Name: ir-tex: an open source data integration tool for big data transcriptomics designed for the malaria vector anopheles gambiae
Uploaded: 2020-01-15T13:00:00
Duration: 8 min 22 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae at JoVE.com

עבודה זו ממומנת על ידי מלגת פיתוח מיומנויות MRC כדי V.I. (MR/R024839/1) ו רויאל החברה אתגר המענק (CH160059) כדי משאבי אנוש

<ol>
	<li>Ingham, V. A., Wagstaff, S., Ranson, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptomic+meta-signatures+identified+in+Anopheles+gambiae+populations+reveal+previously+undetected+insecticide+resistance+mechanisms.">Transcriptomic meta-signatures identified in Anopheles gambiae populations reveal previously undetected insecticide resistance mechanisms.</a> Nature Communications. 9 (1), 5282 (2018).</li><li>Chang, W., Cheng, J., Allaire, J., Xie, Y., McPherson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> shiny: Web Application Framework for R. , (2017).</li><li>Bhatt, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+malaria+control+on+Plasmodium+falciparum+in+Africa+between+2000+and+2015.">The effect of malaria control on Plasmodium falciparum in Africa between 2000 and 2015.</a> Nature. 526 (7572), 207-211 (2015).</li><li>Ranson, H., Lissenden, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insecticide+Resistance+in+African+Anopheles+Mosquitoes:+A+Worsening+Situation+that+Needs+Urgent+Action+to+Maintain+Malaria+Control.">Insecticide Resistance in African Anopheles Mosquitoes: A Worsening Situation that Needs Urgent Action to Maintain Malaria Control.</a> Trends in Parasitology. 32 (3), 187-196 (2016).</li><li>Donnelly, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Does+kdr+genotype+predict+insecticide-resistance+phenotype+in+mosquitoes.">Does kdr genotype predict insecticide-resistance phenotype in mosquitoes.</a> Trends in Parasitology. 25 (5), 213-219 (2009).</li><li>Stevenson, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytochrome+P450+6M2+from+the+malaria+vector+Anopheles+gambiae+metabolizes+pyrethroids:+Sequential+metabolism+of+deltamethrin+revealed.">Cytochrome P450 6M2 from the malaria vector Anopheles gambiae metabolizes pyrethroids: Sequential metabolism of deltamethrin revealed.</a> Insect Biochemistry and Molecular Biology. 41 (7), 492-502 (2011).</li><li>M&#252;ller, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Field-Caught+Permethrin-Resistant+Anopheles+gambiae+Overexpress+CYP6P3,+a+P450+That+Metabolises+Pyrethroids.">Field-Caught Permethrin-Resistant Anopheles gambiae Overexpress CYP6P3, a P450 That Metabolises Pyrethroids.</a> PLoS Genetics. 4 (11), 1000286 (2008).</li><li>Huang, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+DAVID+Gene+Functional+Classification+Tool:+a+novel+biological+module-centric+algorithm+to+functionally+analyze+large+gene+lists.">The DAVID Gene Functional Classification Tool: a novel biological module-centric algorithm to functionally analyze large gene lists.</a> Genome Biology. 8 (9), 183 (2007).</li><li>Uyhelji, H. A., Cheng, C., Besansky, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptomic+differences+between+euryhaline+and+stenohaline+malaria+vector+sibling+species+in+response+to+salinity+stress.">Transcriptomic differences between euryhaline and stenohaline malaria vector sibling species in response to salinity stress.</a> Molecular Ecology. 25 (10), 2210-2225 (2016).</li><li>Edi, C. V., Benjamin, K. G., Jones, C. M., Weetman, D., Ranson, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-Insecticide+Resistance+in+Anopheles+gambiae+Mosquitoes,+Southern+C&#244;te+d&#8217;Ivoire.">Multiple-Insecticide Resistance in Anopheles gambiae Mosquitoes, Southern C&#244;te d&#8217;Ivoire.</a> Emerging Infectious Diseases. 18 (9), 1508-1511 (2012).</li><li>Ding, Y., Ortelli, F., Rossiter, L., Hemingway, J., Ranson, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Anopheles+gambiae+glutathione+transferase+supergene+family:+annotation,+phylogeny+and+expression+profiles.">The Anopheles gambiae glutathione transferase supergene family: annotation, phylogeny and expression profiles.</a> BMC Genomics. 4 (1), 1-16 (2003).</li><li>Enayati, A. A., Ranson, H., Hemingway, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insect+glutathione+transferases+and+insecticide+resistance.">Insect glutathione transferases and insecticide resistance.</a> Insect Molecular Biology. 14 (1), 3-8 (2005).</li><li>Ranson, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+novel+class+of+insect+glutathione+S-transferases+involved+in+resistance+to+DDT+in+the+malaria+vector+Anopheles+gambiae.">Identification of a novel class of insect glutathione S-transferases involved in resistance to DDT in the malaria vector Anopheles gambiae.</a> The Biochemical Journal. 359, 295-304 (2001).</li><li>Riveron, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+single+mutation+in+the+GSTe2+gene+allows+tracking+of+metabolically+based+insecticide+resistance+in+a+major+malaria+vector.">A single mutation in the GSTe2 gene allows tracking of metabolically based insecticide resistance in a major malaria vector.</a> Genome Biology. 15 (2), 27 (2014).</li><li>Pavlidi, N., Vontas, J., Van Leeuwen, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+glutathione+S-transferases+(GSTs)+in+insecticide+resistance+in+crop+pests+and+disease+vectors.">The role of glutathione S-transferases (GSTs) in insecticide resistance in crop pests and disease vectors.</a> Current Opinion in Insect Science. 27, 97-102 (2018).</li><li>Salvemini, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+glutathione+levels+and+oxidoresistance+mediated+by+increased+glucose-6-phosphate+dehydrogenase+expression.">Enhanced glutathione levels and oxidoresistance mediated by increased glucose-6-phosphate dehydrogenase expression.</a> Journal of Biological Chemistry. 274 (5), 2750-2757 (1999).</li><li>Deplancke, B., Gaskins, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Redox+control+of+the+transsulfuration+and+glutathione+biosynthesis+pathways.">Redox control of the transsulfuration and glutathione biosynthesis pathways.</a> Current Opinion in Clinical Nutrition &amp; Metabolic Care. 5 (1), (2002).</li><li>Puente, X. S., L&#243;pez-Otn, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cloning+and+expression+analysis+of+a+novel+human+serine+hydrolase+with+sequence+similarity+to+prokaryotic+enzymes+involved+in+the+degradation+of+aromatic+compounds.">Cloning and expression analysis of a novel human serine hydrolase with sequence similarity to prokaryotic enzymes involved in the degradation of aromatic compounds.</a> Journal of Biological Chemistry. 270 (21), 12926-12932 (1995).</li><li>Riveron, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+transcription+and+functional+analyses+reveal+heterogeneous+molecular+mechanisms+driving+pyrethroids+resistance+in+the+major+malaria+vector+Anopheles+funestus+across+Africa.">Genome-wide transcription and functional analyses reveal heterogeneous molecular mechanisms driving pyrethroids resistance in the major malaria vector Anopheles funestus across Africa.</a> G3: Genes, Genomes, Genetics. 7 (6), 1819-1832 (2017).</li><li>Smyth, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Linear+models+and+empirical+bayes+methods+for+assessing+differential+expression+in+microarray+experiments.">Linear models and empirical bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments.</a> Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology. 3 (1), 3 (2004).</li></ol>

