Name: 3d multicolor dna fish tool to study nuclear architecture in human primary cells
Uploaded: 2020-01-25T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about 3D Multicolor DNA FISH Tool to Study Nuclear Architecture in Human Primary Cells at JoVE.com

Yazarlar INGM Görüntüleme Tesisi (Istituto Nazionale di Genetica Molecolare "Romeo ed Enrica Invernizzi" (INGM), Milano, İtalya), özellikle C. Cordiglieri, 3D çok renkli DNA FISH görüntüleri sırasında yardım için teknik yardım kabul Edinme. Bu çalışma B.B.:EPIGEN İtalyan amiral gemisi programı, Association Française contre les Myopathies (AFM-Telethon, grant nr 18754) ve Giovani Ricercatori, İtalya Sağlık Bakanlığı 'na (GR-2011-02349383) aşağıdaki hibeler tarafından desteklenmiştir. Bu çalışma F.M.'ye aşağıdaki hibe ile desteklenmiştir: Fondazione Cariplo (Bando Giovani, grant nr 2018-0321).

1. NICK çevirisi ile DNA sondası hazırlama ve etiketleme prosedürleri
<ol><li>ArındırMak ve temiz bakteriyel yapay kromozomlar (BACs), plazmidler veya pcr ürünleri belirli kitleri ile(Malzeme Tablosu),ddH2O resuspend, bir agarose jel üzerinde elektroforez tarafından kontrol ve nicel.</li>
	<li>Tablo1'e göre 0,5 mL düşük bağlayıcı DNA tüpündeki tüm reaktifleri karıştırarak 50°L'lik son hacimde 1,5−2 μg DNA'dan 1,5−2 μg'lik DNA çevirisi yapın.<b...

