Name: high-throughput identification of resistance to pseudomonas syringae pv. tomato in tomato using seedling flood assay
Uploaded: 2020-03-10T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-Throughput Identification of Resistance to Pseudomonas syringae pv. Tomato in Tomato using Seedling Flood Assay at JoVE.com

Biz hastalık veya direnç sonuçları üzerinde medya hacminin etkisini test için Jamie Calma teşekkür ederiz. Lewis Lab'dan Dr. Maël Baudin ve Dr. Karl J. Scheiber'a el yazması hakkında yapıcı yorum ve önerilerde bulunduklarından dolayı teşekkür ederiz. Lewis laboratuvarında bitki bağışıklığı üzerine yapılan araştırmalar USDA ARS 2030-21000-046-00D ve 2030-21000-050-00D (JDL) ve NSF Biyolojik Bilimler Müdürlüğü IOS-1557661 (JDL) tarafından desteklendi.

1. Biyogüvenlik kabininin hazırlanması ve kullanımı
<ol><li>Biyogüvenlik kabinini %70 etanolle silin.</li>
	<li>Kuşağı kapatın ve biyogüvenlik kabinindeki ultraviyole ışığı 15 dakika süreyle açın.</li>
	<li>15 dakika sonra, biyogüvenlik kabinindeki ultraviyole ışığı kapatın. Kuşağı kaldırın ve üfleyiciyi 15 dk açın.</li>
	<li>Sterilize kabine öğeleri koymadan önce% 70 etanol ile biyogüvenlik kabininde kullanılacak tüm öğeleri silin.</li>
	<li>Biyogüvenlik kabininde çalışmad...

