Name: field identification of matricaria chamomilla using a portable qpcr system
Uploaded: 2020-10-10T12:30:00
Duration: 12 min 8 s
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हम जेम्स शान को फील्ड वीडियो रिकॉर्डिंग में उनके प्रयासों के लिए धन्यवाद देते हैं । हम जॉन बायरन और मैथ्यू सेमरौ को वीडियो संपादन में उनके काम के लिए धन्यवाद देते हैं। हम टेस्ट फील्ड का पता लगाने में उनके समर्थन के लिए अंसेन लुओ, हैरी डु और फ्रैंक देंग को धन्यवाद देते हैं । हम मारिया रूबिंस्की को पूरी पांडुलिपि पर उनकी बहुमूल्य टिप्पणियों के लिए धन्यवाद देते हैं । सभी स्वीकार किए जाते हैं कि व्यक्ति अमेरिका के हर्बालाइफ इंटरनेशनल, इंक के कर्मचारी हैं।

1. नमूना संग्रह
<ol><li>एक सपाट और क्षैतिज सतह के साथ क्षेत्र में एक परीक्षण क्षेत्र स्थापित करें।</li>
	<li>एक प्रतिनिधि पौधे की पहचान करें जो कैमोमाइल फूल क्षेत्र(चित्र 4)में अधिकांश पौधों की विशेषताओं को दर्शाता है।</li>
	<li>बाँझ दस्ताने का उपयोग कर प्रतिनिधि संयंत्र से एक फूल सिर उठाओ।</li>
	<li>नमूना को 2.0 एमएल संग्रह ट्यूब में रखें।</li>
	<li>चरण 1.3 से 1.4 तक दोहराएं और एक ही पौधे से एक पत्रक (लगभग 0.5-0.7 सेमी लंबा) एकत्र करें। नोट: एम चामोमिला फूल और पत्ती 2.0 एमएल संग्रह ट्यूब के नीचे बैठने के लिए काफी छोटे हैं। बड़ी सतह क्षेत्र के साथ अन्य वनस्पति विज्ञानियों के लिए, एक कागज पंच या कैंची (उपयोग से पहले 70% इथेनॉल में कुल्ला) परीक्षण के लिए ऊतक के नमूनों को अलग करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है। जब कई नमूने की आवश्यकता होती है, तो विभिन्न नमूनों की हैंडलिंग के बीच पेपर पंच या कैंची कुल्लाएं।</li>
</ol>2. डीएनए निष्कर्षण
<ol><li>ड्राई बाथ इनक्यूबेटर को 95 डिग्री सेल्सियस तक प्रीहीट करें।</li>
	<li>प्रत्येक संग्रह ट्यूब के लिए, संयंत्र डीएनए निष्कर्षण किट (सामग्रीकी तालिका में सूचीबद्ध) से निष्कर्षण समाधान के 100 माइक्रोन जोड़ें। बेहतर डीएनए निष्कर्षण दक्षता के लिए, ऊतक मूसल का उपयोग करके निष्कर्षण समाधान में ऊतक नमूने को पीसें।</li>
	<li>ट्यूब बंद करो। सुनिश्चित करें कि वनस्पति ऊतक निष्कर्षण प्रक्रिया के दौरान निष्कर्षण समाधान के साथ कवर किया जाता है।</li>
	<li>संग्रह ट्यूबों को पहले से गरम सूखे स्नान इनक्यूबेटर में रखें और संग्रह ट्यूबों को 10 मिनट के लिए 95 डिग्री सेल्सियस पर इनक्यूबेट करें।</li>
	<li>10 मिनट के बाद, ट्यूबों को सूखे स्नान इनक्यूबेटर से बाहर निकालें।</li>
	<li>एक ही डीएनए निष्कर्षण किट से कमजोर पड़ने के समाधान के 100 μL जोड़ें और कई बार ऊपर और नीचे पाइपिंग द्वारा समाधान मिश्रण।</li>
	<li>पर्चा निकालने के लिए एक ही कदम दोहराएं।</li>
	<li>समाधान को और मिलाने के लिए हिलाएं। आमतौर पर इस उपचार के बाद पौधे के ऊतक अपमानित नहीं होते हैं। तरल रंग बदल सकता है और बादल बन सकते हैं। नोट: पतला समाधान कमरे के तापमान पर रात भर संग्रहीत किया जा सकता है अगर तुरंत आगे नहीं बढ़ रहा है । भंडारण से पहले पौधे के ऊतकों से सेलुलर मलबे को हटाना आवश्यक नहीं है। ट्यूबों में तरल डाउनस्ट्रीम पीसीआर प्रवर्धन के लिए डीएनए टेम्पलेट्स रखता है।</li>
</ol>3. पीसीआर रिएक्शन सेटअप
