Name: mass spectrometry-guided genome mining as a tool to uncover novel natural products
Uploaded: 2020-03-12T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Mass Spectrometry-Guided Genome Mining as a Tool to Uncover Novel Natural Products at JoVE.com

Den finansielle støtte til denne undersøgelse blev ydet af São Paulo Research Foundation - FAPESP (2019/10564-5, 2014/12727-5 og 2014/50249-8 til L.G.O; 2013/12598-8 og 2015/01013-4 til R.S.; og 2019/08853-9 til C.F.F.A). B.S.P, C.F.F.A., og L.G.O. modtog stipendier fra Det Nationale Råd for Videnskabelig og Teknologisk Udvikling - CNPq (205729/2018-5, 162191/2015-4 og 313492/2017-4). L.G.O. er også taknemmelig for tilskuddet fra programmet For Women in Science (2008, Brasilianske Edition). Alle forfattere anerkender CAPES (Koordinering for forbedring af de videregående uddannelser personale) for at støtte post-graduering programmer i Brasilien.

1. Genomminedrift til biosyntetiske genklynger
<ol><li>Udfør hele genomsekvensering (WGS) som det første skridt til at vælge en biosyntetisk genklynge (BCG) til MS-styret genomminedrift. Hele genom udkast til stammen af interesse (bakterier) kan opnås ved Illumina MiSeq teknologi ved hjælp af følgende med høj kvalitet genomisk DNA: shotgun TruSeq PCR-Free bibliotek prep og Nextera Mate Pair Bibliotek Forberedelse Kit33. BEMÆRK: Efter sekvensering, kan Illumina shotgun bibliotek og Ill...

Den største fordel ved denne protokol er dens evne til hurtigt at dereplikere metaboliske profiler og bro genomiske oplysninger med MS data med henblik på at belyse strukturerne i nye molekyler, især strukturelle analoger2. På grundlag af genomiske oplysninger kan forskellige naturlige produkters kemotyper undersøges, såsom polyketid (PK), nonribosomale peptider (NRP) og glycosylated natural products (BNP) samt kryptiske BGCs. Metabolomisk screening giver beviser for aktiverede BGC-profiler ...