<ol>
	<li>Underwood, W., Melotto, M., He, S. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+plant+stomata+in+bacterial+invasion.">Role of plant stomata in bacterial invasion.</a> Cell Microbiology. 9 (7), 1621-1629 (2007).</li><li>Zipfel, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Early+molecular+events+in+PAMP-triggered+immunity.">Early molecular events in PAMP-triggered immunity.</a> Current Opinion in Plant Biology. 12 (4), 414-420 (2009).</li><li>Galan, J. E., Wolf-Watz, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+delivery+into+eukaryotic+cells+by+type+III+secretion+machines.">Protein delivery into eukaryotic cells by type III secretion machines.</a> Nature. 444 (7119), 567-573 (2006).</li><li>Lewis, J. D., Desveaux, D., Guttman, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+targeting+of+plant+cellular+systems+by+injected+type+III+effector+proteins.">The targeting of plant cellular systems by injected type III effector proteins.</a> Seminars in Cell and Developmental Biology. 20 (9), 1055-1063 (2009).</li><li>Schreiber, K. J., Baudin, M., Hassan, J. A., Lewis, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Die+another+day:+molecular+mechanisms+of+effector-triggered+immunity+elicited+by+type+III+secreted+effector+proteins.">Die another day: molecular mechanisms of effector-triggered immunity elicited by type III secreted effector proteins.</a> Seminars in Cell and Developmental Biology. 56, 124-133 (2016).</li><li>Heath, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hypersensitive+response-related+death.">Hypersensitive response-related death.</a> Plant Molecular Biology. 44 (3), 321-334 (2000).</li><li>Boyd, L. A., Ridout, C., O'Sullivan, D. M., Leach, J. E., Leung, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant-pathogen+interactions:+disease+resistance+in+modern+agriculture.">Plant-pathogen interactions: disease resistance in modern agriculture.</a> Trends in Genetics. 29 (4), 233-240 (2013).</li><li>Pitblado, R. E., MacNeill, B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+basis+of+resistance+to+Pseudomonas+syringae+pv.+tomato+in+field+tomatoes.">Genetic basis of resistance to Pseudomonas syringae pv. tomato in field tomatoes.</a> Canadian Journal of Plant Pathology. 5 (4), 251-255 (1983).</li><li>Pedley, K. F., Martin, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+basis+of+Pto-mediated+resistance+to+bacterial+speck+disease+in+tomato.">Molecular basis of Pto-mediated resistance to bacterial speck disease in tomato.</a> Annual Reviews of Phytopathology. 41, 215-243 (2003).</li><li>Ronald, P. C., Salmeron, J. M., Carland, F. M., Mehta, A. Y., Staskawicz, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+cloned+avirulence+gene+AvrPto+induces+disease+resistance+in+tomato+cultivars+containing+the+Pto+resistance+gene.">The cloned avirulence gene AvrPto induces disease resistance in tomato cultivars containing the Pto resistance gene.</a> Journal of Bacteriology. 174 (5), 1604-1611 (1992).</li><li>Martin, G. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Map-based+cloning+of+a+protein+kinase+gene+conferring+disease+resistance+in+tomato.">Map-based cloning of a protein kinase gene conferring disease resistance in tomato.</a> Science. 262 (5138), 1432-1436 (1993).</li><li>Salmeron, J. M., Barker, S. J., Carland, F. M., Mehta, A. Y., Staskawicz, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tomato+mutants+altered+in+bacterial+disease+resistance+provide+evidence+for+a+new+locus+controlling+pathogen+recognition.">Tomato mutants altered in bacterial disease resistance provide evidence for a new locus controlling pathogen recognition.</a> Plant Cell. 6 (4), 511-520 (1994).</li><li>Salmeron, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tomato+Prf+is+a+member+of+the+leucine-rich+repeat+class+of+plant+disease+resistance+genes+and+lies+embedded+within+the+Pto+kinase+gene+cluster.">Tomato Prf is a member of the leucine-rich repeat class of plant disease resistance genes and lies embedded within the Pto kinase gene cluster.</a> Cell. 86 (1), 123-133 (1996).</li><li>Scofield, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+basis+of+gene-for-gene+specificity+in+bacterial+speck+disease+of+tomato.">Molecular basis of gene-for-gene specificity in bacterial speck disease of tomato.</a> Science. 274 (5295), 2063-2065 (1996).</li><li>Kunkeaw, S., Tan, S., Coaker, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+and+evolutionary+analyses+of+Pseudomonas+syringae+pv.+tomato+race+1.">Molecular and evolutionary analyses of Pseudomonas syringae pv. tomato race 1.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 23 (4), 415-424 (2010).</li><li>Cai, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+plant+pathogen+Pseudomonas+syringae+pv.+tomato+is+genetically+monomorphic+and+under+strong+selection+to+evade+tomato+immunity.">The plant pathogen Pseudomonas syringae pv. tomato is genetically monomorphic and under strong selection to evade tomato immunity.</a> PLoS Pathogens. 7 (8), 1002130 (2011).</li><li>Almeida, N. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+draft+genome+sequence+of+Pseudomonas+syringae+pv.+tomato+T1+reveals+a+type+III+effector+repertoire+significantly+divergent+from+that+of+Pseudomonas+syringae+pv.+tomato+DC3000.">A draft genome sequence of Pseudomonas syringae pv. tomato T1 reveals a type III effector repertoire significantly divergent from that of Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 22 (1), 52-62 (2009).</li><li>Lin, N. C., Abramovitch, R. B., Kim, Y. J., Martin, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diverse+AvrPtoB+homologs+from+several+Pseudomonas+syringae+pathovars+elicit+Pto-dependent+resistance+and+have+similar+virulence+activities.">Diverse AvrPtoB homologs from several Pseudomonas syringae pathovars elicit Pto-dependent resistance and have similar virulence activities.</a> Applied and Environmental Microbiology. 72 (1), 702-712 (2006).</li><li>Rose, L. E., Langley, C. H., Bernal, A. J., Michelmore, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+variation+in+the+Pto+pathogen+resistance+gene+within+species+of+wild+tomato+(Lycopersicon).+I.+Functional+analysis+of+Pto+alleles.">Natural variation in the Pto pathogen resistance gene within species of wild tomato (Lycopersicon). I. Functional analysis of Pto alleles.</a> Genetics. 171 (1), 345-357 (2005).</li><li>Thapa, S. P., Miyao, E. M., Davis, R. M., Coaker, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+QTLs+controlling+resistance+to+Pseudomonas+syringae+pv.+tomato+race+1+strains+from+the+wild+tomato+Solanum+habrochaites+LA1777.">Identification of QTLs controlling resistance to Pseudomonas syringae pv. tomato race 1 strains from the wild tomato Solanum habrochaites LA1777.</a> Theoretical and Applied Genetics. 128 (4), 681-692 (2015).</li><li>Bao, Z. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+candidate+gene+in+Solanum+habrochaites+for+resistance+to+a+race+1+strain+of+Pseudomonas+syringae+pv.+tomato.">Identification of a candidate gene in Solanum habrochaites for resistance to a race 1 strain of Pseudomonas syringae pv. tomato.</a> Plant Genome. 8 (3), 1-15 (2015).</li><li>Hassan, J. A., Zhou, Y. J., Lewis, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+seedling+resistance+assay+identifies+wild+tomato+lines+that+are+resistant+to+Pseudomonas+syringae+pv.+tomato+race+1.">A rapid seedling resistance assay identifies wild tomato lines that are resistant to Pseudomonas syringae pv. tomato race 1.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 30 (9), 701-709 (2017).</li><li>King, E. O., Ward, M. K., Raney, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two+simple+media+for+the+demonstration+of+pyocyanin+and+fluorescin.">Two simple media for the demonstration of pyocyanin and fluorescin.</a> Journal of Laboratory and Clinical Medicine. 44 (2), 301-307 (1954).</li><li>Uppalapati, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathogenicity+of+Pseudomonas+syringae+pv.+tomato+on+tomato+seedlings:+phenotypic+and+gene+expression+analyses+of+the+virulence+function+of+coronatine.">Pathogenicity of Pseudomonas syringae pv. tomato on tomato seedlings: phenotypic and gene expression analyses of the virulence function of coronatine.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 21 (4), 383-395 (2008).</li><li>Bhardwaj, V., Meier, S., Petersen, L. N., Ingle, R. A., Roden, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defence+responses+of+Arabidopsis+thaliana+to+infection+by+Pseudomonas+syringae+are+regulated+by+the+circadian+clock.">Defence responses of Arabidopsis thaliana to infection by Pseudomonas syringae are regulated by the circadian clock.</a> PLoS One. 6 (10), 26968 (2011).</li><li>Lu, H., McClung, C. R., Zhang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tick+tock:+circadian+regulation+of+plant+innate+immunity.">Tick tock: circadian regulation of plant innate immunity.</a> Annual Review of Phytopathology. 55, 287-311 (2017).</li><li>Wang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Timing+of+plant+immune+responses+by+a+central+circadian+regulator.">Timing of plant immune responses by a central circadian regulator.</a> Nature. 470 (7332), 110-114 (2011).</li></ol>

