Name: integration of bioinformatics approaches and experimental validations to understand the role of notch signaling in ovarian cancer
Uploaded: 2020-01-12T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer at JoVE.com

وكان هذا العمل مدعوما بتمويل البدء ، ومنحه بحوث كليه العلوم والرياضيات ، وجائزه دوره البحوث الصيفية ، وجائزه تمويل البحوث الاوليه من جامعه جورجيا الجنوبية.

1. التنبؤ بالنتائج السريرية من الملامح الجينية (PRECOG)
ملاحظه: المدخل PRECOG (precog.stanford.edu) الوصول إلى البيانات المتاحة علنا من 165 مجموعات بيانات التعبير عن السرطان ، بما في ذلك مستويات التعبير الجيني والنتائج السريرية المريض17. وهو يوفر علي وجه التحديد تحليل Meta\u2012Z ، الذ?...

<ol>
	<li>Bocchicchio, S., Tesone, M., Irusta, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Convergence+of+Wnt+and+Notch+signaling+controls+ovarian+cancer+cell+survival.">Convergence of Wnt and Notch signaling controls ovarian cancer cell survival.</a> Journal of Cellular Physiology. , (2019).</li><li>Hibdon, E. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch+and+mTOR+Signaling+Pathways+Promote+Human+Gastric+Cancer+Cell+Proliferation.">Notch and mTOR Signaling Pathways Promote Human Gastric Cancer Cell Proliferation.</a> Neoplasia. 21 (7), 702-712 (2019).</li><li>Kucukkose, C., Yalcin Ozuysal, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+Notch+signalling+on+the+expression+of+SEMA3C,+HMGA2,+CXCL14,+CXCR7,+and+CCL20+in+breast+cancer.">Effects of Notch signalling on the expression of SEMA3C, HMGA2, CXCL14, CXCR7, and CCL20 in breast cancer.</a> Turkish Journal of Biology. 43 (1), 70-76 (2019).</li><li>Lan, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch+pathway+is+involved+in+the+suppression+of+colorectal+cancer+by+embryonic+stem+cell+microenvironment.">Notch pathway is involved in the suppression of colorectal cancer by embryonic stem cell microenvironment.</a> OncoTargets and Therapy. 12, 2869-2878 (2019).</li><li>Lian, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch+signaling+promotes+serrated+neoplasia+pathway+in+colorectal+cancer+through+epigenetic+modification+of+EPHB2+and+EPHB4.">Notch signaling promotes serrated neoplasia pathway in colorectal cancer through epigenetic modification of EPHB2 and EPHB4.</a> Cancer Management and Research. 10, 6129-6141 (2018).</li><li>Salazar, J. L., Yamamoto, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integration+of+Drosophila+and+Human+Genetics+to+Understand+Notch+Signaling+Related+Diseases.">Integration of Drosophila and Human Genetics to Understand Notch Signaling Related Diseases.</a> Advances in Experimental Medicine and Biology. 1066, 141-185 (2018).</li><li>Bray, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch+signalling+in+context.">Notch signalling in context.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 17 (11), 722-735 (2016).</li><li>Andersson, E. R., Sandberg, R., Lendahl, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch+signaling:+simplicity+in+design,+versatility+in+function.">Notch signaling: simplicity in design, versatility in function.</a> Development. 138 (17), 3593-3612 (2011).</li><li>Brou, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+proteolytic+cleavage+involved+in+Notch+signaling:+the+role+of+the+disintegrin-metalloprotease+TACE.">A novel proteolytic cleavage involved in Notch signaling: the role of the disintegrin-metalloprotease TACE.</a> Molecular Cell. 5 (2), 207-216 (2000).</li><li>Oswald, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=p300+acts+as+a+transcriptional+coactivator+for+mammalian+Notch-1.">p300 acts as a transcriptional coactivator for mammalian Notch-1.</a> Molecular and Cellular Biology. 21 (22), 7761-7774 (2001).</li><li>Xiu, M. X., Liu, Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+oncogenic+Notch2+signaling+in+cancer:+a+novel+therapeutic+target.">The role of oncogenic Notch2 signaling in cancer: a novel therapeutic target.</a> American Journal of Cancer Research. 9 (5), 837-854 (2019).</li><li>Allenspach, E. J., Maillard, I., Aster, J. C., Pear, W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch+signaling+in+cancer.">Notch signaling in cancer.</a> Cancer Biololgy &amp; Therapy. 1 (5), 466-476 (2002).</li><li>Jia, D., Underwood, J., Xu, Q., Xie, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NOTCH2/NOTCH3/DLL3/MAML1/ADAM17+signaling+network+is+associated+with+ovarian+cancer.">NOTCH2/NOTCH3/DLL3/MAML1/ADAM17 signaling network is associated with ovarian cancer.</a> Oncology Letters. 17 (6), 4914-4920 (2019).</li><li>Weng, J. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+bioinformatics+approaches+for+analysis+of+high-throughput+biological+data.">Novel bioinformatics approaches for analysis of high-throughput biological data.</a> Biomed Research International. 2014, 814092 (2014).