Name: ir-tex: an open source data integration tool for big data transcriptomics designed for the malaria vector anopheles gambiae
Uploaded: 2020-01-15T13:00:00
Duration: 8 min 22 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae at JoVE.com

تم تمويل هذا العمل من قبل زمالة تنميه المهارات التابعة لV.I. (MR/R024839/1) ومنحه تحدي المجتمع الملكي (CH160059) إلى H.R.

<ol>
	<li>Ingham, V. A., Wagstaff, S., Ranson, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptomic+meta-signatures+identified+in+Anopheles+gambiae+populations+reveal+previously+undetected+insecticide+resistance+mechanisms.">Transcriptomic meta-signatures identified in Anopheles gambiae populations reveal previously undetected insecticide resistance mechanisms.</a> Nature Communications. 9 (1), 5282 (2018).</li><li>Chang, W., Cheng, J., Allaire, J., Xie, Y., McPherson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> shiny: Web Application Framework for R. , (2017).</li><li>Bhatt, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+malaria+control+on+Plasmodium+falciparum+in+Africa+between+2000+and+2015.">The effect of malaria control on Plasmodium falciparum in Africa between 2000 and 2015.</a> Nature. 526 (7572), 207-211 (2015).</li><li>Ranson, H., Lissenden, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insecticide+Resistance+in+African+Anopheles+Mosquitoes:+A+Worsening+Situation+that+Needs+Urgent+Action+to+Maintain+Malaria+Control.">Insecticide Resistance in African Anopheles Mosquitoes: A Worsening Situation that Needs Urgent Action to Maintain Malaria Control.</a> Trends in Parasitology. 32 (3), 187-196 (2016).</li><li>Donnelly, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Does+kdr+genotype+predict+insecticide-resistance+phenotype+in+mosquitoes.">Does kdr genotype predict insecticide-resistance phenotype in mosquitoes.</a> Trends in Parasitology. 25 (5), 213-219 (2009).</li><li>Stevenson, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytochrome+P450+6M2+from+the+malaria+vector+Anopheles+gambiae+metabolizes+pyrethroids:+Sequential+metabolism+of+deltamethrin+revealed.">Cytochrome P450 6M2 from the malaria vector Anopheles gambiae metabolizes pyrethroids: Sequential metabolism of deltamethrin revealed.</a> Insect Biochemistry and Molecular Biology. 41 (7), 492-502 (2011).</li><li>M&#252;ller, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Field-Caught+Permethrin-Resistant+Anopheles+gambiae+Overexpress+CYP6P3,+a+P450+That+Metabolises+Pyrethroids.">Field-Caught Permethrin-Resistant Anopheles gambiae Overexpress CYP6P3, a P450 That Metabolises Pyrethroids.</a> PLoS Genetics. 4 (11), 1000286 (2008).</li><li>Huang, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+DAVID+Gene+Functional+Classification+Tool:+a+novel+biological+module-centric+algorithm+to+functionally+analyze+large+gene+lists.">The DAVID Gene Functional Classification Tool: a novel biological module-centric algorithm to functionally analyze large gene lists.</a> Genome Biology. 8 (9), 183 (2007).</li><li>Uyhelji, H. A., Cheng, C., Besansky, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptomic+differences+between+euryhaline+and+stenohaline+malaria+vector+sibling+species+in+response+to+salinity+stress.">Transcriptomic differences between euryhaline and stenohaline malaria vector sibling species in response to salinity stress.</a> Molecular Ecology. 25 (10), 2210-2225 (2016).</li><li>Edi, C. V., Benjamin, K. G., Jones, C. M., Weetman, D., Ranson, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-Insecticide+Resistance+in+Anopheles+gambiae+Mosquitoes,+Southern+C&#244;te+d&#8217;Ivoire.">Multiple-Insecticide Resistance in Anopheles gambiae Mosquitoes, Southern C&#244;te d&#8217;Ivoire.</a> Emerging Infectious Diseases. 18 (9), 1508-1511 (2012).</li><li>Ding, Y., Ortelli, F., Rossiter, L., Hemingway, J., Ranson, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Anopheles+gambiae+glutathione+transferase+supergene+family:+annotation,+phylogeny+and+expression+profiles.">The Anopheles gambiae glutathione transferase supergene family: annotation, phylogeny and expression profiles.</a> BMC Genomics. 4 (1), 1-16 (2003).</li><li>Enayati, A. A., Ranson, H., Hemingway, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insect+glutathione+transferases+and+insecticide+resistance.">Insect glutathione transferases and insecticide resistance.</a> Insect Molecular Biology. 14 (1), 3-8 (2005).</li><li>Ranson, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+novel+class+of+insect+glutathione+S-transferases+involved+in+resistance+to+DDT+in+the+malaria+vector+Anopheles+gambiae.">Identification of a novel class of insect glutathione S-transferases involved in resistance to DDT in the malaria vector Anopheles gambiae.</a> The Biochemical Journal. 359, 295-304 (2001).</li><li>Riveron, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+single+mutation+in+the+GSTe2+gene+allows+tracking+of+metabolically+based+insecticide+resistance+in+a+major+malaria+vector.">A single mutation in the GSTe2 gene allows tracking of metabolically based insecticide resistance in a major malaria vector.</a> Genome Biology. 15 (2), 27 (2014).</li><li>Pavlidi, N., Vontas, J., Van Leeuwen, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+glutathione+S-transferases+(GSTs)+in+insecticide+resistance+in+crop+pests+and+disease+vectors.">The role of glutathione S-transferases (GSTs) in insecticide resistance in crop pests and disease vectors.</a> Current Opinion in Insect Science. 27, 97-102 (2018).</li><li>Salvemini, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+glutathione+levels+and+oxidoresistance+mediated+by+increased+glucose-6-phosphate+dehydrogenase+expression.">Enhanced glutathione levels and oxidoresistance mediated by increased glucose-6-phosphate dehydrogenase expression.</a> Journal of Biological Chemistry. 274 (5), 2750-2757 (1999).</li><li>Deplancke, B., Gaskins, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Redox+control+of+the+transsulfuration+and+glutathione+biosynthesis+pathways.">Redox control of the transsulfuration and glutathione biosynthesis pathways.</a> Current Opinion in Clinical Nutrition &amp; Metabolic Care. 5 (1), (2002).</li><li>Puente, X. S., L&#243;pez-Otn, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cloning+and+expression+analysis+of+a+novel+human+serine+hydrolase+with+sequence+similarity+to+prokaryotic+enzymes+involved+in+the+degradation+of+aromatic+compounds.">Cloning and expression analysis of a novel human serine hydrolase with sequence similarity to prokaryotic enzymes involved in the degradation of aromatic compounds.</a> Journal of Biological Chemistry. 270 (21), 12926-12932 (1995).</li><li>Riveron, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+transcription+and+functional+analyses+reveal+heterogeneous+molecular+mechanisms+driving+pyrethroids+resistance+in+the+major+malaria+vector+Anopheles+funestus+across+Africa.">Genome-wide transcription and functional analyses reveal heterogeneous molecular mechanisms driving pyrethroids resistance in the major malaria vector Anopheles funestus across Africa.</a> G3: Genes, Genomes, Genetics. 7 (6), 1819-1832 (2017).</li><li>Smyth, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Linear+models+and+empirical+bayes+methods+for+assessing+differential+expression+in+microarray+experiments.">Linear models and empirical bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments.</a> Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology. 3 (1), 3 (2004).</li></ol>