Domates fidelerinde bu bakteriyel suşlara karşı direnci tespit etmek için optimize edilen PstDC3000 veya PstT1 ile sel aşısı için bir protokol tanımlanmıştır. Fide direnci tahtında optimum sonuçlar için, ampirik olarak belirlenen bakteri konsantrasyonu ve yüzey aktif konsantrasyonu da dahil olmak üzere çeşitli kritik parametreler vardır22. PstDC3000 için optik yoğunluk, Pto/Prf kümesini içeren dirençli bir çeşitte tam hayatta kalma ve ...

An erratum was issued for:&#160;<a href="https://www.jove.com/t/60805">High-Throughput Identification of Resistance to Pseudomonas syringae pv. Tomato in Tomato using Seedling Flood Assay</a>. The Introduction, Protocol, Representative Results and Discussion&#160;sections were&#160;updated.

Erratum: High-Throughput Identification of Resistance to Pseudomonas syringae pv. Tomato in Tomato using Seedling Flood Assay

Pseudomonas syringae, çok çeşitli bitki konaklarını enfekte eden gram-negatif patojenik bir bakteridir. Bakteriler stomata veya fiziksel yaralar yoluyla konak bitki girin ve apoplast1çoğalır. Bitkiler bakteriyel patojenler tarafından enfeksiyona karşı korumak için iki katmanlı bir bağışıklık yanıtı gelişti. Birinci seviye bitki hücre yüzeyinde oluşur, burada bitki hücre zarında desen tanıma reseptörleri son derece korunmuş patojen ilişkili moleküler desenler algılar (PAMPs) PAMP tetikli bağışıklık denilen bir süreç (PTI)2. Bu işlem sırasında, konak bitki hücre duvarına kalkoz birikimi, stomata kapatılması, reaktif oksijen türlerinin üretimi ve patogenez ile ilgili genlerin indüksiyon dahil olmak üzere savunma tepki yollarını düzenler.
Bakteriler, proteinler olarak adlandırılan proteinleri doğrudan bitki hücresi3'eulaştırmak için tip III salgı sistemini kullanarak PTI'nin üstesinden gelebilirler. Efektör proteinler genellikle PTI bileşenleri hedef ve patojen virülans teşvik4. Bitki bağışıklığının ikinci kademesi, etki alanı proteinlerin tanınması üzerine bitki hücresi içinde oluşur. Bu tanıma direnç genleri bağlıdır, hangi nükleotit bağlayıcı site lösin açısından zengin tekrar içeren reseptörleri (NLR). NLR'ler ya doğrudan efektörleri tanıyabilme ya da bir virülans hedefi ndeki aktivitelerini tanıma ya da5. Daha sonra etkili tetikli bağışıklık denilen bir süreçte ikincil bir bağışıklık yanıtı tetikler (ETI), genellikle aşırı duyarlı bir yanıt ile ilişkili (İK), enfeksiyon yerinde lokalize hücre ölümü bir formu6. ETI ile ilişkili gen-gen direncinin aksine, bitkiler birden fazla genin katkısına bağlı olan kantitatif kısmi dirençgösterebilirler 7.
P. syringae pv. domates (Pst)domates bakteriyel benek nedensel ajan dır ve kalıcı bir tarımsorunudur. Alanında baskın suşları genellikle Pst yarış 0 suşları ya da tip III efektörleri AvrPto ve AvrPtoB her ikisini ifade edilmiştir. DC3000(PstDC3000) temsili bir ırk 0 suşu ve domates bakteriyel leke neden olabilir bir model patojen. Bakteriyel benek hastalığı ile mücadele etmek için, yetiştiriciler Pto introgressed [P. syringae pv. domates]/ Prf [Pto direnci ve fenthion duyarlılık] yabani domates türlerinden gen kümesi Solanum pimpinellifolium içine modern çeşitleri8,9. Pto geni, Prf NLR ile birlikte AvrPto ve AvrPtoB10,11,12,13,14efektörleri tanınması yoluyla PstDC3000 direnç vermek bir serin-threonine protein kimyaz kodlar . Ancak, bu direnç son yıllarda onların hızlı ve agresif yayılması için izin, ortaya çıkan Yarış 1 suşları karşıetkisizdir15,16. AvrPto ya kayıp ya da bu suşları mutasyona uğramış çünkü Yarış 1 suşları, Pto / Prf küme tarafından tanıma kaçınmak, ve AvrPtoB minimal15birikir görünür,17,18.
Yabani domates popülasyonları Pst direnci için doğal varyasyon önemli rezervuarları ve daha önce potansiyel direnç loci belirlemek için kullanılmıştır19,20,21. Ancak, patojen direnci için mevcut ekranlar 4-5 haftalık yetişkin bitkiler20,21kullanır. Bu nedenle, büyüme süresi, büyüme odası alanı ve nispeten küçük örneklem boyutları ile sınırlıdır. Konvansiyonel yaklaşımların sınırlamalarını gidermek için, 10 günlük domates fideleri22kullanarak yüksek iş itimat lı domates P. syringae direnç tayini geliştirdik. Bu yaklaşım yetişkin bitkileri kullanma üzerinde çeşitli avantajlar sunar: yani, daha kısa büyüme süresi, azaltılmış alan gereksinimleri, ve daha yüksek iş artışı. Ayrıca, bu yaklaşımın erişkin bitkilerde gözlenen hastalık direnci fenotipleri sadakatle recapitulates göstermiştir22.
Bu protokolde açıklanan fide sel idamı, steril Murashige ve Skoog (MS) medyasının Petri kaplarında 10 gün boyunca yetiştirilir ve daha sonra ilgi ve yüzey aktif bakterisini içeren bir inokülle dolup taşmaktadır. Sel inden sonra, fideler bakteriyel büyüme tahlilleri ile hastalık direnci açısından nicel olarak değerlendirilebilir. Ayrıca, fide sağkalım veya ölüm sel sonra ayrı bir direnç veya hastalık fenotip 7-14 gün olarak hareket edebilir. Bu yaklaşım, Pst ırkı na karşı direnç için çok sayıda yabani domates katılımlarını tatmak için yüksek iş yapma alternatifi sunar, örneğin Pst suşu T1(PstT1) gibi, ve diğer bakteriyel suşlara kolayca adapte edilebilir.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>3M Tape Micropore 1/2&#34; x 10 YD CS 240 (1.25 cm x 9.1 m)</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>56222-182</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3mm borosilicate glass beads</td>