<ol><li>निर्माता के विनिर्देशों के अनुसार क्यूपीसीआर उपकरण थर्मोसाइक्लिंग स्थितियों को कॉन्फ़िगर करें। (तालिका1)में सूचीबद्ध पीसीआर थर्मोसाइक्लिंग प्रोफाइल लागू करें, जो प्रारंभिक विकृति के लिए एक निरंतर तापमान चरण के साथ शुरू होता है, इसके बाद प्रवर्धन के 25 चक्र, और एक उच्च-संकल्प पिघलने वाले वक्र प्राप्त करने के लिए तापमान रैम्पिंग के साथ समाप्त होता है।</li>
	<li>उपयोग करने से पहले कमरे के तापमान पर क्यूपीसीआर मास्टर मिक्स और प्राइमर(टेबल 2)को पिघलाएं।</li>
	<li>प्रत्येक कुएं में लोड की जाने वाली प्रतिक्रिया की योजना बनाएं: लक्ष्य प्रजातियों के साथ सकारात्मक नियंत्रण वाले कुओं, गैर-लक्षित प्रजातियों, नमूनों और नकारात्मक नियंत्रण(चित्रा 5)के साथ सकारात्मक नियंत्रण।<ol>
<li>इस उदाहरण में, दस कुओं का उपयोग किया जाता है - जर्मन कैमोमाइल पहचान परीक्षण के लिए पांच और रोमन कैमोमाइल पहचान परीक्षण के लिए शेष पांच। प्रजातियों की पहचान परीक्षण के प्रत्येक प्रकार के लिए, एक अच्छी तरह से लक्षित प्रजातियों के संदर्भ सामग्री से निकाले गए डीएनए के साथ सकारात्मक नियंत्रण होता है, एक अच्छी तरह से गैर लक्षित प्रजातियों के संदर्भ सामग्री से निकाले गए डीएनए के साथ सकारात्मक नियंत्रण होता है, दो कुओं फूल और पत्ती डीएनए क्षेत्र से निकाले गए नमूनों से भर रहे हैं, और एक अच्छी तरह से एक नकारात्मक नियंत्रण के लिए आवंटित किया जाता है । तालिका 3 प्रत्येक अच्छी प्रकार का वर्णन करता है।</li>
	</ol>
</li>
	<li>प्रत्येक वनस्पति प्रजाति पहचान परीक्षण के लिए मैनुअल के अनुसार एक प्रतिक्रिया मास्टर-मिश्रण तैयार करें। एक विशिष्ट प्रतिक्रिया मास्टर-मिक्स में सार्वभौमिक क्यूपीसीआर मास्टर मिक्स (2x), फॉरवर्ड और रिवर्स प्रजातियों-विशिष्ट प्राइमर और नाभिक मुक्त पानी शामिल हैं। तालिका 4 प्रतिक्रिया प्रणाली संरचना को सूचीबद्ध करता है। नोट: यदि तुरंत उपयोग नहीं कर रहे हैं, तो क्यूपीसीआर रिएक्शन मास्टर-मिक्स को कूलर या मिनी फ्रिज में +2 डिग्री सेल्सियस से +8 डिग्री सेल्सियस पर स्टोर करें।</li>
	<li>उपयोग से पहले पिपिंग द्वारा प्रतिक्रिया मास्टर-मिक्स को अच्छी तरह से मिलाएं।</li>
	<li>क्यूपीसीआर कारतूस को एक फ्लैट और स्थिर सतह पर आमने-सामने रखें।</li>
	<li>3.3 चरण में परिभाषित कुओं के अनुसार कारतूस के कुओं में 3.4 चरण में कॉन्फ़िगर किए गए रिएक्शन मास्टर-मिक्स के 18 माइक्रोन लोड करें। इस प्रदर्शन के लिए, जीसी परीक्षण (कुओं में जीसीटी 1, 3, 5, 7, 9) और रोमन कैमोमाइल पहचान परीक्षण प्रतिक्रिया मास्टर-मिक्स के लिए लेबल किए गए कुओं में जर्मन कैमोमाइल पहचान परीक्षण प्रतिक्रिया मास्टर मिश्रण जोड़ें (वेल्स 2, 4, 6, 8, 10 में आरसीटी) (चित्रा 5देखें)।</li>
	<li>डीएनए निष्कर्षण ट्यूबों के सुपरनैंट से नमूना डीएनए के 2 माइक्रोन ट्रांसफर और पूर्व से निकाले गए डीएनए सकारात्मक नियंत्रण को क्यूपीसीआर मास्टर मिक्स के साथ प्रीलोडेड कारतूस कुओं में। क्यूपीसीआर मास्टर मिश्रण में प्रत्येक डीएनए टेम्पलेट को जोड़ने के बाद, धीरे-धीरे समाधान को पिपिंग करके मिलाएं। नोट: डीएनए निष्कर्षण ट्यूब से डीएनए स्थानांतरित करते समय फ्लोटिंग सेलुलर मलबे से बचें। यदि आवश्यक हो तो सुपरनेट और सेलुलर मलबे को अलग करने के लिए मिनीसेंट्रफ्यूज का उपयोग करें।</li>
	<li>चिपकने वाली फिल्म के साथ कारतूस को सावधानी से सील करें। थर्मोसाइक्लिंग कक्ष पर कारतूस लोड करें और इसे बंद करें।</li>
	<li>क्यूपीसीआर इंस्ट्रूमेंट को चलाने के लिए सेट करें।</li>
</ol>

