Name: integration of bioinformatics approaches and experimental validations to understand the role of notch signaling in ovarian cancer
Uploaded: 2020-01-12T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer at JoVE.com

この作品は、スタートアップ・ファンディング、理数学部研究助成、夏季研究セッション賞、ジョージア・サザン大学の研究種子資金賞に支えられています。

1. ゲノムプロファイル(PRECOG)からの臨床結果の予測
注:PRECOGポータル(precog.stanford.edu)は、遺伝子発現レベルおよび患者の臨床結果17を含む165の癌発現データセットから一般に利用可能なデータにアクセスする。具体的にはMeta\u2012Z分析を提供し、患者の全生存を示すために39種類の癌タイプの異なる遺伝子のZ\u2012スコアを提供する大規模なデータセットを組...

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	<li>Bocchicchio, S., Tesone, M., Irusta, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Convergence+of+Wnt+and+Notch+signaling+controls+ovarian+cancer+cell+survival.">Convergence of Wnt and Notch signaling controls ovarian cancer cell survival.</a> Journal of Cellular Physiology. , (2019).</li><li>Hibdon, E. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch+and+mTOR+Signaling+Pathways+Promote+Human+Gastric+Cancer+Cell+Proliferation.">Notch and mTOR Signaling Pathways Promote Human Gastric Cancer Cell Proliferation.</a> Neoplasia. 21 (7), 702-712 (2019).</li><li>Kucukkose, C., Yalcin Ozuysal, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+Notch+signalling+on+the+expression+of+SEMA3C,+HMGA2,+CXCL14,+CXCR7,+and+CCL20+in+breast+cancer.">Effects of Notch signalling on the expression of SEMA3C, HMGA2, CXCL14, CXCR7, and CCL20 in breast cancer.</a> Turkish Journal of Biology. 43 (1), 70-76 (2019).</li><li>Lan, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch+pathway+is+involved+in+the+suppression+of+colorectal+cancer+by+embryonic+stem+cell+microenvironment.">Notch pathway is involved in the suppression of colorectal cancer by embryonic stem cell microenvironment.</a> OncoTargets and Therapy. 12, 2869-2878 (2019).</li><li>Lian, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch+signaling+promotes+serrated+neoplasia+pathway+in+colorectal+cancer+through+epigenetic+modification+of+EPHB2+and+EPHB4.">Notch signaling promotes serrated neoplasia pathway in colorectal cancer through epigenetic modification of EPHB2 and EPHB4.</a> Cancer Management and Research. 10, 6129-6141 (2018).</li><li>Salazar, J. L., Yamamoto, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integration+of+Drosophila+and+Human+Genetics+to+Understand+Notch+Signaling+Related+Diseases.">Integration of Drosophila and Human Genetics to Understand Notch Signaling Related Diseases.</a> Advances in Experimental Medicine and Biology. 1066, 141-185 (2018).</li><li>Bray, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch+signalling+in+context.">Notch signalling in context.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 17 (11), 722-735 (2016).</li><li>Andersson, E. R., Sandberg, R., Lendahl, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch+signaling:+simplicity+in+design,+versatility+in+function.">Notch signaling: simplicity in design, versatility in function.</a> Development. 138 (17), 3593-3612 (2011).</li><li>Brou, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+proteolytic+cleavage+involved+in+Notch+signaling:+the+role+of+the+disintegrin-metalloprotease+TACE.">A novel proteolytic cleavage involved in Notch signaling: the role of the disintegrin-metalloprotease TACE.</a> Molecular Cell. 5 (2), 207-216 (2000).</li><li>Oswald, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=p300+acts+as+a+transcriptional+coactivator+for+mammalian+Notch-1.">p300 acts as a transcriptional coactivator for mammalian Notch-1.</a> Molecular and Cellular Biology. 21 (22), 7761-7774 (2001).</li><li>Xiu, M. 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S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch+signaling+in+cancer.">Notch signaling in cancer.</a> Cancer Biololgy &amp; Therapy. 1 (5), 466-476 (2002).</li><li>Jia, D., Underwood, J., Xu, Q., Xie, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NOTCH2/NOTCH3/DLL3/MAML1/ADAM17+signaling+network+is+associated+with+ovarian+cancer.">NOTCH2/NOTCH3/DLL3/MAML1/ADAM17 signaling network is associated with ovarian cancer.