Name: ubiquitin chain analysis by parallel reaction monitoring
Uploaded: 2020-06-17T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Ubiquitin Chain Analysis by Parallel Reaction Monitoring at JoVE.com

המחברים רוצים להודות סלין ג'נטי על עזרתה ביצירת כדורי הסלולר עם טיפול MG-132 כמתואר בתוצאות הייצוג ואליז Mommaerts עבור מתן כדורי E. coli בשימוש בפרוטוקול.

1. הכנת תקן פפטיד כבד
<ol><li>בהתאם לספק ואיכות הפפטידים הכבדים שנרכשו, יהיה צורך לדלל את הפפטידים הכבדים. פרוטוקול זה השתמש רצפי פפטיד שדווחו בטבלה 1, עם חומצת אמינו C-מסוף שונה ליצין(13C615N2-ליצין) או ארגינין (13C615N4-ארגנין).<ol>
<li>מערבבים את ה...

<ol>
	<li>Khoury, G. A., Baliban, R. C., Floudas, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteome-wide+post-translational+modification+statistics:+frequency+analysis+and+curation+of+the+swiss-prot+database.">Proteome-wide post-translational modification statistics: frequency analysis and curation of the swiss-prot database.</a> Scientific Reports. 1, 90 (2011).</li><li>Goldstein, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+a+polypeptide+that+has+lymphocyte-differentiating+properties+and+is+probably+represented+universally+in+living+cells.">Isolation of a polypeptide that has lymphocyte-differentiating properties and is probably represented universally in living cells.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 72 (1), 11-15 (1975).</li><li>Glickman, M. H., Ciechanover, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ubiquitin-proteasome+proteolytic+pathway:+Destruction+for+the+sake+of+construction.">The ubiquitin-proteasome proteolytic pathway: Destruction for the sake of construction.</a> Physiol. Rev. 82, 373-428 (2002).</li><li>Pickart, C. M., Eddins, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ubiquitin:+structures,+functions,+mechanisms.">Ubiquitin: structures, functions, mechanisms.</a> Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research. 1695 (1-3), 55-72 (2004).</li><li>Akutsu, M., Dikic, I., Bremm, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ubiquitin+chain+diversity+at+a+glance.">Ubiquitin chain diversity at a glance.</a> Journal of Cell Science. 129 (5), 875-880 (2016).</li><li>Komander, D., Rape, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Ubiquitin+Code.">The Ubiquitin Code.</a> Annual Review of Biochemistry. 81 (1), 203-229 (2012).</li><li>Mattern, M., Sutherland, J., Kadimisetty, K., Barrio, R., Rodriguez, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+Ubiquitin+Binders+to+Decipher+the+Ubiquitin+Code.">Using Ubiquitin Binders to Decipher the Ubiquitin Code.</a> Trends in Biochemical Sciences. 44 (7), 599-615 (2019).</li><li>Newton, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ubiquitin+chain+editing+revealed+by+polyubiquitin+linkage-specific+antibodies.">Ubiquitin chain editing revealed by polyubiquitin linkage-specific antibodies.</a> Cell. 134 (4), 668-678 (2008).</li><li>Spence, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+cycle-regulated+modification+of+the+ribosome+by+a+variant+multiubiquitin+chain.">Cell cycle-regulated modification of the ribosome by a variant multiubiquitin chain.</a> Cell. 102 (1), 67-76 (2000).</li><li>Borr&#224;s, E., Sabid&#243;, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=What+is+targeted+proteomics?+A+concise+revision+of+targeted+acquisition+and+targeted+data+analysis+in+mass+spectrometry.">What is targeted proteomics? A concise revision of targeted acquisition and targeted data analysis in mass spectrometry.</a> PROTEOMICS. 17 (17-18), (2017).</li><li>Lesur, A., Domon, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+high-resolution+accurate+mass+spectrometry+application+to+targeted+proteomics.">Advances in high-resolution accurate mass spectrometry application to targeted proteomics.</a> PROTEOMICS. 15 (5-6), 880-890 (2015).</li><li>Longworth, J., Dittmar, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+Ubiquitin+Chain+Topology+by+Targeted+Mass+Spectrometry.">Assessment of Ubiquitin Chain Topology by Targeted Mass Spectrometry.</a> Methods in Molecular Biology. 1977, 25-34 (2019).</li><li>Nielsen, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Iodoacetamide-induced+artifact+mimics+ubiquitination+in+mass+spectrometry.">Iodoacetamide-induced artifact mimics ubiquitination in mass spectrometry.</a> Nature Methods. 5 (6), 459-460 (2008).</li><li>Tawa, N. E., Odessey, R., Goldberg, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inhibitors+of+the+proteasome+reduce+the+accelerated+proteolysis+in+atrophying+rat+skeletal+muscles.">Inhibitors of the proteasome reduce the accelerated proteolysis in atrophying rat skeletal muscles.</a> The Journal of Clinical Investigation. 100 (1), 197-203 (1997).</li><li>Kim, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+and+quantitative+assessment+of+the+ubiquitin-modified+proteome.">Systematic and quantitative assessment of the ubiquitin-modified proteome.</a> Molecular Cell. 44 (2), 325-340 (2011).</li><li>MacLean, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+Collision+Energy+Optimization+on+the+Measurement+of+Peptides+by+Selected+Reaction+Monitoring+(SRM)+Mass+Spectrometry.">Effect of Collision Energy Optimization on the Measurement of Peptides by Selected Reaction Monitoring (SRM) Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 82 (24), 10116-10124 (2010).</li></ol>