<ol>
	<li>Smith, T., Gillespie, M., Eckl, V., Knepper, J., Reynolds, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Herbal+supplement+sales+in+US+increase+by+9.4%+in+2018.">Herbal supplement sales in US increase by 9.4% in 2018.</a> HerbalGram. 123, 62-73 (2019).</li><li>Israelsen, L. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+challenge+of+regulation,+globalization+and+climate+change+on+botanicals+and+traditional+medicines:+respecting+tradition+while+embracing+change.">The challenge of regulation, globalization and climate change on botanicals and traditional medicines: respecting tradition while embracing change.</a> Planta Medica. 74 (3), 36 (2008).</li><li>Cardellina, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Challenges+and+opportunities+confronting+the+botanical+dietary+supplement+industry.">Challenges and opportunities confronting the botanical dietary supplement industry.</a> Journal of Natural Products. 65 (7), 1073-1084 (2002).</li><li>Foster, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+the+peripatetic+maze+of+black+cohosh+adulteration:+a+review+of+the+nomenclature,+distribution,+chemistry,+market+status,+analytical+methods+and+safety.">Exploring the peripatetic maze of black cohosh adulteration: a review of the nomenclature, distribution, chemistry, market status, analytical methods and safety.</a> HerbalGram. 98, 32-51 (2013).</li><li>Vanherweghem, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Misuse+of+herbal+remedies:+The+case+of+an+outbreak+of+terminal+renal+failure+in+Belgium+(Chinese+herbs+nephropathy).">Misuse of herbal remedies: The case of an outbreak of terminal renal failure in Belgium (Chinese herbs nephropathy).</a> The Journal of Alternative and Complementary Medicine. 4 (1), 9-13 (1998).</li><li>Vanherweghem, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapidly+progressive+interstitial+renal+fibrosis+in+young+women:+association+with+slimming+regimen+including+Chinese+herbs.">Rapidly progressive interstitial renal fibrosis in young women: association with slimming regimen including Chinese herbs.</a> The Lancet. 341 (8842), 387-391 (1993).</li><li>Khan, I. A., Smillie, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implementing+a+"quality+by+design"+approach+to+assure+the+safety+and+integrity+of+botanical+dietary+supplements.">Implementing a "quality by design" approach to assure the safety and integrity of botanical dietary supplements.</a> Journal of Natural Products. 75 (9), 1665-1673 (2012).</li><li>Applequist, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Identification of Medicinal Plants: A Handbook of the Morphology of Botanicals in Commerce. , (2006).</li><li>Upton, R., Graff, A., Jolliffe, G., L&#228;nger, R., Williamson, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> American Herbal Pharmacopoeia: Botanical Pharmacognosy - Microscopic Characterization of Botanical Medicines. , (2016).</li><li>Frommenwiler, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+HPTLC+fingerprinting+for+quality+control+of+an+herbal+drug+-+the+case+of+angelica+gigas+root.">Comprehensive HPTLC fingerprinting for quality control of an herbal drug - the case of angelica gigas root.</a> Planta Medica. 84 (6-7), 465-474 (2018).</li><li>Heyman, H. M., Meyer, J. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NMR-based+metabolomics+as+a+quality+control+tool+for+herbal+products.">NMR-based metabolomics as a quality control tool for herbal products.</a> South African Journal of Botany. 82, 21-32 (2012).</li><li>Lazarowych, N. J., Pekos, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+fingerprinting+and+marker+compounds+for+identification+and+standardization+of+botanical+drugs:+strategies+for+applying+pharmaceutical+HPLC+analysis+to+herbal+products.">Use of fingerprinting and marker compounds for identification and standardization of botanical drugs: strategies for applying pharmaceutical HPLC analysis to herbal products.</a> Drug Information Journal. 32 (2), 497-512 (1998).</li><li>Tankeu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hyperspectral+imaging+and+support+vector+machine:+a+powerful+combination+to+differentiate+black+cohosh+(actaea+racemosa)+from+other+cohosh+species.">Hyperspectral imaging and support vector machine: a powerful combination to differentiate black cohosh (actaea racemosa) from other cohosh species.</a> Planta Medica. 84 (6-7), 407-419 (2018).</li><li>Rodman, J. E., Cody, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+taxonomic+impediment+overcome:+NSF's+Partnerships+for+Enhancing+Expertise+in+Taxonomy+(PEET)+as+a+model.">The taxonomic impediment overcome: NSF's Partnerships for Enhancing Expertise in Taxonomy (PEET) as a model.</a> Systematic Biology. 52 (3), 428-435 (2003).</li><li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+renaissance+in+herbal+medicine+identification:+from+morphology+to+DNA.">A renaissance in herbal medicine identification: from morphology to DNA.</a> Biotechnology Advances. 32 (7), 1237-1244 (2014).</li><li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+DNA+barcoding:+from+gene+to+genome.">Plant DNA barcoding: from gene to genome.</a> Biological Reviews. 90 (1), 157-166 (2015).</li><li>Madesis, P., Ganopoulos, I., Sakaridis, I., Argiriou, A., Tsaftaris, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+of+DNA-based+methods+for+tracing+the+botanical+origin+of+food+products.">Advances of DNA-based methods for tracing the botanical origin of food products.</a> Food Research International. 60, 163-172 (2014).</li><li>Newmaster, S. G., Ragupathy, S., Janovec, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+botanical+renaissance:+state-of-the-art+DNA+bar+coding+facilitates+an+automated+identification+technology+system+for+plants.">A botanical renaissance: state-of-the-art DNA bar coding facilitates an automated identification technology system for plants.</a> International Journal of Computer Applications in Technology. 35 (1), 50-60 (2009).</li><li>Parveen, I., Gafner, S., Techen, N., Murch, S. J., Khan, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+barcoding+for+the+identification+of+botanicals+in+herbal+medicine+and+dietary+supplements:+strengths+and+limitations.">DNA barcoding for the identification of botanicals in herbal medicine and dietary supplements: strengths and limitations.</a> Planta Medica. 82 (14), 1225-1235 (2016).