. למחברים אין מה לגלות

הטרנססקריפט הגדול מייצרת רשימות של אלפי תעתיקים אשר מבוטאים באופן מהותי לכל מצב ניסיוני. רבים של ניסויים אלה מבוצעים על אורגניזמים קשורים ופנוטיפים וכמעט באופן בלעדי מנותח כניסויים עצמאיים. ניצול אלה מקורות נתונים עשירים על ידי בחינת הנתונים הוליסטי וללא הנחות תאורטית יהיה 1) להוביל זיהוי של תעתיקים המועמדים החדשים 2) למנוע את השלכת של נתונים יקרי ערך פשוט כי יש יותר מדי מידע כדי לאמת ב vivo1.
IR-TEx מספק למשתמשים רקע מוגבל בביואינפורמטיקה עם היכולת לבחון בקלות ערכות נתונים מרובות, להמחיש את השינויים בערכות הנתונים ולהוריד את המידע המשויך1. למרות ש-IR-TEx אינו תומך בחיפוש יותר מתמליל אחד בכל חיפוש, משתמשים יכולים לבדוק את קבצי ה-Fold_Changes. txt המשויכים פשוט על-ידי שימוש ב-Excel, R או בתוכניות מתאימות אחרות. השירות הנוסף של IR-TEx נובע השימוש ברשתות מתאם כדי לחזות את הפונקציה תעתיק, קלט של חלבונים היפותטי או תעתיקים עם פונקציות לא ידועות ושימוש של תוכנת מטה לחפש enrichments1.
בדוגמה המתואר בפרוטוקול זה, IR-TEx משמש בהתאם לתפקודו המקורי. כאן, זה מאפשר חקירה של תעתיקים הקשורים התנגדות קוטל חרקים ויזואליזציה של התפלגות מעל ומתחת ביטוי באמצעות מיפוי גרפיקה. התעתיקים של הריבית מאומתים ב-vivo כדי לקבוע אם ביטוי או מתחת של התעתיקים הנתון תורם לפנוטיפ שנצפה1 (למשל, עמידות לקוטל חרקים). הוא הוצג כאן, כפי שדווח בעבר1, כי ניתן להשתמש בערכת נתונים בגישה מונחה השערות כדי לזהות תמלילים של עניין על בסיס ספציפי למדינה. לאחר מכן ניתן להשתמש ב-IR-TEx ל-1) לחקור את הביטוי של התעתיק ו-2) את פונקציית התעתיק על-ידי החלת רשת מתאם זיווגים חכמה בכל התעתיקים הכלולים בערכת נתונים של כל הפונקציות. כאן, GSTMS1 הוכח להיות בקורלציה משותפת עם מספר תעתיקים אחרים מעורבים דטוקסיפיקציה. נתונים אלה (יחד עם משנוק של התעתיק שגרם לעלייה משמעותית בתמותה לאחר חשיפה לקוטל חרקים) ממחיש את החשיבות של התעתיק הזה בסיווג xenobiotic יוטי.
IR-TEx מייצג משאב בעל ערך לחקר תעתיקים של התנגדות לקוטלי חרקים באינטרנט או באמצעות יישומים מקומיים. פרוטוקול זה מדגים כיצד לשנות את IR-TEx עבור פלטפורמות שונות של omics, כמו גם נתונים חדשים לחלוטין. המדריך מדגים כיצד להשתמש ב-IR-TEx כדי לשלב נתונים מפלטפורמות מרובות omics ו-datasets עם נתונים חסרים, כמו גם כיצד לבטל את IR-TEx פשוט כך שהוא שימושי עבור כל מי שחוקר מערכות נתונים transcript.