</a> Oncology Letters. 17 (6), 4914-4920 (2019).</li><li>Weng, J. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+bioinformatics+approaches+for+analysis+of+high-throughput+biological+data.">Novel bioinformatics approaches for analysis of high-throughput biological data.</a> Biomed Research International. 2014, 814092 (2014).</li><li>Readhead, B., Dudley, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translational+Bioinformatics+Approaches+to+Drug+Development.">Translational Bioinformatics Approaches to Drug Development.</a> Advances in Wound Care (New Rochelle). 2 (9), 470-489 (2013).</li><li>Bayat, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Science,+medicine,+and+the+future:+Bioinformatics.">Science, medicine, and the future: Bioinformatics.</a> BMJ. 324 (7344), 1018-1022 (2002).</li><li>Gentles, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+prognostic+landscape+of+genes+and+infiltrating+immune+cells+across+human+cancers.">The prognostic landscape of genes and infiltrating immune cells across human cancers.</a> Nature Medicine. 21 (8), 938-945 (2015).</li><li>Tan, T. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CSIOVDB:+a+microarray+gene+expression+database+of+epithelial+ovarian+cancer+subtype.">CSIOVDB: a microarray gene expression database of epithelial ovarian cancer subtype.</a> Oncotarget. 6 (41), 43843-43852 (2015).</li><li>Shin, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GENT:+gene+expression+database+of+normal+and+tumor+tissues.">GENT: gene expression database of normal and tumor tissues.</a> Cancer Informatics. 10, 149-157 (2011).</li><li>Barretina, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Cancer+Cell+Line+Encyclopedia+enables+predictive+modelling+of+anticancer+drug+sensitivity.">The Cancer Cell Line Encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity.</a> Nature. 483 (7391), 603-607 (2012).</li><li>Gao, J. 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M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inhibition+of+Notch+signaling+by+the+p105+and+p180+subunits+of+Drosophila+chromatin+assembly+factor+1+is+required+for+follicle+cell+proliferation.">Inhibition of Notch signaling by the p105 and p180 subunits of Drosophila chromatin assembly factor 1 is required for follicle cell proliferation.</a> Journal of Cell Science. 132 (2), (2019).</li><li>Keller Larkin, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+Notch+pathway+in+terminal+follicle+cell+differentiation+during+Drosophila+oogenesis.">Role of Notch pathway in terminal follicle cell differentiation during Drosophila oogenesis.</a> Development Genes and Evolution. 209 (5), 301-311 (1999).</li><li>Sun, J., Deng, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch-dependent+downregulation+of+the+homeodomain+gene+cut+is+required+for+the+mitotic+cycle/endocycle+switch+and+cell+differentiation+in+Drosophila+follicle+cells.">Notch-dependent downregulation of the homeodomain gene cut is required for the mitotic cycle/endocycle switch and cell differentiation in Drosophila follicle cells.</a> Development. 132 (19), 4299-4308 (2005).</li><li>Jia, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+large-scale+in+vivo+RNAi+screen+to+identify+genes+involved+in+Notch-mediated+follicle+cell+differentiation+and+cell+cycle+switches.">A large-scale in vivo RNAi screen to identify genes involved in Notch-mediated follicle cell differentiation and cell cycle switches.</a> Scientific Reports. 5, 12328 (2015).</li><li>Shcherbata, H. R., Althauser, C., Findley, S. D., Ruohola-Baker, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+mitotic-to-endocycle+switch+in+Drosophila+follicle+cells+is+executed+by+Notch-dependent+regulation+of+G1/S,+G2/M+and+M/G1+cell-cycle+transitions.">The mitotic-to-endocycle switch in Drosophila follicle cells is executed by Notch-dependent regulation of G1/S, G2/M and M/G1 cell-cycle transitions.</a> Development. 131 (13), 3169-3181 (2004).</li></ol>

