Name: high-accuracy correction of 3d chromatic shifts in the age of super-resolution biological imaging using chromagnon
Uploaded: 2020-06-16T14:00:00
Duration: 8 min 18 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-Accuracy Correction of 3D Chromatic Shifts in the Age of Super-Resolution Biological Imaging Using Chromagnon at JoVE.com

Это исследование было поддержано JSPS KAKENHI Грант номера JP19H03202 до A.M., JP18H05528 и JP17H03636 до T.H., и JP17H01444 и JP18H05533 до H.Y. L.S. признают поддержку Добро пожаловать Целевой Стратегические награды 091911 и 107457 / / 15 / » финансирование передовых изображений в Micron Оксфорд.

<ol>
	<li>Schermelleh, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Super-resolution+microscopy+demystified.">Super-resolution microscopy demystified.</a> Nature Cell Biology. 21 (1), 72-84 (2019).</li><li>Manders, E. M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatic+shift+in+multicolour+confocal+microscopy.">Chromatic shift in multicolour confocal microscopy.</a> Journal of Microscopy. 185 (3), 321-328 (1997).</li><li>Matsuda, A., Schermelleh, L., Hirano, Y., Haraguchi, T., Hiraoka, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+and+fiducial-marker-free+correction+for+three-dimensional+chromatic+shift+in+biological+fluorescence+microscopy.">Accurate and fiducial-marker-free correction for three-dimensional chromatic shift in biological fluorescence microscopy.</a> Scientific Reports. 8 (1), 7583 (2018).</li><li>Gr&#252;nwald, D., Singer, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+imaging+of+labelled+endogenous+&#946;-actin+mRNA+during+nucleocytoplasmic+transport.">In vivo imaging of labelled endogenous &#946;-actin mRNA during nucleocytoplasmic transport.</a> Nature. 467 (7315), 604-607 (2010).</li><li>Betzig, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+intracellular+fluorescent+proteins+at+nanometer+resolution.">Imaging intracellular fluorescent proteins at nanometer resolution.</a> Science. 313 (5793), 1642-1645 (2006).</li><li>Rust, M. J., Bates, M., Zhuang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sub-diffraction-limit+imaging+by+stochastic+optical+reconstruction+microscopy+(STORM).">Sub-diffraction-limit imaging by stochastic optical reconstruction microscopy (STORM).</a> Nature Methods. 3 (10), 793-795 (2006).</li><li>Chen, F., Tillberg, P. W., Boyden, E. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expansion+microscopy.">Expansion microscopy.</a> Science. 347 (6221), 543-548 (2015).</li><li>Kraus, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+3D+structured+illumination+microscopy+of+nuclear+structures.">Quantitative 3D structured illumination microscopy of nuclear structures.</a> Nature Protocols. 2, 1011-1028 (2017).</li><li>Hell, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Far-Field+Optical+Nanoscopy.">Far-Field Optical Nanoscopy.</a> Science. 316 (5828), 1153-1158 (2007).</li><li>Gustafsson, M. G. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surpassing+the+lateral+resolution+limit+by+a+factor+of+two+using+structured+illumination+microscopy.">Surpassing the lateral resolution limit by a factor of two using structured illumination microscopy.</a> Journal of Microscopy. 198 (2), 82-87 (2000).</li><li>Schulz, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resolution+doubling+in+fluorescence+microscopy+with+confocal+spinning-disk+image+scanning+microscopy.">Resolution doubling in fluorescence microscopy with confocal spinning-disk image scanning microscopy.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of United States of America. 110 (52), 21000-21005 (2013).</li><li>M&#252;ller, C. B., Enderlein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Image+Scanning+Microscopy.">Image Scanning Microscopy.</a> Physical Review Letters. 104 (19), 198101 (1981).</li><li>Hayashi, S., Okada, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrafast+superresolution+fluorescence+imaging+with+spinning+disk+confocal+microscope+optics.">Ultrafast superresolution fluorescence imaging with spinning disk confocal microscope optics.</a> Molecular Biology of the Cell. 26 (9), 1743-1751 (2015).</li><li>Yorifuji, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Emerin,+deficiency+of+which+causes+Emery-Dreifuss+muscular+dystrophy,+is+localized+at+the+inner+nuclear+membrane.">Emerin, deficiency of which causes Emery-Dreifuss muscular dystrophy, is localized at the inner nuclear membrane.</a> Neurogenetics. 1 (2), 135-140 (1997).</li><li>Woods, A., Sherwin, T., Sasse, R., MacRae, T. H., Baines, A. J., Gull, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Definition+of+individual+components+within+the+cytoskeleton+of+Trypanosoma+brucei+by+a+library+of+monoclonal+antibodies.">Definition of individual components within the cytoskeleton of Trypanosoma brucei by a library of monoclonal antibodies.</a> Journal of Cell Science. 93 (3), 491-500 (1989).</li><li>Tokunaga, M., Imamoto, N., Sakata-Sogawa, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+inclined+thin+illumination+enables+clear+single-molecule+imaging+in+cells.">Highly inclined thin illumination enables clear single-molecule imaging in cells.</a> Nature Methods. 5 (2), 159-161 (2008).</li><li>Rueden, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ImageJ2:+ImageJ+for+the+next+generation+of+scientific+image+data.">ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data.</a> BMC Bioinformatics. 18 (1), 529 (2017).</li><li>McKinney, S. A., Murphy, C. S., Hazelwood, K. L., Davidson, M. W., Looger, L. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+bright+and+photostable+photoconvertible+fluorescent+protein+for+fusion+tags.">A bright and photostable photoconvertible fluorescent protein for fusion tags.</a> Nature Methods. 6 (2), 131-133 (2009).</li><li>Sawin, K. E., Nurse, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Photoactivation+of+green+fluorescent+protein.">Photoactivation of green fluorescent protein.</a> Current Biology. 7 (10), 606-607 (1997).</li><li>Elowitz, M. B., Surette, M. G., Wolf, P. E., Stock, J., Leibler, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Photoactivation+turns+green+fluorescent+protein+red.">Photoactivation turns green fluorescent protein red.</a> Current Biology. 7 (10), 809-812 (1997).</li></ol>