היכולת למדוד את הביטוי של מספר גדול של תעתיקים בו באמצעות פלטפורמות microarray ו RNAseq הטכנולוגיה הביא את הדור של מערכות נתונים עצומים שיוך ביטוי תעתיק עם פנוטיפ מסוים בשני מודל ואורגניזמים שאינם מודל. אלה ערכות נתונים הם משאב עשיר מאוד עבור חוקרים, את הכוח של אשר ניתן להגדיל על ידי שילוב של ערכות רלוונטיות בגישה שילוב נתונים גדול. עם זאת, מתודולוגיה זו מוגבלת לאלה עם מיומנויות ביואינפורמטיקה מסוימות. המתואר כאן היא תוכנית, IR-TEx (שפורסמו בעבר על ידי לנגהם et al.1) כי הוא נכתב בחבילה R בשם מבריק2 ומאפשר למשתמשים עם הכשרה ביואינפורמטיקה קטנה לשלב ולחקור את ערכות הנתונים האלה בקלות יחסית.
IR-TEx, שנמצאו ב <a href="http://www.lstmed.ac.uk/projects/IR-TEx" target="_blank">http://www.lstmed.ac.uk/projects/IR-TEx</a>, נכתב כדי לחקור את התעתיקים הקשורים התנגדות קוטל חרקים ב אנופלס gambiae, וקטור אפריקה הגדול מלריה1. מלריה היא מחלה טפילית הנגרמת על ידי מינים פלמודניום , המועבר בין בני אדם באמצעות עקיצות של אנופלס יתושים נקבה. מיקוד וקטור היתושים עם הקוטלי החרקים הוכח להיות האמצעי היעיל ביותר למניעת תחלואה ותמותה הקשורים למלריה באפריקה. שינוי קנה המידה של כלים (כלומר, חרקים נטס ארוכות טווח) היה גם מרכזי הפחתת דרמטי במקרים מלריה מאז 20003. עם מספר מצומצם מאוד של קוטלי חרקים זמין, יש לחץ אבולוציוני חזק על היתושים, והתנגדות היא כיום נפוצה בווקטורים אפריקאים מלריה4.
בנוסף, מוטציות באתר היעד5 ואת הסיווג המטבולית של קוטלי החרקים6,7 להישאר מנגנונים המחקר העיקרי של התנגדות, אבל מנגנונים אחרים עמידים חזק מתעוררים כעת1. רבים מנגנונים חדשים אלה לא היו קשורים בעבר עם התנגדות קוטל חרקים אבל זוהו על ידי חיפוש דפוסים נפוצים של ביטוי גנים על פני אוכלוסיות עמידות מרובות באמצעות האפליקציה IR-TEx ולאחר מכן מאומת פונקציונלית על ידי גישות גנומיקה1.
המתואר כאן הוא גישה צעד-אחר-צעד כדי להשתמש ב-IR-TEx, הן באינטרנט והן כאשר מותקנים באופן מקומי. הפרוטוקול מתאר כיצד ניתן לשלב ערכות נתונים של התנגדות קוטל חרקים חדשים לתוך החבילה הקיימת ומסבירה כיצד לפעול עם מידע חסר. לבסוף, הוא מתאר כיצד להשתמש בתוכנה זו עם ערכות נתונים אחרות של omics שאינן קשורות להתנגדות לקוטל חרקים, ובכך שילוב נתונים מגישות שונות-omics תוך הפעלה גם עם ערכים חסרים ונורמליזציה, כך שהנתונים הם דומים.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Laptop with browser</td>
			<td>Any</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>R Program</td>
			<td>The R Project for Statistical Computing</td>
			<td>-</td>
			<td><a href="https://www.r-project.org/" target="_blank">https://www.r-project.org/</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>R Studio</td>
			<td>R Studio</td>
			<td>-</td>
			<td><a href="https://www.rstudio.com/" target="_blank">https://www.rstudio.com/</a></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

ir-tex: an open source data integration tool for big data transcriptomics designed for the malaria vector anopheles gambiae

IR-TEx הוא יישום שנכתב ב מבריק (חבילת R) המאפשר חקירה של הביטוי של (כמו גם הקצאת פונקציות) תעתיקים אשר הביטוי קשור לפנוטיפים ההתנגדות קוטלי חרקים ביתושים אנופלס gambiae . ניתן להשתמש ביישום באופן מקוון או להורדה ולשימוש מקומי על-ידי כל אחד. ניתן לשנות את היישום המקומי כדי להוסיף נתונים חדשים של עמידות לקוטלי חרקים שנוצרו מפלטפורמות מרובות omics. מדריך זה מדגים כיצד להוסיף ערכות נתונים חדשות ולטפל בנתונים חסרים. יתר על כן, IR-TEx יכול להיות באופן מלא ובקלות והקלטנו כדי להשתמש-omics datasets מכל נתונים ניסיוניים, מה שהופך אותו משאב יקר לחוקרים רבים. הפרוטוקול ממחיש את כלי השירות של IR-TEx בזיהוי חדש מועמדים התנגדות קוטל חרקים באמצעות מיקרו הגלוטתיון המיקרוזומאז, GSTMS1, כדוגמה. התעתיק הזה ממוקם במספר רב של אוכלוסיות עמידות מחוף השנהב ובורקינה פאסו. הזיהוי של התעתיקים של מתאם משותף מספק תובנה נוספת לתוך התפקידים המפוטלים של הגן הזה.