</li><li>Agrawal, N., Hassan, Y. A., Ugaz, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+pocket-sized+convective+PCR+thermocycler.">A pocket-sized convective PCR thermocycler.</a> Angewandte Chemie International Edition. 46 (23), 4316-4319 (2007).</li><li>Almassian, D. R., Cockrell, L. M., Nelson, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Portable+nucleic+acid+thermocyclers.">Portable nucleic acid thermocyclers.</a> Chemical Society Reviews. 42 (22), 8769-8798 (2013).</li><li>Ben&#237;tez-P&#225;ez, A., Portune, K. J., Sanz, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Species-level+resolution+of+16S+rRNA+gene+amplicons+sequenced+through+the+MinION+portable+nanopore+sequencer.">Species-level resolution of 16S rRNA gene amplicons sequenced through the MinION portable nanopore sequencer.</a> Gigascience. 5 (1), 4 (2016).</li><li>Emanuel, P. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+Francisella+tularensis+within+infected+mouse+tissues+by+using+a+hand-held+PCR+thermocycler.">Detection of Francisella tularensis within infected mouse tissues by using a hand-held PCR thermocycler.</a> Journal of Clinical Microbiology. 41 (2), 689-693 (2003).</li><li>Quick, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time,+portable+genome+sequencing+for+Ebola+surveillance.">Real-time, portable genome sequencing for Ebola surveillance.</a> Nature. 530 (7589), 228 (2016).</li><li>Lu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-laboratory+validation+of+a+two-tiered+DNA+barcoding+method+for+raw+botanical+identification.">Single-laboratory validation of a two-tiered DNA barcoding method for raw botanical identification.</a> Journal of AOAC International. 102 (5), 1435-1447 (2019).</li><li>Sgamma, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+barcoding+for+industrial+quality+assurance.">DNA barcoding for industrial quality assurance.</a> Planta Medica. 83 (14-15), 1117-1129 (2017).</li><li>Wallinger, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+plant+identification+using+species-and+group-specific+primers+targeting+chloroplast+DNA.">Rapid plant identification using species-and group-specific primers targeting chloroplast DNA.</a> PLoS One. 7 (1), 29473 (2012).</li><li>Newmaster, S. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recommendations+for+validation+of+real-time+PCR+methods+for+molecular+diagnostic+identification+of+botanicals.">Recommendations for validation of real-time PCR methods for molecular diagnostic identification of botanicals.</a> Journal of AOAC International. , (2019).</li><li>Singh, O., Khanam, Z., Misra, N., Srivastava, M. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chamomile+(Matricaria+chamomilla+L.):+an+overview.">Chamomile (Matricaria chamomilla L.): an overview.</a> Pharmacognosy Reviews. 5 (9), 82 (2011).</li><li>Mills, S. Y., Bone, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Essential+Guide+to+Herbal+Safety.">The Essential Guide to Herbal Safety.</a> Elsevier Health Sciences. , 325 (2004).</li><li>Avula, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+determination+of+phenolic+compounds+by+UHPLC-UV-MS+and+use+of+partial+least-square+discriminant+analysis+to+differentiate+chemo-types+of+Chamomile/Chrysanthemum+flower+heads.">Quantitative determination of phenolic compounds by UHPLC-UV-MS and use of partial least-square discriminant analysis to differentiate chemo-types of Chamomile/Chrysanthemum flower heads.</a> Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis. 88, 278-288 (2014).</li><li>Guzelmeric, E., Vovk, I., Yesilada, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+validation+of+an+HPTLC+method+for+apigenin+7-O-glucoside+in+chamomile+flowers+and+its+application+for+fingerprint+discrimination+of+chamomile-like+materials.">Development and validation of an HPTLC method for apigenin 7-O-glucoside in chamomile flowers and its application for fingerprint discrimination of chamomile-like materials.</a> Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis. 107, 108-118 (2015).</li><li>Dieffenbach, C. W., Lowe, T. M., Dveksler, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=General+concepts+for+PCR+primer+design.">General concepts for PCR primer design.</a> Genome Research. 3 (3), 30-37 (1993).</li><li>Untergasser, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Primer3Plus,+an+enhanced+web+interface+to+Primer3.">Primer3Plus, an enhanced web interface to Primer3.</a> Nucleic Acids Research. 35, 71-74 (2007).</li><li>Bustin, S., Huggett, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=qPCR+primer+design+revisited.">qPCR primer design revisited.</a> Biomolecular Detection and Quantification. 14, 19-28 (2017).</li><li>Brownie, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+elimination+of+primer-dimer+accumulation+in+PCR.">The elimination of primer-dimer accumulation in PCR.</a> Nucleic Acids Research. 25 (16), 3235-3241 (1997).</li><li>Dwight, Z., Palais, R., Wittwer, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=uMELT:+prediction+of+high-resolution+melting+curves+and+dynamic+melting+profiles+of+PCR+products+in+a+rich+web+application.">uMELT: prediction of high-resolution melting curves and dynamic melting profiles of PCR products in a rich web application.</a> Bioinformatics. 27 (7), 1019-1020 (2011).</li><li>Heikrujam, J., Kishor, R., Mazumder, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+chemistry+behind+plant+DNA+isolation+protocols.">The chemistry behind plant DNA isolation protocols.</a> Biochemical Analysis Tools - Methods for Bio-Molecules Studies. , (2020).</li><li>Blum-Silva, C. H., Chaves, V. C., Schenkel, E. P., Coelho, G. C., Reginatto, F. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+influence+of+leaf+age+on+methylxanthines,+total+phenolic+content,+and+free+radical+scavenging+capacity+of+Ilex+paraguariensis+aqueous+extracts.">The influence of leaf age on methylxanthines, total phenolic content, and free radical scavenging capacity of Ilex paraguariensis aqueous extracts.</a> Revista Brasileira de Farmacognosia. 25 (1), 1-6 (2015).</li><li>Lu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Validation+of+a+targeted+PCR+method+for+raw+and+processed+botanical+material+identification:+an+example+using+matricaria+chamomilla+(chamomile).">Validation of a targeted PCR method for raw and processed botanical material identification: an example using matricaria chamomilla (chamomile).</a> Journal of AOAC International. 102 (6), 1787-1797 (2019).</li></ol>

