का विश्लेषण

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Polarized मानव airway के एक तरल से ढके संस्कृति की स्थापना उपकला Calu 3 मेजबान सेल श्वसन रोगज़नक़ों रिस्पांस कोशिकाओं के अध्ययन<em&gt; इन विट्रो में</em

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