Name: ir-tex: an open source data integration tool for big data transcriptomics designed for the malaria vector anopheles gambiae
Uploaded: 2020-01-15T13:00:00
Duration: 8 min 22 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae at JoVE.com

Эта работа была профинансирована MRC Навыки развития стипендий V.I. (MR/R024839/1) и Королевского общества Вызовы Грант (CH160059) в H.R.

<ol>
	<li>Ingham, V. A., Wagstaff, S., Ranson, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptomic+meta-signatures+identified+in+Anopheles+gambiae+populations+reveal+previously+undetected+insecticide+resistance+mechanisms.">Transcriptomic meta-signatures identified in Anopheles gambiae populations reveal previously undetected insecticide resistance mechanisms.</a> Nature Communications. 9 (1), 5282 (2018).</li><li>Chang, W., Cheng, J., Allaire, J., Xie, Y., McPherson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> shiny: Web Application Framework for R. , (2017).</li><li>Bhatt, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+malaria+control+on+Plasmodium+falciparum+in+Africa+between+2000+and+2015.">The effect of malaria control on Plasmodium falciparum in Africa between 2000 and 2015.</a> Nature. 526 (7572), 207-211 (2015).</li><li>Ranson, H., Lissenden, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insecticide+Resistance+in+African+Anopheles+Mosquitoes:+A+Worsening+Situation+that+Needs+Urgent+Action+to+Maintain+Malaria+Control.">Insecticide Resistance in African Anopheles Mosquitoes: A Worsening Situation that Needs Urgent Action to Maintain Malaria Control.</a> Trends in Parasitology. 32 (3), 187-196 (2016).</li><li>Donnelly, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Does+kdr+genotype+predict+insecticide-resistance+phenotype+in+mosquitoes.">Does kdr genotype predict insecticide-resistance phenotype in mosquitoes.</a> Trends in Parasitology. 25 (5), 213-219 (2009).</li><li>Stevenson, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytochrome+P450+6M2+from+the+malaria+vector+Anopheles+gambiae+metabolizes+pyrethroids:+Sequential+metabolism+of+deltamethrin+revealed.">Cytochrome P450 6M2 from the malaria vector Anopheles gambiae metabolizes pyrethroids: Sequential metabolism of deltamethrin revealed.</a> Insect Biochemistry and Molecular Biology. 41 (7), 492-502 (2011).</li><li>M&#252;ller, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Field-Caught+Permethrin-Resistant+Anopheles+gambiae+Overexpress+CYP6P3,+a+P450+That+Metabolises+Pyrethroids.">Field-Caught Permethrin-Resistant Anopheles gambiae Overexpress CYP6P3, a P450 That Metabolises Pyrethroids.</a> PLoS Genetics. 4 (11), 1000286 (2008).</li><li>Huang, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+DAVID+Gene+Functional+Classification+Tool:+a+novel+biological+module-centric+algorithm+to+functionally+analyze+large+gene+lists.">The DAVID Gene Functional Classification Tool: a novel biological module-centric algorithm to functionally analyze large gene lists.</a> Genome Biology. 8 (9), 183 (2007).</li><li>Uyhelji, H. A., Cheng, C., Besansky, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptomic+differences+between+euryhaline+and+stenohaline+malaria+vector+sibling+species+in+response+to+salinity+stress.">Transcriptomic differences between euryhaline and stenohaline malaria vector sibling species in response to salinity stress.</a> Molecular Ecology. 25 (10), 2210-2225 (2016).</li><li>Edi, C. V., Benjamin, K. G., Jones, C. M., Weetman, D., Ranson, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-Insecticide+Resistance+in+Anopheles+gambiae+Mosquitoes,+Southern+C&#244;te+d&#8217;Ivoire.">Multiple-Insecticide Resistance in Anopheles gambiae Mosquitoes, Southern C&#244;te d&#8217;Ivoire.</a> Emerging Infectious Diseases. 