Name: mass spectrometry-guided genome mining as a tool to uncover novel natural products
Uploaded: 2020-03-12T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Mass Spectrometry-Guided Genome Mining as a Tool to Uncover Novel Natural Products at JoVE.com

Den økonomiske støtten til denne studien ble gitt av São Paulo Research Foundation - FAPESP (2019/10564-5, 2014/12727-5 og 2014/50249-8 til L.G.O; 2013/12598-8 og 2015/01013-4 til R.S.; og 2019/08853-9 til C.F.F.A). B.S.P, C.F.F.A., og L.G.O. mottok stipend fra National Council for Scientific and Technological Development - CNPq (205729/2018-5, 162191/2015-4, og 313492/2017-4). L.G.O. er også takknemlig for tilskuddsstøtten fra programmet For Women in Science (2008, Brazilian Edition). Alle forfattere anerkjenner CAPES (Koordinering for forbedring av høyere utdanning personell) for å støtte ettereksamen programmer i Brasil.

1. Genomgruvedrift for biosyntetiske genklynger
<ol><li>Utfør hele genomsekvensering (WGS) som det første trinnet for å velge en biosyntetisk genklynge (BCG) for MS-styrt genomgruvedrift. Hele genomutkastet av belastningen av interesse (bakterier) kan oppnås av Illumina MiSeq-teknologi ved hjelp av følgende med genomisk DNA av høy kvalitet: hagle TruSeq PCR-Free library prep og Nextera Mate Pair Library Preparation Kit33. MERK: Etter sekvensering kan Illumina haglebibliotek og Illumina ...

Den sterkeste fordelen med denne protokollen er dens evne til raskt å degjenskape metabolske profiler og bygge bro genominformasjon med MS-data for å belyse strukturene til nye molekyler, spesielt strukturelle analoger2. Basert på genominformasjon kan ulike fysiske produkter kjemotyper undersøkes, for eksempel polyketider (PK), ikke-ribosomale peptider (NRP) og glykoerte naturlige produkter (GNP), samt kryptiske BGCs. Metabolomic screening bevis på aktiverte BGC-profiler og kjemisk mangfold p...