وليس لدي المؤلفين ما يفصحون عنه.

الناسخ البيانات الكبيرة تنتج قوائم آلاف من النصوص التي يتم التعبير عنها باختلاف لكل حاله تجريبية. يتم تنفيذ العديد من هذه التجارب علي الكائنات ذات الصلة والأنماط الظاهرية ويتم تحليلها بشكل حصري تقريبا كتجارب مستقله. الاستفادة من هذه المصادر الغنية للبيانات عن طريق دراسة البيانات بشكل كلي ودون افتراضات نظرية 1) يؤدي إلى تحديد النسخ الجديدة للمرشحين و 2) منع التخلص من البيانات القيمة ببساطه لان هناك الكثير من المعلومات للتحقق من صحة في المجري1.
يوفر IR-تكس للمستخدمين خلفيه محدوده للمعلوماتية الحيوية مع القدرة علي فحص مجموعات البيانات المتعددة بسهوله ، وتصور التغييرات في مجموعات البيانات ، وتنزيل المعلومات المرتبطة1. علي الرغم من ان IR-تكس لا يدعم البحث عن أكثر من نسخه واحده في كل بحث ، يمكن للمستخدمين فحص ملفات Fold_Changes المقترنة ببساطه باستخدام Excel أو R أو البرامج المناسبة الأخرى. فائده اضافيه من IR-تكس ينبع من استخدام شبكات الارتباط للتنبؤ وظيفة النص ، وإدخال البروتينات افتراضيه أو النصوص مع وظائف غير معروفه واستخدام البرمجيات المصب للبحث عن ثراء1.
في المثال الموضح في هذا البروتوكول ، يتم استخدام IR-تكس وفقا لوظيفته الاصليه. هنا ، فانه يسمح استكشاف النصوص المرتبطة بمقاومه المبيدات الحشرية والتصور لتوزيع الإفراط في والتعبير عن طريق رسم خرائط الرسومات. ويتم التحقق من صحة نصوص الفائدة في الجسم الخارجي لتحديد ما إذا كان التعبير المفرط أو الناقص للنصوص المعطية يساهم في النمط الظاهري الملاحظ1 (مثل مقاومه المبيدات الحشرية). وقد تبين هنا ، كماورد في التقريرالسابق ، انه يمكن استخدام مجموعه بيانات في نهج يحركه الافتراض لتحديد النصوص المتعلقة بالفائدة علي أساس كل بلد علي حده. ويمكن بعد ذلك استخدام IR-تكس ل 1) استكشاف التعبير عن النص و 2) تاطير وظيفة النص عن طريق تطبيق شبكه ارتباط أزواج عبر جميع النصوص الواردة في كل مجموعه البيانات omics. وهنا ، تبين ان GSTMS1 مرتبطة ارتباطا وثيقا مع عدد من النصوص الأخرى المتورطة في أزاله السموم. وتبين هذه البيانات (إلى جانب الضربة القاضية للنسخة التي أدت إلى زيادة كبيره في معدل الوفاات بعد التعرض للمبيدات الحشرية) اهميه هذه النسخة في التخليص البيولوجي البيولوجي.
يمثل IR-تكس موردا قيما لاستكشاف النصوص المتعلقة بمقاومه المبيدات الحشرية علي الويب أو باستخدام التطبيقات المحلية. يوضح هذا البروتوكول كيفيه تعديل IR-تكس للانظمه المختلفة-omics بالاضافه إلى بيانات جديده تماما. يوضح الدليل كيفيه استخدام IR-تكس لدمج البيانات من الانظمه الاساسيه متعددة الomics وقواعد البيانات مع المعلومات المفقودة وكذلك كيفيه استعاده IR-تكس ببساطه لذلك فمن المفيد لأي شخص البحث في مجموعات بيانات التدوين.