באמצעות הקובץ Fold_Changes. txt הכלול עם IR-TEx, השוונו את התעתיקים שהיו משמעותית באופן משמעותי ביטא אנופלס coluzzii ו אנופלס gambiae datasets לפקדים רגישים מחוף השנהב ו בורקינה פאסו. הדבר הניב 18 תעתיקים של ריבית (טבלה 1; ניתן לבצע חיפוש זה באמצעות Excel, R או תוכניות אחרות). שניים אלה, ATPase (AGAP006879) ו α-crystallin (AGAP007160), דווחו בעבר, עם לשעבר יש השפעה משמעותית על התנגדות pyreגרון1. בנוסף לשני התעתיקים הללו, שתי תעתיקים של הדטוקסיפיקציה, GSTMS1 (fc 1.95 ו-1.85) וUGT306A2 (fcμ = 2.29 ו-2.28) היו נוכחים.
האימות qPCR של שניים מהתעתיקים הללו (GSTMS1, תעתיק של דטוקסיפיקציה, ו-AGAP009110-RA, תמליל לא ידוע, המכיל מתחם מאגד של β-1, 3-glucan) בוצעו כמתואר בעבר1. הניתוח בוצע באמצעות סטים מבוססי שתוארו בקובץ 3 נוסף והראה כי התעתיקים הללו היו מוקדמים ביותר באוכלוסייה מרובת-השנהב (Tiassalé) ועוד אחת מ בורקינה פאסו (בפורה), לעומת המעבדה הרגישה n Gousso (איור 4א).
כפי ששני התעתיקים הראו upregulation משמעותיים בכל האוכלוסיות העמידות, המכונה RNAi-המושרה בוצעה על יתושים ממושבת LSTM מעבדה Tiassalé. מושבה זו נובעת מחוף השנהב והיא מתנגדת לכל כיתות הגדולות של קוטל חרקים המשמש בבריאות הציבור, כפי שמתואר בעבר1,10. הנחת הביטוי של GSTMS1 הביא לעלייה משמעותית (p = 0.021) בתמותה לאחר חשיפה דלטמרתין רין לעומת שולטת gfp-מוזרק, הוכחת את החשיבות של תעתיק זה בהתנגדות pyreגרון (איור 4ב). לעומת זאת, AGAP009110-RA מסקרה הביא ללא משמעות (p = 0.082) שינוי תמותה לאחר החשיפה (איור 4ב).
GSTMS1 הוא gt מיקרוזומבית והוא אחד משלושה נמצאו יתושים gambiae 11. למרות שחברי אפסילון ו דלתא של מחלקות הגנוסטים היו מעורבים בעבר בקוטל הרעלים12,13,14, זוהי ההוכחה הראשונה לידע שלנו לתפקיד של מיקרוזומנים ההתנגדות של פירגרון15. כדי לחקור את הפונקציה הפוטיבית של תעתיק זה ב- אנופלס gambiae sl היתושים, הביטוי והקורלציה ב-IR-TEx זוהו. GSTMS1 התבטא באופן משמעותי ב -20 מתוך 21 מערכות נתונים הזמינות עבור מינים אלה, למעט האי ביוקו. בכל מיקום, ביטוי היתר היה פחות מחמש-קיפול בהשוואה לאוכלוסיות החשופות (איור 5).
כמו GSTs מיקרוזומיום התעלמו במידה רבה ככל הפוטנציאל לרעלים קוטל חרקים, מעט ידוע על תפקידם בהתנגדות לקוטל חרקים15. על-ידי לחקור את המתאם המשותף של תעתיקים אחרים, ניתן להבהיר פונקציות באמצעות ההנחה של coregulation או מעורבות במסלולים אותם. כדי למקסם את העוצמה ברשת המתאם, כל ערכות הנתונים של המיקרו-מערך הקיימות ב-IR-TEx נבחרו, וכן | r | של > 0.75 נבחר. Table 2 מציג את הפלט מ-IR-TEx.
התעתיקים הללו מועשרים בפעילות מחמצן ומטבוליזם של גלוקוז/פחמימות בכלי הביאור הפונקציונלי של דוד8. גם גלוקוז-6-פוספט דהידרוגנאז ו cytathione גמא-lyase לשמור על רמת הגלוטתיון בתאי היונקים16,17 וכך לקשר ישירות עם GSTMS1, גלוטתיון-S-transferase. קטלאז הוא משחק מהיר למתח חמצוני משיב המגנה על התאים מפני נזק מיני חמצן תגובתי, תוצר לוואי של חשיפה pyreגרון. הידרולז הוא הידרוקלז שעשוי לשחק תפקיד בדטוקסיפיקציה בתאי היונקים18. CYP4H17 קיים גם ברשת המתאם. ציטוכרום p450s הם ישירים חילוף החומרים של קוטלי החרקים pyreגרון, ואת המוצרים האלה התמוטטות יכול להיות נוסף מטבוליזם על ידי GSTs. לבסוף, CYP4H17 היה מעורב התנגדות pyre, ב 19. ביחד, נתונים אלה תומכים מאוד בתפקיד עבור GSTMS1 בדטוקסיפיקציה של xenobiotic יוטי.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60721/60721fig1a.jpg"> איור 1: שינוי קיפול של Log2 של AGAP002865-RA בכל ערכות הנתונים. ציר ה-x מפרט את ערכות הנתונים השונות, מידע שניתן למצוא בטבלה משלימה 1 בפרסום קודם1, וציר ה-y מציג את שינויהקיפול של יומן הרישום בתעתיק הריבית. הקווים האפורים-בהירים מצביעים על סף משוער של משמעות, שנלקח כאן כדי להיות שינוי מתקפל של < 0.8 או שינוי מתקפל של > 1.2. הקו השחור המנוקד מציין שינוי מתקפל של 1 (כלומר, אין הבדל בביטוי בין האוכלוסיות העמידות והחשופות). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/60721fig1alarge.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60721/60721fig02.jpg"> איור 2: הפצת מיקרומערכים המראים ביטוי דיפרנציאלי משמעותי של AGAP002865-RA באוכלוסיות עמידות. שינויי קיפול מיוצגים במערכת הרמזורים: שינוי קיפול ירוק של < 1, שינוי קיפול כתום של > 1 ושינוי קיפול אדום של > 5. רק מערכות נתונים עם ביטוי דיפרנציאלי משמעותי (p ≤ 0.05) מוצגים. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/60721fig2alarge.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60721/60721fig3a.jpg"> איור 3: רשתות מתאם של AGAP001076-RA (CYP4G16). קשרי גומלין של זיווגים מחושבים על-פני כל התעתיקים על-פני 31 ערכות הנתונים של המיקרו-מערך, עם החלת החתך המוגדר על-ידי המשתמש. המוצגכאן הוא (א) | r | > 0.9 ו-(ב) | r | . > 0.8 כל התעתיקים המוצגים על הגרף עונים על קריטריון זה ובצע את שינויי הביטוי של AGAP001076-RA. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/60721fig3alarge.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60721/60721fig04.jpg"> איור 4: ביטוי mRNA ופנוטיפ לגבי הנחתה של GSTMS1 ו-AGAP009110-RA. (א) mrna ביטוי של GSTMS1 ו AGAP009110-RA בשתי אוכלוסיות מרובות עמידות בחוף השנהב ובורקינה פאסו, בהתאמה. הרמות הושוו למעבדה הרגישה. .. רמות המובהקות שחושבו על-ידי ANOVA במבחן של דנט הפוסט-הוק. (ב) החליש את שני התעתיקים בהשוואה ל-gfp-הזריקו בקרות. GSTMS1 החליש מראה עלייה משמעותית בתמותה לאחר חשיפה דלטמרתין רין (מחושב על ידי ANOVA עם מבחן tukey לאחר הוק; * p ≤ 0.05, * * p ≤ 0.01). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/60721fig04large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60721/60721fig05.jpg"> איור 5: ביטוי של GSTMS1 ב אנופלס gambiae ו אנופלס האוכלוסייה coluzzii . מפה המציגה את הביטוי הדיפרנציאלי הניכר של GSTMS1 בערכות נתונים זמינות של מערך מיקרו. GSTMS1 נמצא להיות דיפרנציאלי באופן משמעותי ב 20 מתוך 21 ערכות נתונים microarray. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/60721fig5alarge.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>מזהה תמליל</td>
			<td>תיאור/</td>
			<td>בורקינה פאסו</td>
			<td>חוף השנהב</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP006879-RA</td>
			<td>היכל הפאוס</td>
			<td>27.94</td>