Undersøkelser av sekundær metabolisme består ofte av screening av råoljeekstrakter for spesifikke biologiske aktiviteter etterfulgt av rensing, identifikasjon og karakterisering av bestanddelene som tilhører aktive fraksjoner. Denne prosessen har vist seg å være effektiv, fremme isolasjon av flere kjemiske enheter. Men i dag er dette sett på som umulig, hovedsakelig på grunn av de høye gjenoppdagelsene. Som den farmasøytiske industrien revolusjonert uten kunnskap om rollene og funksjonene til spesialiserte metabolitter, ble deres identifikasjon utført under laboratorieforhold som ikke nøyaktig representerer natur1. I dag er det en bedre forståelse av naturlige signalpåvirkninger, sekresjon og tilstedeværelsen av de fleste mål ved undetectably lave konsentrasjoner. I tillegg vil regulering av prosessen hjelpe fagmiljøet og farmasøytisk industri til å dra nytte av denne kunnskapen. Det vil også være til nytte for forskning som involverer direkte isolering av metabolitter relatert til stille biosyntetiske genklynger (BGCs)2.
I denne sammenheng har fremskritt i genomisk sekvensering fornyet interessen for screening av mikroorganismemetabolitter. Dette er fordi analyse av genomisk informasjon om avdekkede biosyntetiske klynger kan avsløre gener koding nye forbindelser som ikke er observert eller produsert under laboratorieforhold. Mange mikrobielle hele genomprosjekter eller utkast er tilgjengelige i dag, og antallet vokser hvert år, noe som gir massive utsikter for å avdekke nye bioaktive molekyler gjennom genomgruvedrift3,4.
Atlas of Biosynthetic Gene Clusters er den nåværende største samlingen av automatisk utvunnet genklynger som en del av den integrerte mikrobielle genomer plattformen til Joint Genome Institute (JGI IMG-ABC)2. Senest har minimumsinformasjonen for biosyntetiske genklynger (MIBiG) standardiseringsinitiativ fremmet manuell reannotasjon av BGCer, noe som gir et svært kuratert referansedatasett5. I dag er mange verktøy tilgjengelig for å muliggjøre beregningsmessig gruvedrift av genetiske data og deres forbindelse til kjente sekundære metabolitter. Ulike strategier har også blitt utviklet for å få tilgang til nye bioaktive naturlige produkter (dvs. heterologøst uttrykk, mål gensletting, in vitro rekonstituering, genomsekvens, isotop-guidet screening [genomisotopisk tilnærming], manipulering av lokale og globale regulatorer, resistens målbasert gruvedrift, kulturuavhengig gruvedrift, og, mer nylig, MS-guidet / kode tilnærminger2,6,7,8,9, 10,11,12,13,14,15).
Genomgruvedrift som en enestående strategi krever innsats for å kommentere en enkelt eller liten gruppe molekyler; Dermed forblir hull i prosessen der nye forbindelser prioriteres for isolasjon og strukturbelysning. I prinsippet retter disse tilnærmingene seg bare mot én biosyntetisk vei per eksperiment, og resulterer dermed i en langsom oppdagelsesfrekvens. I denne forstand, ved hjelp av GM sammen med en molekylær nettverk tilnærming representerer et viktig fremskritt for naturlig produktforskning14,15.
Allsidigheten, nøyaktigheten og den høye følsomheten til flytende kromatografi-massespektrometri (LC-MS) gjør det til en god metode for sammensatt identifikasjon. Foreløpig har flere plattformer investert algoritmer og programvaresuiter for umålrettede metabolomikk16,17,18,19,20. Kjernen i disse programmene inkluderer funksjonsdeteksjon (toppplukking)21 og toppjustering, noe som gjør det mulig å matche identiske funksjoner på tvers av en gruppe prøver og søke etter mønstre. MS mønsterbaserte algoritmer22,23 sammenligner karakteristiske fragmenteringsmønstre og samsvarer med MS2-likheter som genererer molekylære familier som deler strukturelle funksjoner. Disse funksjonene kan deretter fremheves og grupperes, og gir muligheten til raskt å oppdage kjente2og ukjente molekyler fra et komplekst biologisk ekstrakt av tandem MS2,24,,25. Derfor er tandem MS en allsidig metode for å få strukturell informasjon om flere kjemotyper som finnes i en stor mengde data samtidig.
Den globale naturlige produkter social molecular networking (GNPS)26 algoritmen bruker normalisert fragment ioner intensitet for å konstruere flerdimensjonale vektorer, der likheter sammenlignes ved hjelp av en cosinusfunksjon. Forholdet mellom ulike overordnede ioner tegnes inn i en diagramrepresentasjon, der hver fragmentering visualiseres som en node (sirkler), og sammenhengen til hver node defineres av en kant (linjer). Den globale visualiseringen av molekyler fra en enkelt kilde er definert som et molekylært nettverk. Strukturelt divergerende molekyler som fragmenterer unikt vil danne sin egen spesifikke klynge eller konstellasjon, mens relaterte molekyler klynger seg sammen. Clustering kjemotyper tillater hypotetisk tilkobling av lignende strukturelle funksjoner til deres biosyntetiske opprinnelse.
Kombinere både kjemotype-til-genotype og genotype-til-kjemotype tilnærminger er kraftig når du oppretter bioinformatikk koblinger mellom BGCs og deres små molekylprodukter27. Derfor er MS-guidet genomgruvedrift en rask metode og lav materialkrevende strategi, og det bidrar til å bygge bro over foreldreioner og biosyntetiske veier avslørt av WGS av en eller flere stammer under ulike metabolske og miljømessige forhold.