</li><li>Readhead, B., Dudley, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translational+Bioinformatics+Approaches+to+Drug+Development.">Translational Bioinformatics Approaches to Drug Development.</a> Advances in Wound Care (New Rochelle). 2 (9), 470-489 (2013).</li><li>Bayat, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Science,+medicine,+and+the+future:+Bioinformatics.">Science, medicine, and the future: Bioinformatics.</a> BMJ. 324 (7344), 1018-1022 (2002).</li><li>Gentles, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+prognostic+landscape+of+genes+and+infiltrating+immune+cells+across+human+cancers.">The prognostic landscape of genes and infiltrating immune cells across human cancers.</a> Nature Medicine. 21 (8), 938-945 (2015).</li><li>Tan, T. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CSIOVDB:+a+microarray+gene+expression+database+of+epithelial+ovarian+cancer+subtype.">CSIOVDB: a microarray gene expression database of epithelial ovarian cancer subtype.</a> Oncotarget. 6 (41), 43843-43852 (2015).</li><li>Shin, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GENT:+gene+expression+database+of+normal+and+tumor+tissues.">GENT: gene expression database of normal and tumor tissues.</a> Cancer Informatics. 10, 149-157 (2011).</li><li>Barretina, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Cancer+Cell+Line+Encyclopedia+enables+predictive+modelling+of+anticancer+drug+sensitivity.">The Cancer Cell Line Encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity.</a> Nature. 483 (7391), 603-607 (2012).</li><li>Gao, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrative+Analysis+of+Complex+Cancer+Genomics+and+Clinical+Profiles+Using+the+cBioPortal.">Integrative Analysis of Complex Cancer Genomics and Clinical Profiles Using the cBioPortal.</a> Science Signaling. 6 (269), (2013).</li><li>Cerami, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+cBio+Cancer+Genomics+Portal:+An+Open+Platform+for+Exploring+Multidimensional+Cancer+Genomics+Data.">The cBio Cancer Genomics Portal: An Open Platform for Exploring Multidimensional Cancer Genomics Data.</a> Cancer Discovery. 2 (5), 401-404 (2012).</li><li>McGuire, S. E., Mao, Z., Davis, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatiotemporal+gene+expression+targeting+with+the+TARGET+and+gene-switch+systems+in+Drosophila.">Spatiotemporal gene expression targeting with the TARGET and gene-switch systems in Drosophila.</a> Science's STKE. 2004 (220), 6 (2004).</li><li>Jia, D., Huang, Y. C., Deng, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Cell+Cycle+Switches+in+Drosophila+Oogenesis.">Analysis of Cell Cycle Switches in Drosophila Oogenesis.</a> Methods in Molecular Biology. 1328, 207-216 (2015).</li><li>Lo, P. K., Huang, Y. C., Corcoran, D., Jiao, R., Deng, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inhibition+of+Notch+signaling+by+the+p105+and+p180+subunits+of+Drosophila+chromatin+assembly+factor+1+is+required+for+follicle+cell+proliferation.">Inhibition of Notch signaling by the p105 and p180 subunits of Drosophila chromatin assembly factor 1 is required for follicle cell proliferation.</a> Journal of Cell Science. 132 (2), (2019).</li><li>Keller Larkin, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+Notch+pathway+in+terminal+follicle+cell+differentiation+during+Drosophila+oogenesis.">Role of Notch pathway in terminal follicle cell differentiation during Drosophila oogenesis.</a> Development Genes and Evolution. 209 (5), 301-311 (1999).</li><li>Sun, J., Deng, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch-dependent+downregulation+of+the+homeodomain+gene+cut+is+required+for+the+mitotic+cycle/endocycle+switch+and+cell+differentiation+in+Drosophila+follicle+cells.">Notch-dependent downregulation of the homeodomain gene cut is required for the mitotic cycle/endocycle switch and cell differentiation in Drosophila follicle cells.</a> Development. 132 (19), 4299-4308 (2005).</li><li>Jia, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+large-scale+in+vivo+RNAi+screen+to+identify+genes+involved+in+Notch-mediated+follicle+cell+differentiation+and+cell+cycle+switches.">A large-scale in vivo RNAi screen to identify genes involved in Notch-mediated follicle cell differentiation and cell cycle switches.</a> Scientific Reports. 5, 12328 (2015).</li><li>Shcherbata, H. R., Althauser, C., Findley, S. D., Ruohola-Baker, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+mitotic-to-endocycle+switch+in+Drosophila+follicle+cells+is+executed+by+Notch-dependent+regulation+of+G1/S,+G2/M+and+M/G1+cell-cycle+transitions.">The mitotic-to-endocycle switch in Drosophila follicle cells is executed by Notch-dependent regulation of G1/S, G2/M and M/G1 cell-cycle transitions.</a> Development. 131 (13), 3169-3181 (2004).</li></ol>