وقد أسفرت القدرة علي قياس التعبير عن اعداد كبيره من النصوص في وقت واحد من خلال منصات ميكروصفيف وتكنولوجيا RNAseq في توليد مجموعات بيانات واسعه ربط التعبير النص مع النمط الظاهري معينه في كل من الكائنات النموذجية وغير النموذجية. وتعد مجموعات البيانات هذه موردا غنيا للغاية بالنسبة للباحثين ، ويمكن زيادة قوتها من خلال الجمع بين المجموعات ذات الصلة في نهج دمج كبير للبيانات. ومع ذلك ، تقتصر هذه المنهجية علي تلك التي لديها مهارات خاصه في المعلوماتية الحيوية. وصفت هنا هو برنامج, IR-تكس (نشرت سابقا من قبل جهام وآخرون.1) التي تتم كتابتها في حزمه R تسمي لامعه2 ويسمح للمستخدمين مع القليل من التدريب المعلوماتية الحيوية لدمج واستجواب هذه البيانات مع سهوله نسبيه.
تمت كتابه IR-تكس ، الذي تم العثور عليه في <a href="http://www.lstmed.ac.uk/projects/IR-TEx" target="_blank">http://www.lstmed.ac.uk/projects/IR-TEx</a>، لاستكشاف النصوص المرتبطة بمقاومه المبيدات الحشرية في " انوهيلليس جامباي" ، وهو ناقل الملاريا الافريقي الرئيسي1. الملاريا مرض طفيلي ناجم عن أنواع البلازما التي تنتقل بين البشر من خلال لدغات البعوض الأنثوي Anopheles . وقد ثبت ان استهداف ناقلات البعوض بالمبيدات الحشرية هو أنجع الوسائل للوقاية من الاعتلال والوفاات المتصلة بالملاريا في افريقيا. وكان التوسع في الاداات (اي الشباك المبيدة الطويلة الأمد) محوريا أيضا في التخفيضات الكبيرة في حالات الملاريا منذ 2000 الفترة من3 إلى 4. مع وجود عدد محدود جدا من المبيدات الحشرية المتاحة ، هناك ضغط تطوري قوي علي البعوض ، والمقاومة الآن علي نطاق واسع في ناقلات الملاريا الافريقيه4.
بالاضافه إلى ذلك, الطفرات موقع الهدف5 والتخليص الأيضي من المبيدات الحشرية6,7 لا تزال الاساسيه درس أليات المقاومة, ولكن غيرها من أليات مقاومه قويه الآن الناشئة1. ولم تكن العديد من هذه أليات الجديدة مرتبطة في السابق بمقاومه المبيدات الحشرية ولكنها اكتشفت من خلال البحث عن أنماط مشتركه للتعبير الجيني عبر العديد من السكان المقاومين باستخدام تطبيق IR-TEx ومن ثم التحقق منها وظيفيا من خلال نهج الجينوم1.
وصف هنا هو نهج خطوه بخطوه لاستخدام IR-تكس ، سواء علي شبكه الإنترنت وعند تثبيت محليا. يصف البروتوكول كيف يمكن دمج مجموعات بيانات مقاومه المبيدات الحشرية الجديدة في الحزمة الحالية ويشرح كيفيه العمل مع البيانات المفقودة. وأخيرا ، فانه يصف كيفيه استخدام هذا البرنامج مع غيرها-omics مجموعات البيانات التي لا علاقة لها بمقاومه المبيدات الحشرية ، التالي الجمع بين البيانات من مختلف-omics النهج في حين تعمل أيضا مع القيم المفقودة والتطبيع بحيث تكون البيانات قابله للمقارنة.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Laptop with browser</td>
			<td>Any</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>R Program</td>
			<td>The R Project for Statistical Computing</td>
			<td>-</td>
			<td><a href="https://www.r-project.org/" target="_blank">https://www.r-project.org/</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>R Studio</td>
			<td>R Studio</td>
			<td>-</td>
			<td><a href="https://www.rstudio.com/" target="_blank">https://www.rstudio.com/</a></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

ir-tex: an open source data integration tool for big data transcriptomics designed for the malaria vector anopheles gambiae

IR-تكس هو تطبيق مكتوب في لامعه (حزمه R) التي تسمح باستكشاف التعبير عن (فضلا عن تعيين وظائف ل) النصوص التي ترتبط التعبير مع الأنماط الظاهرية مقاومه المبيدات الحشرية في البعوض غامماي انوبهيلاس . ويمكن استخدام التطبيق علي الإنترنت أو تحميلها واستخدامها محليا من قبل اي شخص. يمكن تعديل التطبيق المحلي لأضافه مجموعات بيانات مقاومه المبيدات الحشرية الجديدة المتولدة من منصات متعددة الوظائف. يوضح هذا الدليل كيفيه أضافه قواعد بيانات جديده ومعالجه البيانات المفقودة. وعلاوة علي ذلك ، يمكن ان يكون IR-تكس بالبالكامل وبسهوله الارتداد إلى استخدام مجموعات البيانات omics من اي معطيات تجريبية ، مما يجعلها موردا قيما لكثير من الباحثين. ويوضح البروتوكول فائده الاشعه تحت الحمراء في تحديد مرشحي المقاومة الجديدة للمبيدات الحشرية باستخدام الناقل الجلوتاثيون الميكروسومي, GSTMS1, كمثال. هذا النص هو اوبريجولاتيد في العديد من السكان المقاومين البيروثروميد من كوت ديفوار وبوركينا فاسو. ويوفر تحديد النصوص المترابطة مزيدا من التبصر بالأدوار المفترضة لهذا الجين.