हम प्रमाणित करते हैं कि झेंगक्सियू यांग, झेंग क्वान, टिफ़नी चुआ, लियो ली, यानजुन झांग, सिल्वा बाबाजानियन, ट्रिसिया चुआ, पीटर चांग, गैरी स्वानसन, झेंगफेई लू अमेरिका के हर्बलाइफ इंटरनेशनल, इंक के कर्मचारी हैं । हम प्रमाणित करते हैं कि फ्रांसेस्को बुओंगोरोनो, इसाबेला डेला एनोस और लोरेंजो कोलंबो हाइरिस लिमिटेड के कर्मचारी हैं जो इस लेख में उपयोग किए जाने वाले पोर्टेबल क्यूपीसीआर उपकरण का उत्पादन करते हैं।

स्वास्थ्य को बनाए रखने और बेहतर बनाने के लिए वनस्पति विज्ञान का उपयोग करने का अभ्यास हजारों साल पहले की तारीखें हैं। उपभोक्ता मांग में वृद्धि , अधारणीय कटाई पद्धतियों औरजलवायुपरिवर्तन2द्वारा लाई गई आपूर्ति श्रृंखला पर जोर देने के कारण वनस्पति में मिलावट खाद्य और आहार पूरकउद्योगमें बढ़ती चिंता बनती जा रही है । अघोषित या गलत पहचान वाली वनस्पति प्रजातियों की उपस्थिति से प्रभावकारिता, या यहां तक कि सुरक्षा के मुद्दे भी कम हो सकते हैं। उदाहरण के लिए, प्रीमेंस्ट्रुअल असुविधा के इलाज के लिए उपयोग किए जाने वाले काले कोहोश(एक्टेए रेसमोसा)को कम कीमत वाली एशियाई प्रजातियों के साथ प्रतिस्थापित किया जा सकता है, जिसकी प्रभावकारिता4के लिए सीमित नैदानिक डेटा समर्थन है। एक अधिक गंभीर मामले में, चीनी जड़ी बूटियों का उपयोग करके वजन घटाने के लिए एक नैदानिक अध्ययन में स्टीफनिया टेरेंड्रा के लिए अरिस्टोलोचिया फेंगची केप्रतिस्थापनने कुछ प्रतिभागियों5, 6,में गंभीर नेफ्रोटॉक्सिकिटी और गुर्दे की विफलता का नेतृत्व किया। दो विभिन्न प्रजातियों ने एक चीनी आम नाम "फेंग जी" साझा किया । ये मामले अधिक कठोर गुणवत्ता नियंत्रण की आवश्यकता को उजागर करते हैं, जो कच्चे माल की पहचान के साथ शुरू होताहै,अधिमानतः आपूर्ति श्रृंखला की उत्पत्ति के बिंदु के करीब संभव हो, इसलिए संसाधनों को कुशलतापूर्वक सही पहचान की सामग्री के लिए आवंटित किया जा सकता है ।
वनस्पति पहचान के लिए कई ऑर्थोगोनल दृष्टिकोणों का उपयोग किया जा सकता है। परंपरागत रूप से, वनस्पति पहचान रूपात्मक मूल्यांकन8, 9और रासायनिक विश्लेषणात्मक तरीकों10, 11,,9 12,,,13के माध्यम से की जाती है।,12 यदि अंतर मौजूद है तो नीरस पहचान पौधों की सामग्रियों की स्थूल और सूक्ष्म विशेषताओं में अंतर पर आधारित है। हालांकि, हाल के वर्षों में शास्त्रीय वनस्पति विज्ञान पर प्रशिक्षण कार्यक्रमों की कमी के परिणामस्वरूप विशेषज्ञों की कमी हुई है14,जिससे यह दृष्टिकोण नियमित गुणवत्ता नियंत्रण के लिए अव्यावहारिक हो गया है। पाउडर वनस्पति सामग्री में इसका आवेदन भी सीमित है। फार्माकोपोईस और प्रयोगशालाओं में रासायनिक विश्लेषणात्मक विधियों का व्यापक रूप से उपयोग किया जाता है, लेकिन उच्च प्रदर्शन पतली परत क्रोमेटोग्राफी (एचपीटीएलसी), उच्च प्रदर्शन तरल क्रोमेटोग्राफी (एचपीएलसी), और परमाणु चुंबकीय अनुनाद स्पेक्ट्रोस्कोपी (एनएमआर)(अंक 2)और पर्यावरण आवश्यकताओं जैसे उपकरणों के आकार के कारण क्षेत्र परीक्षण के लिए आदर्श नहीं हैं। हाल ही में, जीनोमिक तरीके वनस्पति प्रजातियों के प्रमाणीकरण और प्रतिस्थापन का पता लगाने के लिए एक वैकल्पिक तकनीक के रूप में उभरे हैं और कुशल और सटीक साबित हुए हैं । जीनोमिक तरीके पौधों की सामग्री15 , 16 , 17,,18,,19में आनुवंशिक सूचनाओं की उच्च निष्ठा और विशिष्टता का दोहनकरतेहैं ।