ניתוח של מצב ubiquitin בתוך פרוטאום הוא בעל חשיבות גוברת למגוון רחב של שאלות ביולוגיות. התיאור של מצב ubiquitination של מדגם חייב להתמקד לא רק על הפרופיל של חלבונים להיות ubiquitinated, אלא גם על הטופולוגיה של ubiquitination כזה. להערכת טופולוגיה זו על ידי טרשת נפוצה ממוקדת, כמתואר כאן, יש תפקיד במגוון רחב של חקירות...

הרגולציה ההדוקה של תפקוד החלבון ויציבות היא בעלת חשיבות עליונה, שכן הם מניעים עיקריים של שליטה פנוטיפית בביולוגיה. תפקידו של חלבון בנוי משני מרכיבים: רצף הפוליפפטיד המהותי שלו וכל שינוי פוסט-טרנסלציה (PTMs). זוהו PTMs כימיים שונים כולל גליקוסילציה, זרחון, אצטילציה ומתילציה1. בשנת 1975 זיהה גולדשטיין ואח'2 חלבון קטן וקרא לו אוביקוויטין בשל אופיו בכל מקום. אוביקוויטין נמצאה חשובה בהשפלת חלבונים3. עם זאת, מאז נקבע כי הפונקציה של ubiquitin כמו מולקולת איתות משתרע הרבה מעבר ויסות יציבות החלבון. איתות Ubiquitin מעורב במגוון רחב של פונקציות ביולוגיות אחרות, כגון ייצוב חלבון, autophagy, בקרת מחזור התא, וסחר בחלבון4.
בעוד PTMs אחרים הם בדרך כלל בינארי (כלומר, החלבון משתנה או נשאר ללא שינוי) עבור אתר נתון, ubiquitin יכול לשנות חלבון הן כמונומר או כשרשרת פולימרית, עם ubiquitin המצורף עצמו להיות ubiquitinated. יתר על כן, שרשרת פוליוביקוויטין זו יכולה להתפתח במספר טופולוגיות עם ubiquitination של ubiquitin הקודם הצמדה לאחד משמונה אתרי קישור5,6. אוביקוויטין מועבר על ידי תהליך אנזימטי רב-שלבי (איור 1) שבו מסוף C של אוביקוויטין מקושר לאחד משבעת שאריות הליצין שלו (K06, K11, K27, K29, K33, K48 או K63) או מסוף N של האוביקוויטין הקודם (המכונה M1 או ubiquitination ליניארי)5,6. טופולוגיית שרשרת זו היא המפתח לגורל החלבון תחת שינוי. לדוגמה, השינוי בשרשרת מקושרת K48 או K11 מוביל לפגיעה בחלבון שהשתנה בפרוטאזום, בעוד ששרשרת ליניארית נחוצה להפעלת איתות NF-kB. לפיכך, ההפצה היחסית של טופולוגיות שרשרת אלה רלוונטית למגוון רחב של שאלות ביולוגיות.
השימוש בספקטרומטריית מסה (MS) הוא יתרון מיוחד לניתוח טופולוגיית שרשרת אוביקוויטין מכיוון שהוא אינו מסתמך על אינטראקציות מבוססות נוגדנים או מבוססות זיקה7,8, שרבות מהן ספציפיות מוגבלות ואינן מבדילות בין סוגי השרשרת השונים. אפשרות זיהוי שונה היא שימוש במוטנטים אוביקוויטין מהונדסים גנטית. כאן, ליבין מסוים מוחלף ארגינין, אשר לא יכול לתמוך בשינוי על ידי ubiquitin. חוסר היווצרות שרשרת ubiquitin על חלבון המצע מתפרש לאחר מכן כעדות לטופולוגיה ספציפית9.
זיהוי מבוסס MS של חלבונים ubiquitinated מבוסס על העובדה כי C-מסוף של ubiquitin מכיל שאריות ארגינין בתנוחה 74 כי הוא מוכר על ידי טריפסין במהלך ההכנה הפרוטאוליטית של הדגימות לניתוח טרשת נפוצה, הפרדת גליצין כפול C-מסוף. גליגלי (-GG) זה נשאר מחובר לקבוצה ε אמינו של שאריות ליצין של חלבון המצע. עבור ניתוח טופולוגית ubiquitin, השינוי מתרחשת על אחד משבעת שאריות ליצין של אוביקוויטין. פעולה זו יוצרת קבוצה של שבעה פפטידים מרכזיים הנושאים שאריות ליצין שמשתנות על-ידי GG, ספציפיות לכל אחת מהטופולוגיות (איור 2). לדוגמה, עם טופולוגיית K06, ליצין במיקום 6 על רצף חומצות אמינו יהיה מוגן מפני עיכול טריפטי עם -GG שינוי של 114 Da הוסיף ליצין זה.
זיהוי של פפטידים מוגדרים מראש ספציפיים על ידי טרשת נפוצה נקרא פרוטאומיקה ממוקדת, או ליתר דיוק, רכישת פפטידממוקדת 10. שתי שיטות פותחו בהתאם לביצועים של ספקטרומטר המסה בשימוש. אלה הם ניטור תגובה נבחר (SRM), המכונה גם ניטור תגובה מרובה (MRM), וניטור תגובה מקבילה (PRM). SRM כרוך בבחירת המעברים המורכבים מהמבשר m/z ומהיון המוצר m/z. לעומת זאת, PRM דורש רק את המבשר m/z. לאחר הבחירה, מתבצעת סריקת סקר מלאה של יוני המוצר. זה יש את היתרון כי אין מבחר של יוני מוצר מתאימים עבור כמויות על ספקטרומטר המסה הספציפי יש צורך לפני המדידה11. הן SRM והן PRM יכולים, בהתאם למכשיר, להיות מתוזמנים. תזמון הוא הנוהג של הקצאת חלון זמן שבמהלכו ייכלל יון מסוים לניתוח, שכן פפטידים מתרוממים בזמני שמירה מוגדרים מהמערכת הכרומטוגרפית. צמצום מספר היונים הנחקרים בכל זמן נתון מגדיל את תדירות החקירה של היונים המתוכננים באותה תקופה, ובכך משפר את דיוק הנתונים.