باستخدام الملف Fold_Changes المضمن مع IR-تكس ، قارننا النصوص التي تم التعبير عنها بصوره مختلفه بشكل ملحوظ في مجموعات البيانات المقاومة لل anopheles coluzzii و anopheles في غامبيا للضوابط الحساسة من كوت ديفوار وبوركينا فاسو. وقد أسفر ذلك عن 18 سجلا للفائدة (الجدول 1؛ ويمكن تنفيذ هذا البحث باستخدام Excel أو R أو برامج أخرى). اثنين من هذه, ATPase (AGAP006879) والبلورات α (AGAP007160), وقد ذكرت سابقا, مع السابق لها تاثير كبير علي المقاومة البيروثروميد1. الاضافه إلى هذين المستنسخين ، كانت هناك مستنسخان لأزاله السموم ، GSTMS1 (fcμ = 1.95 و 1.85) و UGT306A2 (fcμ = 2.29 و 2.28).
وقد أجريت المصادقة علي اثنين من هذه النصوص (GSTMS1، وهو محضر لأزاله السموم ؛ و AGAP009110 ، وهي نسخه غير معروفه وخاصه بالبعوض تحتوي علي نطاق الربط β-1 ، و 3 غلوكان) كما سبق وصفها1. تم اجراء التحليل باستخدام مجموعات التمهيدي الموصوفة في ملف إضافي 3 وأظهرت ان هذه النسخ كانت بشكل ملحوظ في السكان متعددة المقاومة من كوت ديفوار (Tiassalé) واخري من بوركينا فاسو (banfora) ، مقارنه مع المختبر-المعرضة N'Gousso (الشكل 4ا).
كما أظهرت كل من النسخ الحاملة الكبيرة في كل من السكان المقاومين, تم اجراء الضربة القاضية المستحثة علي البعوض من المختبر LSTM مستعمره Tiassalé. وتنبع هذه المستعمرة من كوت ديفوار وتقاوم جميع الفئات الرئيسية من المبيدات الحشرية المستخدمة في الصحة العامة ، كما سبق وصفها في1و10. وقد ادي توهين التعبير GSTMS1 إلى زيادة كبيره (ع = 0.021) في معدل الوفاات بعد التعرض للديلتامميثرين مقارنه بالضوابط المحقونة بالحقن ، مما يدل علي اهميه هذه النسخة في مقاومه البيروثرويد (الشكل 4ب). وعلي العكس من ذلك ، ادي AGAP009110 الضربة القاضية إلى عدم حدوث تغير كبير (ع = 0.082) في معدل الوفاات بعد التعرض (الشكل 4ب).
GSTMS1 هي واحده من ثلاثه تم العثور عليها في ا. غامباي البعوض11. علي الرغم من ان أعضاء من الطبقات ابسيلون ودلتا من gsts كانت متورطة في السابق في أزاله السموم من المبيدات الحشرية12,13,14, هذا هو الدليل الأول لمعرفتنا لدور الميكروسومي gsts في مقاومه البيروثرويد15. ولاستكشاف الوظيفة المفترضة لهذه النسخة الكترونيه في البعوض المضاد لل ( Anopheles ) ، تم تحديد التعبير والارتباط في الاشعه تحت الحمراء-تكس. وقد تجاوزت GSTMS1 بشكل كبير في 20 من أصل 21 مجموعات البيانات المتاحة لهذه الأنواع ، باستثناء جزيرة bioko. وفي كل موقع ، كان التعبير الفوقي اقل من خمسه اضعاف بالمقارنة مع السكان المعرضين للاصابه (الشكل 5).
وبما ان الميكروبات المجهرية قد أهملت إلى حد كبير باعتبارها ديتوكسيفيرس مبيدات حشرية محتمله ، لا يعرف الكثير عن دورها في مقاومه المبيدات الحشرية15. وباستكشاف الارتباط المتبادل بين النصوص الأخرى ، يمكن توضيح الوظائف المفترضة من خلال افتراض التنظيم المشترك أو المشاركة في نفس المسارات. لتعظيم الطاقة في شبكه الارتباط ، تم اختيار كافة مجموعات البيانات ميكروصفيف الموجودة في IR-تكس ، و | r | من > 0.75 تم اختياره. ويبين الجدول 2 الناتج من IR-تكس.
يتم إثراء هذه النصوص في النشاط اوكسيوريدكتيز واستقلاب الجلوكوز/الكربوهيدرات في أداه الشرح الوظيفية ديفيد8. كل من الجلوكوز-6-فوسفات الهيدروجين والسيتاثيوني غاما-lyase الحفاظ علي مستوي الجلوتاثيون في خلايا الثدييات16،17 التالي ربط مباشره مع GSTMS1، الجلوتاثيون-S-ترانسفيراسي. Catalase هو سريع المفعول الاكسده المستجيب الذي يحمي الخلايا من الاضرار الناجمة عن أنواع الأكسجين التفاعلية ، وهو منتج ثانوي من التعرض البيروثرويد. فالاساسكلوفير هيدرولاز هو هيدرولاز التي قد تلعب دورا في أزاله السموم في خلايا الثدييات18. CYP4H17 موجود أيضا في شبكه الارتباط. سيتوكروم p450s هي الأيض مباشره من مبيدات الحشرات البيروثروميد ، وهذه المنتجات انهيار يمكن زيادة استقلاب من قبل GSTs. أخيرا, وقد تورط CYP4H17 في مقاومه البيروثروميد في ا. funestus19. معا, هذه البيانات تدعم بقوة دورا ل GSTMS1 في أزاله السموم غريب حيوي.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60721/60721fig1a.jpg"> الشكل 1: تغيير السجل2 اضعاف AGAP002865-RA في جميع مجموعات البيانات. المحور السيني تفاصيل مجموعات البيانات المختلفة ، والمعلومات التي يمكن العثور عليها في الجدول التكميلي 1 في منشور سابق1، والمحور ص يظهر تغيير السجل2 اضعاف في نص الفائدة. تشير الخطوط المنقطة الرمادية الفاتحة إلى عتبات تقريبيه للاهميه ، والتي اتخذت هنا لتكون تغييرا اضعاف < 0.8 أو اضعاف التغيير من > 1.2. يشير الخط الأسود المنقط إلى تغيير الطي 1 (اي لا يوجد اختلاف في التعبير بين السكان المقاومين والمعرضين للاصابه). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/60721fig1alarge.jpg" target="_blank">يرجى النقر هنا لعرض نسخه أكبر من هذا الرقم.