وبما ان هناك عددا لا يحصي من النهج والأساليب لاستخدام المعلوماتية الحيوية ، هناك قواعد بيانات عديده متاحه علي الإنترنت لعامه الجمهور. ويمكن استخراج وفره من المعلومات من كل من قواعد البيانات هذه ، ولكن البعض منها هو الأنسب لأغراض معينه ، مثل تقييم بقاء المريض علي أساس بعض المدخلات. ويمكن ل?...

ومسار الإشارات من الدرجة الاولي هو مسار مصان بدرجه كبيره ومهم للعديد من العمليات التنموية داخل الكائنات البيولوجية. وقد أظهرت الإشارات الشق للعب دورا هاما في انتشار الخلايا والتجديد الذاتي ، والعيوب في مسار الإشارات الشق يمكن ان يؤدي إلى أنواع كثيره من السرطانات1،2،3،4،5،6. في بعض الحالات ، وقد تم ربط مسار الإشارات الشق إلى كل من نمو الانسجه والسرطان ، فضلا عن موت الخلايا وقمع الأورام7. مستقبلات الشق متعددة (الشق 1 − 4) و co\u2012activator منشط العقل المدبر (MAML 1 − 3) ، كل مع وظائف متنوعة ، أضافه مستوي إضافي من التعقيد. في حين ان الشق يشير المسار متطورة من حيث الوظائف ، مساره الأساسي بسيط علي أساس الجزيئية8. مستقبلات الشق بمثابه بروتينات الغشاء تتكون من المناطق خارج الخلية وداخل الخلايا9. والربط إلى المنطقة خارج الخلية من مستقبلات الشق يسهل الانقسام بروتينيه ، والذي يسمح المجال داخل الخلايا الشق (NICD) ليتم الإفراج عنهم في النواة. NICD ثم يربط إلى co\u2012activator منشط العقل المدبر لتنشيط التعبير الجينات المصب10.
في السنوات الاخيره ، وقد أظهرت الإشارات الشق للعب مجموعه متنوعة من الأدوار في بدء وتطور عده أنواع من السرطانات عبر الأنواع المختلفة6،11. علي سبيل المثال ، وقد تم ربط الإشارات الشق إلى نشاه التي تنطوي علي الإنسان NOTCH1 الجينات12. في الاونه الاخيره ، NOTCH2 ، NOTCH3 ، دلتا--مثل 3 (DLL3) ، Mastermind\u2012like البروتين 1 (MAML1)، وتحلل والمعادن التي تحتوي علي البروتين 17 (ADAM17) الجينات وقد ثبت ان ترتبط ارتباطا وثيقا مع سرطان المبيض ، وخاصه مع الفقراء البقاء الكلي للمرضي13.
ومع زيادة كميه البيانات التجريبية والمرتبطة بالمريض باستمرار ، يزداد أيضا الطلب علي تحليل البيانات المتاحة. وتنتشر البيانات المتاحة عبر المنشورات ، وقد تقدم نتائج متضاربة أو حتى متناقضة. ومع تطور التكنولوجيا الجديدة في العقود الاخيره ، مثل تسلسل الجيل التالي ، ازدادت كميه البيانات المتاحة باطراد. وعلي الرغم من ان هذا يمثل تقدما سريعا في العلوم وفرصا لمواصله البحوث البيولوجية ، فان تقييم معني البيانات المتاحة للعموم لحل المسائل البحثية يمثل تحديا كبيرا14. ونحن نعتقد ان المعلوماتية الحيوية هي طريقه مفيده لاستخراج قطع صغيره من المعلومات من مجموعات البيانات الواسعة النطاق. ومن خلال تنفيذ مختلف نهج المعلوماتية الحيوية ، يمكن للباحثين بسرعة وموثوقيه وكفاءه تفسير هذه البيانات الكبيرة ، مما يؤدي إلى اكتشافات ثاقبه. قد تتراوح هذه الاكتشافات من تحديد أهداف العلاج الدوائي الجديدة المحتملة أو الامراض الحيوية المرض ، لعلاج المريض شخصيه15،16.
المعلوماتية الحيوية نفسها تتطور بسرعة ، والنهج تتغير باستمرار مع التقدم التكنولوجي اكتساح العلوم الطبية والبيولوجية. وتشمل نهج المعلوماتية الحيوية الشائعة حاليا استخدام قواعد البيانات والبرامج الحاسوبية المتاحة للجمهور لتحليل تسلسل الحمض النووي أو البروتين ، وتحديد الجينات ذات الصلة أو الاهميه الخاصة ، وتحديد اهميه الجينات والمنتجات الجينية من خلال الجينوم الوظيفي16. وعلي الرغم من ان مجال المعلوماتية الحيوية لا يقتصر بالتاكيد علي هذه النهج ، الا انها هامه في مساعده الأطباء والباحثين علي أداره البيانات البيولوجية لصالح المرضي ككل.