Авторам нечего раскрывать.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>16% formaldehyde solution</td>
			<td>Polyscience</td>
			<td>18814-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>35 mm glass-bottom dish</td>
			<td>MatTek</td>
			<td>P35G-1.5-10-C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 405 phalloidin</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A30104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 488 phalloidin</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A12379</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 594 phalloidin</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A12381</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine Serum</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>16170078</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coverslip</td>
			<td>Matsunami</td>
			<td>No. 1S HT</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DAPI (4&#39;,6-Diamidino-2-Phenylindole, Dihydrochloride)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>D1306</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#8217;s Modified Eagle Medium with L-Gln and sodium pyruvate</td>
			<td>Nacalai Tesque</td>
			<td>08458-16</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mounting medium (VECTASHIELD)</td>
			<td>Vector Laboratories</td>
			<td>H-1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mouse anti-tubulin monoclonal antibody (TAT1)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Described in Ref 15.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nunc Lab-Tek II chambered coverglass (8 well)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>155409</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rabbit anti-emerin polyclonal antibody (ED1)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>A gift from Hiroshi Yorifuji, Gunma University, Gunma, Japan and Kiichi Arahata, National Center of Neurology and Psychiatry, Tokyo, Japan; deceased.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Secondary antibody with Alexa Fluor 488</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A-11034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Secondary antibody with Alexa Fluor 555</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A-21424</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Secondary antibody with Alexa Fluor 594</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A-11032</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TetraSpeck Microspheres, 0.2 &#181;m</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>T7280</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-accuracy correction of 3d chromatic shifts in the age of super-resolution biological imaging using chromagnon