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60721/60721fig02.jpg"> الشكل 2: توزيع المصفوفات المجهرية التي تبين التعبير التفاضلي الكبير لAGAP002865 في السكان المقاومين. يتم تمثيل التغييرات اضعاف في نظام ضوء حركه المرور: تغيير الأخضر اضعاف من < 1 ، تغيير البرتقالي اضعاف من > 1 ، وتغيير اضعاف الأحمر من > 5. يتم عرض مجموعات البيانات ذات التعبير التفاضلي الهام (p ≤ 0.05) فقط. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/60721fig2alarge.jpg" target="_blank">يرجى النقر هنا لعرض نسخه أكبر من هذا الرقم.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60721/60721fig3a.jpg"> الشكل 3: شبكات الارتباط من AGAP001076 (CYP4G16). يتم حساب الارتباطات الزوجية عبر كافة النصوص عبر مجموعات بيانات ميكروصفيف 31 ، مع تطبيق القطع المعرفة من قبل المستخدم. يظهر هنا (ا) | r | > 0.9 (ب) | r | > 0.8 جميع النصوص المعروضة علي الرسم البياني تستوفي هذا المعيار وتتبع تغييرات التعبير AGAP001076. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/60721fig3alarge.jpg" target="_blank">يرجى النقر هنا لعرض نسخه أكبر من هذا الرقم.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60721/60721fig04.jpg"> الشكل 4: تعبير mRNA والنمط الظاهري عند توهين GSTMS1 و AGAP009110. (ا) تعبير MRNA عن GSTMS1 و AGAP009110 في فئتين من السكان المقاومين للمقاومة المتعددة من كوت ديفوار وبوركينا فاسو ، علي التوالي. وقد قورنت المستويات بالمختبر المعرض للاصابه بالغاز . مستويات الاهميه المحسوبة من قبل ANOVA مع اختبار دونيت الخاصة بعد. (ب) التوهين المستحث بالنسبة لكل من المستنسخين مقارنه بالضوابط التي تحقن بالغاز المضاد لل gfp. GSTMS1 التوهين يظهر زيادة كبيره في معدلات الوفاات بعد التعرض ديلتاميورين (محسوبة من قبل ANOVA مع اختبار tukey بعد المخصصة ؛ * p ≤ 0.05 ، * * p ≤ 0.01). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/60721fig04large.jpg" target="_blank">يرجى النقر هنا لعرض نسخه أكبر من هذا الرقم.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60721/60721fig05.jpg"> الشكل 5: التعبير عن الGSTMS1 في المجتمعات السكانية الخاصة بالسكان. خريطة تبين التعبير التفاضلي بشكل ملحوظ من GSTMS1 في مجموعات البيانات ميكروصفيف المتوفرة. تم العثور علي GSTMS1 الفرق بشكل كبير في 20 من أصل 21 مجموعات البيانات ميكروصفيف. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/60721fig5alarge.jpg" target="_blank">يرجى النقر هنا لعرض نسخه أكبر من هذا الرقم.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>معرف النسخة</td>
			<td>وصف</td>
			<td>بوركينا فاسو</td>
			<td>كوت ديفوار</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP006879-RA</td>
			<td>اتباز</td>
			<td>27.94</td>
			<td>43.05</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007160-الميزانية العادية</td>
			<td>ا-بلورات</td>
			<td>11.49</td>
			<td>10.58</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007160-RC</td>
			<td>ا-بلورات</td>
			<td>11.14</td>
			<td>10.38</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007160-RA</td>
			<td>ا-بلورات</td>
			<td>9.78</td>
			<td>9.84</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP009110-RA</td>
			<td>غير معروف</td>
			<td>9.26</td>
			<td>5.96</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007780-RA</td>
			<td>نازعه الانزيم</td>
			<td>10.49</td>
			<td>3.77</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP006383-RA</td>
			<td>أوليجوساكتشاريلترانسفيراسي الوحدة الفرعية المعقدة بيتا</td>
			<td>3.69</td>
			<td>5.57</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007249-الميزانية العادية</td>
			<td>فيتينتين</td>
			<td>4.61</td>
			<td>3.86</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP003357-RA</td>
			<td>RAG1-تنشيط البروتين 1-مثل البروتين</td>
			<td>4.31</td>
			<td>4.05</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007249-RA</td>
			<td>فيتينتين</td>
			<td>4.48</td>
			<td>3.46</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP001998-RA</td>
			<td>mRpS10</td>
			<td>3.46</td>
			<td>2.85</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007589-RA</td>
			<td>UGT306A2</td>
			<td>2.29</td>
			<td>2.28</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP000165-RA</td>
			<td>GSTMS1</td>
			<td>1.95</td>
			<td>1.85</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP002101-RA</td>
			<td>ايزوليوسيل-ترنا سينثاتيز</td>
			<td>0.57</td>
			<td>0.59</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP002969-RA</td>