			<td>Friedrich &#38; Dimmock</td>
			<td>GB3000B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacto peptone</td>
			<td>BD</td>
			<td>211677</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacto agar</td>
			<td>BD</td>
			<td>214010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biophotometer Plus</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>E952000006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biosafety cabinet, class II type A2</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BRAND Disposable Plastic Cuvettes, Polystyrene</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>47744-642</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chenille Kraft Flat Wood Toothpicks</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>500029-808</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cycloheximide</td>
			<td>Research Products International</td>
			<td>C81040-5.0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dibasic potassium phosphate anhydrous, ACS grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>P288-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dimethylformamide</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dissecting microscope (Magnification of at least 10x)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol - 190 Proof</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Falcon polystyrene 96 well microplates, flat-bottom</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>08-772-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass Alcohol Burner Wick</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S41898A / No. W-125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass Alcohol Burners</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S41898 / No. BO125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycerol ACS reagent</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>EMGX0185-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kimberly-Clark&#8482; Kimtech Science&#8482; Kimwipes&#8482; Delicate Task Wipers</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>06-666-A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium chloride, ACS grade</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>97061-356</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium sulfate heptahydrate, ACS grade</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>97062-130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tubes, 1.5 mL</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tubes, 2.2 mL</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini Beadbeater-96, 115 volt</td>
			<td>Bio Spec Products Inc.</td>
			<td>1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Murashige &#38; Skoog, Basal Salts</td>
			<td>Caisson Laboratories, Inc.</td>
			<td>MSP01-50LT</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipet-Lite XLS LTS 8-CH Pipet 20-200uL</td>
			<td>Rainin</td>
			<td>L8-200XLS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipet-Lite XLS LTS 8-CH Pipet 2-20uL</td>
			<td>Rainin</td>
			<td>L8-20XLS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polystyrene 100mm x 25mm sterile petri dish</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>89107-632</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polystyrene 150mm x 15mm sterile petri dish</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>FB08-757-14</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polystyrene 150x15mm sterile petri dish</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>08-757-148</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pure Bright Germicidal Ultra Bleach 5.7% Available Chlorine (defined as 100% bleach)</td>
			<td>Staples</td>
			<td>1013131</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rifampicin</td>
			<td>Gold Biotechnology</td>
			<td>R-120-25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silwet L-77 (non-ionic organosilicone surfactant co-polymer C13H34O4Si3 surfactant)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>NCO138454</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tips LTS 20 &#956;L 960/10 GPS-L10</td>
			<td>Rainin</td>
			<td>17005091</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tips LTS 250 &#956;L 960/10 GPS-L250</td>
			<td>Rainin</td>
			<td>17005093</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>VWR dissecting forceps fine tip, 4.5&#34;</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>82027-386</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-throughput identification of resistance to pseudomonas syringae pv. tomato in tomato using seedling flood assay