<ol>
	<li>Cremer, T., Cremer, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosome+territories,+nuclear+architecture+and+gene+regulation+in+mammalian+cells.">Chromosome territories, nuclear architecture and gene regulation in mammalian cells.</a> Nature Reviews: Genetics. 2 (4), 292-301 (2001).</li><li>Lieberman-Aiden, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+mapping+of+long-range+interactions+reveals+folding+principles+of+the+human+genome.">Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome.</a> Science. 326 (5950), 289-293 (2009).</li><li>Schmitt, A. D., Hu, M., Ren, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+mapping+and+analysis+of+chromosome+architecture.">Genome-wide mapping and analysis of chromosome architecture.</a> Nature Reviews: Molecular Cell Biology. 17 (12), 743-755 (2016).</li><li>Bonev, B., Cavalli, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organization+and+function+of+the+3D+genome.">Organization and function of the 3D genome.</a> Nature Reviews: Genetics. 17 (12), 772 (2016).</li><li>van Steensel, B., Furlong, E. E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+transcription+in+shaping+the+spatial+organization+of+the+genome.">The role of transcription in shaping the spatial organization of the genome.</a> Nature Reviews: Molecular Cell Biology. 20 (6), 327-337 (2019).</li><li>Rajarajan, P., Gil, S. E., Brennand, K. J., Akbarian, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+genome+organization+and+cognition.">Spatial genome organization and cognition.</a> Nature Reviews: Neuroscience. 17 (11), 681-691 (2016).</li><li>Pombo, A., Dillon, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+genome+architecture:+players+and+mechanisms.">Three-dimensional genome architecture: players and mechanisms.</a> Nature Reviews: Molecular Cell Biology. 16 (4), 245-257 (2015).</li><li>Fanucchi, S., Shibayama, Y., Burd, S., Weinberg, M. S., Mhlanga, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosomal+contact+permits+transcription+between+coregulated+genes.">Chromosomal contact permits transcription between coregulated genes.</a> Cell. 155 (3), 606-620 (2013).</li><li>Therizols, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+decondensation+is+sufficient+to+alter+nuclear+organization+in+embryonic+stem+cells.">Chromatin decondensation is sufficient to alter nuclear organization in embryonic stem cells.</a> Science. 346 (6214), 1238-1242 (2014).</li><li>Gonzalez-Sandoval, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Perinuclear+Anchoring+of+H3K9-Methylated+Chromatin+Stabilizes+Induced+Cell+Fate+in+C.+elegans+Embryos.">Perinuclear Anchoring of H3K9-Methylated Chromatin Stabilizes Induced Cell Fate in C. elegans Embryos.</a> Cell. 163 (6), 1333-1347 (2015).</li><li>Hubner, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Remodeling+of+nuclear+landscapes+during+human+myelopoietic+cell+differentiation+maintains+co-aligned+active+and+inactive+nuclear+compartments.">Remodeling of nuclear landscapes during human myelopoietic cell differentiation maintains co-aligned active and inactive nuclear compartments.</a> Epigenetics Chromatin. 8, 47 (2015).</li><li>Aymard, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+mapping+of+long-range+contacts+unveils+clustering+of+DNA+double-strand+breaks+at+damaged+active+genes.">Genome-wide mapping of long-range contacts unveils clustering of DNA double-strand breaks at damaged active genes.</a> Nature Structural &amp; Molecular Biology. 24 (4), 353-361 (2017).</li><li>Sellou, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+poly(ADP-ribose)-dependent+chromatin+remodeler+Alc1+induces+local+chromatin+relaxation+upon+DNA+damage.">The poly(ADP-ribose)-dependent chromatin remodeler Alc1 induces local chromatin relaxation upon DNA damage.</a> Molecular Biology of the Cell. 27 (24), 3791-3799 (2016).</li><li>Krijger, P. H., de Laat, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+disease-associated+gene+expression+in+the+3D+genome.">Regulation of disease-associated gene expression in the 3D genome.</a> Nature Reviews: Molecular Cell Biology. 17 (12), 771-782 (2016).</li><li>Lupianez, D. G., Spielmann, M., Mundlos, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Breaking+TADs:+How+Alterations+of+Chromatin+Domains+Result+in+Disease.">Breaking TADs: How Alterations of Chromatin Domains Result in Disease.</a> Trends in Genetics. 32 (4), 225-237 (2016).</li><li>Cortesi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=4q-D4Z4+chromatin+architecture+regulates+the+transcription+of+muscle+atrophic+genes+in+facioscapulohumeral+muscular+dystrophy.">4q-D4Z4 chromatin architecture regulates the transcription of muscle atrophic genes in facioscapulohumeral muscular dystrophy.</a> Genome Research. 29 (6), 883-895 (2019).</li><li>Woltering, J. M., Noordermeer, D., Leleu, M., Duboule, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conservation+and+divergence+of+regulatory+strategies+at+Hox+Loci+and+the+origin+of+tetrapod+digits.">Conservation and divergence of regulatory strategies at Hox Loci and the origin of tetrapod digits.</a> PLoS Biology. 12 (1), 1001773 (2014).</li><li>Woltering, J. M., Duboule, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tetrapod+axial+evolution+and+developmental+constraints;+Empirical+underpinning+by+a+mouse+model.">Tetrapod axial evolution and developmental constraints; Empirical underpinning by a mouse model.</a> Mechanisms of Development. 138, 64-72 (2015).</li><li>de Laat, W., Dekker, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3C-based+technologies+to+study+the+shape+of+the+genome.">3C-based technologies to study the shape of the genome.</a> Methods. 58 (3), 189-191 (2012).</li><li>Denker, A., de Laat, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+second+decade+of+3C+technologies:+detailed+insights+into+nuclear+organization.">The second decade of 3C technologies: detailed insights into nuclear organization.</a> Genes &amp; Development. 30 (12), 1357-1382 (2016).</li><li>Finn, E. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extensive+Heterogeneity+and+Intrinsic+Variation+in+Spatial+Genome+Organization.">Extensive Heterogeneity and Intrinsic Variation in Spatial Genome Organization.</a> Cell. 176 (6), 1502-1515 (2019).</li><li>Zheng, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+chromatin+interactions+with+single-molecule+precision.">Multiplex chromatin interactions with single-molecule precision.