バイオインフォマティクスの利用には数え切れないほどのアプローチや手法があるので、一般の方がオンラインで利用できるデータベースは数多くあります。これらの各データベースから豊富な情報を抽出できますが、特定の入力に基づいて患者の生存期間を評価するなど、特定の目的に最適な情報があります。異なる個々のデータベースから取得したデータの系統的な分析は、重要な科学?...

ノッチシグナル伝達経路は、生物内の多くの発達過程にとって重要な高度に保存された経路である。ノッチシグナル伝達は、細胞増殖および自己再生において重要な役割を果たすることが示されており、ノッチシグナル伝達経路の欠陥は、多くのタイプの癌を引き起こす可能性がある1、2、3、4、5、6である。いくつかの状況において、ノッチシグナル伝達経路は、組織の成長および癌ならびに細胞死および腫瘍抑制7の両方に関連している。複数のノッチ受容体(NOTCH 1−4)およびco\u2012アクティベーターマスターマインド(MAML 1−3)は、すべて多様な機能を有し、複雑さのレベルを追加する。ノッチシグナル伝達経路は機能の点で洗練されているが、そのコア経路は分子ベース8で単純である。ノッチ受容体は、細胞外および細胞内領域9からなる膜貫通タンパク質として作用する。ノッチ受容体の細胞外領域へのリガンド結合はタンパク質分解切断を促進し、ノッチ細胞内ドメイン(NICD)を核内に放出することを可能にする。次に NICD は co\u2012 アクティベーター マスターマインドに結合して下流遺伝子発現10を活性化します。
近年、ノッチシグナル伝達は、異なる種6、11にわたるいくつかの種類の癌の開始および進行において様々な役割を果たすることが示されている。例えば、ノッチシグナル伝達は、ヒトNOTCH1遺伝子12を含む腫瘍形成に関連している。近年、NOTCH2、NOTCH3、デルタ様3(DLL3)、マスターマインド\u2012様タンパク質1(MAML1)、およびジシンテグリンおよびメタロプロテイナーゼドメイン\u2012含有タンパク質17(ADAM17)遺伝子は、特に患者の全体的な生存不良と強く関連していることが示された。
実験データと患者関連データの量が継続的に増加するにつれて、利用可能なデータの分析に対する需要も増加します。利用可能なデータはパブリケーションに分散され、矛盾した結果や矛盾する結果が得られる可能性があります。次世代シーケンシングなど、ここ数十年の新技術の開発に伴い、利用可能なデータの量は急激に増加しています。これは科学の急速な進歩と継続的な生物学的研究の機会を表していますが、研究の質問を解決するために一般に公開されているデータの意味を評価することは大きな課題です14.バイオインフォマティクスは、大規模なデータセットからより小さな情報を抽出するのに役立つ方法であると考えています。研究者は、さまざまなバイオインフォマティクスアプローチの実装を通じて、これらの大きなデータセットを迅速かつ確実かつ効率的に解釈し、洞察に満ちた発見を生み出すことができます。これらの発見は、潜在的な新薬療法標的または疾患バイオマーカーの同定から、パーソナライズされた患者治療15、16まで及び得る。
バイオインフォマティクス自体は急速に進化しており、技術の進歩が医学や生物科学を席巻するにつれて、アプローチは絶えず変化しています。現在、一般的なバイオインフォマティクスアプローチには、DNAまたはタンパク質配列を分析し、特定の関連性または重要性の遺伝子を同定し、機能ゲノム16を介して遺伝子および遺伝子産物の関連性を決定するための、公的にアクセス可能なデータベースおよびソフトウェアプログラムの利用が含まれる。バイオインフォマティクスの分野は確かにこれらのアプローチに限定されるものではありませんが、これらは臨床医や研究者が患者全体の利益のために生物学的データを管理するのに役立ちます。
この研究は、いくつかの重要なデータベースとそのノッチシグナル伝達経路に関する研究への使用を強調することを目的としています。NOTCH2、 NOTCH3、およびコ\u2012アクティベーター MAML1がデータベーススタディの例として使用されました。これらの遺伝子は、卵巣癌におけるノッチシグナル伝達経路の重要性が検証されたために用いられた。取得したデータの系統的分析は、卵巣癌におけるノッチシグナル伝達の重要性を確認した。さらに、ノッチシグナル伝達は種間で十分に保存されているため、ショウジョウバエのメラノガスターNICDとマスターマインドの過剰発現がショウジョウバエの腫瘍を誘発し、データベース所見と卵巣癌におけるノッチシグナル伝達の重要かつ保存的な役割を支持することが確認された。