Domates Pseudomonas syringaetarafından enfekte edilebilir bir tarımsal olarak önemli bir üründür , Bir Gram-negatif bakteri, bakteriyel benek hastalığı ile sonuçlanan. Domates-P. syringae pv. domates patosistemi yaygın bitki doğuştan gelen tepkiler ve hastalık direnci genetik temelini incelemek için kullanılır. Hastalık, Solanum pimpinellifolium'dan Ekili domatese Pto/Prf gen kümesinin getirilmesiyle uzun yıllar boyunca başarılı bir şekilde yönetilirken, P. syringae'nin 1.
Yabani domates türleri patojen tanımada doğal çeşitliliğin önemli rezervuarlarıdır, çünkü farklı patojen basınçları ile farklı ortamlarda evrimleşmişlerdir. Yabani domates hastalık direnci için tipik ekranlarda, yetişkin bitkiler, onların uzun büyüme süresi ve daha fazla büyüme alanı gereksinimleri nedeniyle taranabilir bitki sayısını sınırlayabilir kullanılır. 10 günlük domates fidelerini direnç açısından taramak için bir yöntem geliştirdik, bu yöntem bitki büyüme süresini ve büyüme odası alanını en aza indirir, bitkilerin hızlı bir şekilde devrilmesini sağlar ve büyük numune boyutlarının test edilmesine olanak sağlar. Hayatta kalma veya ölüm fide sonuçları ayrık fenotipler olarak veya sel sonrası kalan fidelerde yeni büyüme miktarı ile tanımlanan bir direnç ölçeğinde tedavi edilebilir. Bu yöntem, 10 günlük domates fidelerini iki P. syringae suşlarına karşı direnç açısından taramak için optimize edilmiştir ve diğer P. syringae suşlarına kolayca adapte edilebilir.