באופן כללי, היישום של פרוטאומיקה ממוקדת עבור טופולוגיית ubiquitin זהה לכל ניסוי פרוטאומיקה ממוקד אחר. עם זאת, שני הבדלים מרכזיים חשובים: ראשית, יש לשקול את היציבות של שרשראות ubiquitin. ישנם אנזימים deubiquitinating חזק מרובים (DUBs) כי במהירות להשפיל שרשראות על תמוגה התא. הפרוטאסות הספציפיות לאוביקוויטין מתחלקות לשתי קטגוריות, התיאסטרות והמתכות. רוב האוביקוויטין-הידרולאסות הן תיאסטראסים ונושאות שאריות ציסטאין במרכז הפעיל שלהן. על ידי alkylating שאריות ציסטאין זה, הם יכולים להיות מושבתים. ככזה, השימוש במאגרי ייצוב ubiquitin המכילים סוכני alkylating, כמו N-אתילמלימיד (NEM), וכימיקלים denaturing מאוד, ושמירה על דגימות מקורר חיוני לניתוח מוצלח. שנית, שלא כמו ניסויים ממוקדים אחרים, בחירת הפפטיד קבועה. בניסוי ממוקד טיפוסי, ניתן לבחור פפטיד פרוטאוטיפי לביצועים כרומטוגרפיים ויוניזציה טובים. עבור כמה פפטידים אופייניים טופולוגיה כגון K48 מאפיינים אלה טובים, ואילו עבור אחרים, הם פחות רצויים. לדוגמה, כרומטוגרפיה K33 בהגדרה הפוכה טיפוסית היא ירודה בשל היווצרות של פרופיל elution מתוח, ואת תכונות יינון לקוי של פפטיד K27 להפחית את הראות שלה על ידי MS12.
בפרוטוקול זה, אנו מתארים כיצד לבצע הערכה טופולוגית ubiquitin של מדגם ביולוגי על ידי PRM. נתונים לדוגמה עבור ההליך מוצגים באמצעות הפרעה של פרוטאזום באמצעות טיפול מעכב MG-132 במספר סוגי תאים שונים.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acetonitrile (ACN)</td>
			<td>Merck</td>
			<td>100029</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium bicarbonate (ABC)</td>
			<td>Fluka</td>
			<td>9830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>Microfuge 16</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroacetamide (CAA)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>22790</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf LoBind</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22431081</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid (FA)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>85178</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heavy Peptides</td>
			<td>JPT Peptide Technologies</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HPLC</td>
			<td>Dionex</td>
			<td>Ulitimate 3000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LC Column</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>160321</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lys C</td>
			<td>Wako</td>
			<td>125-05061</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mass Spectrometer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>Q-Exactive Plus</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-ethylmaleimide (NEM)</td>
			<td>ACROS Organics</td>
			<td>156100050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Positive Control Chain K48</td>
			<td>Boston Biochem</td>
			<td>UC-240</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Positive Control Chain K63</td>
			<td>Boston Biochem</td>
			<td>UC-340-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Positive Control Chain M1</td>
			<td>Boston Biochem</td>
			<td>UC-710B-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Hydroxide (NaOH)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S5881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sonifier</td>
			<td>Branson sonifier</td>
			<td>SFX 150</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermomixer</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>Thermomixer Comfort</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic acid (TFA)</td>
			<td>Sigam</td>
			<td>T6508</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>77720</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V1511A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>51456</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waters &#956;Elution C18 plates</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186002318</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