			<td>43.05</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007160-RB</td>
			<td>א-crystallin</td>
			<td>11.49</td>
			<td>10.58</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007160-RC</td>
			<td>א-crystallin</td>
			<td>11.14</td>
			<td>10.38</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007160-RA</td>
			<td>א-crystallin</td>
			<td>9.78</td>
			<td>9.84</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP009110-RA</td>
			<td>לא ידוע</td>
			<td>9.26</td>
			<td>5.96</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007780-RA</td>
			<td>נדב דהידרוגנאז</td>
			<td>10.49</td>
			<td>3.77</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP006383-RA</td>
			<td>גירסת משנה מoligosaccharyltransferase מורכבת</td>
			<td>3.69</td>
			<td>5.57</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007249-RB</td>
			<td>טיסה</td>
			<td>4.61</td>
			<td>3.86</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP003357-RA</td>
			<td>מפעיל חלבון 1-RAG1</td>
			<td>4.31</td>
			<td>4.05</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007249-RA</td>
			<td>טיסה</td>
			<td>4.48</td>
			<td>3.46</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP001998-RA</td>
			<td>mRpS10</td>
			<td>3.46</td>
			<td>2.85</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP007589-RA</td>
			<td>UGT306A2</td>
			<td>2.29</td>
			<td>2.28</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP000165-RA</td>
			<td>GSTMS1</td>
			<td>1.95</td>
			<td>1.85</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP002101-RA</td>
			<td>איאולאוסייל-tRNA חומרים הבורסה</td>
			<td>0.57</td>
			<td>0.59</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP002969-RA</td>
			<td>asparaginyl-tRNA חומרים הבורסה</td>
			<td>0.45</td>
			<td>0.45</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP004199-RA</td>
			<td>הובלה משפחתית 5 (נתרן בשילוב טרנספורטר monocarboxylate אוחר), חבר 8</td>
			<td>0.35</td>
			<td>0.48</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP004684-RA</td>
			<td>rRNA-עיבוד חלבון CGR1</td>
			<td>0.36</td>
			<td>0.22</td>
		</tr>
<tr>
<td>AGAP006414-RA</td>
			<td>Cht8</td>
			<td>0.024</td>
			<td>0.36</td>
		</tr>
</tbody></table>טבלה 1: התעתיקים הדיפרנציאליות באופן משמעותי באותו כיוון שינוי מתקפל על פני אוכלוסיות בורקינה פאסו וחוף השנהב. מזהה התמליל, תיאור הגנים ושינוי הקיפול הממוצע עבור כל ערכת נתונים משתי המדינות המייצגות את ה . coluzzii ו-a. האוכלוסייה gambiae .
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>מתאם</td>
			<td>שם שיטתי</td>
			<td>תעתיק מכתב</td>
		</tr>
<tr>
<td>1</td>
			<td>AGAP000165-RA</td>
			<td>GSTMS1</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.82</td>
			<td>AGAP004904-RA</td>
			<td>קטלאז</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.76</td>
			<td>AGAP007243-RA</td>
			<td>משנה 8 של פרוטאז הרגולטורים</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.79</td>
			<td>AGAP008358-RA</td>
			<td>CYP4H17</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.76</td>
			<td>AGAP009436-RA</td>
			<td>ואלאקרוקלוביר הידרולז</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.75</td>
			<td>AGAP010739-RA</td>
			<td>גלוקוז-6-פוספט 1-דהידרוגנאז</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.85</td>
			<td>AGAP011172-RA</td>
			<td>ציסטטטין גמא-ליאז</td>
		</tr>
<tr>
<td>0.76</td>
			<td>AGAP012678-RA</td>
			<td>גלוקוז-6-פוספט 1-דהידרוגנאז</td>
		</tr>
</tbody></table>שולחן 2: התעתיקים בקורלציה עם GSTMS1. הטבלה מציגה פלט של רשת המתאם עבור GSTMS1 ב-IR-TEx עם | r | של > 0.75. הטבלה מציגה את הקורלציה, התעתיק ותיאור הגן של הספרמן עבור כל תעתיק בקורלציה משותפת.
קובץ נוסף 1: קובץ הפלט מ-MEXP-2196 מערך שנותחו על limma. הקובץ נובע מהנוק- אין לעומת מערך בקרת gfp , המתואר בפירוט רב יותר ב-Arrayexpress (E-mtab-4043) ובפרסום קודם אחר1. עמודות מייצגות את מזהה ה-AGAP (סיסטמטישם), שינוי קיפול של יומן (logFC), ערכי ביטוי יומן רישום (וכלי), סטטיסטיקת t (t), ערך p לא מתוקן (P. Value), המותאם לערך p (ת'). פ. ואל) ו-B סטטיסטיקה (ב)20. לצורך הקובץ הזה, היתושים הם אנופלס coluzzi מ חוף השנהב והם חשופים לקוטלי החרקים, עם רוחב האוסף קו האורך של-5.4 ו 6.0, בהתאמה. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/additional_file1.txt" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג קובץ זה (לחץ לחיצה ימנית כדי להוריד).</a>
קובץ נוסף 2: קובץ פלט מניסוי RNAseq. ניתוח RNAseq שנלקח מאאוהלג'י ואח '9 המתאר שינויים בטרנססקריפט של אנופלס יתושים כאשר הם חשופים ל-50% מליחות. קובץ זה מותאם מלוח S2 של הפרסום וכולל את מזהה ה-AGAP (סיסטמאיד), שינוי קיפול גולמי (Fold_Change) ומותאם לערך p (q_value). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/additional_file2.txt" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג קובץ זה (לחץ לחיצה ימנית כדי להוריד).</a>
קובץ נוסף 3: פריימר רשימה עבור תוצאות הנציג. מזהה AGAP, שם גן, dsRNA קדימה, dsRNA הפוכה, qPCR קדימה, ו-qPCR היפוך התחל סטים עבור כל תעתיק. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/additional_file3.txt" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג קובץ זה (לחץ לחיצה ימנית כדי להוריד).</a>
קידוד משלים קובץ 1. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/Supplemental_coding_File_1.R" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג קובץ זה (לחץ לחיצה ימנית כדי להוריד).</a>
קידוד משלים קובץ 2. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/Supplemental_coding_File_2.R" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג קובץ זה (לחץ לחיצה ימנית כדי להוריד).</a>
קידוד משלים קובץ 3. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60721/Supplemental_coding_File_3.R" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג קובץ זה (לחץ לחיצה ימנית כדי להוריד).</a>