18 (9), 1508-1511 (2012).</li><li>Ding, Y., Ortelli, F., Rossiter, L., Hemingway, J., Ranson, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Anopheles+gambiae+glutathione+transferase+supergene+family:+annotation,+phylogeny+and+expression+profiles.">The Anopheles gambiae glutathione transferase supergene family: annotation, phylogeny and expression profiles.</a> BMC Genomics. 4 (1), 1-16 (2003).</li><li>Enayati, A. A., Ranson, H., Hemingway, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insect+glutathione+transferases+and+insecticide+resistance.">Insect glutathione transferases and insecticide resistance.</a> Insect Molecular Biology. 14 (1), 3-8 (2005).</li><li>Ranson, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+novel+class+of+insect+glutathione+S-transferases+involved+in+resistance+to+DDT+in+the+malaria+vector+Anopheles+gambiae.">Identification of a novel class of insect glutathione S-transferases involved in resistance to DDT in the malaria vector Anopheles gambiae.</a> The Biochemical Journal. 359, 295-304 (2001).</li><li>Riveron, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+single+mutation+in+the+GSTe2+gene+allows+tracking+of+metabolically+based+insecticide+resistance+in+a+major+malaria+vector.">A single mutation in the GSTe2 gene allows tracking of metabolically based insecticide resistance in a major malaria vector.</a> Genome Biology. 15 (2), 27 (2014).</li><li>Pavlidi, N., Vontas, J., Van Leeuwen, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+glutathione+S-transferases+(GSTs)+in+insecticide+resistance+in+crop+pests+and+disease+vectors.">The role of glutathione S-transferases (GSTs) in insecticide resistance in crop pests and disease vectors.</a> Current Opinion in Insect Science. 27, 97-102 (2018).</li><li>Salvemini, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+glutathione+levels+and+oxidoresistance+mediated+by+increased+glucose-6-phosphate+dehydrogenase+expression.">Enhanced glutathione levels and oxidoresistance mediated by increased glucose-6-phosphate dehydrogenase expression.</a> Journal of Biological Chemistry. 274 (5), 2750-2757 (1999).</li><li>Deplancke, B., Gaskins, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Redox+control+of+the+transsulfuration+and+glutathione+biosynthesis+pathways.">Redox control of the transsulfuration and glutathione biosynthesis pathways.</a> Current Opinion in Clinical Nutrition &amp; Metabolic Care. 5 (1), (2002).</li><li>Puente, X. S., L&#243;pez-Otn, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cloning+and+expression+analysis+of+a+novel+human+serine+hydrolase+with+sequence+similarity+to+prokaryotic+enzymes+involved+in+the+degradation+of+aromatic+compounds.">Cloning and expression analysis of a novel human serine hydrolase with sequence similarity to prokaryotic enzymes involved in the degradation of aromatic compounds.</a> Journal of Biological Chemistry. 270 (21), 12926-12932 (1995).</li><li>Riveron, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+transcription+and+functional+analyses+reveal+heterogeneous+molecular+mechanisms+driving+pyrethroids+resistance+in+the+major+malaria+vector+Anopheles+funestus+across+Africa.">Genome-wide transcription and functional analyses reveal heterogeneous molecular mechanisms driving pyrethroids resistance in the major malaria vector Anopheles funestus across Africa.</a> G3: Genes, Genomes, Genetics. 7 (6), 1819-1832 (2017).</li><li>Smyth, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Linear+models+and+empirical+bayes+methods+for+assessing+differential+expression+in+microarray+experiments.">Linear models and empirical bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments.</a> Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology. 3 (1), 3 (2004).</li></ol>