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	<tbody>
		<tr>
			<td>DAPI (4&#39;,6-Diamidino-2-Phenylindole, Dihydrochloride)</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>D1306</td>
			<td>1:1000 Dilution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS, Phosphate Buffered Saline, 10X Powder, pH 7.4</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>FLBP6651</td>
			<td>Dissolved with ddH2O to make 1X PBS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat serum</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>16210064</td>
			<td>Serum</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Embryo dish</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>70543-45</td>
			<td>Dissection Dish</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nutating mixers</td>
			<td>Fisherbrand</td>
			<td>88861041</td>
			<td>Nutator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>tj-Gal4, Gal80ts/ CyO; UAS-NICD-GFP/ TM6B</td>
			<td>Dr. Wu-Min Deng at Florida State University</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Fly stock</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>w*; UAS-mam.A</td>
			<td>Bloomington Drosophila Stock Center</td>
			<td>#27743</td>
			<td>Fly stock</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>w[1118]</td>
			<td>Bloomington Drosophila Stock Center</td>
			<td>#5905</td>
			<td>Fly stock</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The PRECOG portal</td>
			<td>Stanford University</td>
			<td>precog.stanford.edu</td>
			<td>Publicly accessible database of cancer expression datasets</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CSIOVDB</td>
			<td>Cancer Science Institute of Singapore</td>
			<td>csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html</td>
			<td>Microarray database used to study ovarian cancer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The Gene Expression across Normal and Tumor tissue (GENT) Portal</td>
			<td>Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)</td>
			<td>medical&#8211;genome.kribb.re.kr/GENT</td>
			<td>Publicly accessible database of gene expression data across diverse tissues, divided into tumor and normal tissues.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Broad Institute Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)</td>
			<td>Broad Institute and The Novartis Institutes for BioMedical Research</td>
			<td>portals.broadinstitute.org/ccle</td>
			<td>Provides genomic profiles and mutations of human cancer cell lines</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cBioPortal</td>
			<td>Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK)</td>
			<td>cioportal.org</td>
			<td>Portal that allows researchers to search for genetic alterations and signaling networks</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zeiss 710 Inverted confocal microscope</td>
			<td>Carl Zeiss</td>
			<td>ID #M 210491</td>
			<td>Examination and image collection of fluorescently labeled specimens</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

integration of bioinformatics approaches and experimental validations to understand the role of notch signaling in ovarian cancer