Watch this Scientific Journal Video about IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae at JoVE.com

IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae

IR-TEx בוחנת התנגדות קוטל החרקים פרופילים הקשורים במין אנופלס gambiae. בתנאי להלן הוראות מלאות לשימוש ביישום, שינויים לחקר מספר מערכות הנתונים transcript מרובים, ושימוש במסגרת לבנות מסד נתונים אינטראקטיבי עבור אוספים של נתונים transcript מכל אורגניזם, שנוצר בכל פלטפורמה.

IR-TEx: שילוב נתונים קוד פתוח כלי אינטגרציה עבור נתונים גדולים הטרנססקריפט מיועד וקטור מלריה אנופלס gambiae

IR-TEx is an application written in Shiny (an R package) that allows exploration of the expression of (as well as assigning functions to) transcripts ...

פרוטוקול זה הוא משמעותי, כי זו הפעם הראשונה כי נתונים transcriptomic יתושים Anopheles Gambiae נעשה בחופשיות ובקלות נגיש במקום אחד. טכניקה זו מאפשרת לכל החוקרים, גם אלה ללא רקע בביואינפורמטיקה לגשת בחופשיות ובקלות לנתונים על הגנים האהובים עליהם ועל יתושים עמידים בפני קוטלי חרקים. כדי להתחיל, הפעל את הקישור בתחתית דף הפרוייקט של LSTM IR-TEx כדי להפעיל את יישום האינטרנט IR-Tex בדפדפן אינטרנט.לאחר אתחול דף האינטרנט, לחץ על לחצן יישום בחלק העליון של הדף, אשר יציג את היישום ואת הפלטים המשויכים. קרא כל פלט הקשור לערך ברירת המחדל בתיבה מזהה תעתיק. בחר תנאים וערכות נתונים Anopheles Coluzzii החשופות לקוטלי חרקים פירתרואידים, או לא נחשפות לכל מעמד קוטלי חרקים ותעתיקים הקשורים עם מקדם מתאם של יותר מ 0.98.כדי לחקור ביטוי של תעתיק של עניין, בחר תחילה את התמליל. לאחר מכן, הזן את מזהה התמליל לתוך תיבת מזהה התמליל, לזכור כי התמלילים מסתיימים RX תלוי isoform של עניין. בחר את ערכות הנתונים שיש לחקור על-ידי לקיחת התיבות הרלוונטיות עבור מדינות, כולל מצב חשיפה, מינים בעלי עניין ומעמד של קוטלי חרקים.ודא שקריטריונים אלה גורמים ליותר מערכות נתונים כלולות אחת. לחץ על עדכן תצוגה בתחתית תפריט הבחירה או הקש Return, תוך התעלמות מתאים מוחלטים לעת עתה. תן ליישום זמן לעדכן.בין אם זה הגרף הראשון יש את Log2 לקפל שינוי בין אוכלוסייה עמידה, ומעבדה רגישים אוכלוסיית יתושים של התמליל של עניין, על פני כל ערכת נתונים העונה על הקריטריונים שנבחרו. קרא את המידע מתחת לגרף כאשר הקיפול משתנה בין היתושים העמידים והרגישים עבור כל ערכת נתונים רלוונטית, בנוסף לערכי P המותאמים המשויכים. כל שורה מייצגת בדיקות בודדות במערך המיקרו.קרא את הטבלה הנוסף להלן, כמו מספר הניסויים שבהם התמליל של עניין הוא משמעותי, כמו גם את המספר הכולל של ניסויים התואמים את הקריטריונים שנבחרו. כדי להוריד את הנתונים בתבנית מופרדת באמצעות טאבים, לחץ על לחצן הורד מתחת לשתי הטבלאות. פעולה זו מאפשרת למשתמש לחקור נתונים בצורה קלה יותר, באמצעות תוכנית כגון Excel.כל נקודה במפה מייצגת את אתרי האיסוף המשוערים של יתושים עמידים בכל ערכת נתונים, שבהם תמליל העניין בא לידי ביטוי באופן דיפרנציאלי. הצבעים עוקבים אחר מערכת רמזורים המוסברת באפליקציה. שמור את הפלטים הגרפיים על-ידי לחיצה באמצעות לחצן העכבר הימני, לחיצה על שמירת תמונה בשם ובחירת תיקיה מתאימה.במקרה של שגיאת פלט על-ידי היישום, סביר להניח שאף ערכות נתונים לא תואמות לקריטריונים שהוינו. ניתן להשתמש במתאמים של תבניות הביטוי של תעתיקים על-פני ערכות נתונים מרובות כדי לחזות פונקציית תעתיק, ולהקל על תעתיקים מוסדרים במשותף מאותו מסלול. לפני לחיצה על עדכן תצוגה, הזז את מחוון ערך המתאם המוחלט ל- 0.85 ולחץ על עדכן תצוגה או הקש Return.