تهدف هذه الدراسة إلى تسليط الضوء علي العديد من قواعد البيانات الهامه واستخدامها للبحوث حول مسار الإشارات الشق. NOTCH2، NOTCH3، والمنشطة co\u2012activator واستخدمت كامثله للدراسة قاعده البيانات. وقد استخدمت هذه الجينات لأنه تم التحقق من اهميه المسار الإشارات الشق في سرطان المبيض. وأكدت التحليلات المنهجية للبيانات المستردة اهميه الإشارات الشق في سرطان المبيض. الاضافه إلى ذلك ، لان الإشارات الشق مصانة جيدا عبر الأنواع ، وأكد ان الإفراط في التعبير عن الورم الخبيث والعقل المدبر معا يمكن ان تحفز الأورام في دروفيا المبيضين ، ودعم نتائج قاعده البيانات والدور الهام والمحفوظ للاشاره الشق في سرطان المبيض.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>DAPI (4&#39;,6-Diamidino-2-Phenylindole, Dihydrochloride)</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>D1306</td>
			<td>1:1000 Dilution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS, Phosphate Buffered Saline, 10X Powder, pH 7.4</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>FLBP6651</td>
			<td>Dissolved with ddH2O to make 1X PBS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat serum</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>16210064</td>
			<td>Serum</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Embryo dish</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>70543-45</td>
			<td>Dissection Dish</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nutating mixers</td>
			<td>Fisherbrand</td>
			<td>88861041</td>
			<td>Nutator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>tj-Gal4, Gal80ts/ CyO; UAS-NICD-GFP/ TM6B</td>
			<td>Dr. Wu-Min Deng at Florida State University</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Fly stock</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>w*; UAS-mam.A</td>
			<td>Bloomington Drosophila Stock Center</td>
			<td>#27743</td>
			<td>Fly stock</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>w[1118]</td>
			<td>Bloomington Drosophila Stock Center</td>
			<td>#5905</td>
			<td>Fly stock</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The PRECOG portal</td>
			<td>Stanford University</td>
			<td>precog.stanford.edu</td>
			<td>Publicly accessible database of cancer expression datasets</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CSIOVDB</td>
			<td>Cancer Science Institute of Singapore</td>
			<td>csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html</td>
			<td>Microarray database used to study ovarian cancer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The Gene Expression across Normal and Tumor tissue (GENT) Portal</td>
			<td>Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)</td>
			<td>medical&#8211;genome.kribb.re.kr/GENT</td>
			<td>Publicly accessible database of gene expression data across diverse tissues, divided into tumor and normal tissues.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Broad Institute Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)</td>
			<td>Broad Institute and The Novartis Institutes for BioMedical Research</td>
			<td>portals.broadinstitute.org/ccle</td>
			<td>Provides genomic profiles and mutations of human cancer cell lines</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cBioPortal</td>
			<td>Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK)</td>
			<td>cioportal.org</td>
			<td>Portal that allows researchers to search for genetic alterations and signaling networks</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zeiss 710 Inverted confocal microscope</td>
			<td>Carl Zeiss</td>
			<td>ID #M 210491</td>
			<td>Examination and image collection of fluorescently labeled specimens</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