Fide direnci tayini kullanılarak çeşitlerive isojenik hatlarda PtoRaracılı bağışıklığın saptanması Şekil 5, PstDC3000 ile sel bastıktan 7-10 gün sonra Moneymaker-PtoR ve Moneymaker-PtoS çeşitleri için temsili sonuçlar gösterir. Enfeksiyondan önce, 10 günlük fideler tam olarak ortaya çıktı ve genişletilmiş cotyledons ve ortaya çıkan ilk gerçek yaprakları gösterdi. Fideler 10 mM MgCl2 + %0.015...

Watch this Scientific Journal Video about High-Throughput Identification of Resistance to Pseudomonas syringae pv. Tomato in Tomato using Seedling Flood Assay at JoVE.com

High-Throughput Identification of Resistance to Pseudomonas syringae pv. Tomato in Tomato using Seedling Flood Assay

Fide sel testi Pseudomonas syringae bakteridirenç için yabani domates katılımları hızlı tarama kolaylaştırır. Bu tetki, fide bakteri büyüme testi ile birlikte kullanılan, daha fazla bakteriye altta yatan direnç karakterize yardımcı olabilir, ve direnç genetik temelini belirlemek için popülasyonları tarama için kullanılabilir.

Pseudomonas syringae pv Direnci yüksek-Throughput Tanımlama. Fide Sel Asası Kullanarak Domates

Tomato is an agronomically important crop that can be infected by Pseudomonas syringae, a Gram-negative bacterium, resulting in bacterial speck disease. ...