Arbeidsflyten til denne protokollen (Figur 1) består av fôring AV WGS-data til en biosyntetisk genklyngemerknadsplattform som antiSMASH28,,29,30. Det bidrar til å estimere mangfoldet av forbindelser og klasse av forbindelser kodet av genomet. En strategi for å målrette en biosyntetisk genklynge som koding en kjemisk enhet av interesse må vedtas, og kulturekstrakter fra en vill type stamme og / eller heterologous stamme som inneholder BGC kan analyseres for å generere grupperte ioner basert på likheter ved hjelp av GNPS26,31. Følgelig er det mulig å identifisere nye molekyler som forbinder med målrettet BGC og er utilgjengeligi databasen (hovedsakelig ukjente analoger, noen ganger produsert i lave titers). Det er relevant å vurdere at brukerne kan bidra til disse plattformene, og at tilgjengeligheten av bioinformatikk og MS/ MS-data øker raskt, og driver til en konstant utvikling og oppgradering av effektive beregningsverktøy og algoritmer for å veilede effektive forbindelser av komplekse ekstrakter med molekyler.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/60825/60825fig1b.jpg"> Figur 1: Oversikt over hele arbeidsflyten. Vist er en illustrasjon av bioinformatikk, kloning og molekylære nettverkstrinn involvert i den beskrevne MS-guidede genomgruvetilnærmingen for å identifisere nye metabolitter. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/60825/60825fig1blarge.jpg" target="_blank">Vennligst klikk her for å se en større versjon av denne figuren.</a>
Denne protokollen beskriver en rask og effektiv arbeidsflyt for å kombinere genomgruvedrift og molekylært nettverk som utgangspunkt for den naturlige produktoppdagelsesrørledningen. Selv om mange applikasjoner er i stand til å visualisere sammensetningen og sammenhengen til MS-påviselige molekyler i ett nettverk, er flere vedtatt her for å visualisere strukturelt lignende grupperte molekyler. Ved hjelp av denne strategien, romanen cyclodepsipeptid produkter observert i metabolske ekstrakter av Streptomyces sp. CBMAI 2042 er vellykket identifisert. Guidet av genom gruvedrift, hele biosyntetiske genklynge koding for valinomycins er anerkjent og klonet inn i produsenten stamme Streptomyces coelicolor M1146. Til slutt, etter et MS-mønsterbasert molekylært nettverk, er molekylene som oppdages av MS korrelert med BGCs ansvarlig for deres biogenesis32.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Tedia</td>
			<td>AA1120-048</td>
			<td>HPLC grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Oxoid</td>
			<td>LP0011</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Apramycin</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A2024</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Carbenicillin</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>C9231</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>NA</td>
			<td>5804</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloramphenicol</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>C3175</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Column C18</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>NA</td>
			<td>ZORBAX RRHD Extend-C18, 80&#197;, 2.1 x 50 mm, 1.8 &#181;m, 1200 bar pressure limit P/N 757700-902</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kanamycin</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>K1377</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Manitol P.A.- A.C.S.</td>
			<td>Synth</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>NA</td>
			<td>5418</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nalidixic acid</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>N4382</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion Flash High-Fidelity PCR Master Mix</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>F548S</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Q-TOF mass spectrometer</td>
			<td>Agilent technologies</td>
			<td>NA</td>
			<td>6550 iFunnel Q-TOF LC/MS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sacarose P.A.- A.C.S.</td>
			<td>Synth</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker/Incubator</td>
			<td>Marconi</td>
			<td>MA420</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride</td>
			<td>Synth</td>
			<td>NA</td>
			<td>P. A. - ACS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Soy extract</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sucrose</td>
			<td>Synth</td>
			<td>NA</td>
			<td>P. A. - ACS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermal Cycles</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>NA</td>
			<td>Mastercycler Nexus Gradient</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thiostrepton</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T8902</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tryptone</td>
			<td>Oxoid</td>
			<td>LP0042</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tryptone Soy Broth</td>
			<td>Oxoid</td>
			<td>CM0129</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UPLC</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>NA</td>
			<td>1290 Infinity LC System</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>Oxoid</td>
			<td>LP0021</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