Авторам нечего раскрывать.

Транскриптомика больших данных создает списки тысяч стенограмм, которые дифферезационно выражены для каждого экспериментального состояния. Многие из этих экспериментов проводятся на родственных организмах и фенотипах и почти исключительно анализируются как независимые эксперименты. Использование этих богатых источников данных путем изучения данных целостно и без теоретических предположений приведет к идентификации новых стенограмм кандидатов и 2) предотвратить отбрасывание ценных данных просто потому, что есть слишком много информации для проверки в vivo1.
IR-TEx предоставляет пользователям ограниченный фон биоинформатики с возможностью легко изучить несколько наборов данных, визуализировать изменения в наборах данных и загрузить связанную информацию1. Хотя IR-TEx не поддерживает поиск более одной стенограммы в каждом поиске, пользователи могут изучить связанные файлы Fold_Changes.txt просто с помощью Excel, R или других соответствующих программ. Дальнейшая полезность IR-TEx проистекает из использования корреляционных сетей для прогнозирования функции транскрипта, ввода гипотетических белков или транскриптов с неизвестными функциями и использования программного обеспечения ниже по течению для поиска обогащений1.
В примере, показанном в этом протоколе, ИК-TEx используется в соответствии с его первоначальной функцией. Здесь она позволяет исследовать транскрипты, связанные с устойчивостью к инсектицидам, и визуализировать распределение чрезмерной и недостаточной экспрессии с помощью картографической графики. Стенограммы интереса проверяются in vivo, чтобы определить, способствует ли чрезмерное или недостаточное выражение данных стенограмм в наблюдаемом фенотипе1 (например, резистентность к инсектицидам). Здесь было продемонстрировано, как сообщалось ранее1, что набор данных может быть использован в подходе, ориентированном на гипотезу, для выявления стенограмм, представляющих интерес, на страновой основе. IR-TEx затем может быть использован для 1) изучить выражение стенограммы и 2) контекстуализировать функцию стенограммы, применяя парную корреляционную сеть во всех транскриптах, содержащихся в каждом наборе данных - omics. Здесь было показано, что GSTMS1 со-коррелирует с рядом других стенограмм, причастных к детоксикации. Эти данные (наряду с нокдауном стенограммы, что привело к значительному увеличению смертности после воздействия инсектицидов) демонстрирует важность этой стенограммы в ксенобиотик испуг.
IR-TEx представляет собой ценный ресурс для изучения инсектицидных транскриптов, связанных с устойчивостью к интернету или с использованием местных приложений. Этот протокол демонстрирует, как модифицировать IR-TEx для различных платформ, а также совершенно новых данных. Руководство иллюстрирует, как использовать IR-TEx для интеграции данных из нескольких платформ и наборов данных с недостающими данными, а также как перекодировать IR-TEx просто так полезно для тех, кто изучает транскриптомические наборы данных.

Способность измерять экспрессию большого количества транскриптов одновременно с помощью платформ microarray и технологии RNAseq привела к генерации обширных наборов данных, связывающих выражение транскрипта с определенным фенотипом как в модели, так и в немодельных организмах. Эти наборы данных являются чрезвычайно богатым ресурсом для исследователей, мощность которых может быть увеличена за счет объединения соответствующих наборов в подходе интеграции больших данных. Однако эта методология ограничивается теми, кто имеет особые навыки биоинформатики. Описана здесь программа, IR-TEx (ранее опубликованные Ingham et al.1), которая написана в пакете R под названием Shiny2 и позволяет пользователям с небольшим обучением биоинформатики интегрировать и допрашивать эти наборы данных с относительной легкостью.
IR-TEx, найденный в <a href="http://www.lstmed.ac.uk/projects/IR-TEx" target="_blank">http://www.lstmed.ac.uk/projects/IR-TEx</a>, был написан для изучения стенограммы, связанные с устойчивостью к инсектицидам в Anopheles gambiae, основной африканский вектор малярии1. Малярия является паразитарным заболеванием, вызванным видами плазмодия, передаваемым между людьми через укусы самок комаров Anopheles. Нацеливание переносчика комаров с помощью инсектицидов оказалось наиболее эффективным средством предотвращения заболеваемости и смертности, связанной с малярией, в Африке. Расширение масштабов инструментов (т.е. длительных инсектицидных сеток) также сыграло решающую роль в резком сокращении числа случаев заболевания малярией с 2000 года3. С очень ограниченным числом инсектицидов доступны, существует сильное эволюционное давление на комаров, и устойчивость в настоящее время широко распространена в африканских переносчиков малярии4.
Кроме того, целевыемутации 5 и метаболическое оформление инсектицидов6,7 остаются первичными изученными механизмами резистентности, но другие сильно устойчивые механизмы в настоящее время появляются1. Многие из этих новых механизмов ранее не были связаны с устойчивостью к инсектицидам, но были обнаружены в ходе поиска общих моделей экспрессии генов в нескольких устойчивых популяциях с помощью приложения IR-TEx и впоследствии функционально проверены подходами к геномике1.
Описано здесь пошаговым подходом к использованию ИК-TEx, как в Интернете, так и при локальном установлении. Протокол описывает, как новые наборы данных устойчивости к инсектицидам могут быть интегрированы в существующий пакет, и объясняет, как работать с отсутствующими данными. Наконец, он описывает, как использовать это программное обеспечение с другими наборами данных- omics, которые не связаны с устойчивостью к инсектицидам, тем самым комбинируя данные из различных подходов- omics, а также работает с недостающими значениями и нормализацией, так что данные сопоставимы.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Laptop with browser</td>
			<td>Any</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>R Program</td>
			<td>The R Project for Statistical Computing</td>
			<td>-</td>
			<td><a href="https://www.r-project.org/" target="_blank">https://www.r-project.org/</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>R Studio</td>
			<td>R Studio</td>
			<td>-</td>
			<td><a href="https://www.rstudio.com/" target="_blank">https://www.rstudio.com/</a></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

ir-tex: an open source data integration tool for big data transcriptomics designed for the malaria vector anopheles gambiae