Количественная многоцветная флуоресценция микроскопия опирается на тщательное пространственное сопоставление цветных каналов, приобретенных на разных длинах волн. Из-за хроматической аберрации и несовершенного выравнивания камер изображения, полученные в каждом канале, могут быть сдвинуты и увеличены, а также повернуты по отношению друг к другу в любом из трех измерений. С помощью классического метода калибровки хроматические сдвиги измеряются многоцветными бусинками, прикрепленными к поверхности крышки, и имеется ряд программ для измерения хроматических сдвигов от таких образцов калибровки. Тем не менее, хроматической аберрации может варьироваться с глубиной, изменения с условиями наблюдения и быть вызваны биологическим образцом себя, тем самым препятствуя определению истинного количества хроматических сдвиг в образце интереса и по объему. Исправление хроматических сдвигов с более высокой точностью особенно актуально для микроскопии супер-разрешения, где только незначительные хроматические сдвиги могут повлиять на количественный анализ и изменить интерпретацию многоцветных изображений. Мы разработали программное обеспечение с открытым исходным кодом Chromagnon и сопутствующие методы для измерения и коррекции 3D хроматических сдвигов в биологических образцах. Здесь мы предоставляем подробный протокол применения, который включает в себя специальные требования для подготовки образца, получения данных и обработки программного обеспечения для измерения хроматических сдвигов в биологических образцах, представляющих интерес.

Пример коррекции хроматической смены с помощью эталонного изображения crosstalk показан на рисунке 5. Изображение было получено с помощью широкоугольного микроскопа, оснащенного одной камерой. Флуоресценция излучения от DAPI была использована в качестве эталона(рисунок 5A,B)для коррекции синего, зеленого и красного каналов. Изображение состоит из 3 каналов по 60 ломтиков, каждый из которых состоит из 256 х 256 пикселей. Изображения были деконвольвинг перед измерением хроматических сдвигов. Измерение локальных хроматических сдвигов с помощью Chromagnon заняло 51 с на Mac с Intel Core i7 (четырехъядерный ядро, 8-ниток, 2,7 ГГц), 16 ГБ оперативной памяти и 1 ТБ флэш-памяти. Параметр выравнивания был применен к целевому изображению(рисунок 5C,D),которое имеет точно такое же количество вокселей, что и эталонное изображение. Подготовка выровненного файла заняла 3 с. В результате обрезки пикселей края в процессе выравнивания (контрольный ящикмаржи культуры на рисунке 1С),количество вокселей было уменьшено после выравнивания(рисунок 5B, 51 ломтиков, 252 x 251 пикселей). ДНК в анафазном мосту (показанная наконечниками стрел) видна неправильно за пределами ядерной оболочки перед выравниванием(Рисунок 5C, очевидный в нижней панели, показывающей вид X'), но, как и ожидалось внутри конверта после выравнивания (Рисунок 5D).
Пример коррекции хроматической смены с использованием биологического калибровочного эталонного изображения показан на рисунке 6. Изображения были получены с помощью сим-микроскопа, оснащенного тремя камерами. Три изображения heLa клетки окрашенных фаллоиоитинами спряжены на синий, зеленый и красный красители были усреднены (Рисунок 6A). Справочное изображение состоит из 3 каналов по 76 срезов, каждый из которых состоит из 1024 х 1024 пикселей. Измерение хроматических сдвигов с использованием Chromagnon без локального выравнивания требуется 194 с на системе Mac описано выше. Параметр был применен к целевому изображению, состоящему из 3 каналов из 73 ломтиков, каждый из которых состоит из 1024 х 1024 пикселей. Поколение выровненного файла заняло 25 с. Вид X' показывает неправильные позиции канала вдоль q, и немного вдоль X направлений(Рисунок 6A,C), но это неправильное регулирование было исправлено после выравнивания (Рисунок 6B, D).
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60800/60800fig05.jpg"> Рисунок 5: Пример выравнивания с перекрестным эталонным изображением. Клетки HeLa были окрашены DAPI для ДНК (показано в пурпурном), Alexa Fluor 488 (показано желтым цветом) для ядерного конверта, и Alexa Fluor 555 (показано синим цветом) для микротрубочек. Изображения были приобретены 3D широкоугольной микроскопией с одной камерой и дезконволвированными. (A,B) Репрезентативное справочное изображение с использованием излучения DAPI до и после выравнивания Chromagnon. Три цветных канала отображаются как накладные. (C,D) Оптический раздел 3D стека в трех каналах до и после выравнивания. Осевая хроматическая аберрация очевидна на анафазном мосту, показанном наконечниками стрел. Масштабная планка в панели А указывает на 5 мкм для всех панелей. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60800/60800fig05large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой фигуры.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60800/60800fig06.jpg"> Рисунок 6: Пример выравнивания с биологическим калибровкой эталонного изображения Изображения были приобретены с 3D-SIM оснащены тремя камерами. (A,B) Справочное изображение усредных от трехизображенийдо ( A ) и после (B) выравнивание. HeLa клетки были окрашены фаллоидином сопряжены с Alexa Fluor 405, 488 или 594. (C,D) Целевое изображение до(C)и после(D)выравнивания. Клетки HeLa были окрашены DAPI для ДНК (показано в пурпурном), Alexa Fluor 488 (показано желтым цветом) для ядерного конверта, и Alexa Fluor 594 (показано синим цветом) для микротрубочек. Масштабная планка в панели А указывает на 5 мкм для всех панелей. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60800/60800fig06large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой фигуры.</a>

