Name: development of an individual-tree basal area increment model using a linear mixed-effects approach
Uploaded: 2020-07-03T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Development of an Individual-Tree Basal Area Increment Model using a Linear Mixed-Effects Approach at JoVE.com

מחקר זה מומן על ידי קרנות המחקר הבסיסיות לאוניברסיטאות המרכזיות, מענק מספר 2019GJZL04. אנו מודים לפרופסור וישנג זנג באקדמיה למלאי ותכנון יערות, מינהל היערנות הלאומי וארץ העשב, סין על מתן גישה לנתונים.

1. הכנת נתונים
<ol><li>הכינו נתוני מידול, הכוללים מידע על עץ יחיד (מינים וקוטר בגובה השד בגובה 1.3 מ') ומידע עלילה (שיפוע, היבט וגובה). במחקר זה, הנתונים התקבלו מן 8 (2009) ו 9 (2014) מלאי היער הלאומי הסיני במחוז שינג'יאנג, צפון מערב סין, הכולל 21,898 תצפיות של 779 חלקות מדגם. חלקות מדגם אלה הן בצורת ריבוע עם גוד?...

<ol>
	<li>Meng, J., Lu, Y., Ji, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transformation+of+a+Degraded+Pinus+massoniana+Plantation+into+a+Mixed-Species+Irregular+Forest:+Impacts+on+Stand+Structure+and+Growth+in+Southern+China.">Transformation of a Degraded Pinus massoniana Plantation into a Mixed-Species Irregular Forest: Impacts on Stand Structure and Growth in Southern China.</a> Forests. 5 (12), 3199-3221 (2014).</li><li>Sharma, A., Bohn, K., Jose, S., Cropper, W. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Converting+even-aged+plantations+to+uneven-aged+stand+conditions:+A+simulation+analysis+of+silvicultural+regimes+with+slash+pine+(Pinus+elliottii+Engelm).">Converting even-aged plantations to uneven-aged stand conditions: A simulation analysis of silvicultural regimes with slash pine (Pinus elliottii Engelm).</a> Forest Science. 60 (5), 893-906 (2014).</li><li>Zhu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Feasibility+of+implementing+thinning+in+even-aged+Larix+olgensis+plantations+to+develop+uneven-aged+larch&#8211;broadleaved+mixed+forests.">Feasibility of implementing thinning in even-aged Larix olgensis plantations to develop uneven-aged larch&#8211;broadleaved mixed forests.</a> Journal of Forest Research. 15 (1), 71-80 (2010).</li><li>Leites, L. P., Robinson, A. P., Crookston, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accuracy+and+equivalence+testing+of+crown+ratio+models+and+assessment+of+their+impact+on+diameter+growth+and+basal+area+increment+predictions+of+two+variants+of+the+Forest+Vegetation+Simulator.">Accuracy and equivalence testing of crown ratio models and assessment of their impact on diameter growth and basal area increment predictions of two variants of the Forest Vegetation Simulator.</a> Canadian Journal of Forest Research. 39 (3), 655-665 (2009).</li><li>Pretzsch, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Forest Dynamics, Growth and Yield. , (2009).</li><li>Weiskittel, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Forest+growth+and+yield+modeling.">Forest growth and yield modeling.</a> Forest Growth &amp; Yield Modeling. 7 (2), 223-233 (2002).</li><li>Burkhart, H. E., Tom&#233;, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Modeling Forest Trees and Stands. , (2012).</li><li>Zhang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chinese+Academy+Of+Forestry.+A+linkage+among+whole-stand+model,+individual-tree+model+and+diameter-distribution+model.">Chinese Academy Of Forestry. A linkage among whole-stand model, individual-tree model and diameter-distribution model.</a> Journal of Forest Science. 56 (56), 600-608 (2010).</li><li>Peng, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+and+yield+models+for+uneven-aged+stands:+past,+present+and+future.">Growth and yield models for uneven-aged stands: past, present and future.</a> Forest Ecology &amp; Management. 132 (2), 259-279 (2000).</li><li>Lhotka, J. M., Loewenstein, E. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+individual-tree+diameter+growth+model+for+managed+uneven-aged+oak-shortleaf+pine+stands+in+the+Ozark+Highlands+of+Missouri,+USA.">An individual-tree diameter growth model for managed uneven-aged oak-shortleaf pine stands in the Ozark Highlands of Missouri, USA.</a> Forest Ecology &amp; Management. 261 (3), 770-778 (2011).</li><li>Port&#233;, A., Bartelink, H. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modelling+mixed+forest+growth:+a+review+of+models+for+forest+management.">Modelling mixed forest growth: a review of models for forest management.