IR-TEx это приложение, написанное в Shiny (пакет R), которое позволяет исследовать выражение (а также назначение функций) стенограммы, выражение которых связано с фенотипами устойчивости к инсектицидам у комаров Anopheles gambiae. Приложение может быть использовано в Интернете или загружены и использованы локально кем-либо. Локальное приложение может быть изменено для добавления новых наборов данных устойчивости к инсектицидам, генерируемых с нескольких платформ. В этом руководстве показано, как добавлять новые наборы данных и обрабатывать недостающие данные. Кроме того, IR-TEx можно полностью и легко перекодировать для использования в наборах данных из любых экспериментальных данных, что делает его ценным ресурсом для многих исследователей. Протокол иллюстрирует полезность IR-TEx в выявлении новых кандидатов на устойчивость к инсектицидам с использованием микросомальной глутатионной трансферазы, GSTMS1, в качестве примера. Эта стенограмма регулируется в нескольких пылетроидных устойчивых популяций из Кот-д'Ивуара и Буркина-Фасо. Идентификация связанных между собой стенограмм обеспечивает дальнейшее понимание преоснательных ролей этого гена.

Watch this Scientific Journal Video about IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae at JoVE.com

IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae

IR-TEx исследует инсектицидной устойчивости связанных транскрипционных профилей в видов Anopheles gambiae. Здесь приведены полные инструкции по использованию приложения, модификации для изучения нескольких транскриптомических наборов данных, а также использование платформы для создания интерактивной базы данных для коллекций транскриптомических данных из любого организма, генерируемых на любой платформе.

IR-TEx: Инструмент интеграции данных с открытым исходным кодом для транскриптомики больших данных, предназначенный для гамбии переносчика малярии Anopheles

IR-TEx is an application written in Shiny (an R package) that allows exploration of the expression of (as well as assigning functions to) transcripts ...