			<td>أسباراجينيل-trna سينثاتيز</td>
			<td>0.45</td>
			<td>0.45</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP004199-RA</td>
			<td>مذاب الناقل الاسره 5 (الصوديوم--بالاقتران أحاديه الناقل الأحادي) ، عضو 8</td>
			<td>0.35</td>
			<td>0.48</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP004684-RA</td>
			<td>rRNA-معالجه البروتين CGR1</td>
			<td>0.36</td>
			<td>0.22</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP006414-RA</td>
			<td>Cht8</td>
			<td>0.024</td>
			<td>0.36</td>
		</tr>
</tbody></table>الجدول 1: السجلات التفاضلية بشكل كبير في نفس اتجاه التغيير المزدوج في بوركينا فاصو والسكان في كوت ديفوار. معرف النص ، وصف الجينات ، ومتوسط التغيير اضعاف لكل مجموعه بيانات من البلدين التي تمثل coluzzii و.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>الارتباط</td>
			<td>الاسم المنهجي</td>
			<td>نوع النص</td>
		</tr>
<tr>
<td>1</td>
			<td>AGAP000165-RA</td>
			<td>GSTMS1</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.82</td>
			<td>AGAP004904-RA</td>
			<td>الكاتلاز</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.76</td>
			<td>AGAP007243-RA</td>
			<td>26S الوحدة التنظيمية البروتينية 8</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.79</td>
			<td>AGAP008358-RA</td>
			<td>CYP4H17</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.76</td>
			<td>AGAP009436-RA</td>
			<td>فلاسيكلوفير هيدروداز</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.75</td>
			<td>AGAP010739-RA</td>
			<td>الجلوكوز-6-فوسفات 1-نازعه الهيدروجين</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.85</td>
			<td>AGAP011172-RA</td>
			<td>سيستاثيونيني جاما-لياز</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.76</td>
			<td>AGAP012678-RA</td>
			<td>الجلوكوز-6-فوسفات 1-نازعه الهيدروجين</td>
		</tr>
</tbody></table>الجدول 2: النصوص المشتركة المرتبطة GSTMS1. يظهر الجدول الناتج من شبكه الارتباط ل GSTMS1 علي IR-تكس مع | r | من > 0.75. يظهر الجدول ارتباط سبيرمان ، ومعرف النص ، ووصف الجينات لكل نسخه مترابطة.
ملف إضافي 1: ملف إخراج من صفيف 2196 تحليلها علي limma. يتكون الملف من قابل لضربه قاضيه مقارنه صفيف التحكم gfp ، الموصوفة بمزيد من التفاصيل في Arrayexpress (E-mtab-4043) ومنشور سابق آخر1. تمثل الاعمده معرف AGAP (SystematicName) ، وسجل تغيير الطيات (logFC) ، وقيم تعبير السجل (AveExpr) ، وإحصاء t (t) ، والقيمة p غير المصححة (p. Value) ، والقيمة p المعدلة (الضبط. P. Val) ، و B الاحصائيه (B)20. ولأغراض هذا الملف ، فان البعوض الموجود في كوت ديفوار هو anopheles كولوزي ، ولا يتعرض للمبيدات الحشرية ، مع مجموعه خطوط الطول والعرض 5.4 و 6.0 علي التوالي. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/additional_file1.txt" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض هذا الملف (انقر بزر الماوس الأيمن للتحميل).</a>
ملف إضافي 2: ملف إخراج من تجربه RNAseq. تحليل RNAseq ماخوذ من Uyhelji et al.9 ويصف التغييرات في الناسخ من البعوض Anopheles عندما يتعرض ل50 ٪ الملوحة. هذا الملف مقتبس من الجدول S2 من المنشور ويتضمن معرف AGAP (SystematicID) ، وتغيير الطي الخام (Fold_Change) ، والقيمة p المعدلة (q_value). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/additional_file2.txt" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض هذا الملف (انقر بزر الماوس الأيمن للتحميل).</a>
ملف إضافي 3: قائمه التمهيدي للنتائج التمثيلية. AGAP معرف ، اسم الجينات ، dsRNA إلى الامام ، dsRNA عكس ، qPCR إلى الامام ، و qPCR التمهيدي عكس مجموعات لكل نسخه. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/additional_file3.txt" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض هذا الملف (انقر بزر الماوس الأيمن للتحميل).</a>
الترميز التكميلي ملف 1. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/Supplemental_coding_File_1.R" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض هذا الملف (انقر بزر الماوس الأيمن للتحميل).</a>
الترميز التكميلي ملف 2. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/Supplemental_coding_File_2.R" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض هذا الملف (انقر بزر الماوس الأيمن للتحميل).</a>
الترميز التكميلي ملف 3. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/Supplemental_coding_File_3.R" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض هذا الملف (انقر بزر الماوس الأيمن للتحميل).</a>