Undersøgelser af sekundær metabolisme består ofte af screening af rå ekstrakter til specifikke biologiske aktiviteter efterfulgt af rensning, identifikation og karakterisering af bestanddele, der tilhører aktive fraktioner. Denne proces har vist sig at være effektiv og har fremmet isolationen af flere kemiske enheder. Men i dag er dette ses som umuligt, primært på grund af de høje satser for genopdagelse. Som den farmaceutiske industri revolutionerede uden kendskab til roller og funktioner specialiserede metabolitter, deres identifikation blev udført under laboratorieforhold, der ikke præcist repræsenterer naturen1. I dag er der en bedre forståelse af naturlige signalering påvirkninger, sekresion, og tilstedeværelsen af de fleste mål på målbart lave koncentrationer. Derudover vil regulering af processen hjælpe det akademiske samfund og medicinalindustrien til at drage fordel af denne viden. Det vil også gavne forskning, der indebærer direkte isolering af metabolitter i forbindelse med tavse biosyntetiske genklynger (BGC)2.
I den forbindelse har fremskridt inden for genomisk sekventering fornyet interesse for screening af mikroorganismers metabolitter. Dette skyldes, at analysere genomiske oplysninger om udækkede biosyntetiske klynger kan afsløre gener, der koder nye forbindelser, der ikke observeres eller produceres under laboratorieforhold. Mange mikrobielle hele genom projekter eller udkast er tilgængelige i dag, og antallet vokser hvert år, hvilket giver massive udsigter til at afdække nye bioaktive molekyler gennem genom minedrift3,4.
Atlasset over biosyntetiske genklynger er den nuværende største samling af automatisk udvindede genklynger som en del af den integrerede mikrobielle genomplatform under Joint Genome Institute (JGI IMG-ABC)2. Senest har minimuminformationen for biosyntetiske genklynger (MIBiG) Standardiseringsinitiativ fremmet manuel reannotation af bgcs, hvilket giver et meget kurateret referencedatasæt5. I dag, masser af værktøjer er tilgængelige for at muliggøre beregningsmæssige minedrift af genetiske data og deres forbindelse til kendte sekundære metabolitter. Der er også udviklet forskellige strategier for at få adgang til nye bioaktive naturprodukter (dvs. heterologt udtryk, målgensletning, in vitro-rekonstitution, genomisk sekvens, isotopstyret screening [genomisotoptilgang], manipulation af lokale og globale tilsynsmyndigheder, resistensmålbaseret minedrift, kulturuafhængig minedrift og senest MS-styrede/kodetilgange22,6,7,8,9, 10,11,12,13,14,15).
Genomminedrift som en enestående strategi kræver en indsats for at anmærke en enkelt eller lille gruppe molekyler; dermed er der stadig huller i processen, hvor nye forbindelser prioriteres til isolation og strukturbelysning. I princippet er disse tilgange kun rettet mod én biosyntetisk vej pr. eksperiment, hvilket resulterer i en langsom opdagelseshastighed. I denne forstand er brugen af GM sammen med en molekylær netværkstilgang et vigtigt fremskridt for forskning i naturlige produkter14,15.
Alsidigheden, nøjagtigheden og den høje følsomhed af flydende kromatografi-massespektrometri (LC-MS) gør det til en god metode til sammentæding identifikation. I øjeblikket har flere platforme investeret algoritmer og software suiter for ikke-målrettede metabolomics16,17,18,19,20. Kernen i disse programmer omfatter funktionsregistrering (peak picking)21 og peak alignment, som giver mulighed for match af identiske funktioner på tværs af en batch af prøver og søge efter mønstre. MS mønster-baserede algoritmer22,23 sammenligne karakteristiske fragmentering mønstre og matche MS2 ligheder genererer molekylære familier deler strukturelle funktioner. Disse funktioner kan derefter fremhæves og grupperes, hvilket giver mulighed for hurtigt at opdage kendte og ukendte molekyler fra en kompleks biologisk ekstrakt ved tandem MS2,24,25. Tandem MS er derfor en alsidig metode til at få strukturelle oplysninger om flere kemotyper, der er indeholdt i en stor mængde data samtidigt.
Global Natural Products Social Molecular Networking (BNPS)26 algoritme bruger den normaliserede fragment ioner intensitet til at konstruere flerdimensionale vektorer, hvor ligheder sammenlignes ved hjælp af en cosinus funktion. Forholdet mellem forskellige overordnede ioner afbildes i en diagramrepræsentation, hvor hver fragmentering visualiseres som en node (cirkler), og hver nodes sammenktening defineres af en kant (linjer). Den globale visualisering af molekyler fra en enkelt kilde defineres som et molekylært netværk. Strukturelt divergerende molekyler, der fragmenterer entydigt vil danne deres egen specifikke klynge eller konstellation, mens beslægtede molekyler klynge sammen. Klyngedannelse kemotyper tillader den hypotetiske tilslutning af lignende strukturelle træk til deres biosyntetiske oprindelse.
Kombinationen af både kemotype-til-genotype og genotype-til-kemotype tilgange er kraftfuld, når man skaber bioinformatik forbindelser mellem BGCs og deres små molekyle produkter27. Derfor ms-guidede genom minedrift er en hurtig metode og lav materiale-forbrugende strategi, og det hjælper bro forældre ioner og biosyntetiske veje afsløret af WGS af en eller flere stammer under forskellige metaboliske og miljømæssige forhold.