</a> Nature. 566 (7745), 558-562 (2019).</li><li>Solovei, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+in+situ+hybridization+(FISH)+on+tissue+cryosections.">Fluorescence in situ hybridization (FISH) on tissue cryosections.</a> Methods in Molecular Biology. 659, 71-82 (2010).</li><li>Cremer, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multicolor+3D+fluorescence+in+situ+hybridization+for+imaging+interphase+chromosomes.">Multicolor 3D fluorescence in situ hybridization for imaging interphase chromosomes.</a> Methods in Molecular Biology. 463, 205-239 (2008).</li><li>Legant, W. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-density+three-dimensional+localization+microscopy+across+large+volumes.">High-density three-dimensional localization microscopy across large volumes.</a> Nature Methods. 13 (4), 359-365 (2016).</li><li>Jungmann, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+super-resolution+imaging+with+qPAINT.">Quantitative super-resolution imaging with qPAINT.</a> Nature Methods. 13 (5), 439-442 (2016).</li><li>Chen, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+imaging+of+genomic+loci+in+living+human+cells+by+an+optimized+CRISPR/Cas+system.">Dynamic imaging of genomic loci in living human cells by an optimized CRISPR/Cas system.</a> Cell. 155 (7), 1479-1491 (2013).</li><li>Nelles, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Programmable+RNA+Tracking+in+Live+Cells+with+CRISPR/Cas9.">Programmable RNA Tracking in Live Cells with CRISPR/Cas9.</a> Cell. 165 (2), 488-496 (2016).</li><li>Byron, M., Hall, L. L., Lawrence, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+multifaceted+FISH+approach+to+study+endogenous+RNAs+and+DNAs+in+native+nuclear+and+cell+structures.">A multifaceted FISH approach to study endogenous RNAs and DNAs in native nuclear and cell structures.</a> Current Protocol of Human Genetics. , 15 (2013).</li><li>Chaumeil, J., Augui, S., Chow, J. C., Heard, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combined+immunofluorescence,+RNA+fluorescent+in+situ+hybridization,+and+DNA+fluorescent+in+situ+hybridization+to+study+chromatin+changes,+transcriptional+activity,+nuclear+organization,+and+X-chromosome+inactivation.">Combined immunofluorescence, RNA fluorescent in situ hybridization, and DNA fluorescent in situ hybridization to study chromatin changes, transcriptional activity, nuclear organization, and X-chromosome inactivation.</a> Methods in Molecular Biology. 463, 297-308 (2008).</li><li>Takizawa, T., Gudla, P. R., Guo, L., Lockett, S., Misteli, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Allele-specific+nuclear+positioning+of+the+monoallelically+expressed+astrocyte+marker+GFAP.">Allele-specific nuclear positioning of the monoallelically expressed astrocyte marker GFAP.</a> Genes &amp; Development. 22 (4), 489-498 (2008).</li><li>Kraus, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+3D+structured+illumination+microscopy+of+nuclear+structures.">Quantitative 3D structured illumination microscopy of nuclear structures.</a> Nature Protocols. 12 (5), 1011-1028 (2017).</li><li>Solovei, I., Cremer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D-FISH+on+cultured+cells+combined+with+immunostaining.">3D-FISH on cultured cells combined with immunostaining.</a> Methods in Molecular Biology. 659, 117-126 (2010).</li><li>Skinner, B. M., Johnson, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nuclear+morphologies:+their+diversity+and+functional+relevance.">Nuclear morphologies: their diversity and functional relevance.</a> Chromosoma. 126 (2), 195-212 (2017).</li><li>Schoenfelder, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+pluripotent+regulatory+circuitry+connecting+promoters+to+their+long-range+interacting+elements.">The pluripotent regulatory circuitry connecting promoters to their long-range interacting elements.</a> Genome Research. 25 (4), 582-597 (2015).</li><li>Lubeck, E., Cai, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+systems+biology+by+super-resolution+imaging+and+combinatorial+labeling.">Single-cell systems biology by super-resolution imaging and combinatorial labeling.</a> Nature Methods. 9 (7), 743-748 (2012).</li><li>Beliveau, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+super-resolution+imaging+of+chromosomes+and+in+situ+haplotype+visualization+using+Oligopaint+FISH+probes.">Single-molecule super-resolution imaging of chromosomes and in situ haplotype visualization using Oligopaint FISH probes.</a> Nature Communication. 6, 7147 (2015).</li><li>Beliveau, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Versatile+design+and+synthesis+platform+for+visualizing+genomes+with+Oligopaint+FISH+probes.">Versatile design and synthesis platform for visualizing genomes with Oligopaint FISH probes.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 109 (52), 21301-21306 (2012).</li><li>Samacoits, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+computational+framework+to+study+sub-cellular+RNA+localization.">A computational framework to study sub-cellular RNA localization.</a> Nature Communication. 9 (1), 4584 (2018).</li><li>Cardozo Gizzi, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microscopy-Based+Chromosome+Conformation+Capture+Enables+Simultaneous+Visualization+of+Genome+Organization+and+Transcription+in+Intact+Organisms.">Microscopy-Based Chromosome Conformation Capture Enables Simultaneous Visualization of Genome Organization and Transcription in Intact Organisms.</a> Molecular Cell. 74 (1), 212-222 (2019).</li><li>Mateo, L. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualizing+DNA+folding+and+RNA+in+embryos+at+single-cell+resolution.">Visualizing DNA folding and RNA in embryos at single-cell resolution.</a> Nature. 568 (7750), 49-54 (2019).</li><li>Nir, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Walking+along+chromosomes+with+super-resolution+imaging,+contact+maps,+and+integrative+modeling.">Walking along chromosomes with super-resolution imaging, contact maps, and integrative modeling.</a> PLoS Genetics. 14 (12), 1007872 (2018).</li><li>Bintu, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Super-resolution+chromatin+tracing+reveals+domains+and+cooperative+interactions+in+single+cells.">Super-resolution chromatin tracing reveals domains and cooperative interactions in single cells.</a> Science. 362 (6413), (2018).</li></ol>