</a> Ecological Modelling. 150 (1), 141-188 (2002).</li><li>Moses, L. E., Gale, L. C., Altmann, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+analysis+of+unbalanced,+longitudinal,+growth+data.">Methods for analysis of unbalanced, longitudinal, growth data.</a> American Journal of Primatology. 28 (1), 49-59 (2010).</li><li>Biging, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+Estimates+of+Site+Index+Curves+Using+a+Varying-Parameter+Model.">Improved Estimates of Site Index Curves Using a Varying-Parameter Model.</a> Forest Science. 31 (31), 248-259 (1985).</li><li>Kowalchuk, R. K., Keselman, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mixed-model+pairwise+multiple+comparisons+of+repeated+measures+means.">Mixed-model pairwise multiple comparisons of repeated measures means.</a> Psychological Methods. 6 (3), 282-296 (2001).</li><li>Hayes, A. F., Cai, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+heteroskedasticity-consistent+standard+error+estimators+in+OLS+regression:+An+introduction+and+software+implementation.">Using heteroskedasticity-consistent standard error estimators in OLS regression: An introduction and software implementation.</a> Behavior Research Methods. 39 (4), 709-722 (2007).</li><li>Gutzwiller, K. J., Riffell, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Using Statistical Models to Study Temporal Dynamics of Animal-Landscape Relations. , (2007).</li><li>Calama, R., Montero, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Multilevel linear mixed model for tree diameter increment in stone pine (Pinus pinea): a calibrating approach. 39, (2005).</li><li>Vonesh, E. F., Chinchilli, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Linear+and+nonlinear+models+for+the+analysis+of+repeated+measurements.">Linear and nonlinear models for the analysis of repeated measurements.</a> Journal of Biopharmaceutical Statistics. 18 (4), 595-610 (1996).</li><li>Zobel, J. M., Ek, A. R., Burk, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+Forest+Inventory+and+Analysis+surveys,+basal+area+models,+and+fitting+methods+for+the+aspen+forest+type+in+Minnesota.">Comparison of Forest Inventory and Analysis surveys, basal area models, and fitting methods for the aspen forest type in Minnesota.</a> Forest Ecology &amp; Management. 262 (2), 188-194 (2011).</li><li>Sharma, M., Parton, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Height-diameter+equations+for+boreal+tree+species+in+Ontario+using+a+mixed-effects+modeling+approach.">Height-diameter equations for boreal tree species in Ontario using a mixed-effects modeling approach.</a> Forest Ecology &amp; Management. 249 (3), 187-198 (2007).</li><li>Crecente-Campo, F., Tom&#233;, M., Soares, P., Di&#233;guez-Aranda, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+generalized+nonlinear+mixed-effects+height&#8211;diameter+model+for+Eucalyptus+globulus+L.+in+northwestern+Spain.">A generalized nonlinear mixed-effects height&#8211;diameter model for Eucalyptus globulus L. in northwestern Spain.</a> Forest Ecology &amp; Management. 259 (5), 943-952 (2010).</li><li>Fu, L., Sharma, R. P., Hao, K., Tang, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+generalized+interregional+nonlinear+mixed-effects+crown+width+model+for+Prince+Rupprecht+larch+in+northern+China.">A generalized interregional nonlinear mixed-effects crown width model for Prince Rupprecht larch in northern China.</a> Forest Ecology &amp; Management. 389 (2017), 364-373 (2017).</li><li>Hao, X., Yujun, S., Xinjie, W., Jin, W., Yao, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Linear+mixed-effects+models+to+describe+individual+tree+crown+width+for+China-fir+in+Fujian+Province,+southeast+China.">Linear mixed-effects models to describe individual tree crown width for China-fir in Fujian Province, southeast China.</a> Plos One. 10 (4), 0122257 (2015).</li><li>Vanderschaaf, C. L., Burkhart, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparing+methods+to+estimate+Reineke's+Maximum+Size-Density+Relationship+species+boundary+line+slope.">Comparing methods to estimate Reineke's Maximum Size-Density Relationship species boundary line slope.</a> Forest Science. 53 (3), 435-442 (2007).</li><li>Zhang, L., Bi, H., Gove, J. H., Heath, L. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparison+of+alternative+methods+for+estimating+the+self-thinning+boundary+line.">A comparison of alternative methods for estimating the self-thinning boundary line.</a> Canadian Journal of Forest Research. 35 (6), 1507-1514 (2005).</li><li>Hart, D. R., Chute, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimating+von+Bertalanffy+growth+parameters+from+growth+increment+data+using+a+linear+mixed-effects+model,+with+an+application+to+the+sea+scallop+Placopecten+magellanicus.">Estimating von Bertalanffy growth parameters from growth increment data using a linear mixed-effects model, with an application to the sea scallop Placopecten magellanicus.</a> Ices Journal of Marine Science. 66 (9), 2165-2175 (2009).</li><li>Uzoh, F. C. C., Oliver, W. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Individual+tree+diameter+increment+model+for+managed+even-aged+stands+of+ponderosa+pine+throughout+the+western+United+States+using+a+multilevel+linear+mixed+effects+model.">Individual tree diameter increment model for managed even-aged stands of ponderosa pine throughout the western United States using a multilevel linear mixed effects model.</a> Forest Ecology &amp; Management. 256 (3), 438-445 (2008).</li><li>Cond&#233;s, S., Sterba, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparing+an+individual+tree+growth+model+for+Pinus+halepensis+Mill.+in+the+Spanish+region+of+Murcia+with+yield+tables+gained+from+the+same+area.">Comparing an individual tree growth model for Pinus halepensis Mill. in the Spanish region of Murcia with yield tables gained from the same area.</a> European Journal of Forest Research. 127 (3), 253-261 (2008).</li><li>Pokharel, B., Dech, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mixed-effects+basal+area+increment+models+for+tree+species+in+the+boreal+forest+of+Ontario,+Canada+using+an+ecological+land+classification+approach+to+incorporate+site+effects.">Mixed-effects basal area increment models for tree species in the boreal forest of Ontario, Canada using an ecological land classification approach to incorporate site effects.</a> Forestry. 85 (2), 255-270 (2012).</li><li>Wykoff, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+basal+area+increment+model+for+individual+conifers+in+the+northern+Rocky+Mountains.">A basal area increment model for individual conifers in the northern Rocky Mountains.</a> Forest Science. 36 (4), 1077-1104 (1990).</li><li>Stage, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notes:+An+Expression+for+the+Effect+of+Aspect,+Slope,+and+Habitat+Type+on+Tree+Growth.">Notes: An Expression for the Effect of Aspect, Slope, and Habitat Type on Tree Growth.</a> Forest Science. 22 (4), 457-460 (1976).</li><li>Gregorie, T. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Generalized+Error+Structure+for+Forestry+Yield+Models.">Generalized Error Structure for Forestry Yield Models.</a> Forest Science. 33 (2), 423-444 (1987).</li><li>Zhao, L., Li, C., Tang, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Individual-tree+diameter+growth+model+for+fir+plantations+based+on+multi-level+linear+mixed+effects+models+across+southeast+China.">Individual-tree diameter growth model for fir plantations based on multi-level linear mixed effects models across southeast China.</a> Journal of Forest Research. 18 (4), 305-315 (2013).</li><li>Hall, D. B., Bailey, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modeling+and+Prediction+of+Forest+Growth+Variables+Based+on+Multilevel+Nonlinear+Mixed+Models.">Modeling and Prediction of Forest Growth Variables Based on Multilevel Nonlinear Mixed Models.</a> Forest Science. 47 (3), 311-321 (2001).</li><li>Yang, Y., Huang, S., Meng, S. X., Trincado, G., Vanderschaaf, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+multilevel+individual+tree+basal+area+increment+model+for+aspen+in+boreal+mixedwood+stands+:+Journal+canadien+de+la+recherche+forestie&#768;re.">A multilevel individual tree basal area increment model for aspen in boreal mixedwood stands : Journal canadien de la recherche forestie&#768;re.</a> Revue Canadienne De Recherche Foresti&#232;re. 39 (39), 2203-2214 (2009).</li><li>Pinheiro, J. C., Bates, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mixed-effects+models+in+S+and+S-Plus.">Mixed-effects models in S and S-Plus.</a> Publications of the American Statistical Association. 96 (455), 1135-1136 (2000).</li></ol>