ノッチシグナル伝達は、多くの細胞プロセスに関与する高度に保存された調節経路である。このシグナル伝達経路の調節不全は、しばしば適切な発達との干渉につながり、特定の場合には癌の開始または進行をもたらすことさえある。この経路は複雑で多目的な機能を果たすので、多くの異なるアプローチを通じて広範囲に研究することができる。このうち、バイオインフォマティクスは、紛れもなくコスト効率が高く、親しみやすく、ユーザーフレンドリーな学習方法を提供します。バイオインフォマティクスは、大規模なデータセットから小さな情報を抽出するのに便利な方法です。研究者は、さまざまなバイオインフォマティクスアプローチの実装を通じて、これらの大きなデータセットを迅速かつ確実かつ効率的に解釈し、洞察力に富んだアプリケーションと科学的発見を生み出すことができます。ここでは、卵巣癌におけるノッチシグナル伝達の役割を調べるバイオインフォマティクスアプローチの統合のためのプロトコルが提示される。さらに、バイオインフォマティクスの所見は実験によって検証される。

PRECOGポータルを使用してステップ1で説明した手順を用いて、卵巣癌におけるNOTCH2、NOTCH3、およびMAML1のZスコアが得られた(それぞれ1.3、2.32、1.62)。 負のZ\u2012score値は、3つの遺伝子の発現レベルが高い患者の全体的な生存率が悪いことを示しています。スプレッドシート ソフトウェアの条件付き書式を使用すると、Z\u2012score 値が図 1の色...

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Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer

バイオインフォマティクスは、大規模なデータセットを処理するのに便利な方法です。バイオインフォマティクスアプローチの実装を通じて、研究者は洞察力に富んだ応用や科学的発見を迅速かつ確実に、効率的に得ることができます。本稿では、卵巣癌研究におけるバイオインフォマティクスの活用を実証する。また、実験によるバイオインフォマティクスの所見の検証にも成功しています。

卵巣癌におけるノッチシグナル伝達の役割を理解するためのバイオインフォマティクスアプローチと実験的検証の統合

Notch signaling is a highly conserved regulatory pathway involved in many cellular processes. Dysregulation of this signaling pathway often leads to ...