Mevcut yöntem insan birincil hücrelerin geniş bir yelpazede 3D çok renkli DNA FISH gerçekleştirmek için adım protokolü bir adım açıklar. DNA FISH geniş kullanımda bir teknoloji olmasına rağmen, korunmuş 3D interfaz çekirdekleri üzerinde 3D çok renkli DNA FISH hala birçok laboratuvarda gerçekleştirmek zordur, özellikle kullanılan örneklerin özellikleri nedeniyle23,24.
Prob nick çeviri başarılı 3D çok renk...

Yüksek ökaryotlar sistematik olarak yoğunlaştırmak ve çekirdek1dakika 3D alanda genetik bilgi büyük miktarda sıkıştırmak gerekir1 ,2,3,4. Bugün, genomun mekansal olarak bölmelerde ve topolojik olarak ilişkili etki alanlarında 5 sıralı olduğunuve DNA katlama nın birden fazla seviyesinin kromatin döngüoluşumunuiçerebilecek farklı genomik bölgeler arasında temas lar oluşturduğunubiliyoruz. Kromatin 3D dinamik döngü transkripsiyon8gibi birçok farklı biyolojik süreçleri etkileyebilir,9, farklılaşma ve geliştirme10,11, DNA onarım12,13, onun pertürbations çeşitli hastalıklarda yer alırken14,15,16 ve gelişimsel bozukluklar15,17,18.
3D genom organizasyonunu incelemek için birçok yaklaşım geliştirilmiştir. Kromozom konformasyon yakalama tabanlı teknolojiler (C-teknolojileri, 3C, 4C, 5C, Hi-C ve türevleri) sabit hücrelerde genom organizasyonu çalışmak için geliştirilmiştir3,4,19,20. Bu tür yaklaşımlar, genomik loci ler arasındaki temas frekanslarını fiziksel yakınlıkta yakalayabilme yeteneğine dayanır. C-teknolojileri, kendi karmaşıklığına bağlı olarak, küresel 3D genom organizasyonu ve bir hücre popülasyonunun nükleer topoloji yakalamak3,4,19,20. Bununla birlikte, 3D etkileşimleri zaman ve mekan dinamik, multipleks etkileşimleri oluşan bireysel hücreler arasında son derece değişken, ve yaygın heterojen21,22.
3D çok renkli DNA floresans in situ hibridizasyon (FISH) belirli genomik lokusların tek hücre düzeyinde görüntülenmesine olanak tanıyan ve 3D nükleer mimarinin C teknolojilerine tamamlayıcı bir şekilde doğrudan araştırılmasını sağlayan bir tekniktir. Şu anda C sonuçlarını kesin olarak doğrulamak için kullanılan bir teknolojiyi temsil eder. 3D çok renkli DNA FISH, floresan olarak etiketlenmiş problar kullanır. Farklı floroforların ve uygun mikroskopi ekipmanlarının kullanımı, nükleer alan daki birden fazla hedefin çağdaş bir şekilde görüntülenmesine olanak sağlar23,24. Son yıllarda, FISH yüksek çözünürlüklü ince ölçekli yapıların görselleştirme elde etmek için mikroskobik teknolojik gelişmeler ile kombine edilmiştir25,26 veya canlı görüntüleme nükleik asitlerin görselleştirilmesi için CRISPR-Cas yaklaşımlarıile 27,28. Geniş benimsenmesine rağmen, kullanılan biyolojik malzeme adapte edilmelidir, çünkü 3D çok renkli DNA FISH yaklaşımı hala birçok laboratuvarda zor kabul edilir.
Burada, birden fazla genomik lokusgörselleştirme sağlayan ve çekirdeklerin 3D yapısını koruyarak, insan birincil hücrelerin geniş bir yelpazede uygulanabilir 3D çok renkli DNA FISH (hücre / sonda hazırlama veri analizi) için kapsamlı bir protokol sağlar. Nükleer mimariyi incelemek için çekirdeklerin 3 Boyutlu yapısı korunmalıdır. Bu nedenle, diğer mevcut protokoller29aksine,30,31, biz bir alkol gradyan kullanımı ve kromatin yapısını etkileyebilir alkol kapakları depolama önlemek32. Yöntem korunmuş 3D DNA FISH protokolleri uyarlanmıştır24,33 insan birincil hücrelerin geniş bir yelpazede uygulanacak, hem izole ex vivo veya in vitro kültürlü. Farklı nükleer morfoloji ve sitolojik özellikler için permeabilizasyon ve deproteinizasyon parametreleri vardır (örneğin, farklı nükleer sıkıştırma dereceleri, sitoiskelet bolluğu)34. Bu parametreler genellikle diğer protokollerde açıklanan24,33, farklı hücre türleri içinde prosedür net bir ayrımcılık sağlamadan. Ayrıca, nuclεD (3D nükleer temas bulucu)16adlı özel bir araç geliştirdi, otomatik bir şekilde nükleer alan içinde farklı loci ve nükleer topolojik dağılımı arasındaki 3D yakınlık artıracak veri analizi için ilkeler sağlayan.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>24-well plates</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>142475</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>6-well plates</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>140675</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Digoxigenin 488</td>
			<td>DBA</td>
			<td>DI7488</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>b-Mercaptoethanol</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M3148</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>bFGF</td>
			<td>PeproTech</td>
			<td>100-18B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biotin 11 d-UTP</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>R0081</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BSA (bovine serum albumine)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A7030</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coverlsips</td>
			<td>Marienfeld</td>
			<td>117500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CY3 d-UTP</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>PA53022</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DAPI (4,6-diamidino-2-phenylindole)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>D21490</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deoxyribonucleic acids single strand from salmon testes</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>D7656</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dextran sulfate (powder)</td>
			<td>Santa Cruz</td>
			<td>sc-203917A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Digoxigenin 11 d-UTP</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11093088910</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMEM</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>21969-035 500mL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA polymerase I</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>18010-017</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNase I</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>AMPD1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dNTPs (C-G-A-T)</td>
			<td>Euroclone</td>
			<td>BL0423A/C/G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EGF</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>E9644.2MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>02860-1L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FBS Hyclone</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>SH30109</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formaldehyde solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>F8775-25mL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formamide</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>F9037</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glutammine</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>25030-024 100mL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycerol</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>G5516-100mL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycogen</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AM9510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HCl</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>30721</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Human Cot-1 DNA</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>15279-001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Insulin Human</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>I9278-5 mL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MgCl2</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>63069</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaAc (Sodium Acetate, pH 5.2, 3 M)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S2889</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S9888</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Paraformaldehyde</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>158127-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS (phosphate-buffered saline)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P4417</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pennycillin/Streptavidin</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>15070-063 100mL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pepsin</td>
			<td>Biorad</td>
			<td>P6887</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PhasePrep BAC DNA Kit</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>NA0100-1KT</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Poly-L-lysine solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P8920</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ProLong Diamond Antifade Mountant</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>P36970</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PureLink Quick Gel Extraction &#38; PCR Purification Combo Kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>K220001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PureLink Quick Plasmid Miniprep Kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>K210010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNAse cocktail</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AM2288</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rubbercement</td>
			<td>Bostik</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Slides</td>
			<td>VWR</td>
			<td>631-0114</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Streptavidina Alexa fluor 647</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>S21374</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tri-Sodium Citrate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>1110379026</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris-HCl</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T3253-500g</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T8787-250mL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TWEEN 20</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P9416-100mL</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