בדוק את טבלת המתאם כדי למצוא את התמלילים המרובים המוצגים כעת ומתואמים עם המוקלטים והתעתיק. קרא את הטבלה מתחת לפלט הגרפי, המכילה את ערך המתאם עבור כל תעתיק. כדי להוריד את הנתונים בתבנית מופרדת באמצעות טאבים, לחץ על לחצן הורד.טפל במ המחוון של ערך המתאם המוחלט וצפה בשינויים בגרף ובטבלה התחתונים ביותר. מחרוזת נמוכה יותר של ערך המתאם תציג יותר תעתיקים, אך תציג יותר רעש. לאחר התקנת IR-TEx, פתח את קובץ הקידוד המשלים RStudio1 והפעל כל שורה כדי להגדיר את המערכת עבור IR-TEx.לאחר שכל החבילות יותקנו ויעודכנו בהצלחה כנדרש, עבור אל קובץ, פתח. אתר IR_TEx. r, להדגיש ולפתוח.זה צריך להיות גלוי כעת בחלון העליון של RStudio. כדי להפעיל את האפליקציה, לחץ על לחצן הפעל יישום בחלק השמאלי העליון של החלון. חלון שני יצץ שבו האפליקציה תיטען.לאחר השלמת הטעינה, לקבלת פונקציונליות מלאה, לחץ על פתח בדפדפן, הממוקם בחלק השמאלי העליון של החלון שנטען. המשתמש יכול להוסיף ערכות נתוני התנגדות חדשות ל- IR-TEx שנוצרו באמצעות מערך Anopheles Gambiae 15k Agilent, כמתואר בפרוטוקול TEx. פתח קובץ נוסף2.txt.קובץ מחפש RNA זה מייצג את התבנית שבה יש להתבסס על נתונים חדשים. עמודה A היא מזהה, עמודה B היא שינוי קיפול גולמי ועמודה C מותאמת לערך P. הפעל את קוד R כדי להתאים מזהים לקובץ יחיד המופרד באמצעות טאבים בפלטפורמות שונות ולאחר מכן ארגן ונרמל את הנתונים.הוראות כלולות בתוך הקובץ. כל נתיב קובץ יופרד באמצעות קו נטוי קדימה עבור Mac OS או קו נטוי כפול קדימה עבור Windows. גבה את הקובץ המקורי.פלט הקובץ המיוצר בסוף קובץ ציפוי משלים2 למיקום של בחירה לשימוש בשלב הבא. קובץ קידוד משלים2 יפלט קובץ Fold_Changes. קובץ txt.בצע את הקוד הכלול בקובץ קידוד משלים3. חפש את קובץ הפלט בשם FC_DistribPlot. png בתיקיה שצוינה נתיב קובץ.בדוק את ההפצות של Log2 Fold Change כדי לוודא שההפצות של Log2 Fold Change כמעט זהות בין ערכות נתונים. מוצג כאן ביטוי mRNA של GS TMS1 ו AGAP 009110 RA בשתי אוכלוסיות רב עמידות Anopheles Coluzzii מ Cote d'Ivoire, ו בורקינה פאסו, בהתאמה. השוואה למעבדה רגישים Anopheles Coluzzii N-Guzo גילה כי תעתיקים אלה מוסדרים באופן משמעותי בשתי אוכלוסיות מרובות עמידים נפרדים.RNA-I המושרה להפיל בוצע על יתושים ממעבדת LSTM T-Oscillae המושבה. מקורה של מושבה זו בקוט ד'איבואר, והיא עמידה בפני כל המעמדות העיקריים של קוטל חרקים המשמשים לבריאות הציבור. ההנחיה של הביטוי של GS TMS1 הביאה לעלייה משמעותית בתמותה, לאחר חשיפה דלתא Matheran, לעומת GFP מוזרק פקדים, המדגים את החשיבות של תעתיק זה בהתנגדות Pyrethroid.לעומת זאת, AGAP 009110 RA להפיל לא הביא לשינוי משמעותי בתמותה לאחר החשיפה. GST MS1 התבטא באופן משמעותי ב-20 מתוך 21 ערכות נתונים מיקרו-מערך הזמינות עבור מינים אלה. בכל מיקום, שינוי הקיפול היה גבוה משמעותית בעמידים, בהשוואה לאוכלוסיות הרגישות.כל ערכות הנתונים הן מניסויים שונים לאורך שנים רבות, ולא תוכננו לגישה נקייה המבוססת על מיקרואנליזה, ולכן ייתכן שיהיה צורך להפחית את ההמחשה הנורמלית של ערך P. הערכה נוספת של הפלה פנוטיפית יכולה להתבצע עם קוטלי חרקים אחרים, ותכונות היסטוריה של החיים. אם יש תוצאות להיראות מספיק טוב, שיתוק במורד הזרם יכול לקבוע את התפקיד של חלבון.טכניקה זו היא היישום הראשון המשלב נתונים תעתיקים על עמידות קוטלי חרקים של קומפלקס מינים Anopheles Gambiae ולהפוך אותו זמין לכל החוקרים בתחום זה.