,1617 आणविक नैदानिक उपकरण पोर्टेबल उपकरणों के रूप में उपलब्ध हैं, और अक्सर स्वचालित डेटा व्याख्या उपकरण शामिल होते हैं जो प्रौद्योगिकी उपयोग की बाधा को कम करते हैं, जिससे यह दृष्टिकोण क्षेत्र पहचान20, 21,22,,,23,,24,के लिए आदर्शबनाताहै। एक बार आणविक विश्लेषण विधि डिजाइन और25,26, 27मान्य किया गयाहै,यहबुनियादीआणविक जीव विज्ञान प्रशिक्षण के साथ किसी भी कर्मियों द्वारा किया जा सकता है ।, उपलब्ध विभिन्न पोर्टेबल उपकरणों में से, डीएनए दृश्यों पर वास्तविक समय पीसीआर लागत प्रभावी विकल्पों में से एक है28। एक पोर्टेबल डिवाइस का संयोजन, अनुकूलित और मान्य आणविक विश्लेषण के साथ, प्रयोगशाला के बाहर वनस्पति प्रजातियों और अवयवों के सत्यापन की अनुमति देता है, जैसे खेतों और वनस्पति सामग्री गोदामों में, पारंपरिक तरीकों से जुड़े समय और लागत को कम करता है।
इस प्रोटोकॉल का लक्ष्य उन स्थितियों में वनस्पति पहचान के लिए एक विधि पेश करना है जहां पोर्टेबल क्यूपीसीआर प्रणाली का उपयोग करके प्रयोगशाला उपकरणों और विशेषज्ञता तक पहुंच सीमित या अनुपलब्ध है। इस विधि का प्रदर्शन मैट्रिका कैमोमिला (चित्रा 3 ए)के क्षेत्र में किया जाता है, जिसे आमतौर पर जर्मन कैमोमाइल के नाम से जाना जाता है, जो इसके विरोधी भड़काऊ और एंटीऑक्सीडेंट गुणों29के लिए व्यापक रूप से उपयोग किया जाता है। यह समान उपस्थिति या गंध की संबंधित प्रजातियों के साथ भ्रमित किया जा सकता है, विशेष रूप से जेनेरा चमेमलम, तानेटम,और गुलदाउदी30,31,,32से।, संबंधित प्रजातियों में, चामेमेलम नोबिल,जिसे रोमन कैमोमाइल के नाम से भी जाना जाता है, वाणिज्य में तुलनीय उत्पादन स्तर(चित्रा 3B)के साथ एक उल्लेखनीय है। प्रदर्शित विधि को न केवल लक्षित वनस्पति प्रजातियों एम चामोमिलाकी पहचान करने के लिए डिज़ाइन किया गया था, बल्कि डीएनए दृश्यों के विशिष्ट प्रवर्धन के आधार पर इसके करीबी रिश्तेदार, सी नोबिलका भी पता लगाने के लिए डिज़ाइन किया गया था।
यह लेख विस्तार से बताता है कि इंटरकैलिटिंग डाई-आधारित क्यूपीसीआर का उपयोग करके एम चामोमिला की फील्ड बॉटनिकल पहचान कैसे करें और पोर्टेबल डिवाइस पर कर्व विश्लेषण पिघलाएं। प्रोटोकॉल में क्षेत्र से वनस्पति नमूनों का संग्रह, साइट पर डीएनए निष्कर्षण, और वास्तविक समय पीसीआर प्रतिक्रिया की स्थापना शामिल है । एक वैध निष्कर्ष सुनिश्चित करने के लिए, लक्षित वनस्पति एम चामोमिला और गैर-लक्षित वनस्पति सी नोबिल जीनोमिक डीएनए, प्रमाणित वनस्पति संदर्भ सामग्रियों से पूर्व-निकाले गए, सकारात्मक नियंत्रण के रूप में उपयोग किया जाता है। इस विधि की विशिष्टता का प्रदर्शन एम चामोमिला और सी नोबिल पहचान परीक्षणों दोनों को नमूनों और नियंत्रणों पर व्यक्तिगत रूप से करके किया जाता है। गैर-टेम्पलेट नकारात्मक नियंत्रण का उपयोग पीसीआर संदूषण के कारण झूठे सकारात्मक परिणामों को बाहर करने के लिए किया जाता है।