Watch this Scientific Journal Video about High-Accuracy Correction of 3D Chromatic Shifts in the Age of Super-Resolution Biological Imaging Using Chromagnon at JoVE.com

High-Accuracy Correction of 3D Chromatic Shifts in the Age of Super-Resolution Biological Imaging Using Chromagnon

Коррекция хроматических сдвигов в трехмерных (3D) многоцветных флуоресценции микроскопических изображений имеет решающее значение для количественного анализа данных. Этот протокол разработан для измерения и коррекции хроматических сдвигов в биологических образцах путем приобретения подходящих справочных изображений и обработки с открытым исходным кодом программного обеспечения, Chromagnon.

Высокот точность коррекции 3D Хроматические сдвиги в эпоху супер-разрешение биологического изображения с использованием Chromagnon

Quantitative multicolor fluorescence microscopy relies on the careful spatial matching of color channels acquired at different wavelengths. Due to ...

Марш коралловых микроскопических изображений содержат хроматические сдвиг в трех измерениях. Это ухудшает колокализацию анализа изображений с высоким разрешением. Как правило, трудно удалить Chromatic Shift возникла из самого биологического образца, наш метод может исправить хроматический сдвиг в биологическом образце с помощью отдельно приобретенных эталонных изображений.Демонстрация процедуры будет Такако Koujin техник из моей группы. Начните с посева 2,5 раза от 10 до пятой клетки целителя на 35-миллиметровой стеклянной нижней тарелке и выращивая их в инкубаторе углекислого газа. После 24 часов инкубации замените среду двумя миллилитров 3,7%формальдегида в PBS и смешайте осторожно.Исправьте продажи в течение 15 минут при комнатной температуре на вращающейся платформе. Вымойте клетки три раза с двумя миллилитров PBS в течение пяти до 10 минут. Permeabilize их с двумя миллилитров точки 1%попробовать следующие 100 в PBS во время вращения и повторить моет с PBS.Затем испачкайте клетки, используя стандартный протокол окрашивания антител, описанный в текстовой рукописи. Чтобы получить эталонное изображение перекрестных ссылок на широкополевую микроскопию, добавьте два миллилитров точки пять микрограммов на миллилитр Dappy, чтобы остаться в ДНК. Оставьте ячейки на вращающейся платформе на 30 минут.Затем замените раствор 100 микролитров монтажной среды, чтобы получить эталонное изображение биологической калибровки ссылки на любой вид микроскопии, включая конфокаляцию и микроскопию супер разрешения. Исправить клетки, как описано ранее, и подготовить фондовый раствор флуоресцентного красителя конъюгированных фаллоидин в 1,5 миллилитров метанола. Добавить фаллоидин в PBS при разбавлении от одного до 100 для Alexa пол 405 от одного до 1000 для Alexa пол 488 и от одного до 200 для Alexa пол 594.Добавьте один миллилитр раствора в клетки и инкубировать их в течение 30 минут во время вращения. Вымойте клетки три-пять раз с двумя миллилитров PBS. Затем замените PBS на 100 микролитров монтажной среды.Для получения изображений флуоресценции с помощью широкой микроскопии поместите целевой образец на микроскоп в программное обеспечение для визуализации, откройте окно эксперимента и запустите окно эксперимента, установите соответствующий шаг и выберите синий, зеленый и красный каналы. Во вкладке Run добавьте имя файла изображения и начните визуализацию. Для получения перекрестных эталонных изображений для измерения хроматических сдвигов в образце выберите свет возбуждения только для Dappy и убедитесь, что использовать точно такое же положение стадии и высоту, как для целевого образца.