mass spectrometry-guided genome mining as a tool to uncover novel natural products

Det kjemiske rommet dekket av naturlige produkter er enormt og allment ukjent. Derfor er praktiske metoder for å utføre omfattende evaluering av sine funksjoner i naturen og potensielle menneskelige fordeler (f.eks. for narkotikaoppdagelsesapplikasjoner) ønsket. Denne protokollen beskriver kombinasjonen av genomgruvedrift (GM) og molekylært nettverk (MN), to samtidige tilnærminger som samsvarer med genklyngekodet merknader i hele genomsekvensering med kjemiskstruktursignaturer fra rå metabolske ekstrakter. Dette er det første skrittet mot oppdagelsen av nye naturenheter. Disse begrepene, når de brukes sammen, er definert her som MS-guidet genomgruvedrift. I denne metoden er hovedkomponentene tidligere utpekt (ved hjelp av MN), og strukturelt relaterte nye kandidater er forbundet med genomsekvensmerknader (ved hjelp av GM). Kombinere GM og MN er en lønnsom strategi for å målrette nye molekyl ryggbein eller høste metabolske profiler for å identifisere analoger fra allerede kjente forbindelser.

Protokollen ble vellykket eksemplifisert ved hjelp av en kombinasjon av genomgruvedrift, heterologous uttrykk, og MS-guidede / kode tilnærminger for å få tilgang til nye spesialiserte valinomycin analoger molekyler. Genom-til-molekyl arbeidsflyt for målet, valinomycin (VLM), er representert i figur 8. Streptomyces sp. CBMAI 2042 utkast genom ble analysert i silico, og VLM genklyngen ble deretter identifisert og overført til en heterologous vert. Heterologous og vill type stamme...

Watch this Scientific Journal Video about Mass Spectrometry-Guided Genome Mining as a Tool to Uncover Novel Natural Products at JoVE.com

Mass Spectrometry-Guided Genome Mining as a Tool to Uncover Novel Natural Products

En massespektrometristyrt genomgruveprotokoll er etablert og beskrevet her. Den er basert på informasjon om genomsekvens og LC-MS/MS-analyse og har som mål å lette identifiseringen av molekyler fra komplekse mikrobielle og planteekstrakter.

Massespektrometristyrt genomgruvedrift som et verktøy for å avdekke nye naturlige produkter

The chemical space covered by natural products is immense and widely unrecognized. Therefore, convenient methodologies to perform wide-ranging evaluation ...