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Battery</td>
			<td>TNE</td>
			<td>78000mAh</td>
			<td>Provide field power supply</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>bCUBE</td>
			<td>HYRIS</td>
			<td>bCUBE 2.0</td>
			<td>Portable qPCR instrument</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cartridges(16 Well)</td>
			<td>HYRIS</td>
			<td>NA</td>
			<td>Consumables for bCUBE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Electric pipette</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>NA</td>
			<td>Handling liquid</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Extract-N-AmpTM plant PCR kit</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td>XNAP2-1KT</td>
			<td>Plant DNA extraction kit</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>German chamomile (Matricaria chamomilla L) flower botanical reference materials</td>
			<td>AHP</td>
			<td>2264</td>
			<td>Used as positive control</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini dry bath</td>
			<td>Yooning</td>
			<td>MiniH-100L</td>
			<td>For DNA extraction</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease-free water</td>
			<td>AMBION</td>
			<td>AM9937</td>
			<td>qPCR reaction</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>NA</td>
			<td>qPCR reaction</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Roman chamomile (Chamaemelum nobile) flower botancial reference materials</td>
			<td>ChromaDex</td>
			<td>ASB-00030806-005</td>
			<td>Used as positive control</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luna universal qPCR master mix</td>
			<td>NEB</td>
			<td>M3003L</td>
			<td>qPCR reaction</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