Arbejdsprocessen i denne protokol (figur 1) består i at fodre WGS-data i en biosyntetisk genklyngeanmærkningsplatform som antiSMASH28,29,30. Det hjælper med at vurdere de mange forskellige forbindelser og klasse af forbindelser kodet af genomet. Der skal vedtages en strategi for at målrette indsatsen mod en biosyntetisk genklynge , der koder en kemisk enhed af interesse , og dyrkningsekstrakter fra en vild typestamme og/eller heterolog stamme , der indeholder BGC , kan analyseres for at generere klyngebaserede ioner baseret på ligheder ved hjælp af GNPS26,31. Det er derfor muligt at identificere nye molekyler, der forbinder med den målrettede BGC, og som ikke er tilgængelige i databasen (hovedsagelig ukendte analoger, undertiden fremstillet i lave titers). Det er relevant at antage, at brugerne kan bidrage til disse platforme, og at tilgængeligheden af bioinformatik og MS/MS-data stiger hurtigt, hvilket fører til en konstant udvikling og opgradering af effektive beregningsværktøjer og algoritmer til at styre effektive forbindelser af komplekse ekstrakter med molekyler.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60825/60825fig1b.jpg"> Figur 1: Oversigt over hele arbejdsprocessen. Vist er en illustration af bioinformatik, kloning, og molekylære netværkstrin involveret i den beskrevne MS-guidede genom minedrift tilgang til at identificere nye metabolitter. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60825/60825fig1blarge.jpg" target="_blank">Klik her for at se en større version af dette tal.</a>
Denne protokol beskriver en hurtig og effektiv arbejdsgang til at kombinere genomminedrift og molekylære netværk som udgangspunkt for den naturlige produktopdagelsespipeline. Selv om mange applikationer er i stand til at visualisere sammensætningen og relatedness af MS-påviselige molekyler i et netværk, flere er vedtaget her for at visualisere strukturelt lignende grupperede molekyler. Ved hjælp af denne strategi, nye cyclodepsipeptid produkter observeret i metaboliske ekstrakter af Streptomyces sp. CBMAI 2042 er med succes identificeret. Styret af genomminedrift, hele biosyntetiske gen klynge kodning for valinomyciner er anerkendt og klonet ind i producenten stamme Streptomyces coelicolor M1146. Endelig, efter en MS mønster-baserede molekylære netværk, molekyler opdaget af MS er korreleret med BGCs ansvarlig for deres biogenesis32.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Tedia</td>
			<td>AA1120-048</td>
			<td>HPLC grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Oxoid</td>
			<td>LP0011</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Apramycin</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A2024</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Carbenicillin</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>C9231</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>NA</td>
			<td>5804</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloramphenicol</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>C3175</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Column C18</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>NA</td>
			<td>ZORBAX RRHD Extend-C18, 80&#197;, 2.1 x 50 mm, 1.8 &#181;m, 1200 bar pressure limit P/N 757700-902</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kanamycin</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>K1377</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Manitol P.A.- A.C.S.</td>
			<td>Synth</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>NA</td>
			<td>5418</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nalidixic acid</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>N4382</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion Flash High-Fidelity PCR Master Mix</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>F548S</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Q-TOF mass spectrometer</td>
			<td>Agilent technologies</td>
			<td>NA</td>
			<td>6550 iFunnel Q-TOF LC/MS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sacarose P.A.- A.C.S.</td>
			<td>Synth</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker/Incubator</td>
			<td>Marconi</td>
			<td>MA420</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride</td>
			<td>Synth</td>
			<td>NA</td>
			<td>P. A. - ACS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Soy extract</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sucrose</td>
			<td>Synth</td>
			<td>NA</td>
			<td>P. A. - ACS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermal Cycles</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>NA</td>
			<td>Mastercycler Nexus Gradient</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thiostrepton</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T8902</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tryptone</td>
			<td>Oxoid</td>
			<td>LP0042</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tryptone Soy Broth</td>
			<td>Oxoid</td>
			<td>CM0129</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UPLC</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>NA</td>
			<td>1290 Infinity LC System</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>Oxoid</td>
			<td>LP0021</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