Hele genomsekvensering, genomgruvedrift og molekylært nettverk utgjør grunnlaget for massespektrometriguiden som genomgruveprotokollen som vi beskriver her. Og er den mest moderne tilnærmingen i naturlig produktoppdagelse. Genomgruvedrift og molekylære nettverk matcher i klynge, i kodede merknader i hele genomsekvensering med kjemiske omstruktureringssignaturer fra råoljeekstrakter som gir massive utsikter for å avdekke navle av aktive molekyler.I prinsippet retter genomgruvedrift seg mot en enkelt eller en liten gruppe molekyler per eksperiment. Dermed resulterer det i en langsom oppdagelseshastighet. I denne forstand representerer bruk av genomgruvedrift sammen med molekylære nettverk et viktig fremskritt for forskning på naturlige produkter.Massespektrometri guide-genom gruvedrift er en allsidig metode som kan strukturere informasjon om flere kjemotyper som finnes i den store mengden data fra en råolje ekstrakt samtidig. I dag er det høy rekkevidde metodikk i stand til å utforske bakteriell, sopp eller planter sekvens gir. Kjemotype til genotype og genotype til kjemotype bioinformatikk knytter mellom biosyntetiske klynger og er små molekylprodukter.Høre protokollen er demonstrert for å karakterisere navle syklus dybder Peptid produkter observert i metabolske ekstrakter av streptomyces arter. Men det gjelder også sopp- og plantesekvenser og ekstrakter. Det er svært viktig å ha pent kuratert genomdatasett, og i dag har fragmenterte utkastsekvenser i økende grad blitt erstattet av nesten ferdige sekvensdata.Også, ulike strategier er utviklet for å få tilgang til nye bioaktive naturlige produkter og sikkert kombinere dem med MS-Guide tilnærming. Vi vil føre til forbedring i isolasjon av naturlige produkter og strukturklarasjon. Som her kobler vi genotype til kjemotype tilnærming, bioinformatikk forbindelser mellom biosyntetiske klynger og det er små molekylprodukter er avgjørende.å estimere variasjonen og klassen av forbindelser og kode ved genom. Det betyr replikeringen. Senere kan klynger basert på igre likheter forhåndsformes ved hjelp av GNPS.Å demonstrere prosedyren vil være Dr Renata Sigrist og professor Angolini mine samarbeidspartnere i denne studien. For å oppnå i silico informasjon om sekundær metabolisme gen klynger merknader fra en komplett sekvens genom. Send sekvensfilen, genbanken E-M-B-L eller raskere format, til en anti-smash plattform.Så som genklyngene av interesse fra utdata basert på den mest like kjente klyngen. Basert på DNA-sekvensinformasjonen til BGC, design primaries mellom 20 til 25 nukleotider flankerer genklyngen for ecoli streptomyces. Kunstig kromosom bibliotek screening.Etter å ha fått den rekombinante heterologøse organismen i henhold til manuskriptet, inokulerer en 100th av stammene forkultur i passende gjæringsmedier. Som flytende ISP2-medier. Plasser kulturen på en inkubator på 30 grader Celsius og 220 RPM, i syv dager.Etter inokulasjon sentrifugerer kulturene ved 2200 ganger G i 10 minutter. Kast cellene og overfør det overnaturlige til en separattor trakt. Tilsett ett til ett volum av etylacetat og rist.Vent ett til tre minutter for de organiske og akkompagnerte lagene å skille. Og samle det organiske laget i en Erlenmeyer kolbe. Slik henter du MS/MS-data.Program egnede HPLC og massespektrometri metoder ved hjelp av kontrollprogramvaren. Det vil bli bemerket at MS / MS-nettverk er det påvisbare molekylære nettverket under de gitte massespektrometriske forholdene. Konverter massespektra til mzXML-format ved hjelp av MS Konverter fra proteaveiviseren.Juster inndataparameterne for konverteringen. Last opp de konverterte LC-MS/MS-filene til GNPS-databasen. To alternativer er tilgjengelige.Bruke en filoverføringsprotokoll eller direkte i en nettleser via den elektroniske plattformen. Når du har opprettet en konto i GNPS, logger du på den opprettede kontoen og velger opprett et molekylært nettverk. Legge til en jobbtittel.For å utføre grunnleggende alternativer. Velg mzXML-filene for å utføre det molekylære nettverket. Organiser dem i opptil seks grupper.Så som bibliotekene for dereplication rutine. Velg forløperen ion massetoleranse og fragment Da på massetoleranse på 0,02 Dalton og 0,05 Dalton henholdsvis. Hvis du vil utføre avanserte nettverksalternativer, velger du parameterne som direkte påvirket størrelsen og skjemaet for nettverksklynge.Avanserte parametere er i GNPS-dokumentasjon. Velg en e-postadresse for å motta et varsel når arbeidet er ferdig og sende inn jobben. For å analysere GNPS-resultater.Logg inn på GNPS. Velg jobber, publisert jobb, gjort for å åpne en jobb. En nettside åpnes med alle resultater hentet fra molekylære nettverk som vises.Velg Vis spektrale familier i weblesernettverksvisualisator for å se alle nettverksklynger. En liste vises med alle genererte molekylære nettverksklynger. Foreløpig molekylær identifikasjon vises i alle ID-er.Velg vis for å visualisere dem. Hvis du vil analysere den molekylære nettverksklyngen, velger du visualisere nettverk. Velg overordnet masse i boksen nodeetiketter.Velg medtegn eller Delta Emz i kantetikettboksen. For å observere node likhet eller masseforskjell mellom noder henholdsvis. Når det gjelder analyse med flere grupper, klikker du tegne paier i nodefargeboksen.For å observere hvor ofte hver node vises i hver gruppe. Hvis du vil se alle bibliotekene, velger du visning, alle biblioteker, treff. Åpne fragmenteringsspektra direkte i GNPS-plattformen.Eller i originale råfiler for å manuelt bekrefte dereplication forbindelser og struktur belyse av relaterte forbindelser. Protokollen ble eksemplifisert ved hjelp av en kombinasjon av genomgruvedrift, heterologuttrykk og MS-veiledede kodetilnærminger. For å få tilgang til nye spesialiserte Valinomycin og analoge molekyler.Genomet til molekylarbeidsflyt for målet valinomycin presenteres her. Kromatrammet viste at valinomycin, montanastatin og fem analoger ble produsert av valinomycin, biosyntetiske genklynger uttrykk i en heterolog vert. Molekylære nettverksioner som tilsvarer valinomycin, en allerede kjent forbindelse med de tilsvarende biosyntetiske genklyngene kommentert i streptomyces arter, CBM AI to null fire to genom.Er gruppert med ioner relatert til analoger, først beskrevet for valinomycin biosyntetisk genklynge. MS-spektra og kjemiske strukturer for valinomycin og relaterte analoger, er vist her. Utfør hele genomsekvensering og riktig datasettkuratering er det første skrittet for å velge en biosyntetisk klynge for MS-guide genomgruvedriften.Hele prosedyren kan utføres med de ville typer streng rå ekstrakt, men du kan velge genklyngen av din interesse og fremme heterologous uttrykk. Ulike metoder er beskrevet for å fange hele biosyntetiske genklyngen fra en DNA-prøve. Den sterkeste fordelen med denne protokollen er dens evne til raskt å replikere metabolske profiler og avle genomisk informasjon med MS-data.For å belyse disse som av nye molekyler. Og masseguide-genom gruvedrift ble først beskrevet innen peptid genomikk og glykogenomikk av Doris Chime og kolleger. Og etter innføringen av NPS integrerte metabolomics og genom gruvedrift tilnærming har blitt den mest allsidige veien til å koble molekylære nettverk med biosyntetiske evner.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Chemical Gardens as Flow-through Reactors Simulating Natural Hydrothermal Systems