3d multicolor dna fish tool to study nuclear architecture in human primary cells

Hücre biyolojisinde önemli bir soru nükleer uzay içinde genomik organizasyon ve kromatin mimarisinin gen ekspresyonu, hücre kimliği ve farklılaşma gibi süreçleri nasıl etkileyebildiğidir. Genomun 3Boyutlu mimarisini incelemek için geliştirilen birçok yaklaşım iki tamamlayıcı kategoriye ayrılabilir: kromozom konformasyon yakalama tabanlı teknolojiler (C-teknolojileri) ve görüntüleme. Eski sabit hücrelerin bir popülasyonkromozom konformasyonve proksimal DNA etkileşimleri yakalama dayalı iken, ikinci, 3D korunmuş çekirdekleri üzerinde yerinde hibridizasyon DNA floresandayalı (FISH) çağdaş görselleştirme sağlar tek bir hücre düzeyinde birden fazla loci (çok renkli), çekirdek (3D çok renkli DNA FISH) içinde etkileşimleri ve dağılımı inceleyerek. 3D çok renkli DNA FISH tekniği nükleer mimarinin kapsamlı bir analiz izin değil, sadece birkaç önceden belirlenmiş loci görselleştirme bir sınırlama vardır. Ancak, sonuçlarının sağlamlığı göz önüne alındığında, 3D-mikroskopi ve görüntü rekonstrüksiyonu ile birlikte 3D çok renkli DNA FISH C-teknoloji tabanlı sonuçları doğrulamak ve belirli lokus pozisyon ve organizasyon açık bir şekilde çalışma için olası bir yöntemdir tek bir hücre düzeyinde. Burada, insan birincil hücrelerin geniş bir yelpazede için uygun 3D çok renkli DNA FISH adım yöntemi ile bir adım önermek ve tüm pratik eylemler, önemli adımlar, 3D görüntüleme ve veri analizi kavramları başarılı ve bilgilendirici 3D çok renkli elde etmek için gerekli tartışmak FARKLı biyolojik bağlamlarda DNA FISH.

Bu makalede açıklanan 3D çok renkli DNA FISH yöntemi korunmuş 3D çekirdekleri içinde farklı genomik lokus çağdaş görselleştirme sağlar(Şekil 1B). Bu protokol, aleller arasındaki mesafelerin ölçülmesine izin verir, ve farklı genomik loci onların mekansal yakınlık değerlendirmek için, ve nükleer uzay içinde konumlarını değerlendirmek için (örneğin, centroid veya çekirdeklerin çevresi loci mesafe)16. Ancak, kullanılan ...