נושא מכריע לפיתוח מודלים של אפקטים מעורבים היא לקבוע אילו פרמטרים ניתן להתייחס כמו אפקטים אקראיים ואשר צריך להיחשב אפקטים קבועים34,35. הוצעו שתי שיטות. הגישה הנפוצה ביותר היא להתייחס לכל הפרמטרים כאל אפקטים אקראיים ולאחר מכן לבחור את המודל הטוב ביותר על-ידי A...

בהשוואה למונוקולטורה מיושנת, ניהול יערות מעורבים בגילאים לא אחידים עם מטרות מרובות זכה לאחרונה לתשומת לב מוגברת1,2,3. חיזוי חלופות ניהול שונות הכרחי לגיבוש אסטרטגיות חזקות לניהול יערות, במיוחד עבור יער מורכב שאינו מיושן בין מינים מעורבים4. גידול יער מודלים תשואה שימשו בהרחבה כדי לחזות עץ או לעמוד פיתוח וקציר תחת תוכניות ניהול שונות5,6,7. מודלים של צמיחת יערות ותפוקה מסווגים למודלים של עצים בודדים, דגמי גודל ומודלים של צמיחה שלמים6,7,8. למרבה הצער, מודלים בגודל מעמד ומודלים שלמים אינם מתאימים ליערות מעורבים בגילאים לא אחידים, הדורשים תיאור מפורט יותר כדי לתמוך בתהליך קבלת ההחלטות של ניהול היער. מסיבה זו, מודלים של צמיחת עצים בודדים ומודלים של תשואה קיבלו תשומת לב מוגברת לאורך העשורים האחרונים בגלל יכולתם לבצע תחזיות עבור יער עומד עם מגוון רחב של הרכבים מינים, מבנים, ואסטרטגיות ניהול9,10,11.
רגרסיה רגילה הריבועים הפחותים (OLS) היא השיטה הנפוצה ביותר לפיתוח מודלים לצמיחת עצים בודדים12,13,14,15. ערכות הנתונים עבור מודלים של צמיחת עצים בודדים שנאספו שוב ושוב לאורך זמן קבוע על אותה יחידת דגימה (כלומר, חלקת מדגם או עץ) יש מבנה סטוכסטי היררכי, עם חוסר עצמאות מתאם מרחבי וטמפורלי גבוה בין תצפיות10,16. המבנה הסטוצטי ההיררכי מפר את הנחות היסוד של רגרסיה OLS: כלומר שאריות עצמאיות ונתונים מופצים בדרך כלל עם שונות שווה. לכן, השימוש ברגרסיה OLS מייצר באופן בלתי נמנע הערכות מוטות של השגיאה הסטנדרטית של אומדני הפרמטרים עבור נתונים אלה13,14.
מודלים של אפקטים מעורבים מספקים כלי רב עוצמה לניתוח נתונים עם מבנים מורכבים, כגון נתוני מדידות חוזרות ונשנות, נתונים אורך ונתונים מרובי רמות. מודלים של אפקטים מעורבים מורכבים הן מרכיבים קבועים, המשותפים לאוכלוסיה המלאה והן רכיבים אקראיים, הספציפיים לכל רמת דגימה. בנוסף, מודלים של אפקטים מעורבים לוקחים בחשבון הטרוסקסואליות ותיקון אוטומטי במרחב ובזמן על ידי הגדרת מבנה שונות-שונות-שונות לא אלכסוני מטריצות17,18,19. מסיבה זו, מודלים של אפקטים מעורבים שימשו בהרחבה ביערנות, כגון במודלים בגובה קוטר20,21, דגמיכתר 22,23, מודלים לדילול עצמי24,25, ומודלים צמיחה26,27.
כאן, המטרה העיקרית הייתה לפתח מודל בהפרש קבוע של אזור בזלת של עץ יחיד באמצעות גישה ליניארית של אפקטים מעורבים. אנו מקווים כי הגישה אפקטים מעורבים יכול להיות מיושם באופן נרחב.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:666px;" width="665">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Computer</td>
			<td style="width:121px;">acer</td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Microsoft Office 2013</td>
			<td style="width:121px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">R x64 3.5.1</td>
			<td style="width:121px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