field identification of matricaria chamomilla using a portable qpcr system

वनस्पति उत्पादों में गुणवत्ता नियंत्रण कच्चे माल की आपूर्ति के साथ शुरू होता है। परंपरागत रूप से, वनस्पति पहचान रूपात्मक मूल्यांकन और रासायनिक विश्लेषणात्मक तरीकों के माध्यम से की जाती है। हालांकि, वनस्पति विज्ञानियों की उपलब्धता की कमी, विशेष रूप से हाल के वर्षों में, उपभोक्ता मांग और जलवायु परिवर्तन में वृद्धि करके लाई गई आपूर्ति श्रृंखला पर तनाव का मुकाबला करने के लिए गुणवत्ता नियंत्रण बढ़ाने की आवश्यकता के साथ मिलकर वैकल्पिक दृष्टिकोण की आवश्यकता है । इस प्रोटोकॉल का लक्ष्य क्षेत्र पर या किसी भी सेटिंग में पोर्टेबल क्यूपीसीआर प्रणाली का उपयोग करके वनस्पति प्रजातियों की पहचान की सुविधा प्रदान करना है, जहां प्रयोगशाला उपकरणों और विशेषज्ञता तक पहुंच सीमित है। लक्ष्य डीएनए डाई आधारित qPCR का उपयोग कर परिलक्षित होता है, डीएनए के साथ एक सकारात्मक नियंत्रण के रूप में सेवारत वनस्पति संदर्भ सामग्री से निकाला । लक्ष्य डीएनए की पहचान इसके विशिष्ट प्रवर्धन और सकारात्मक नियंत्रण के खिलाफ इसके पिघलने वाले शिखर से होती है । कदम और मापदंडों का एक विस्तृत विवरण, हाथ पर क्षेत्र नमूना संग्रह से, डीएनए निष्कर्षण, पीसीआर प्रवर्धन, डेटा व्याख्या के बाद, यह सुनिश्चित करने के लिए शामिल किया गया है कि पाठकों को इस प्रोटोकॉल को दोहराने कर सकते हैं । परिणाम पारंपरिक प्रयोगशाला वनस्पति पहचान विधियों के साथ संरेखित उत्पादित। प्रोटोकॉल प्रदर्शन करने के लिए आसान है और लागत प्रभावी है, कच्चे माल पर गुणवत्ता परीक्षण को सक्षम करने के रूप में संभव के रूप में आपूर्ति श्रृंखला की उत्पत्ति के बिंदु के करीब ।

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Field Identification of Matricaria chamomilla using a Portable qPCR System

यहां प्रस्तुत एक पोर्टेबल क्यूपीसीआर प्रणाली का उपयोग कर मैट्रिकिया कैमोमिला की क्षेत्र पहचान के लिए एक प्रोटोकॉल है । यह आसान करने के लिए प्रदर्शन प्रोटोकॉल स्थानों पर एक वनस्पति प्रजातियों की पहचान की पुष्टि करने के लिए एक विधि के रूप में आदर्श है, जहां प्रयोगशाला उपकरण और विशेषज्ञता के लिए उपयोग सीमित है, जैसे खेतों और गोदामों के रूप में ।

पोर्टेबल क्यूपीसीआर सिस्टम का उपयोग करके मैट्रिकिया चामोमिला की फील्ड पहचान

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Research

JoVE Journal

Biology

Field Identification of Matricaria chamomilla using a Portable qPCR System

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