integration of bioinformatics approaches and experimental validations to understand the role of notch signaling in ovarian cancer

اشاره الشق هو مسار التنظيمية التي تم الحفاظ عليها للغاية المشاركة في العديد من العمليات الخلوية. Dysregulation هذا المسار الإشارات غالبا ما يؤدي إلى التدخل في التنمية السليمة وقد يؤدي حتى في بدء أو تطور السرطان في حالات معينه. لان هذا المسار يخدم وظائف معقده ومتعددة الاستخدامات ، ويمكن دراستها علي نطاق واسع من خلال العديد من النهج المختلفة. ومن بين هذه الوسائل ، توفر المعلوماتية الحيوية أسلوبا للدراسة يتسم بالفعالية من حيث التكلفة والسهولة وسهوله الاستعمال. المعلوماتية الحيوية هي وسيله مفيده لاستخراج أجزاء أصغر من المعلومات من مجموعات البيانات واسعه النطاق. ومن خلال تنفيذ مختلف نهج المعلوماتية الحيوية ، يمكن للباحثين ان يفسروا بسرعة وموثوقيه وكفاءه هذه البيانات الكبيرة ، وان ينتجوا تطبيقات ثاقبه واكتشافات علميه. هنا ، يتم تقديم بروتوكول لدمج نهج المعلوماتية الحيوية للتحقيق في دور الإشارات الشق في سرطان المبيض. وعلاوة علي ذلك ، يتم التحقق من صحة نتائج المعلوماتية الحيوية من خلال التجريب.

باستخدام الاجراء المذكور في الخطوة 1 باستخدام بوابه PRECOG ، تم الحصول علي Z-العشرات من NOTCH2، NOTCH3، و MAML1 في سرطان المبيض (1.3 ، 2.32 ، 1.62 ، علي التوالي). تشير القيم السالبة لنقاط Z\u2012score البقاء العام الضعيف للمرضي الذين لديهم مستويات عاليه من التعبير عن الجينات الثلاثة. باستخدام ال?...

Watch this Scientific Journal Video about Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer at JoVE.com

Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer

المعلوماتية الحيوية هي طريقه مفيده لمعالجه مجموعات البيانات واسعه النطاق. ومن خلال تطبيق نهج المعلوماتية الحيوية ، يمكن للباحثين الحصول بسرعة وموثوقيه وكفاءه علي التطبيقات الثاقبة والاكتشافات العلمية. توضح هذه المقالة استخدام المعلوماتية الحيوية في أبحاث سرطان المبيض. كما نجح في التحقق من صحة نتائج المعلوماتية الحيوية من خلال التجريب.

دمج نهج المعلوماتية الحيوية والتحقق التجريبي لفهم دور الإشارات الدرجة في سرطان المبيض

Notch signaling is a highly conserved regulatory pathway involved in many cellular processes. Dysregulation of this signaling pathway often leads to ...