development of an individual-tree basal area increment model using a linear mixed-effects approach

כאן, פיתחנו מודל של עץ יחיד של מרווחי שטח בסיסיים ל-5 שנים המבוססים על ערכת נתונים הכוללת עצי אספרטה של Picea משנת 21898 מ-779 חלקות לדוגמה הממוקמות במחוז שינג'יאנג, צפון-מערב סין. כדי למנוע מתאמים גבוהים בין תצפיות מאותה יחידת דגימה, פיתחנו את המודל באמצעות גישה ליניארית מעורבת אפקטים עם אפקט עלילה אקראית כדי להסביר את השונות הסטוצ'סטית. משתנים שונים ברמת העצים והמעמד, כגון מדדים לגודל עץ, תחרות ומצב אתר, נכללו כאפקטים קבועים כדי להסביר את השונות השיורית. בנוסף, הטרוסקסטיות וטיפוח אוטומטי תוארו על ידי החדרת פונקציות שונות ומבני תיקון אוטומטי. מודל ההשפעות המעורבות הליניאריות האופטימלי נקבע על ידי מספר סטטיסטיקות התאמה: קריטריון המידע של Akaike, קריטריון המידע הבייסיאני, הסבירות לוגריתם ומבחן יחס הסבירות. התוצאות הצביעו על כך שמשתנים משמעותיים של שטח הבסיס של עץ יחיד היו הטרנספורמציה ההופכית של קוטר בגובה השד, שטח הבסיס של עצים הגדולים מעץ הנושא, מספר העצים לדונם וגובהם. יתר על כן, שגיאות במבנה השונות תוכננו בהצלחה רבה על-ידי הפונקציה המעריכית, והתיקון האוטומטי תוקן באופן משמעותי על-ידי מבנה תוקפנות אוטומטית מסדר ראשון (AR(1)). הביצועים של מודל האפקטים המעורבים הליניאריים שופרו באופן משמעותי ביחס לדגם באמצעות רגרסיה רגילה של ריבועים לפחות.

מודל ההפרש הקבוע הבסיסי של אזור הבסיס עבור P. אספרטה הובע כמשוואה (7). הערכות הפרמטרים, שגיאות התקן המתאימות שלהן וסטטיסטיקת חוסר ההתאמה מוצגות בטבלה 2. העלילה שיורית מוצגת באיור 1. נצפתה הטרוסקסואליות בולטת של שאריות השיוריות. <img alt="Equation 7" src="/files/ftp_upload/60827/60827eq7.jpg">(7)...

Watch this Scientific Journal Video about Development of an Individual-Tree Basal Area Increment Model using a Linear Mixed-Effects Approach at JoVE.com

Development of an Individual-Tree Basal Area Increment Model using a Linear Mixed-Effects Approach

מודלים של אפקטים מעורבים הם כלים גמישים ושימושיים לניתוח נתונים עם מבנה סטוכסטי היררכי ביערנות ויכולים לשמש גם לשיפור משמעותי בביצועים של מודלים לצמיחת יער. כאן מוצג פרוטוקול המסונתז מידע הקשור למודלים של אפקטים מעורבים ליניאריים.