mass spectrometry-guided genome mining as a tool to uncover novel natural products

Det kemiske rum, der er omfattet af naturlige produkter, er enormt og almindeligt ukendt. Derfor er praktiske metoder til at udføre vidtrækkende evaluering af deres funktioner i naturen og potentielle menneskelige fordele (f.eks for narkotika opdagelse applikationer) ønskes. Denne protokol beskriver kombinationen af genomminedrift (GM) og molekylære netværk (MN), to nutidige tilgange, der matcher genklyngekodede anmærkninger i hele genomsekvensering med kemiske struktursignaturer fra rå metaboliske ekstrakter. Dette er det første skridt i retning af opdagelsen af nye naturlige enheder. Disse begreber, når de anvendes sammen, er defineret her som MS-guidet genom minedrift. I denne metode er de vigtigste komponenter tidligere udpeget (ved hjælp af MN), og strukturelt relaterede nye kandidater er forbundet med genom sekvens anmærkninger (ved hjælp af GM). Kombinere GM og MN er en rentabel strategi for at målrette nye molekyle backbones eller høste metaboliske profiler med henblik på at identificere analoger fra allerede kendte forbindelser.

Protokollen blev eksemplificeret ved hjælp af en kombination af genomminedrift, heterologt udtryk og MS-styrede/kodetilgange for at få adgang til nye specialiserede valinomycinanaloger molekyler. Genom-til-molekyle-arbejdsgangen for målet, valinomycin (VLM), er repræsenteret i figur 8. Streptomyces sp. CBMAI 2042 udkast til genom blev analyseret i silico, og VLM-genklyngen blev derefter identificeret og overført til en heterolog vært. Heterologe og vilde stammer blev dyrket i ...

Watch this Scientific Journal Video about Mass Spectrometry-Guided Genome Mining as a Tool to Uncover Novel Natural Products at JoVE.com

Mass Spectrometry-Guided Genome Mining as a Tool to Uncover Novel Natural Products

En massespektrometri-guidet genom minedrift protokol er etableret og beskrevet her. Den er baseret på oplysninger om genomsekvenser og LC-MS/MS-analyse og har til formål at lette identifikationen af molekyler fra komplekse mikrobielle ekstrakter og planteekstrakter.

Massespektrometri-guidet genom minedrift som et redskab til at afdække nye naturlige produkter

The chemical space covered by natural products is immense and widely unrecognized. Therefore, convenient methodologies to perform wide-ranging evaluation ...