المعلوماتية الحيوية هي طريقة مفيدة لاستخراج المعلومات من مجموعات البيانات. والتجريب مهم بنفس القدر للتحقق من الصحة. نحن نجمع بين كلا النهجين للتحقيق في دور الإشارة إلى الدرجة في سرطان المبيض.والميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أن الباحثين يمكنهم استخدام المعلومات من قواعد البيانات المعلوماتية الحيوية لتخطيط اتجاه أبحاثهم قبل إجراء التجربة. مع تراكم البيانات المعلوماتية الحيوية من الأمراض البشرية، والعلماء لم يعد معصوب العينين. يمكن إجراء التجارب للتحقق من صحة نتائج محددة، والتي يمكن أن تؤدي إلى تحسين العلاجات أو تشخيص الأمراض.لتحليل الفوقية من الاقتران جين من مصلحة مع نوع معين من السرطان، إنشاء حساب مع عنوان البريد الإلكتروني الأكاديمية التابعة للوصول إلى قاعدة بيانات PRECOG وإدخال عنوان البريد الإلكتروني وكلمة المرور المرتبطة الحساب في محطة تسجيل الدخول. انقر على عرض التفاصيل وإدخال الجين الذي يهمك في شريط البحث. ثم استخدم شريط التمرير للحصول على نقاط البقاء على قيد الحياة Z لنوع السرطان محددة من الفائدة.للتحقيق في العلاقة بين مستويات التعبير الجيني ومراحل سرطان المبيض، انتقل إلى صفحة الويب CSIOVDB وإدخال اسم الجين الذي يهمك في شريط البحث. ثم انقر على علامة التبويب البقاء على قيد الحياة. لتقييم بيانات التعبير الجيني عبر أنسجة الورم المتنوعة والطبيعية، انتقل إلى مدخل GENT وانقر على علامة التبويب بحث.في قسم الكلمة الرئيسية، حدد رمز الجينات للمصطلحات من القائمة المنسدلة، وقم بإدخال رمز الجين للجين الذي يهمك، وحدد الأنسجة لخيّر النوع. انقر فوق الزر بحث. سيتم عرض رسوم بيانية موجزة للتعبير الجيني في أنسجة الورم العادي وأنواع السرطان المختلفة، استنادًا إلى منصات U133A وU122 Plus 2.ثم انقر على رابط تنزيل بيانات النتائج للوصول إلى المعلومات التفصيلية حول قيم التعبير الجيني وأنواع الأنسجة ومصادر البيانات. للبحث عن التعديلات الجينية وشبكات الإشارات، افتح صفحة ويب مدخل CBIO، واستخدام الاستعلام في الصفحة المقصودة، انقر فوق الأعضاء أو الأنسجة ذات الأهمية ضمن قسم تحديد الدراسات، وحدد دراسة معينة للاهتمام، وانقر فوق الاستعلام حسب الجين. في قسم تحديد ملفات التعريف الجينية، حدد الطفرات، أو تغييرات رقم النسخة المفترضة من GISTIC، أو خيار تعبير mRNA.حدد البيانات المقابلة من القائمة تحديد المريض/مجموعة الحالات، وأدخل رموز الجينات المستهدفة في مربع الاستعلام الخاص بإدخال الجينات. انقر فوق الزر إرسال استعلام، ثم افتح علامة التبويب الشبكة لاسترداد شبكة الجينات المطلوبة. ثم انقر فوق علامة التبويب ملف، وحدد حفظ باسم PNG صورة لتحميل صورة الشبكة.لإنشاء الذباب مع NICD أو NICD وفرط التعبير عن المام ، وإعداد مخزونات الذباب المناسبة ، وتطبيق تقنية استهداف التعبير الجيني الزمني والإقليمي للتحكم في التعبير الجيني الزماني ، وفقًا للبروتوكولات القياسية. رفع الذباب في 18 درجة مئوية حتى سن البلوغ، قبل التحول إلى 29 درجة مئوية مع الخميرة لمدة 48 ساعة. في نهاية حضانة 29 درجة مئوية، إضافة ثلاثة ملليلتر من برنامج تلفزيوني إلى طبق جمع الأجنة، وتخدير ثقافة الذبابة مع وسادة ثاني أكسيد الكربون.