Кроме того, использовать яркое изображение поля в качестве эталонного места для целевого образца на широкое поле микроскопа и приобрести флуоресцентное изображение цели в синих, зеленых и красных каналов. Затем приобретайте яркие полевые изображения цели в синих, зеленых и красных каналах в одном и том же положении и используя ту же высоту. Для получения изображений флуоресценции с помощью микроскопии супер разрешения, таких как 3D Sim место целевой образец на микроскоп и приобрести флуоресценции сим изображение цели в синих, зеленых и красных каналов.Затем реконструируют супер решенный образ. Далее поместите образец пятна с многоцветным фаллоидином на 3D сим микроскоп. И приобрести несколько изображений флуоресценции сим в качестве биологической калибровки эталонных изображений в точках этапе позиции, а затем реконструировать супер решен изображения.Используйте веб-браузер для загрузки новейшего двоичного релиза Chromagnon. Извлекайте программу и поместите выполненный файл в удобное место. Перетащите и уроните справочные файлы либо перекрестного поля, либо ссылки биологической калибровки на справочную коробку или нажмите справочные файлы, чтобы открыть диалог селектора файлов.Если программа просит установить комплект java-разработки, нажмите Yes и перейдите на загруженную страницу. Затем загрузите и установите JDK для операционной системы в соответствии с инструкциями. Перетащите и уронить целевые файлы окрашивания антител в целевой коробке.Выберите формат выходного изображения и укажите суффикс для имени файла вывода. Для перекрестных эталонных изображений с высоким соотношением сигнала к шуму. Выберите проекцию из списка выбора локального выравнивания и используйте минимальный размер окна 60.Для нескольких биологических изображений ссылки калибровки проверить средний вариант ссылки и выбрать ни для локального выравнивания, а затем нажмите запустить все, чтобы начать измерения. Чтобы убедиться, что измерение было выполнено правильно, перетащите и уроните справочные изображения в справочную коробку и целевую коробку. Затем запустите программу и убедитесь, что изображения идеально перекрываются.Хроматическая коррекция сдвига в широкой микроскопии может быть выполнена с помощью перекрестного эталонного изображения. Это изображение было получено с помощью широкое микроскоп, оснащенное одной камерой. Флуоресценция излучения от Dappy был использован в качестве ссылки на исправление синих, зеленых и красных каналов.После выравнивания с Chromagnon хроматическая смена и эталонное изображение было исправлено. Когда параметр выравнивания был применен к целевому изображению Хроманьоном ДНК и анафазным мостом, который неправильно виден за пределами ядерного конверта до того, как выравнивание появится, как и ожидалось внутри конверта. Хроматическая коррекция сдвига 3D-изображения sim может быть выполнена с помощью биологического эталонного изображения калибровки.Три 3D-сим-изображения клеток HeLa, окрашенных фаллоидом, конъюгированных синими, зелеными и красными красителями, были распылены, а хроматическая смена была измерена Хроманьоном. После выравнивания была исправлена хроматическая смена и эталонное изображение. Параметр выравнивания был применен к целевому изображению.Представление X' показывает неправильное положение канала вдоль направления X и немного вдоль X, которое было исправлено после выравнивания. Для лучшей производительности важно получить эталонные изображения в тех же условиях и времени, что и целевые изображения.