Hele genom sekventering, genom minedrift og molekylær netværk udgør grundlaget for massespektrometri guide, genom minedrift protokol, som vi beskriver her. Og er den mest moderne tilgang i naturlige produkt opdagelse. Genomminedrift og molekylærnetværk matcher i klynge, i kodede anmærkninger i hele genomsekvensering med kemiske omstruktureringssignaturer fra rå ekstrakter, der giver massive udsigter til at afdække navlen ved hjælp af aktive molekyler.I princippet er genomminedrift rettet mod en enkelt eller en lille gruppe af molekyler pr. eksperiment. Derved resulterer i en langsom opdagelse sats. I denne forstand, ved hjælp af genom minedrift sammen med molekylære netværk repræsenterer et vigtigt fremskridt for naturlige produkter forskning.Massespektrometri guide-genom minedrift er en alsidig metode, som kan strukturere oplysninger om flere kemotyper, der er indeholdt i den store mængde data fra en rå ekstrakt samtidigt. I dag er det høj vifte metode i stand til at udforske bakterielle, svampe eller planter sekvens giver. Chemotype til genotype og genotype til kemotype bioinformatik forbindelser mellem biosyntetiske klynger og er små molekyler produkter.Høring af protokollen er påvist at karakterisere navle cyklus dybder Peptid produkter observeret i metaboliske ekstrakter af streptomyces arter. Men det gælder for svampe og planter sekvens og ekstrakter så godt. Det er meget vigtigt at have pænt kurateret genom datasæt og i dag fragmenterede udkast sekvenser har i stigende grad blive fortrængt af næsten færdige sekvens data.Der er også udviklet forskellige strategier for at få adgang til nye bioaktive naturlige produkter og helt sikkert kombinere dem med MS-Guide-tilgang. Vi vil føre til forbedringer i naturlige produkter isolation og struktur belysning. Som her forbinder vi genotype til kemotype tilgang, bioinformatik forbindelser mellem biosyntetiske klynger og der er små molekyle produkter er afgørende.at vurdere variationen og klassen af forbindelser og kode efter genom. Hvilket betyder replikering. Senere kan klyngedannelse baseret på ionlighedforformes ved hjælp af GNPS.At demonstrere proceduren vil være dr. Renata Sigrist og professor Angolini, mine samarbejdspartnere i denne undersøgelse. For at få i silico oplysninger om sekundære metabolisme genklynger anmærkninger fra en komplet sekvens genom. Indsend sekvensfilen, genbanken E-M-B-L eller hurtigere format til en anti-smash platform.Så ligesom genklynger af interesse fra output data baseret på de mest lignende kendte klynge. Baseret på DNA-sekvensoplysningerne fra BGC, designe primærvalg mellem 20 til 25 nukleotider flankerende genklyngen for ecoli streptomyces. Kunstig kromosom bibliotek screening.Efter at have opnået den rekombinante heterolog organisme i henhold til manuskriptet, vaccineres en 100th af stammerne preculture i passende gæring medier. Såsom flydende ISP2 medier. Placer kulturen på en kuvøse på 30 grader Celsius og 220 RPM, i syv dage.Efter vaccination centrifuger kulturerne ved 2200 gange G i 10 minutter. Kassér cellerne og overfør supernatanten til en separattragt. Tilsæt en til et volumen af ethylacetat og ryst.Vent et til tre minutter for de organiske og samtykkede lag til at adskille. Og opsaml det organiske lag i en Erlenmeyerkolbe. Sådan hentes MS/MS-data.Program egnede HPLC og massespektrometri metoder ved hjælp af kontrol software. Det skal bemærkes, at MS/MS-netværk er det påviselige molekylære netværk under de givne massespektrometriske forhold. Konverter massespektre til mzXML-format ved hjælp af GUIDEN MS Convert fra protea.Juster inputparametrene for konverteringen. Overfør de konverterede LC-MS/MS-filer til GNPS-databasen. Der er to muligheder.Ved hjælp af en filoverførselsprotokol eller direkte i en browser via onlineplatformen. Når du har oprettet en konto i GNPS, skal du logge på den oprettede konto og vælge Opret et molekylært netværk. Tilføj en jobtitel.For at udføre grundlæggende indstillinger. Vælg mzXML-filerne for at udføre det molekylære netværk. Organiser dem i op til seks grupper.Så ligesom bibliotekerne for dereplication rutine. Vælg prækursorionmassetolerancen og fragment da på massetolerance på henholdsvis 0,02 Dalton og 0,05 Dalton. Hvis du vil udføre avancerede netværksindstillinger, skal du vælge de parametre, der direkte påvirkede størrelsen og formen af netværksklyngen.Avancerede parametre findes i GNPS-dokumentation. Vælg en mailadresse for at modtage en besked, når arbejdet er udført, og send jobbet. Til analyse af GNPS-resultater.Log på GNPS. Vælg job, publiceret job, udført for at åbne et job. En webside åbnes med alle resultater fra molekylære netværk vises.Vælg seleadfamilier i browsernetværksvisualizer for at se alle netværksklynger. Der vises en liste med alle genererede molekylære netværksklynger. Foreløbig molekylær identifikation vises i alle id'er.Vælg vis for at visualisere dem. Hvis du vil analysere den molekylære netværksklynge, skal du vælge visualiser netværk. Vælg overordnet masse i feltet nodeetiketter.Vælg medtegn eller Delta Emz i feltet Kantetiketter. Sådan observeres nodelighed eller masseforskel mellem henholdsvis noder. I tilfælde af analyse af flere grupper skal du klikke på tegn tærter i nodefarveboksen.For at observere den hyppighed, hvormed hver node vises i hver gruppe. Hvis du vil se alle biblioteker, skal du vælge visning, alle biblioteker, hits. Åbn fragmenteringsspektrene direkte i GNPS-platformen.Eller i originale rå filer til manuelt at bekræfte dereplication forbindelser og struktur belysning af relaterede forbindelser. Protokollen blev med succes eksemplificeret ved hjælp af en kombination af genom minedrift, heterolog udtryk og MS-guidede kode tilgange. For at få adgang til nye specialiserede Valinomycin og analoge molekyler.Genomet til molekyle arbejdsgang for målet valinomycin præsenteres her. Kromatogrammet viste, at valinomycin, montanastatin og fem analoger blev produceret af valinomycin, biosyntetiske genklynger udtryk i en heterolog vært. Molekylære netværksioner svarende til valinomycin, en allerede kendt forbindelse med de tilsvarende biosyntetiske genklynger kommenteret i streptomyces arter, CBM AI to nul fire to genom.Er grupperet med ioner relateret til analoger, først beskrevet for valinomycin biosyntetiske genklynge. MS-spektre og kemiske strukturer for valinomycin og relaterede analoger, er vist her. Udfør hele genom sekventering og korrekt datasæt kuratering er det første skridt til at vælge en biosyntetisk klynge til MS-guide genom minedrift.Hele proceduren kan udføres med de vilde typer streng rå ekstrakt, men du kan vælge at vælge genklyngen af din interesse og fremme heterolog udtryk. Forskellige metoder er beskrevet for at fange hele den biosyntetiske genklynge fra en DNA-prøve. Den stærkeste fordel ved denne protokol er dens evne til hurtigt at replikere metaboliske profiler og avle genomiske oplysninger med MS-data.For at belyse disse såsom nye molekyler. Og masse guide-genom minedrift blev først beskrevet inden for peptid genomics og glycogenomics af Doris Chime og kolleger. Og efter indførelsen af NPS integreret metabolomics og genom minedrift tilgang er blevet den mest alsidige vej til at forbinde molekylære netværk med biosyntetiske kapaciteter.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Chemical Gardens as Flow-through Reactors Simulating Natural Hydrothermal Systems