Watch this Scientific Journal Video about 3D Multicolor DNA FISH Tool to Study Nuclear Architecture in Human Primary Cells at JoVE.com

3D Multicolor DNA FISH Tool to Study Nuclear Architecture in Human Primary Cells

3D çok renkli DNA FISH, 3B korunmuş çekirdekler içinde birden fazla genomik loci görselleştirmek için bir araç temsil eder, kesin olarak tek bir hücre düzeyinde nükleer alan içinde karşılıklı etkileşimleri ve lokalizasyon tanımlayan. Burada, adım protokol bir adım insan birincil hücrelerin geniş bir yelpazede için açıklanmıştır.

3D Çok Renkli DNA FISH Aracı İnsan Birincil Hücrelerde Nükleer Mimari Çalışma

A major question in cell biology is genomic organization within the nuclear space and how chromatin architecture can influence processes such as gene ...

3D çok renkli DNA FISH, korunmuş çekirdekler içinde birden fazla genomik loci görselleştirme belirsiz tek hücre düzeyinde karşılıklı etkileşim ve lokalizasyon tanımlamak için sağlar. 3D çok renkli DNA FISH nükleer mimarinin doğrudan araştırılmasını sağlar. Genel olarak, kromozom yakalama tabanlı teknolojiler ile birlikte çalışır tekniği tek hücreler içinde C veri doğrulama için kullanılabilir bir araç haline.Prosedürü gösteren Federica Marasca olacaktır. Laboratuvarımda doktora sonrası. Başlangıç DNA materyalinin uzunluğuna göre 16 santigrat derecede bir termal mikserde nick çeviri karışımı kuluçka ile başlayın.Kuluçka sonunda, %2.2 agarose jel üzerinde sondaların boyutunu kontrol edin. Her DNA FISH deneyi için, probların 150 mikrolitre çift distile su, 20 mikrogram etiketsiz somon sperm DNA'sı, 3,5 mikrogram türe özgü Cot-1 DNA'sı, üç cilt 100 etanol ve üç molar sodyumunun 1/10'uncu hacmini eksi 80 derece de bir saat boyunca bir saat boyunca ürettiği başlangıç DNA materyaline göre uygun miktarda prob çökeltin. Kuluçka sonunda, dört santigrat derece bir saat boyunca maksimum hızda örnek santrifüj.Supernatant attıktan sonra, % 70 etanol 500 mikrolitre ile iki kez pelet yıkayın. İkinci yıkamadan sonra peleti %100 formamid'in iki mikrolitresinde yeniden askıya alın ve %20 dekstran sülfata eşit hacimde 4X tuzlu sodyum sitrat eklemeden önce prob'u 40 derecede 30 dakika sallayın. Küçük çekirdekli ve düşük miktarda sitoplazmalı küçük hücrelerin fiksasyon öncesi ve permeabilizasyonu için, ilk olarak 24 kuyulu bir plakanın tek tek kuyularında doğrudan 200 mikrolitre PBS'deki altıncı hücrelere iki kez 10 ekleyin ve hücrelerin oda sıcaklığında 30 dakika boyunca yerleşmesine izin verin.Kuluçka sonunda, hızlı bir şekilde 0.1% Tween 20 ile desteklenen taze hazırlanmış% 4 paraformaldehit 300 mikrolitre ile PBS değiştirin. 10 dakika sonra, sabit hücreleri oda sıcaklığında yıkama başına beş dakika boyunca %0,05 TPBS'nin 300 mikrolitresinde üç kez yıkayın. Son yıkamadan sonra, 300 mikrolitre ile T hücrelerini oda sıcaklığında 10 dakika boyunca 10 dakika boyunca permeabilize rnase kokteyli kuyusu başına 250 mikrolitre ile hücreleri tedavi etmeden önce 37 santigrat derecede bir saat pbs 1:100 seyreltilmiş.Kuluçka sonunda, PBS 300 mikrolitre hücreleri durulayın ve dört santigrat derece bir gecede kuluçka ile her iyi PBS% 20 gliserol 300 mikrolitre ekleyin. Ertesi sabah, yavaş yavaş oda sıcaklığında örnekleri eritme ve 30 saniye PBS% 20 gliserol 300 mikrolitre onları ıslatma önce hücreleri dondurmak için 15 ila 30 saniye kuru buz üzerinde cam yerleştirin. Hücreleri üç kez daha dondurduktan/eritdikten sonra, numuneleri oda sıcaklığında %0,5 TPBS'nin 300 mikrolitresinde beş dakika yıkayın ve ardından oda sıcaklığında yıkama başına beş dakika boyunca %0,05 TPBS'nin 300 mikrolitresinde iki yıkama takip edin.Son yıkamadan sonra, hücreleri oda sıcaklığında 12 dakika boyunca 0,1 normal hidroklorik asit 300 mikrolitre ile tedavi, tuzlu sodyum sitrat 300 mikrolitre iki durulama takip. Daha sonra numuneleri oda sıcaklığında 2X tuzlu sodyum sitratta %50 formamidin 300 mikrolitresinde bir gecede düzeltin. Fiksasyon için, sitoplazma yüksek miktarda büyük hücrelerin permeabilization, düzeltmek, ön-tedavi ve insan birincil T hücreleri için gösterildiği gibi hücreleri benzer permeabilize ve 0,0025% pepsin 300 mikrolitre ile örnekleri tedavi 0.01 normal hidroklorik asit birkaç saniye için beş dakika.Bir optik mikroskop altında hücreleri gözlemleyin ve çekirdekleri sitoplazma dan serbest ama çekirdekleri hala görünür ve bozulmamış en kısa sürede 50 milimolar magnezyum klorür 300 mikrolitre iki beş dakikalık yıkayArak reaksiyonu durdurmak. 