ubiquitin chain analysis by parallel reaction monitoring

הערכה של הפרופיל העולמי של טופולוגיות שרשרת ubiquitin בתוך פרוטאום הוא עניין לענות על מגוון רחב של שאלות ביולוגיות. הפרוטוקול המתואר כאן מנצל את השינוי di-גליצין (-GG) שנותר לאחר העיכול טריפטי של ubiquitin משולב בשרשרת. על ידי כימות אלה טופולוגיה אופייני פפטידים השפע היחסי של כל טופולוגיית שרשרת ubiquitin ניתן לקבוע. הצעדים הנדרשים לכימות פפטידים אלה על ידי ניסוי ניטור תגובה מקבילה מדווחים תוך התחשבות בייצוב של שרשראות ubiquitin. הכנת פקדים כבדים, תמוגת תאים ועיכול מתוארים יחד עם הגדרת ספקטרומטר המסה המתאימה וזרימת העבודה של ניתוח נתונים. ערכת נתונים לדוגמה עם הפרעות בטופולוגיית ubiquitin מוצגת, מלווה בדוגמאות כיצד מיטוב הפרוטוקול יכול להשפיע על התוצאות. על ידי ביצוע השלבים המתוארים, משתמש יוכל לבצע הערכה גלובלית של הנוף טופולוגית ubiquitin בתוך ההקשר הביולוגי שלהם.

כדי להדגים את השימוש בניתוח שרשרת ubiquitin על ידי PRM, שלושה קווי תאים נבחרו: קו תא מלנומה עכבר B16, ואת שני קווי התא האנושיים הנפוצים A549 (תאי אפיתל בסיסי מכתשי אדנוקרצ'ינו) ו HeLa (תאים סרטניים צוואר הרחם). תרבויות אלה גדלו לשלב midexponential במדיה המתאימה לפני שטופלו 0, 10, או 100 מ"מ MG-132 עבור 4 שעות לפני הקציר. ...

Watch this Scientific Journal Video about Ubiquitin Chain Analysis by Parallel Reaction Monitoring at JoVE.com

Ubiquitin Chain Analysis by Parallel Reaction Monitoring

שיטה זו מתארת הערכה של שינויים גלובליים בטופולוגיית שרשרת ubiquitin. ההערכה מבוצעת על ידי יישום של גישה פרוטאומית ממוקדת ספקטרומטריית מסה.