פיתוח מודל תוספת קבועה של אזור בזלית של עץ יחיד באמצעות גישה ליניארית של אפקטים מעורבים

Here, we developed an individual-tree model of 5-year basal area increments based on a dataset including 21898 Picea asperata trees from 779 sample plots ...

Research

JoVE Journal

Biology

Microfabricated Post-Array-Detectors (mPADs): an Approach to Isolate Mechanical Forces

Microfabricated Post-Array-Detectors mPADs: an Approach to Isolate Mechanical Forces

Microfabricated פוסט מערך גלאים (mPADs): גישה לבודד כוחות מכניים

In this video, we will present our approach to measure cellular traction forces using a microfabricated array of posts.  Traction forces are generated ...

Spatial Multiobjective Optimization of Agricultural Conservation Practices using a SWAT Model and an Evolutionary Algorithm

אופטימיזציה למרחבי Multiobjective של שיטות שימור חקלאיות באמצעות מודל SWAT ואלגוריתם אבולוציונית

Finding the cost-efficient (i.e., lowest-cost) ways of targeting conservation practice investments for the achievement of specific water quality goals ...

A Semi-quantitative Approach to Assess Biofilm Formation Using Wrinkled Colony Development

גישה חצי כמותי להערכת גיבוש biofilm באמצעות פיתוח המושבה מקומט

Biofilms, or surface-attached communities of cells encapsulated in an extracellular matrix, represent a common lifestyle for many bacteria. Within a ...

Conversion of a Capture ELISA to a Luminex xMAP Assay using a Multiplex Antibody Screening Method

המרת ELISA ללכוד Assay Luminex Xmap באמצעות נוגדן Multiplex שיטת הקרנה

The enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) has long been the primary tool for detection of analytes of interest in biological samples for both life ...

Cell Tracking Using Photoconvertible Proteins During Zebrafish Development

מעקב נייד באמצעות חלבוני Photoconvertible במהלך פיתוח דג זברה

Embryogenesis is a dynamic process that is best studied by using techniques that allow the documentation of developmental changes in vivo. The use of ...

Assessing Species-specific Contributions To Craniofacial Development Using Quail-duck Chimeras

הערכת תרומות מינים ספציפיות כדי Craniofacial פיתוח באמצעות מפלצות שליו-ברווז

The generation of chimeric embryos is a widespread and powerful approach to study cell fates, tissue interactions, and species-specific contributions to ...

Development of a Quantitative Recombinase Polymerase Amplification Assay with an Internal Positive Control

פיתוח של כמותי recombinase פולימראז ההגברה Assay עם בקרה פנימית חיובית

It was recently demonstrated that recombinase polymerase amplification (RPA), an isothermal amplification platform for pathogen detection, may be used to ...

Using a Whole-mount Immunohistochemical Method to Study the Innervation of the Biliary Tract in Suncus murinus

Using a Whole-mount Immunohistochemical Method to Study the Innervation of the Biliary Tract in Suncus murinus

באמצעות שיטת הר שלמה Immunohistochemical ללמוד את שימור של דרכי המרה<em&gt; סונקוס מורן</em

This work describes the whole-mount immunohistochemistry staining method in detail, using neurofilament protein antibody to label the innervation of the ...

Mass Spectrometry Analysis to Identify Ubiquitylation of EYFP-tagged CENP-A (EYFP-CENP-A)

Mass Spectrometry Analysis to Identify Ubiquitylation of EYFP-tagged CENP-A EYFP-CENP-A

ניתוח ספקטרומטר המסה כדי לזהות את אוביקווילציה של EYFP-מתויג CENP-A (EYFP-CENP-A)

Studying the structure and the dynamics of kinetochores and centromeres is important in understanding chromosomal instability (CIN) and cancer ...

Quantification of Cell-Substrate Adhesion Area and Cell Shape Distributions in MCF7 Cell Monolayers

קוונפיקציה של אזור הדבקה בתשתית התא והפצות צורות התא ב-MCF7 Cell Monolayers

The methods presented here quantify some parameters of confluent adherent cell monolayers from multiple appropriately stained confocal images: adhesion to ...