Bu yüksek iş verme protokolü, yabani patojen Pseudomonas syringae'ye kadar domates fidelerinin hızlı bir şekilde taranmasına olanak sağlar. Fide sel testi bitki büyüme süresini ve büyüme odası ihtiyaçlarını en aza indirir, bitkilerin hızlı ciro sağlar ve büyük örnek boyutları test edilmesine olanak sağlar. Bu titreşme vahşi katılımlar ve karmaşık genetik geçmişe sahip diğer çizgilerde direnç için ekran için kullanılabilecek güçlü bir araçtır.Protokol iki Pseudomonas syringae suşları sel innoculation için özel yönler sağlar. Ancak, çok yönlü ve diğer bakteriyel patojenlere karşı konak direncini tespit etmek için değiştirilebilir. Prosedürü gösteren Yana Hasan, benim laboratuvarda bir araştırma uzmanı olacaktır.Domates fidesi yetiştirerek başlayın. 2.2 mililitrelik mikrosantrifüj tüp domates tohumları yerleştirin ve% 50 çamaşır suyu çözeltisi iki mililitre ekleyin. 25 dakika boyunca tüp rock sonra bir pipet ile çamaşır suyu çözeltisi kaldırın.Ultra saf su iki mililitre ekleyin ve tüp beş kez ters çevirerek tohumları yıkayın. Tüpten sıvı aspire ve yıkama dört kez daha tekrarlayın. Son yıkamadan sonra, ultra saf su iki mililitre ekleyin ve steril bir Petri kabına tohumları dökün.Etanol onları alev tarafından forceps sterilize sonra 0.5 XMS artı 0.8 yüzde agar medya ile 100 x 25 mililitre plaka üzerine beş ila yedi tohum aktarmak için kullanabilirsiniz. Plakanın kenarlarını cerrahi bantla kapatın. Plakaların düz ve yüz yukarı yığılmış olduğundan emin olun.Sterilize edilmiş tohumları en az üç gün karanlıkta dört derece sıcaklıkta tabakalaştırın ve çimlenmeyi senkronize edin. Üç gün sonra, dikey olarak kökleri plaka yüzeyi boyunca aşağı büyüyecek ve tohum hattı yatay olarak yönlendirilir böylece plakaları yönlendirmek. Tohumları 16 saatlik ışık ve 8 saatlik karanlık bir döngüyle 22 santigrat dereceye ayarlanmış bir büyüme odasına aktarın.Bu noktada genellikle tamamen ortaya çıktı ve genişletilmiş cotyledons ve ortaya çıkan ilk gerçek yaprakları gösterecektir odasında on gün boyunca fide büyümek. Düz, steril kürdan ile uygun KB agar üzerine Streak taze bakteri. PstT1 için, taşkın deneyindeki bakterileri kullanmadan önce plakayı 48 saat boyunca 28 derecede kuluçkaya yatırın.Inokül hazırlamak için, aseptik steril bakterileri resuspend, 0.1 optik yoğunluğuna on milimolar magnezyum klorür. Sonra 0075 bir OD600 ile çalışma konsantrasyonu elde etmek için iki seri seyreltme olun. Ayrıca on milimolar magnezyum klorür non-iyonik organosilikon sürfaktan kopolimer bir ila on seyreltme hazırlamak.Girdap ve bakterilere ekleyin, karıştırmak için tüp dönen. 10 günlük fidelerin olduğu plakaları büyüme odasından biyogüvenlik kabinine aktarın ve cerrahi bandı çıkarın. Sonra her plakaya altı mililitre inokül aktarın.Fideleri bir pipet ucuyla inoküle hafifçe itin ve üç dakika süreyle bir zamanlayıcı başlatın. Her elde bir tabak tutun ve fidelerin cotyledons ve yaprakları batırmak için aşağı plaka ön eğim. Inoculum tarafını 5-7 kez yan lara doğru swish, sonra inoculum ile kökleri kapsayacak şekilde plakaları geri ucu.Plakaları tekrar aşağı yatırın ve döngüyü toplam üç dakika boyunca tekrarlayın. Tabaklardan inoculum dökün, düz bir yüzeye yerleştirin ve ikinci kez herhangi bir kalıntı inoculum dökün. Plakaları tekrar sarın ve büyüme odasına geri yerleştirin.Moneymaker-PtoR ve Moneymaker-PtoS çeşitleri PSTDC3000 ile sular altında kaldı ve sel yedi ila on gün sonra fenotip. Moneymaker-PtoR fideleri PtoPRF gen kümesini taşır lar ve PSTDC3000'e karşı dirençlidirler. PSTDC3000 efektörleri AVRPto veya AVRPto-B tanıyamaz yakın izojenik Moneymaker-PtoS fideleri hızla öldü iken, sel sonra yedi gün içinde.On günlük fideler PstT1 ile sular altında kaldı ve sel den en az on gün sonra fenotiplendi. Duyarlı katılımlar öldü, kahverengi apikal meristems vardı ve yeni büyüme yoktu. Buna karşılık, dirençli fideler yeni yeşil büyüme yüksek düzeyde görüntülenen ve PstT1 ile enfeksiyon atlattı.PstT1 direncini ve Solanum NeoRici LA1329'u kantitatif olarak doğrulamak için bakteriyel büyüme denemeleri yapılmıştır. Dirençli ve duyarlı LA1329 ile dirençli LA1329 ile havale sonuçlarıyla ilişkili Moneymaker-PtoS arasında 1,6 günlük fark arasında bakteri üremesinde 1.7 günlük fark vardı. Bu titreyi yaparken hatırlanması gereken en önemli şey protokol boyunca aseptik tekniğe dikkat etmek ve tabaktaki tüm fidelerin iyice sular altında kalmasını sağlamaktır.Enfekte bitki doku ve bakteri otoklav ve uygun yönetmeliklere uygun olarak malzeme imha emin olun.