バイオインフォマティクスは、データセットから情報を抽出する便利な方法です。検証の場合も、実験も同様に重要です。我々は、卵巣癌におけるノッチシグナル伝達の役割を調査するために、両方のアプローチを組み合わせた。この技術の主な利点は、研究者が実験を行う前に、バイオインフォマティクスデータベースからの情報を利用して研究の方向性を計画できることです。人間の病気の蓄積されたバイオインフォマティクスデータでは、科学者はもはや目隠しされていません。特定の所見を検証するために実験を行い、改善された治療法や疾患の診断につながる可能性があります。特定のタイプのがんと関心のある遺伝子と関連付けのメタA分析を行う場合は、PRECOGデータベースにアクセスするためのアカデミック関連メールアドレスを持つアカウントを作成し、アカウントに関連付けられたメールアドレスとパスワードをログイン端末に入力します。[詳細を表示] をクリックし、目的のジーンを検索バーに入力します。次に、スクロールバーを使用して、対象の特定の癌タイプの生存Zスコアを取得します。遺伝子発現レベルと卵巣癌ステージとの関連を調べるには、CSIOVDBウェブページに移動し、対象遺伝子の名前を検索バーに入力します。次に、[サバイバル]タブをクリックします。多様な、正常な、および腫瘍組織の遺伝子発現データを評価するには、GENT ポータルに移動し、[検索] タブをクリックします。キーワードセクションで、ドロップダウンメニューから用語の遺伝子シンボルを選択し、対象遺伝子のシンボルを入力し、タイプオプションに「組織」を選択します。[検索] ボタンをクリックします。U133AおよびU122 Plus2プラットフォームに基づく異なる癌タイプの正常および腫瘍組織における遺伝子発現の要約グラフが表示される。次に、[結果データのダウンロード]リンクをクリックして、遺伝子発現値、組織タイプ、データソースに関する詳細情報にアクセスします。遺伝的変化およびシグナリングネットワークを検索するには、CBIOポータルのWebページを開き、ランディングページのクエリを使用して、[研究の選択]セクションで目的の臓器または組織をクリックし、対象の特定の研究を選択して、[遺伝子によるクエリ]をクリックします。[ゲノムプロファイルの選択]セクションで、変異、GISTICからの推定コピー数の変更、またはmRNA発現オプションを選択します。[患者/ケースセットの選択]メニューから対応するデータを選択し、遺伝子入力のクエリボックスにターゲット遺伝子シンボルを入力します。[クエリの送信] ボタンをクリックし、[ネットワーク] タブを開いて、目的のジーン ネットワークを取得します。次に、[ファイル] タブをクリックし、ネットワーク イメージをダウンロードする場合は[PNG 形式で保存]を選択します。NICDまたはNICDとマム過剰発現でハエを作成するには、適切なフライストックを準備し、標準的なプロトコルに従って、時間的および局所的な遺伝子発現ターゲティング技術を適用して、時空間的な遺伝子発現を制御します。ハエを成人まで摂氏18度で上げ、酵母で29度に切り替える前に48時間上げます。摂氏29度のインキュベーションの終わりに、胚採取皿にPBSの3ミリリットルを加え、二酸化炭素パッドでフライ培養物を麻酔します。解剖顕微鏡を使用して麻酔を受けた雌のハエを識別し、解剖鉗子のペアを使用して、ハエの下部胸郭を慎重につかみます。胚採取皿内のPBSにハエを沈め、2番目の鉗子を使用して下腹部をつまみ、優しく引っ張って内臓を放出する。一対の卵巣を見つけてハエの体から切り離し、卵巣の後端に位置する筋肉鞘を壊して卵巣を分離する。その後、1.5ミリリットルの遠心分離チューブに分離された卵巣を入れ、氷の上に500マイクロリットルのPBSを含む。すべての卵巣が採取されたら、PBSを4%ホルムアルデヒドの500マイクロリットルに置き換え、チューブを10分間ヌテネーターに置きます。インキュベーションの終わりに、固定剤を捨て、洗浄ごとに1ミリリットルのPBTで3、15分のすすいで卵巣を洗います。最後の洗浄後、卵巣に1ミリリットル当たり10マイクログラムの10マイクログラムのラベルを、ヌテパで10〜15分間ラベル付けします。インキュベーションの終わりに、卵巣を1ミリリットルのPBTで10分間洗い、続いてPBSで10分間洗浄します。2回目の洗浄後、PBSの最後の300マイクロリットルを除いてすべてを取り除き、200マイクロリットルのピペットチップを使用して卵巣を数回トリテラシーして卵室を解放します。次に、マイクロ遠心分離機で素早いスピンを通して卵巣組織を穏やかに沈下し、卵巣ペレットを邪魔することなくできるだけ多くのPBSを除去する。1,000マイクロリットルのピペットチップを使用して、約3滴の取り付け溶液をチューブに移し、エンドから約0.33ミリメートルトリミングした200マイクロリットルピペットチップを使用して、120マイクロリットルの卵巣含有取り付け溶液全体をガラス顕微鏡スライドに移します。取り付け溶液の上にカバースリップガラスをそっと置き、透明なマニキュアで縁を密封します。その後、0.8開口の10倍の倍率で共焦点顕微鏡を使用して、染色された卵巣と取り付けられた卵巣の画像を取得します。実証されたようにPRECOGポータルを使用して、卵巣癌におけるNOTCH2、NOTCH3、およびMAML1のZスコアを得ることができる。負のZスコア値は、3つの遺伝子の発現レベルが高い患者の全体的な生存率が低いことを示している。CSIOVDデータベースを用いてこれらの知見を確認し、さらにNOTCH2、NOTCH3、およびMAML1の高い発現が、全体的および無病生存率の悪さと相関することを示す。さらに順列検査は、NOTCH2、NOTCH3、およびMAML1が腫瘍組織において高発現していることを示唆している。これら3つのコア遺伝子に基づいて、シグナル伝達ネットワークを作成して、突然変異率が最も高い同じ経路にある50の最も頻繁に変化する隣接遺伝子を提供することができます。興味深いのは、ショウジョウバエと同等のNOTCH遺伝子の過剰発現は、NICDは、単独で、ショウジョウバエにおける腫瘍を誘発しない。NICDとマムの過剰発現は、複数の上皮層および蓄積細胞の存在によって証明されるように、フルーツハエの腫瘍を誘発する。さらなる実験検証は、潜在的な新薬療法ターゲット、疾患バイオマーカー、およびパーソナライズされた治療法の同定への道を開くことができます。