ניתוח שרשרת Ubiquitin על ידי ניטור תגובה מקבילה

Assessment of the global profile of ubiquitin chain topologies within a proteome is of interest to answer a wide range of biological questions. The ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

2 in 1: One-step Affinity Purification for the Parallel Analysis of Protein-Protein and Protein-Metabolite Complexes

2 ב 1: בשלב אחד טיהור זיקה לניתוח מקבילים של חלבון, מתחמי חלבון-מטבוליט

Cellular processes are regulated by interactions between biological molecules such as proteins, metabolites, and nucleic acids. While the investigation of ...

Analysis of Thylakoid Membrane Protein Complexes by Blue Native Gel Electrophoresis

ניתוח של מתחמי חלבון ממברנה תילקואיד מאת כחול מקורי אלקטרופורזה בג'ל

Photosynthetic electron transfer chain (ETC) converts solar energy to chemical energy in the form of NADPH and ATP. Four large protein complexes embedded ...

Analysis of Protein Folding, Transport, and Degradation in Living Cells by Radioactive Pulse Chase

ניתוח של קיפול חלבונים, תחבורה, והשפלה בתאים חיים על ידי הדופק רדיואקטיבי צ'ייס

Radioactive pulse-chase labeling is a powerful tool for studying the conformational maturation, the transport to their functional cellular location, and ...

Real-time Observation of the DNA Strand Exchange Reaction Mediated by Rad51

תצפית בזמן אמת של התגובה Exchange גדיל DNA מתווכת על-ידי Rad51

The DNA strand exchange reaction mediated by Rad51 is a critical step of homologous recombination. In this reaction, Rad51 forms a nucleoprotein filament ...

Hybrid Clear/Blue Native Electrophoresis for the Separation and Analysis of Mitochondrial Respiratory Chain Supercomplexes

אלקטרופורזה היברידית ברורה/כחולה עבור הפרדה וניתוח של שרשרת נשימה מיטוכונדריאלי מערכות-העל

Complexes of the oxidative phosphorylation machinery form supramolecular protein arrangements named supercomplexes (SCs), which are believed to confer ...

High-Resolution Complexome Profiling by Cryoslicing BN-MS Analysis

הפרדה ברזולוציה גבוהה בפרופיל מלא-ניתוח בהקפאה בסון-MS

Proteins generally exert biological functions through interactions with other proteins, either in dynamic protein assemblies or as a part of stably formed ...

Profiling Ubiquitin and Ubiquitin-like Dependent Post-translational Modifications and Identification of Significant Alterations

יצירת פרופיל אוביקוויפין ואוביקוויב-שינויים עצמאיים וזיהוי של שינויים משמעותיים

Ubiquitin (ub) and ubiquitin-like (ubl) dependent post-translational modifications of proteins play fundamental biological regulatory roles within the ...

Functional Characterization of RING-Type E3 Ubiquitin Ligases In Vitro and In Planta

אפיון פונקציונלי של מסוג הטבעת E3 ליגטיות בתוך מבחנה ובפלאנטה

Ubiquitination, as a posttranslational modification of proteins, plays an important regulatory role in homeostasis of eukaryotic cells. The covalent ...

Parallel Interrogation of &#946;-Arrestin2 Recruitment for Ligand Screening on a GPCR-Wide Scale using PRESTO-Tango Assay

Parallel Interrogation of ÃƒÅ½Ã‚Â²-Arrestin2 Recruitment for Ligand Screening on a GPCR-Wide Scale using PRESTO-Tango Assay

חקירה מקבילה של גיוס β-Arrestin2 עבור ליגיון הקרנה בקנה מידה מוקטן של הסרט באמצעות שיטת הטנגו-פרסטו

As the largest and most versatile gene superfamily and mediators of a gamut of cellular signaling pathways, G-protein-coupled receptors (GPCRs) represent ...

Single Cell Analysis Of Transcriptionally Active Alleles By Single Molecule FISH

ניתוח תא יחיד של אללים פעילים בתעתיק על ידי מולקולה אחת FISH

Gene transcription is an essential process in cell biology, and allows cells to interpret and respond to internal and external cues. Traditional bulk ...