Research

JoVE Journal

Bioengineering

High-Throughput Identification of Resistance to Pseudomonas syringae pv. Tomato in Tomato using Seedling Flood Assay

Cell-based Calcium Assay for Medium to High Throughput Screening of TRP Channel Functions using FlexStation 3

FlexStation kullanarak 3 TRP Kanal İşlevleri Yüksek Verimli Tarama Orta Hücre tabanlı Kalsiyum Testi

The Molecular Devices' FlexStation 3 is a benchtop multi-mode microplate reader capable of automated fluorescence measurement in multi-well plates.  It is ...

Polymer Microarrays for High Throughput Discovery of Biomaterials

Biyomalzemelerin Yüksek Verimli Discovery için Polimer Mikroarray&#39;ler

The discovery of novel biomaterials that are optimized for a specific biological application is readily achieved using polymer microarrays, which allows a ...

High-throughput Protein Expression Generator Using a Microfluidic Platform

Bir mikroakışkan Platform kullanarak Yüksek throughput Protein Ekspresyonu Jeneratör

Rapidly increasing fields, such as systems biology, require the development and implementation of new technologies, enabling high-throughput and ...

Use of a High-throughput In Vitro Microfluidic System to Develop Oral Multi-species Biofilms

Use of a High-throughput In Vitro Microfluidic System to Develop Oral Multi-species Biofilms

Yüksek verimli bir kullanımı<em&gt; İn Vitro</em&gt; Mikroakışkan Sistemi Ağız Çok türler biyofilm Geliştirmek İçin

There are few high-throughput in vitro systems which facilitate the development of multi-species biofilms that contain numerous species commonly detected ...

Eye Irritation Test (EIT) for Hazard Identification of Eye Irritating Chemicals using Reconstructed Human Cornea-like Epithelial (RhCE) Tissue Model

Eye Irritation Test EIT for Hazard Identification of Eye Irritating Chemicals using Reconstructed Human Cornea-like Epithelial RhCE Tissue Model

Yeniden İnşa İnsan Kornea gibi Epitelyal (RHCE) Doku Modeli kullanılarak Göz tahriş Kimyasalların Tehlike Tanımlaması Göz tahrişi Testi (EIT)

To comply with the Seventh Amendment to the EU Cosmetics Directive and EU REACH legislation, validated non-animal alternative methods for reliable and ...

Using Tomoauto: A Protocol for High-throughput Automated Cryo-electron Tomography

Tomoauto kullanma: Bir Protokol Yüksek verim Otomatik Cryo-elektron Tomografi için

Cryo-electron tomography (Cryo-ET) is a powerful three-dimensional (3-D) imaging technique for visualizing macromolecular complexes in their native ...

High-throughput Identification of Bacteria Repellent Polymers for Medical Devices

Tıbbi Cihazlar Bakterilerin yüksek verimlilik Kimlik Savar Polimerler

Medical devices are often associated with hospital-acquired infections, which place enormous strain on patients and the healthcare system as well as ...

Process Optimization using High Throughput Automated Micro-Bioreactors in Chinese Hamster Ovary Cell Cultivation

Çin Hamster Yumurtalık Hücre Yetiştiriciliğinde Yüksek İş-İş BulaMetli Otomatik Mikro-Biyoreaktörler Kullanılarak Proses Optimizasyonu

Optimization of bioprocesses to increase the yield of desired products is of importance in the biopharmaceutical industry. This can be achieved by strain ...

High Throughput Yeast Strain Phenotyping with Droplet-Based RNA Sequencing

Damlacık Tabanlı RNA Sıralamaile Yüksek EldeLi Maya Zorlanma Fenotilik

The powerful tools available to edit yeast genomes have made this microbe a valuable platform for engineering. While it is now possible to construct ...

Generation of Dynamical Environmental Conditions using a High-Throughput Microfluidic Device

Yüksek Verimli Mikroakışkan Cihaz Kullanarak Dinamik ÇevreSel Koşulların Üretilmesi

Mimicking in vivo environmental conditions is crucial for in vitro studies on complex life machinery. However, current techniques targeting live cells and ...