استخدام المجهر تشريح لتحديد ذبابة أنثى تخدير، واستخدام زوج من ملقط تشريح للاستيلاء بعناية على الصدر السفلي من الذبابة. غمر الذبابة في برنامج تلفزيوني داخل طبق جمع الأجنة ، واستخدم زوجًا ثانيًا من ملقط لقرص أسفل البطن ، وسحب بلطف لإطلاق الأعضاء الداخلية. تحديد مكان وفصل زوج من المبيضين من الجسم ذبابة, وكسر مغد العضلات, تقع في الطرف الخلفي للمبايض, لفصل ovarials.ثم ضع المبيضين المعزولين في أنبوب طرد مركزي 1.5 ملليلتر ، يحتوي على 500 ميكرولترات من PBS على الجليد. عندما تم جمع جميع المبيضين، استبدال برنامج تلفزيوني مع 500 ميكرولترات من 4٪ الفورمالديهايد، ووضع الأنبوب على nutator لمدة 10 دقائق. في نهاية الحضانة ، تخلص من المثبت وغسل المبيضين مع ثلاثة ، 15 دقيقة تشطف في ملليلتر واحد من PBT لكل غسل.بعد الغسيل الأخير، قم بتسمية المبيضين بـ 150 ميكرولترات من 10 ميكروغرام لكل ملليلتر DAPI لمدة 10-15 دقيقة على المُجنة. في نهاية الحضانة ، وغسل المبايض مرة واحدة لمدة 10 دقائق مع ملليلتر واحد من PBT ، تليها اثنين من غسل 10 دقيقة في برنامج تلفزيوني. بعد الغسيل الثاني، وإزالة جميع ما عدا آخر 300 ميكرولترات من برنامج تلفزيوني، واستخدام 200 دقيق 200 تلميح ماصة لtriterate المبيضين عدة مرات لتحرير غرف البيض.المقبل، رواسب بلطف أنسجة المبيض من خلال تدور سريعة في microcentrifuge، وإزالة أكبر قدر ممكن من برنامج تلفزيوني دون إزعاج بيليه المبيض. باستخدام 1،000 دقيق الماصات تلميح، نقل حوالي ثلاث قطرات من تصاعد حل للأنبوب، واستخدام 200 دقيق ماصة تلميح مع ما يقرب من 0.33 ملليمتر قلصت من نهاية لنقل كامل 120 ميكرولترات من محلول تصاعد المبيض التي تحتوي على شريحة المجهر الزجاجي. ضع زجاج الأغطية بلطف فوق حل التركيب، وختم الحواف بتلميع الأظافر الشفاف.ثم استخدم مجهرًا اخلطي في تكبير 10x مع فتحة 0.8 للحصول على صور للمبايض الملطخة والمثبتة. باستخدام بوابة PRECOG كما هو موضح، يمكن الحصول على درجات Z-من NOTCH2 و NOTCH3 و MAML1 في سرطان المبيض. تشير قيم نقاط Z السلبية إلى سوء البقاء على قيد الحياة بشكل عام للمرضى الذين يعانون من مستويات تعبير عالية للجينات الثلاثة.وباستخدام قاعدة بيانات CSIOVD لتأكيد هذه النتائج، يشير كذلك إلى أن التعبير العالي عن NOTCH2 و NOTCH3 و MAML1 يرتبط ببقائه على قيد الحياة بشكل عام وخالٍ من الأمراض. وتشير اختبارات التباديل الأخرى إلى أن NOTCH2 و NOTCH3 و MAML1 يتم التعبير عنها بشدة في أنسجة الورم. واستنادا إلى هذه الجينات الأساسية الثلاثة، يمكن إنشاء شبكة إشارات لتوفير الجينات المجاورة الأكثر تغيرا البالغ عددها 50 جينا التي هي أيضا في نفس المسار مع أعلى معدلات الطفرات.من الفائدة، والإفراط في التعبير عن جين الاتش دوزوفيليا ما يعادل، NICD، وحدها، لا تحفز الأورام في دروسوفيليا. في حين أن فرط التعبير عن NICD والثدي معا يحفز الأورام في ذباب الفاكهة ، كما يتضح من وجود طبقات ظهارية متعددة وخلايا متراكمة. ويمكن أن يمهد مزيد من التحقق من التجارب الطريق أمام تحديد أهداف جديدة محتملة للعلاج بالعقاقير، و المؤشرات البيولوجية للأمراض، والعلاجات الشخصية.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Murine Experimental Model of Original Tumor Development and Peritoneal Metastasis via Orthotopic Inoculation with Ovarian Carcinoma Cells