3D çok renkli DNA FISH için, melezleme problarını 80 santigrat derecede beş dakika boyunca denatüre edin ve sondaları hemen buza yerleştirin. Probları temiz bir mikroskop slaytına yükleyin ve her bir prob damlasına bir kapak kayması yerleştirin.Kapak kenarlarını kauçuk çimento ile kapatın. Çimento tamamen kuruduğunda, numuneleri 75 derecelik bir ısıtma bloğunda denatüre edin. Dört dakika sonra, bir su banyosunda yüzen metalik bir kutu da bir gecede 37 santigrat derece örnekleri hydridize.Ertesi sabah, kauçuk çimento soyma ve 2X tuzlu sodyum sitrat batırılmış slaytlar ile dikkatlice kapakları kaldırın. Her coverslip'i, dakikada 90 devirde sallayarak 37 derecede iki beş dakikalık yıkamalar için kuyu başına iki mililitre taze tuzlu sodyum sitrat içeren altı kuyulu bir plakanın ayrı kuyularına yerleştirin. Kuluçka sonunda, 4X tuzlu sodyum sitrat içinde 0,2% Tween 20 iki mililitre kapakları kısa bir süre durular.3D çok renkli DNA FISH algılaması için, kapakları yeni bir 24 kuyuplakasının tek tek kuyularına aktarın ve 300 mikrolitre lik blokaj tamponunda 37 santigrat derecede 20 dakika ve dakikada 20 devirde spesifik olmayan bağlanmayı engelleyin. Kuluçka sonunda, 37 santigrat derece karanlık ve ıslak bir odada 35 dakika boyunca tampon engelleme seyreltilmiş anti-digoksigenin ve / veya streptavidin uygun konsantrasyonu ile örnekleri tedavi. Kuluçka sonunda, örnekleri altı kuyulu bir plakanın ayrı kuyularına aktarın ve numuneleri dakikada 90 devirde sallayarak yıkama başına beş dakika boyunca %0,2'lik Tween 20 ve 4X tuzlu sodyum sitrat olmak üzere iki mililitrede üç kez yıkayın.Son yıkamadan sonra, kapakları oda sıcaklığında iki dakika boyunca pbs'de %2 formaldehit in 300 mikrolitrelik formaldehit tesbiti için 24 kuyulu yeni bir plakaya aktarmadan önce numuneleri iki mililitre PBS cinsinden dengeleyin. Sabit hücreleri 300 mikrolitre PBS'de beş kez kısa bir süre yıkayın ve ardından dapi ile mililitre başına bir nanogramda 300 mikrolitre PBS ile oda sıcaklığında beş dakika boyunca seyreltildi. Kapakları PBS'de beş kez daha yıkayın ve numuneleri uygun bir montaj ortamıyla monte edin.Sonra bir mikroskop sistemi ile 3D görüntüler elde. 3D çok renkli DNA FISH korunmuş 3D çekirdekleri içinde farklı genomik loci çağdaş görselleştirme sağlar. DNA sondası hazırlama için, 200'den az baz çifti bir sonda boyutu başarılı bir 3D çok renkli DNA FISH prosedürü sağlar.Nick çevirisi ile üretilen suboptimal DNA FISH probları kısmen veya fazla sindirilebilir. Sindirilmiş problar üzerinde hibridizasyon özgüllük kaybı ve arka plan sonucu bir artış nedeniyle nonspesifik bir sinyal neden olacaktır. İnsan birincil T lenfositler ve küçük çekirdekleri ve sitoplazma düşük miktarda küçük hücreler için, 12 dakikalık 0.1 normal hidroklorik asit tedavisi DNA probları için çekirdek erişilebilirliğini teşvik etmek ve nükleer bütünlüğü korumak için tavsiye edilir.Sitoplazmik pepsin sindirim küçük hücrelerde bir DNA FISH iyi sinyal elde etmek için gerekli değildir. Ancak, insan birincil miyoblastlar ve büyük çekirdekleri ve bol sitoplazmaya sahip hücreler için pepsinizasyon adımı esastır. Kısa ve suboptimal sitoiskelet pepsinizasyonu dna FISH sinyali yokluğunda biten çekirdekiçine prob girişini engelleyecektir.Ancak, hücreler pepse üzerinde ise, çekirdekleri 3D yapısını kaybetme bozulmadan kalmaz. Başarılı bir 3D çok renkli DNA FISH çekirdekleri içinde sinyal varlığı neden olacaktır. Ben taze biyolojik malzeme ile çalışma öneririz, 3D çok renkli DNA FISH gerçekleştirmeden önce probları test, taze çözümler hazırlama ve kuluçka süreleri ve sıcaklıklar ile hassas olmak.Formamid ve HCL'nin tehlikeli maddeler olduğunu ve her zaman uygun tek kullanımlık malzemelerle kimyasal gaz kaputunda kullanılması gerektiğini unutmayın.