Watch this Scientific Journal Video about IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae at JoVE.com

IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae

ويستكشف IR-تكس المبيدات الحشرية المرتبطة بمقاومه الحشرات في الأنواع الأخرى من الشلل. المقدمة هنا هي تعليمات كامله لاستخدام التطبيق ، والتعديلات لاستكشاف مجموعات البيانات الناسخة متعددة ، واستخدام اطار لبناء قاعده بيانات تفاعليه لمجموعات من المعطيات الناسخة من اي كائن حي ، ولدت في اي منصة.

IR-تكس: أداه تكامل البيانات المفتوحة المصدر لنسخ البيانات الكبيرة المصممة لمكافحه ناقلات الملاريا

IR-TEx is an application written in Shiny (an R package) that allows exploration of the expression of (as well as assigning functions to) transcripts ...

وهذا البروتوكول هام، لأنها المرة الأولى التي يتم فيها إجراء البيانات المستنسخة في البعوض الغامبي في أنوفيليس بحرية وسهولة الوصول إليها في مكان واحد. هذه التقنية تسمح لجميع الباحثين، حتى أولئك الذين ليس لديهم خلفيات في المعلوماتية الحيوية للوصول بحرية وسهولة بيانات التعبير عن الجينات المفضلة لديهم والبعوض المقاوم للمبيدات الحشرية. للبدء، اتبع الارتباط الموجود أسفل صفحة المشروع LSTM IR-TEx لتشغيل تطبيق ويب IR-Tex في مستعرض ويب.بمجرد تهيئة صفحة الويب، انقر فوق الزر تطبيق في أعلى الصفحة، والذي سيعرض التطبيق والمخرجات المرتبطة به. قراءة كل إخراج المتعلقة الإدخال الافتراضي في مربع معرف نسخة. حدد الشروط ومجموعات بيانات Anopheles Coluzzii التي تتعرض لمبيدات الحشرات البيرويثرويد، أو غير المعرضة لأي فئة من المبيدات الحشرية والنصوص المرتبطة بها بمعامل ارتباط يزيد على 0.98.لاستكشاف التعبير عن نص الاهتمام، حدد أولاً النص. ثم أدخل معرف النص في مربع معرف النص ، وتذكر أن النصوص تنتهي في RX تعتمد على isoform الفائدة. حدد مجموعات البيانات التي سيتم استجوابها عن طريق أخذ المربعات ذات الصلة للبلدان، بما في ذلك حالة التعرض، وأنواع الاهتمام، وفئة المبيدات الحشرية التي تهم.تأكد من أن هذه المعايير ينتج عنها أكثر من مجموعة بيانات مضمّنة. انقر فوق تحديث طريقة العرض في أسفل قائمة التحديد أو اضغط على Return (إرجاع) متجاهلاً قيمة الارتباط المطلقة الآن. إعطاء وقت التطبيق لتحديث.كان الرسم البياني الأول يحتوي على Log2 Fold Change بين السكان المقاومين ، ومجموعة البعوض المعرضة للمختبر من نص الاهتمام ، عبر كل مجموعة بيانات تلبي المعايير المختارة. اقرأ المعلومات أسفل الرسم البياني كتغيّرات طيّ بين البعوض المقاوم والعارض لكل مجموعة بيانات ذات صلة، بالإضافة إلى قيم P المعدلة المرتبطة. يمثل كل صف تحقيقات فردية على الصفيف الصغير.اقرأ الجدول الإضافي أدناه، كـ عدد التجارب التي يكون فيها النص الهام مهمًا، بالإضافة إلى إجمالي عدد التجارب التي تتطابق مع المعايير المختارة. لتحميل البيانات بتنسيق مفصولة، انقر فوق الزر تنزيل أسفل الجدولين. وهذا يسمح للمستخدم لاستكشاف البيانات بطريقة أسهل، وذلك باستخدام برنامج مثل إكسيل.وتمثل كل نقطة على الخريطة مواقع جمع البعوض المقاوم التقريبية في كل مجموعة بيانات، حيث يتم التعبير عن نص الفائدة بشكل متمايز. تتبع الألوان نظام إشارات المرور الموضح في التطبيق. حفظ المخرجات الرسومية عن طريق النقر بزر الماوس الأيمن، والنقر فوق حفظ الصورة باسم، واختيار مجلد مناسب.في حالة خطأ إخراج بواسطة التطبيق، فمن المحتمل أن أية مجموعات بيانات تطابق المعايير المدخلة. يمكن استخدام الارتباطات بين أنماط التعبير من النصوص عبر مجموعات بيانات متعددة للتنبؤ بوظيفة النص، وربما توضيح النصوص المنظمة بشكل مشترك من نفس المسار. قبل النقر فوق عرض التحديث، حرك شريط تمرير قيمة الارتباط المطلق إلى 0.85 وانقر فوق "عرض التحديث" أو اضغط على "إرجاع".فحص "جدول الارتباط" للعثور على نسخ متعددة التي يتم عرضها الآن وترتبط مع الإدخال ونسخة. اقرأ الجدول أدناه الإخراج الرسومي، الذي يحتوي على قيمة الارتباط لكل نسخة. لتنزيل البيانات بتنسيق مفصولة بعلامة تبويب، انقر فوق الزر تنزيل.معالجة المنزلق قيمة الارتباط المطلق ولاحظ أي تغييرات في أسفل معظم الرسم البياني والجدول. سوف تظهر الحد الأدنى لقيمة الارتباط المزيد من النصوص ، ولكنها ستقدم المزيد من الضوضاء. بمجرد تثبيت IR-TEx، افتح RStudio تشفير إضافي File1 وتشغيل كل سطر لإعداد النظام ل IR-TEx.بمجرد تثبيت كافة الحزم بنجاح وتحديثها كما هو مطلوب، انتقل إلى ملف، فتح. حدد موقع IR_TEx. ص، تسليط الضوء ومفتوحة.يجب أن يكون هذا الآن مرئية في الإطار العلوي من RStudio. لتشغيل التطبيق، اضغط على زر تشغيل التطبيق في أعلى يمين النافذة. ستظهر نافذة ثانية يتم فيها تحميل التطبيق.بمجرد اكتمال التحميل، للحصول على الوظائف الكاملة، انقر فوق فتح في المستعرض، الموجود في أعلى يمين النافذة المحملة. يمكن للمستخدم إضافة مجموعات بيانات مقاومة جديدة إلى IR-TEx التي تم إنشاؤها باستخدام صفيف Anopheles Gambiae Agilent 15k، كما هو موضح في بروتوكول TEx. فتح ملف إضافي2.txt.يمثل ملف البحث RNA هذا القالب الذي يجب أن تستند إليه البيانات الجديدة. العمود A هو المعرف، والعمود B هو تغيير طية الأولية، ويتم ضبط العمود C قيمة P. تشغيل التعليمات البرمجية R لمطابقة المعرفات في ملف واحد محدد بعلامات جدولة عبر الأنظمة الأساسية، ثم تنظيم البيانات وإليها.يتم تضمين الإرشادات داخل الملف. سيتم فصل أي مسار ملف من خلال شرطة مائلة للأمام لنظام التشغيل Mac OS أو شرطة مائلة للأمام مزدوجة لـ Windows. النسخ الاحتياطي للملف الأصلي.إخراج الملف المنتجة في نهاية ملف الطلاء التكميلي2 إلى موقع من اختيار للاستخدام في الخطوة التالية. سوف تكميلية الترميز File2 إخراج Fold_Changes جديدة. ملف txt.تنفيذ التعليمات البرمجية الموجودة في "ملف ترميز تكميلي3". البحث عن ملف الإخراج المسمى FC_DistribPlot. png في المجلد المحدد كمسار للملف.تحقق من توزيعات Log2 Fold Change للتحقق من أن توزيعات Log2 Fold Change متماثلة تقريباً عبر مجموعات البيانات. يظهر هنا تعبير مرنا لـ GS TMS1 وAGAP 009110 RA في اثنين من سكان Anopheles Coluzzii متعددي المقاومة من كوت ديفوار، وبوركينا فاسو، على التوالي. المقارنة مع المختبر عرضة Anopheles Coluzzii N-Guzo كشفت أن هذه النصوص هي بشكل كبير حتى ينظم في اثنين من السكان منفصلة متعددة المقاومة.تم تنفيذ RNA-I الناجمة عن ضرب أسفل على البعوض من مختبر LSTM T-Oscillae مستعمرة. هذه المستعمرة من كوت ديفوار، وهي مقاومة لجميع الفئات الرئيسية من المبيدات الحشرية المستخدمة في الصحة العامة. أدى التوهين التعبير من TMS1 GS في زيادة كبيرة في الوفيات، بعد تعرض دلتا ماثيران، مقارنة مع GFP حقن الضوابط، مما يدل على أهمية هذا النص في مقاومة البيرويثرويد.وعلى العكس من ذلك، لم يسفر إسقاط AGAP 009110 RA عن أي تغير كبير في معدل الوفيات بعد التعرض. تم التعبير عن GST MS1 بشكل كبير في 20 من أصل 21 مجموعة بيانات صفيف صغير متاحة لهذه الأنواع. في كل موقع، كان التغيير أضعاف أعلى بكثير في مقاومة، مقارنة مع السكان المعرضين.جميع مجموعات البيانات هي من تجارب مختلفة على مدى سنوات عديدة، ولم يتم تصميمها لنهج التحليل الدقيق النظيف، لذلك قد يكون من الضروري خفض اتزان القيمة P الطبيعي. ويمكن إجراء مزيد من Phenotypic اسقاط التقييم مع المبيدات الحشرية الأخرى، والصفات تاريخ الحياة. إذا كانت هناك نتائج تبدو جيدة بما فيه الكفاية، يمكن أن تحدد طفيليات المصب دور البروتين.وهذه التقنية هي أول تطبيق لدمج البيانات المستنسخة عن مقاومة المبيدات الحشرية لمجمع الأنواع في أنوفيليس غامبيا وإتاحتها لجميع الباحثين في هذا المجال.