Research

JoVE Journal

Biology

High-Accuracy Correction of 3D Chromatic Shifts in the Age of Super-Resolution Biological Imaging Using Chromagnon

A Novel RFP Reporter to Aid in the Visualization of the Eye Imaginal Disc in Drosophila

A Novel RFP Reporter to Aid in the Visualization of the Eye Imaginal Disc in Drosophila

Репортер Роман ППП в помощь Визуализация глаз имагинальных дисков в Drosophila</em

The Drosophila eye is a powerful model system for studying areas such as neurogenesis, signal transduction and neurodegeneration. Many of the discoveries ...

Rapid Homogeneous Detection of Biological Assays Using Magnetic Modulation Biosensing System

Быстрое однородных Обнаружение биологических экспериментов с использованием магнитных система биодатчиков модуляции

A magnetic modulation biosensing system (MMB) [1,2] rapidly and homogeneously detected biological targets at low concentrations without any washing or ...

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

Изучение, зависящими от возраста геномной нестабильности использованием С. CEREVISIAE Хронологические Модель продолжительность жизни

Studies using the Saccharomyces cerevisiae aging model have uncovered life span regulatory pathways that are partially conserved in higher eukaryotes1-2. ...

Super-resolution Imaging of the Bacterial Division Machinery

Super-Resolution Imaging бактериального Машины отдела

Bacterial cell division requires the coordinated  assembly of more than ten essential proteins at midcell1,2. Central  to this process is the formation of ...

Test Samples for Optimizing STORM Super-Resolution Microscopy

Опытные образцы для оптимизации STORM супер-разрешения микроскопии

STORM is a recently developed super-resolution microscopy technique with up to 10 times better resolution than standard fluorescence microscopy ...

Sample Preparation for Single Virion Atomic Force Microscopy and Super-resolution Fluorescence Imaging

Подготовка образцов для одной микроскопии атомной силы Virion и флуоресценции супер-разрешения

Immobilization of virions to glass surfaces is a critical step in single virion imaging. Here we present a technique&#160;adopted from single molecule ...

Super-resolution Imaging of the Cytokinetic Z Ring in Live Bacteria Using Fast 3D-Structured Illumination Microscopy (f3D-SIM)

Super-resolution Imaging of the Cytokinetic Z Ring in Live Bacteria Using Fast 3D-Structured Illumination Microscopy f3D-SIM

Супер-Resolution Imaging из Cytokinetic Z Кольцо в живых бактерий Использование быстрого 3D-Structured Illumination микроскопии (F3D-SIM)

Imaging of biological samples using fluorescence microscopy has advanced substantially with new technologies to overcome the resolution barrier of the ...

High-resolution Time-lapse Imaging and Automated Analysis of Microtubule Dynamics in Living Human Umbilical Vein Endothelial Cells

Высокое разрешение Покадровый изображений и автоматизированный анализ динамики микротрубочек в живых человеческих эндотелиальных клеток пупочной вены

The physiological process by which new vasculature forms from existing vasculature requires specific signaling events that trigger morphological changes ...

Open-source Single-particle Analysis for Super-resolution Microscopy with VirusMapper

С открытым исходным кодом Анализ Одночастичного для супер-разрешение микроскопии с VirusMapper

Super-resolution fluorescence microscopy is currently revolutionizing cell biology research. Its capacity to break the resolution limit of around 300 nm ...

Ground State Depletion Super-resolution Imaging in Mammalian Cells

Основного состояния истощения суперразрешением изображений в клетках млекопитающих

Advances in fluorescent microscopy and cell biology are intimately correlated, with the enhanced ability to visualize cellular events often leading to ...