Research

JoVE Journal

Biology

IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae

Protocol for Mosquito Rearing (A. gambiae)

Protocol for Mosquito Rearing A. gambiae

פרוטוקול לגידול יתושים (א gambiae)

This protocol describes mosquito rearing in the insectary. The insectary rooms are maintained at 28&deg;C and ~80% humidity, with a 12 hr. day/night ...

Population Replacement Strategies for Controlling Vector Populations and the Use of Wolbachia pipientis for Genetic Drive

החלפת אוכלוסייה אסטרטגיות אוכלוסיות וקטור שליטה ושימוש Wolbachia pipientis עבור כונן גנטי

In this video, Jason Rasgon discusses population replacement strategies to control vector-borne diseases such as malaria and dengue. "Population ...

Protocol for RNAi Assays in Adult Mosquitoes (A. gambiae)

Protocol for RNAi Assays in Adult Mosquitoes A. gambiae

פרוטוקול מבחני RNAi ב למבוגרים יתושים (א gambiae)

Reverse genetic approaches have proven extremely useful for determining  which genes underly resistance to vector pathogens in mosquitoes.  This video ...

Building a Better Mosquito: Identifying the Genes Enabling Malaria and Dengue Fever Resistance in A. gambiae and A. aegypti Mosquitoes

בניית יתוש עדיף: זיהוי הגנים הפעלת מלריה קדחת דנגי ההתנגדות ב א gambiae וא aegypti יתושים

In this interview, George Dimopoulos focuses on the physiological mechanisms used by mosquitoes to combat Plasmodium falciparum and dengue virus ...

Workflow for High-content, Individual Cell Quantification of Fluorescent Markers from Universal Microscope Data, Supported by Open Source Software

זרימת עבודה עבור גבוהה תוכן, כימות תא יחידה של פלורסנט סמנים מUniversal מיקרוסקופים נתונים, הנתמכים על ידי תוכנות קוד פתוחות

Advances in understanding the control mechanisms governing the behavior of cells in adherent mammalian tissue culture models are becoming increasingly ...

RNAi Trigger Delivery into Anopheles gambiae Pupae

RNAi Trigger Delivery into Anopheles gambiae Pupae

RNAi טריגר משלוח לתוך<em&gt; Gambiae אנופלס</em&gt; גלמים

RNA interference (RNAi), a naturally occurring phenomenon in eukaryotic organisms, is an extremely valuable tool that can be utilized in the laboratory ...

Open-source Single-particle Analysis for Super-resolution Microscopy with VirusMapper

ניתוח קוד פתוח Single-חלקיק למיקרוסקופיה סופר-רזולוציה עם VirusMapper

Super-resolution fluorescence microscopy is currently revolutionizing cell biology research. Its capacity to break the resolution limit of around 300 nm ...

An Efficient In Vitro Transposition Method by a Transcriptionally Regulated Sleeping Beauty System Packaged into an Integration Defective Lentiviral Vector

An Efficient In Vitro Transposition Method by a Transcriptionally Regulated Sleeping Beauty System Packaged into an Integration Defective Lentiviral Vector

שיטת טרנספוזיציה יעיל במבחנה על-ידי מערכת יופי ישן Transcriptionally מוסדרים הארוזים לתוך וקטור Lentiviral פגומים אינטגרציה

The Sleeping Beauty (SB) transposon is a non-viral integrating system with proven efficacy for gene transfer and functional genomics. To optimize the SB ...

Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

ליישר תולעת Worm_CP, שני צינורות קוד פתוח ליישור וכימות של נתוני תמונה פלואורסצנטיים המתקבלים מ- Caenorhabditis elegans

An issue often encountered when acquiring image data from fixed or anesthetized C. elegans is that worms cross and cluster with their neighbors. This ...