Kjemiske Gardens som Gjennomstrømning Reaktorer simulere Natur Hydrotermale Systems

Here we report experimental simulations of hydrothermal chimney growth using injection chemical garden methods. The versatility of this type of experiment ...

A Direct, Early Stage Guanidinylation Protocol for the Synthesis of Complex Aminoguanidine-containing Natural Products

En direkte, Early Stage Guanidinylation protokoll for syntese av komplekse aminoguanidin holdig Natural Products

The guanidine functional group, displayed most prominently in the amino acid arginine, one of the fundamental building blocks of life, is an important ...

Laboratory Production of Biofuels and Biochemicals from a Rapeseed Oil through Catalytic Cracking Conversion

Laboratory produksjon av biodrivstoff og biokjemikalier fra en rapsolje gjennom Catalytic Cracking Conversion

The work is based on a reported study which investigates the processability of canola oil (bio-feed) in the presence of bitumen-derived heavy gas oil ...

NMR Spectroscopy as a Robust Tool for the Rapid Evaluation of the Lipid Profile of Fish Oil Supplements

NMR spektroskopi som et robust verktøy for rask evaluering av Lipid profil av fiskeolje kosttilskudd

The western diet is poor in n-3 fatty acids, therefore the consumption of fish oil supplements is recommended to increase the intake of these essential ...

Coulomb Explosion Imaging as a Tool to Distinguish Between Stereoisomers

Coulomb eksplosjon Imaging som et verktøy til å skille mellom Stereoisomers

This article shows how the COLTRIMS (Cold Target Recoil Ion Momentum Spectroscopy) or the "reaction microscope" technique can be used to distinguish ...

Electrochemical Impedance Spectroscopy as a Tool for Electrochemical Rate Constant Estimation

Elektrokjemiske impedans spektroskopi som et verktøy for elektrokjemiske Rate konstant estimering

Electrochemical impedance spectroscopy (EIS) was used for advanced characterization of organic electroactive compounds along with cyclic voltammetry (CV). ...

Color Spot Test As a Presumptive Tool for the Rapid Detection of Synthetic Cathinones

Farge stikkprøve som Presumptive verktøy for rask påvisning av syntetisk katinoner

Synthetic cathinones are a large class of new psychoactive substances (NPS) that are increasingly prevalent in drug seizures made by law enforcement and ...

Novel Techniques for Observing Structural Dynamics of Photoresponsive Liquid Crystals

Romanen teknikker for å observere strukturelle dynamikken i Photoresponsive flytende krystaller

We discuss in this article the experimental measurements of the molecules in liquid crystal (LC) phase using the time-resolved infrared (IR) vibrational ...

Employing Pressurized Hot Water Extraction (PHWE) to Explore Natural Products Chemistry in the Undergraduate Laboratory

Employing Pressurized Hot Water Extraction PHWE to Explore Natural Products Chemistry in the Undergraduate Laboratory

Ansette trykksatt varmtvann utvinning (PHWE) for utforske naturprodukter kjemi i Undergraduate laboratoriet

A recently developed pressurized hot water extraction (PHWE) method which utilizes an unmodified household espresso machine to facilitate natural products ...

A Two-Step Pyrolysis-Gas Chromatography Method with Mass Spectrometric Detection for Identification of Tattoo Ink Ingredients and Counterfeit Products

En to-trinns pyrolyse-gass kromatografi metode med MASS Spectrometric Detection for identifisering av Tattoo Ink ingredienser og forfalskede produkter

Tattoo inks are complex mixtures of ingredients. Each of them possesses different chemical properties which have to be addressed upon chemical analysis. ...