Kemiske haver som Flow-through Reactors simulere naturlig Hydrotermiske Systems

Here we report experimental simulations of hydrothermal chimney growth using injection chemical garden methods. The versatility of this type of experiment ...

A Direct, Early Stage Guanidinylation Protocol for the Synthesis of Complex Aminoguanidine-containing Natural Products

En Direct, Early Stage Guanidinylation Protokol til syntese af komplekse aminoguanidin-holdige Naturprodukter

The guanidine functional group, displayed most prominently in the amino acid arginine, one of the fundamental building blocks of life, is an important ...

Laboratory Production of Biofuels and Biochemicals from a Rapeseed Oil through Catalytic Cracking Conversion

Laboratorium Produktion af biobrændstoffer og biokemikalier fra en Rapsolie gennem Catalytic Cracking Conversion

The work is based on a reported study which investigates the processability of canola oil (bio-feed) in the presence of bitumen-derived heavy gas oil ...

NMR Spectroscopy as a Robust Tool for the Rapid Evaluation of the Lipid Profile of Fish Oil Supplements

NMR spektroskopi som et robust værktøj til Rapid Evaluering af Lipid Profil af fiskeolie kosttilskud

The western diet is poor in n-3 fatty acids, therefore the consumption of fish oil supplements is recommended to increase the intake of these essential ...

Coulomb Explosion Imaging as a Tool to Distinguish Between Stereoisomers

Coulomb eksplosion billeddannelse som et redskab til at skelne mellem stereoisomere

This article shows how the COLTRIMS (Cold Target Recoil Ion Momentum Spectroscopy) or the "reaction microscope" technique can be used to distinguish ...

Electrochemical Impedance Spectroscopy as a Tool for Electrochemical Rate Constant Estimation

Elektrokemiske impedans spektroskopi som et redskab for elektrokemisk sats konstant estimering

Electrochemical impedance spectroscopy (EIS) was used for advanced characterization of organic electroactive compounds along with cyclic voltammetry (CV). ...

Color Spot Test As a Presumptive Tool for the Rapid Detection of Synthetic Cathinones

Farve Spot Test som en Præsumptive værktøj til hurtig påvisning af syntetiske Cathinones

Synthetic cathinones are a large class of new psychoactive substances (NPS) that are increasingly prevalent in drug seizures made by law enforcement and ...

Novel Techniques for Observing Structural Dynamics of Photoresponsive Liquid Crystals

Nye teknikker til at observere strukturdynamik Photoresponsive flydende krystaller

We discuss in this article the experimental measurements of the molecules in liquid crystal (LC) phase using the time-resolved infrared (IR) vibrational ...

Employing Pressurized Hot Water Extraction (PHWE) to Explore Natural Products Chemistry in the Undergraduate Laboratory

Employing Pressurized Hot Water Extraction PHWE to Explore Natural Products Chemistry in the Undergraduate Laboratory

Ansætte trykisoleret varmt vand udvinding (PHWE) til at udforske naturprodukter kemi på bachelor laboratorium

A recently developed pressurized hot water extraction (PHWE) method which utilizes an unmodified household espresso machine to facilitate natural products ...

A Two-Step Pyrolysis-Gas Chromatography Method with Mass Spectrometric Detection for Identification of Tattoo Ink Ingredients and Counterfeit Products

En to-trins pyrolyse-gaskromatografi metode med massespektrometrisk detektion til identifikation af tatovering blæk ingredienser og forfalskede produkter

Tattoo inks are complex mixtures of ingredients. Each of them possesses different chemical properties which have to be addressed upon chemical analysis. ...