Этот протокол имеет важное значение, поскольку это первый случай, когда транскрипционные данные комаров Anopheles Gambiae были сделаны свободно и легко доступными в одном месте. Этот метод позволяет всем исследователям, даже тем, кто не имеет опыта работы в биоинформатике, свободно и легко получить доступ к данным экспрессии своих любимых генов и устойчивых к инсектицидам комаров. Для начала перейдите по ссылке в нижней части страницы проекта LSTM IR-TEx для запуска веб-приложения IR-Tex в веб-браузере.Как только веб-страница инициализирована, нажмите кнопку Приложения в верхней части страницы, которая будет отображать приложение и связанные с ним выходы. Прочитайте каждый вывод, связанный с записью по умолчанию, в поле идентификации стенограммы. Выберите условия и наборы данных Anopheles Coluzzii, которые подвергаются воздействию инсектицидов пиретроидов или не подвергаются воздействию какого-либо класса инсектицидов и связанных с ними стенограмм с коэффициентом корреляции более 0,98.Чтобы изучить выражение интересной стенограммы, сначала выберите стенограмму. Затем вввести идентификатор стенограммы в поле идентификации стенограммы, помня, что стенограммы заканчиваются в RX, зависящих от изоформы интереса. Выберите наборы данных для допроса, взяв соответствующие коробки для стран, включая статус экспозиции, виды, представляющие интерес, и класс интересов инсектицидов.Убедитесь, что эти критерии приводят к большему, чем один включенный набор данных. Нажмите Обзор обновления в нижней части меню выбора или нажмите Return, игнорируя абсолютное значение корреляции на данный момент. Дайте приложению время для обновления.Будь то первый график имеет Log2 Fold Изменение между резистентной популяции, и лаборатории восприимчивы комаров населения стенограммы интересов, через каждый набор данных, который отвечает выбранным критериям. Прочитайте информацию ниже графика, как складка изменения между устойчивыми и восприимчивыми комаров для каждого соответствующего набора данных, в дополнение к ассоциированным скорректированным значениям P. Каждая строка представляет отдельные зонды на микро массиве.Прочитайте дополнительную таблицу ниже, как количество экспериментов, в которых стенограмма представляет интерес является значительным, а также общее количество экспериментов, соответствующих выбранным критериям. Чтобы загрузить данные в формате, разделенном вкладкой, нажмите кнопку Загрузка под двумя таблицами. Это позволяет пользователю исследовать данные более просто, используя такую программу, как Excel.Каждая точка на карте представляет собой приблизительные места сбора устойчивых комаров в каждом наборе данных, в котором дифференцированно выражена стенограмма интереса. Цвета следуют за системой светофора, которая объясняется в приложении. Сохраните графические выходы, нажав правой кнопкой мыши, нажав Сохранить изображение as и выбрав соответствующую папку.В случае ошибки вывода приложением вполне вероятно, что наборы данных не соответствуют вводимым критериям. Корреляции моделей выражения стенограмм в нескольких наборах данных могут быть использованы для прогнозирования функции транскрипции и потенциально проясняют корегулированные стенограммы с одного и того же пути. Перед нажатием просмотр обновления переместите слайдер абсолютного значения корреляции на 0,85 и нажмите Update View или нажмите Return.Изучите таблицу корреляции, чтобы найти несколько стенограмм, которые теперь отображаются и коррелируют с вводом и стенограммой. Прочитайте таблицу ниже графического вывода, который содержит значение корреляции для каждой стенограммы. Чтобы загрузить данные в формате, разделенном вкладкой, нажмите кнопку Загрузка.Манипулируйте слайдером абсолютного значения корреляции и наблюдайте за любыми изменениями в нижней части наиболее графика и таблицы. Более низкая строка значения корреляции покажет больше стенограмм, но введет больше шума. После установки IR-TEx откройте RStudio Supplemental Coding File1 и запустите каждую строку для настройки системы для IR-TEx.После того, как все пакеты будут успешно установлены и обновлены по мере необходимости, перейдите в File, Open. Найдите IR_TEx. г, выделить и открыть.Теперь это должно быть видно в верхнем окне RStudio. Чтобы запустить приложение, нажмите кнопку Run App в правом верхнем правом верхнем справа от окна. Всплывает второе окно, в котором приложение будет загружаться.Как только загрузка завершена, для полной функциональности щелкните Open in Browser, расположенный в правом верхнем правом верхнем справа от загруженного окна. Пользователь может добавлять новые наборы данных сопротивления в ИК-TEx, генерируемые с помощью массива Anopheles Gambiae 15k Agilent, как описано в протоколе TEx. Откройте дополнительный файл2.txt.Этот файл RNA seek представляет собой шаблон, в котором должны основываться новые данные. Колонка А является идентификатором, столбец B является необработанным изменением фолд, а столбец C скорректирован значением P. Запустите код R, чтобы сопоставить идентификаторы в единый файл с делимитацией вкладок на разных платформах, а затем организуйте и нормализуйте данные.Инструкции содержатся в файле. Любой путь файла будет разделен вперед черту для Mac OS или двойной вперед черту для Windows. Резервное копирование исходного файла.Вывод файла, произведенного в конце дополнительного покрытия File2 в место выбора для использования на следующем этапе. Дополнительное кодирование File2 приведет к выходу нового Fold_Changes. txt файл.Выполните код, содержащийся в дополнительном кодируя File3. Найдите выводной файл под названием FC_DistribPlot. png в папке, указанной как путь файла.Проверьте дистрибутивы Log2 Fold Change, чтобы убедиться, что дистрибутивы Log2 Fold Change почти идентичны в наборах данных. Здесь показано выражение мРНК GS TMS1 и AGAP 009110 RA в двух многоустойчивых популяциях анофелес-колуцций из Кот-д'Ивуара и Буркина-Фасо, соответственно. Сравнение с лабораторией восприимчивых Anopheles Coluzzii N-Guzo показали, что эти стенограммы значительно up-regulated в двух отдельных многостойких популяций.РНК-I индуцированных сбить было выполнено на комаров из лаборатории LSTM T-Oscillae колонии. Эта колония происходит из Кот-д'Ивуара и устойчива ко всем основным классам инсектицидов, используемых в общественном здравоохранении. Снижение экспрессии GS TMS1 привело к значительному увеличению смертности после воздействия Дельта Матеран, по сравнению с GFP вводили элементы управления, демонстрируя важность этой стенограммы в pyrethroid сопротивления.И наоборот, AGAP 009110 RA сбить привело к никаким значительным изменениям в смертности после воздействия. GST MS1 был значительно более выражен в 20 из 21 микро-массив наборов данных, доступных для этих видов. В каждом месте, Складка Изменение было значительно выше в устойчивых, по сравнению с восприимчивыми популяциями.Все наборы данных являются результатом различных экспериментов на протяжении многих лет и не были разработаны для чистого подхода, основанного на микроанализе, поэтому может потребоваться снизить нормальную строку значения P. Далее фенотипические сбить оценки могут быть выполнены с другими инсектицидами, и черты истории жизни. Если есть результаты выглядят достаточно хорошо, вниз по течению паразитации может определить роль белка.Этот метод является первым приложением для интеграции транскриптомных данных об устойчивости инсектицидов комплекса видов Anopheles Gambiae и сделать его доступным для всех исследователей в этой области.