Research

JoVE Journal

Biology

IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae

Protocol for Mosquito Rearing (A. gambiae)

Protocol for Mosquito Rearing A. gambiae

بروتوكول للتربية البعوض (A. الغامبية)

This protocol describes mosquito rearing in the insectary. The insectary rooms are maintained at 28&deg;C and ~80% humidity, with a 12 hr. day/night ...

Population Replacement Strategies for Controlling Vector Populations and the Use of Wolbachia pipientis for Genetic Drive

الاستراتيجيات السكانية لاستبدال النواقل مراقبة واستعمال pipientis الولبخية لمحرك الوراثية

In this video, Jason Rasgon discusses population replacement strategies to control vector-borne diseases such as malaria and dengue. "Population ...

Protocol for RNAi Assays in Adult Mosquitoes (A. gambiae)

Protocol for RNAi Assays in Adult Mosquitoes A. gambiae

بروتوكول للفحوصات رني في البعوض الكبار (A. الغامبية)

Reverse genetic approaches have proven extremely useful for determining  which genes underly resistance to vector pathogens in mosquitoes.  This video ...

Building a Better Mosquito: Identifying the Genes Enabling Malaria and Dengue Fever Resistance in A. gambiae and A. aegypti Mosquitoes

بناء عالم أفضل البعوض : تحديد الجينات تمكين الملاريا وحمى الضنك حمى المقاومة في الغامبية ألف وألف البعوض بعوض

In this interview, George Dimopoulos focuses on the physiological mechanisms used by mosquitoes to combat Plasmodium falciparum and dengue virus ...

Workflow for High-content, Individual Cell Quantification of Fluorescent Markers from Universal Microscope Data, Supported by Open Source Software

سير العمل عالية المحتوى، الكمي خلية فردية من نيون علامات من المجاهر البيانات العالمي، بدعم من برمجيات المصدر المفتوح

Advances in understanding the control mechanisms governing the behavior of cells in adherent mammalian tissue culture models are becoming increasingly ...

RNAi Trigger Delivery into Anopheles gambiae Pupae

RNAi Trigger Delivery into Anopheles gambiae Pupae

رني الزناد تسليم إلى<em&gt; بعوض الملاريا</em&gt; شرانق

RNA interference (RNAi), a naturally occurring phenomenon in eukaryotic organisms, is an extremely valuable tool that can be utilized in the laboratory ...

Open-source Single-particle Analysis for Super-resolution Microscopy with VirusMapper

المصدر المفتوح تحليل واحد الجسيمات لسوبر قرار المجهري مع VirusMapper

Super-resolution fluorescence microscopy is currently revolutionizing cell biology research. Its capacity to break the resolution limit of around 300 nm ...

An Efficient In Vitro Transposition Method by a Transcriptionally Regulated Sleeping Beauty System Packaged into an Integration Defective Lentiviral Vector

An Efficient In Vitro Transposition Method by a Transcriptionally Regulated Sleeping Beauty System Packaged into an Integration Defective Lentiviral Vector

أسلوب نقل تتسم بكفاءة في المختبر بنظام جمال النوم ترانسكريبتيونالي الخاضعة للتنظيم في متجه تكامل لينتيفيرال معيبة وتعبئتها

The Sleeping Beauty (SB) transposon is a non-viral integrating system with proven efficacy for gene transfer and functional genomics. To optimize the SB ...

Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

دودة الانحياز Worm_CP، خطين أنابيب مفتوحة المصدر لتقويم و كمية بيانات صورة الفلوريسنس التي تم الحصول عليها من Elegans Caenorhabditis

An issue often encountered when acquiring image data from fixed or anesthetized C. elegans is that worms cross and cluster with their neighbors. This ...