Murine Experimental Model of Original Tumor Development and Peritoneal Metastasis via Orthotopic Inoculation with Ovarian Carcinoma Cells

فأري موديل التجريبية التنمية الورم الأصلي والبريتوني ورم خبيث<em&gt; عبر</em&gt; مثلي تلقيح مع خلايا المبيض سرطان

Epithelial ovarian carcinoma (EOC) is associated with a poor prognosis because it shows peritoneal dissemination. To improve the prognosis, it is ...

Evaluating the Role of Mitochondrial Function in Cancer-related Fatigue

تقييم دور الوظيفة المتقدرية في التعب المتصلة بالسرطان

Fatigue is a common and debilitating condition that affects most cancer patients. To date, fatigue remains poorly characterized with no diagnostic test to ...

Methods for Evaluating the Role of c-Fos and Dusp1 in Oncogene Dependence

أساليب لتقييم دور ج-المنحدر و Dusp1 في الاعتماد على السرطاني

The demonstration of tyrosine kinase inhibitors (TKIs) in treating chronic myeloid leukemia (CML) has heralded a new era in cancer therapeutics. However, ...

Characterize Disease-related Mutants of RAF Family Kinases by Using a Set of Practical and Feasible Methods

تميز المسوخ ذات الصلة بالأمراض من Kinases الأسرة سلاح الجو الملكي البريطاني باستخدام مجموعة من الأساليب العملية والممكنة

The rapidly accelerated fibrosarcoma (RAF) family kinases play a central role in cell biology and their dysfunction leads to cancers and developmental ...

Characterization and Functional Prediction of Bacteria in Ovarian Tissues

التوصيف والتنبؤ الوظيفي للبكتيريا في أنسجة المبيض

The theory of a "sterile" female upper reproductive tract has been encountering increasing opposition due to advancements in bacterial detection. However, ...

A Mouse Model to Investigate the Role of Cancer-Associated Fibroblasts in Tumor Growth

نموذج فأر للتحقيق في دور الخلايا الليفية المرتبطة بالسرطان في نمو الورم

Cancer-associated fibroblasts (CAFs) can play an important role in tumor growth by creating a tumor-promoting microenvironment. Models to study the role ...

Generation and Culturing of High-Grade Serous Ovarian Cancer Patient-Derived Organoids

توليد وزراعة المواد العضوية عالية الجودة المشتقة من سرطان المبيض المصلي

Organoids are 3D dynamic tumor models that can be grown successfully from patient-derived ovarian tumor tissue, ascites, or pleural fluid and aid in the ...

Visualizing DNA Damage Repair Proteins in Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids via Immunofluorescence Assays

Visualizing DNA Damage Repair Proteins in Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids via Immunofluorescence Assays

تصور بروتينات إصلاح تلف الحمض النووي في عضويات سرطان المبيض المشتقة من المريض عن طريق فحوصات التألق المناعي

Immunofluorescence is one of the most widely used techniques to visualize target antigens with high sensitivity and specificity, allowing for the accurate ...

Quantifying Telomere Length Using Non-Radioactive Chemiluminescence Detection

Optimization of Performance Parameters of the TAGGG Telomere Length Assay

Optimization of Performance Parameters of the TAGGG Telomere Length Assay (Video) | JoVE 

تحسين معلمات الأداء لمقايسة طول التيلومير TAGGG

Telomeres are repetitive sequences which are present at chromosomal ends; their shortening is a characteristic feature of human somatic cells. Shortening ...

https://cloudfront.jove.com/CDNSource/teasers/65288.jpg

Pharmacological Targeting of Ion Channels to Treat Solid Tumors

Screening Ion Channels in Cancer Cells

Exploring the Role of Ion Channels in Cancer: Characterization and Potential Treatment Approaches (Video) | JoVE

فحص القنوات الأيونية في الخلايا السرطانية

Ion channels are critical for cell development and maintaining cell homeostasis. The perturbation of ion channel function contributes to the development ...