Research

JoVE Journal

Biology

IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae

Protocol for Mosquito Rearing (A. gambiae)

Protocol for Mosquito Rearing A. gambiae

Протокол Mosquito воспитание (А. gambiae)

This protocol describes mosquito rearing in the insectary. The insectary rooms are maintained at 28&deg;C and ~80% humidity, with a 12 hr. day/night ...

Population Replacement Strategies for Controlling Vector Populations and the Use of Wolbachia pipientis for Genetic Drive

Население Замена стратегий борьбы с векторным населения и использование Wolbachia pipientis генной Drive

In this video, Jason Rasgon discusses population replacement strategies to control vector-borne diseases such as malaria and dengue. "Population ...

Protocol for RNAi Assays in Adult Mosquitoes (A. gambiae)

Protocol for RNAi Assays in Adult Mosquitoes A. gambiae

Протокол Анализы RNAi у взрослых комаров (А. gambiae)

Reverse genetic approaches have proven extremely useful for determining  which genes underly resistance to vector pathogens in mosquitoes.  This video ...

Building a Better Mosquito: Identifying the Genes Enabling Malaria and Dengue Fever Resistance in A. gambiae and A. aegypti Mosquitoes

Строительство Лучше Mosquito: Идентификация генов Включение малярия и лихорадка денге Сопротивления в gambiae А. и А. aegypti комаров

In this interview, George Dimopoulos focuses on the physiological mechanisms used by mosquitoes to combat Plasmodium falciparum and dengue virus ...

Workflow for High-content, Individual Cell Quantification of Fluorescent Markers from Universal Microscope Data, Supported by Open Source Software

Workflow для высокого содержания, отдельная клетка количественной флуоресцентных маркеров из Всеобщей микроскоп данных, поддерживаемые ПО с открытым кодом

Advances in understanding the control mechanisms governing the behavior of cells in adherent mammalian tissue culture models are becoming increasingly ...

RNAi Trigger Delivery into Anopheles gambiae Pupae

RNAi Trigger Delivery into Anopheles gambiae Pupae

RNAi Trigger поставки в<em&gt; Anopheles gambiae</em&gt; Куколки

RNA interference (RNAi), a naturally occurring phenomenon in eukaryotic organisms, is an extremely valuable tool that can be utilized in the laboratory ...

Open-source Single-particle Analysis for Super-resolution Microscopy with VirusMapper

С открытым исходным кодом Анализ Одночастичного для супер-разрешение микроскопии с VirusMapper

Super-resolution fluorescence microscopy is currently revolutionizing cell biology research. Its capacity to break the resolution limit of around 300 nm ...

An Efficient In Vitro Transposition Method by a Transcriptionally Regulated Sleeping Beauty System Packaged into an Integration Defective Lentiviral Vector

An Efficient In Vitro Transposition Method by a Transcriptionally Regulated Sleeping Beauty System Packaged into an Integration Defective Lentiviral Vector

Эффективным в Vitro транспонирования метод транскрипционно регулируемых Спящая красоты системой упакованы в дефектных лентивирусные вектор интеграции

The Sleeping Beauty (SB) transposon is a non-viral integrating system with proven efficacy for gene transfer and functional genomics. To optimize the SB ...

Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

Червь выравнивания и Worm_CP, два трубопровода с открытым исходным кодом для выпрямления и количественной оценки флуоресценции изображения данных, полученных от Caenorhabditis elegans

An issue often encountered when acquiring image data from fixed or anesthetized C. elegans is that worms cross and cluster with their neighbors. This ...

Effective Oral RNA Interference (RNAi) Administration to Adult Anopheles gambiae Mosquitoes

Effective Oral RNA Interference RNAi Administration to Adult Anopheles gambiae Mosquitoes

Эффективное пероральное введение РНК-интерференции (РНКи) взрослым комарам Anopheles gambiae

RNA interference has been a heavily utilized tool for reverse genetic analysis for two decades. In adult mosquitoes, double-stranded RNA (dsRNA) ...