Research

JoVE Journal

Genetics

Parallel Measurement of Circadian Clock Gene Expression and Hormone Secretion in Human Primary Cell Cultures

İnsan Primer Hücre Kültürleri içinde Sirkadyen Saat Gen İfade ve Hormon salgısını Paralel Ölçümü

Circadian clocks are functional in all light-sensitive organisms, allowing for an adaptation to the external world by anticipating daily environmental ...

Engineering Artificial Factors to Specifically Manipulate Alternative Splicing in Human Cells

Yapay Faktörler Mühendislik Özellikle İnsan Hücreleri alternatif bağlantı işleyin için

The processing of most eukaryotic RNAs is mediated by RNA Binding Proteins (RBPs) with modular configurations, including an RNA recognition module, which ...

Laser Microirradiation to Study In Vivo Cellular Responses to Simple and Complex DNA Damage

Laser Microirradiation to Study In Vivo Cellular Responses to Simple and Complex DNA Damage

Vivo hücresel yanıt-e doğru basit ve karmaşık DNA hasarı incelemek için lazer Microirradiation

DNA damage induces specific signaling and repair responses in the cell, which is critical for protection of genome integrity. Laser microirradiation ...

Immunostaining for DNA Modifications: Computational Analysis of Confocal Images

DNA değişiklikler için Immunostaining: Confocal görüntülerin sayısal analiz

For several decades, 5-methylcytosine (5mC) has been thought to be the only DNA modification with a functional significance in metazoans. The discovery of ...

ATAC-seq Assay with Low Mitochondrial DNA Contamination from Primary Human CD4+ T Lymphocytes

ATAÇ-seq tahlil birincil insan CD4 + T lenfositleri kirlenme düşük mitokondrial DNA ile

ATAC-seq has become a widely used methodology in the study of epigenetics due to its rapid and simple approach to mapping genome-wide accessible ...

Enhanced Yeast One-hybrid Screens To Identify Transcription Factor Binding To Human DNA Sequences

İnsan DNA dizileri için bağlama transkripsiyon faktörü belirlemek için gelişmiş Maya bir melez ekranlar

Identifying the sets of transcription factors (TFs) that regulate each human gene is a daunting task that requires integrating numerous experimental and ...

Multi-locus Variable-number Tandem-repeat Analysis of the Fish-pathogenic Bacterium Yersinia ruckeri by Multiplex PCR and Capillary Electrophoresis

Multi-locus Variable-number Tandem-repeat Analysis of the Fish-pathogenic Bacterium Yersinia ruckeri by Multiplex PCR and Capillary Electrophoresis

Multiplex PCR ve kapiller Elektroforez tarafından çok-Locus değişken-sayı tandem-balık tekrar Analizi-patojen Bakterium Yersinia ruckeri

Yersinia ruckeri is an important pathogen of farmed salmonids worldwide, but simple tools suitable for epizootiological investigations (infection tracing, ...

Navigating MARRVEL, a Web-Based Tool that Integrates Human Genomics and Model Organism Genetics Information

İnsan Genomik ve Model Organizma Genetiği Bilgilerini Entegre Eden Web Tabanlı Bir Araç olan MARRVEL'de Gezinme

Through whole-exome/genome sequencing, human geneticists identify rare variants that segregate with disease phenotypes. To assess if a specific variant is ...

In Vivo Functional Study of Disease-associated Rare Human Variants Using Drosophila

In Vivo Functional Study of Disease-associated Rare Human Variants Using Drosophila

Drosophila Kullanarak Hastalıkla İlişkili Nadir İnsan Varyantlarının Vivo Fonksiyonel Çalışmasında

Advances in sequencing technology have made whole-genome and whole-exome datasets more accessible for both clinical diagnosis and cutting-edge human ...

Characterization of In Vitro Differentiation of Human Primary Keratinocytes by RNA-Seq Analysis

RNA-Seq Analizi ile İnsan Primer Keratinositlerin In Vitro Farklılaşmasının Karakterizasyonu

Human primary keratinocytes are often used as in vitro models for studies on epidermal differentiation and related diseases. Methods have been reported ...