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Murine Experimental Model of Original Tumor Development and Peritoneal Metastasis via Orthotopic Inoculation with Ovarian Carcinoma Cells

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オリジナル腫瘍の開発のマウス実験モデルと腹膜転移<em&gt;経由で</em卵巣癌細胞で&gt;同所接種

Epithelial ovarian carcinoma (EOC) is associated with a poor prognosis because it shows peritoneal dissemination. To improve the prognosis, it is ...

Evaluating the Role of Mitochondrial Function in Cancer-related Fatigue

がんに関連した疲労におけるミトコンドリア機能の役割の評価

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Methods for Evaluating the Role of c-Fos and Dusp1 in Oncogene Dependence

C-fos の役割と Dusp1 の遺伝子依存性の評価方法

The demonstration of tyrosine kinase inhibitors (TKIs) in treating chronic myeloid leukemia (CML) has heralded a new era in cancer therapeutics. However, ...

Characterize Disease-related Mutants of RAF Family Kinases by Using a Set of Practical and Feasible Methods

実用的で実現可能な方法のセットを使用してRAFファミリーキナーゼの疾患関連変異体を特徴付けます

The rapidly accelerated fibrosarcoma (RAF) family kinases play a central role in cell biology and their dysfunction leads to cancers and developmental ...

Characterization and Functional Prediction of Bacteria in Ovarian Tissues

卵巣組織における細菌の特性評価と機能予測

The theory of a "sterile" female upper reproductive tract has been encountering increasing opposition due to advancements in bacterial detection. However, ...

A Mouse Model to Investigate the Role of Cancer-Associated Fibroblasts in Tumor Growth

腫瘍増殖における癌関連線維芽細胞の役割を調べるためのマウスモデル

Cancer-associated fibroblasts (CAFs) can play an important role in tumor growth by creating a tumor-promoting microenvironment. Models to study the role ...

Generation and Culturing of High-Grade Serous Ovarian Cancer Patient-Derived Organoids

高悪性度漿液性卵巣癌患者由来オルガノイドの作製と培養

Organoids are 3D dynamic tumor models that can be grown successfully from patient-derived ovarian tumor tissue, ascites, or pleural fluid and aid in the ...

Visualizing DNA Damage Repair Proteins in Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids via Immunofluorescence Assays

Visualizing DNA Damage Repair Proteins in Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids via Immunofluorescence Assays

免疫蛍光アッセイ による 患者由来卵巣がんオルガノイド中のDNA損傷修復タンパク質の可視化(英語)

Immunofluorescence is one of the most widely used techniques to visualize target antigens with high sensitivity and specificity, allowing for the accurate ...

Quantifying Telomere Length Using Non-Radioactive Chemiluminescence Detection

Optimization of Performance Parameters of the TAGGG Telomere Length Assay

Optimization of Performance Parameters of the TAGGG Telomere Length Assay (Video) | JoVE 

TAGGGテロメア長アッセイの性能パラメータの最適化

Telomeres are repetitive sequences which are present at chromosomal ends; their shortening is a characteristic feature of human somatic cells. Shortening ...

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Pharmacological Targeting of Ion Channels to Treat Solid Tumors

Screening Ion Channels in Cancer Cells

Exploring the Role of Ion Channels in Cancer: Characterization and Potential Treatment Approaches (Video) | JoVE

がん細胞におけるイオンチャネルのスクリーニング

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